Katholisch-Theologische Fakultät
- Institut für Biblische Theologie
- Institut für Historische Theologie
- Institut für Systematische Theologie
- Institut für Praktische Theologie
Juristische Fakultät
- Institut für Rechtsgeschichte
- Institut für Bürgerliches Recht und Zivilprozessrecht
- Institut für Gesellschafts-, Steuer- und Arbeitsrecht
- Institut für Internationales Recht, Europarecht und Europäisches Privatrecht
- Institut für Strafrecht und Kriminologie
- Institut für Staats- und Verwaltungsrecht, Rechtsphilosophie
Medizinische Fakultät
- Klinik für Anaesthesiologie
- Augenklinik und Poliklinik
- Chirurgische Klinik und Poliklinik
- Frauenklinik und Poliklinik
- Klinik und Poliklinik für Hals-, Nasen- und Ohrenkranke
- Klinik und Poliklinik für Haut- und Geschlechtskrankheiten
- Klinik und Poliklinik für Herz- und Thoraxchirurgie
- Kinderklinik und Poliklinik
- Institut für Klinische Biochemie und Pathobiochemie
- Institut für Klinische Neurobiologie
- Medizinische Klinik
- Medizinische Poliklinik
- Klinik und Poliklinik für Kinder- und Jugendpsychiatrie und Psychotherapie
- Institut für Röntgendiagnostik
- Klinik und Poliklinik für Strahlentherapie
- Urologische Klinik und Poliklinik
- Klinik und Polikliniken für Zahn-, Mund- und Kieferkrankheiten
- Institut für Hygiene und Mikrobiologie
- Institut für Psychotherapie und Medizinische Psychologie
- Institut für Rechtsmedizin
- Pathologisches Institut
- Institut für Pharmakologie und Toxikologie
- Institut für Virologie und Immunbiologie
- Institut für Humangenetik
- Institut für Anatomie und Zellbiologie
- Physiologisches Institut
- Theodor-Boveri-Institut für Biowissenschaften
- Institut für Geschichte der Medizin
- Institut für Medizinische Strahlenkunde und Zellforschung
- Institut für Molekulare Infektionsbiologie
- Neurologische Klinik und Poliklinik
- Lehrstuhl für Orthopädie
- Klinik und Poliklinik für Mund-, Kiefer-, Gesichtschirurgie
- Poliklinik für Kieferorthopädie
- Poliklinik für Zahnärztliche Prothetik
- Poliklinik für Zahnerhaltung und Parodontologie
- Klinik und Poliklinik für Psychiatrie und Psychotherapie
- Krankenhaus für Psychiatrie, Psychotherapie und Neurologie des Bezirks Unterfranken
- Abteilung für Molekulare Innere Medizin in der Medizinischen Poliklinik
- Missionsärztliche Klinik
- Klinik und Poliklinik für Anästhesiologie
- Klinik und Poliklinik für Unfallchirurgie (Chirurgische Klinik II)
- Klinik und Poliklinik für Dermatologie, Venerologie und Allergologie
- Medizinische Klinik und Poliklinik I
- Medizinische Klinik und Poliklinik II
Philosophische Fakultät I (Histor., philolog., Kultur- und geograph. Wissensch.)
- Institut für klassische Philologie
- Institut für Kulturwissenschaften Ost- und Südasiens
- Institut für Slavistik
- Institut für Musikforschung
- Institut für Altertumswissenschaften
- Institut für deutsche Philologie
- Institut für Geschichte
- Institut für Kunstgeschichte
- Neuphilologisches Institut - Moderne Fremdsprachen
- Institut für Geographie und Geologie
Philosophische Fakultät II (Philos., Psycho., Erziehungs- u. Gesell.-Wissensch.)
- Institut für Philospohie
- Institut für Psychologie
- Institut für Pädagogik
- Institut für Sonderpädagogik
- Institut für Politikwissenschaft und Sozialforschung
- Institut für Evangelische Theologie und Religionspädagogik
- Institut für Sportwissenschaft
Fakultät für Biologie
- Julius-von-Sachs-Institut für Biowissenschaften
- Theodor-Boveri-Institut für Biowissenschaften
- Dissertation Institut für Molekulare Infektionsbiologie
- Dissertation Institut für Anatomie und Zellbiologie
- Dissertation Institut für Hygiene und Mikrobiologie
- Dissertation Institut für Pharmazie und Lebensmittelchemie
- Dissertation Institut für Virologie und Immunbiologie
- Dissertation Institut für Medizinische Strahlenkunde und Zellforschung
- Dissertation Institut für Humangenetik
- Rudolf-Virchow-Zentrum
- Dissertation Institut für Klinische Biochemie und Pathobiochemie
- Dissertation Medizinische Klinik
Fakultät für Chemie und Pharmazie
- Institut für Anorganische Chemie
- Institut für Organische Chemie
- Lehrstuhl für Biochemie
- Institut für Pharmazie und Lebensmittelchemie
- Institut für Physikalische Chemie
- Lehrstuhl für Silicatchemie
- Lehrstuhl für Chemische Technologie der Materialsynthese
Fakultät für Mathematik und Informatik
- Institut für Mathematik
- Institut für Informatik
Fakultät für Physik und Astronomie
- Physikalisches Institut
- Institut für Theoretische Physik und Astrophysik
Wirtschaftswissenschaftliche Fakultät
- Volkswirtschaftliches Institut
- Betriebswirtschaftliches Institut
Zentrale Einrichtungen
- Universitätsbibliothek
- Rechenzentrum
- Zentrum für Sprachen
- Martin-von-Wagner-Museum
Philosophische Fakultät I (bis Sept. 2007)
- Institut für klassische Philologie
- Institut für Archäologie
- Institut für Ägyptologie
- Institut für Orientalische Philologie
- Institut für Kulturwissenschaften Ost- und Südasiens
- Institut für Slavistik
- Institut für Musikwissenschaft
- Institut für Altertumswissenschaften
Philosophische Fakultät II (bis Sept. 2007)
- Institut für deutsche Philologie
- Institut für Anglistik und Amerikanistik
- Institut für romanische Philologie
- Institut für Geschichte
- Institut für Kunstgeschichte
- Neuphilologisches Institut - Moderne Fremdsprachen
Philosophische Fakultät III (bis Sept. 2007)
- Institut für Philosophie
- Institut für Psychologie
- Institut für Pädagogik
- Institut für Sonderpädagogik
- Institut für Soziologie
- Institut für Politische Wissenschaft
- Institut für Evangelische Theologie und Religionspädagogik
- Institut für Sportwissenschaft
- Lehrstuhl für Religionsgeschichte bei der Philosophischen Fakultät III
Fakultät für Geowissenschaften (bis Sept. 2007)
- Institut für Geographie
- Institut für Geologie
- Institut für Paläontologie
- Institut für Mineralogie und Kristallstrukturlehre
Graduate Schools
- Graduate School of Life Sciences
- Graduate School of the Humanities
- Graduate School of Science and Technology
Universität - Fakultätsübergreifend
- Universität Würzburg