TY  - THES
A1  - Förstner, Konrad Ulrich
T1  - Computational analysis of metagenomic data: delineation of compositional features and screens for desirable enzymes
T1  - Computergestützte Analyse von Metagenomedate: Beschreibung von kompositionellen Eigenschaften und Suchen nach gewünschten Enzymen
N2  - The topic of my doctorial research was the computational analysis of metagenomic data. A metagenome comprises the genomic information from all the microorganisms within a certain environment. The currently available metagenomic data sets cover only parts of these usually huge metagenomes due to the high technical and financial effort of such sequencing endeavors. During my thesis I developed bioinformatic tools and applied them to analyse genomic features of different metagenomic data sets and to search for enzymes of importance for biotechnology or pharmaceutical applications in those sequence collections. In these studies nine metagenomic projects (with up to 41 subsamples) were analysed. These samples originated from diverse environments like farm soil, acid mine drainage, microbial mats on whale bones, marine water, fresh water, water treatment sludges and the human gut flora. Additionally, data sets of conventionally retrieved sequence data were taken into account and compared with each other
N2  - Das Thema meiner Doktorarbeit war die bioinformatische Analyse von metagenomischen Sequenzdaten. Ein Metagenom umfasst die genomische Information aller Mikroorganismen eines Biotops. Die bisher durchgeführten metagenomische Projekte sequenzierten auf Grund des technischen und finanziellen Aufwands einer solchen Unternehmung nur kleine Teile dieser im allgemeinen sehr großen Metagenome. Im Zuge meiner Doktorarbeit, die auf solchen Sequenzierungprojekten aufbaut, wurden bioinformatische Werkzeuge entwickelt und angewandt um genomische Eigenschaften verschiedener metagenomische Datensätze zu analysieren und um biotechnologisch und pharmakologisch relevante Enzyme exemplarisch in diesen Datensätzen zu suchen. In den Analysen wurden neun publizierte, metagenomische Projektedatensammlungen (teilweise mit bis zu 41 Subproben) untersucht. Die Probem stammen von zahlreichen unterschiedlichen Habitaten wie Farmerde, sauerer Minendrainage, dem mikrobiellen Belag auf Walknochen, Meerwasser, Süßwasser, Abwasseraufbereitungssschlamm und der menschlichen Darmu flora. Zusätzlich wurden in den meisten Analysen konventionell gewonnene Sequenzdaten vergleichend hinzugezogen und analysiert.
KW  - Bioinformatik
KW  - Metagenomomanalyse
KW  - GC-Wert
KW  - Enyzme
KW  - PKS
KW  - NHase
KW  - Nitrilase
KW  - Metagenomics
KW  - GC-value
KW  - enzymes
KW  - PKS
KW  - NHase
KW  - Nitrilase
Y1  - 2008
UR  - https://opus.bibliothek.uni-wuerzburg.de/frontdoor/index/index/docId/2751
UR  - https://nbn-resolving.org/urn:nbn:de:bvb:20-opus-33577
ER  -