@article{BodemRethwilm2013,
  author    = {Bodem, Jochen and Rethwilm, Axel},
  title     = {Evolution of Foamy Viruses: The Most Ancient of All Retroviruses},
  series = {Viruses},
  journal   = {Viruses},
  doi       = {10.3390/v5102349},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-97312},
  year      = {2013},
  abstract  = {Recent evidence indicates that foamy viruses (FVs) are the oldest retroviruses (RVs) that we know and coevolved with their hosts for several hundred million years. This coevolution may have contributed to the non-pathogenicity of FVs, an important factor in development of foamy viral vectors in gene therapy. However, various questions on the molecular evolution of FVs remain still unanswered. The analysis of the spectrum of animal species infected by exogenous FVs or harboring endogenous FV elements in their genome is pivotal. Furthermore, animal studies might reveal important issues, such as the identification of the FV in vivo target cells, which than require a detailed characterization, to resolve the molecular basis of the accuracy with which FVs copy their genome. The issues of the extent of FV viremia and of the nature of the virion genome (RNA vs. DNA) also need to be experimentally addressed.},
  language  = {en}
}
@phdthesis{Muench2006,
  author    = {M{\"u}nch, Julia Eva Maria},
  title     = {Nachweis von Rekombination innerhalb des Norovirus-Capsidgens},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-28789},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2006},
  abstract  = {Diese Arbeit zeigt das Vorkommen von f{\"u}nfundzwanzig neuen Norovirusst{\"a}mmen in Deutschland und stellt ihre phylogenetischen Verwandschaftsverh{\"a}ltnisse dar. Bei zweien dieser St{\"a}mme handelte es sich um nat{\"u}rlich entstandene rekombinante Viren, deren Rekombinationsbruchpunkte innerhalb der Capsidregion lagen. Die Schnittstellen wiesen in ihrer unmittelbaren Umgebung charakteristische Eigenschaften rekombinanter Viren auf. Die Virulenz und die Antigenit{\"a}t des Erregers, sowie die Methoden der taxonomischen Zuordnung wurden in Bezug auf die Tragweite dieser Ergebnisse diskutiert. Die genetische Information f{\"u}r den Virusnachweis wurde aus 119 NV-positiven Stuhlproben von bis zu vier Jahre alten Kindern isoliert und sind in den St{\"a}dten Hamburg, Bochum, Freiburg, Erlangen und Dresden zwischen 1997 und 1998 gesammelt worden. Durch Amplifikation und Sequenzierung wurde die komplette Capsidsequenz von f{\"u}nfundzwanzig zuvor noch nicht beschriebenen NV-St{\"a}mmen ermittelt und mit Maximum-Likelihood Analysen ihre verwandschaftliche Beziehung als phylogenetischer Baum dargestellt. Durch verschiedene, zum Rekombinationsnachweis geeignete Methoden (Exploratory Tree Analysis, Similarity Plots, Splits Tree und Sawyer´s Test) wurden der Datensatz auf das Vorkommen von Rekombinationsereignissen untersucht. Splits Tree lieferte zun{\"a}chst Hinweise auf insgesamt drei rekombinante St{\"a}mme: Hamburg180/1997/GE (HH180), Hamburg137/1997/GE (HH137) und Bochum272/1987/GE (BO272). Durch die im Anschluss verwendeten Methoden (s. o.) wurden jedoch nur die zwei Erstgenannten als Mosaiksequenzen best{\"a}tigt, so dass der Stamm BO272 nicht in die Endergebnisse aufgenommen wurde. Sim Plot und Exploratory Tree Analysis ordneten den rekombinanten St{\"a}mmen die jeweiligen Parentalst{\"a}mme zu. Dem zufolge entstanden beide Rekombinanten aus Viren der NV-Genogruppe II/4, HH180 aus Hamburg189/1997/GE und Bochum024/1998/GE und HH137 aus Hamburg189/1997/GE und Hamburg139/1997/GE. Durch das Programm LARD wurden die genauen Lokalisationen der jeweiligen Rekombinationsbruchpunkte ermittelt. Diese befanden sich beim Stamm HH180 an den Sequenzpositionen 519 nt und 762 nt und beim Stamm HH137 an der Position 768 nt. Vor und nach diesen Bruchpunkten wurden Maximum-Likelihood-B{\"a}ume aus dem rekombinantem Stamm, den beiden Parentalst{\"a}mmen und einer Außengruppe erstellt. Mit hohen Boostrapwerten f{\"u}r die einzelnen Verzweigungen wechselten beide rekombinanten St{\"a}mme nach jedem Bruchpunkt ihre phylogenetische Zugeh{\"o}rigkeit zu einem anderen Parentalvirus innerhalb des konstruierten Baumes. Um beurteilen zu k{\"o}nnen, ob Noroviren generell dazu neigen, genetische Information auszutauschen, wurde die Struktur der Rekombinationsregion anaysiert und mit der Struktur von Viren, bei denen Rekombinationsereignisse geh{\"a}uft nachgewiesen werden konnten, verglichen. Beide St{\"a}mmme zeigten typische Eigenschaften von sogenannten ‚homologous recombination activators'. In Bezug auf die Genomorganisation befanden sich bei jeder Rekombinanten eine der Schnittstellen im Bereich der Protruding-Region der Capsidsequenz, in der sich vermutlich die Antik{\"o}rper-Bindungsstelle des Virus befindet. Diese Studie zeigt also im Einklang mit sp{\"a}teren Ergebnissen, dass homologe Rekombination innerhalb des NV-Capsidgens kein isoliertes Ereignis darstellt. Im Hinblick auf immunologische Bedeutung und Klassifikation wurde die Tragweite von Rekombinationsereignissen innerhalb verschiedener Genomabschnitten diskutiert und alternative L{\"o}sungen vorgeschlagen. Es ist fraglich, ob bei nat{\"u}rlichem Vorkommen von Rekombination in wahrscheinlich immunologisch bedeutsamen Regionen des Virusgenoms die Sequenzierung der Polymerase-Region zur Klassifikation ausreicht, oder ob die Verwendung der Capsidregion sinnvoller w{\"a}re.},
  subject      = {Homologe Rekombination},
  language  = {de}
}