@article{FluegelRethwilmMaureretal.1987,
  author    = {Fl{\"u}gel, Rolf M. and Rethwilm, Axel and Maurer, Bernd and Darai, Gholamreza},
  title     = {Nucleotide sequence analysis of the env gene and its flanking regions of the human spumaretrovirus reveals two novel genes},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-61509},
  year      = {1987},
  abstract  = {Recombinant clonesthat represent the 3' part ofthe genome of the human spumaretrovirus (foamy virus) were established from viral DNA and from DNA complementary to viral RNA. The recombinant clones were characterized by blot hybridizations and nucleotide sequence analysis. The deduced protein sequence of the clones at their 5' ends was found to be homologous to the 3' domain of retroviral reverse transcriptases. Downstream of a small intergerne pol-env region a long open reading frame of 985 amino acid residues was identified that according to its genomic location, size, glycosylation signals, and hydrophobicity protile closely resembles the lentiviral env genes. The spumaretroviral env gene is followed by two open reading frames, termed bel-l and bel-2 which are located between env and the long terminal repeat region. The long terminal repeat of 1259 nucleotides is preceded by a polypurine tract and contains the canonical signal sequences characteristic for transcriptional regulation of retroviruses. The provisional classitication of the spumaretrovirus subfamily is discussed.},
  subject      = {Virologie},
  language  = {en}
}
@phdthesis{Kretzschmar2008,
  author    = {Kretzschmar, Benedikt},
  title     = {AZT-Resistenz bei Foamyviren},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-30272},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2008},
  abstract  = {Azidothymidin (AZT) ist ein nukleosidischer Reverse-Transkriptase-Inhibitor (NRTI), der bei HIV-Infektionen in Kombination mit anderen antiretroviralen Substanzen eingesetzt wird. AZT zeigt dar{\"u}berhinaus auch eine gute Wirksamkeit gegen Foamyviren, eine Subfamilie der Retroviren mit charakteristischen Besonderheiten in ihrer Molekularbiologie und ihrem Replikationszyklus, deren Vertreter verschiedene Affenarten und andere S{\"a}ugetiere infizieren, wobei sie sich sowohl im jeweils nat{\"u}rlichen Wirt als auch bei seltener zuf{\"a}lliger Infektion des Menschen apathogen zeigen. In der vorliegenden Arbeit wurde das AZT-resistente Foamyvirus SFVmacAZTres untersucht, das in Anwesenheit steigender AZT-Konzentrationen in Zellkultur selektiert worden war. Hierzu wurde SFVmacAZTres zun{\"a}chst einer genotypischen Analyse unterzogen, wobei im Vergleich mit der wildtypischen Ausgangssequenz zwei Mutationen in gag und vier Mutationen in pol nachgewiesen wurden, die zu {\"A}nderungen auf Aminos{\"a}ureebene f{\"u}hrten. Mittels PCR wurden Fragmente, die alle sechs Mutationen oder nur die vier pol-Mutationen enthielten, aus der Sequenz von SFVmacAZTres amplifiziert und jeweils in einen SFVmac-Klon eingef{\"u}gt. Im weiteren Verlauf zeigte sich dabei kein Unterschied zwischen diesen beiden Konstrukten bez{\"u}glich der Replikation in Abwesenheit oder Anwesenheit von AZT, so dass gefolgert werden konnte, dass die gag-Mutationen keinen Beitrag zur AZT-Resistenz leisten. Die pol-Mutationen befanden sich s{\"a}mtlich im f{\"u}r die Reverse Transkriptase kodierenden Bereich und f{\"u}hrten zu den Aminos{\"a}uresubstitutionen K211I, I224T, S345T und E350K. An Position 224 fand sich dabei in einer ver{\"o}ffentlichten Sequenz bereits ein Threonin, so dass hier unabh{\"a}ngig von der Selektion in Anwesenheit von AZT m{\"o}glicherweise ein Polymorphismus vorliegt. Der Vergleich der vier Mutationen der RT von SFVmacAZTres mit den bei HIV bekannten Mustern an Mutationen wie den TAMs und dem Q151M-Komplex zeigte keine {\"U}bereinstimmungen. Um den jeweiligen Beitrag der vier nachgewiesenen pol-Mutationen zur AZT-Resistenz zu untersuchen, wurden sie einzeln und in Kombinationen mittels zielgerichteter Mutagenese in einen SFVmac-Klon eingef{\"u}gt und die entsprechenden Konstrukte auf ihre Replikation in Abwesenheit und Anwesenheit von 0,5 µM, 5µM und 50 µM AZT untersucht. Hierf{\"u}r wurden 293T-Zellen mit dem jeweiligen Plasmid transfiziert und nach {\"U}berpr{\"u}fung der gleichm{\"a}ßigen Expression von Gag und Pol mittels Western Blot der virushaltige {\"U}berstand auf Zielzellen gegeben und der Titer ausgez{\"a}hlt. Es konnte gezeigt werden, dass keines der Konstrukte mit Einzel , Doppel- und Dreifachmutationen eine {\"a}hnlich ausgepr{\"a}gte AZT-Resistenz wie die Vierfachmutante aufwies, allerdings einige in unterschiedlichen Ausmaß teilresistent waren, w{\"a}hrend andere weder ohne noch mit AZT gut replizierten. S345T erwies sich vor E350K als die Mutation mit dem gr{\"o}ßten Beitrag zur AZT-Resistenz, I224T erh{\"o}hte den Titer in Abwesenheit und Anwesenheit um etwa den gleichen Faktor, wohingegen sich K211I in den meisten Kombinationen eher negativ auswirkte. Der Klon, in den alle vier Mutationen mittels zielgerichteter Mutagenese eingef{\"u}hrt worden waren, zeigte die gleiche AZT-Resistenz wie das in Zellkultur selektierte Virus. Damit war gezeigt, dass diese vier Mutationen sowohl notwendig als auch hinreichend f{\"u}r die AZT-Resistenz von SFVmacAZTres sind. Die pol-Mutationen von SFVmacAZTres wurden weiterhin soweit m{\"o}glich an entsprechenden Stellen in Klon des prototypischen Foamyvirus PFV eingef{\"u}hrt, bei dem es zuvor nicht gelungen war, ein resistentes Isolat in Zellkultur zu generieren. Das PFV-Konstrukt mit den Mutationen aus SFVmacAZTres zeigte sich jedoch nicht AZT-resistent, sondern wies einen Replikationsdefekt auf. Einige HIV-Mutationen, die in den PFV-Klon eingef{\"u}gt wurden, f{\"u}hrten ebenfalls zu keiner AZT-Resistenz. Es bestehen also bez{\"u}glich AZT-Resistenz und damit gewisser Eigenschaften der Reversen Transkriptase deutliche Unterschiede zwischen PFV und SFVmac. Die durchgef{\"u}hrten Arbeiten stellen die Grundlage f{\"u}r weitere Untersuchungen dar, in denen beispielsweise dem biochemischen Mechanismus der AZT-Resistenz von SFVmacAZTres nachgegangen werden kann. Die gewonnenen Erkenntnisse k{\"o}nnen zum Verst{\"a}ndnis allgemeiner Mechanismen der NRTI-Resistenz bei Retroviren ebenso beitragen wie zur weiteren Charakterisierung der foamyviralen Reversen Transkriptase an sich.},
  subject      = {Spumaviren},
  language  = {de}
}
@phdthesis{Gaertner2008,
  author    = {G{\"a}rtner, Kathleen},
  title     = {Absch{\"a}tzung der Genauigkeit der foamyviralen Genomreplikation},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-29252},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2008},
  abstract  = {Foamyviren (FVs) sind die genetisch stabilsten Viren der Retrovirus-Familie. Dies steht im Gegensatz zur Fehlerrate, die f{\"u}r die rekombinante FV Reverse Transkriptase (RT) gefunden wurde. Um die Genauigkeit der FV Genomreplikation in vivo zu ermitteln, analysierten wir das Auftreten von Mutationen nach FV-Vektortransfer in einer einzigen Replikationsrunde. Die Sequenzanalyse von mehr als 90000 Nukleotiden ergab 39 Mutationen. Dies entspricht einer Fehlerrate von ungef{\"a}hr 4 x 10-4 pro Base und Replikationszyklus, wobei alle Mutationen Transitionen von G zu A waren. Eine schwache Expression von APOBEC-Enzymen in den vektorproduzierenden Zellen konnte als wahrscheinlichste Ursache f{\"u}r diesen Typ an Mutationen nachgewiesen werden. Das akzessorische FV Bet Protein wirkt APOBEC entgegen. Kotransfektion von Zellen mit einem bet-Expressionsplasmid resultierte in einer signifikanten Reduktion an Mutationen bei {\"u}ber 170000 zus{\"a}tzlich sequenzierten Basen. Zwei Mutationen konnten nicht der APOBEC-Aktivit{\"a}t zugeschrieben werden, deshalb postulieren wir eine idealisierte FV-Mutationsrate von angen{\"a}hert 7,5 x 10-6 pro Base und Replikationszyklus. Im Gegensatz zu in vitro-Analysen wurde nur eine einzige Deletion und keine Insertion bei mehr als 260000 sequenzierten Basen identifiziert. Die Analyse der Rekombinationsrate von FV-Vektorgenomen ergab mehr als ein zus{\"a}tzliches Template-Switching-Ereignis pro reverser Transkription. Wir konnten auch zeigen, dass ein bestimmtes FV-Partikel in der Lage zum Crosstransfer eines heterologen FV-Genoms ist, jedoch mit einer reduzierten Effizienz als bei Verwendung des homologen Vektors. Zusammenfassend zeigen unsere Ergebnisse einerseits, dass das Kopieren des FV-Genoms mit h{\"o}herer Genauigkeit geschieht als bisher angenommen, auf der anderen Seite ist Rekombination bei FV-Genomen wahrscheinlich.},
  subject      = {Retroviren},
  language  = {de}
}
@article{SchneiderCoronaSpoeringetal.2016,
  author    = {Schneider, Anna and Corona, Angela and Sp{\"o}ring, Imke and Jordan, Mareike and Buchholz, Bernd and Maccioni, Elias and Di Santo, Roberto and Bodem, Jochen and Tramontano, Enzo and W{\"o}hrl, Birgitta M.},
  title     = {Biochemical characterization of a multi-drug resistant HIV-1 subtype AG reverse transcriptase: antagonism of AZT discrimination and excision pathways and sensitivity to RNase H inhibitors},
  series = {Nucleic Acids Research},
  volume    = {44},
  journal   = {Nucleic Acids Research},
  number    = {5},
  doi       = {10.1093/nar/gkw060},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-166423},
  pages     = {2310-2322},
  year      = {2016},
  abstract  = {We analyzed a multi-drug resistant (MR) HIV-1 reverse transcriptase (RT), subcloned from a patient-derived subtype CRF02_AG, harboring 45 amino acid exchanges, amongst them four thymidine analog mutations (TAMs) relevant for high-level AZT (azidothymidine) resistance by AZTMP excision (M41L, D67N, T215Y, K219E) as well as four substitutions of the AZTTP discrimination pathway (A62V, V75I, F116Y and Q151M). In addition, K65R, known to antagonize AZTMP excision in HIV-1 subtype B was present. Although MR-RT harbored the most significant amino acid exchanges T215Y and Q151M of each pathway, it exclusively used AZTTP discrimination, indicating that the two mechanisms are mutually exclusive and that the Q151M pathway is obviously preferred since it confers resistance to most nucleoside inhibitors. A derivative was created, additionally harboring the TAM K70R and the reversions M151Q as well as R65K since K65R antagonizes excision. MR-R65K-K70R-M151Q was competent of AZTMP excision, whereas other combinations thereof with only one or two exchanges still promoted discrimination. To tackle the multi-drug resistance problem, we tested if the MR-RTs could still be inhibited by RNase H inhibitors. All MR-RTs exhibited similar sensitivity toward RNase H inhibitors belonging to different inhibitor classes, indicating the importance of developing RNase H inhibitors further as anti-HIV drugs.},
  language  = {en}
}