@phdthesis{Schramm2008,
  author    = {Schramm, Stefanie},
  title     = {{\"U}berleben und Lebensqualit{\"a}t sprechen f{\"u}r ein konservatives Therapiekonzept bei Patienten mit Magenlymphomen : Ergebnisse einer prospektiven randomisierten Studie},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-30698},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2008},
  abstract  = {Gastrointestinale Lymphome des MALT sind heute als eigenst{\"a}ndige Entit{\"a}t anerkannt. Sie zeichnen sich durch morphologische, molekularbiologische, {\"a}tiopathogenetische und biologische Besonderheiten aus, die sie von den nodalen Lymphomen abgrenzen lassen. Im Rahmen der W{\"u}rzburger Multicenterstudie „Gastrointestinale Lymphome II" soll die Frage gekl{\"a}rt werden, ob in den lokalisierten Stadien I und II prim{\"a}rer Magenlymphome unter Ber{\"u}cksichtigung der posttherapeutischen Lebensqualit{\"a}t der operativen oder einer prim{\"a}r konservativen Therapie (Chemo- oder Radiotherapie) Vorzug gegeben werden soll. Von 1998 bis 2002 wurden dazu 49 Patienten mit neu diagnostiziertem niedrig- (n=19) oder hochmalignen (n=30) NHL des Magens in die Studie eingeschlossen. Nach zentraler Randomisierung wurden die Patienten mit low grade NHL der Operation (n=10) oder der Radiotherapie (n=9) zugeteilt. Die Patienten mit high grade NHL erhielten Operation plus Chemotherapie (n=16) oder alleinige Chemotherapie (n=14). Das mediane follow up betrug 74 Monate. Sowohl das operative als auch das konservative Vorgehen zeigten bei beiden Lymphomhistologien {\"u}beraus hohe Remissionsraten in den Stadien EI und EII (CR um 90\%). Unterschiede zwischen den Behandlungsmethoden konnten, evtl. auch bedingt durch die kleinen Gruppengr{\"o}ßen, nicht nachgewiesen werden. Insgesamt verstarben sechs Patienten, die sich in etwa gleichm{\"a}ßig auf die Gruppen verteilten. Die Auswertung der Frageb{\"o}gen zur Lebensqualit{\"a}t ergab gem{\"a}ß SF-36 durchaus hohe Werte zur posttherapeutischen Lebensqualit{\"a}t. Eine Differenzierung der Patienten nach Behandlungsmethode oder Malignit{\"a}tsgrad (low, high grade) war nicht m{\"o}glich. Der Lebensqualit{\"a}tsindex nach Troidl ließ einen pr{\"a}-post-therapeutischen Vergleich zu: Betrachtet man die Kombination von Therapie und Malignit{\"a}tsgrad, so fallen konservativ therapierte Patienten (unabh{\"a}ngig vom Malignit{\"a}tsgrad) durch deutlich ansteigende Lebensqualit{\"a}t auf. Es l{\"a}sst sich festhalten, dass bei prim{\"a}r gastrointestinalen Lymphomen sowohl mit operativem als auch konservativem Vorgehen hohe Remissionsraten erzielt werden k{\"o}nnen. Jedoch sind im Hinblick auf Organerhalt und die h{\"o}here post-therapeutische Lebensqualit{\"a}t die prim{\"a}re Radio- und/oder Chemotherapie dem operativen Vorgehen vorzuziehen.},
  subject      = {Non-Hodgkin-Lymphom},
  language  = {de}
}
@phdthesis{Engelmann2008,
  author    = {Engelmann, Julia Cath{\´e}rine},
  title     = {DNA microarrays: applications and novel approaches for analysis and interpretation},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-29747},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2008},
  abstract  = {In der vorliegenden Dissertation wird die Entwicklung eines phylogenetischen DNA Microarrays, die Analyse von mehreren Microarray-Genexpressionsdatens{\"a}tzen und neue Ans{\"a}tze f{\"u}r die Datenanalyse und Interpretation der Ergebnisse vorgestellt. Die Entwicklung und Analyse der Daten eines phylogenetischen DNA Microarrays wird in der ersten Publikation dargestellt. Ich konnte zeigen, dass die Spezies-Detektion mit phylogenetischen Microarrays durch die Datenanalyse mit einem linearen Regressionsansatz signifikant verbessert werden kann. Standard-Methoden haben bislang nur Signalintensit{\"a}ten betrachtet und eine Spezies als an- oder abwesend bezeichnet, wenn die Signalintensit{\"a}t ihres Messpunktes oberhalb eines willk{\"u}rlich gesetzten Schwellenwertes lag. Dieses Verfahren ist allerdings aufgrund von Kreuz-Hybridisierungen nicht auf sehr nah verwandte Spezies mit hoher Sequenzidentit{\"a}t anwendbar. Durch die Modellierung des Hybridisierungs und Kreuz-Hybridisierungsverhaltens mit einem linearen Regressionsmodell konnte ich zeigen, dass Spezies mit einer Sequenz{\"a}hnlichkeit von 97\% im Markergen immer noch unterschieden werden k{\"o}nnen. Ein weiterer Vorteil der Modellierung ist, dass auch Mischungen verschiedener Spezies zuverl{\"a}ssig vorhergesagt werden k{\"o}nnen. Theoretisch sind auch quantitative Vorhersagen mit diesem Modell m{\"o}glich. Um die großen Datenmengen, die in {\"o}ffentlichen Microarray-Datenbanken abgelegt sind besser nutzen zu k{\"o}nnen, bieten sich Meta-Analysen an. In der zweiten Publikation wird eine explorative Meta-Analyse auf Arabidopsis thaliana-Datens{\"a}tzen vorgestellt. Mit der Analyse verschiedener Datens{\"a}tze, die den Einfluss von Pflanzenhormonen, Pathogenen oder verschiedenen Mutationen auf die Genexpression untersucht haben, konnten die Datens{\"a}tze anhand ihrer Genexpressionsprofile in drei große Gruppen eingeordnet werden: Experimente mit Indol-3-Essigs{\"a}ure (IAA), mit Pathogenen und andere Experimente. Gene, die charakteristisch f{\"u}r die Gruppe der IAA-Datens{\"a}tze beziehungsweise f{\"u}r die Gruppe der Pathogen-Datens{\"a}tze sind, wurden n{\"a}her betrachtet. Diese Gene hatten Funktionen, die bereits mit Pathogenbefall bzw. dem Einfluss von IAA in Verbindung gebracht wurden. Außerdem wurden Hypothesen {\"u}ber die Funktionen von bislang nicht annotierten Genen aufgestellt. In dieser Arbeit werden auch Prim{\"a}ranalysen von einzelnen Arabidopsis thaliana Genexpressions-Datens{\"a}tzen vorgestellt. In der dritten Publikation wird ein Experiment beschrieben, das durchgef{\"u}hrt wurde um herauszufinden ob Mikrowellen-Strahlung einen Einfluss auf die Genexpression einer Zellkultur hat. Dazu wurden explorative Analysemethoden angewendet. Es wurden geringe aber signifikante Ver{\"a}nderungen in einer sehr kleinen Anzahl von Genen beobachtet, die experimentell best{\"a}tigt werden konnten. Die Funktionen der regulierten Gene und eine Meta-Analyse mit {\"o}ffentlich zug{\"a}nglichen Datens{\"a}tzen einer Datenbank deuten darauf hin, dass die pflanzliche Zellkultur die Strahlung als eine Art Energiequelle {\"a}hnlich dem Licht wahrnimmt. Des weiteren wird in der vierten Publikation die funktionelle Analyse eines Arabidopsis thaliana Genexpressionsdatensatzes beschrieben. Die Analyse der Genexpressions eines pflanzlichen Tumores zeigte, dass er seinen Stoffwechsel von aerob und auxotroph auf anaerob und heterotroph umstellt. Gene der Photosynthese werden im Tumorgewebe reprimiert, Gene des Aminos{\"a}ure- und Fettstoffwechsels, der Zellwand und Transportkan{\"a}le werden so reguliert, dass Wachstum und Entwicklung des Tumors gef{\"o}rdert werden. In der f{\"u}nften Publikation in dieser Arbeit wird GEPAT (Genome Expression Pathway Analysis Tool) beschrieben. Es besteht aus einer Internet- Anwendung und einer Datenbank, die das einfache Hochladen von Datens{\"a}tzen in die Datenbank und viele M{\"o}glichkeiten der Datenanalyse und die Integration anderer Datentypen erlaubt. In den folgenden zwei Publikationen (Publikation 6 und Publikation 7) wird GEPAT auf humane Microarray-Datens{\"a}tze angewendet um Genexpressionsdaten mit weiteren Datentypen zu verkn{\"u}pfen. Genexpressionsdaten und Daten aus vergleichender Genom-Hybridisierung (CGH) von prim{\"a}ren Tumoren von 71 Mantel-Zell-Lymphom (MCL) Patienten erm{\"o}glichte die Ermittlung eines Pr{\"a}diktors, der die Vorhersage der {\"U}berlebensdauer von Patienten gegen{\"u}ber herk{\"o}mmlichen Methoden verbessert. Die Analyse der CGH Daten zeigte, dass auch diese f{\"u}r die Vorhersage der {\"U}berlebensdauer geeignet sind. F{\"u}r den Datensatz von Patienten mit großzellig diffusem B-Zell-Lymphom DLBCL konnte aus den Genexpressionsdaten ebenfalls ein neuer Pr{\"a}diktor vorgeschlagen werden. Mit den zwischen lang und kurz {\"u}berlebenden Patienten differentiell exprimierten Genen der MCL Patienten und mit den Genen, die zwischen den beiden Untergruppen von DLBCL reguliert sind, wurden Interaktionsnetzwerke gebildet. Diese zeigen, dass bei beiden Krebstypen Gene des Zellzyklus und der Proliferation zwischen Patienten mit kurzer und langer {\"U}berlebensdauer unterschiedlich reguliert sind.},
  subject      = {Microarray},
  language  = {en}
}
@phdthesis{Jehn2008,
  author    = {Jehn, Philipp},
  title     = {Genetische Charakterisierung von Mantelzell-Lymphomen mittels komparativer genomischer Hybridisierung},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-28958},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2008},
  abstract  = {Mantelzell-Lymphome geh{\"o}ren mit einem Anteil von ca. 5-10 \% der B-Zellneoplasien zu den aggressiven lymphatischen Tumoren und sind, neben der histologisch-morphologischen und klinischen Pr{\"a}sentation, in der {\"u}berwiegenden Mehrzahl der F{\"a}lle durch eine chromosomale Translokation t(11;14) sowie die Expression der Oberfl{\"a}chenmarker CD5, CD20 und Cyclin D1 gekennzeichnet (sog. Cyclin D1-posive Tumoren). Bei einigen fehlt jedoch eine Expression von Cyclin D1 (sog. Cyclin D1-negative Tumoren). Gegenstand der vorliegenden Arbeit war die genetische Charakterisierung von 77 Mantellzell-Lymphomen mittels komparativer genomischer Hybridisierung, die Detektion vorhandener chromosomaler Imbalanzen sowie der Vergleich beider Gruppen bez{\"u}glich ihrer Aberrationsmuster.},
  subject      = {Non-Hodgkin-Lymphom},
  language  = {de}
}
@phdthesis{Metzger2008,
  author    = {Metzger, Alexandra},
  title     = {Molekulargenetische Charakterisierung tumorigener Chromosomenaberrationen in extranodalen Marginalzonenlymphomen vom MALT-Typ der Lunge},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-28676},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2008},
  abstract  = {MALT-Lymphome der Lunge geh{\"o}ren als extranodale Marginalzonen-B-Zell-Lymphomen zu den malignen Non-Hodgkin-Lymphomen. Zahlreiche Untersuchungen haben gezeigt, dass rekurrenten genetischen Translokationen eine wichtige Rolle bei der Tumorgenese zukommt. Eine zentrale Rolle nimmt die Aktivierung des Transkriptionsfaktors NFkappaB ein, die Folge solcher rekurrenter Translokationen (z.B. t(11;18)(q21;q21), t(14;18)(q32;q21), t(1;14)(p22;q32)) und numerischer Chromosomenaberrationen (Trisomie 3, Trisomie 18) ist. In der vorliegenden Arbeit haben wir 60 F{\"a}lle extranodaler Marginalzonen-B-Zell-Lymphome der Lunge bez{\"u}glich der genannten genetischen Translokationen untersucht. Es ist dies die gr{\"o}ßte bisher in der Literatur beschriebene Serie von MALT-Lymphomen in dieser Lokalisation. Die Untersuchung der t(11;18) ergab in der vorliegenden Arbeit eine geringere H{\"a}ufigkeit als in der Literatur beschrieben, wobei zu ber{\"u}cksichtigen ist, dass die bisher vorgestellten Studien deutlich geringere Fallzahlen aufwiesen. Bez{\"u}glich der Translokationen t(14;18), t(1;14), t(3;14) und der Trisomie 3 waren in der vorliegenden Studie {\"a}hnliche H{\"a}ufigkeiten zu finden, wie sie in der Literatur beschrieben sind. Als m{\"o}glichen alternativen Aktivierungsweg des Zellzyklus zeigte sich in dieser Studie neben den genannten Translokationen sowohl eine Trisomie 3 als auch eine Amplifikation der Genkopienzahl von MALT1. Im Vergleich der genetischen und immunhistochemischen Ergebnisse bez{\"u}glich der FOXP1- und der BCL10-Expression zeigte sich f{\"u}r FOXP1 eine hohe Korrelation zwischen immunhistologischer Expression und genetischem Nachweis einer Genaktivierung, w{\"a}hrend f{\"u}r BCL10 eine starke Diskrepanz bez{\"u}glich Sensitivit{\"a}t und Spezifit{\"a}t gefunden wurde, so dass die immunhistologische Analyse nur einen Hinweis auf das Vorliegen einer genetischen Translokation zu geben vermag, aber nicht als Surrogatmarker zu verwenden ist.},
  subject      = {Chromosomenaberration},
  language  = {de}
}