@article{NguyenKerstenSenmaoetal.2015,
  author    = {Nguyen, Duy Ba and Kersten, Clauss and Senmao, Cao and Vahid, Naeimi and Kuenzer, Claudia and Wagner, Wolfgang},
  title     = {Mapping Rice Seasonality in the Mekong Delta with Multi-Year Envisat ASAR WSM Data},
  series = {Remote Sensing},
  volume    = {7},
  journal   = {Remote Sensing},
  number    = {12},
  doi       = {10.3390/rs71215808},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-137554},
  pages     = {15868-15893},
  year      = {2015},
  abstract  = {Rice is the most important food crop in Asia, and the timely mapping and monitoring of paddy rice fields subsequently emerged as an important task in the context of food security and modelling of greenhouse gas emissions. Rice growth has a distinct influence on Synthetic Aperture Radar (SAR) backscatter images, and time-series analysis of C-band images has been successfully employed to map rice fields. The poor data availability on regional scales is a major drawback of this method. We devised an approach to classify paddy rice with the use of all available Envisat ASAR WSM (Advanced Synthetic Aperture Radar Wide Swath Mode) data for our study area, the Mekong Delta in Vietnam. We used regression-based incidence angle normalization and temporal averaging to combine acquisitions from multiple tracks and years. A crop phenology-based classifier has been applied to this time series to detect single-, double- and triple-cropped rice areas (one to three harvests per year), as well as dates and lengths of growing seasons. Our classification has an overall accuracy of 85.3\% and a kappa coefficient of 0.74 compared to a reference dataset and correlates highly with official rice area statistics at the provincial level (R-2 of 0.98). SAR-based time-series analysis allows accurate mapping and monitoring of rice areas even under adverse atmospheric conditions.},
  language  = {en}
}
@phdthesis{Tran2011,
  author    = {Tran, Nam Binh},
  title     = {Climate change assessment in Southeast Asia and implications for agricultural production in Vietnam},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-64570},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2011},
  abstract  = {Seit vielen Jahren ist die Erforschung von Klimawandel und -schwankungen das zentrale Thema der Klimatologie. Besonderes deutlich wird dies anhand der IPCC-Berichte, ebenso wie der zahlreichen Einzelstudien zur Entwicklung des Klimas auf unterschiedlichsten raum-zeitlichen Skalen. Insbesondere seit den 1980er Jahren befassen sich zahlreiche Forschungsgruppen weltweit mit der systematischen Sammlung, Aufbereitung und auch Auswertung von Klimadaten. Diese Datengrundlage erlaubt Analysen zur Entwicklung der globalen Lufttemperatur, des Niederschlags und anderer Klimaelemente (Jones et al., 1986; Hansen und Lebedeff, 1987; Vinnikov et al., 1987, 1990). Das wichtigste {\"u}bergreifende Ergebnis dieser Untersuchungen ist die Feststellung einer globalen Erw{\"a}rmung w{\"a}hrend des 20. Jahrhunderts, die sich in den beiden letzten Jahrzehnten besonders intensivierte. Absch{\"a}tzungen {\"u}ber die Art und St{\"a}rke des Klimawandels auf gr{\"o}ßeren, planungsrelevanten Massst{\"a}ben sind jedoch nach wie vor mit großen Unsicherheiten verbunden. F{\"u}r eine detailliertere Erforschung der Auswirkungen der globalen Erw{\"a}rmung auf regionaler oder gar lokaler Ebene besteht daher noch großer Forschungsbedarf. In dieser Dissertation wird zu diesem Zweck ein statistischer Ansatz verfolgt. Dieser erlaubt die Identifikation systematischer Unterschiede zwischen den Auspr{\"a}gungen klimatologischer Feldgr{\"o}ßen (bodennahe Lufttemperatur und Niederschlag) wie sie von sogenannten General Circulation Models (GCMs) simuliert werden im Vergleich zu den betreffenden Parametern aus Beobachtungsdaten. Als Beobachtungsdaten werden die NCEP Reanalysen, die statistisch interpolierten Datens{\"a}tze der CRU sowie Stationsdaten aus Vietnam verwendet. Hierbei zeigt sich, dass die aktuellen Klimamodelle die r{\"a}umlichen Muster der betrachteten Variablen in befriedigender Weise reproduzieren. Die Analyse des regionalen Klimawandels in S{\"u}dost-Asien erfolgt durch die Auswertung von Klimamodellrechnungen. Diese wurden von verschiedenen GCMs durchgef{\"u}hrt, wobei unterschiedliche Annahmen {\"u}ber die zuk{\"u}nftigen Treibhausgasemissionen ber{\"u}cksichtigt wurden. Der Fokus dieser Dissertation ist die Analyse der projizierten zeitlichen Entwicklung von bodennaher Temperatur und Niederschlag im 21. Jahrhundert. Hierbei werden sowohl j{\"a}hrliche als auch saisonale Mittelwerte bzw. Summen ber{\"u}cksichtigt. Neben diesen rein physikalisch-klimatologischen Betrachtungen behandelt diese Dissertation auch einen angewandten Aspekt, n{\"a}mlich den Impakt des Klimawandels auf die Landwirtschaft, exemplarisch untersucht am Beispiel Vietnams. F{\"u}r die Absch{\"a}tzung der Vulnerabilit{\"a}t dieses essentiellen Wirtschaftsbereiches wird ein statistisches Modell entwickelt in das an klimatischen Parametern die bodennahe temperatur sowie der Niederschlag einfliessen. Diese Untersuchung leistet damit einen wichtigen Beitrag zum Wissenstand {\"u}ber die Auswirkungen des Klimawandels in den niederen Breiten. Die sozio-{\"o}konomische Entwicklung jedes Staates der Erde wird von den Folgen des Klimawandels beeinflusst, allerdings variiert der Grad der Beeintr{\"a}chtigung erheblich. Vermutlich werden Entwicklungsl{\"a}nder wie Vietnam die Auswirkungen des Klimawandels besonders stark zu sp{\"u}ren bekommen. Die Ursachen f{\"u}r diese hohe Vulnerabilit{\"a}t liegen unter anderem in der Wirtschaftsstruktur: der allgemein hohe Stellenwert nat{\"u}rlicher Ressourcen und eine geringe Diversit{\"a}t verringern hier die M{\"o}glichkeiten zur Adaption an die beobachteten und projizierten Ver{\"a}nderungen. Die vorliegende Dissertation gliedert sich wie folgt: In Kapitel 1 stellt eine allgemeine Einf{\"u}hrung zur Thematik dar. Die Begriffe Klima und Klimawandel sowie einige {\"u}bliche Modelle zum Klimawandel, verbunden mit einer Abw{\"a}gung der spezifischen Vor- und Nachteile, werden erl{\"a}utert. Kapitel 2 besch{\"a}ftigt sich mit der Methodik. Hier werden die r{\"a}umliche Interpolation sowie die angewendeten explorativen und inferentiellen statistischen Verfahren diskutiert. Die Kapitel 3 und 4 beschreiben die Datengrundlage und die betrachtete Region. Im Kapitel 5 werden die Untersuchungsergebnisse dargelegt. In Kapitel 6 erfolgt die Abschlussbetrachtung und ein Ausblick auf die Zukunft. Am Ende der Dissertation finden sich die verwendeten Quellen sowie ein Appendix mit landwirtschaftlichen Daten.},
  subject      = {Klima{\"a}nderung},
  language  = {en}
}
@phdthesis{VuXuan2008,
  author    = {Vu Xuan, Nghia},
  title     = {Generation of tools to investigate Chikungunya virus},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-28993},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2008},
  abstract  = {CHIKV is the prototype of Alphaviruses and it causes an acute febrile illness with rash, severely painful arthralgias, and sometimes arthritis. While CHIKV has first been identified in the 1950s in Africa, recent outbreaks of CHIKV in the islands of the Indian Ocean and particular in Italia have re-drawn attention to CHIKV. In the past CHIKV disease was considered self-limiting and non-fatal. However, a number of deaths on Reunion (Anonym, 2006) during the outbreak, which was affected directly or indirectly by CHIKV, have changed this view. To defeat CHIKV outbreaks diagnostic tools and anti CHIKV therapies are urgently needed. In this thesis, we generated tools to investigate CHIKV at the molecular level by serological tests. CHIKV was isolated from a German woman who was infected during her holidays on the Mauritius Island. To characterize this viral isolate the complete viral genome was amplified by PCR and molecular cloned. In order to analyse antibody responses of infected individuals some of the structural and non-structural genes were subcloned in bacterial expression vectors. The NSP2, proteinase, capsid, E1 and E2 were subsequently expressed in E.coli using purified successfully. In this thesis, the structural proteins were used to develop a screening test for anti-CHIKV antibodies in patient derived serum samples. These tests were evaluated with pre-characterized anti-CHIKV sera (30 samples) obtained from the BNI Hamburg and 100 serum samples from German blood donors used as negative controls. Immunoblotting analysis revealed that up to 77\% of precharacterised positive sera could recognize the recombinant proteins and there were no detectable reactivity of CHIKV-negative German donor sera. The recombinant proteins were also recognized by 71.4\% of positive sera in the newly established ELISA. In order to go further in analyses of the results, an in house IFA was performed. Positive sera (21 samples) were used. The results showed that all of them reacted positive, but this assay was less sensitive than the IFA from BNI. In comparison with the IFA result from BNI Hamburg, the results were not congruent in all test performed. This could be due to various drawbacks of the tests. A cross reaction in Alphaviruses and the different strains are mentioned as well as the denatured forms of the structural proteins. Besides the main structural proteins (E1, E2 and C), other proteins such as non-structural proteins, uncleaved precursor proteins could participate in the different outcomes of serological assays. In order to go further in the CHIKV diagnoses, the CHIKV recombinant proteins were applied to screen the anti-CHIKV antibodies in the Vietnamese population, who are considered to live in the high risk regions. In serological tests, 158 sera of Vietnamese donors were incubated with the recombinant proteins or the fixed CHIKV infected cells. The results showed that 24\% of Vietnamese donor sera recognized the recombinant proteins in immunoblot assay, while 36\% scored positive in the ELISA assay. In IFA, the sera considered positive were 11.4\%. While some discrepancies in serological tests were found, these results showed that the ratio of CHIKV-positive sera seem to be equal to the other regions in the world, which are affected by CHIKV. It is suggested that CHIKV infection in Vietnam has been repeatedly misdiagnosed. This study cohort consisted only of samples originating from Hanoi area of Northern Vietnam, thus, future studies should expand to include samples from other Vietnam areas. To do this the various subtypes of the virus in the different regions should be isolated and the sequences of these viruses should be well characterized.},
  subject      = {Viren},
  language  = {en}
}