@phdthesis{Appold2015,
  author    = {Appold, Christian},
  title     = {Symbolische BDD-basierte Modellpr{\"u}fung asynchroner nebenl{\"a}ufiger Systeme},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-137029},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2015},
  abstract  = {Today, information and communication systems are ubiquitous and consist very often of several interacting and communicating components. One reason is the widespread use of multi-core processors and the increasing amount of concurrent software for the efficient usage of multi-core processors. Also, the dissemination of distributed emergent technologies like sensor networks or the internet of things is growing. Additionally, a lot of internet protocols are client-server architectures with clients which execute computations in parallel and servers that can handle requests of several clients in parallel. Systems which consist of several interacting and communicating components are often very complex and due to their complexity also prone to errors. Errors in systems can have dramatic consequenses, especially in safety-critical areas where human life can be endangered by incorrect system behavior. Hence, it is inevitable to have methods that ensure the proper functioning of such systems. This thesis aims on improving the verifiability of asynchronous concurrent systems using symbolic model checking based on Binary Decision Diagrams (BDDs). An asynchronous concurrent system is a system that consists of several components, from which only one component can execute a transition at a time. Model checking is a formal verification technique. For a given system description and a set of desired properties, the validity of the properties for the system is decided in model checking automatically by software tools called model checkers. The main problem of model checking is the state-space explosion problem. One approach to reduce this problem is the use of symbolic model checking. There, system states and transitions are not stored explicitely as in explicit model checking. Instead, in symbolic model checking sets of states and sets of transitions are stored and also manipulated together. The data structure which is used in this thesis to store those sets are BDDs. BDD-based symbolic model checking has already been used successful in industry for several times. Nevertheless, BDD-based symbolic model checking still suffers from the state-space explosion problem and further improvements are necessary to improve its applicability. Central operations in BDD-based symbolic model checking are the computation of successor and predecessor states of a given set of states. Those computations are called image computations. They are applied repeatedly in BDD-based symbolic model checking to decide the validity of properties for a given system description. Hence, their efficient execution is crucial for the memory and runtime requirements of a model checker. In an image computation a BDD for a set of transitions and a BDD for a set of states are combined to compute a set of successor or predecessor states. Often, also the size of the BDDs to represent the transition relation is critical for the successful use of model checking. To further improve the applicability of symbolic model checking, we present in this thesis new data structures to store the transition relation of asynchronous concurrent systems. Additionally, we present new image computation algorithms. Both can lead to large runtime and memory reductions for BDD-based symbolic model checking. Asynchronous concurrent systems often contain symmetries. A technique to exploit those symmetries to diminish the state-space explosion problem is symmetry reduction. In this thesis we also present a new efficient algorithm for symmetry reduction in BDD-based symbolic model checking.},
  subject      = {Programmverifikation},
  language  = {de}
}
@phdthesis{Malik2017,
  author    = {Malik, Michelle Uta},
  title     = {Schockraumaufnahme schwerverletzter oder kritisch kranker Patienten - gesch{\"a}tzte und tats{\"a}chliche Eintreffzeit im Vergleich. Eine Untersuchung zur Analyse der Prozessqualit{\"a}t des Alarmierungsalgorithmus},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-155801},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2017},
  abstract  = {Hintergrund: Die tats{\"a}chliche Ankunftszeit von schwerverletzten oder kritisch kranken Patienten im Schockraum einer Klinik stimmt nicht immer mit der von der Rettungsleitstelle angek{\"u}ndigten Ankunftszeit {\"u}berein. Im Rahmen einer retrospektiven Analyse an einem deutschen {\"u}berregionalen Traumazentrum wurde untersucht, ob der dortige Alarmierungsalgorithmus geeignet ist, Zeitabweichungen in der Patientenankunft zu kompensieren. Methode: Die Datenanalyse erfolgte retrospektiv. Es wurde die Differenz zwischen angek{\"u}ndigter und tats{\"a}chlicher Eintreffzeit aller {\"u}ber das Schockraumtelefon angek{\"u}ndigten und im Schockraum aufgenommenen Patienten von September 2010 bis M{\"a}rz 2011 ermittelt. Die Teamalarmierung erfolgte 10 Minuten vor angek{\"u}ndigter Patientenankunft. Ergebnisse: In die Untersuchung wurden 165 Patienten eingeschlossen. Bei 11\% aller Patienten und bei 9\% der prim{\"a}r {\"u}ber den Schockraum aufgenommenen Traumapatienten stimmten angek{\"u}ndigte und tats{\"a}chliche Ankunftszeit {\"u}berein. In 24\% aller F{\"a}lle lag die tats{\"a}chliche Ankunftszeit des Patienten vor der angek{\"u}ndigten Ankunftszeit. 3\% des gesamten Patientenkollektives und 0\% aus der Gruppe der schwer betroffenen Traumapatienten kamen vor der Teamversammlung im Schockraum an. Zu Wartezeiten des Teams von {\"u}ber 20 Minuten kam es in 9\% aller F{\"a}lle. Schlussfolgerung: Bei einer Teamalarmierung 10 Minuten vor angek{\"u}ndigter Ankunftszeit kann eine vollst{\"a}ndige Versammlung des Schockraumteams vor Ankunft des Patienten in 97\% aller F{\"a}lle erreicht werden. Gleichzeitig resultieren akzeptable Wartezeiten f{\"u}r das Team.},
  subject      = {Polytrauma},
  language  = {de}
}
@phdthesis{Memmel2019,
  author    = {Memmel, Simon},
  title     = {Automatisierte Algorithmen zur Analyse der Migration und der strahleninduzierten DNA-Sch{\"a}den humaner Glioblastomzellen nach kombinierter PI3K/mTOR/Hsp90-Inhibierung},
  doi       = {10.25972/OPUS-18571},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-185710},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2019},
  abstract  = {Das hohe invasive Potential und die starke Resistenz gegen Radio-/Chemotherapie von Glioblastoma multiforme (GBM) Zellen machen sie zu dem t{\"o}dlichsten Tumor ihrer Art. Es ist deshalb von großem Interesse die Grundlagen, welche der Migrationsf{\"a}higkeit und DNA Reparatur zu Grunde liegen, besser zu verstehen. Im ersten Teil dieser Arbeit wurden zwei Algorithmen zur automatischen Analyse der Migration in der Einzelzellverfolgung und im Wundheilungsassay modifiziert. Die Auswertung der Daten konnte automatisch und somit schnell, effektiv und mit geringerem Arbeitsaufwand durchgef{\"u}hrt werden. Mit Hilfe dieser automatischen Algorithmen wurde die Migrationsf{\"a}higkeit von zwei GBM-Zelllinien (DK-MG und SNB19) untersucht. Zus{\"a}tzlich wurde die konfokale Laserscanning- sowie die hochaufl{\"o}sende dSTORM-Fluoreszenzmikroskopie verwendet um die, der Zellbewegung zu Grunde liegende, Struktur des F Aktin und der fokalen Adh{\"a}sionskinase (FAK) aufzul{\"o}sen und darzustellen. Unter Anwendung dieser genannten Methoden sind die Effekte des dualen PI3K/mTOR Inhibitors PI-103 alleine und in Kombination mit dem Hsp90 Inhibitor NVP AUY922 mit und ohne Bestrahlung auf die Bewegung untersucht worden. Es konnte festgestellt werden, dass sich beide Zelllinien deutlich in ihrem migratorischem Potential in vitro unterscheiden und zudem auch markante Unterschiede in ihrer Morphologie aufweisen. Die weniger invasiven DK MG-Zellen besitzen eine polarisierte Zellstruktur, wohingegen SNB19-Zellen sich durch multipolare ungerichtete Bewegung auszeichneten. Zudem wurde die Migration, durch PI3K/mTOR Inhibition mit PI-103 bei den DK-MG-Zellen (p53 wt, PTEN wt), sehr effektiv unterdr{\"u}ckt. Wohingegen sich die SNB19-Zellen (p53 mut, PTEN mut) resistent gegen diesen Inhibitor zeigten. Hsp90 Inhibition offenbarte in beiden Zelllinien einen starken inhibitorischen Effekt auf die Migration der Zellen sowie die Reorganisierung des F Aktinskelettes. In der zweiten H{\"a}lfte dieser Arbeit wurde ein Augenmerk auf die DNA-DSB-Reparatur der GBM Zellen nach ionisierender Strahlung gelegt. Zun{\"a}chst wurde eine automatische Analysesoftware „FocAn-3D" entwickelt, mit dessen Hilfe die DNA Doppelstrangbruchreparaturkinetik untersucht werden sollte. Diese Software erm{\"o}glicht es die gesamten Zellkerne mit ihren γH2AX-Foci in 3D-cLSM-Aufnahmen zu untersuchen. Es konnte somit eine Verbesserung der Genauigkeit in der Ausz{\"a}hlung der γH2AX-Foci erreicht werden, welche 2D beschr{\"a}nkter Software verwehrt bleibt. Mit FocAn-3D konnte der gesamte Verlauf der Induktions- und Abbauphase der γH2AX-Foci in DK MG- und SNB19-Zellen mit einem mathematischen Modell ausgewertet und dargestellt werden. Des Weiteren wurde die Nanometerstruktur von γH2AX- und pDNA-PKcs-Foci mittels hochaufl{\"o}sender dSTORM-Mikroskopie untersucht. Konventionelle Mikroskopiemethoden, begrenzt durch das Beugungslimit und einer Aufl{\"o}sung von ~200 nm, konnten die Nanometerstruktur (<100 nm) der Reparaturfoci bisher nicht darstellen. Mit Hilfe der beugungsunbegrenzten dSTORM-Mikroskopie war es m{\"o}glich in DK MG- und SNB19-Zellen die Nanometerstruktur genannten Reparaturproteine in den Foci mit einer Aufl{\"o}sung von bis zu ~20 nm darzustellen. γH2AX-Foci zeigten sich als eine Verteilung aus einzelnen Untereinheiten („Nanofoci") mit einem Durchmesser von ~45 nm. Dies l{\"a}sst die Vermutung zu, dass es sich hier um die elementare Substruktur der Foci und somit der γH2AX enthaltenen Nukleosome handelt. DNA-PK-Foci wiesen hingegen eine diffusere Verteilung auf. Die in dieser Arbeit ermittelten Unterschiede im Migrationsverhalten der Zellen rechtfertigen eine weitere pr{\"a}klinische Untersuchung der verwendeten Inhibitoren als potentielle Zelltherapeutika f{\"u}r die Behandlung von GBM. Zudem konnte sich dSTORM als machtvolles Hilfsmittel, sowohl zur Analyse der Migration zugrundeliegenden Zytoskelettstruktur und der Effekte der Hsp90 Inhibierung, als auch, der Nanostruktur der DNA-DSB-Reparaturfoci herausstellen. Es ist anzunehmen, dass beugungsunbegrenzte Mikroskopiemethoden sich als bedeutende Werkzeuge in der medizinischen und biologischen Erforschung der DNA-Reparaturmechanismen herausstellen werden. Das in dieser Arbeit entwickelte ImageJ Plugin „FocAn-3D" bewies sich ebenfalls als ein vielversprechendes Werkzeug f{\"u}r die Analyse der Reparaturkinetik. Mit Hilfe von „FocAn-3D" sollte es somit m{\"o}glich sein u.a. den Einfluss gezielter Inhibition auf den zeitlichen Verlauf der Induktion und des Abbaus der DNA-Reparaturmaschinerie genauer zu studieren.},
  subject      = {Glioblastom},
  language  = {de}
}