@phdthesis{Frank2010, author = {Frank, Astrid Christina}, title = {Untersuchungen zur Verbreitung von Pathogenit{\"a}tsinseln unter pathogenen Escherichia coli}, url = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-54111}, school = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg}, year = {2010}, abstract = {Die Ergebnisse dieser Arbeit zeigen erstmals die weite Verbreitung des IS100 innerhalb der Spezies E. coli und große {\"A}hnlichkeiten bez{\"u}glich der chromosomalen Lokalisationen einzelner Kopien in einem heterogenen Kollektiv von E. coli-St{\"a}mmen.}, subject = {Escherichia coli}, language = {de} } @phdthesis{Langenhan2005, author = {Langenhan, Ronny}, title = {Identifizierung immunodominanter antigener Strukturen von Methicillin-resistenten Staphylococcus aureus (MRSA) mit Hilfe einer Expressionsgenbank}, url = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-13719}, school = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg}, year = {2005}, abstract = {Infektionen durch MRSA k{\"o}nnen aufgrund der zunehmenden Therapieresistenz der Erreger ernsthafte Verl{\"a}ufe zeigen. Daher ist die Entwicklung alternativer Behandlungsstrategien ein Ziel der aktuellen Infektionsforschung. Ein vielversprechender Ansatz liegt in der Verwendung pathogenspezifischer, monoklonaler Antik{\"o}rper gegen immunodominante Antigene der Erreger. Durch die Fortschritte in der Genomforschung der vergangenen Jahre ist nun die Analyse der Gesamtheit der Pathogenit{\"a}tsfaktoren eines bakteriellen Erregers m{\"o}glich. Durch eine funktionelle Genomanalyse mit Hilfe immunologischer Detektionssysteme k{\"o}nnen antigene Bakterienzellstrukturen identifiziert werden. Daraus abgeleitete Targetstrukturen sollen die Grundlage bilden f{\"u}r die Entwicklung spezifischer humaner Antik{\"o}rper, die in alternativen Therapieans{\"a}tzen zus{\"a}tzlich zur antimikrobiellen Chemotherapie zuk{\"u}nftig an Bedeutung gewinnen werden. In der vorliegenden Arbeit wurde eine Expressionsgenbank eines MRSA-Stammes hergestellt und mittels Patientenseren nach immunodominanten Antigenen gesucht. Die aus einem Partialverdau der genomischen DNA gewonnenen Fragmente wurden in einen Expressionsvektor kloniert. Die so hergestellte Genbank des ausgew{\"a}hlten MRSA-Stammes A 134 umfasst ca. 10000 Klone. Ein vergleichendes Screening der Genbank erfolgte mit dem Serum eines Patienten mit einer MRSA-Sepsis und mit dem Serum einer negativen Kontrollperson. Die DNA-Inserts der immunoreaktiven Klone wurden sequenziert und durch Datenbankvergleiche identifiziert. Die Ergebnisse dieser Arbeit zeigen deutlich, dass der gew{\"a}hlte Ansatz geeignet ist, um immunodominante Antigene, die w{\"a}hrend einer Sepsis exprimiert werden, zu identifizieren. Die in der vorliegenden Arbeit gefundenen putativen immunodominanten Antigenstrukturen umfassen ein Holin, die Amidase LytA, Faktoren des isd-Genclusters, der f{\"u}r die Cadmiumresistenz wichtige Transporter CadA, unbekannte Proteine der Staphylokokken-Pathogenit{\"a}tsinsel SaPI3 und Protein A. Interessanterweise wurden durch den methodischen Ansatz vorwiegend Proteine auf mobilen genetischen Elementen identifiziert. Diese Ergebnisse legen nahe, dass w{\"a}hrend einer S. aureus-Infektion nicht nur Gene f{\"u}r das Wachstum der Zellen und Virulenzfaktoren wie Toxine und Adh{\"a}sine, sondern auch mobile Elemente exprimiert werden. Die Bedeutung dieser Prozesse f{\"u}r das Infektionsgeschehen ist allerdings bislang unbekannt und zuk{\"u}nftige Untersuchungen m{\"u}ssen zeigen, inwieweit diese Elemente f{\"u}r die Pathogenese von Bedeutung sind. Die in dieser Arbeit identifizierten Antigene m{\"u}ssen auch in zuk{\"u}nftigen Arbeiten durch Subklonierung weiter charakterisiert werden. Eine weitere interessante Beobachtung ist die Identifizierung eines Bakteriophagens, der in das isd-Gencluster inserierte, das f{\"u}r die Aufnahme von Eisen eine Bedeutung besitzt. Inwieweit durch die Insertion des Phagens die Eisenaufnahme in dem klinischen Isolat gest{\"o}rt wird, m{\"u}ssen zuk{\"u}nftige Studien zeigen. Die positive Reaktion des Patientenserums mit dem Protein A ist am wahrscheinlichsten auf die Antik{\"o}perbindung am FC-Fragment zur{\"u}ckzuf{\"u}hren. Es ist jedoch auch m{\"o}glich, dass w{\"a}hrend der Infektion verst{\"a}rkt Protein A gebildet wird, das durch die Bindung von Antik{\"o}rpern am Fc-Teil eine immunsuppressive Wirkung durch die Neutralisierung opsonisierender und Toxin-inaktivierender Antik{\"o}rper besitzt. Durch die Sequenzierung und Datenbankanalyse der positiven Klone konnte ein erster {\"U}berblick {\"u}ber immunodominante Antigene von S. aureus erhalten werden. Da auf den Insertelementen meist mehrere putative Antigene kodiert sind, m{\"u}ssen in zuk{\"u}nftigen Arbeiten die identifizierten Insertelemente subkloniert und damit weiter charakterisiert werden. Dadurch sollte es m{\"o}glich sein, die immunogenen Strukturen zu erkennen und diese f{\"u}r die Entwicklung monoklonaler Antik{\"o}rper zu nutzen.}, language = {de} } @phdthesis{Altrock2002, author = {Altrock, Stefanie}, title = {Genetische Organisation und Transkription eines Virulenz-assoziierten, instabilen Chromosomenabschnitts von Listeria ivanovii}, url = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-3303}, school = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg}, year = {2002}, abstract = {Unter den sechs Arten der Gattung Listeria finden sich nur zwei pathogene Spezies. L. monocytogenes ist pathogen f{\"u}r Mensch und Tier, L. ivanovii nur tierpathogen. Beide Arten besitzen ein Virulenzgencluster, das auch als Pathogenit{\"a}tsinsel LIPI-1 bezeichnet wird. Pathogenit{\"a}tsinseln (PAIs) sind bei gram-negativen Bakterien weit verbreitet, wurden bei gram-positiven Pathogenen bisher jedoch nur selten beschrieben. In L. ivanovii wurde nun ein weiterer Virulenz-assoziierter, instabiler Chromosomenabschnitt entdeckt, der in einem Teilbereich Eigenschaften einer Pathogenit{\"a}tsinsel besitzt. Ausgehend von einem spontanen, aber reproduzierbaren Deletionsereignis eines großen Genomabschnitts, der einige schon bekannte Virulenz-assoziierte Gene umfasst (i-inlE, i-inlF, smcL), wurden in Zusammenarbeit mit den Kooperationspartnern an der "Universidad Complutense de Madrid", insbesondere mit G. Dom{\´i}nguez-Bernal die komplette deletierte Region sowie flankierende Genombereiche genauer analysiert. Im Rahmen dieser Arbeit konnten rechts von dem bereits charakterisierten Gen smcL 13 neue Open Reading Frames (ORFs) bzw. Gene (ydeI, rnaH, norA) von L. ivanovii identifiziert werden, die gr{\"o}ßtenteils in der Deletionsmutante L. ivanovii GD-3 deletiert waren. F{\"u}r die meisten Open Reading Frames konnten Homologien zu ORFs in den Genomsequenzen von L. monocytogenes und der apathogenen Art L. innocua gefunden werden. Eigene experimentelle Analysen zeigten zudem, dass diese ORFs in {\"a}hnlicher Anordnung auch in den apathogenen Arten L. seeligeri und L. welshimeri vorhanden sind, was wahrscheinlich macht, dass sie nicht an der Virulenz von Listerien beteiligt sind. G. Dom{\´i}nguez-Bernal fand im links von smcL liegenden Bereich eine Reihe neuer Internalingene, die alle spezifisch f{\"u}r L. ivanovii sind. F{\"u}r die Gene i-inlE, i-inlF und smcL ist bereits bekannt, dass diese Virulenz-assoziiert sind. Dies f{\"u}hrte zur Definition einer neuen, LIPI-2 genannten Pathogenit{\"a}tsinsel in L. ivanovii, die außer smcL und i-inlFE alle neu gefundenen Internalingene umfasst. In dieser Arbeit durchgef{\"u}hrte Untersuchungen der LIPI-2 flankierenden Bereiche zeigten, dass diese in L. monocytogenes und auch den apathogenen Arten L. innocua, L. seeligeri und L. welshimeri bemerkenswert konserviert sind. Durch Transkriptionsuntersuchungen mittels RT-PCR wurde die Expression der neu identifizierten Gene analysiert. Hierbei wurden verschiedene Kulturbedingungen untersucht sowie die Transkription nach Infektion mehrerer Zelllinien bestimmt. Bei der Sequenzanalyse wurde f{\"u}r fast alle Internalingene eine PrfA-Box identifiziert und es best{\"a}tigte sich in dieser Arbeit, dass die meisten der Internalingene PrfA-abh{\"a}ngig exprimiert werden. Allerdings wiesen die einzelnen Gene kein einheitliches Transkriptionsprofil unter verschiedenen in vitro-Bedingungen auf. Eine Analyse der Genexpression nach Infektion verschiedener Zelllinien zeigte schließlich, dass die Internalingene w{\"a}hrend einer Infektion differentiell transkribiert werden und m{\"o}glicherweise am Infektionsgeschehen beteiligt sind. Das Expressionsmuster der zu LIPI-2 benachbarten Open Reading Frames best{\"a}tigte, dass diese Gene PrfA-unabh{\"a}ngig und unter verschiedenen Bedingungen konstitutiv exprimiert werden. Das Expressionsmuster dieser Gene l{\"a}ßt den Schluss zu, dass sie vermutlich nicht zur Virulenz von L. ivanovii beitragen. Die Untersuchung der Virulenzclustergene in LIPI-1 schließlich zeigte eine deutliche PrfA-Abh{\"a}ngigkeit der Genexpression. Es konnte best{\"a}tigt werden, dass deren Transkription unter PrfA-induzierenden Bedingungen verst{\"a}rkt wird. Zudem fand sich auch nach Infektion eine deutliche Expression dieser Gene.}, subject = {Listeria ivanovii}, language = {de} }