@phdthesis{Seidensticker2021,
  author    = {Seidensticker, Katharina},
  title     = {Aufbau eines humanen 3D-Atemwegsmodells zur Modellierung der Atemwegsinfektion mit Bordetella pertussis},
  doi       = {10.25972/OPUS-24209},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-242092},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2021},
  abstract  = {Mittels Tissue Engineering hergestellte humane 3D in vitro-Testsysteme sind ein neuer Ansatz, um u.a. Erkrankungen der Atemwege zu simulieren und zu untersuchen. Obwohl gegen B. pertussis, den Erreger des Keuchhustens, Impfstoffe zur Verf{\"u}gung stehen, nimmt die Erkrankungs-Inzidenz in den letzten Jahren deutlich zu. Da B. pertussis zu den obligat humanpathogenen Erregern z{\"a}hlt, sind die aus Tierversuchen stammenden Daten nur unzureichend auf den Menschen {\"u}bertragbar. Die genauen Pathomechanismen der Infektion sind bisher nicht gekl{\"a}rt. Auf einer biologischen Kollagenmatrix wurde eine Ko-Kultur aus humanen tracheobronchialen Fibroblasten und humanen tracheobronchialen Epithelzellen (hTEC) angesiedelt und 3 Wochen unter apikaler Bel{\"u}ftung kultiviert. Die ausdifferenzierten 3D Testsysteme wurden mit {\"U}berst{\"a}nden von Bordetella pertussis-Kulturen inkubiert und auf licht- und elektronenmikroskopischer Ebene analysiert. Weiterhin wurden 2D Kulturen der hTEC mit Hilfe der Ramanspektroskopie nicht-invasiv auf intrazellul{\"a}re Ver{\"a}nderungen nach der Inkubation mit den bakteriellen {\"U}berst{\"a}nden untersucht. Das 3D Testsystem der humanen Atemwegschleimhaut zeigte auf lichtmikroskopischer und ultrastruktureller Ebene eine hohe in vitro - in vivo-Korrelation. Die elektronenmikroskopische Analyse zeigte morphologische Ver{\"a}nderungen nach der Inkubation mit den B. pertussis {\"U}berst{\"a}nden, die mit vorbeschrieben Effekten einer B. pertussis Infektion korrelieren. Mittels der Ramanspektroskopie ließen sich Gruppen von unbehandelten Zellen von Gruppen, die zuvor mit Bakterien{\"u}berst{\"a}nden inkubiert wurden, trennen. Somit zeigte sich die Ramanspektroskopie sensitiv f{\"u}r intrazellul{\"a}re Infektionsfolgen. Zusammenfassend wurde belegt, dass das 3D-Modell der humanen Atemwegschleimhaut zur Untersuchung obligat humanpathogener Infektionserreger geeignet ist und dass die Ramanspektroskopie eine nicht-invasive Methode ist, um durch Infektionen hervorgerufene intrazellul{\"a}ren Pathologien zu analysieren.},
  subject      = {Bordetella pertussis},
  language  = {de}
}
@phdthesis{Donner2014,
  author    = {Donner, Magdalena},
  title     = {Inzidenz und Schweregrad von Bordetella pertussis : Erkrankungen bei Kindern und Jugendlichen in Bayern 2007 - 2008: eine ICD-10 basierte Untersuchung aus 27 bayerischen Kinderkliniken},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-90472},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2014},
  abstract  = {Trotz deutlich zunehmender Durchimpfungsraten bei Kindern und Jugendlichen tritt Pertussis in Deutschland weiterhin als Ursache signifikanter Morbidit{\"a}t auf, v. a. bei ungeimpften Kindern und S{\"a}uglingen. Die Datenlage zur Pertussis-Epidemiologie ist vor allem in den alten Bundesl{\"a}ndern aufgrund der bis 2013 fehlenden Meldepflicht sehr begrenzt. Das Ziel dieser Studie war die Ermittlung der Inzidenz und des Schweregrades von ICD-10-dokumentierten Bordetella pertussis-Hospitalisationen bei Kindern in Bayern. 27 (73\%) von insgesamt 37 bayerischen Kinderkliniken beteiligten sich an der Surveillance-Studie. Sie f{\"u}hrten eine Datenabfrage f{\"u}r im Jahr 2007 und 2008 station{\"a}r aufgenommene Kinder unter 17 Jahren mit einem ICD- 10-Code f{\"u}r Pertussis (A37.0 oder A37.9) als Haupt- oder Nebendiagnose bei Entlassung durch. Zu diesen Kindern wurden demographische Basisdaten sowie Jahr und Monat der Hospitalisation, Haupt- und alle Nebendiagnosen, Aufenthaltsdauer und Behandlung (OPS-Codes) erhoben. Im 2-Jahres-Zeitraum 2007/2008 wurden insgesamt 171 F{\"a}lle identifiziert (2007:109 F{\"a}lle; 2008: 62 F{\"a}lle), mit 0-17 gemeldeten F{\"a}llen pro Klinik. M{\"a}dchen waren mit 51\% (n=88) etwas h{\"a}ufiger betroffen als Jungen. Der Altersmedian lag bei vier Monaten (IQR: 1-14 Monate); 121 (70.7\%) Kinder waren S{\"a}uglinge <1 Jahr, 102 (59.6\%) <6 Monate und 41 (24.0\%) <2 Monate alt. Die j{\"a}hrliche Inzidenz bei S{\"a}uglingen <1 Jahr wurde auf 67/100.000 Hospitalisationen gesch{\"a}tzt, bei S{\"a}uglingen <2 Monate auf 22/100.000. Respiratorische Komplikationen einschließlich Pneumonien und Apnoen traten bei 31\% (n=53) aller Kinder auf; von diesen waren 82\% (n=39) <1 Jahr bzw. 44\% (n=21) <2 Monate alt. F{\"u}nf Kinder (3\%) mussten intensivstation{\"a}r behandelt werden, davon waren 4 j{\"u}nger als 4 Monate. Bei einem S{\"a}ugling (0.6\%) war ein Krampfanfall dokumentiert, kardio-respiratorische Komplikationen kamen bei 2\% und Dehydratation bei 8\% aller Kinder vor. Sowohl die Inzidenz der Hospitalisationen als auch die Komplikationsrate waren am h{\"o}chsten bei S{\"a}uglingen <1 Jahr bzw. <2 Monaten. Die Ergebnisse belegen die Bedeutung der zeitgerechten Umsetzung der Impfempfehlung, d.h. den rechtzeitigen Start der Grundimmunisierung im Alter von 2, 3 und 4 Monaten. Auch die bereits 2004 empfohlene Impfung von Kontaktpersonen ist f{\"u}r die Pr{\"a}vention von Pertussis bei S{\"a}uglingen von hoher Wichtigkeit. Die bisher nicht allgemein empfohlene Impfung f{\"u}r Schwangere bzw. f{\"u}r Neugeborene k{\"o}nnte ggf. die Hospitalisationszahlen weiter senken; weitere Studien dazu werden dringend ben{\"o}tigt.},
  subject      = {Inzidenz <Medizin>},
  language  = {de}
}
@phdthesis{Keidel2011,
  author    = {Keidel, Kristina},
  title     = {Charakterisierung des Hfq-Regulons in Bordetella pertussis und Bordetella bronchiseptica},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-66677},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2011},
  abstract  = {Bordetellen sind Gram-negative Kokkobazillen, die phylogenetisch zu den β-Proteobakterien z{\"a}hlen und in der Familie der Alcaligenaceae eingeordnet sind. Der bedeutendste Vertreter der Gattung, die nach heutigem Kenntnisstand neun Arten umfasst, ist Bordetella pertussis, der Erreger des Keuchhustens. Der Keim ist obligat humanpathogen und besitzt zahlreiche Virulenzfaktoren, um die Epithelzellen des Respirationstraktes zu besiedeln und zu zerst{\"o}ren, wodurch es zu dem charakteristischen Krankheitsverlauf kommt. Neben B. pertussis werden noch B. bronchiseptica und B. parapertussis dem sogenannten B. bronchiseptica-Cluster zugeteilt. Alle Vertreter des B. bronchiseptica-Clusters sind in der Lage, bei verschiedenen Wirtsspezies respiratorische Erkrankungen mit unterschiedlichem Schweregrad auszul{\"o}sen. Dabei weist B. bronchiseptica ein breiteres Wirtsspektrum auf und kann Atemwegserkrankungen in einer Vielzahl von S{\"a}ugetieren ausl{\"o}sen, wohingegen B. parapertussis vornehmlich Schafe und Menschen infiziert und bei letzteren eine schw{\"a}chere Form des Keuchhustens bewirkt. Das Hfq-Protein wurde urspr{\"u}nglich als Wirtsfaktor identifiziert, welcher f{\"u}r die Replikation des RNA-Phagen Qβ in Escherichia coli ben{\"o}tigt wird (host factor for Qβ oder HF-1). Es ist in Struktur und Funktion homolog zu den Sm-Proteinen aus Eukaryoten, die am Splicing von mRNAs involviert sind. Die Beteiligung des Hfq-Proteins an regulatorischen Vorg{\"a}ngen, die durch kleine nicht-kodierende RNAs (sRNAs) vermittelt werden, wurde erstmals in einer Studie zum Mechanismus der rpoS-Regulation durch die kleine regulatorische RNA OxyS ersichtlich. Seitdem konnte f{\"u}r eine Vielzahl an sRNAs gezeigt werden, dass sie an Hfq gebunden vorliegen und die Hilfe des Proteins bei der post-transkriptionellen Kontrolle ihrer Ziel-mRNAs ben{\"o}tigen. In dieser Hinsicht {\"u}bernimmt Hfq die Rolle eines RNA-Chaperons, indem es trans-kodierte sRNAs stabilisiert und die Basenpaarung mit ihren Ziel-mRNAs f{\"o}rdert. Dabei beeinflusst die Bindung der sRNA-Regulatoren an ihre Ziel-mRNAs deren Translation, sowohl aktivierend als auch inhibierend. Bislang wurden Hfq-Homologe in der H{\"a}lfte aller sequenzierten Gram-positiven und Gram-negativen Bakterienarten gefunden. Eine BLAST-Analyse ergab, dass B. pertussis und B. bronchiseptica Homologe zum Hfq-Protein aufweisen und diese in der ver{\"o}ffentlichten Genomsequenz bereits als Hfq-Protein annotiert sind. Fokus dieser Arbeit war weitestgehend, die Funktion des Hfq-Proteins in B. pertussis und vergleichend in B. bronchiseptica zu charakterisieren. Mittels Primer Extension-Analyse konnte zun{\"a}chst der Startpunkt des hfq-Transkripts in B. pertussis und B. bronchiseptica unter logarithmischen Wachstumsbedingungen bestimmt werden. Dieser Startpunkt war zudem unter station{\"a}ren Wachstumsbedingungen und nach Hitzestress aktiv, was in Diskrepanz zur Beobachtung in E. coli steht. Ferner konnte festgestellt werden, dass die hfq-Transkription nach Induktion verschiedener Stressformen in beiden Organismen erh{\"o}ht war. Nach Generierung der jeweiligen Δhfq-Mutanten in beiden Organismen wurden diese charakterisiert. Die B. pertussis Δhfq-Mutante zeigte ein deutliches Wachstumsdefizit gegen{\"u}ber dem Wildtyp, im Gegensatz zu B. bronchiseptica Δhfq, die sich im Wachstum wie der Wildtyp verhielt. Beide Mutanten zeigten sich sensitiver gegen{\"u}ber H2O2-Stress als der Wildtyp, nicht jedoch gegen{\"u}ber weiteren oxidativen Stressbedingungen oder Membranstress induzierenden Substanzen. Die Δhfq-Mutante in B. pertussis war zudem in ihrer F{\"a}higkeit zur Biofilmbildung beeintr{\"a}chtigt, was jedoch nicht f{\"u}r B. bronchiseptica Δhfq galt. Da Hfq an sRNA-mRNA-Interaktionen, welche die Translation der mRNAs beeinflussen, beteiligt ist, sollte {\"u}ber 2D-Gelelektrophorese das Hfq-regulierte Proteom in B. pertussis und B. bronchiseptica bestimmt werden. Auff{\"a}llig war, dass viele periplasmatische Transport-bindeproteine von der Δhfq-Mutation betroffen waren. Es zeigten sich aber auch Stoffwechselenzyme und wichtige Housekeeping-Faktoren, wie z. B. der Elongationsfaktor EF-Tu und das Chaperon GroEL, in der Δhfq-Mutante dereguliert. Generell scheint das Hfq-regulierte Proteom in B. pertussis und B. bronchiseptica nur einen kleinen Teil des gesamten Proteoms auszumachen. Zudem ist das Hfq-regulierte Proteom variabel zwischen verschiedenen Wachstumsbedingungen, aber auch zwischen den beiden Organismen trotz der engen Verwandtschaft. Die Expression ausgew{\"a}hlter Virulenzfaktoren zeigte keinen Unterschied zwischen Δhfq-Mutante und B. pertussis-Wildtyp.},
  subject      = {Bordetella pertussis},
  language  = {de}
}
@phdthesis{Koenig2001,
  author    = {K{\"o}nig, Jochen},
  title     = {Tex aus Bordetella pertussis definiert eine neue Familie von Nukleins{\"a}ure-Bindeproteinen},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-1601},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2001},
  abstract  = {Das Tex Protein aus Bordetella pertussis definiert eine neue Familie hoch konservierter Proteine in Eubakterien. Urspr{\"u}nglich wurde das tex Gen aufgrund seines Einflusses auf die Toxinexpression in bestimmten regulatorischen Mutanten von B. pertussis gefunden (Fuchs et al. (1996), J Bacteriol 178, 4445-52). Wie hier gezeigt wird, sind Leserahmen f{\"u}r entsprechende Proteine bei den Eubakterien ubiquit{\"a}r und mehrheitlich zu {\"u}ber 69 Prozent konserviert. Eine Ausnahme bilden einige wenige Taxa mit bekanntermaßen reduzierten Genomen, bei denen das Gen wahrscheinlich verloren gegangen ist, wie zum Beispiel verschiedene Mycoplasma spp. oder der obligate Blattlaus- (Aphiden-) Symbiont Buchnera aphidicola. In Eukaryonten und Archaeen konnte ein zu tex homologes Gen bisher nicht gefunden werden. Die Funktion von Tex in der Bakterienzelle ist unklar. W{\"a}hrend das Gen in B. pertussis essenziell ist und auch nicht {\"u}berexprimiert werden kann, sind Deletionsmutanten in Neisseria meningitidis und Escherichia coli ph{\"a}notypisch nicht von den entsprechenden Wildtypen unterscheidbar. Ausgiebige Wachstumsstudien mit einer E. coli tex-Mutante unter verschiedenen Wachstums- und Stressbedingungen ergaben ebenfalls keinen Hinweis auf eine Bedeutung von Tex, die die außerordentliche Konservierung des Proteins erkl{\"a}ren k{\"o}nnte. Das Protein zeigt in seinem N-Terminus ausgepr{\"a}gte {\"A}hnlichkeit mit dem Mannitol-Repressor (MtlR) von Escherichia coli und besitzt eine C-terminale S1-Dom{\"a}ne. Da die meisten der Proteine mit S1-Dom{\"a}nen als RNA-bindende Proteine gelten, wurde die F{\"a}higkeit von Tex untersucht, mit Nukleins{\"a}uren zu interagieren. In Festphasen-Bindeassays mit an Magnetk{\"u}gelchen immobilisiertem Tex Protein aus E. coli konnte eine spezifische Bindung an RNA-Gesamtpr{\"a}parationen gezeigt werden. DNA wurde hingegen nicht gebunden. Durch Verk{\"u}rzung des N-Terminus geht die pr{\"a}ferenzielle Bindung an RNA jedoch verloren und die Bindung von DNA erfolgt mit der gleichen Effizienz wie die von RNA. Festphasen-Bindeassays wurden weiterhin dazu benutzt, m{\"o}gliche spezifische Interaktionspartner von Tex aus RNA-Gesamtpr{\"a}parationen zu finden. Tats{\"a}chlich konnten {\"u}ber diesen Ansatz die regulatorische RNA CsrB und die ribosomale 16S RNA als spezifische Liganden isoliert werden. {\"U}ber die biologische Relevanz dieser Interaktion kann zum gegenw{\"a}rtigen Zeitpunkt allerdings noch keine Aussage gemacht werden.},
  subject      = {Bordetella pertussis},
  language  = {de}
}