@phdthesis{Wollny2019,
  author    = {Wollny, Claudia},
  title     = {Der p97-Kofaktor UBXD1 ist ein neuer Regulator des NF-kB-Signalweges},
  doi       = {10.25972/OPUS-13243},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-132430},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2019},
  abstract  = {Die essenzielle, Ubiquitin-selektive ATPase p97 reguliert eine Vielzahl unterschiedlicher Prozesse in Eukaryoten. Dazu z{\"a}hlen Proteinqualit{\"a}tskontrolle, DNA-Reparatur, Signaltransduktion, Zellzykluskontrolle, Autophagie sowie das endolysosomale System. Diese unterschiedlichen Funktionen von p97 werden durch die Bindung von Kofaktoren engmaschig gesteuert und kontrolliert. Die gr{\"o}ßte und am besten untersuchte Gruppe von p97-Kofaktoren sind die Proteine der UBX Familie. Diese zeichnen sich durch den Besitz einer UBX-Dom{\"a}ne aus, welche die Bindung an p97 vermittelt. Das in h{\"o}heren Eukaryoten konservierte Familienmitglied UBXD1 besitzt dar{\"u}ber hinaus mit einer PUB-Dom{\"a}ne und einem VIM-Motiv noch mindestens zwei weitere p97-Bindemodule. UBXD1 kann an Vesikel des endolysosomalen Degradationssytems lokalisieren, seine genauen zellul{\"a}ren Funktionen sind jedoch noch weitgehend unbekannt. Ziel dieser Arbeit war die funktionelle Charakterisierung von humanem UBXD1. Daf{\"u}r wurden Kandidaten eines zuvor durchgef{\"u}hrten Yeast-Two-Hybrid-Screens auf ihre Two Hybrid-Interaktion mit unterschiedlichen UBXD1-Varianten getestet. Dar{\"u}ber hinaus wurde durch Immunpr{\"a}zipitationsexperimente untersucht, ob die Kandidatenproteine auch in S{\"a}ugerzellen mit UBXD1 interagieren. Als vielversprechende neue Bindungspartner von UBXD1 wurden so die Ubiquitin-Ligase TRIAD3A und das Ubiquitin-editierende Protein A20 identifiziert. Desweiteren konnte gezeigt werden, dass die Interaktion zwischen UBXD1 und A20 von einer funktionellen PUB Dom{\"a}ne und dem siebten Zinkfinger Motiv von A20 abh{\"a}ngig ist. Da sowohl TRIAD3A als auch A20 negative Regulatoren des NF B Signalweges sind, wurde daraufhin untersucht, ob auch UBXD1 eine Funktion in diesem Signalweg besitzt. Tats{\"a}chlich war in UBXD1-depletierten HeLa 57A-Zellen die NF B-abh{\"a}ngige Expression eines Reportgens nach Aktivierung des Signalweges durch TNF, IL-1, Doxorubicin und H2O2 stark reduziert. Dabei spricht die verringerte Aktivierung nach unterschiedlichen Stimuli f{\"u}r eine generelle Rolle von UBXD1 im NF B Signalweg. Durch quantitative Echtzeit-PCR konnte gezeigt werden, dass in HeLa- und HEK293T-Zellen nach UBXD1-Depletion auch die Expression endogener NF B Zielgene verringert ist. Da in UBXD1-depletierten Zellen nach Stimulation mit TNF oder IL-1 bereits die Kerntranslokation des NF B-Transkriptionsfaktor p65 reduziert ist, ist davon auszugehen, dass UBXD1 an einer fr{\"u}heren Phase der Aktivierung des Signalweges beteiligt ist. M{\"o}glicherweise ist dies darauf zur{\"u}ckzuf{\"u}hren, dass UBXD1 bekannte Funktionen von A20 reguliert und etwa die Bindung von A20 an Vesikel des endolysosomalen Systems oder an lineare Ubiquitinketten beeinflusst. Diese Arbeit beschreibt somit eine neue Funktion des p97-Kofaktors UBXD1 im NF B-Signalweg.},
  subject      = {Ubiquitin},
  language  = {de}
}
@phdthesis{Kuehlkamp2001,
  author    = {K{\"u}hlkamp, Thomas},
  title     = {Der plasmamembran assoziierte Transportregulator RS1 bindet Ubiquitin und gelangt in den Zellkern},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-1179507},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2001},
  abstract  = {Die vorliegende Arbeit liefert wichtige Erkenntnisse {\"u}ber die subzellul{\"a}re Verteilung und die Funktion des RS1-Proteins vom Schwein (pRS1), einem Regulator von Plasmamembran-transportern. Das gr{\"u}n fluoreszierende Protein (GFP) wurde mit pRS1 fusioniert und in LLC-PK1 Zellen exprimiert. Das GFP-pRS1 Fusionsprodukt (96 kD) konnte an der Plasmamembran, im Zytosol und im Zellkern entdeckt werden. Bei GFP-Fusion mit trunkierten pRS1-Proteinen zeigte sich, dass der C-Terminus die Kernlokalisierung beeinflusst. Dagegen wurde die Kernlokalisierung durch eine Trunkierung des N-Terminus nicht gest{\"o}rt. Im C-Terminus des pRS1 konnte von AS 579 bis 616 eine Ubiquitin associated domain (UBA) identifiziert werden, die auch in den anderen bisher bekannten RS1-Proteinen aus Mensch, Kaninchen und Maus konserviert vorliegt. Eine Ubiquitin-Affinit{\"a}tschromatographie zeigte, dass das pRS1-Protein Ubiquitin auf nicht kovalente Weise bindet. Nach der Trunkierung der UBA-Dom{\"a}ne war keine Wechselwirkung des pRS1-Proteins mit Ubiquitin mehr feststellbar. Ein konserviertes Di-Leucin-Endozytose-Motiv (pRS1 AS 366/67) deutet eine Funktion des pRS1-Proteins bei der Internalisierung von Plasmamembranproteinen an. Deshalb wurde das Endozytoseverhalten von pRS1 {\"u}berexprimierenden LLC-PK1 Zellen untersucht, wobei sich zeigte, dass diese Zellen eine deutlich h{\"o}here Aufnahme des Endozytosefarbstoffes RH 414 aufwiesen als Zellen, die pRS1 nicht {\"u}berexprimierten. Die in dieser Arbeit gesammelten Daten zum RS1-Protein wurden zusammen mit fr{\"u}her erhobenen Ergebnissen zum RS1-Protein im Rahmen eines Modells zusammengefasst. In diesem hypothetischen Modell wird angenommen, dass RS1 ein Adapterprotein ist, welches die ubiquitinabh{\"a}ngige Endozytose von Plasmamembrantransportern vermittelt und als Signalmolek{\"u}l in den Zellkern gelangen kann, wo es an der Transcriptionsrepression des SGLT1 beteiligt ist.},
  subject      = {Ubiquitin},
  language  = {de}
}
@phdthesis{Peter2014,
  author    = {Peter, Stefanie},
  title     = {Hemmung der Myc-Funktion durch niedermolekulare Inhibitoren der E3-Ubiquitin-Ligase Huwe1},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-104449},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2014},
  abstract  = {Die Deregulation des Transkriptionsfaktors Myc ist ein zentraler Mechanismus in der kolorektalen Karzinogenese. Die Myc-Deletion in Tumormodellen hemmt das Wachstum von Kolonkarzinomen, somit stellt die Inaktivierung von Myc einen Ansatzpunkt in der Behandlung von kolorektalen Tumoren dar. Die direkte Inhibition von Myc ist schwierig, da Myc keine katalytische Aktivit{\"a}t besitzt und stattdessen f{\"u}r die Myc-Funktion n{\"o}tige Protein-Protein- oder Protein-DNA-Interaktionen angegriffen werden m{\"u}ssen. Die E3-Ubiquitin-Ligase Huwe1 interagiert sowohl mit Myc als auch mit dem Myc-interagierenden Protein Miz1 und ist im Kolonkarzinom {\"u}berexprimiert. Huwe1 ubiquitiniert Myc und induziert dar{\"u}ber dessen Transaktivierungsfunktion. Die Inaktivierung von Huwe1 ist somit eine vielversprechende M{\"o}glichkeit f{\"u}r die Inhibition der Myc-Funktion und die Therapie des Kolonkarzinoms. In dieser Arbeit wird mittels shRNA-vermittelter Depletion von Huwe1 in Zellkulturexperimenten gezeigt, dass Huwe1 f{\"u}r die Proliferation von Kolonkarzinomzelllinien und f{\"u}r die Transaktivierung von Myc-Zielgenen ben{\"o}tigt wird. Mit zwei von Boehringer Ingelheim identifizierten niedermolekularen Huwe1-Inhibitoren (BI8622 und BI8626) ist es m{\"o}glich, die Huwe1-Funktion spezifisch in Zellen zu blockieren. Die Huwe1-Inhibitoren induzieren einen Proliferationsarrest in kolorektalen Karzinomzelllinien, wohingegen die Substanzen auf embryonale Stammzellen keine Auswirkungen haben. Die Inaktivierung von Huwe1 f{\"u}hrt zu einer Akkumulation von Miz1 an Promotoren Myc-aktivierter Zielgene und dar{\"u}ber zu einer vermehrten Bildung repressiver Myc/Miz1-Komplexe, was mit einer Deacetylierung von Histon H3 und einer transkriptionellen Repression Myc-gebundener Gene assoziiert ist. Miz1 akkumuliert nach Huwe1-Inhibition ebenso an direkten Miz1-Zielgenen, deren Expression bleibt aber unbeeinflusst. Diese Daten weisen darauf hin, dass eine kontinuierliche Degradierung von Miz1 durch Huwe1 zur Transaktivierung von Myc-Zielgenen in Kolonkarzinomzellen n{\"o}tig ist. Damit wurde ein neuer Mechanismus identifiziert, {\"u}ber den Huwe1 die Myc-Transaktivierung reguliert und der eine tumorzellspezifische Repression der Myc-Funktion mit Hilfe von Huwe1-Inhibitoren erm{\"o}glicht.},
  subject      = {Myc},
  language  = {de}
}
@phdthesis{Klenk2006,
  author    = {Klenk, Johann Christoph},
  title     = {Posttranslationale Modifikation von Phosducin durch den small ubiquitin-related modifier "SUMO"},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-19140},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2006},
  abstract  = {Die Rezeptor vermittelte Aktivierung heterotrimerer G-Proteine ist einer der bedeutendsten Signaltransduktionsmechanismen in vielen Organismen. Die Vielzahl unterschiedlicher Rezeptoren und Agonisten macht eine effektive Kontrolle des einzelnen Signals unumg{\"a}nglich. Das zytosolische Protein Phosducin bindet beta-gamma-Untereinheiten aktivierter G-Proteine und hemmt damit sowohl Gbeta-gamma-vermittelte Effekte als auch Galpha-vermittelte Effekte. In der vorliegenden Arbeit wurde neben der bekannten 33 kDa Form von Phosducin eine weitere 47 kDa große Form in der Retina und im Herz identifiziert. Hierbei handelte es sich um Phosducin, welches mit dem small ubiquitin-related modifier, SUMO, modifiziert war. Weiterhin wurde sowohl in vitro als auch in zellul{\"a}ren Sytemen gezeigt, dass Phosducin mit einem Molek{\"u}l SUMO an Lysin 33 modifiziert wird. Durch punktgerichtete Mutation dieser Modifikationsstelle wurde eine SUMOylierungs-defiziente Phosducin-Mutante generiert. Diese Mutante unterliegt einem gesteigerten Turnover im Vergleich zu Wildtyp-Phosducin, welcher auf die verst{\"a}rke Ubiquitinierung und dem damit verbundenen proteasomalen Abbau der Mutante zur{\"u}ckzuf{\"u}hren war. Dies demonstriert, dass SUMOylierung von Phosducin protektive Wirkung auf dieses Protein hat. Dar{\"u}berhinaus behindert die SUMOylierung von Phosducin dessen Bindung an Gbeta-gamma-Untereinheiten heterotrimerer G-Proteine. Diese Beobachtungen erlauben den Schluss, dass SUMOylierung neben der Phosphorylierung ein neuer und wichtiger Mechanismus ist, {\"u}ber den die Verf{\"u}gbarkeit von Phosducin als G-Protein-Regulator kontrolliert wird.},
  language  = {de}
}
@phdthesis{Christmann2022,
  author    = {Christmann, Gabriel},
  title     = {USP 10 als Deubiquitinase f{\"u}r β-Catenin},
  doi       = {10.25972/OPUS-27299},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-272998},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2022},
  abstract  = {Der WNT-Signalweg ist ein hochkonservierter Signalweg, dessen zentraler intrazellul{\"a}rer Regulationsschritt die Proteinstabilit{\"a}t des Proteins β-Catenin ist. Deregulierende Mutationen in diesem sind fr{\"u}he Ereignisse bei der Entstehung von Darmtumoren. Ist der Abbau von β-Catenin gest{\"o}rt, so ist unabh{\"a}ngig von {\"a}ußerer Kontrolle der Signalweg konstitutiv aktiviert und liefert ein Wachstumssignal. Untersuchungen haben aber gezeigt, dass beim Vorliegen solcher Mutationen immer noch eine - unzureichende - Ubiquitinylierung und ein Abbau von β-Catenin stattfindet. Ziel dieser Studie war Deubiquitinasen (DUBs) zu finden, die durch ihre Aktivit{\"a}t den Abbau von β-Catenin verhindern. Mithilfe eines siRNA Screens in der Vorarbeit konnten DUBs als Kandidaten f{\"u}r einen CRISPR Ansatz ausgew{\"a}hlt werden. APC Wildtyp HEK293T Zellen und Darmkrebszellen wurden mit lentiviralen CRISPR/Cas9 Vektoren infiziert, in welche sgRNAs gegen exonische Sequenzen von DUBs geklont waren. Einzelne Zellklone von USP10 CRISPR Zellen wurden weiter untersucht. In Western Blots und Immunofluoreszenz zeigte sich bei den USP10 CRISPR Zellen eine verminderte Expression von USP10 und damit einhergehend β-Catenin. Proteinstabilit{\"a}tsversuche mit MG132 und Cycloheximid zeigten einen erh{\"o}hten Abbau von β-Catenin in HEK293T USP10 CRISPR Zellen, vor allem nach Stimulierung des WNT-Signalwegs durch LiCl. In Aktivierungsassays (Luciferase und TOP-GFP FACS) des WNT-Signalwegs zeigte sich in HEK293T Zellen nach Behandlung mit LiCl eine geringere Aktivierung in den USP10 CRISPR Zellen. In einem Wachstumsassay zeigten HT29 USP10 CRISPR ein geringeres Wachstum als Kontrollzellen. W{\"a}hrend in einer histologischen F{\"a}rbung von Mausgewebe eine erh{\"o}hte Expression von USP10 nachweisbar war, zeigten sich in einer TMA F{\"a}rbung kein eindeutiger Unterschied zwischen gesundem Gewebe und Tumorgewebe. Die Studie identifiziert USP10 als eine m{\"o}gliche DUB f{\"u}r β-Catenin und potenzielles Ziel f{\"u}r eine Beeinflussung des mutierten WNT-Signalwegs in Darmkrebszellen.},
  subject      = {Darmkrebs},
  language  = {de}
}