@article{SpiveyDeGiorgiZhaoetal.2012,
  author    = {Spivey, Tara L. and De Giorgi, Valeria and Zhao, Yingdong and Bedognetti, Davide and Pos, Zoltan and Liu, Qiuzhen and Tomei, Sara and Ascierto, Maria Libera and Uccellini, Lorenzo and Reinboth, Jennifer and Chouchane, Lotfi and Stroncek, David F. and Wang, Ena and Marincola, Francesco M.},
  title     = {The stable traits of melanoma genetics: an alternate approach to target discovery},
  series = {BMC Genomics},
  volume    = {13},
  journal   = {BMC Genomics},
  number    = {156},
  doi       = {10.1186/1471-2164-13-156},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-131992},
  year      = {2012},
  abstract  = {Background: The weight that gene copy number plays in transcription remains controversial; although in specific cases gene expression correlates with copy number, the relationship cannot be inferred at the global level. We hypothesized that genes steadily expressed by 15 melanoma cell lines (CMs) and their parental tissues (TMs) should be critical for oncogenesis and their expression most frequently influenced by their respective copy number. Results: Functional interpretation of 3,030 transcripts concordantly expressed (Pearson's correlation coefficient p-value < 0.05) by CMs and TMs confirmed an enrichment of functions crucial to oncogenesis. Among them, 968 were expressed according to the transcriptional efficiency predicted by copy number analysis (Pearson's correlation coefficient p-value < 0.05). We named these genes, "genomic delegates" as they represent at the transcriptional level the genetic footprint of individual cancers. We then tested whether the genes could categorize 112 melanoma metastases. Two divergent phenotypes were observed: one with prevalent expression of cancer testis antigens, enhanced cyclin activity, WNT signaling, and a Th17 immune phenotype (Class A). This phenotype expressed, therefore, transcripts previously associated to more aggressive cancer. The second class (B) prevalently expressed genes associated with melanoma signaling including MITF, melanoma differentiation antigens, and displayed a Th1 immune phenotype associated with better prognosis and likelihood to respond to immunotherapy. An intermediate third class (C) was further identified. The three phenotypes were confirmed by unsupervised principal component analysis. Conclusions: This study suggests that clinically relevant phenotypes of melanoma can be retraced to stable oncogenic properties of cancer cells linked to their genetic back bone, and offers a roadmap for uncovering novel targets for tailored anti-cancer therapy.},
  language  = {en}
}
@article{RonchiLeichSbieraetal.2012,
  author    = {Ronchi, Cristina L. and Leich, Ellen and Sbiera, Silviu and Weismann, Dirk and Rosenwald, Andreas and Allolio, Bruno and Fassnacht, Martin},
  title     = {Single Nucleotide Polymorphism Microarray Analysis in Cortisol-Secreting Adrenocortical Adenomas Identifies New Candidate Genes and Pathways},
  series = {Neoplasia},
  volume    = {14},
  journal   = {Neoplasia},
  number    = {3},
  doi       = {10.1593/neo.111758},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-134953},
  pages     = {206},
  year      = {2012},
  abstract  = {The genetic mechanisms underlying adrenocortical tumor development are still largely unknown. We used high-resolution single nucleotide polymorphism microarrays (Affymetrix SNP 6.0) to detect copy number alterations (CNAs) and copy-neutral losses of heterozygosity (cnLOH) in 15 cortisol-secreting adrenocortical adenomas with matched blood samples. We focused on microalterations aiming to discover new candidate genes involved in early tumorigenesis and/or autonomous cortisol secretion. We identified 962 CNAs with a median of 18 CNAs per sample. Half of them involved noncoding regions, 89\% were less than 100 kb, and 28\% were found in at least two samples. The most frequently gained regions were 5p15.33, 6q16.1, 7p22.3-22.2, 8q24.3, 9q34.2-34.3, 11p15.5, 11q11, 12q12, 16q24.3, 20p11.1-20q21.11, and Xq28 (>= 20\% of cases), most of them being identified in the same three adenomas. These regions contained among others genes like NOTCH1, CYP11B2, HRAS, and IGF2. Recurrent losses were less common and smaller than gains, being mostly localized at 1p, 6q, and 11q. Pathway analysis revealed that Notch signaling was the most frequently altered. We identified 46 recurrent CNAs that each affected a single gene (31 gains and 15 losses), including genes involved in steroidogenesis (CYP11B1) or tumorigenesis (CTNNB1, EPHA7, SGK1, STIL, FHIT). Finally, 20 small cnLOH in four cases affecting 15 known genes were found. Our findings provide the first high-resolution genome-wide view of chromosomal changes in cortisol-secreting adenomas and identify novel candidate genes, such as HRAS, EPHA7, and SGK1. Furthermore, they implicate that the Notch1 signaling pathway might be involved in the molecular pathogenesis of adrenocortical tumors.},
  language  = {en}
}
@phdthesis{Konrad2010,
  author    = {Konrad, Maria-Anette},
  title     = {Genomische Untersuchung von peripheren T-Zell-Lymphomen und anaplastisch-großzelligen T-Zell-Lymphomen},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-47778},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2010},
  abstract  = {Obwohl sie die Mehrzahl der T-Zell-Lymphome darstellen, war {\"u}ber die Genetik der PTC-NOS und ALK-negativen ALCL bisher nur wenig bekannt. Klassische zytogenetische Untersuchungen dieser Gruppe wiesen auf komplexe chromosomale Ver{\"a}nderungen hin. Aufgrund der Seltenheit dieser Neoplasien basierten die Berichte bis jetzt nur auf einer geringen Anzahl von F{\"a}llen. F{\"u}r die heterogene Gruppe von PTCL-NOS konnten bisher keine charakteristischen genetischen Ver{\"a}nderungen beschrieben werden. Zudem waren die genetische Beziehung zwischen ALK-negativen ALCL und PTCL-NOS, die Genetik von kutanen ALCL und die sekund{\"a}ren genetischen Ver{\"a}nderungen in ALK-positiven ALCL unklar. In dieser Untersuchung wurden 42 PTCL-NOS und 37 ALCL, davon 17 anaplastisch-großzellige Kinase (ALK)-negative ALCL, 9 ALK-positive ALCL und 11 kutane ALCL, durch komparative genomische Hybridisierung analysiert und charakteristische rekurrente genetische Alterationen nachgewiesen. Unter 36 prim{\"a}r diagnostizierten PTCL-NOS fanden sich rekurrente chromosomale Verluste auf den Chromosomen 13q (minimal {\"u}berlappende Region 13q21, 36\% der F{\"a}lle), 6q und 9p (6q21 und 9p21-pter, in 31\% der F{\"a}lle), 10q und 12q (10q23-24 und 12q21-q22, in 28\% der F{\"a}lle) und 5q (5q21, 25\% der F{\"a}lle). Rekurrente Zugewinne wurden auf Chromosom 7q22-qter (31\% der F{\"a}lle) gefunden. In 11 PTCL-NOS wurden High-level-Amplifikationen beobachtet. Bei den PTCL-NOS konnte zudem eine Gruppe von nicht-zytotoxischen nodalen CD5-positiven T-Zell-Lymphomen abgegrenzt werden, die durch rekurrente chromosomale Verluste auf den Chromosomen 5q, 12q und 10q charakterisiert ist. W{\"a}hrend kutane und ALK-positive ALCL wenige rekurrente chromosomale Ver{\"a}nderungen zeigten, fielen bei ALK-negativen ALCL wiederholt Zugewinne auf Chromosom 1q (1q41-qter, 46\%) und Verluste auf Chromosom 6q (6q21, 31\%) und 13q (13q21-q22, 23\%) auf. Insgesamt k{\"o}nnen somit PTCL-NOS von ALK-negativen ALCL durch Verluste auf den Chromosomen 5q und 9p (bei PTCL-NOS) sowie durch Zugewinne auf Chromosom 1q (bei ALCL) abgegrenzt werden. PTCL-NOS und ALK-negative ALCL unterscheiden sich genetisch außerdem von anderen T-NHL, wie Enteropathie-assozierte T-Zell-Lymphome, Prolymphozyten-Leuk{\"a}mien vom T-Zell-Typ und adulte T-Zell-Leuk{\"a}mien/Lymphomen.},
  subject      = {Komparative genomische Hybridisierung},
  language  = {de}
}
@phdthesis{Jehn2007,
  author    = {Jehn, Philipp},
  title     = {Genetische Charakterisierung diffuser großzelliger B-Zell Lymphome vom Keimzentrumstyp, vom aktivierten B-Zelltyp und von prim{\"a}r mediastinalen diffusen großzelligen B-Zell Lymphomen},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-24128},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2007},
  abstract  = {Diffuse großzellige B-Zell Lymphome (DLBCL) geh{\"o}ren zu den h{\"a}ufigsten lymphatischen Tumoren. Die histologische Klassifikation dieser großen Gruppe von Tumoren ist dabei noch immer durch die mangelnde Reproduzierbarkeit in der Diagnostik gepr{\"a}gt. Außerdem verhalten sich DLBCL klinisch ausgesprochen heterogen. In der vorliegenden Arbeit wurden DLBCL mittels komparativer genomischer Hybridisierung (CGH) untersucht. Die DLBCL waren im Vorfeld von uns unabh{\"a}ngig mittels microarray-basierter Genexpressionsanalyse in solche vom Keimzentrumstyp (GCB-DLBCL) sowie solche vom aktivierten B-Zelltyp (ABC-DLBCL) eingeteilt worden. Weiterhin enthielt das untersuchte Kollektiv prim{\"a}r mediastinale DLBCL (PMBCL). Die CGH sollte hierbei Aufschluss {\"u}ber rekurrente chromosomale Aberrationen geben. Die drei Subtypen zeigten dabei f{\"u}r sie charakteristische genetische Ver{\"a}nderungen. So fanden sich f{\"u}r die GCB-DLBCL Zugewinne auf Chromosom 12, f{\"u}r die ABC-DLBCL Zugewinne auf den Chromosomen 3 und 18 sowie Verluste auf Chromosom 6, f{\"u}r die PMBCL Zugewinne auf den Chromosomen 2 und 9. Die mittels Genexpressionsanalyse definierten Subtypen der DLBCL unterscheiden sich somit eindeutig auf genetischer Ebene und zeigen f{\"u}r sie charakteristische chromosomale Aberrationen.},
  subject      = {Pathologie},
  language  = {de}
}