@phdthesis{Schenk2001,
  author    = {Schenk, Thomas},
  title     = {Genetische und funktionale Vereinfachung eines komplexen Retrovirus am Beispiel des Primaten Foamy Virus Typ 1 (PFV-1)},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-3249},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2001},
  abstract  = {Foamyviren (Spumaviridae) werden neuerdings von den {\"u}brigen Retroviren (Orthoretroviridae) abgegrenzt. Durch verschiedene Besonderheiten in ihrem Replikationszyklus, wie der M{\"o}glichkeit zur intrazellul{\"a}ren Retrotransposition oder der reversen Transkription sp{\"a}t im Vermehrungszyklus, nehmen sie eine funktionale Sonderstellung zwischen Retro-, Hepadnaviren und Retrotransposons ein. Aufgrund des Aufbaus ihres Genoms, das neben dem minimalen Gensatz der einfachen Retroviren Gag, Pro, Pol und Env noch zwei weitere akzessorische Leserahmen aufweist, werden sie zu den komplexen Retroviren gerechnet. Einer dieser zus{\"a}tzlichen Leserahmen kodiert f{\"u}r den transkriptionalen Transaktivator Tas, der f{\"u}r die Replikation essentiell ist. Ein infekti{\"o}ser Klon einer genetisch vereinfachten Variante des Primaten Foamy Virus Typ 1 (PFV-1) wurde konstruiert, der den konstitutiv aktiven immediate early gene (IE) Promotor und Enhancer des Cytomegalievirus (CMV) im Kontext einer hybriden LTR tr{\"a}gt. Dieses Konstrukt, sowie ein weiteres mit funktionaler Deletion des Tas-Gens f{\"u}hrten nach Transfektion in Zellkulturen zur Freisetzung genetisch vereinfachter, infekti{\"o}ser Viren, deren Replikationskompetenz und genetische Stabilit{\"a}t nachgewiesen wurde. Die rekombinanten Viren zeigten dabei um etwa drei lg-Stufen erniedrigte Virustiter im zellfreien Kultur{\"u}berstand und eine reduzierte Replikationskinetik. Versuche zur Steigerung der erreichbaren Virustiter durch thermisches Aufbrechen der Zellen, Inkubation mit dem demethylierenden Agens 5-Azacytidin (AZC) und Induktion mit dem Transkriptions-Stimulator Natriumbutyrat wurden unternommen, resultierten aber nicht in einer Steigerung der Freisetzung infekti{\"o}ser Partikel oder der viralen Genexpression. Die Promotor-Aktivit{\"a}t der hybriden LTR wurde in einem transienten Reportergenassay unter Verwendung des Luciferasegens quantifiziert und war mit der der tas-stimulierten foamyviralen LTR vergleichbar. Eine Mutation des DD35E-Motivs im aktiven Zentrum der Integrase zu DA35E f{\"u}hrte zur Replikationsunf{\"a}higkeit der vereinfachten Viren. Obwohl der Promotor eines nicht integrierenden Virus in die hybride LTR eingef{\"u}hrt wurde, blieb die Integration ein obligates Ereignis f{\"u}r die Replikation der Viren. Die Ergebnisse der vorliegenden Arbeit zeigen, dass eine genetische Vereinfachung des PFV-1 und Replikation mit einem heterologen Promotor in einer hybriden LTR m{\"o}glich ist. Damit ist eine Voraussetzung f{\"u}r die Konstruktion PFV-basierter Vektoren zur Gentherapie unter Verwendung gewebespezifischer Promotoren gegeben.},
  language  = {de}
}
@article{LodhaMuchsinJuergesetal.2023,
  author    = {Lodha, Manivel and Muchsin, Ihsan and J{\"u}rges, Christopher and Juranic Lisnic, Vanda and L'Hernault, Anne and Rutkowski, Andrzej J. and Prusty, Bhupesh K. and Grothey, Arnhild and Milic, Andrea and Hennig, Thomas and Jonjic, Stipan and Friedel, Caroline C. and Erhard, Florian and D{\"o}lken, Lars},
  title     = {Decoding murine cytomegalovirus},
  series = {PLOS Pathogens},
  volume    = {19},
  journal   = {PLOS Pathogens},
  number    = {5},
  issn      = {1553-7374},
  doi       = {10.1371/journal.ppat.1010992},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-350480},
  year      = {2023},
  abstract  = {The genomes of both human cytomegalovirus (HCMV) and murine cytomegalovirus (MCMV) were first sequenced over 20 years ago. Similar to HCMV, the MCMV genome had initially been proposed to harbor ≈170 open reading frames (ORFs). More recently, omics approaches revealed HCMV gene expression to be substantially more complex comprising several hundred viral ORFs. Here, we provide a state-of-the art reannotation of lytic MCMV gene expression based on integrative analysis of a large set of omics data. Our data reveal 365 viral transcription start sites (TiSS) that give rise to 380 and 454 viral transcripts and ORFs, respectively. The latter include 200 small ORFs, some of which represented the most highly expressed viral gene products. By combining TiSS profiling with metabolic RNA labelling and chemical nucleotide conversion sequencing (dSLAM-seq), we provide a detailed picture of the expression kinetics of viral transcription. This not only resulted in the identification of a novel MCMV immediate early transcript encoding the m166.5 ORF, which we termed ie4, but also revealed a group of well-expressed viral transcripts that are induced later than canonical true late genes and contain an initiator element (Inr) but no TATA- or TATT-box in their core promoters. We show that viral upstream ORFs (uORFs) tune gene expression of longer viral ORFs expressed in cis at translational level. Finally, we identify a truncated isoform of the viral NK-cell immune evasin m145 arising from a viral TiSS downstream of the canonical m145 mRNA. Despite being ≈5-fold more abundantly expressed than the canonical m145 protein it was not required for downregulating the NK cell ligand, MULT-I. In summary, our work will pave the way for future mechanistic studies on previously unknown cytomegalovirus gene products in an important virus animal model.},
  language  = {en}
}