@phdthesis{Heitmann2014,
  author    = {Heitmann, Maximilian},
  title     = {Vergleich der genetischen Eigenschaften von Bone Marrow derived Mesenchymal Stem Cells und Trabecular Bone derived Mesenchymal Stem Cells},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-108612},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2014},
  abstract  = {Technische Neuerungen und steigende Anspr{\"u}che an die Gesundheit stellen die moderne Medizin immer wieder vor neue Herausforderungen und f{\"u}hren zur Entwicklung von neuen Therapiekonzepten wie dem Tissue Engineering. Vielfach kommen dabei adulte pluripotente Stammzellen zum Einsatz. Bei der Regeneration mesenchymalen Gewebes wie Knochen, Knorpel und Muskulatur leisten Mesenchymale Stammzellen (MSCs) einen entscheidenden Beitrag. Diese lassen sich aus allen mesenchymalen Geweben des K{\"o}rpers gewinnen und stellen daher zwar keine homogene Zellpopulation dar, doch sie lassen sich aufgrund ph{\"a}notypischer und molekularbiologischer Gemeinsamkeiten charakterisieren. In großer Zahl lassen sich MSCs aus dem Knochenmark gewinnen und werden als stromale MSCs bzw. mhMSCs (marrow-derived human MSCs) bezeichnet. Auf der Suche nach homogenen Subpopulationen von MSCs wurde in dieser Arbeit eine Zellpopulation aus Knochentrabekeln gewonnen, sogenannte bhMSCs (trabecular bone-derived MSCs), und anhand ihrer Genexpression mit mhMSCs verglichen. Daf{\"u}r wurde RNA aus beiden Populationen in einem Microarray mit anschließender SAM (significance analysis of microarrays) analysiert um unterschiedliche Expressionsmuster zwischen mhMSCs und bhMSCs aufzuzeigen. Diese Ergebnisse wurden durch konventionelle Reverse Transkriptase Polymerase Kettenreaktion (RT-PCR) best{\"a}tigt, wobei das Augenmerk vor allem auf solche Gene gerichtet wurde, die differentiell exprimiert waren und zudem als Markergene ein Differenzierungspotential in bestimmte Gewebe wie Muskel und Knochen vorhersagen. Dabei konnte sowohl eine gute {\"U}bereinstimmung zwischen Microarray und RT-PCR demonstriert als auch die Hoffnung auf eine homogene (trabekul{\"a}re) MSC-Population mit anderen Differenzierungseigenschaften geweckt werden. Im Verlauf weitergehender Untersuchungen der SAM fiel eine unerkl{\"a}rlich hohe Expression von Immunglobulinketten in der mhMSC-Kultur (Passage 0) auf, die letztlich auf eine Kontamination der Zellkultur mit Plasmazellen schließen ließ. Da die Ergebnisse des Microarrays (Passage 0 Kultur) somit zu hinterfragen waren, wurde die Kontamination der Plasmazellen durch Passagieren der mhMSC-Zellkultur (Passage 1) beseitigt und erneut ein Microarray mit SAM durchgef{\"u}hrt. Dabei relativierten sich fast alle Expressionsunterschiede, die somit auf die Kontamination der Plasmazellen zur{\"u}ckgef{\"u}hrt werden mussten. Einzig drei Gene (CD24, TRIB2, AHNAK) wurden in diesem zweiten Array differentiell exprimiert, was sich bei CD24 und TRIB2 auch durch RT-PCR untermauern ließ. Es l{\"a}sst sich also schlussfolgern, dass bhMSCs wahrscheinlich in der Zukunft des Tissue Engineering keinen Stellenwert haben werden, zumal ihre Gewinnung im Vergleich zu mhMSC deutlich aufwendiger ist.},
  subject      = {Mesenchymale Stammzelle},
  language  = {de}
}
@article{AdamBaeurleBrodskyetal.2014,
  author    = {Adam, Christian and Baeurle, Anne and Brodsky, Jeffrey L. and Schrama, David and Wipf, Peter and Becker, J{\"u}rgen Christian and Houben, Roland},
  title     = {The HSP70 Modulator MAL3-101 Inhibits Merkel Cell Carcinoma},
  doi       = {10.1371/journal.pone.0092041},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-112795},
  year      = {2014},
  abstract  = {Merkel Cell Carcinoma (MCC) is a rare and highly aggressive neuroendocrine skin cancer for which no effective treatment is available. MCC represents a human cancer with the best experimental evidence for a causal role of a polyoma virus. Large T antigens (LTA) encoded by polyoma viruses are oncoproteins, which are thought to require support of cellular heat shock protein 70 (HSP70) to exert their transforming activity. Here we evaluated the capability of MAL3-101, a synthetic HSP70 inhibitor, to limit proliferation and survival of various MCC cell lines. Remarkably, MAL3-101 treatment resulted in considerable apoptosis in 5 out of 7 MCC cell lines. While this effect was not associated with the viral status of the MCC cells, quantitative mRNA expression analysis of the known HSP70 isoforms revealed a significant correlation between MAL3-101 sensitivity and HSC70 expression, the most prominent isoform in all cell lines. Moreover, MAL3-101 also exhibited in vivo antitumor activity in an MCC xenograft model suggesting that this substance or related compounds are potential therapeutics for the treatment of MCC in the future.},
  language  = {en}
}
@article{RudelKrohnePrusty2013,
  author    = {Rudel, Thomas and Krohne, George and Prusty, Bhupesh K.},
  title     = {Reactivation of Chromosomally Integrated Human Herpesvirus-6 by Telomeric Circle Formation},
  doi       = {10.1371/journal.pgen.1004033},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-111380},
  year      = {2013},
  abstract  = {More than 95\% of the human population is infected with human herpesvirus-6 (HHV-6) during early childhood and maintains latent HHV-6 genomes either in an extra-chromosomal form or as a chromosomally integrated HHV-6 (ciHHV-6). In addition, approximately 1\% of humans are born with an inheritable form of ciHHV-6 integrated into the telomeres of chromosomes. Immunosuppression and stress conditions can reactivate latent HHV-6 replication, which is associated with clinical complications and even death. We have previously shown that Chlamydia trachomatis infection reactivates ciHHV-6 and induces the formation of extra-chromosomal viral DNA in ciHHV-6 cells. Here, we propose a model and provide experimental evidence for the mechanism of ciHHV-6 reactivation. Infection with Chlamydia induced a transient shortening of telomeric ends, which subsequently led to increased telomeric circle (t-circle) formation and incomplete reconstitution of circular viral genomes containing single viral direct repeat (DR). Correspondingly, short t-circles containing parts of the HHV-6 DR were detected in cells from individuals with genetically inherited ciHHV-6. Furthermore, telomere shortening induced in the absence of Chlamydia infection also caused circularization of ciHHV-6, supporting a t-circle based mechanism for ciHHV-6 reactivation. Author Summary: Human herpesviruses (HHVs) can reside in a lifelong non-infectious state displaying limited activity in their host and protected from immune responses. One possible way by which HHV-6 achieves this state is by integrating into the telomeric ends of human chromosomes, which are highly repetitive sequences that protect the ends of chromosomes from damage. Various stress conditions can reactivate latent HHV-6 thus increasing the severity of multiple human disorders. Recently, we have identified Chlamydia infection as a natural cause of latent HHV-6 reactivation. Here, we have sought to elucidate the molecular mechanism of HHV-6 reactivation. HHV-6 efficiently utilizes the well-organized telomere maintenance machinery of the host cell to exit from its inactive state and initiate replication to form new viral DNA. We provide experimental evidence that the shortening of telomeres, as a consequence of interference with telomere maintenance, triggers the release of the integrated virus from the chromosome. Our data provide a mechanistic basis to understand HHV-6 reactivation scenarios, which in light of the high prevalence of HHV-6 infection and the possibility of chromosomal integration of other common viruses like HHV-7 have important medical consequences for several million people worldwide.},
  language  = {en}
}
@phdthesis{Polzin2001,
  author    = {Polzin, Silke},
  title     = {Lebensaltersch{\"a}tzung aus biologischem Material anhand der 4.977 bp-Deletion in menschlicher mitochondrialer DNA},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-2999},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2001},
  abstract  = {Neben der Frage nach dem Lebensalter als Kriterium zur Identifizierung unbekannter Leichen und menschlicher {\"U}berreste, wird der Bedarf einer Alterssch{\"a}tzung an lebenden Personen derzeit immer gr{\"o}ßer. Hinzu kommt die Hoffnung, aus Spuren R{\"u}ckschl{\"u}sse auf das Alter des Spurenlegers ziehen zu k{\"o}nnen. Ziel dieser Arbeit war es, aus verschiedenen biologischen Materialien das Alter anhand der 4.977 bp-Deletion in menschlicher mitochondrialer DNA absch{\"a}tzen zu k{\"o}nnen, wobei der Schwerpunkt auf Material von lebenden Personen lag. Hierzu wurde mit Hilfe geeigneter DNA-Extraktionsmethoden aus verschiedenen Gewebearten, ven{\"o}sem Vollblut, Mundschleimhautabstrichen und Haarwurzeln ausreichend DNA guter Qualit{\"a}t gewonnen. Die Schwierigkeit dieser Untersuchung lag in der Erm{\"o}glichung einer Quantifizierungsmethode zur Erfassung der 4.977 bp-Deletion. Dieses Problem wurde, nach der Wahl optimaler Primer und Amplifizierung spezifischer DNA-Fragmente, f{\"u}r die deletierte und die normale mtDNA unter optimierten PCR-Bedingungen im Multi-plex-Ansatz, mit Hilfe der Kapillarelektrophorese gel{\"o}st. Mit ihr konnte der Anteil der 4.977 bp-deletierten und der normalen mtDNA durch die computeranalysierten Peakfl{\"a}chen der beiden Fragmente bestimmt und miteinander in Verh{\"a}ltnis gesetzt werden. Dieses Verh{\"a}ltnis wurde durch den Quotienten IDel/INorm ausgedr{\"u}ckt. Die gewonnenen Ergebnisse wurden anschließend ausgedehnten statistischen Erhebungen unterzogen. Die 4.977 bp-Deletion zeigte in allen untersuchten Materialien eine eindeutige Altersabh{\"a}ngigkeit. Dies wurde an der Zunahme des Quotienten IDel/INorm mit steigendem Alter ersichtlich. F{\"u}r die verschiedenen Gewebearten war die Abh{\"a}ngigkeit dieser Deletion vom Alter bereits aus der Literatur bekannt. Im Blut wurde diese jedoch erstmalig gezeigt, ebenso wie in den Mundschleimhautabstrichen, die bisher noch nie f{\"u}r Untersuchungen der 4.977 bp-Deletion herangezogen wurden. In den Haarwurzeln konnte die Deletion nicht nachgewiesen werden. Auff{\"a}llig war hierbei, dass die Altersabh{\"a}ngigkeit von Material zu Material unterschiedlich ausgepr{\"a}gt war. Der gr{\"o}ßte Anteil deletierter mtDNA fand sich im Gehirngewebe, gefolgt von Skelettmuskulatur, Herz, Lunge, Milz, Niere Leber und Haut. F{\"u}r diese unterschiedliche Akkumulierung der 4.977 bp-Deletion finden sich zwei m{\"o}gliche Erkl{\"a}rungsans{\"a}tze, die Theorie einer unterschiedlichen Mitoserate und die einer unterschiedlichen Stoffwechselaktivit{\"a}t, die beide die gewonnene Rangfolge best{\"a}tigen. Des Weiteren wurde eine Abh{\"a}ngigkeit der 4.977 bp-Deletion von der in die PCR eingesetzten DNA-Menge festgestellt. Dieser Effekt muss im Zusammenhang mit der unterschiedlichen Amplifizierungseffizienz der beiden relevanten DNA-Fragmente gesehen werden, wodurch jedoch die Einschr{\"a}nkungen der angewandten unkontrollierten Multiplex-PCR mit anschließender semi-quantitativer Detektion der Amplifikations- produkte deutlich werden. Unter Ber{\"u}cksichtigung der Einschr{\"a}nkungen gelang anhand von Perzentilentabellen eine Alterssch{\"a}tzung mit der Angabe einer Altersspanne von ungef{\"a}hr 30 Jahren. Um eine genauere Alterssch{\"a}tzung zu erreichen, w{\"a}re eine Optimierung der Methode, z. B. durch Anwendung einer real-time quantitativen PCR, und eine Einbeziehung einer noch gr{\"o}ßeren Probenzahl n{\"o}tig.},
  language  = {de}
}
@article{HaertleMaierhoferBoecketal.2017,
  author    = {Haertle, Larissa and Maierhofer, Anna and B{\"o}ck, Julia and Lehnen, Harald and B{\"o}ttcher, Yvonne and Bl{\"u}her, Matthias and Schorsch, Martin and Potabattula, Ramya and El Hajj, Nady and Appenzeller, Silke and Haaf, Thomas},
  title     = {Hypermethylation of the non-imprinted maternal MEG3 and paternal MEST alleles is highly variable among normal individuals},
  series = {PLoS ONE},
  volume    = {12},
  journal   = {PLoS ONE},
  number    = {8},
  doi       = {10.1371/journal.pone.0184030},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-170433},
  pages     = {e0184030},
  year      = {2017},
  abstract  = {Imprinted genes show parent-specific activity (functional haploidy), which makes them particularly vulnerable to epigenetic dysregulation. Here we studied the methylation profiles of oppositely imprinted genes at single DNA molecule resolution by two independent parental allele-specific deep bisulfite sequencing (DBS) techniques. Using Roche (GSJunior) next generation sequencing technology, we analyzed the maternally imprinted MEST promoter and the paternally imprinted MEG3 intergenic (IG) differentially methylated region (DMR) in fetal cord blood, adult blood, and visceral adipose tissue. Epimutations were defined as paternal or maternal alleles with >50\% aberrantly (de)methylated CpG sites, showing the wrong methylation imprint. The epimutation rates (range 2-66\%) of the paternal MEST and the maternal MEG3 IG DMR allele, which should be completely unmethylated, were significantly higher than those (0-15\%) of the maternal MEST and paternal MEG3 alleles, which are expected to be fully methylated. This hypermethylation of the non-imprinted allele (HNA) was independent of parental origin. Very low epimutation rates in sperm suggest that HNA occurred after fertilization. DBS with Illumina (MiSeq) technology confirmed HNA for the MEST promoter and the MEG3 IG DMR, and to a lesser extent, for the paternally imprinted secondary MEG3 promoter and the maternally imprinted PEG3 promoter. HNA leads to biallelic methylation of imprinted genes in a considerable proportion of normal body cells (somatic mosaicism) and is highly variable between individuals. We propose that during development and differentiation maintenance of differential methylation at most imprinting control regions may become to some extent redundant. The accumulation of stochastic and environmentally-induced methylation errors on the non-imprinted allele may increase epigenetic diversity between cells and individuals.},
  language  = {en}
}
@article{RudelPrustySiegletal.2013,
  author    = {Rudel, Thomas and Prusty, Bhupesh K. and Siegl, Christine and Hauck, Petra and Hain, Johannes and Korhonen, Suvi J. and Hiltunen-Back, Eija and Poulakkainen, Mirja},
  title     = {Chlamydia trachomatis Infection Induces Replication of Latent HHV-6},
  series = {PLoS ONE},
  journal   = {PLoS ONE},
  doi       = {10.1371/journal.pone.0061400},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-96731},
  year      = {2013},
  abstract  = {Human herpesvirus-6 (HHV-6) exists in latent form either as a nuclear episome or integrated into human chromosomes in more than 90\% of healthy individuals without causing clinical symptoms. Immunosuppression and stress conditions can reactivate HHV-6 replication, associated with clinical complications and even death. We have previously shown that co-infection of Chlamydia trachomatis and HHV-6 promotes chlamydial persistence and increases viral uptake in an in vitro cell culture model. Here we investigated C. trachomatis-induced HHV-6 activation in cell lines and fresh blood samples from patients having Chromosomally integrated HHV-6 (CiHHV-6). We observed activation of latent HHV-6 DNA replication in CiHHV-6 cell lines and fresh blood cells without formation of viral particles. Interestingly, we detected HHV-6 DNA in blood as well as cervical swabs from C. trachomatis-infected women. Low virus titers correlated with high C. trachomatis load and vice versa, demonstrating a potentially significant interaction of these pathogens in blood cells and in the cervix of infected patients. Our data suggest a thus far underestimated interference of HHV-6 and C. trachomatis with a likely impact on the disease outcome as consequence of co-infection.},
  language  = {en}
}