@article{LiangBencurovaPsotaetal.2021,
  author    = {Liang, Chunguang and Bencurova, Elena and Psota, Eric and Neurgaonkar, Priya and Prelog, Martina and Scheller, Carsten and Dandekar, Thomas},
  title     = {Population-predicted MHC class II epitope presentation of SARS-CoV-2 structural proteins correlates to the case fatality rates of COVID-19 in different countries},
  series = {International Journal of Molecular Sciences},
  volume    = {22},
  journal   = {International Journal of Molecular Sciences},
  number    = {5},
  issn      = {1422-0067},
  doi       = {10.3390/ijms22052630},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-258936},
  year      = {2021},
  abstract  = {We observed substantial differences in predicted Major Histocompatibility Complex II (MHCII) epitope presentation of SARS-CoV-2 proteins for different populations but only minor differences in predicted MHCI epitope presentation. A comparison of this predicted epitope MHC-coverage revealed for the early phase of infection spread (till day 15 after reaching 128 observed infection cases) highly significant negative correlations with the case fatality rate. Specifically, this was observed in different populations for MHC class II presentation of the viral spike protein (p-value: 0.0733 for linear regression), the envelope protein (p-value: 0.023), and the membrane protein (p-value: 0.00053), indicating that the high case fatality rates of COVID-19 observed in some countries seem to be related with poor MHC class II presentation and hence weak adaptive immune response against these viral envelope proteins. Our results highlight the general importance of the SARS-CoV-2 structural proteins in immunological control in early infection spread looking at a global census in various countries and taking case fatality rate into account. Other factors such as health system and control measures become more important after the early spread. Our study should encourage further studies on MHCII alleles as potential risk factors in COVID-19 including assessment of local populations and specific allele distributions.},
  language  = {en}
}
@phdthesis{Gerlach2003,
  author    = {Gerlach, Judith},
  title     = {Der inhibitorische Einfluss von CD22 auf das B-Zellrezeptorsignal nach Stimulation der B-Zelle},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-7207},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2003},
  abstract  = {CD22 ist ein B-zellspezifisches Transmembranprotein der Immunglobulin (Ig)-Superfamilie. Es {\"u}bernimmt zwei unterschiedliche Aufgaben. Zum einen hat CD22 eine inhibitorische Wirkung auf das BZR-Signal. Nach BZR-Ligation lagert sich die Tyrosin-Phosphatase SHP-1 an die cytoplasmatische Dom{\"a}ne von CD22 an, wodurch SHP-1 aktiviert wird. Durch die dephosphorylierende Aktivit{\"a}t der Phosphatase moduliert sie das BZR-Signal. Zum anderen ist CD22 ein Adh{\"a}sionsmolek{\"u}l, das in die Gruppe der Siglecs (Sialic acid-binding Ig-like lectin) geh{\"o}rt. Die N-terminale Ig-Dom{\"a}ne von CD22 weist die Bindungseigenschaften eines Lectins auf und bindet spezifisch \&\#61537;2,6-gekoppelte Sialins{\"a}ure. Das Ziel der vorliegenden Doktorarbeit war es, die inhibitorische Wirkung von CD22 auf das BZR-Signal molekular zu definieren. Daher wurde das Substrat der an CD22 rekrutierten und aktivierten Phosphatase SHP-1 in vergleichenden Analysen von CD22-defizienten und Kontroll-B-Zellen nach BZR-Stimulation gesucht. Wir konnten zeigen, dass in CD22-defizienten B-Zellen nach BZR-Stimulation das Adaptermolek{\"u}l SLP-65, auch BLNK oder BASH genannt, fr{\"u}her und st{\"a}rker Tyrosin-phosphoryliert vorliegt, als in Kontroll-B-Zellen. Transfektionsexperimente mit der CD22-defizienten Plasmazytom-Zelllinie J558L\&\#61549;m3 wurden begonnen, um den molekularen Zusammenhang zwischen CD22, SHP-1 und SLP-65/BLNK zu best{\"a}tigen. Das in J558L\&\#61549;m3 Zellen ektopisch exprimierte CD22 wurde Tyrosin-phosphoryliert, und SHP-1 konnte mit CD22 co-pr{\"a}zipitiert werden. Jedoch war in den CD22-Transfektanten keine Reduktion der Tyrosin-Phosphorylierung von SLP-65/BLNK nach BZR-Stimulation im Vergleich zu untransfizierten Zellen nachweisbar. Da in unabh{\"a}ngigen Experimenten die Liganden-Bindung von CD22 als Voraussetzung f{\"u}r die inhibitorische Wirkung von CD22 deutlich wurde, etablierten wir \&\#61537;2,6 Sialins{\"a}ure- und CD22-positive J558L\&\#61549;m3 Doppeltransfektanten. Auf diesen konnte die cis-Maskierung von CD22 nachgewiesen werden. In Stimulationsexperimenten der Doppeltransfektanten wurde die reduzierte Tyrosin-Phosphorylierung von SLP-65/BLNK in Abh{\"a}ngigkeit von CD22 in der Mehrzahl der Klone best{\"a}tigt. Allerdings mussten die Resultate in Frage gestellt werden, als in den meisten Klonen einer Kontrolltransfektion ebenfalls eine Reduktion der Tyrosin-Phosphorylierung von SLP-65/BLNK festgestellt wurde. Um den Einfluss von CD22 und SLP-65 auf das BZR-Signal zu kl{\"a}ren, wurden CD22- und SLP-65-defiziente M{\"a}use gekreuzt. Durch die zus{\"a}tzliche Deletion von CD22 in SLP-65-/- M{\"a}usen konnte das Ca2+-Signal nach BZR-Stimulation wieder hergestellt werden. Jedoch zeigte die weitere Analyse der doppel-defizienten M{\"a}use, dass in der Regel der Ph{\"a}notyp der SLP-65-defizienten M{\"a}use dominiert. Diese Ergebnisse verdeutlichten, dass das Adaptermolek{\"u}l SLP-65/BLNK zwar ein Substrat des CD22/SHP-1 Signalweges ist, aber keine essentielle Rolle in der inhibitorischen Wirkung von CD22 {\"u}bernimmt. Weiterhin wurde der Einfluss der Ligandenbindung von CD22 auf dessen intrazellul{\"a}re, inhibitorische Wirkung auf das BZR-Signal untersucht. Ein synthetisches Sialoside stand zur Verf{\"u}gung, das hochspezifisch die Interaktion von CD22 mit dessen Liganden st{\"o}rt. Wurden die Zellen einer humanen B-Zelllinie in Gegenwart des Sialosids {\"u}ber den BZR stimuliert, konnte ein erh{\"o}htes Ca2+-Signal gemessen werden. Dieses Resultat erinnerte an die st{\"a}rkere Ca2+-Mobilisierung in CD22-defizienten B-Zellen. Entsprechend war die Tyrosin-Phosphorylierung von CD22 nach Vorbehandlung mit dem Sialosid in den humanen B-Zellen verringert, und weniger SHP-1 konnte mit CD22 co-pr{\"a}zipitiert werden. Mit diesen Ergebnissen wurde deutlich, dass die Adh{\"a}sionsdom{\"a}ne von CD22 einen direkten, positiven Einfluss auf die intrazellul{\"a}re, inhibitorische Dom{\"a}ne von CD22 hat. Als Nebenprojekt wurde die Rolle von CD22 in knock-out M{\"a}usen des transkriptionellen Co-Aktivators BOB.1/OBF.1 untersucht. Ein Entwicklungsblock im transitionalen B-Zellstadium im Knochenmark der BOB.1/OBF.1-defizienten M{\"a}use verursacht eine deutliche Reduktion reifer B-Zellen in der Milz. Die Analyse des Knochenmarks der BOB.1/OBF.1-defizienten M{\"a}use zeigte, dass ausschließlich die Expression von CD22 auf den B-Vorl{\"a}ufer Zellen erh{\"o}ht war. Nach zus{\"a}tzlicher Deletion von CD22 in BOB.1/OBF.1-/- M{\"a}usen war nach BZR-Stimulation ein deutliches Ca2+-Signal in den doppel-defizienten B-Zellen messbar. Dieses k{\"o}nnte die normalisierte Anzahl transitionaler B-Zellen im Knochenmark und die gestiegene Anzahl reifer B-Zellen in der Milz der doppel-defizienten M{\"a}use bewirken. Allerdings waren die doppel-defizienten M{\"a}use, entsprechend den BOB.1/OBF.1-/- M{\"a}usen, nicht in der Lage, eine humorale Immunantwort einzuleiten oder Keimzentren zu bilden. Die Proliferation von CD22-defizienten B-Zellen nach LPS-Stimulation verlief unabh{\"a}ngig von der An- oder Abwesenheit von BOB.1/OBF.1. Mit den Untersuchungen konnten wir zeigen, dass die Differenzierungsschwierigkeiten der BOB.1/OBF.1-defizienten B-Zellen vom BZR-Signal abh{\"a}ngen. Allerdings muss das Ausbleiben der Keimzentrenbildung auf einen anderen Mechanismus zur{\"u}ckgef{\"u}hrt werden.},
  subject      = {B-Lymphozyt},
  language  = {de}
}