@article{ArhondakisFrousiosIliopoulosetal.2011,
  author    = {Arhondakis, Stilianos and Frousios, Kimon and Iliopoulos, Costas S. and Pissis, Solon P. and Tischler, German and Kossida, Sophia},
  title     = {Transcriptome map of mouse isochores},
  series = {BMC Genomics},
  volume    = {12},
  journal   = {BMC Genomics},
  number    = {511},
  doi       = {10.1186/1471-2164-12-511},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-142773},
  pages     = {1-9},
  year      = {2011},
  abstract  = {Background: The availability of fully sequenced genomes and the implementation of transcriptome technologies have increased the studies investigating the expression profiles for a variety of tissues, conditions, and species. In this study, using RNA-seq data for three distinct tissues (brain, liver, and muscle), we investigate how base composition affects mammalian gene expression, an issue of prime practical and evolutionary interest. Results: We present the transcriptome map of the mouse isochores (DNA segments with a fairly homogeneous base composition) for the three different tissues and the effects of isochores' base composition on their expression activity. Our analyses also cover the relations between the genes' expression activity and their localization in the isochore families. Conclusions: This study is the first where next-generation sequencing data are used to associate the effects of both genomic and genic compositional properties to their corresponding expression activity. Our findings confirm previous results, and further support the existence of a relationship between isochores and gene expression. This relationship corroborates that isochores are primarily a product of evolutionary adaptation rather than a simple by-product of neutral evolutionary processes.},
  language  = {en}
}
@article{ArltBiehlTayloretal.2011,
  author    = {Arlt, Wiebke and Biehl, Michael and Taylor, Angela E. and Hahner, Stefanie and Lib{\´e}, Rossella and Hughes, Beverly A. and Schneider, Petra and Smith, David J. and Stiekema, Han and Krone, Nils and Porfiri, Emilio and Opocher, Giuseppe and Bertherat, Jer{\^o}me and Mantero, Franco and Allolio, Bruno and Terzolo, Massimo and Nightingale, Peter and Shackleton, Cedric H. L. and Bertagna, Xavier and Fassnacht, Martin and Stewart, Paul M.},
  title     = {Urine Steroid Metabolomics as a Biomarker Tool for Detecting Malignancy in Adrenal Tumors},
  series = {The Journal of Clinical Endocrinology \& Metabolism},
  volume    = {96},
  journal   = {The Journal of Clinical Endocrinology \& Metabolism},
  number    = {12},
  doi       = {10.1210/jc.2011-1565},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-154682},
  pages     = {3775 -- 3784},
  year      = {2011},
  abstract  = {Context: Adrenal tumors have a prevalence of around 2\% in the general population. Adrenocortical carcinoma (ACC) is rare but accounts for 2-11\% of incidentally discovered adrenal masses. Differentiating ACC from adrenocortical adenoma (ACA) represents a diagnostic challenge in patients with adrenal incidentalomas, with tumor size, imaging, and even histology all providing unsatisfactory predictive values. Objective: Here we developed a novel steroid metabolomic approach, mass spectrometry-based steroid profiling followed by machine learning analysis, and examined its diagnostic value for the detection of adrenal malignancy. Design: Quantification of 32 distinct adrenal derived steroids was carried out by gas chromatography/mass spectrometry in 24-h urine samples from 102 ACA patients (age range 19-84 yr) and 45 ACC patients (20-80 yr). Underlying diagnosis was ascertained by histology and metastasis in ACC and by clinical follow-up [median duration 52 (range 26-201) months] without evidence of metastasis in ACA. Steroid excretion data were subjected to generalized matrix learning vector quantization (GMLVQ) to identify the most discriminative steroids. Results: Steroid profiling revealed a pattern of predominantly immature, early-stage steroidogenesis in ACC. GMLVQ analysis identified a subset of nine steroids that performed best in differentiating ACA from ACC. Receiver-operating characteristics analysis of GMLVQ results demonstrated sensitivity = specificity = 90\% (area under the curve = 0.97) employing all 32 steroids and sensitivity = specificity = 88\% (area under the curve = 0.96) when using only the nine most differentiating markers. Conclusions: Urine steroid metabolomics is a novel, highly sensitive, and specific biomarker tool for discriminating benign from malignant adrenal tumors, with obvious promise for the diagnostic work-up of patients with adrenal incidentalomas.},
  language  = {en}
}
@phdthesis{Armbruster2011,
  author    = {Armbruster, Nicole},
  title     = {Gentherapie der Rheumatoiden Arthritis mit foamyviralen Vektoren},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-65330},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2011},
  abstract  = {Die rheumatoide Arthritis (RA) ist eine Autoimmunerkrankung, die durch anhaltende Gelenksentz{\"u}ndungen gekennzeichnet ist und mit einer fortschreitenden Degradierung des Knorpels und Knochen einhergeht. Ungef{\"a}hr 2 \% der erwachsenen Bev{\"o}lkerung weltweit sind betroffen und leiden unter erheblichen Gelenkschmerzen und Beeintr{\"a}chtigungen. Der intraartikul{\"a}re Transfer anti-entz{\"u}ndlicher Gene (z.B. des Interleukin-1 Rezeptorantagonisten - IL1RA) zeigte signifikante Bedeutung in pr{\"a}klinischen und Phase-I klinischen Studien der RA Therapie. Die meisten dieser Studien verwendeten MLV-basierte orthoretrovirale Vektoren f{\"u}r eine stabile Transgenexpression, tragen aber das Risiko der Insertionsmutagenese. Wir haben foamyvirale Vektoren (FVV) etabliert, welche von apathogenen Elternviren abgeleitet sind und sich durch ein breites Wirtsspektrum und ein vorteilhaftes Integrationsmuster ins zellul{\"a}re Genom auszeichnen. In dieser Arbeit wurden IL1RA exprimierende prototypische foamyvirale Vektoren (PFV) generiert, deren chondroprotektives Potential in vitro und in einem indirekten Gentransferansatz in Kniegelenken von Wistar und athymischen Nacktratten in vivo evaluiert wurde. PFV Vektoren mit der kodierenden Sequenz f{\"u}r den humanen IL1RA, einer internen ribosomalen Eintrittsstelle (IRES) und EGFP wurden generiert und mit Verwendung eines Vier-Plasmidsystem, bestehend aus dem Vektorplasmid (IL1RA-IRES-EGFP) und den Expressionsplasmiden FV-gag, FV-pol und FV-env in 293T Zellen produziert. Ebenso wurden Kontrollvektoren welche nur EGFP exprimieren generiert. Transduktionsexperimente wurden mit prim{\"a}ren humanen mesenchymalen Stammzellen (MSZ) aus Knochenmarkaspiraten, der Tert-4 mesenchymalen Stammzelllinie, HT1080 Fibroblasten und prim{\"a}ren Ratten Synovialfibroblasten durchgef{\"u}hrt. Die Transgenexpression wurde mittels Fluoreszenzmikroskopie (EGFP), ELISA (IL1RA) und quantitativer Real-Time PCR (IL1RA) evaluiert. Die Funktionalit{\"a}t des IL1RA-Proteins wurde mit einem Prostaglandin E2 (PGE2) Assay gezeigt. Dazu wurden FV.IL1RA transduzierte Tert-4 Zellen und unbehandelte Zellen mit 10 ng/ml IL1 inkubiert. Als readout f{\"u}r die IL1-Stimulation dienten die PGE2 Mengen in den konditionierten Medien. Die Zellkultur{\"u}berst{\"a}nde wurden 48 h nach IL1-Gabe auf ihren PGE2 und IL1RA Gehalt hin untersucht. Die PGE2 Menge war dabei, im Vergleich zu den unbehandelten Kontrollen, in den FV.IL1RA transduzierten Zellen signifikant erniedrigt. Nach der Transplantation von foamyviral transduzierten Synovialfibroblasten in Kniegelenke von Wistar und athymischen Nacktratten, war die intraartikul{\"a}re (i.a.) Transgenexpression in den Wistar Ratten zun{\"a}chst hoch, fiel jedoch nach ungef{\"a}hr 3 Wochen ab. Im Gegensatz dazu war die foamyviral vermittelte IL1RA-Expression in den immundefizienten Ratten f{\"u}r 12 Wochen auf sehr hohen Leveln stabil. Ein Maximum wurde an Tag 10 nach i.a. Transplantation mit ca. 450 ng pro Gelenk erreicht. Untersuchungen zur Biodistribution zeigten keine extraartikul{\"a}re Transgenexpression in allen untersuchten Organen (Gehirn, Herz, Lunge, Leber, Niere, Milz, Gonaden und Serum). Diese Resultate, zusammen mit dem Ausbleiben von sekund{\"a}ren Erkrankungen, wie bspw. Tumoren, in allen behandelten Tieren, sprechen f{\"u}r die Sicherheit des Ansatzes. Die Arbeit zeigt, dass FVV verwendet werden k{\"o}nnen, um prim{\"a}re Synovialfibroblasten und MSZ effizient mit Markergenen und dem anti-entz{\"u}ndlichen IL1RA Transgen zu transduzieren. Die dabei erzielten Transgenlevel sind in der Lage, die Effekte von hochdosiertem IL1 zu blockieren. Die Ergebnisse sprechen daf{\"u}r, dass FVV sehr effiziente Werkzeuge f{\"u}r den ex vivo Gentransfer sind und unterstreichen ihr großes Potential f{\"u}r die Bereitstellung anti-entz{\"u}ndlicher Transgene in prim{\"a}ren Zellen und Geweben. Zuk{\"u}nftig soll diese Technologie in Tiermodellen der Arthritis angewendet werden. Das Fernziel der Arbeiten besteht in der Etablierung und Evaluierung eines Gentransfersystems, welches die in vivo Applikation am Menschen erlaubt.},
  subject      = {Rheumatoide Arthritis},
  language  = {de}
}
@phdthesis{Arnholdt2011,
  author    = {Arnholdt, Stefan},
  title     = {Systematische Lymphadenektomie bei zwischen 1996-2008 an der Universit{\"a}tsklinik W{\"u}rzburg operierten Patienten mit nicht-kleinzelligem Bronchialkarzinom - eine retrospektive Studie},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-65614},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2011},
  abstract  = {Das Bronchialkarzinom ist das am h{\"a}ufigsten zum Tode f{\"u}hrende Malignom. Seine gerade bei Frauen weiter steigende Inzidenz unterstreicht seine gesellschaftliche Bedeutung und die Notwendigkeit die Therapiem{\"o}glichkeiten weiter zu verbessern. Diese Studie durchleuchtet die Auswirkung einer kurativ intendierten chirurgischen Entfernung eines Bronchialkarzinoms mit systematischer Lymphadenektomie auf die 5-Jahres-{\"U}berlebensrate der Patienten, sowie den Einfluss der intraoperativen Gabe von Erythrozytenkonzentraten.},
  subject      = {Lymphknotenresektion},
  language  = {de}
}
@article{ArnoldBraunschweigGruss2011,
  author    = {Arnold, Thomas and Braunschweig, Holger and Gruss, Katrin},
  title     = {cyclo-Tri-mu-oxido-tris{[(eta 5,eta 5)-1,2-bis(cyclopentadienyl)-1,1,2,2-tetramethyldisilane]zirconium(IV)}: a trimeric disila-bridged oxidozirconocene},
  series = {Acta Crystallographica Section E: metal-organic compounds},
  volume    = {67},
  journal   = {Acta Crystallographica Section E: metal-organic compounds},
  doi       = {10.1107/S1600536811007094},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-134802},
  pages     = {M391-sup-23},
  year      = {2011},
  abstract  = {The title compound, [Zr(3)(C(14)H(20)Si(2))(3)O(3)], consists of three disila-bridged zirconocene units, which are connected via an oxide ligand, forming a nearly planar six-membered ring with a maximum displacement of 0.0191 (8) A. The compound was isolated as a by-product from a mixture of [(C(5)H(4)SiMe(2))(2)ZrCl(2)] and Li[AlH(4)] in Et(2)O.},
  language  = {en}
}
@article{AsciertoWorschechYuetal.2011,
  author    = {Ascierto, Maria Libera and Worschech, Andrea and Yu, Zhiya and Adams, Sharon and Reinboth, Jennifer and Chen, Nanhai G and Pos, Zoltan and Roychoudhuri, Rahul and Di Pasquale, Giovanni and Bedognetti, Davide and Uccellini, Lorenzo and Rossano, Fabio and Ascierto, Paolo A and Stroncek, David F and Restifo, Nicholas P and Wang, Ena and Szalay, Aladar A and Marincola, Francesco M},
  title     = {Permissivity of the NCI-60 cancer cell lines to oncolytic Vaccinia Virus GLV-1h68},
  series = {BMC Cancer},
  volume    = {11},
  journal   = {BMC Cancer},
  number    = {451},
  doi       = {10.1186/1471-2407-11-451},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-141503},
  pages     = {1-14},
  year      = {2011},
  abstract  = {Background: Oncolytic viral therapy represents an alternative therapeutic strategy for the treatment of cancer. We previously described GLV-1h68, a modified Vaccinia Virus with exclusive tropism for tumor cells, and we observed a cell line-specific relationship between the ability of GLV-1h68 to replicate in vitro and its ability to colonize and eliminate tumor in vivo. Methods: In the current study we surveyed the in vitro permissivity to GLV-1h68 replication of the NCI-60 panel of cell lines. Selected cell lines were also tested for permissivity to another Vaccinia Virus and a vesicular stomatitis virus (VSV) strain. In order to identify correlates of permissity to viral infection, we measured transcriptional profiles of the cell lines prior infection. Results: We observed highly heterogeneous permissivity to VACV infection amongst the cell lines. The heterogeneity of permissivity was independent of tissue with the exception of B cell derivation. Cell lines were also tested for permissivity to another Vaccinia Virus and a vesicular stomatitis virus (VSV) strain and a significant correlation was found suggesting a common permissive phenotype. While no clear transcriptional pattern could be identified as predictor of permissivity to infection, some associations were observed suggesting multifactorial basis permissivity to viral infection. Conclusions: Our findings have implications for the design of oncolytic therapies for cancer and offer insights into the nature of permissivity of tumor cells to viral infection.},
  language  = {en}
}
@phdthesis{Atanasova2011,
  author    = {Atanasova, Vanya},
  title     = {Bildungsintentionen und Bildungsverl{\"a}ufe von Jugendlichen und jungen Erwachsenen},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-69870},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2011},
  abstract  = {Bildungsintentionen bzw. Bildungsentscheidungen werden in der soziologischen Bildungsforschung als Ursachen f{\"u}r die ungleiche Bildungsbeteiligung betrachtet. Hierzu sind verschiedene soziologische und psychologische entscheidungstheoretische Ans{\"a}tze entwickelt worden. Ihr Ziel ist, theoretische Mechanismen der Bildungsentscheidung zu begr{\"u}nden, deren Zusammenhang mit der sozialen Herkunft zu erkl{\"a}ren und somit das Entstehen von sozialen Ungleichheiten an {\"U}berg{\"a}ngen im Bildungssystem zu beschreiben. Diese Theorien wurden mehrfach empirisch belegt, wurden aber bislang bei Bildungsintentionen und Bildungsbeteiligung an sp{\"a}teren Bildungs{\"u}berg{\"a}ngen jedoch eher beschr{\"a}nkt angewendet. Daher ist das Ziel der vorliegenden Arbeit, diesen Aspekt in einer L{\"a}ngsschnittperspektive zu untersuchen. Dabei werden die Bildungsintentionen von 17-j{\"a}hrigen Jugendlichen, sowie ihr Abiturerwerb und ihre Beteiligung an Terti{\"a}rbildung analysiert. Die Ergebnisse best{\"a}tigen die theoretischen Annahmen {\"u}ber den Einfluss der sozialen Herkunft an der Schnittstelle Schule - Studium. Weitere Determinanten, wie beispielweise die Bildungskosten, die elterliche Bildung und die Schulleistung wirken sich ebenfalls auf den Bildungsverlauf der Jugendlichen aus. Außerdem l{\"a}sst sich der vermutete institutionelle Effekt auf die Bildungsbeteiligung best{\"a}tigen, der die Selektivit{\"a}t des gegliederten deutschen Bildungssystems in dieser Bildungsphase zum Ausdruck bringt.},
  subject      = {Bildungsgang},
  language  = {de}
}
@article{AvotaGassertSchneiderSchaulies2011,
  author    = {Avota, Elita and Gassert, Evelyn and Schneider-Schaulies, Sibylle},
  title     = {Cytoskeletal Dynamics: Concepts in Measles Virus Replication and Immunomodulation},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-69092},
  year      = {2011},
  abstract  = {In common with most viruses, measles virus (MV) relies on the integrity of the cytoskeleton of its host cells both with regard to efficient replication in these cells, but also retention of their motility which favors viral dissemination. It is, however, the surface interaction of the viral glycoprotein (gp) complex with receptors present on lymphocytes and dendritic cells (DCs), that signals effective initiation of host cell cytoskeletal dynamics. For DCs, these may act to regulate processes as diverse as viral uptake and sorting, but also the ability of these cells to successfully establish and maintain functional immune synapses (IS) with T cells. In T cells, MV signaling causes actin cytoskeletal paralysis associated with a loss of polarization, adhesion and motility, which has been linked to activation of sphingomyelinases and subsequent accumulation of membrane ceramides. MV modulation of both DC and T cell cytoskeletal dynamics may be important for the understanding of MV immunosuppression at the cellular level.},
  subject      = {Virologie},
  language  = {en}
}
@article{AvotaGulbinsSchneiderSchaulies2011,
  author    = {Avota, Elita and Gulbins, Erich and Schneider-Schaulies, Sibylle},
  title     = {DC-SIGN Mediated Sphingomyelinase-Activation and Ceramide Generation Is Essential for Enhancement of Viral Uptake in Dendritic Cells},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-69056},
  year      = {2011},
  abstract  = {As pattern recognition receptor on dendritic cells (DCs), DC-SIGN binds carbohydrate structures on its pathogen ligands and essentially determines host pathogen interactions because it both skews T cell responses and enhances pathogen uptake for cis infection and/or T cell trans-infection. How these processes are initiated at the plasma membrane level is poorly understood. We now show that DC-SIGN ligation on DCs by antibodies, mannan or measles virus (MV) causes rapid activation of neutral and acid sphingomyelinases followed by accumulation of ceramides in the outer membrane leaflet. SMase activation is important in promoting DC-SIGN signaling, but also for enhancement of MV uptake into DCs. DCSIGN-dependent SMase activation induces efficient, transient recruitment of CD150, which functions both as MV uptake receptor and microbial sensor, from an intracellular Lamp-1+ storage compartment shared with acid sphingomyelinase (ASM) within a few minutes. Subsequently, CD150 is displayed at the cell surface and co-clusters with DC-SIGN. Thus, DCSIGN ligation initiates SMase-dependent formation of ceramide-enriched membrane microdomains which promote vertical segregation of CD150 from intracellular storage compartments along with ASM. Given the ability to promote receptor and signalosome co-segration into (or exclusion from) ceramide enriched microdomains which provide a favorable environment for membrane fusion, DC-SIGN-dependent SMase activation may be of general importance for modes and efficiency of pathogen uptake into DCs, and their routing to specific compartments, but also for modulating T cell responses.},
  subject      = {Dendritische Zelle},
  language  = {en}
}
@phdthesis{Azima2011,
  author    = {Azima, Yasmin Jessica Narges},
  title     = {Evaluation eines Telepathologieprojekts zwischen dem Pathologischen Institut der Universit{\"a}t W{\"u}rzburg und einem Missionskrankenhaus der Benediktiner im S{\"u}dwesten Tansanias},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-70397},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2011},
  abstract  = {Ziel dieser Arbeit war es, die telepathologische Zusammenarbeit mit einem Krankenhaus eines medizinisch unterentwickelten Landes zu {\"u}berpr{\"u}fen und zu bewerten. F{\"u}r die Untersuchungen wurden die Daten von 545 Patienten aus Peramiho/Tansania {\"u}bermittelten F{\"a}lle analysiert. Dabei wurden die telepathologisch erstellten Diagnosen anhand der nachtr{\"a}glich nach W{\"u}rzburg {\"u}bersandten Paraffinbl{\"o}ckchen der Gewebeproben und dort erfolgten Nachbegutachtung nach deutschen Standards {\"u}berpr{\"u}ft. Die Ergebnisse zeigten, dass der Einsatz telepathologischer Techniken f{\"u}r die Unterst{\"u}tzung unterentwickelter L{\"a}nder geeignet ist und die Qualit{\"a}t der medizinischen Versorgung langfristig verbessert.},
  subject      = {Telepathologie},
  language  = {de}
}