@phdthesis{Mautner2012,
  author    = {Mautner, Romana},
  title     = {Datenintegration f{\"u}r Bauprojekte der Gebietsk{\"o}rperschaften},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-138611},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2012},
  abstract  = {Bei der Durchf{\"u}hrung {\"o}ffentlicher Bauprojekte ist eine intensive Zusammenarbeit zwi¬schen vielen Beteiligten erforderlich: die in der Bauverwaltung des Bauherren angesiedelte Projektleitung, Bedarfstr{\"a}ger (z. B. Universit{\"a}t oder Be¬h{\"o}rde), Gre-mien des Bauherrn (Kommunal-, Kreis- oder Bundesparlament), dessen Haus-haltsabteilung, Objekt- und Fachplaner (freiberuflich oder als Mitarbeiter der Bauverwaltung), Gutachter, Bauunternehmen, Lieferanten und Dienstleister, Raumordnungs-, Planfeststellungs- und Genehmigungsbeh{\"o}rden. Der Planungs-, Genehmigungs- und Realisationsprozess erstreckt sich meist {\"u}ber mehrere Jahre. W{\"a}hrenddessen ist ein intensiver Informations- und Kommunikationsaustausch zwischen den Beteiligten erforderlich. Baupl{\"a}ne, Leistungsverzeichnisse, Ange-bote, Vertr{\"a}ge, Protokolle, Bauzeitenpl{\"a}ne und Rechnungen werden immer noch per E-Mail oder in Papierform ausgetauscht. Wegen der meist gr{\"o}ßeren Zahl zeit-gleich betreuter Bauprojekte f{\"u}hrt dies bei fast allen Beteiligten regelm{\"a}ßig zu einer herausfordernd großen Korrespondenz und einem als mangelhaft zu be-zeichnenden {\"U}berblick {\"u}ber die aktuellen Projektdaten. Wegen der hochgradigen Interdependenz der Teilprozesse {\"u}ber alle Phasen hin-weg sind aber eine m{\"o}glichst reibungslose Koordination und die st{\"a}ndige Verf{\"u}g-barkeit aktueller Daten bei allen Beteiligten unabdingbare Voraussetzungen, um eine Baumaßnahme z{\"u}gig und im vorgesehenen Kostenrahmen auszuf{\"u}hren. W{\"a}hrend Datenaustausch und Koordination bei großen gewerblichen Bauprojek-ten bereits mit Erfolg durch virtuelle Projektr{\"a}ume unterst{\"u}tzt werden, sind die {\"o}ffentlichen Bauverwaltungen hier noch z{\"o}gerlich. Die Erstellung eines einheitli-chen und prozess{\"u}bergreifenden Datenmodells speziell f{\"u}r die Abl{\"a}ufe {\"o}ffentli-cher Auftraggeber als Ziel der Arbeit k{\"o}nnte helfen, die Vorteile eines zentralen, f{\"u}r alle Beteiligten zug{\"a}nglichen Datenbestandes auch f{\"u}r die Bauverwaltungen und ihre Projekte nutzbar zu machen und vormals getrennt gehaltene Datenbe-st{\"a}nde zu einem einzigen zusammenzuf{\"u}hren (Datenintegration). Die gr{\"u}ndliche Analyse der Abl{\"a}ufe und Informationsfl{\"u}sse zwischen den Beteiligten {\"u}ber alle Phasen eines {\"o}ffentlichen Bauprojekts hinweg sowie eine Bestandsaufnahme der gegenw{\"a}rtig am Markt verf{\"u}gbaren virtuellen Projektr{\"a}ume im ersten Teil der Arbeit bilden die Grundlage f{\"u}r die Modellierung der Daten sowie ihrer Zusam-menh{\"a}nge im zweiten Teil. Mit der Gesamtdarstellung der Beteiligten, ihrer Rollen und Aufgaben, der Do-kumente und der zugeh{\"o}rigen Metadaten {\"u}ber alle Phasen und Baufachbereiche hinweg wurde ein neuer Forschungsbeitrag erarbeitet. Die unterschiedlichen Be-zeichnungen z. B. in Hoch- und Tiefbauprojekten wurden im Interesse der Ver-st{\"a}ndlichkeit erhalten, aber in einer gemeinsamen Struktur zusammengef{\"u}hrt. Diese Modellierung ist die Voraussetzung f{\"u}r eine verbesserte informationstech-nische Unterst{\"u}tzung {\"o}ffentlicher Bauprojekte und zugleich die ureigenste Aufga-be des Wirtschaftsinformatikers als Mittler zwischen Anwendern und Entwick-lern. Das in dieser Arbeit entwickelte Datenmodell erlaubt wegen seiner verwaltungs- und baufachbereichs{\"u}bergreifenden Konzeption im Sinne eines Referenzmodells den Einsatz als Basis einer Standardanwendungssoftware, die mit geringem An-passungsaufwand bei einer großen Zahl an Kunden im {\"o}ffentlichen Bereich einge-setzt werden kann. Beispiele sind Projektraumanwendungen sowie Workflow-Management-Systeme. Es ist zugleich ein Referenzvorschlag an die Entwickler bestehender Anwendungen zur Definition von Schnittstellen und schließlich zur Umsetzung applikations{\"u}bergreifender Integrationsans{\"a}tze.},
  subject      = {Bauvorhaben},
  language  = {de}
}
@phdthesis{Lueker2012,
  author    = {L{\"u}ker, Anna-Lena},
  title     = {Funktionelle Ergebnisse der zweizeitigen H{\"u}ftendoprothesenrevision bei periprothetischer Infektion},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-123829},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2012},
  abstract  = {Diese retrospektive Studie analysierte die Ergebnisse der zweizeitigen, unzementierten Revision bei periprothetischer Infektion der H{\"u}ftendoprothese. Dabei wurde besonders auf die Eradikationsrate, die Rate septischer und aseptischer Rezidive, die Standzeit des Spacers, die Art der lokalen Antibiotikatherapie und die postoperativen funktionellen Ergebnisse eingegangen. Die Studie umfasst die klinische Nachuntersuchung der Patienten unter Verwendung des Harris Hip Scores, sowie die radiologische Kontrolle des Sitzes der H{\"u}ftendoprothese und die laborchemische {\"U}berpr{\"u}fung der Entz{\"u}ndungsparameter. Insgesamt wurden 52 Patienten von 2000 bis 2007 in der Orthop{\"a}dischen Klinik K{\"o}nig Ludwig Haus in W{\"u}rzburg mit einer zweizeitigen Revision der H{\"u}ftendoprothese bei periprothetischer Infektion versorgt. 36 dieser 52 Patiente konnten 2008 im Rahmen dieser Studie nachuntersucht werden. Dabei betrug die mittlere Nachuntersuchungszeit 42 Monate. Das mittlere Patientenalter war 66,3 Jahre. 81\% der Patienten hatten zum Zeitpunkt der Infektion internistische oder orthop{\"a}dische Grunderkrankungen, oftmals auch multiple, welche das Risiko f{\"u}r die Entstehung einer periprothetischen Infektion erh{\"o}hten. 47\% der Patienten waren zum Zeitpunkt der zweizeitigen Revision bereits mehr als einmal an der H{\"u}fte voroperiert, die H{\"a}lfte davon mussten aufgrund von septischen Komplikationen bereits revidiert werden. 10\% der Patienten hatten eine akute Fr{\"u}hinfektion, 90\% ein chronisches Geschehen (51\% low-grade Infekt, 39\% Sp{\"a}tinfekt). Die h{\"a}ufigsten bakteriellen Erreger waren Staphylococcus epidermidis (39\%), Staphylococcus aureus (14\%), Streptococcus agalactiae (14\%) und weitere koagulase negative Staphylokokken (11\%). Bei zwei Patienten konnten Methicillin-resistente Keime isoliert werden. Insgesamt waren 25\% der Infektionen Mischinfektionen. Bei drei Patienten konnte kein Keim nachgewiesen werden. Diese Patienten wurden anhand ihrer eindeutigen klinischen Symptome bei gleichzeitiger Erh{\"o}hung der Entz{\"u}ndungsparameter behandelt. Zur besseren Eradikation der chronischen, persistierenden und komplizierten Infektionen wurden die Patienten mit einer zweizeitigen Revision der H{\"u}ftendoprothese behandelt. Hierbei wurde nach Explantation der infizierten Prothese mit ausf{\"u}hrlichem chirurgischen Debridement ein - soweit m{\"o}glich - patientenspezifischer antibiotikaimpr{\"a}gnierter Spacer vor Implantation der Zweitprothese eingesetzt. Diese Methode dient einerseits der Vermeidung einer Girdlestone-Situation und der damit verbundenen Komplikationen, andererseits erm{\"o}glicht der Spacer eine kalkulierte und hoch dosierte lokale, weitreichende und patientenspezifische Antibiotikatherapie (Kombinationstherapie) zur sicheren Eradikation der Infektion. Die Standzeit (zwischen vier und neunzehn Wochen, Mittelwert von 9 Wochen) des Spacers wurde individuell anhand des klinischen Bildes und dem R{\"u}ckgang der laborchemischen Entz{\"u}ndungsparameter entschieden. Die Eradiaktionsrate durch die zweizeitige Revision lag in dieser Studie bei 94\%. Lediglich zwei Patienten zeigten eine persistierende bzw. wiederkehrende Infektion im Verlauf und mussten erneut revidiert werden. Es konnten keine aseptische Komplikationen, insbesondere keine Prothesenlockerung oder -sinterung nachgewiesen werden. Sechs Patienten mussten aufgrund anderer, nicht Infekt-assoziierter Komplikationen im Verlauf erneut operiert werden. Die funktionellen Ergebnisse wurden anhand des Harris Hip Scores untersucht. Der Median lag bei 74 Punkten. Somit l{\"a}sst sich auch funktionell ein insgesamt zufriedenstellendes Ergebnis pr{\"a}sentieren. Schlussfolgernd ist die Aussage m{\"o}glich, dass die zweizeitige, unzementierte Revision unter Verwendung eines antibiotikabeladenen Spacers eine zuverl{\"a}ssige Methode zur Behandlung auch chronischer und komplizierter periprothetischer Infektionen der H{\"u}ftendoprothese ist. Insgesamt konnten mit einer Eradikationsrate von 94\% und keinen aseptischen Rezidiven gute Ergebnisse erzielt werden. Bez{\"u}glich der Antibiotikatherapie l{\"a}sst sich eine kalkulierte, lokale Kombinationstherapie zur optimalen Eradikation der Infektion empfehlen. Des Weiteren empfiehlt es sich, die Standzeit des Spacers ebenfalls individuell bis zum klinischen und laborchemischen Nachweis der Infektfreiheit festzulegen. Dadurch wird eine ausreichende Dauer der lokalen Antibiotikatherapie gew{\"a}hrleistet, und gleichzeitig die Standzeit des Spacers auf eine m{\"o}glichst kurze Zeit beschr{\"a}nkt um eine fr{\"u}he Mobilisation und gute Funktionalit{\"a}t und Zufriedenheit des Patienten zu erreichen.},
  subject      = {periprothetische Infektion},
  language  = {de}
}
@phdthesis{Hirschbeck2012,
  author    = {Hirschbeck, Maria Wenefriede},
  title     = {Structure-based drug design on the enoyl-ACP reductases of Yersinia pestis and Burkholderia pseudomallei},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-70869},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2012},
  abstract  = {Spreading drug resistances among Gram-negative pathogens and the paucity of new agents on the antibacterial drug market against these tenacious bacteria create a pressing need for the development of new antibiotics. The bacterial fatty acid biosynthesis pathway FAS-II, especially the enoyl-ACP reductase catalyzing the last step of the elongation cycle, is an established drug target against tuberculosis but has not been extensively exploited for drug design against other bacterial pathogens. In this thesis the enoyl-ACP reductases of the Gram-negative biothreat organisms Burkholderia pseudomallei and Yersinia pestis were targeted in a structure-based drug design approach. The structure of the most recently identified enoyl-ACP isoenzyme FabV was characterized by X-ray crystallography and could be determined in three different states. FabV from B. pseudomallei was obtained in the apo-form of the enzyme, whereas FabV from Y. pestis was characterized in a binary complex with the cofactor NADH as well as in a ternary complex with NADH and the triclosan-based 2-pyridone inhibitors PT172 and PT173. Analysis of the FabV structure revealed the typical fold of the short chain dehydrogenase/reductase superfamily with the NADH-binding Rossmann fold and a substrate-binding pocket with a conserved active site geometry compared to the related isoenzyme FabI. Additional structural elements of FabV are located around the active site. The monomeric form of the enzyme is thereby stabilized and the substrate-binding loop is kept in a closed, helical conformation. The ternary complexes of FabV exhibited a similar inhibitor-binding mode as observed for triclosan inhibition in FabI and point to a potential substrate-binding mechanism. B. pseudomallei possesses FabI as an additional enoyl-ACP reductase isoenzyme, which was structurally characterized in the apo form and in ternary complexes with NAD+ and the diphenyl ether inhibitors triclosan, PT02, PT12 or PT404 as well as the 4-pyridone inhibitor PT155. The structural data of the ternary enoyl-ACP reductases complexes of B. pseudomallei and Y. pestis hold the promise for the possibility to develop antibacterials targeting FabV or even both isoenzymes, FabI and FabV, based on the triclosan scaffold.},
  subject      = {Yersinia},
  language  = {en}
}
@phdthesis{Baltrusch2012,
  author    = {Baltrusch, Stefanie},
  title     = {Retrospektive Analyse von Amputationen im Fußbereich infolge peripherer arterieller Verschlußkrankheit},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-113975},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2012},
  abstract  = {Die Auswertung des Patientenkollektivs von 2000 bis 2004 an der Chirurgischen Universit{\"a}tsklinik W{\"u}rzburg ergab 63 Patienten (Gruppe 1), die einer Minoramputation und 59 Patienten die einer Minor- mit konsekutiver Majoramputation (Gruppe 2) infolge pAVK unterzogen wurden. Eine Abh{\"a}ngigkeit zwischen Alter und Majornachamputationsrate konnte nicht festgestellt werden, jedoch eine Tendenz beim Einfluss von Comorbidit{\"a}ten wie Diabetes mellitus und dialysepflichtiger Niereninsuffizienz auf die Wundheilung und Liegedauer. Die Anzahl an durchgef{\"u}hrten gef{\"a}ßchirurgischen Eingriffen wie PTA und Bypass-Operation lag in beiden Gruppen mit 65\% bzw. 72\% im Vergleich zur Literatur im Standardbereich. Eine hohe Rate an gef{\"a}ßmedizinischer Diagnostik und Therapie scheint auch bei fortgeschrittener pAVK (Grad IV) erforderlich, um die Notwendigkeit von Amputationen insbesondere die Anzahl an Majoramputationen zu verringern. Bei hoher und mit Gruppe 1 vergleichbarer Interventionsrate in Gruppe 2 l{\"a}sst sich allerdings auch erkennen, dass trotz Aussch{\"o}pfung dieser Massnahmen die Rate an Majoramputationen und damit des Beinverlustes hoch ist. Positiv zu werten ist, dass es bei {\"u}ber 50\% der Amputierten ausgereicht hat, eine Amputation im Fussbereich (Minoramputation) durchzuf{\"u}hren. Bei diesen 63 Patienten, war bei 58 Patienten sogar nur ein Eingriff n{\"o}tig. Ferner handelte es sich bei den Majoramputationen in der Mehrzahl um Unterschenkelamputation, und somit um einen nur partiellen Beinverlust . 76\% der durchgef{\"u}hrten ersten Majoramputationen erfolgten in den ersten beiden Monaten nach vorausgegangener Minoramputation, die gr{\"o}ßte Anzahl innerhalb des ersten Monats. Auch die letzte Amputation, die definitive Versorgung, erfolgte in den meisten F{\"a}llen innerhalb der ersten beiden Monate nach Prim{\"a}reingriff. Somit ist ein nur unwesentlicher Aufschub bis zur definitiven Versorgung ersichtlich. Der Versuch einer Konsolidierung der Isch{\"a}miefolgen (Gangr{\"a}n) mittels Minoramputation scheint bei fortgeschrittener pAVK im Stadium IV nach Aussch{\"o}pfung der gef{\"a}ßmedizinischen Diagnostika und Interventionen somit immer gerechtfertigt, und sollte wenn m{\"o}glich einer Majoramputation vorgezogen werden. Die durchschnittliche Krankenhausverweildauer in der Gruppe der Minoramputationen lag bei 28 Tagen, in der Gruppe 2 der Majoramputationen bei 39 Tagen. Die Mortalit{\"a}tsrate ergibt einen deutlich erh{\"o}hten Wert in der Gruppe der Majoramputationen. Die Dreijahresmortalit{\"a}t betrug in der Gruppe der Minoramputationen 20\% und der Majoramputationen 58\%. Es zeigte sich eine Zunahme der Mortalit{\"a}t mit zunehmender Amputationsh{\"o}he und zunehmender Zahl der Amputationen. Diese Daten lassen sich mit 52 aktuellen Literaturangaben durchaus vergleichen und beweisen die schlechte Prognose f{\"u}r AVK-Patienten, bei denen eine Majoramputation unausweichlich ist. Insgesamt ist es wichtig, dass ein Team aus Chirurgen, Gef{\"a}ßchirurgen, Radiologen und Angiologen kooperativ zusammen arbeitet, um dem Patienten, eine f{\"u}r ihn beste Versorgung anbieten zu k{\"o}nnen. Hier sollte auch nicht vor einem oft h{\"o}heren Patientenalter zur{\"u}ckgeschreckt werden, denn h{\"a}ufig konnte gerade bei diesen Patienten durch eine Bypass-Operation eine sonst vermutlich unumg{\"a}ngliche Amputation im Unter- bzw. Oberschenkelbereich verhindert werden.},
  subject      = {PAVK},
  language  = {de}
}
@phdthesis{Bischofberger2012,
  author    = {Bischofberger, Simon},
  title     = {Entwicklung und biomechanische Untersuchungen eines Kreuzbandkonstrukts aus biomaterialbasiertem Kollagen I},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-85648},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2012},
  abstract  = {Das ACL ist eine der am h{\"a}ufigsten verletzten Strukturen des menschlichen K{\"o}rpers bei Sportunf{\"a}llen und die Anzahl der Rekonstruktionen wird weiterhin zunehmen. In den letzten Jahren wurden große Fortschritte in der Charakterisierung der biomechanischen Eigenschaften von Sehnen und B{\"a}ndern erzielt und neue Ans{\"a}tze auf dem Gebiet des Tissue Engineering er{\"o}ffnen neue M{\"o}glichkeiten. In dieser Arbeit wurde ein ACL-Konstrukt aus biomaterialbasiertem Kollagen I entwickelt und getestet. Die gewonnenen Ergebnisse k{\"o}nnen als Grundlage f{\"u}r die Herstellung eines Kreuzbandkonstruktes verwendet werden.},
  subject      = {Kreuzband},
  language  = {de}
}
@phdthesis{Hu2012,
  author    = {Hu, Wanning},
  title     = {Organometal half-sandwich complexes and their bioconjugates: Biological activity on cancer cells and potential applications in biolabelling},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-87899},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2012},
  abstract  = {In summary, structure-activity relationships in peptide and dendrimer carriers modified with different organometal complexes were studied on a human breast cancer cell line. Variation of the organometal cargo and carrier can significantly influence their biological properties and might open the way to new approaches in chemotherapy. Furthermore, the incorporation of complexes with different C≡O vibrational signatures in a model peptide was explored to examine information encoding in biomolecules in a barcoding strategy for potential imaging applications. In particular for the latter, additional stable metal-carbonyl markers need to be prepared in future work to expand the pool of vibrational labels available.},
  subject      = {Konjugate},
  language  = {en}
}
@phdthesis{Schmidt2012,
  author    = {Schmidt, Traudel},
  title     = {Establishment of Hey-triple-KO-ES cells and characterisation of Bre, a Hey binding partner},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-85459},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2012},
  abstract  = {Hey1, Hey2 and HeyL are downstream effectors of the Notch signalling pathway. Hey genes play decisive roles during embryonic development for example in cardiovascular development. However, the precise transcriptional programmes and genes, which are affected by each single Hey gene, are still poorly understood. One drawback for the analysis of Hey1, Hey2 or HeyL single gene function is that these genes are co-expressed in many tissues and share a high degree of functional redundancy. Thus, it was necessary to establish a system, which is either devoid of Hey expression, or just comprises one single Hey gene family member. For this, Hey1(fl/fl)/Hey2(-/-)/HeyL(-/-)- as well as Hey-triple- knock out (KO)-ES cells (embryonic stem cells) were generated in this work, because ES cells and their differentiation as EBs (embryoid bodies) represent a valuable tool for the in vitro analysis of embryonic developmental processes. After the establishment of Hey1(fl/fl)/Hey2(-/-)/HeyL(-/-)- and Hey-triple- KO-ES cells, it could be seen by ALP staining and pluripotency marker expression that loss of Hey expression did not affect ES cell pluripotency features. Thus, these ES cells represent bona fide ES cells and could be further used for the differentiation as EBs. Here, differences in gene expression between Hey1(fl/fl)/Hey2(-/-)/HeyL(-/-)- and Hey-triple- KO-ES cells (after the loss of Hey1) could be observed in realtime-RT-PCR analysis for the endodermal marker AFP as well as for neural and myogenic markers in d10 EBs. However, the establishment of inducible Hey1, Hey2 or HeyL ES cell lines will be essential to confirm these findings and to search for novel Hey target genes. To get further insight into the mode of Hey action, the analysis of Hey interaction partners is necessary. One such binding partner, the Bre protein, has previously been found in a yeast-two-hybrid screen. Bre has been described to be a member of two distinct complexes (i.e. the nuclear BRCA1-A complex with a function in DNA damage response and the cytoplasmic BRISC complex), to directly interact with the TNF-receptor and Fas and to interfere with apoptotic signalling. The Hey-Bre interaction could be further corroborated in this work; yet, it was not possible to narrow down the interaction site of Bre with Hey1. It rather seems that non-overlapping parts of the Bre protein may bind to Hey. This interaction may be direct- pointing to more than one interaction site inside the Bre protein - or via a common binding partner such as the endogenous Bre protein itself. Besides the interaction studies, functional assays were performed for a more detailed characterisation of Hey1 and Bre interaction. Here, it could be shown that Hey1 over-expression did not have any influence on Bre sub-cellular localisation. Interestingly, it could be demonstrated that Bre positively interfered with Hey1 repressive function in luciferase assays at three of four promoters analysed. Moreover, interaction with Bre seems to lead to a stabilisation of Hey1. As Bre has been described to modulate the E3-ligase activity intrinsic to the BRCC complex it was analysed whether Bre over-expression results in an ubiquitination of Hey1. Yet, this could not be observed in the present work. Furthermore, an interaction of Bre with ubiquitinated proteins could not be demonstrated in an ubiquitin binding assay. To obtain a better insight into Bre function, Bre LacZ gene trap-ES cells and animals were generated. However, realtime-RT-analyses revealed that these cells and mice did not show a loss of Bre expression on mRNA level indicating that insertion mutagenesis did not occur as expected. However, embryos derived from these mice could nevertheless be used for the detection of tissues with Bre expression by β-galactosidase staining. Bre deficiency on mRNA levels was only achieved after the deletion of the floxed exon 3 resulting in the generation of Bre del-mice. Bre del-mice were fertile and without any obvious phenotype and they were used for the generation of Bre del- and wt-MEFs (murine embryonic fibroblasts). Characterisation of these cells showed that proliferation was not affected after loss of Bre (neither under normal nor under stress conditions). However, loss of Bre notably resulted in a reduction in the BRCA1 DNA damage response, in a slightly increased sensitivity towards apoptosis induction by FasL treatment and in an increase in the K63-poly-ubiquitin content in Bre del-cytoplasmic fractions, probably linked to a change in the BRISC de-ubiquitinase activity. Even though these results have the same tendencies as observed in former studies, the effects in the present work are less striking. Further studies as well as intercrossing of Bre del- to Hey KO-animals will be necessary to further understand the functional relevance of Hey and Bre interaction.},
  subject      = {Embryonale Stammzelle},
  language  = {en}
}
@phdthesis{Ratzka2012,
  author    = {Ratzka, Carolin},
  title     = {Immune responses of the ant Camponotus floridanus towards pathogens and its obligate mutualistic endosymbiont Blochmannia floridanus},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-69350},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2012},
  abstract  = {Ants of the species Camponotus floridanus live in huge colonies composed of genetically identical or closely related animals, which should predispose them to an increased vulnerability towards infection by pathogens (Cremer et al. 2007). Therefore the question is how ants (or social insects in general) can nevertheless efficiently combat infections. In order to investigate the immune response of the ant C. floridanus, the present study initially focused on the identification of possible immune factors, encoded by the ant´s genome. By using the method "suppression subtractive hybridization" as well as by Illumnia sequencing technology, several immune-related genes could be identified. Among these were genes encoding proteins involved in pathogen recognition, signal transduction, antimicrobial activity, or general stress response. In accordance with the ant´s genome sequence (Bonasio et al. 2010), only three antimicrobial peptide (AMP) genes could be identified in C. floridanus. The gene and cDNA sequences of these AMPs were established and their expression was shown to be induced by microbial challenge. Two different defensin genes (type 1 and 2) were characterized. A detailed characterization of the mRNA and gene sequence of the other AMP, a hymenoptaecin, revealed a special repeat structure. The C. floridanus hymenoptaecin has a signal and a pro-sequence followed by a hymenoptaecin-like domain and six directly repeated hymenoptaecin domains (HDs). Since each HD is flanked by two known processing sites, proteolytic processing of the precursor protein may generate several mature AMPs. Bioinformatical analyses revealed the presence of hymenoptaecin genes with similar multipeptide precursor structure in genomes of other ant species suggesting an evolutionary conserved important role of this gene in ant immunity. C. floridanus ants harbor the obligate intracellular bacterium, Blochmannia floridanus, in specialized cells (so-called bacteriocytes), which are intercalated between midgut cells as well as in ovaries of females (Blochmann 1882; Sauer et al. 2002; Schr{\"o}der et al. 1996). Ant hosts face the problem that on the one hand they have to maintain the beneficial symbiotic bacteria and on the other hand they need to raise an immune response against harmful pathogenic bacteria during an infection. It was investigated, if endosymbionts are actually detected by the host immune system. Injection of B. floridanus induced an immune response of its host C. floridanus, which was comparable to the one towards pathogens. This means that, despite the evolutionary established cooperation of the endosymbionts and their hosts, these bacteria are still recognized as „non-self" by the host immune system. This finding led to the question, if the ant immune system might be involved in regulation of the endosymbiont number in the midgut tissue in order to avoid their uncontrolled replication. During the holometabolous life cycle of the ant hosts the distribution of bacteriocytes and of Blochmannia endosymbionts is remarkably dynamic and peaks in late pupal stages, in which the entire midgut is transformed into a symbiotic organ (Stoll et al. 2010). It was hypothesized that hosts could regulate the number of endosymbionts present in their tissues via the innate immune system. A quantitative gene expression analysis of assumed symbiosis-relevant candidate genes revealed distinct expression patterns of some genes according to developmental stage and tissue. Moreover, the immune gene expression in response to bacterial challenge was investigated in the pupal stage. By an artificial immune-challenge of pupae it was confirmed that in fact the immune response of the endosymbiont-bearing midgut tissue differs from that of other body parts. The data support a key role for amidase peptidoglycan recognition proteins (PGRPs), especially PGRP-LB, in endosymbiont tolerance and suggest an involvement of the lysosomal system in control of Blochmannia endosymbionts. In sum, this thesis provides a first description of the immune response of the ant C. floridanus. A comprehensive set of immune-relevant genes was determined. Especially, the identification and molecular characterization of the hymenoptaecin gene delivered new insights into the immune competence of ants in general. Moreover, first indications could be gathered for the involvement of the immune system in controlling the endosymbiont B. floridanus.},
  subject      = {Humorale Immunit{\"a}t},
  language  = {en}
}
@phdthesis{Boyanova2012,
  author    = {Boyanova, Desislava Veselinova},
  title     = {Systems biological analysis of the platelet proteome and applications of functional module search in proteome networks},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-72165},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2012},
  abstract  = {Recent development of proteomic approaches and generation of large-scale proteomic datasets calls for new methods for biological interpretation of the obtained results. Systems biological approaches such as integrated network analysis and functional module search have become an essential part of proteomic investigation. Proteomics is especially applied in anucleate cells such as platelets. The underlying molecular mechanisms of platelet activation and their pharmacological modulation are of immense importance for clinical research. Advances in platelet proteomics have provided a large amount of proteomic data, which has not yet been comprehensively investigated in a systems biological perspective. To this end, I assembled platelet specific data from proteomic and transcriptomic studies by detailed manual curation and worked on the generation of a comprehensive human platelet repository for systems biological analysis of platelets in the functional context of integrated networks (PlateletWeb) (http:/PlateletWeb.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de). I also added platelet-specific experimentally validated phosphorylation data and generated kinase predictions for 80\% of the newly identified platelet phosphosites. The combination of drug, disease and pathway information with phosphorylation and interaction data makes this database the first integrative platelet platform available for platelet research. PlateletWeb contains more than 5000 platelet proteins, which can also be analyzed and visualized in a network context, allowing identification of all major signaling modules involved in platelet activation and inhibition. Using the wealth of integrated data I performed a series of platelet-specific analyses regarding the platelet proteome, pathways, drug targets and novel platelet phosphorylation events involved in crucial signaling events. I analyzed the statistical enrichment of known pathways for platelet proteins and identified endocytosis as a highly represented pathway in platelets. Further results revealed that highly connected platelet proteins are more often targeted by drugs. Using integrated network analysis offered by PlateletWeb, I analyzed the crucial activation signaling pathway of adenosine diphosphate (ADP), visualizing how the signal flow from receptors to effectors is maintained. My work on integrin inside-out signaling was also based on the integrated network approach and examined new platelet-specific phosphorylation sites and their regulation using kinase predictions. I generated hypothesis on integrin signaling, by investigating the regulation of Ser269 phosphorylation site on the docking protein 1 (DOK1). This phosphorylation site may influence the inhibiting effect of DOK1 on integrin a2bb3. Extending the integrated network approach to further cell lines, I used the assembled human interactome information for the analysis of functional modules in cellular networks. The investigation was performed with a previously developed module detection algorithm, which finds maximum-scoring subgraphs in transcriptomic datasets by using assigned values to the network nodes. We extended the algorithm to qualitative proteomic datasets and enhanced the module search by adding functional information to the network edges to concentrate the solution onto modules with high functional similarity. I performed a series of analyses to validate its performance in small-sized (virus-infected gastric cells) and medium-sized networks (human lymphocytes). In both cases the algorithm extracted characteristic modules of sample proteins with high functional similarity. The functional module search is especially useful in site-specific phosphoproteomic datasets, where kinase regulation of the detected sites is often sparse or lacking. Therefore, I used the module detection algorithm in quantitative phosphoproteomic datasets. In a platelet phosphorylation dataset, I presented a pipeline for network analysis of detected phosphorylation sites. In a second approach, the functional module detecting algorithm was used on a phosphoproteome network of human embryonic stem cells, in which nodes represented the maximally changing phosphorylation sites in the experiment. Additional kinases from the human phosphoproteome in PlateletWeb were included to the network to investigate the regulation of the signal flow. Results indicated important phosphorylation sites and their upstream kinases and explained changes observed in embryonic stem cells during differentiation. This work presents novel approaches for integrated network analysis in cells and introduces for the first time a systematic biological investigation of the human platelet proteome based on the platelet-specific knowledge base PlateletWeb. The extended methods for optimized functional module detection offer an invaluable tool for exploring proteomic datasets and covering gaps in complex large-scale data analysis. By combining exact module detection approaches with functional information data between interacting proteins, characteristic functional modules with high functional resemblance can be extracted from complex datasets, thereby focusing on important changes in the observed networks.},
  subject      = {Netzwerkanalyse},
  language  = {en}
}
@phdthesis{Schlereth2012,
  author    = {Schlereth, Bernd Johannes},
  title     = {Das Petitionswesen im K{\"o}nigreich Bayern - Eine Studie zu den Grundlagen, dem politischen Stellenwert und der parlamentarischen Praxis unter besonderer Ber{\"u}cksichtigung der Erschließung der einschl{\"a}gigen parlamentarischen Quellen mittels einer EDV-Datenbank},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-108508},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2012},
  abstract  = {Die vorliegende Arbeit besch{\"a}ftigt sich mit der historischen Genese des Gewohnheitsrechts des Einzelnen, Petitionen an die Obrigkeit bzw. an die Staatsregierung einzureichen. Der besondere Fokus liegt hierbei auf den Zusammenh{\"a}ngen im modernen Bayern. Die Bedeutung des Petitionswesens f{\"u}r die parlamentarische Entwicklung im K{\"o}nigreich Bayern stellt den zentralen Forschunggegenstand dar. Die dieser Studie zugrundeliegende Sichtung umfangreicher Archivalien des Hauptstaatsarchivs M{\"u}nchen geht einher mit der Auswertung und der kritischen Beleuchtung eines Forschungsprojekts zum vorliegenden Thema, welches an der Universit{\"a}t W{\"u}rzburg durchgef{\"u}hrt wurde.},
  subject      = {Petitionswesen},
  language  = {de}
}