@phdthesis{Jung2002,
  author    = {Jung, Sven},
  title     = {Forensische DNA-Analytik},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-3031},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2002},
  abstract  = {Im Rahmen der vorliegenden Arbeit wurden verschiedene M{\"o}glichkeiten, die die mitochondriale DNA-Analytik f{\"u}r die Spurenkunde und die Populationsgenetik er{\"o}ffnet, ausgelotet. Polymorphismen der beiden nichtcodierenden hypervariablen Regionen HV1 und HV2 wurden durch Sequenzierung erschlossen und ergaben zusammen f{\"u}r eine deutsche Populationsstichprobe (Unterfranken, n = 180) einen Diskriminationsindex (DI) von 0,99. Der DI betrug bei alleiniger Betrachtung der HV1 f{\"u}r eine deutsche (n = 198), t{\"u}rkische (n = 37), {\"a}thiopische (n = 65) und chinesische (n = 60) Populationsstichprobe jeweils 0,97, 0,97, 0,96 und 0,98. L{\"o}sungen f{\"u}r spezifische Sequenzierungsprobleme der mitochondrialen DNA wurden gefunden, so dass ein reibungsloser Einsatz in der Laborroutine gew{\"a}hrleistet ist. Die Mutationsh{\"a}ufigkeit in der HV1 und HV2 wurde mit einem Wert von ca. einem Basenaustausch bei 50 Generationswechseln festgestellt. Die N{\"u}tzlichkeit der mitochondrialen DNA f{\"u}r rechtsmedizinische Belange hat sich bereits mehrfach best{\"a}tigt. Insbesondere bei der Untersuchung von Haarsch{\"a}ften und telogenen Haaren zeigte sich, dass mit Hilfe mitochondrialer DNA noch erfolgreiche Amplifikationen durchgef{\"u}hrt werden k{\"o}nnen, wenn die klassischen STR-Systeme bereits versagen. Die f{\"u}r spurenkundliche Analysen sinnvolle Sequenz-Analyse der HVs wurde f{\"u}r populationsgenetische Untersuchungen als ungeeignet erkannt. Untersuchungen auf Grund einer Einteilung in Haplogruppen erbrachten hingegen verwertbare Ergebnisse. Beim Vergleich der verschiedenen Populationen unter Zuhilfenahme weiterer, andernorts untersuchter Bev{\"o}lkerungsgruppen zeigte sich, dass es durchaus m{\"o}glich ist, an Hand der mitochondrialen DNA Populationen verschiedener Kontinente voneinander abzugrenzen. Innerhalb Europas (Kaukasier) ist eine derartige Abgrenzung hingegen nicht m{\"o}glich, geschweige denn, dass Wanderungsbewegungen o.{\"a}. nachweisbar w{\"a}ren. Dies gilt sowohl f{\"u}r Untersuchungen auf Grund der Sequenzen der hypervariablen Regionen, als auch basierend auf Untersuchungen der Haplogruppen. Andere variable Regionen der mitochondrialen DNA erwiesen sich als zu wenig aussagekr{\"a}ftig, als dass sie in der rechtsmedizinischen Praxis von besonderer Relevanz w{\"a}ren. Die Analyse des hochkonservierten Cytochrom b Genes kann dagegen als geeignetes Mittel zur Speziesidentifikation betrachtet werden. Unsicherheiten bei der RFLP-Darstellung machen jedoch unter Umst{\"a}nden eine Sequenzierung des Genes n{\"o}tig. Ein im ersten Intron des X-Y homologen Amelogenin-Gens liegendes, geschlechtspezifisch polymorphes STR-System wurde eingef{\"u}hrt, welches auch f{\"u}r die automatisierte Auftrennung im Sequenz-Analysator geeignet ist. Die vier autosomalen STR-Systeme D3S1358, D8S1179, D18S51 und D21S11 wurden f{\"u}r die forensische Praxis als Einzelsysteme etabliert. Zu diesen Systemen wurden jeweils unterfr{\"a}nkische Populationsstichproben typisiert, um f{\"u}r diese Region relevantes Datenmaterial zu erhalten. Zur Erweiterung der bereits vorhandenen Y-chromosomalen STR-Spektrums wurde das aussagekr{\"a}ftige Mikrosatellitensystem DYS385 eingef{\"u}hrt. Auch mit diesem System wurde eine unterfr{\"a}nkische Populationsstichprobe typisiert. Die Mutationsh{\"a}ufigkeit verschiedener STR-Systeme wurde untersucht und die gefundenen Ergebnisse lagen im Vergleich mit anderen Arbeiten im erwarteten Rahmen. F{\"u}r die DNA-Extraktion aus in Formalin fixiertem und in Paraffin eingebettetem Gewebe wurde eine geeignete Methode gefunden, auch aus Geweben, die sehr lange in Formalin fixiert wurden, noch typisierbare DNA zu extrahieren. Die untersuchten Extraktionsprotokolle f{\"u}r unbehandelte Gewebeproben zeigten untereinander keine gravierenden Unterschiede. Der begrenzende Faktor f{\"u}r eine erfolgreiche DNA-Extraktion ist hier vielmehr der Zersetzungsgrad des behandelten Gewebes und die damit einhergehende Degradation der DNA. Insofern ist es sinnvoll in F{\"a}llen, in denen unbehandeltes Gewebematerial l{\"a}ngere Zeit unwirtlichen Bedingungen ausgesetzt war, gleich auf eine DNA-Extraktionsmethode aus Knochenmaterial, wie die in dieser Arbeit beschriebene, zur{\"u}ckzugreifen.},
  subject      = {DNS},
  language  = {de}
}
@article{KangSchartlWalteretal.2013,
  author    = {Kang, Ji Hyoun and Schartl, Manfred and Walter, Ronald B. and Meyer, Axel},
  title     = {Comprehensive phylogenetic analysis of all species of swordtails and platies (Pisces: Genus Xiphophorus) uncovers a hybrid origin of a swordtail fish, Xiphophorus monticolus, and demonstrates that the sexually selected sword originated in the ancestral lineage of the genus, but was lost again secondarily},
  series = {BMC Evolutionary Biology},
  volume    = {13},
  journal   = {BMC Evolutionary Biology},
  number    = {25},
  issn      = {1471-2148},
  doi       = {10.1186/1471-2148-13-25},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-121853},
  year      = {2013},
  abstract  = {Background: Males in some species of the genus Xiphophorus, small freshwater fishes from Meso-America, have an extended caudal fin, or sword - hence their common name "swordtails". Longer swords are preferred by females from both sworded and - surprisingly also, non-sworded (platyfish) species that belong to the same genus. Swordtails have been studied widely as models in research on sexual selection. Specifically, the pre-existing bias hypothesis was interpreted to best explain the observed bias of females in presumed ancestral lineages of swordless species that show a preference for assumed derived males with swords over their conspecific swordless males. However, many of the phylogenetic relationships within this genus still remained unresolved. Here we construct a comprehensive molecular phylogeny of all 26 known Xiphophorus species, including the four recently described species (X. kallmani, X. mayae, X. mixei and X. monticolus). We use two mitochondrial and six new nuclear markers in an effort to increase the understanding of the evolutionary relationships among the species in this genus. Based on the phylogeny, the evolutionary history and character state evolution of the sword was reconstructed and found to have originated in the common ancestral lineage of the genus Xiphophorus and that it was lost again secondarily. Results: We estimated the evolutionary relationships among all known species of the genus Xiphophorus based on the largest set of DNA markers so far. The phylogeny indicates that one of the newly described swordtail species, Xiphophorus monticolus, is likely to have arisen through hybridization since it is placed with the southern platyfish in the mitochondrial phylogeny, but with the southern swordtails in the nuclear phylogeny. Such discordance between these two types of markers is a strong indication for a hybrid origin. Additionally, by using a maximum likelihood approach the possession of the sexually selected sword trait is shown to be the most likely ancestral state for the genus Xiphophorus. Further, we provide a well supported estimation of the phylogenetic relationships between the previously unresolved northern swordtail groups. Conclusions: This comprehensive molecular phylogeny of the entire genus Xiphophorus provides evidence that a second swordtail species, X. monticolus, arose through hybridization. Previously, we demonstrated that X. clemenciae, another southern swordtail species, arose via hybridization. These findings highlight the potential key role of hybridization in the evolution of this genus and suggest the need for further investigations into how hybridization contributes to speciation more generally.},
  language  = {en}
}