@article{MergetKoetschanHackletal.2012,
  author    = {Merget, Benjamin and Koetschan, Christian and Hackl, Thomas and F{\"o}rster, Frank and Dandekar, Thomas and M{\"u}ller, Tobias and Schultz, J{\"o}rg and Wolf, Matthias},
  title     = {The ITS2 Database},
  series = {Journal of Visual Expression},
  volume    = {61},
  journal   = {Journal of Visual Expression},
  number    = {e3806},
  doi       = {10.3791/3806},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-124600},
  year      = {2012},
  abstract  = {The internal transcribed spacer 2 (ITS2) has been used as a phylogenetic marker for more than two decades. As ITS2 research mainly focused on the very variable ITS2 sequence, it confined this marker to low-level phylogenetics only. However, the combination of the ITS2 sequence and its highly conserved secondary structure improves the phylogenetic resolution1 and allows phylogenetic inference at multiple taxonomic ranks, including species delimitation. The ITS2 Database presents an exhaustive dataset of internal transcribed spacer 2 sequences from NCBI GenBank accurately reannotated. Following an annotation by profile Hidden Markov Models (HMMs), the secondary structure of each sequence is predicted. First, it is tested whether a minimum energy based fold (direct fold) results in a correct, four helix conformation. If this is not the case, the structure is predicted by homology modeling. In homology modeling, an already known secondary structure is transferred to another ITS2 sequence, whose secondary structure was not able to fold correctly in a direct fold. The ITS2 Database is not only a database for storage and retrieval of ITS2 sequence-structures. It also provides several tools to process your own ITS2 sequences, including annotation, structural prediction, motif detection and BLAST search on the combined sequence-structure information. Moreover, it integrates trimmed versions of 4SALE and ProfDistS for multiple sequence-structure alignment calculation and Neighbor Joining tree reconstruction. Together they form a coherent analysis pipeline from an initial set of sequences to a phylogeny based on sequence and secondary structure. In a nutshell, this workbench simplifies first phylogenetic analyses to only a few mouse-clicks, while additionally providing tools and data for comprehensive large-scale analyses.},
  language  = {en}
}
@phdthesis{Koetschan2012,
  author    = {Koetschan, Christian},
  title     = {The Eukaryotic ITS2 Database - A workbench for modelling RNA sequence-structure evolution},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-73128},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2012},
  abstract  = {In den vergangenen Jahren etablierte sich der Marker „internal transcribed spacer 2" (ITS2) zu einem h{\"a}ufig genutzten Werkzeug in der molekularen Phylogenetik der Eukaryoten. Seine schnell evolvierende Sequenz eignet sich bestens f{\"u}r den Einsatz in niedrigeren phylogenetischen Ebenen. Die ITS2 faltet jedoch auch in eine sehr konservierte Sekund{\"a}rstruktur. Diese erm{\"o}glicht die Unterscheidung weit entfernter Arten. Eine Kombination aus beiden in einer Sequenzstrukturanalyse verbessert die Aufl{\"o}sung des Markers und erm{\"o}glicht die Rekonstruktion von robusteren B{\"a}umen auf h{\"o}herer taxonomischer Breite. Jedoch war die Durchf{\"u}hrung solch einer Analyse, die die Nutzung unterschiedlichster Programme und Datenbanken vorraussetzte, f{\"u}r den klassischen Biologen nicht einfach durchf{\"u}hrbar. Um diese H{\"u}rde zu umgehen, habe ich den „ITS2 Workbench" entwickelt, eine im Internet nutzbare Arbeitsplattform zur automatisierten sequenzstrukturbasierten phylogenetischen Analyse basierend auf der ITS2 (http://its2.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de). Die Entwicklung begann mit der L{\"a}ngenoptimierung unterschiedlicher „Hidden Markov Model" (HMM)-Topologien, die erfolgreich auf ein Modell zur Sequenzstrukturvorhersage der ITS2 angewandt wurden. Hierbei wird durch die Analyse von Sequenzbestandteilen in Kombination mit der L{\"a}ngenverteilung verschiedener Helixregionen die Struktur vorhergesagt. Anschließend konnte ich HMMs auch bei der Sequenzstrukturgenerierung einsetzen um die ITS2 innerhalb einer gegebenen Sequenz zu lokalisieren. Dieses neu implementierte Verfahren verdoppelte die Anzahl vorhergesagter Strukturen und verk{\"u}rzte die Laufzeit auf wenige Tage. Zusammen mit weiteren Optimierungen des Homologiemodellierungsprozesses kann ich nun ersch{\"o}pfend Sekund{\"a}rstrukturen in mehreren Interationen vorhersagen. Diese Optimierungen liefern derzeit 380.000 annotierte Sequenzen einschließlich 288.000 Strukturvorhersagen. Um diese Strukturen f{\"u}r die Berechnung von Alignments und phylogenetischen B{\"a}umen zu verwenden hab ich das R-Paket „treeforge" entwickelt. Es erm{\"o}glicht die Generierung von Sequenzstrukturalignments auf bis zu vier unterschiedlich kodierten Alphabeten. Damit k{\"o}nnen erstmals auch strukturelle Basenpaarungen in die Alignmentberechnung mit einbezogen werden, die eine Sch{\"a}tzung neuer Scorematrizen vorraussetzten. Das R-Paket erm{\"o}glicht zus{\"a}tzlich die Rekonstruktion von „Maximum Parsimony", „Maximum Likelihood" und „Neighbour Joining" B{\"a}umen auf allen vier Alphabeten mittels weniger Zeilen Programmcode. Das Paket wurde eingesetzt, um die noch umstrittene Phylogenie der „chlorophyceae" zu rekonstruieren und k{\"o}nnte in zuk{\"u}nftigen Versionen des ITS2 workbench verwendet werden. Die ITS2 Plattform basiert auf einer modernen und sehr umfangreichen Web 2.0 Oberfl{\"a}che und beinhaltet neuste AJAX und Web-Service Technologien. Sie umfasst die HMM basierte Sequenzannotation, Strukturvorhersage durch Energieminimierung bzw. Homologiemodellierung, Alignmentberechnung und Baumrekonstruktion basierend auf einem flexiblen Datenpool, der {\"A}nderungen am Datensatz automatisch aktualisiert. Zus{\"a}tzlich wird eine Detektion von Sequenzmotiven erm{\"o}glicht, die zur Kontrolle von Annotation und Strukturvorhersage dienen kann. Eine BLAST basierte Suche auf Sequenz- und Strukturebene bietet zus{\"a}tzlich eine Vereinfachung des Taxonsamplings. Alle Funktionen sowie die Nutzung der ITS2 Webseite sind in einer kurzen Videoanleitung dargestellt. Die Plattform l{\"a}sst jedoch nur eine bestimmte Gr{\"o}ße von Datens{\"a}tzen zu. Dies liegt vor allem an der erheblichen Rechenleistung, die bei diesen Berechnungen ben{\"o}tigt wird. Um die Funktion dieses Verfahrens auch auf großen Datenmengen zu demonstrieren, wurde eine voll automatisierte Rekonstruktion des Gr{\"u}nalgenbaumes (Chlorophyta) durchgef{\"u}hrt. Diese erfolgreiche, auf dem ITS2 Marker basierende Studie spricht f{\"u}r die Sequenz-Strukturanalyse auf weiteren Daten in der Phylogenetik. Hier bietet der ITS2 Workbench den idealen Ausgangspunkt.},
  subject      = {Ribosomale RNA},
  language  = {en}
}
@article{NguyenMuellerParketal.2014,
  author    = {Nguyen, Tu N. and M{\"u}ller, Laura S. M. and Park, Sung Hee and Siegel, T. Nicolai and G{\"u}nzl, Arthur},
  title     = {Promoter occupancy of the basal class I transcription factor A differs strongly between active and silent VSG expression sites in Trypanosoma brucei},
  series = {Nucleic Acid Research},
  volume    = {42},
  journal   = {Nucleic Acid Research},
  number    = {5},
  issn      = {1362-4962},
  doi       = {10.1093/nar/gkt1301},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-117232},
  pages     = {3164-3176},
  year      = {2014},
  abstract  = {Monoallelic expression within a gene family is found in pathogens exhibiting antigenic variation and in mammalian olfactory neurons. Trypanosoma brucei, a lethal parasite living in the human bloodstream, expresses variant surface glycoprotein (VSG) from 1 of 15 bloodstream expression sites (BESs) by virtue of a multifunctional RNA polymerase I. The active BES is transcribed in an extranucleolar compartment termed the expression site body (ESB), whereas silent BESs, located elsewhere within the nucleus, are repressed epigenetically. The regulatory mechanisms, however, are poorly understood. Here we show that two essential subunits of the basal class I transcription factor A (CITFA) predominantly occupied the promoter of the active BES relative to that of a silent BES, a phenotype that was maintained after switching BESs in situ. In these experiments, high promoter occupancy of CITFA was coupled to high levels of both promoter-proximal RNA abundance and RNA polymerase I occupancy. Accordingly, fluorescently tagged CITFA-7 was concentrated in the nucleolus and the ESB. Because a ChIP-seq analysis found that along the entire BES, CITFA-7 is specifically enriched only at the promoter, our data strongly indicate that monoallelic BES transcription is activated by a mechanism that functions at the level of transcription initiation.},
  language  = {en}
}
@article{ChengMacIntyreRamadanAbdelmohsenetal.2015,
  author    = {Cheng, Cheng and MacIntyre, Lynsey and Ramadan Abdelmohsen, Usama and Horn, Hannes and Polymenakou, Paraskevi N. and Edrada-Ebel, RuAngelie and Hentschel, Ute},
  title     = {Biodiversity, Anti-Trypanosomal Activity Screening, and Metabolomic Profiling of Actinomycetes Isolated from Mediterranean Sponges},
  series = {PLoS One},
  volume    = {10},
  journal   = {PLoS One},
  number    = {9},
  doi       = {10.1371/journal.pone.0138528},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-125138},
  pages     = {e0138528},
  year      = {2015},
  abstract  = {Marine sponge-associated actinomycetes are considered as promising sources for the discovery of novel biologically active compounds. In the present study, a total of 64 actinomycetes were isolated from 12 different marine sponge species that had been collected offshore the islands of Milos and Crete, Greece, eastern Mediterranean. The isolates were affiliated to 23 genera representing 8 different suborders based on nearly full length 16S rRNA gene sequencing. Four putatively novel species belonging to genera Geodermatophilus, Microlunatus, Rhodococcus and Actinomycetospora were identified based on a 16S rRNA gene sequence similarity of < 98.5\% to currently described strains. Eight actinomycete isolates showed bioactivities against Trypanosma brucei brucei TC221 with half maximal inhibitory concentration (IC50) values <20 μg/mL. Thirty four isolates from the Milos collection and 12 isolates from the Crete collection were subjected to metabolomic analysis using high resolution LC-MS and NMR for dereplication purposes. Two isolates belonging to the genera Streptomyces (SBT348) and Micromonospora (SBT687) were prioritized based on their distinct chemistry profiles as well as their anti-trypanosomal activities. These findings demonstrated the feasibility and efficacy of utilizing metabolomics tools to prioritize chemically unique strains from microorganism collections and further highlight sponges as rich source for novel and bioactive actinomycetes.},
  language  = {en}
}