@article{AhmedZeeshanHuberetal.2014, author = {Ahmed, Zeeshan and Zeeshan, Saman and Huber, Claudia and Hensel, Michael and Schomburg, Dietmar and M{\"u}nch, Richard and Eylert, Eva and Eisenreich, Wolfgang and Dandekar, Thomas}, title = {'Isotopo' a database application for facile analysis and management of mass isotopomer data}, series = {Database}, volume = {2014}, journal = {Database}, number = {bau077}, doi = {10.1093/database/bau077}, url = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-120102}, year = {2014}, abstract = {The composition of stable-isotope labelled isotopologues/isotopomers in metabolic products can be measured by mass spectrometry and supports the analysis of pathways and fluxes. As a prerequisite, the original mass spectra have to be processed, managed and stored to rapidly calculate, analyse and compare isotopomer enrichments to study, for instance, bacterial metabolism in infection. For such applications, we provide here the database application 'Isotopo'. This software package includes (i) a database to store and process isotopomer data, (ii) a parser to upload and translate different data formats for such data and (iii) an improved application to process and convert signal intensities from mass spectra of \(^{13}C\)-labelled metabolites such as tertbutyldimethylsilyl-derivatives of amino acids. Relative mass intensities and isotopomer distributions are calculated applying a partial least square method with iterative refinement for high precision data. The data output includes formats such as graphs for overall enrichments in amino acids. The package is user-friendly for easy and robust data management of multiple experiments.}, language = {en} } @article{RoyAssaadHerbut2014, author = {Roy, Bitan and Assaad, Fakher F. and Herbut, Igor F.}, title = {Zero Modes and Global Antiferromagnetism in Strained Graphene}, series = {Physical Review X}, volume = {4}, journal = {Physical Review X}, number = {2}, issn = {2160-3308}, doi = {10.1103/PhysRevX.4.021042}, url = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-116108}, pages = {21042}, year = {2014}, abstract = {A novel magnetic ground state is reported for the Hubbard Hamiltonian in strained graphene. When the chemical potential lies close to the Dirac point, the ground state exhibits locally both the Neel and ferromagnetic orders, even for weak Hubbard interaction. Whereas the Neel order parameter remains of the same sign in the entire system, the magnetization at the boundary takes the opposite sign from the bulk. The total magnetization vanishes this way, and the magnetic ground state is globally only an antiferromagnet. This peculiar ordering stems from the nature of the strain-induced single-particle zero-energy states, which have support on one sublattice of the honeycomb lattice in the bulk, and on the other sublattice near the boundary of a finite system. We support our claim with the self-consistent numerical calculation of the order parameters, as well as by the Monte Carlo simulations of the Hubbard model in both uniformly and nonuniformly strained honeycomb lattice. The present result is contrasted with the magnetic ground state of the same Hubbard model in the presence of a true magnetic field (and for vanishing Zeeman coupling), which is exclusively Neel ordered, with zero local magnetization everywhere in the system.}, language = {en} } @article{EhrenschwenderBittnerSeiboldetal.2014, author = {Ehrenschwender, M. and Bittner, S. and Seibold, K. and Wajant, H.}, title = {XIAP-targeting drugs re-sensitize PIK3CA-mutated colorectal cancer cells for death receptor-induced apoptosis}, series = {Cell Death \& Disease}, volume = {5}, journal = {Cell Death \& Disease}, issn = {2041-4889}, doi = {10.1038/cddis.2014.534}, url = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-114374}, pages = {e1570}, year = {2014}, abstract = {Mutations in the oncogenic PIK3CA gene are found in 10-20\% of colorectal cancers (CRCs) and are associated with poor prognosis. Tumor necrosis factor-related apoptosis-inducing ligand (TRAIL) and agonistic TRAIL death receptor antibodies emerged as promising anti-neoplastic therapeutics, but to date failed to prove their capability in the clinical setting as especially primary tumors exhibit high rates of TRAIL resistance. In our study, we investigated the molecular mechanisms underlying TRAIL resistance in CRC cells with a mutant PIK3CA (PIK3CA-mut) gene. We show that inhibition of the constitutively active phosphatidylinositol-3 kinase (PI3K)/Akt signaling pathway only partially overcame TRAIL resistance in PIK3CA-mut-protected HCT116 cells, although synergistic effects of TRAIL plus PI3K, Akt or cyclin-dependent kinase (CDK) inhibitors could be noted. In sharp contrast, TRAIL triggered full-blown cell death induction in HCT116 PIK3CA-mut cells treated with proteasome inhibitors such as bortezomib and MG132. At the molecular level, resistance of HCT116 PIK3CA-mut cells against TRAIL was reflected by impaired caspase-3 activation and we provide evidence for a crucial involvement of the E3-ligase X-linked inhibitor of apoptosis protein (XIAP) therein. Drugs interfering with the activity and/or the expression of XIAP, such as the second mitochondria-derived activator of caspase mimetic BV6 and mithramycin-A, completely restored TRAIL sensitivity in PIK3CA-mut-protected HCT116 cells independent of a functional mitochondrial cell death pathway. Importantly, proteasome inhibitors and XIAP-targeting agents also sensitized other CRC cell lines with mutated PIK3CA for TRAIL-induced cell death. Together, our data suggest that proteasome-or XIAP-targeting drugs offer a novel therapeutic approach to overcome TRAIL resistance in PIK3CA-mutated CRC.}, language = {en} } @book{StaffeldtZimmermannZimmermann2014, author = {Staffeldt, Sven and Zimmermann, Claudia and Zimmermann, Ralf}, title = {W{\"u}rzburger Wald - Syntaktische Baumschule am Beispiel eines authentischen Textes}, edition = {1. Auflage}, isbn = {978-3-923959-94-5}, doi = {10.25972/OPUS-10007}, url = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-100076}, publisher = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg}, year = {2014}, abstract = {Einen Satz syntaktisch zu analysieren heißt, ein Satzverstehen nach bestimmten Kriterien offenzulegen. Jeder Satzanalyse geht ein grunds{\"a}tzliches, voranalytisch verborgenes Verstehen ebenso voraus, wie der Prozess der Analyse ein solches Verstehen konkretisiert und ausdr{\"u}cklich festzurrt: Ohne Verstehen keine Analyse. F{\"u}r Analysen, die ein Satzverstehen syntaktisch explizieren sollen, ben{\"o}tigt man einen theoretischen Hintergrund, der die Analysewerkzeuge bereitstellt: Ohne Beschreibungsmittel keine Analyse. Schließlich braucht jede Analyse auch noch eine Darstellungsmethode: Ohne Festhalten der Ergebnisse kein Zugriff auf die Analyse. Der vorliegende Band versteht sich als eine Explikation von Satzverstehen anhand eines konkreten, valenzorientierten Beschreibungsinventars. Im Vordergrund stehen dabei die Visualisierungen der Analyse-Ergebnisse durch Baumgraphen. {\"U}ber 100 B{\"a}umchen sind hier zu einem Wald versammelt. Damit ist insbesondere (aber nicht nur) f{\"u}r Studierende, die nach dieser Methode S{\"a}tze analysieren, eine M{\"o}glichkeit gegeben, einen valenz- und dependenzgrammatischen Zugriff auf verschiedene syntaktisch beschreibbare Ph{\"a}nomene authentischen Sprachvorkommens zu erproben. Dar{\"u}ber hinaus stellt der „W{\"u}rzburger Wald" unter Beweis, dass die in diesem Band intensiv angewandte Analysemethode ein stabiles Instrument f{\"u}r ad{\"a}quate syntaktische Analysen sprachlicher Einheiten aus der freien Wildbahn journalistischer Textproduktion ist.}, subject = {Syntax}, language = {de} } @article{KellerSchultz2014, author = {Keller, Daniela Barbara and Schultz, J{\"o}rg}, title = {Word Formation Is Aware of Morpheme Family Size}, doi = {10.1371/journal.pone.0093978}, url = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-112848}, year = {2014}, abstract = {Words are built from smaller meaning bearing parts, called morphemes. As one word can contain multiple morphemes, one morpheme can be present in different words. The number of distinct words a morpheme can be found in is its family size. Here we used Birth-Death-Innovation Models (BDIMs) to analyze the distribution of morpheme family sizes in English and German vocabulary over the last 200 years. Rather than just fitting to a probability distribution, these mechanistic models allow for the direct interpretation of identified parameters. Despite the complexity of language change, we indeed found that a specific variant of this pure stochastic model, the second order linear balanced BDIM, significantly fitted the observed distributions. In this model, birth and death rates are increased for smaller morpheme families. This finding indicates an influence of morpheme family sizes on vocabulary changes. This could be an effect of word formation, perception or both. On a more general level, we give an example on how mechanistic models can enable the identification of statistical trends in language change usually hidden by cultural influences.}, language = {en} } @phdthesis{Roemer2014, author = {R{\"o}mer, Daniela}, title = {Where and how to build? Influence of social and environmental cues on nest building behavior in leaf-cutting ants}, url = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-109409}, school = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg}, year = {2014}, abstract = {This thesis explores the influence of social and environmental cues on the nest building behavior of leaf-cutting ants. Especially, the investigations are aimed at evaluating the mechanisms of nest building and how the nest environment can spatially guide building responses that lead to an adaptive nest architecture. The emergence of nest chambers in the nest of the leaf-cutting ant Acromyrmex lundi were evaluated. Rather than excavating nest chambers in advance, at places where workers encounter suitable environmental conditions for brood and fungus rearing, these items have to be present at a site. When presented in the laboratory with a choice between two otherwise identical digging sites, offering suitable environmental conditions, but one containing brood, the workers displayed a higher excavation activity at the site where they encountered the putative content of a chamber. The shape of the excavated cavity was also more round and chamber-like. It is concluded that leaf-cutting ants respond to social cues during nest building. Excavation is a costly process and colonies have to spend a part of their energy stores on nest building, so that regulatory responses for the control of nest excavation are expected to occur. Worker density at the beginning of the digging process influenced digging activity while the presence of in-nest stores did not. Stored brood and fungus did however influence the architecture of the excavated nest, leading to the excavation of larger chambers and smaller tunnels. While self-organized mechanisms appear to be involved in the nest building process, the social cues of the ants' environment during building clearly influence the nest architecture and lead to an adjustment of the nest size to the current space needs of the colony. Workers secondarily regulated nest size by the opportunistic refilling of unused space with excavated soil pellets. As the ants should provide suitable conditions for brood and fungus rearing, they should show a behavioral response to CO2 concentrations, as the gas is known to hinder fungus respiration. Workers of A. lundi did indeed avoid high CO2-levels for fungus rearing but actually preferred CO2-values in the range encountered close to the soil surface, where this species excavates their nests. However, different CO2-levels did not affect their excavation behavior. While fungus chambers make up part of a leaf-cutting ant nest, most leaf-cutting ants of the genus Atta also spent part of the colony's energy on excavating large, voluminous chambers for waste disposal, rather than scattering the material aboveground. It is expected that leaf-cutting ants also show environmental preferences for waste management. In experiments Atta laevigata workers preferred deposition in a warm and dry environment and showed no preference for specific CO2-levels. The continued accumulation of waste particles in a waste chamber seems to be based on the use of volatiles. These originate from the waste itself, and seem to be used as an orientation cue by workers relocating the material. The ensuing large accumulation of waste at one site should result in the emergence of more voluminous chambers for waste disposal.}, subject = {Nestbau}, language = {en} } @phdthesis{Beyer2014, author = {Beyer, Thomas Steffen}, title = {Werkstoffkundlich vergleichende Untersuchung mechanischer Eigenschaften von Alginaten und Alginatersatzmaterialien}, url = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-113816}, school = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg}, year = {2014}, abstract = {In den vergangenen Jahren wurden vermehrt sogenannte Alginatersatzmaterialien f{\"u}r Indikationsbereiche entwickelt, f{\"u}r die bislang haupts{\"a}chlich Alginate verwendet wurden. In dieser in-vitro Studie wurden acht Alginatersatzmaterialien auf Basis von additionsvernetzenden Silikonen und vier Alginate auf ausgew{\"a}hlte mechanische Werkstoffeigenschaften hin untersucht, um beide Materialarten zu vergleichen und daraus Anwendungsempfehlungen ableiten zu k{\"o}nnen. Die getesteten Alginate waren Alginoplast Regular Set, Blueprint XCreme, Jeltrate Regular Set und Xantalgin select Fast Set. Die getesteten A-Silikone waren AlgiNot FS Cartridge und Volume, AlginX Ultra Cartridge, Position Penta, Silginat, Status Blue, Xantasil Cartridge und Dynamix fast set. Dabei wurden folgenden Materialeigenschaften untersucht: Verformung unter Druck, R{\"u}ckstellung nach Verformung, Detailwiedergabegenauigkeit, Dimensionsstabilit{\"a}t, Reißfestigkeit, -dehnung, -energie, Toughness, E-Modul und Homogenit{\"a}t. Die Messverfahren, die verwendet wurden, sind in den Normen DIN EN ISO 4823, DIN EN 21563 und DIN 53504 beschrieben. Zur Messung der Dimensionsstabilit{\"a}t wurde ein neues Verfahren angewendet. Der Vergleich der Homogenit{\"a}t richtete sich nach rein optischen Kriterien der abgebundenen Abformmaterialien. Die Ergebnisse zeigen, dass die getesteten Alginatsubstitute gegen{\"u}ber den Alginaten vorteilhafte Eigenschaften besitzen. Alginate sind gegen{\"u}ber {\"a}ußeren Kr{\"a}ften nicht ann{\"a}hernd so widerstandsf{\"a}hig wie Silikone und lassen sich bei gleicher Krafteinwirkung st{\"a}rker komprimieren (Verformung unter Druck). Alginate sind leichter, aber weniger weit dehnbar (Reißdehnung). Die Alginate reißen bei deutlich geringerer Zugbelastung (Reißfestigkeit), vor allem in Bereichen, in denen das Abformmaterial nur d{\"u}nn ausgelaufen ist (Toughness). Die elastische R{\"u}ckstellungsrate der Alginate und von AlgiNot nach Druckbelastung liegt zwar noch im Normbereich, ist jedoch deutlich geringer als bei den anderen Silikonen, welche eine nahezu vollst{\"a}ndige R{\"u}ckstellung aufweisen. Sowohl Silikone als auch Alginate sind prinzipiell in der Lage, auch feinste Strukturen von 20µm Breite gut abzuformen (Detailwiedergabegenauigkeit). Der Versuch zur Messung der Dimensions{\"a}nderung zeigt, dass Alginatabformungen selbst unter optimalen Lagerungsbedingungen bereits nach weniger als 24 Stunden so stark geschrumpft sind, dass es ratsam ist die Abformung zu wiederholen. Die Silikone k{\"o}nnen mit Ausnahme von Silginat mindesten 14 Tage gelagert werden. F{\"u}r Silginatabformungen wird eine Lagerungsdauer von maximal sieben Tagen empfohlen. Die Beobachtungen zur Homogenit{\"a}t der angemischten Materialien lassen schließen, dass Silikone bei Verwendung von Automischmaschinen besser und gleichm{\"a}ßiger vermischt werden. Aufgrund der besseren Materialeigenschaften eignen sich Alginatsubstitute vor allem f{\"u}r Abformungen, die {\"u}ber l{\"a}ngere Zeit gelagert werden m{\"u}ssen, bevor ein Gipsmodell hergestellt werden kann und haben den Vorteil, dass aus einer Abformung mehrere Modelle hergestellt werden k{\"o}nnen. F{\"u}r die meisten Indikationen gen{\"u}gen die Eigenschaften der Alginate zur Herstellung hinreichend genauer Modelle. Alginate haben außerdem den Vorteil, dass Abformungen mit deutlich geringerer Kraft aus dem Mund entnommen werden k{\"o}nnen.}, subject = {Abformung}, language = {de} } @article{KueblerHautzingerLudolphetal.2014, author = {K{\"u}bler, Andrea and Hautzinger, Martin and Ludolph, Albert and Dickhaus, Thorsten and Real, Ruben G. L.}, title = {Well-being in amyotrophic lateral sclerosis: a pilot experience sampling study}, doi = {10.3389/fpsyg.2014.00704}, url = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-113057}, year = {2014}, abstract = {Objective: The aim of this longitudinal study was to identify predictors of instantaneous well-being in patients with amyotrophic lateral sclerosis (ALS). Based on flow theory well-being was expected to be highest when perceived demands and perceived control were in balance, and that thinking about the past would be a risk factor for rumination which would in turn reduce well-being. Methods: Using the experience sampling method, data on current activities, associated aspects of perceived demands, control, and well-being were collected from 10 patients with ALS three times a day for two weeks. Results: Results show that perceived control was uniformly and positively associated with well-being, but that demands were only positively associated with well-being when they were perceived as controllable. Mediation analysis confirmed thinking about the past, but not thinking about the future, to be a risk factor for rumination and reduced well-being. Discussion: Findings extend our knowledge of factors contributing to well-being in ALS as not only perceived control but also perceived demands can contribute to well-being. They further show that a focus on present experiences might contribute to increased well-being.}, language = {en} } @article{HerrmannBuckSchusteretal.2014, author = {Herrmann, Ken and Buck, Andreas K. and Schuster, Tibor and Abbrederis, Kathrin and Bl{\"u}mel, Christina and Santi, Ivan and Rudelius, Martina and Wester, Hans-J{\"u}rgen and Peschel, Christian and Schwaiger, Markus and Dechow, Tobias and Keller, Ulrich}, title = {Week one FLT-PET response predicts complete remission to R-CHOP and survival in DLBCL}, series = {Oncotarget}, volume = {5}, journal = {Oncotarget}, number = {12}, issn = {1949-2553}, url = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-120659}, pages = {4050-59}, year = {2014}, abstract = {Despite improved survival in the Rituximab (R) era, a considerable number of patients with diffuse large B-cell lymphoma (DLBCL) ultimately die from the disease. Functional imaging using [18F]fluorodeoxyglucose-PET is suggested for assessment of residual viable tumor very early during treatment but is compromised by non-specific tracer retention in inflammatory lesions. The PET tracer [18F]fluorodeoxythymidine (FLT) as surrogate marker of tumor proliferation may overcome this limitation. We present results of a prospective clinical study testing FLT-PET as superior and early predictor of response to chemotherapy and outcome in DLBCL. 54 patients underwent FLT-PET prior to and one week after the start of R-CHOP chemotherapy. Repetitive FLT-PET imaging was readily implemented into the diagnostic work-up. Our data demonstrate that the reduction of FLT standard uptake valuemean (SUVmean) and SUVmax one week after chemotherapy was significantly higher in patients achieving complete response (CR, n=48; non-CR, n=6; p<0.006). Martingale-residual and Cox proportional hazard analyses showed a significant monotonous decrease of mortality risk with increasing change in SUV. Consistent with these results, early FLT-PET response showed relevant discriminative ability in predicting CR. In conclusion, very early FLT-PET in the course of R-CHOP chemotherapy is feasible and enables identification of patients at risk for treatment failure.}, language = {en} } @phdthesis{Renziehausen2014, author = {Renziehausen, Klaus}, title = {Wechselwirkung von Molek{\"u}len mit Laserpulsen: Untersuchungen zur numerischen Implementierung zeitabh{\"a}ngiger St{\"o}rungstheorie und zu Effekten der absoluten Phase von Laserpulsen beliebiger L{\"a}nge}, url = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-100850}, school = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg}, year = {2014}, abstract = {In dieser Dissertation wurden zwei Aspekte der Wechselwirkung von Laserpulsen mit Molek{\"u}len betrachtet: Erstens wurden numerische Algorithmen, die auf der zeitabh{\"a}ngigen St{\"o}rungstheorie basieren, zur Berechnung von quantenmechanischen Wellenfunktionen analysiert. Zweitens wurden Effekte der absoluten Phase (Carrier envelope phase = CEP) von Laserpulsen bei der Laseranregung molekularer Systeme analysiert. In den Analysen zum ersten Aspekt wurden zwei verschiedene Algorithmen - in dieser Arbeit als simple und improved algorithm bezeichnet - verwendet, und die Normabweichung von mit diesen Algorithmen berechneten Wellenfunktionen untersucht. Es konnte gezeigt werden, dass diese Normabweichung f{\"u}r beide Algorithmen in zwei unterschiedliche Beitr{\"a}ge zerlegt werden kann. Der erste Normabweichungsbeitrag tritt aufgrund der numerischen Diskretisierung der Zeit auf und verschwindet, wenn der Zeitschritt, der die Dauer der Intervalle f{\"u}r diese Diskretisierung angibt, gegen Null geht. Man kann den ersten Normabweichungsbeitrag mit exzellenter Genauigkeit berechnen und seine Eigenschaften, die sich f{\"u}r die beiden Algorithmen erheblich unterschieden, eingehend analysieren. Der zweite Normabweichungsbeitrag tritt dadurch auf, dass die zeitabh{\"a}ngige St{\"o}rungstheorie nicht normerhaltend ist, und geht daher gegen Null, wenn die St{\"o}rungsordnung gegen unendlich geht. Dieser zweite Beitrag ist außerdem in guter N{\"a}herung unabh{\"a}ngig vom Zeitschritt und f{\"u}r beide Algorithmen n{\"a}herungsweise gleich. Des Weiteren kann man das Verhalten des zweiten Normabweichungsbeitrags im Gegensatz zum ersten Beitrag nur qualitativ beschreiben. F{\"u}r die Analyse zum zweiten Themengebiet dieser Arbeit, den CEP-Effekten, wurde betrachtet, ob CEP-Effekte auch f{\"u}r Laserpulse beliebiger L{\"a}nge auftreten k{\"o}nnen. {\"U}ber eine analytische Betrachtung erkennt man, dass dies f{\"u}r ein Zweiniveausystem nur dann der Fall ist, wenn beide Zust{\"a}nde vor Beginn der Wechselwirkung des Systems mit dem Laserpuls besetzt sind. Man kann aus diesem Ergebnis folgern, dass f{\"u}r einen Laserpuls, der zwei elektronische Zust{\"a}nde eines Molek{\"u}ls {\"u}ber Einphotonen{\"u}berg{\"a}nge koppelt, in der Regel kein CEP-Effekt f{\"u}r beliebige L{\"a}ngen dieses Pulses auftritt. Der Grund daf{\"u}r ist, dass vor der Wechselwirkung eines molekularen Systems mit einem Laserpuls f{\"u}r dieses {\"u}blicherweise nur der elektronische Grundzustand besetzt ist. In dieser Arbeit wird gezeigt, dass dieses Problem durch ein spezielles Zweipulsschema f{\"u}r die Anregung eines molekularen Systems gel{\"o}st werden kann. F{\"u}r dieses Pulsschema wird ein erster Puls verwendet, der zeitlich so kurz ist, dass Wellenpakete in mehreren elektronischen Zust{\"a}nden angeregt werden. Der nachfolgende zweite Laserpuls ist spektral schmal, und seine zeitliche L{\"a}nge kann beliebig groß gew{\"a}hlt werden. Man erh{\"a}lt f{\"u}r dieses Pulsschema Observablen, die von der CEP des zweiten Pulses, aber nicht von der CEP des ersten Pulses abh{\"a}ngen; somit ist ein CEP-Effekt nachweisbar. Derartige Observablen sind geometrische Asymmetrien f{\"u}r Zerfallsprodukte von Photodissoziationsreaktionen. Insbesondere unterscheidet sich das hier vorgestellte Pulsschema von anderen Zweipulsschemata, f{\"u}r welche Observablen von der Differenz der CEPs beider Pulse abh{\"a}ngen, aber nicht von der CEP einer der beiden Pulse allein.}, subject = {St{\"o}rungstheorie}, language = {de} }