@article{VeyKapsnerFuchsetal.2019,
  author    = {Vey, Johannes and Kapsner, Lorenz A. and Fuchs, Maximilian and Unberath, Philipp and Veronesi, Giulia and Kunz, Meik},
  title     = {A toolbox for functional analysis and the systematic identification of diagnostic and prognostic gene expression signatures combining meta-analysis and machine learning},
  series = {Cancers},
  volume    = {11},
  journal   = {Cancers},
  number    = {10},
  issn      = {2072-6694},
  doi       = {10.3390/cancers11101606},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-193240},
  year      = {2019},
  abstract  = {The identification of biomarker signatures is important for cancer diagnosis and prognosis. However, the detection of clinical reliable signatures is influenced by limited data availability, which may restrict statistical power. Moreover, methods for integration of large sample cohorts and signature identification are limited. We present a step-by-step computational protocol for functional gene expression analysis and the identification of diagnostic and prognostic signatures by combining meta-analysis with machine learning and survival analysis. The novelty of the toolbox lies in its all-in-one functionality, generic design, and modularity. It is exemplified for lung cancer, including a comprehensive evaluation using different validation strategies. However, the protocol is not restricted to specific disease types and can therefore be used by a broad community. The accompanying R package vignette runs in ~1 h and describes the workflow in detail for use by researchers with limited bioinformatics training.},
  language  = {en}
}
@article{AppelScholzMuelleretal.2015,
  author    = {Appel, Mirjam and Scholz, Claus-J{\"u}rgen and M{\"u}ller, Tobias and Dittrich, Marcus and K{\"o}nig, Christian and Bockstaller, Marie and Oguz, Tuba and Khalili, Afshin and Antwi-Adjei, Emmanuel and Schauer, Tamas and Margulies, Carla and Tanimoto, Hiromu and Yarali, Ayse},
  title     = {Genome-Wide Association Analyses Point to Candidate Genes for Electric Shock Avoidance in Drosophila melanogaster},
  series = {PLoS ONE},
  volume    = {10},
  journal   = {PLoS ONE},
  number    = {5},
  doi       = {10.1371/journal.pone.0126986},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-152006},
  pages     = {e0126986},
  year      = {2015},
  abstract  = {Electric shock is a common stimulus for nociception-research and the most widely used reinforcement in aversive associative learning experiments. Yet, nothing is known about the mechanisms it recruits at the periphery. To help fill this gap, we undertook a genome-wide association analysis using 38 inbred Drosophila melanogaster strains, which avoided shock to varying extents. We identified 514 genes whose expression levels and/or sequences covaried with shock avoidance scores. We independently scrutinized 14 of these genes using mutants, validating the effect of 7 of them on shock avoidance. This emphasizes the value of our candidate gene list as a guide for follow-up research. In addition, by integrating our association results with external protein-protein interaction data we obtained a shock avoidance- associated network of 38 genes. Both this network and the original candidate list contained a substantial number of genes that affect mechanosensory bristles, which are hairlike organs distributed across the fly's body. These results may point to a potential role for mechanosensory bristles in shock sensation. Thus, we not only provide a first list of candidate genes for shock avoidance, but also point to an interesting new hypothesis on nociceptive mechanisms.},
  language  = {en}
}
@phdthesis{Koeppe2008,
  author    = {Koeppe, Sabrina},
  title     = {Diagnosefindung und Therapieevaluation bei Kardiomyopathien mittels Magnetresonanztomographie am Beispiel M. Fabry},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-36009},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2008},
  abstract  = {Einf{\"u}hrung M. Fabry ist eine x-chromosomal vererbte Enzymmangelerkrankung und f{\"u}hrt zu progressiver Niereninsuffizienz und hypertropher Kardiomyopathie. Ziel dieser Studie war die Analyse der kardialen Ver{\"a}nderungen im Rahmen der Erkrankung und unter Enzymersatztherapie (ERT) mittels kontrastmittelgest{\"u}tzter Magnetresonanztomographie (MRT). Material und Methoden 25 Patienten (4 Frauen, Alter 18-55 Jahre) mit genetisch best{\"a}tigtem M. Fabry wurden vor und nach 12 Monaten ERT mit Fabrazyme® untersucht. Es erfolgte eine umfassende Analyse morphologischer und funktioneller Parameter des linken Ventrikels (LV) mit Fokussierung auf regionale Wandver{\"a}nderungen sowie Late Enhancement (LE). Eine Gruppe von 43 gesunden Probanden diente als Kontrollgruppe. Ergebnisse Vor Therpiebeginn war bei 50\% aller Patienten eine LV Hypertrophie mit erh{\"o}hter enddiastolischen Wanddicke (EDWT) nachweisbar. Die ERT f{\"u}hrte zu einer Reduktion der EDWT und der LV Masse um 3,6 bis 10,3\% innerhalb von 12 Monaten. Die initial erh{\"o}hten LV Volumina nahmen ebenfalls unter Therapie ab. M{\"a}nnliche Patienten wiesen eine eingeschr{\"a}nkte Ejektionsfraktion (EF) auf als Zeichen einer globalen Herzinsuffizienz, welche sich unter Therapie signifikant verbesserte. Die segmentale Analyse der systolischen Wanddickenzunahme (WT) zeigte teils ausgedehnte Wandbewegungsst{\"o}rungen und eine Verbesserung der Kontraktilit{\"a}t unter ERT. Letztere war am st{\"a}rksten ausgepr{\"a}gt, wenn kein LE vorhanden war. Ein LE in der LV Seitenwand ist charakteristisch f{\"u}r M. Fabry und konnte bei 11 von 21 m{\"a}nnlichen Patienten nachgewiesen werden mit einem Volumen von durchschnittlich 1,9 ± 1,8\% der LV Masse. Das Ausmaß nahm h{\"a}ufig unter Therapie noch zu, es kam zu keiner Reduktion. Allerdings wurde auch kein Neuauftreten beobachtet. Frauen waren nicht betroffen. Das Alter LE-positiver Patienten lag etwa 10 Jahre {\"u}ber dem LE-negativer Patienten. Im Frauenkollektiv war die LV Hypertrophie geringer ausgepr{\"a}gt als bei m{\"a}nnlichen Patienten, lag aber dennoch {\"u}ber dem Normwert. Zwar war der Schweregrad der segmentalen Hypertrophie geringer, aber die regionale Verteilung war dennoch {\"a}hnlich der bei m{\"a}nnlichen Patienten und blieb unter ERT auf hohem Niveau konstant. Auch die regionale Kontraktilit{\"a}t war m{\"a}ßig beeintr{\"a}chtigt und durchaus vergleichbar mit dem Ausmaß der Wandbewegungsst{\"o}rungen bei LE-negativen m{\"a}nnlichen Patienten. Bei Frauen war keine globale LV Insuffizienz nachweisbar. Dennoch belegen die erh{\"o}hte LV Wanddicke und segmentale Hypokinesien eine messbare kardiale Beeintr{\"a}chtigung durch M. Fabry auch bei heterozygoten Patienten. Fazit Insgesamt erwies sich die MRT des Herzens als ideales Instrument zur strahlungsfreien {\"U}berwachung von Fabry Patienten unter ERT. So k{\"o}nnen bereits diskrete und regional beschr{\"a}nkte Ver{\"a}nderungen mit hoher Reliabilit{\"a}t diagnostiziert werden, auch in Regionen, die der Echokardiographie nur schwer zug{\"a}nglich sind. Die LV Masse ist bereits in fr{\"u}hen Krankheitsstadien erh{\"o}ht und korreliert gut mit der allgemeinen Erkrankungsschwere. Desweiteren impliziert die enge Verkn{\"u}pfung zwischen Hypertrophie, erh{\"o}hten LV Volumina, Wandbewegungsst{\"o}rungen und letztenendes globaler Herzinsuffizienz, dass die LV Hypertrophie einen wichtigen und fr{\"u}h sichtbaren Risikofaktor darstellt. Das LE als Zeichen der myokardialen Fibrose in sp{\"a}ten Erkrankungsstadien ist irreversibel, ebenfalls eng verbunden mit der kardialen Funktion und scheint ein weiterer Risikofaktor zu sein f{\"u}r ein vermindertes Therapieansprechen. Mit dem Auftreten eines LE und zunehmenden LE-Scores erh{\"o}ht sich die Wahrscheinlichkeit des Auftretens einer LV Hypertrophie und von Wandbewegungsst{\"o}rungen. Das Patientenalter hatte keinen offensichtlichen Einfluss auf die Wirkung der ERT. Es gibt jedoch Hinweise auf eine Art „point of no return", jenseits dessen der Therapieeffekt - zumindest das Herz betreffend - begrenzt zu sein scheint.},
  subject      = {Fabry-Krankheit},
  language  = {de}
}
@phdthesis{Sagebiel2004,
  author    = {Sagebiel, Carolin},
  title     = {Funktionelle und kephalometrische Untersuchungen nach Collumfrakturen im Kindesalter - eine Langzeitbeobachtung -},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-7717},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2004},
  abstract  = {In der vorliegenden Studie wurden laterale Fernr{\"o}ntgenbilder und Funktionsanalysen von 28 Patienten (11 m{\"a}nnlich, 17 weiblich) ausgewertet, die sich aufgrund einer Kiefergelenkfortsatzfraktur zwischen 1973 und 1995 in der Poliklinik f{\"u}r Kieferorthop{\"a}die der Julius-Maximilians-Universit{\"a}t W{\"u}rzburg vorgestellt haben und ausschließlich konservativ mittels funktionskieferorthop{\"a}discher Apparate behandelt wurden. Alle Patienten befanden sich zum Zeitpunkt der Collumfraktur im pr{\"a}pubert{\"a}ren Alter und wurden durchschnittlich 11,2 Jahre bis zum Wachstumsende weiter nachuntersucht. Untersucht wurde in dieser Studie, wie sich das Wachstum des Unterkiefers von Patienten mit einer pr{\"a}pubert{\"a}ren Collumfraktur unter der konservativen funktionskieferorthop{\"a}dischen Therapie mit einem Bionator verh{\"a}lt und wie sich dieses anhand skelettaler kephalometrischer Parameter objektivieren l{\"a}sst. Bei der klinischen Nachuntersuchung fand sich in keinem Fall eine Einschr{\"a}nkung der maximalen Mund{\"o}ffnung von unter 30 mm nach Abschluss der Behandlung. Die maximale Schneidekantendistanz betrug zum Ende der Behandlung und des Wachstums 48,8 mm. Bei den untersuchten Personen wiesen jeweils 7\% (n=2) eine eingeschr{\"a}nkte Protrusion oder Laterotrusion auf. Bei den palpatorischen Gelenkbefunden wurde bei 10,3\% der Patienten eine einseitige, bei 3,6\% eine beidseitige Druckschmerzhaftigkeit der Kondylen gefunden. Bei 50\% (n=14) der Patienten konnte objektiv ein Kiefergelenksknacken beobachtet werden. {\"U}ber 80\% der Patienten hatten bei der Palpation der Kaumuskulatur keine Druckschmerzhaftigkeit. Der in dieser Studie ermittelte funktionelle Status von Patienten mit einer pr{\"a}pubert{\"a}ren Collumfraktur erwies sich somit mit wenigen Ausnahmen bei der Protrusion und Laterotrusion als uneingeschr{\"a}nkt. Die Schmerzsymptomatik von Kaumuskulatur und Kiefergelenk und das Vorliegen von Kiefergelenksger{\"a}uschen wurde als sehr gering eingestuft und lag weit unter den epidemiologischen Werten, die an Durchschnittskollektiven in der Literatur beschrieben wurden. Die kephalometrische Analyse wurde zu 5 verschiedenen Untersuchungszeitpunkten, direkt nach der Fraktur bis zum Wachstumsende, ermittelt und ausgewertet. Hierzu wurden die Wachstumsverl{\"a}ufe der einzelnen Parameter graphisch dargestellt. Zur genaueren Beurteilung wurden die ermittelten kephalometrischen Parameter mit den Normwerten unbehandelter Probanden in der gleichen Altersstufe verglichen. Ausgewertet wurden die wachstumsabh{\"a}ngigen Parameter PFH:AFH, die Winkel SNB, SN-Pg, ML-NL, ML-NSL, NL-NSL, Gonion, Facialkonvexit{\"a}t und die wachstumsabh{\"a}ngigen Strecken Gonion-Menton, Sella-Nasion, Condylion-Pogonion. Des weiteren wurden die wachstumsstabilen Winkel Facialachse, SNA, NS-Ba ausgewertet und mit den Werten unbehandelter Probanden verglichen. Es kann aufgrund der vorausgegangenen Collumfraktur zu einer dorsal-kranial Verlagerung mit Rotation des Unterkiefers gekommen sein, die nur partiell ausgeglichen werden konnte. Besonders hervorzuheben ist, dass die wachstumsabh{\"a}ngigen Strecken Go-Me und S-N exakt die Werte des unbehandelten, gesunden Probandenkollektivs erreicht, was darauf hindeutet, dass das Wachstum des horizontalen Unterkieferk{\"o}rpers nach einer Collumfraktur nicht beeintr{\"a}chtigt ist. Die Beurteilung hinsichtlich der funktionellen und kephalometrischen Analyse f{\"a}llt insgesamt positiv aus. Es ist zu erkennen, dass Patienten mit einer pr{\"a}pubert{\"a}ren Collumfraktur durch eine konservativ-funktionskieferorthop{\"a}dische Behandlung mit einem Bionator nach Wachstumsende in der Funktion uneingeschr{\"a}nkt sind und auch die Auswertung der kephalometrischen Analyse zeigt eine Ann{\"a}herung an die normalen Wachstumver{\"a}nderungen bei unbehandelten Probanden.},
  language  = {de}
}