@phdthesis{Dostal2001, author = {Dostal, Stefan}, title = {Molekulare Differenzierung von Mykobakterien}, url = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-3348}, school = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg}, year = {2001}, abstract = {Die Differenzierung von Mykobakterien auf Speziesebene mithilfe von herk{\"o}mmlichen biochemischen Testverfahren ist langwierig, was zu signifikanten Verz{\"o}gerungen in der Diagnostik f{\"u}hrt. Molekulare Identifizierung hingegen weist, verglichen mit der ph{\"a}notypischen Identifizierung, zwei entscheidende Vorteile auf: es kommt dabei zu einem Geschwindigkeitszuwachs und zu einer h{\"o}heren Genauigkeit des Diagnoseerfahrens. Der Informationsgehalt des 5'-Endes des 16S-rRNA-Gens ist ausreichend f{\"u}r die Identifizierung der meisten bakteriellen Spezies. Wegen der vielen fehlerhaften Datenbest{\"a}nde k{\"o}nnen {\"o}ffentliche Sequenzdatenbanken die ben{\"o}tigten Referenzsequenzen jedoch nicht zur Verf{\"u}gung stellen. Es wurde deshalb eigens eine Datenbank mit qualitativ hochwertigen Sequenzen geschaffen. Die Sequenzen beinhalten beide Str{\"a}nge der 5'-16S-rDNA (E. coli-Position 54-510) von 125 Stammsammlungisolaten. Dabei wurden alle bis zum 31.03.2000 valide beschriebenen Arten (n=89) und einige weitere, bereits ver{\"o}ffentlichte Sequevare-Varianten eingeschlossen. Konnten St{\"a}mme anhand der 16S-Sequenzen nicht unterschieden werden, wurde zus{\"a}tzlich die Sequenz der „Internal Transcribed Spacer Region" bestimmt (n=45). Insgesamt existierten von den St{\"a}mmen, die anhand ihrer 16S-rDNA-Sequenz nicht eindeutig zu identifizieren waren, 77 Isolate in der {\"o}ffentlichen Datenbank Genbank. Den neu analysierten Sequenzen gegen{\"u}bergestellt weisen diese im paarweisen Vergleich eine durchschnittliche Diskrepanz von 4,31 Basen auf. Durch die vergleichende 5'-16S-rDNA-Sequenzanalyse war es m{\"o}glich 64 der 89 validen Spezies zu identifizieren (71.9\%). Nach Hinzunahme der ITS-Sequenz war es m{\"o}glich, weitere 15 Spezies zu differenzieren. Nur die Arten des M. tuberculosis complex, M. marinum und M. ulcerans und die M. avium Subspezies konnten weder durch 5'16S-rDNA-Sequenzanalyse noch anhand der ITS-Sequenz differenziert werden. Die Sequenzen aller St{\"a}mme sind abrufbar in der Datenbank des RIDOM-Projekts ("Ribosomal Differentiation of Medical Microorganisms"). Weiterf{\"u}hrende Informationen (z.B. taxonomischer oder medizinischer Art) vervollst{\"a}ndigen zusammen mit einem Algorithmus zur genotypischen Identifizierung aller valide beschriebenen Mykobakterien dieses Angebot. Nach ausf{\"u}hrlicher Analyse verschiedener Mykobakterien Spezies ist es nun in der Tat m{\"o}glich, die meisten Mykobakterien Arten anhand der vergleichenden Seqenzanalyse der 16S-rDNA und ITS zu unterscheiden. Voraussetzung hierf{\"u}r ist eine Datenbank mit qualitativ hochwertigen Referenzsequenzen. Bereits in naher Zukunft ist die Anwendung dieses Verfahrens im Routinebetrieb, v.a. in Referenzlaboratorien, denkbar.}, language = {de} } @phdthesis{Wohlleben2004, author = {Wohlleben, Michael}, title = {Sequenzanalyse des humanen 5´-Deiodase (Typ I) -Gens bei Patienten mit Schilddr{\"u}senfunktionsst{\"o}rungen}, url = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-7621}, school = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg}, year = {2004}, abstract = {Durch ihre Aufgaben im Metabolismus der Schilddr{\"u}senhormone kommt der Enzymfamilie der Deiodasen im feinregulierten Zusammenspiel der Aktivierung und Inaktivierung dieser signalgebenden Stoffe eine zentrale Rolle zu. St{\"o}rungen in diesem System ziehen weitreichende Folgen auf der Ebene der Entwicklung und Steuerung des gesamten Organismus nach sich. Verminderte Aktivit{\"a}t der 5´DI, sei sie durch unzureichende Expression des Gens oder posttranskriptionelle Fehlsteuerung bedingt, geht dabei mit einer sogenannten „Konversionshemmung" einher, die sich in erh{\"o}hten T4- und rT3-Spiegeln bei vermindertem Plasma-T3-Gehalt {\"a}ußert. Diese Konstellation wird in Tiermodellen, bei denen ein 5´DI-Defekt auf molekularer Ebene bekannt ist, beobachtet. Ein derartiger Defekt ist jedoch beim Menschen bislang nicht festgestellt worden. Eine routinem{\"a}ßige Untersuchung des 5´DI-Gens von Patienten, bei denen ein Enzymdefekt die Ursache ihrer Symptomatik sein k{\"o}nnte, ist mit Hilfe des hier aufgef{\"u}hrten Verfahrens unter einfachen Bedingungen m{\"o}glich. In dieser Arbeit wird neben der Beschreibung eines stummen Polymorphismus im Exon 1 erstmals eine potentiell relevante Ver{\"a}nderung im translatierten Bereich des 5´DI-Gens beschrieben. Ausgew{\"a}hlte Patienten, deren Symptome den Verdacht auf eine Konversionshemmung aufkommen lassen, sind (bei sonst unver{\"a}nderter Exonstruktur) heterozygot f{\"u}r eine Punktmutation im Codon 108 im Exon 1. Durch den Austausch von G durch A ergibt sich bei ihnen aus dem Codon UGG f{\"u}r die Aminos{\"a}ure Tryptophan das Stop- beziehungsweise SeCys-Codon UGA. Im ersten Fall entsteht dadurch ein etwa um die H{\"a}lfte verk{\"u}rztes und damit wohl funktionsunf{\"a}higes Protein, im zweiten ein in Konformation und Aktivit{\"a}t sicherlich beeintr{\"a}chtigtes Enzym, vorausgesetzt, das im 3'-untranslatierten Bereich der mRNA befindliche SECIS-Element ist f{\"u}r dieses UGA-Codon wirksam. Bei beiden Varianten ist jedoch zu kl{\"a}ren, ob der Defekt durch das zweite wildtypische Allel teilweise oder v{\"o}llig kompensiert werden kann, wozu Untersuchungen von Gewebeproben aus Leber und Niere beziehungsweise die Expression des ver{\"a}nderten Gens in Zellkultur erforderlich w{\"a}ren.}, language = {de} } @article{BurgsdorfSlabyHandleyetal.2015, author = {Burgsdorf, Ilia and Slaby, Beate M. and Handley, Kim M. and Haber, Markus and Blom, Jochen and Marshall, Christopher W. and Gilbert, Jack A. and Hentschel, Ute and Steindler, Laura}, title = {Lifestyle Evolution in Cyanobacterial Symbionts of Sponges}, series = {mBio}, volume = {6}, journal = {mBio}, number = {3}, doi = {10.1128/mBio.00391-15}, url = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-143117}, pages = {e00391-15}, year = {2015}, abstract = {The "Candidatus Synechococcus spongiarum" group includes different clades of cyanobacteria with high 16S rRNA sequence identity (~99\%) and is the most abundant and widespread cyanobacterial symbiont of marine sponges. The first draft genome of a "Ca. Synechococcus spongiarum" group member was recently published, providing evidence of genome reduction by loss of genes involved in several nonessential functions. However, "Ca. Synechococcus spongiarum" includes a variety of clades that may differ widely in genomic repertoire and consequently in physiology and symbiotic function. Here, we present three additional draft genomes of "Ca. Synechococcus spongiarum," each from a different clade. By comparing all four symbiont genomes to those of free-living cyanobacteria, we revealed general adaptations to life inside sponges and specific adaptations of each phylotype. Symbiont genomes shared about half of their total number of coding genes. Common traits of "Ca. Synechococcus spongiarum" members were a high abundance of DNA modification and recombination genes and a reduction in genes involved in inorganic ion transport and metabolism, cell wall biogenesis, and signal transduction mechanisms. Moreover, these symbionts were characterized by a reduced number of antioxidant enzymes and low-weight peptides of photosystem II compared to their free-living relatives. Variability within the "Ca. Synechococcus spongiarum" group was mostly related to immune system features, potential for siderophore-mediated iron transport, and dependency on methionine from external sources. The common absence of genes involved in synthesis of residues, typical of the O antigen of free-living Synechococcus species, suggests a novel mechanism utilized by these symbionts to avoid sponge predation and phage attack. IMPORTANCE While the Synechococcus/Prochlorococcus-type cyanobacteria are widely distributed in the world's oceans, a subgroup has established its niche within marine sponge tissues. Recently, the first genome of sponge-associated cyanobacteria, " Candidatus Synechococcus spongiarum," was described. The sequencing of three representatives of different clades within this cyanobacterial group has enabled us to investigate intraspecies diversity, as well as to give a more comprehensive understanding of the common symbiotic features that adapt "Ca. Synechococcus spongiarum" to its life within the sponge host.}, language = {en} } @article{PfisterFringsMoeller2019, author = {Pfister, Roland and Frings, Christian and Moeller, Birte}, title = {The Role of Congruency for Distractor-Response Binding: A Caveat}, series = {Advances in Cognitive Psychologe}, volume = {15}, journal = {Advances in Cognitive Psychologe}, number = {2}, doi = {10.5709/acp-0262-1}, url = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-200265}, pages = {127-132}, year = {2019}, abstract = {Responding in the presence of stimuli leads to an integration of stimulus features and response features into event fles, which can later be retrieved to assist action control. This integration mechanism is not limited to target stimuli, but can also include distractors (distractor-response binding). A recurring research question is which factors determine whether or not distractors are integrated. One suggested candidate factor is target-distractor congruency: Distractor-response binding effects were reported to be stronger for congruent than for incongruent target-distractor pairs. Here, we discuss a general problem with including the factor of congruency in typical analyses used to study distractor-based binding effects. Integrating this factor leads to a confound that may explain any differences between distractor-response binding effects of congruent and incongruent distractors with a simple congruency effect. Simulation data confrmed this argument. We propose to interpret previous data cautiously and discuss potential avenues to circumvent this problem in the future.}, language = {en} }