@phdthesis{Muhr2023,
  author    = {Muhr, Christiane},
  title     = {Optimierung eines molekularen Verfahrens zur Quantifizierung des Chim{\"a}rismus nach allogener Stammzelltransplantation},
  doi       = {10.25972/OPUS-32127},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-321277},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2023},
  abstract  = {Die molekulare Chim{\"a}rismusdiagnostik stellt einen essenziellen Teil der Therapie{\"u}berwachung nach allogener HSZT dar. In der Uniklinik W{\"u}rzburg wird hierbei mittels qPCR eines Panels von 21 Allelen eine Informativit{\"a}t von 95 \% und eine Sensitivit{\"a}t von 0,1-0,01 \% erreicht. Ziel der Arbeit war eine Optimierung dieser in unserem Labor angewandten Methode zur Chim{\"a}rismusanalyse in puncto Sensitivit{\"a}t und Informativit{\"a}t. Es wurde untersucht, ob durch Steigerung des DNA-Inputs in die qPCR eine Sensitivit{\"a}tserh{\"o}hung erzielt werden kann, ohne dass PCR-Inhibition auftritt. Dabei erwies sich ein DNA-Input von 250 ng als ideal f{\"u}r eine verl{\"a}sslichere Detektion von 0,01 \% Empf{\"a}ngerzellen. PCR-Inhibition trat nicht auf. Zur Deckung des damit einhergehendem erh{\"o}hten DNA-Bedarf wurden verschiedene Elutionsmethoden der DNA-Extraktion verglichen, wobei durch Extraktion mit dem QIAamp DNA Blood Midi-Kit und Elution mit 2 x 200 μl AE-Puffer der h{\"o}chste DNA-Ertrag gewonnen wurde. Zur Erh{\"o}hung der Informativit{\"a}t wurde die Anwendbarkeit eines Primersets f{\"u}r qPCR des SNP rs713753 evaluiert. Hierbei zeigte sich eine m{\"a}ßige Eignung: Beide Allele des SNP gemeinsam ergaben eine gute Informativit{\"a}t f{\"u}r Empf{\"a}ngerdiskriminierung von 37,5 \%. Die qPCR-Effizienzen der lokusspezifischen Referenz und des Allels C waren nahezu optimal, die des Allels T lag lediglich bei 0,87. Die Sensitivit{\"a}t der spezifischen Allele lag bei max. 0,1 \%. Sofern auch hier eine Sensitivit{\"a}tssteigerung durch Erh{\"o}hung des DNA-Inputs in die qPCR ohne Auftreten unspezifischer Amplifikation m{\"o}glich ist, w{\"a}re eine Integration der qPCR des SNP rs713753 in die Routinediagnostik denkbar. Zusammenfassend ist eine Optimierung der in unserem Labor angewandten Methode zur Chim{\"a}rismusdiagnostik hinsichtlich Sensitivit{\"a}t und Informativit{\"a}t durchaus m{\"o}glich. Eine Erh{\"o}hung des DNA-Inputs ist dabei am simpelsten umsetzbar; zur Etablierung weiterer Allele bedarf es zus{\"a}tzlicher Experimente.},
  subject      = {Real time quantitative PCR},
  language  = {de}
}