@phdthesis{Rein2014,
  author    = {Rein, Alice Felicitas},
  title     = {Identifizierung von durch PI3K-Inhibition induzierten Spleißvarianten in T-Zellen mittels Exon Array und die Effekte funktionell relevanter Gene auf T-Zell-Funktionen und Viabilit{\"a}t},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-103462},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2014},
  abstract  = {Die Interaktion des Masernvirus mit T-Zellen st{\"o}rt die Aktivierung der TCR-Signalkaskade durch die Hemmung der Phosphatidylinositol-3-Kinase (PI3K), die zur Einstellung der T-Zell-Funktionen f{\"u}hrt und dadurch nachgeschaltete (downstream) Signalwege sowie den Eintritt in den Zellzyklus, aber auch die Genexpression reguliert. Infolgedessen k{\"o}nnen die Aktivit{\"a}t spleißregulatorischer Faktoren sowie die Spleißmuster von mRNAs ver{\"a}ndert werden, wie zum Beispiel bei der alternativ gespleißten SHIP1-Isoform SIP110, die eine T-Zell-inhibitorische Aktivit{\"a}t zeigt. Um alternativ gespleißte (AS) und differentiell regulierte (RG) Transkripte in T-Zellen infolge von PI3K-Inhibition zu erfassen, wurde ein Human Exon 1.0 ST Array an RNA-Proben von humanen T-Zellen, 24 h stimuliert und stimuliert/ PI3K-inhibiert, durchgef{\"u}hrt. Durch die Anwendung geeigneter bioinformatischer Algorithmen konnten spezifisch in PI3K-inhibierten Zellen angereicherte Transkripte nachgewiesen und in die Kategorien AS (2192 Gene) und RG (619 Gene) eingeteilt werden. Ausgew{\"a}hlte Gene wurde mittels RT-PCR und qPCR validiert, gefolgt von der funktionellen Annotation beider Genlisten. AS Gene konnten verst{\"a}rkt in ECM-Rezeptor Interaktionen, fokaler Adh{\"a}sion, Proliferation, Zytoskelettorganisation und Tumorsignalwegen gefunden werden, w{\"a}hrend RG Gene eher in der DNA-Replikation, DNA-Reparatur und Stressantwort vertreten waren. Gene beider Gruppen konnten auf Signalwege bezogen werden, die essentiell f{\"u}r den TCR-Signalweg, die Zytoskelettdynamik und den Zellzykluseintritt waren. Das st{\"u}tzt die Annahme, dass die Außerkraftsetzung der PI3K-Sch{\"u}sselprozesse der T-Zell-Aktivierung sowohl auf der Ebene der RG als auch der AS Gene wirkt. {\"U}ber die Ingenuity Pathway Analyse konnten wir unsere Genlisten mit Genen vergleichen, die bereits auf solche Schl{\"u}sselprozesse und die Viabilit{\"a}t bezogen werden k{\"o}nnen. In der {\"U}berschneidung wurden z.B. die AS GTP-Austauschfaktoren Vav1 und Vav3 gefunden, die f{\"u}r die {\"U}bersetzung extrazellul{\"a}rer Signale in Zytoskelettdynamik, Proteinphosphatasen und Adapter von Bedeutung sind. Ausgew{\"a}hlte Gene (AS - FBXO6 und LAT2, RG - SLFN5) wurden aus PI3K-arretierten T-Zellen kloniert und deren Effekt auf grundlegende zellul{\"a}re Funktionen durch {\"U}berexpression in HEK293T-Zellen {\"u}berpr{\"u}ft. Die Fusionsproteine ver{\"a}nderten weder die Zellviabilit{\"a}t noch die Proliferation dieser Zellen. {\"U}ber einen auf siRNA basierenden Knockdown wurde {\"u}berpr{\"u}ft, ob das RG Gene SLFN5 als Suppressor auf die T-Zell-Aktivierung agiert. Der Knockdown in prim{\"a}ren T-Zellen zeigte keinen Einfluss auf die Zellviabilit{\"a}t, Proliferation und Polarisation. Jedoch konnte ein signifikanter Effekt auf die T-Zell-Adh{\"a}renz auf Fibronektin gezeigt werden, was darauf schließen l{\"a}sst, dass SLFN5 die T-Zell-Adh{\"a}renz negativ reguliert. Des Weiteren wurde die MV-induzierte Regulation selektierter Gene betrachtet und Unterschiede in der Regulation im Vergleich zur direkten PI3K-Inhibition festgestellt. Ein Grund daf{\"u}r k{\"o}nnte sein, dass das MV eine Inhibition auf vielen Ebenen induziert, anstelle der alleinigen PI3K-Inhibition. Abschließend wurde untersucht, ob ausgew{\"a}hlte Gene an der Regulation in verschiedenen T-Zelllinien beteiligt sind und als Tumorsuppressoren agieren k{\"o}nnten. FBXO6 als Regulator der CHK1-Stabilit{\"a}t wurde in den meisten Zelllinien nicht exprimiert. Die Annahme, dass eine Stress-induzierte defekte Ubiquitinierungsmaschinerie an der Resistenz von Tumorzellen auf Chemotherapeutika beteiligt ist, macht FBXO6 zu einem interessanten Kandidaten als Biomarker f{\"u}r Tumorsensitivit{\"a}t gegen{\"u}ber Krebsmedikamenten. Diese Annahme bedarf jedoch weiterer Untersuchungen.},
  subject      = {Phosphatidylinositolkinase <Phosphatidylinositol-3-Kinase>},
  language  = {de}
}