@phdthesis{Schmelter2011,
  author    = {Schmelter, Christopher Michael},
  title     = {Charakterisierung genetischer Aberrationen in Follikul{\"a}ren Lymphomen Grad 3B durch Fluoreszenz in situ Hybridisierung},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-57649},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2011},
  abstract  = {Das Follikul{\"a}re Lymphom (FL) ist nach dem Diffusen großzelligen B-Zell-Lymphom (DLBCL) das h{\"a}ufigste Non-Hodgkin-Lymphom in der westlichen Welt. Die aktuelle WHO-Klassifikation f{\"u}r Tumoren der H{\"a}matopoetischen und Lymphoiden Gewebe aus dem Jahr 2008 unterteilt dieses maligne Lymphom nach Histologie und Wachstumsmuster in vier Gruppen, FL 1 bis FL 3A und FL 3B. Obwohl die FL 1 und FL 2 zu den indolenten Tumoren gez{\"a}hlt werden, und FL 3A und FL 3B tendenziell eher als aggressiv gelten, so wurde in einigen Studienarbeiten gezeigt, dass das FL 3A aufgrund seiner immunhistologischen und genetischen Charakteristika, insbesondere dem Vorhandensein der BCL2/IGH t(14;18)(q32;q21) Translokation, eher den low-grade-Lymphomen (FL 1 und FL 2) nahe steht, w{\"a}hrend das FL 3B durchaus Eigenschaften des DLBCL, wie das Fehlen einer BCL2/IGH-Translokation und das vermehrte Auftreten von Aberrationen des BCL6-Gens, zeigt. In verschiedenen Arbeiten wurde des Weiteren eine Einteilung in reine FL 3B und FL 3B mit Anteilen eines DLBCL (+ DLBCL) vorgenommen, da sich auch diese beiden Subgruppen durch unterschiedliche Proteinexpression und genetische Eigenschaften auszeichnen w{\"u}rden. Laut den bislang in der Literatur vorliegenden (sp{\"a}rlichen) Daten zeigen FL 3A und FL 3B unterschiedliche Antigen-Profile und offenbar auch unterschiedliche (prim{\"a}re) genetische Ver{\"a}nderungen, wobei gerade f{\"u}r das FL 3B nur wenige Daten vorliegen. W{\"a}hrend Grad 3A-Tumoren einige {\"A}hnlichkeiten zu den FL 1 und 2 zeigen, scheint das FL 3B im Immunph{\"a}notyp wie in der Genetik eher dem DLBCL zu {\"a}hneln. Allerdings l{\"a}sst sich bei kritischer Durchsicht der Literatur erkennen, dass die meisten F{\"a}lle eines FL Grad 3 entweder gar nicht den Graden 3A oder 3B zugeordnet, beziehungsweise in diese unterschieden wurden, oder h{\"a}ufig bereits einen zus{\"a}tzlichen diffusen Wachstumstyp aufweisen, nach den Regeln der WHO-Klassifikation f{\"u}r Tumoren der H{\"a}matopoetischen und Lymphatischen Gewebe (2008) also als DLBCL mit einem zus{\"a}tzlichen follikul{\"a}ren Wachstumsanteil klassifiziert w{\"u}rden. Somit sind die Daten insbesondere {\"u}ber die rein follikul{\"a}r wachsenden FL 3B {\"a}ußerst sp{\"a}rlich. Die vorliegende Arbeit besch{\"a}ftigt sich mit der immunhistochemischen und genetischen Charakterisierung der FL 3B. Von besonderem Interesse war die Bestimmung der H{\"a}ufigkeit der BCL2/IGH t(14;18)(q32;q21), BCL6/IGH t(3;14)(q27;q32) und MYC/IGH t(8;14)(q24;q32) Translokationen in den verschiedenen Typen der FL. Weiterhin sollte der Frage nachgegangen werden, ob die Anwendung der Tissue Microarray (TMA)-Technik und der Fluoreszenz in situ Hybridisierung (FISH) an TMAs robuste Daten zu dieser Fragestellung liefern kann. In einem ersten Schritt wurden vorhandene TMAs von FL, DLBCL und MALT-Lymphomen mit break-apart-Sonden f{\"u}r BCL2, BCL6, MYC und IGH hybridisiert, und die gewonnenen Ergebnisse mit Daten der konventionellen Zytogenetik abgeglichen. Hierdurch sollte nachgewiesen werden, dass die FISH in Kombination mit der TMA-Technik eine valide Testmethode zur Aufdeckung der gesuchten chromosomalen Aberrationen darstellt, die in Sensitivit{\"a}t und Spezifit{\"a}t der klassischen Zytogenetik nicht nachsteht. In einem zweiten Schritt wurden FL aus dem Archiv des Pathologischen Instituts der Universit{\"a}t W{\"u}rzburg anhand der aktuellen WHO-Kriterien in die Grade 1, 2, 3A und 3B eingeteilt (und reklassifiziert). Diese Tumoren wurden im TMA und im Vollschnitt durch immunhistochemische F{\"a}rbungen auf ihre Protein-Expression und mittels FISH auf ihre genetischen Eigenschaften untersucht und charakterisiert.},
  subject      = {B-Zell-Lymphom},
  language  = {de}
}
@phdthesis{Fischer2008,
  author    = {Fischer, Julia},
  title     = {Chromosomale Fluoreszenz-in-situ-Hybridisierung beim Urothelkarzinom; Diagnose, Fr{\"u}herkennung und Verlgeich mit der Urinzytologie},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-28653},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2008},
  abstract  = {Das Harnblasenkarzinom ist eines der h{\"a}ufigsten urogenitalen Karzinome. In den letzten Jahren wurden zunehmend neue molekulare Marker entwickelt, um Karzinome nicht-invasiv detektieren zu k{\"o}nnen, darunter die chromosomale Fluoreszenz-in-situ-Hybridisierung. In der vorliegenden Studie sollte die Durchf{\"u}hrbarkeit der Methode an bereits zytologisch aufbereiteten (gef{\"a}rbten) Pr{\"a}paraten untersucht, bereits erhobene zytologische Untersuchungsergebnisse mit den FISH-Resultaten verglichen, zytologisch zweifelhafte Befunde gekl{\"a}rt und retrospektiv festgestellt werden, ob eine im Verlauf beobachtete Karzinomentwicklung (positives follow-up) zu einem fr{\"u}heren Zeitpunkt bei noch negativen zytologischen Resultaten durch die FISH-Methode nachweisbar gewesen w{\"a}re. In die vorliegende Studie gingen 79 zytologische Pr{\"a}parate ein, darunter HE- und Papanicolaou-gef{\"a}rbte Pr{\"a}parate. Alle Pr{\"a}parate wurden nach mehreren Waschschritten in einer Proteasel{\"o}sung inkubiert und danach mit der Sondenmischung des UroVysion™ Bladder Cancer Recurrence Kits inkubiert, die mit zentromerspezifischen Chromosomensonden und einer Lokus-spezifischen Sonde die Chromosomen 3, 7, 17 und den Lokus 9p21 fluoreszenzmarkiert. Anschließend erfolgte die Hybridisierung und das Gegenf{\"a}rben. Bei der Befundung nach Vysis™-Kriterien musste das Pr{\"a}parat f{\"u}r eine positive (maligne) Befundung vier oder mehr der 25 Zellkerne mit einer Zunahme der Signale der Chromosomen 3, 7 oder 17 oder 12 oder mehr Zellkerne mit einem oder keinem Signal f{\"u}r 9p21 aufweisen. Nach den Kriterien der Basler Arbeitsgruppe galt ein Pr{\"a}parat mit 2 oder mehr Zellkernen mit Signalzunahme bei Chromosom 3, 7 und 17 oder bei Verlust eines oder beider 9p2-Signale als maligne. Im Hinblick auf die erbrachten Ergebnisse war FISH nach Vysis-Schema deutlich sensitiver als die Zytologie (79,2 \% vs. 54,2 \%). Die Auswertung nach Basel war gleich sensitiv, jedoch mit 76,4 \% deutlich weniger spezifisch (Vysis-Verfahren 92,7 \%, Zytologie 98,2 \%). Zytologie und FISH waren bei h{\"o}her-gradigen Karzinomen gleich sensitiv (je 100 \%). Die Sensitivit{\"a}t nahm mit dem Grad der Zellaberrationen ab. 91 \% betrug die Sensitivit{\"a}t der FISH bei G2-Karzinomen gegen{\"u}ber 72,7 \% der Zytologie. Daneben kann von einer prognostischen Aussagekraft aktuell falsch-positiver Vysis-Ergebnisse ausgegangen werden. Ungef{\"a}rbte Pr{\"a}parate und HE-gef{\"a}rbte Pr{\"a}parate zeigten sich unabh{\"a}ngig von der Gewinnungsmethode des Zellmaterials als uneingeschr{\"a}nkt zug{\"a}nglich f{\"u}r eine FISH-Auswertung. Papanicolaou-gef{\"a}rbte Routinepr{\"a}parate waren in der Auswertung unbefriedigend mit falsch-negativen Resultaten. Die Kl{\"a}rung zytologisch zweifelhafter Befunde gelang auch mit FISH nur unbefriedigend. Beide Verfahren hatten im schwierig diagnostizierbaren Bereich der niedriggradigen Karzinome Sensitivit{\"a}tseinbußen und kamen bei den G1-Karzinomen auf eine Sensitivit{\"a}t von je 60 \%. H{\"o}hergradige Karzinome (G3) wurden von beiden Verfahren sicher detektiert. Retrospektiv konnte festgestellt werden, dass FISH in vielen F{\"a}llen eine im Verlauf beobachtete Karzinomentwicklung (positives follow-up) zum Zeitpunkt der negativen zytologischen Beurteilung hat nachweisen k{\"o}nnen. Zusammenfassend erwies sich FISH als ein Untersuchungsverfahren mit guter diagnostischer und prognostischer Aussagekraft.},
  subject      = {FISH},
  language  = {de}
}
@phdthesis{Allmanritter2011,
  author    = {Allmanritter, Jan Martin},
  title     = {Fluoreszenz-in-situ-Hybridisierung zum Nachweis Sarkom-spezifischer genetischer Aberrationen in Formalin-fixiertem Paraffin-eingebetteten Gewebe},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-70227},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2011},
  abstract  = {Viele humane Sarkome sind durch spezifische chromosomale Translokationen oder typische genetische Amplifikationen definiert, welche in der Differentialdiagnostik insbesondere in F{\"a}llen, bei denen klinische Daten, Morphologie und Immunhistochemie alleine nicht ausreichend wegweisend sind. Die Formalin-fixiertem Paraffin-eingebetteten (FFPE-) Gewebe von 15 Ewing-Sarkomen, 4 Klarzellsarkomen, 9 Synovialsarkomen, 4 alveol{\"a}ren und 7 embryonalen Rhabdomyosarkomen und 25 Liposarkomen verschiedenen Subtyps wurden mittels Fluoreszenz-in-situ-Hybridisierung (FISH) untersucht um ein Sarkom-spezifisches FISH-Sondenset zur Detektion spezifischer chromosomaler Aberrationen in der Routinediagnostik zu etablieren. Es konnte gezeigt werden, dass die FISH in diesem Aufgabenfeld im Vergleich zur PCR ebenfalls eine hoch effiziente zytogenetische Methode mit hoher Spezifit{\"a}t und hohen positiven Vorhersagewerten mit dem Vorteil der unproblematischen Anwendung an FFPE-Geweben ist. Zur Detektion des Isochromosom 12p , i(12p), als Beispiel f{\"u}r komplexere chromosmale Aberrationen, wurden 7 FFPE-Gewebe aus Keimzelltumoren mit 12p- und 12q-detektierenden FISH-Sonden hybridisiert. Die Detektion des i(12p) konnte im Rahmen dieser Arbeit mittels FISH nicht erreicht werden. Zusammenfassend ist die FISH eine hoch effiziente zytogenetische Methode zur Detektion spezifischer chromosomaler Aberrationen in FFPE-Geweben aus humanen Sarkomen mit hoher Eignung zur Anwendung in der Routinediagnostik.},
  subject      = {Fluoreszenz-in-situ-Hybridisierung},
  language  = {de}
}
@phdthesis{Metzger2008,
  author    = {Metzger, Alexandra},
  title     = {Molekulargenetische Charakterisierung tumorigener Chromosomenaberrationen in extranodalen Marginalzonenlymphomen vom MALT-Typ der Lunge},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-28676},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2008},
  abstract  = {MALT-Lymphome der Lunge geh{\"o}ren als extranodale Marginalzonen-B-Zell-Lymphomen zu den malignen Non-Hodgkin-Lymphomen. Zahlreiche Untersuchungen haben gezeigt, dass rekurrenten genetischen Translokationen eine wichtige Rolle bei der Tumorgenese zukommt. Eine zentrale Rolle nimmt die Aktivierung des Transkriptionsfaktors NFkappaB ein, die Folge solcher rekurrenter Translokationen (z.B. t(11;18)(q21;q21), t(14;18)(q32;q21), t(1;14)(p22;q32)) und numerischer Chromosomenaberrationen (Trisomie 3, Trisomie 18) ist. In der vorliegenden Arbeit haben wir 60 F{\"a}lle extranodaler Marginalzonen-B-Zell-Lymphome der Lunge bez{\"u}glich der genannten genetischen Translokationen untersucht. Es ist dies die gr{\"o}ßte bisher in der Literatur beschriebene Serie von MALT-Lymphomen in dieser Lokalisation. Die Untersuchung der t(11;18) ergab in der vorliegenden Arbeit eine geringere H{\"a}ufigkeit als in der Literatur beschrieben, wobei zu ber{\"u}cksichtigen ist, dass die bisher vorgestellten Studien deutlich geringere Fallzahlen aufwiesen. Bez{\"u}glich der Translokationen t(14;18), t(1;14), t(3;14) und der Trisomie 3 waren in der vorliegenden Studie {\"a}hnliche H{\"a}ufigkeiten zu finden, wie sie in der Literatur beschrieben sind. Als m{\"o}glichen alternativen Aktivierungsweg des Zellzyklus zeigte sich in dieser Studie neben den genannten Translokationen sowohl eine Trisomie 3 als auch eine Amplifikation der Genkopienzahl von MALT1. Im Vergleich der genetischen und immunhistochemischen Ergebnisse bez{\"u}glich der FOXP1- und der BCL10-Expression zeigte sich f{\"u}r FOXP1 eine hohe Korrelation zwischen immunhistologischer Expression und genetischem Nachweis einer Genaktivierung, w{\"a}hrend f{\"u}r BCL10 eine starke Diskrepanz bez{\"u}glich Sensitivit{\"a}t und Spezifit{\"a}t gefunden wurde, so dass die immunhistologische Analyse nur einen Hinweis auf das Vorliegen einer genetischen Translokation zu geben vermag, aber nicht als Surrogatmarker zu verwenden ist.},
  subject      = {Chromosomenaberration},
  language  = {de}
}