@phdthesis{Beyerle2016, author = {Beyerle, Dhyana}, title = {Etablierung einer PCR-Methode zur Chim{\"a}rismusdiagnostik}, url = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-146759}, school = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg}, year = {2016}, abstract = {Neben Infektionen und Graft-versus-Host-Reaktionen nach allogener Stammzelltransplantation, stellen das Rezidiv der Grunderkrankungen und die Transplantatabstoßung die schwerwiegendsten Probleme bei diesem Patientenklientel dar. Um jene fr{\"u}hzeitig zu erkennen, werden Chim{\"a}rismusanalysen eingesetzt, mit deren Hilfe das Auftauchen kleinster Mengen an Empf{\"a}ngerknochenmarkszellen im peripheren Blut nachgewiesen werden k{\"o}nnen. Hierf{\"u}r stehen verschiedene M{\"o}glichkeiten mit unterschiedlichen Sensitivit{\"a}ten und Anwendungsbereichen zur Verf{\"u}gung, wie die Fluoreszenz-in-situ-Hybridisierung (FISH), die Amplifikation von short tandem repeats (STR) mittels Polymerasekettenreaktion (PCR) und die allelspezifische quantitative Real-time-PCR (qRT-PCR) mittels TaqMan, um die es in dieser Arbeit geht. Mit Hilfe von speziellen Zielsequenzen auf unterschiedlichen Allelen, die Alizadeh et al. 2002 ver{\"o}ffentlichten, kann in der qRT-PCR bereits eine von 1000 Zellen nachgewiesen werden und somit zu einem fr{\"u}hen Zeitpunkt ein m{\"o}gliches Rezidiv oder eine Abstoßung erkannt werden. In dieser Arbeit wurden f{\"u}r die beschriebenen Allele und das SRY-Gen Standardreihen mit unterschiedlichen Konzentrationsstufen erstellt, mit Hilfe derer man die Ergebnisse der PCR aus Patientenproben einordnen und den Chim{\"a}rismus berechnen konnte. Eine zus{\"a}tzliche Kalibrierung der Proben wurde mit Standardreihen vorbestimmter Konzentrationsstufen des Housekeeping-Gens HCK durchgef{\"u}hrt, das auch bei der Auswertung der Patientenproben zum Einsatz kam. Somit war es im Rahmen der Etablierung der PCR an der Uniklinik W{\"u}rzburg m{\"o}glich, in dieser Arbeit 395 Proben zu bestimmen, von denen 127 Proben von 26 Patienten ausgewertet und mit extern ermittelten STR-PCR-Ergebnissen verglichen werden konnten. Die hieraus gewonnenen Daten wurden mit den von Alizadehet al.[59] ver{\"o}ffentlichten Daten verglichen bez{\"u}glich der Anwendbarkeit der allelspezifischen PCR auf das Patientenkollektiv der Uniklinik W{\"u}rzburg und der Auswertung ihrer Sensitivit{\"a}t sowie klinischen Verwendbarkeit. 50 Um die ermittelten Chim{\"a}rismen in einen klinischen Zusammenhang zu stellen, erfolgte die Zuordnung zu vier Gruppen mit verschiedenen Prozentspannen, bei denen unterschiedliche Szenarien in der klinischen Bewertung durchgespielt wurden. Die Schw{\"a}chen der etablierten PCR bestanden vor allem darin, dass 12,5\% der Proben dieser Methode nicht zug{\"a}nglich waren und angenommen werden muss, dass der Assay z.T. zu sensitiv war. Gerade in einem Bereich von > 5\%igen Chim{\"a}rismen stimmten die erhobenen Daten nicht mehr mit den Kontrollen {\"u}berein, sondern gaben m{\"o}glicherweise falsch hohe Chim{\"a}rismen an. Fehlende prospektive Daten machten es nicht m{\"o}glich, in der Arbeit unstimmige Werte durch Beobachtung des weiteren klinischen Verlaufs auf ihre Richtigkeit zu pr{\"u}fen. F{\"u}r die weitere Bewertung des Assays w{\"a}re es wichtig, dies in zuk{\"u}nftige Untersuchungen mit einzubeziehen.}, subject = {Polymerase-Kettenreaktion}, language = {de} } @phdthesis{Butters2007, author = {Butters, Marlene}, title = {Etablierung und Evaluierung von quantitativen RT-PCR- und ELISA-Verfahren zur Bestimmung muriner Zytokinspiegel bei der Immunantwort gegen{\"u}ber Aspergillus fumigatus}, url = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-38890}, school = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg}, year = {2007}, abstract = {In unserer Studie sollte die Genauigkeit der PCR zur Bestimmung von Zytokinspiegeln ermittelt werden. Mittels Blutproben von mit A. Fumigatus infizierten M{\"a}usen, sollte eine Aussage bez{\"u}glich der Immunantwort getroffen werden. Wir griffen TNF\&\#945;, IL-12p40 und IL-10 heraus, um einsch{\"a}tzen zu k{\"o}nnen, ob die Immunantwort eher humoral oder zellvermittelt abl{\"a}uft. Zur m{\"o}glichen Bestimmung der Sensitivit{\"a}t und Genauigkeit, wurden die crossing points der Standardverd{\"u}nnungsreihen jeweils einmal in einem Lauf dreifach, ausserdem jeweils in drei unabh{\"a}ngigen L{\"a}ufen von einander einfach eingesetzt, und miteinander verglichen. Unsere Ergebnisse decken sich mit den Ergebnissen aktueller Literatur und Etablierungen anderer Zytokine. Die Etablierung des ELISAs sollte dem Vergleich zwischen mRNA-Ebene und Proteinebene dienen. Zur richtigen Einordnung unserer Arbeiten mit dem Immunoassay m{\"u}ssen die Limitierungen der Ergebnisse beachtet werden. Die Versuche zur Quantifizierung der mRNA murinen TNF\&\#945;s aus den Versuchsserien misslang. Auch die erzielten Ergebnisse mit Protein-basierten Nachweisverfahren konnten letztendlich nicht suffizient beurteilt werden. Die großen Schwankungen in der Konzentration und die Widerspr{\"u}chlichkeit im Vergleich der Ergebnisse aktueller Literatur, machen eine Verf{\"a}lschung durch Kontamination mit Proteinen aus lysierten Zellen sehr wahrscheinlich. Die erzielten Ergebnisse der RT-PCR anhand der Inter- und Intra-Assay- Vergleiche jedoch k{\"o}nnen nachfolgenden Projekten dazu dienen, haupts{\"a}chlich das Instrument LightCycler in seiner Sensitivit{\"a}t und Genauigkeit einsch{\"a}tzen zu k{\"o}nnen, und so die ermittelten Daten besser verarbeiten zu k{\"o}nnen.}, subject = {Aspergillus fumigatus}, language = {de} } @phdthesis{Hokema2011, author = {Hokema, Anna}, title = {Beeinflussung der Genexpression verschiedener Gene durch Xmrk in Pigmentzelltumoren bei Oryzias latipes}, url = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-75616}, school = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg}, year = {2011}, abstract = {Ziel dieser Arbeit ist es ein besseres Verst{\"a}ndinis der molekularen Prozesse der Melanomentstehung und Tumorprogression zu gewinnen. Hierf{\"u}r wurde ein Tiermodell transgener Medakas (Oryzias latipes) verwendet, welche als stabiles Transgen das Konstrukt mitf::xmrk besitzen. Diese Fische entwickelten Pigmentzelltumore, welche f{\"u}r eine Microarrayanalyse herangezogen wurden. Aus diesem Microarraydatensatz wurden 11 Gene ausgew{\"a}hlt, welche in dieser Arbeit n{\"a}her untersucht wurden. Beobachtungen haben ergeben, dass sich bei transgenen Medakas, welche Xmrk exprimieren, verschiedene pigmentierte Hauttumore entwickeln. Diese Tumore wurden je nach ihrem verschiedenen Histiotyp klassifiziert und untersucht. Um einen Eindruck zu gewinnen, wie Xmrk die Transkription verschiedener Gene, welche in der Krebsentstehung und -progression eine wichtige Rolle spielen, beeinflusst, wurden pigmentierte Hauttumore transgener Medakas, so wie zu Vergleichszwecken hyperpigmentierte Haut transgener Medakas und Lymphome und gesunde Organe von Wildtyp-Medakas, untersucht. Mit Hilfe von Real-time-PCR's wurden die folgenden Gene untersucht: G6PC, GAMT, GM2A, MAPK3, NID1, SLC24A5, SPP1, PDIA4, RASL11B, TACC2 und ZFAND5. Dabei konnte festgestellt werden, dass die Expression der Gene GM2A, MAPK3, NID1, PDIA4, RASL11B, SLC24A5 und ZFAND5 von Xmrk beeinflusst wird, w{\"a}hrend dies f{\"u}r die Gene G6PC, GAMT, SPP1 und TACC2 nicht zutrifft. Im Vergleich zu gesunder Haut werden GM2A, MAPK3, PDIA4, RASL11B, SLC24A5 und ZFAND5 in Tumoren h{\"o}her exprimiert. Die Gene G6PC, GAMT, NID1, SPP1 und TACC2 werden dagegen verglichen mit gesunder Haut unver{\"a}ndert oder niedriger exprimiert. Die Bedeutung der erh{\"o}hten Genexpression l{\"a}sst sich in vielen F{\"a}llen zurzeit nur theoretisch erfassen. Eine h{\"o}here Expression von SLC24A5 beispielsweise l{\"a}sst vermuten, dass ein Zusammenhang zwischen der Melaninproduktion und der Zellproliferation besteht. Die {\"U}berexpression von GM2A weist dagegen auf eine Rolle von GM2A als Tumormarker hin. Dahingegen scheint die erniedrigte Expression von GAMT und G6PC Auskunft {\"u}ber den ver{\"a}nderten Stoffwechsel in Tumoren zu geben. Um diese Ergebnisse zu best{\"a}tigen und zu entschl{\"u}sseln wie genau Xmrk die Expression der getesteten Gene beeinflusst, sind allerdings noch weitere funktionelle Studien n{\"o}tig. Generell kommt man zu dem Schluss, dass die Genexpression sich in jedem Tumor unterscheidet. Daher scheint jeder Tumor seinen eigenen Evolutionsweg zu beschreiten.}, subject = {Japank{\"a}rpfling}, language = {de} } @phdthesis{Kind2020, author = {Kind, Sebastian}, title = {Etablierung und Evaluierung eines molekularen Nachweises zur Quantifizierung des Chim{\"a}rismus nach allogener Stammzelltransplantation}, doi = {10.25972/OPUS-20863}, url = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-208632}, school = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg}, year = {2020}, abstract = {Jedes Jahr werden am Universit{\"a}tsklinikum W{\"u}rzburg etwa 100 PatientInnen allogen stammzelltransplantiert. F{\"u}r den Erfolg einer allogenen Stammzelltransplantation ist neben einer passenden Spenderauswahl und einer optimalen Vorbereitung auch die regelm{\"a}ßige Nachkontrolle wichtig. Im Rahmen dieser Nachkontrollen werden unter anderem Chim{\"a}rismusuntersuchungen durchgef{\"u}hrt. Als Chim{\"a}re wird in der Wissenschaft ein Lebewesen bezeichnet, das Zellen in sich tr{\"a}gt, die aus zwei oder mehr Zygoten entstanden ist. Der Begriff kommt aus der griechischen Mythologie, in der die Chim{\"a}re als Mischwesen aus L{\"o}we, Ziege und Schlange (oder manchmal Drache) beschrieben wurde. Lange Zeit galt die STR/VNTR Methode als Goldstandard f{\"u}r die Nachkontrolle der Chim{\"a}rismusuntersuchung. Durch Alizadeh et al. wurde bereits im Jahr 2002 eine neuartige Methode beschrieben, die mittels RT-PCR den genauen Chim{\"a}rismusgrad messen kann. Diese Arbeit besch{\"a}ftigte sich mit der Etablierung und Evaluierung dieser Methode der Chim{\"a}rismusuntersuchung am Universit{\"a}tsklinikum W{\"u}rzburg. Es konnte gezeigt werden, dass sie f{\"u}r den klinischen Alltag geeignet ist und wurde auch im Hinblick auf {\"a}ußere St{\"o}rfaktoren untersucht. Dar{\"u}ber hinaus wurde eine Methode zur Bestimmung des CD3+ Chim{\"a}rismus etabliert. Diese Untersuchung ist wichtig f{\"u}r die Absch{\"a}tzung eines m{\"o}glichen Abstoßungs- und GvHD Risikos. Seit 2013 finden auf Basis dieser Arbeit regelm{\"a}ßige Chim{\"a}rismusuntersuchungen am Universit{\"a}tsklinikum W{\"u}rzburg statt.}, subject = {Knochenmarktransplantation}, language = {de} } @phdthesis{Mildenberger2017, author = {Mildenberger, Michael}, title = {Untersuchung von im Tissue-Engineering-Verfahren hergestellten Oral-Mukosa-{\"A}quivalenten mittels RT-qPCR (reverse transcription quantitative real-time polymerase chain reaction)}, url = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-155286}, school = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg}, year = {2017}, abstract = {Im Rahmen dieser Arbeit wurden Fibroblasten und Keratinozyten, welche in vitro auf unterschiedlichen Scaffolds sowohl gemeinsam als auch in Monokulturen gez{\"u}chtet wurden, mittels Real-time PCR auf ihre Genaussch{\"u}ttung untersucht, um festzustellen wie sich die Unterlage auf die Genaussch{\"u}ttung auswirkt. Hierzu wurden die Proben sowohl auf die Genexpressionsmarker f{\"u}r die Basallamina Kollagen IV, Laminin 1 und 5 als auch auf die Genexpressionsmarker f{\"u}r die fr{\"u}he Differenzierung Keratin K13 und K14 untersucht. Als Referenzgen wurde β-Actin ausgew{\"a}hlt, da dieses Gen in den Vorversuchen mit zwei weiteren Referenzgenen die stabilste Expression gezeigt hatte. Die Genexpressionsanalyse zeigte, dass nur in den Kokulturen von Keratinozyten und Fibroblasten eine ausgewogene Genexpression stattfindet, da sich die Zellen darin beeinflussen und regulieren.}, subject = {Real time quantitative PCR}, language = {de} } @phdthesis{Muhr2023, author = {Muhr, Christiane}, title = {Optimierung eines molekularen Verfahrens zur Quantifizierung des Chim{\"a}rismus nach allogener Stammzelltransplantation}, doi = {10.25972/OPUS-32127}, url = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-321277}, school = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg}, year = {2023}, abstract = {Die molekulare Chim{\"a}rismusdiagnostik stellt einen essenziellen Teil der Therapie{\"u}berwachung nach allogener HSZT dar. In der Uniklinik W{\"u}rzburg wird hierbei mittels qPCR eines Panels von 21 Allelen eine Informativit{\"a}t von 95 \% und eine Sensitivit{\"a}t von 0,1-0,01 \% erreicht. Ziel der Arbeit war eine Optimierung dieser in unserem Labor angewandten Methode zur Chim{\"a}rismusanalyse in puncto Sensitivit{\"a}t und Informativit{\"a}t. Es wurde untersucht, ob durch Steigerung des DNA-Inputs in die qPCR eine Sensitivit{\"a}tserh{\"o}hung erzielt werden kann, ohne dass PCR-Inhibition auftritt. Dabei erwies sich ein DNA-Input von 250 ng als ideal f{\"u}r eine verl{\"a}sslichere Detektion von 0,01 \% Empf{\"a}ngerzellen. PCR-Inhibition trat nicht auf. Zur Deckung des damit einhergehendem erh{\"o}hten DNA-Bedarf wurden verschiedene Elutionsmethoden der DNA-Extraktion verglichen, wobei durch Extraktion mit dem QIAamp DNA Blood Midi-Kit und Elution mit 2 x 200 μl AE-Puffer der h{\"o}chste DNA-Ertrag gewonnen wurde. Zur Erh{\"o}hung der Informativit{\"a}t wurde die Anwendbarkeit eines Primersets f{\"u}r qPCR des SNP rs713753 evaluiert. Hierbei zeigte sich eine m{\"a}ßige Eignung: Beide Allele des SNP gemeinsam ergaben eine gute Informativit{\"a}t f{\"u}r Empf{\"a}ngerdiskriminierung von 37,5 \%. Die qPCR-Effizienzen der lokusspezifischen Referenz und des Allels C waren nahezu optimal, die des Allels T lag lediglich bei 0,87. Die Sensitivit{\"a}t der spezifischen Allele lag bei max. 0,1 \%. Sofern auch hier eine Sensitivit{\"a}tssteigerung durch Erh{\"o}hung des DNA-Inputs in die qPCR ohne Auftreten unspezifischer Amplifikation m{\"o}glich ist, w{\"a}re eine Integration der qPCR des SNP rs713753 in die Routinediagnostik denkbar. Zusammenfassend ist eine Optimierung der in unserem Labor angewandten Methode zur Chim{\"a}rismusdiagnostik hinsichtlich Sensitivit{\"a}t und Informativit{\"a}t durchaus m{\"o}glich. Eine Erh{\"o}hung des DNA-Inputs ist dabei am simpelsten umsetzbar; zur Etablierung weiterer Allele bedarf es zus{\"a}tzlicher Experimente.}, subject = {Real time quantitative PCR}, language = {de} } @phdthesis{Proettel2011, author = {Pr{\"o}ttel, Anika}, title = {Nachweis humaner WU-Polyomavirus-DNA mittels real-time Polymerase Kettenreaktion in Nasenrachensekreten, Serum- und Stuhlproben von Kindern mit akuten respiratorischen Erkrankungen}, url = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-71187}, school = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg}, year = {2011}, abstract = {Das humanes WU Polyomavirus wurde im Jahr 2007 als ein neues Virus in Proben des Respirationstraktes beschrieben und geh{\"o}rt zur Familie der Polpymaviridae. Das Ziel der Arbeit war es, eine WUPyV-rea-time-PCR zu etablieren und zu evaluieren und mit dieser neuen Methode WUPyV-DNA in Nasenrachenskreten (NRS) zu detektieren und zu quantifizieren. Insgesamt wurden 1232 NRS von Patientin mit akuten respiratoischen Erkrankungen, die an der Universit{\"a}tskinderklinik W{\"u}rzburg im Zeitraum von Januar 2002 bis September 2005 und Januar 2007 bis July 2007 station{\"a}r behandelt worden waren, auf WUPyV-DNA getestet. Zus{\"a}tzlich wurden 14 Serum- und 14 Stuhlproben von Kindern mit WUPyV-DNA-pos. NRS getestet. Mit der real-time PCR wurde WUPyV-DNA in 5,2 \% der 1232 NRS detektiert. Der Viruslastmedian aller WUPyV-positiven NRS betrug 950 Kopien/m. Neben einigen sehr hohen Viruslasten (4,7 \% > E9 Kopien/ml) wurden vor allem niedirge Viruslaten (51,6 \% < 1000 Kopien/ml) mit der WUPyV-real-time PCR nachgewiesen. Es ergaben sich keine statistisch signifikanten Zusammenh{\"a}nge zwischen der Viruslast und der Koinfektionen mit anderen respiratorischen Viren, mit klinischer Diagnose, mit dem Alter der infizierten Kinder und mit dem jahreszeitlichen Auftreten. In 3 der 14 Serum und 2 der 14 Stuhlproben konnte WUPyV-DNA detektiert werden. Vir{\"a}mische Kinder hatten tendenzen zu h{\"o}hrer Viruslast im NRS.Weitere Studien sind notwendig um die pathogenetische Relevanz des WUPyV f{\"u}r den Menschen zu untersuchen. Die in dieser Arbeit etablierte real-time PCR zur WUPyV-Quantifizierung kann dabei zur Anwendung kommen.}, subject = {JC-Virus}, language = {de} } @phdthesis{Rogausch2009, author = {Rogausch, Jan Philipp}, title = {Systemische Zytokinexpression bei schmerzhaften und schmerzlosen Polyneuropathien}, url = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-37522}, school = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg}, year = {2009}, abstract = {Bislang ist ungekl{\"a}rt, warum PNPs teils schmerzhaft und teils schmerzlos verlaufen. Die in der vorliegenden Arbeit untersuchte Hypothese lautete, dass ein Ungleichgewicht zwischen pro- und anti-inflammatorischen Zytokinen der unterschiedlichen Schmerzauspr{\"a}gung zugrunde liegt.Es wurden 32 Patienten mit schmerzhafter PNP, 20 Patienten mit schmerzloser PNP und 44 Kontrollpersonen auf die Expression und Produktion ausgew{\"a}hlter pro- und anti-inflammatorischer Zytokine untersucht. Zur Messung der Schmerzhaftigkeit wurden etablierte Schmerzfrageb{\"o}gen verwendet. Zus{\"a}tzlich wurden nahezu alle Patienten mit der Allgemeinen Depressionsskala befragt. Die Diagnose, {\"A}tiologie, Dauer, klinische Manifestation der PNP sowie die Medikation der Patienten wurde auf standardisierten Erhebungsb{\"o}gen dokumentiert. Zur Messung der Zytokine wurde morgens Blut in EDTA- und Serummonovetten asserviert und entsprechend der Messmethodik weiterverarbeitet. Die relative Genexpression wurde aus Gesamt-RNA mittels reverser Transkription und quantitativer real-time PCR, die Serumproteine mittels enzyme-linked immunosorbant assay gemessen. Die Patienten mit schmerzhafter PNP hatten in der Mehrzahl Neuropathie-typische Plussymptome und mittelstarke Schmerzen, die eine starke bis sehr starke Behinderung darstellten. Die hier untersuchten Zytokinmuster bei Patienten mit schmerzhafter und schmerzloser PNP zeigten eine Verschiebung zu pro-inflammatorischen Zytokinen bei Patienten mit schmerzhafter PNP. Die Zytokinexpression der Patienten mit schmerzhafter PNP war im Vergleich zu Patienten mit schmerzloser PNP und Kontrollen bez{\"u}glich der IL-2 und TNF Expression und Produktion signifikant erh{\"o}ht. Umgekehrt lagen bei Patienten mit schmerzloser PNP die Produktion und die Expression des IL-4 im Vergleich zu Patienten mit schmerzhafter PNP und Kontrollen h{\"o}her. Die Expression des IL-10 lag bei Patienten mit schmerzloser PNP ebenfalls h{\"o}her als bei Patienten mit schmerzloser PNP und Kontrollen, unterschied sich aber auf Proteinebene nicht in den drei Gruppen. Die einleitend gestellte Hypothese, dass der schmerzhafte oder schmerzlose Verlauf einer PNP durch unterschiedliche Zytokinprofile bedingt ist, kann durch die vorliegenden Ergebnisse gest{\"u}tzt werden. In Zusammenschau mit den Daten aus der Grundlagenforschung scheint einem pro-inflammatorischen Zytokinmuster eine entscheidende Rolle an der Entstehung und Aufrechterhaltung neuropathischer Schmerzen zuzukommen. F{\"u}r TNF sind entsprechende pathophysiologische Wirkungen bekannt. Anti-inflammatorische Zytokine, wie IL-4 und IL-10 zeigten analgetische Wirkungen im Tierversuch. Die Mitwirkung des IL-2 an peripheren Opioid-Rezeptoren l{\"a}sst eine endogene periphere Analgesie vermuten. Hieraus lassen sich Folgerungen f{\"u}r zuk{\"u}nftige Diagnostik und Therapie neuropathischer Schmerzen ziehen. Durch Erkennung von Zytokin-Imbalancen w{\"a}ren schmerzhafte PNPs fr{\"u}her einer ad{\"a}quaten Therapie zuzuf{\"u}hren. Durch die Modulation von Zytokinprofilen im Rahmen schmerzhafter PNPs k{\"o}nnten sich zus{\"a}tzlich therapeutische M{\"o}glichkeiten er{\"o}ffnen.}, subject = {Cytokine}, language = {de} } @phdthesis{Scheuermann2009, author = {Scheuermann, Sabine Verena}, title = {Prospektive Untersuchung zur Evaluation von Risikofaktoren und Inzidenzen invasiver Pilzinfektionen, sowie der konsekutiven antimykotischen Therapie bei Hochrisikopatienten mit akuter Leuk{\"a}mie und Langzeitaplasie nach Chemotherapie unter besonderer Ber{\"u}cksichtigung der Polymerasekettenreaktion zur Verbesserung der diagnostischen Optionen}, url = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-36601}, school = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg}, year = {2009}, abstract = {In der H{\"a}matoonkologie nimmt die Inzidenz von Pilzinfektionen in den letzten 2 Jahrzehnten deutlich zu, wobei eine fr{\"u}hzeitige Diagnostik und ad{\"a}quate Therapie hinsichtlich einer hohen Komplikationsrate wichtig ist. Umso deutlicher wird die Notwendigkeit einer Intensivierung und Verbesserung der Diagnostik, beispielsweise durch PCR. Es soll die Wertigkeit der routinem{\"a}ssigen PCR-Untersuchung als fr{\"u}hen Indikator einer Erkrankung in einer nicht durch Studiendiagnostik verf{\"a}lschten klinischen Routine untersucht werden. Ein weiterer zentraler Punkt dieser Studie ist, ein Risikoprofil f{\"u}r neutropenische Patienten mit Chemotherapie bei Akuter Leuk{\"a}mie zu erstellen. Grundlegende Zusammenh{\"a}nge zwischen individuellen wie auch generellen Risikofaktoren und Diagnosestellung einer IPI sollen durch die Untersuchung von 62 Patienten gekl{\"a}rt werden. Die PCR-Untersuchung ist ein schnelles und sensitives Verfahren zum Nachweis von Pilz-DNS. Es werden f{\"u}r die Sensitivit{\"a}t einer PCR, hinsichtlich der Diagnosestellung einer IPI im Zeitraum der Datenerhebung, ein Wert von 59,3 \% und eine Spezifit{\"a}t von 71,4 \% ermittelt. Betrachtet man den Zeitrahmen von 14 Tagen nach Beginn der Aplasie, so kann eine h{\"o}here Sensitivit{\"a}t von 72,7 \% eruiert werden, wie auch ein hoher negativ pr{\"a}diktiver Wert von 91,7. Eine invasive Mykose bei Patienten mit mehrfach negativem PCR-Nachweis kann somit als unwahrscheinlich angesehen werden. Besonderes Augenmerk wird in der Studie auch auf das Erstellen eines Risikoprofils f{\"u}r die Patienten hinsichtlich einer invasiven Mykose gelegt. In Hinblick auf die Chemotherapie-Protokolle und -Zyklen wird ein Trend zur fr{\"u}hen Chemotherapie deutlich. Bei der {\"U}berpr{\"u}fung der epidemiologischen Verteilung f{\"u}r Deutschland kann erstmals eine signifikant unterschiedliche jahreszeitliche Verteilung an IPI nachgewiesen werden. So kommt es im Sommer signifikant seltener zu einer invasiven Mykose. Hingegen ist das Risiko der Krankheitsentstehung in den Monaten September, Oktober und November hochsignifikant gesteigert. Dieses sollte bei zuk{\"u}nftigen epidemiologischen Untersuchungen aber eventuell auch zur engmaschigen Diagnostik und Indikation prophylaktischer und empirischer Therapien ber{\"u}cksichtigt werden.}, subject = {Polymerase-Kettenreaktion}, language = {de} } @phdthesis{Strehl2008, author = {Strehl, Johanna Dorothea}, title = {Untersuchungen zur gegen den Tumor gerichteten Immunantwort und zur Tumorneoangiogenese bei kolorektalen Lebermetastasen anhand eines Mausmodells}, url = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-36112}, school = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg}, year = {2008}, abstract = {Das Kolonkarzinom besitzt aufgrund seiner hohen Inzidenz und der zahlreichen M{\"o}glichkeiten, mittels moderner Therapiestrategien auf den Krankheitsverlauf Einfluss zu nehmen, eine hohe Relevanz f{\"u}r den klinischen Alltag. Etwa die H{\"a}lfte der an einem kolorektalen Karzinom erkrankten Patienten weisen Lebermetastasen auf, welche entweder bereits bei der prim{\"a}ren Diagnosestellung vorliegen oder sich im weiteren Krankheitsverlauf ausbilden. Bei der Mehrzahl der Patienten mit Lebermetastasen ist derzeit nur eine palliative Therapie m{\"o}glich. Die genaue Analyse kolorektaler Lebermetastasen ist somit unerl{\"a}sslich, um eine gezielte Entwicklung neuer, effizienter Therapiestrategien f{\"u}r dieses große Patientenkollektiv zu erm{\"o}glichen. Ziel dieser Arbeit war es, m{\"o}glichst genau Zytokinprofil, lymphozyt{\"a}res Infiltrationsmuster und Verh{\"a}ltnis von pro- zu antiangiogenetischen Faktoren im Lebermetastasengewebe {\"u}ber einen biologisch maßgeblichen Wachstumszeitraum zu charakterisieren, um zu einem besseren Verst{\"a}ndnis von Tumorimmunologie und Wachstumsverhalten kolorektaler Lebermetastasen beizutragen. Zu diesem Zweck wurde in einem Mausmodell die Ausbildung kolorektaler Lebermetastasen nach intraportaler Injektion von Tumorzellen (CT26.WT) untersucht.}, subject = {Real time quantitative PCR}, language = {de} } @phdthesis{Stroehle2020, author = {Str{\"o}hle, Serge - Peer}, title = {Kultivierung von humanem Speicheldr{\"u}sengewebe in einer dreidimensionalen Polyurethanmatrix}, doi = {10.25972/OPUS-21688}, url = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-216887}, school = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg}, year = {2020}, abstract = {Bei Tumoren von Kopf und Hals kann prim{\"a}r oder adjuvant durch Bestrahlung therapiert werden. Die Folgen dieser Behandlung k{\"o}nnen Xerostomie, Karies, Infektionen, Dysphagie oder Mundgeruch sein. Diese Nebenwirkungen vermindern die Lebensqualit{\"a}t des Patienten. Unterschiedliche Behandlungsans{\"a}tze haben aufgrund von therapiebedingten Einschr{\"a}nkungen nicht den Weg in den klinischen Alltag gefunden. Eine Alternative zu den vorhandenen Behandlungsans{\"a}tzen kann das Tissue Engineering sein. Das Ziel einer Normalisierung der Speichelproduktion nach Behandlung soll durch eine implantierbare, k{\"u}nstliche Speicheldr{\"u}se erreicht werden. Kann humanes natives Speicheldr{\"u}sengewebe der Parotis auf gradientenfreiem dreidimensional aufgebauten Polyurethan wachsen und seine Funktionalit{\"a}t beibehalten? Humane Parotiszellen wurden von 20 Patienten im Alter von 42 - 90 Jahren durch Operation entnommenen und in Polystyrol-Zellkulturflaschen mit dem N{\"a}hrmedium BEGM herangez{\"u}chtet. Es erfolgte eine 2D-Zellverteilung der reinen Parotiskultur. Zur Kontrolle der Vitalit{\"a}t zwischen den Passagen wurde eine Trypan-Blau F{\"a}rbung verwendet. Als Tr{\"a}germaterial der Zellen wurde eine biokompatible, abbaubare Matrix aus ε-Polycaprolacton verarbeitet. Die {\"U}bertragung der humanen Parotiszellen wurde mit einer Kleberproteinl{\"o}sung, bestehend aus den Hauptbestandteilen Aprotinin, Fibrinogen und der Thrombinl{\"o}sung durchgef{\"u}hrt. 7,14 und 21 Tage nach Aufbringung wurde der {\"U}berstand der zeitgleich entnommenen Konstrukte zur {\"U}berpr{\"u}fung des α-Amylase konserviert. Zus{\"a}tzlich wurden an den 3 Untersuchungstagen Konstrukte f{\"u}r die Anfertigung von histologischen Schnitten, quantitativer PCR, indirekter Immunfluoreszenz und zur Elektronenmikroskopie entnommen. Zur {\"U}berpr{\"u}fung der Funktionalit{\"a}t der angez{\"u}chteten Speicheldr{\"u}senzellen wurde das Enzym α-Amylase und das Wasserkanalprotein Aquaporin 5 herangezogen. Bei der Kultivierung der humanen Speicheldr{\"u}senzellen konnte durch den Vitalit{\"a}tstest Trypan-Blau F{\"a}rbung in Kombination mit einer Neubauerz{\"a}hlkammer eine konstant hohe Anzahl an vitalen Zellen bis zur 4. Passage nachgewiesen werden. Durch die Lebend/Tot F{\"a}rbung auf FDA/EB Basis der Konstrukte {\"u}ber die Untersuchungszeit von 14 Tagen konnte keine Vermehrung von avitalen Zellen mikroskopisch festgestellt werden. Die statistische Auswertung mittels Boxplots des ELISA berechnete f{\"u}r den ersten Untersuchungstag einen Median auf niedrigem Niveau von 4,4 U/l und sank im weiteren Zeitverlauf am Untersuchungstag 21 auf die niedrigsten Median von 2,2 U/l ab. α-Amylase konnte an allen 3 Tagen mittels quantitativer PCR und indirekter Immunfluoreszenz belegt werden. Aquaporin 5 als Funktionsnachweis war in der vorliegenden Studie nicht signifikant durch quantitative PCR beweisbar. Die Rasterelektronenmikroskopie bildete adh{\"a}rente Zellen in kugeliger Form aus den besiedelten Matrices nach 7 Tagen Kultivierung ab. Durch die Transmissionselektronenmikroskopie konnten Zellen, die Zellforts{\"a}tze ausgebildet hatten nach 14 Tagen beobachtet werden. Der Versuch, histologische Schnitte auf Grundlage der Paraffineinbettung oder Kryo-Konservierung zu erzeugen, musste frustran abgeschlossen werden. Eine Kultivierung von Speicheldr{\"u}senzellen auf einer Matrix aus ε-Polycaprolacton ohne Gradienten ist eingeschr{\"a}nkt umsetzbar. Die Studie konnte zeigen, dass das Wachstum der Zellen auf konstant niedrigem Niveau {\"u}ber den Untersuchungszeitraum von 21 Tagen lag. Der Funktionsnachweis von α-Amylase auf absinkendem niedrigem Niveau sowie fehlender Best{\"a}tigung von Aquaporin 5 kann als station{\"a}re Phase des Wachstums interpretiert werden. Zur Verbesserung der Zellentwicklung sollte die besiedelte Matrix zu einem 3D-Zellwachstum anregen. Bei sequenziell entstehender Polarit{\"a}t der Zellen k{\"a}me es zu einer Verbesserung der Vitalit{\"a}t sowie der vermehrten Ausbildung von α-Amylase und Aquaporin 5. Dies k{\"o}nnte in einer Kombination der Zellkultur aus Parotiszellen mit Kokulturen aus humanen Myoepithelzellen und Parenchymzellen erreicht werden. Sehr gute Ergebnisse des Zellwachstums und der Zellfunktion konnten aktuell in anderen Studien auf der Tr{\"a}gersubstanz Matrigel oder durch Rebesiedelung von dezellularisierten Organen beobachtet werden.}, subject = {Ohrspeicheldr{\"u}se}, language = {de} } @phdthesis{Walter2008, author = {Walter, Christina}, title = {Quantifizierung des postmortalen RNA-Status im Gehirn mittels Real-time-PCR: Ein Beitrag zur Bestimmung der Leichenliegezeit}, url = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-28570}, school = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg}, year = {2008}, abstract = {Quantifizierung des postmortalen RNA-Status im Gehirn mittels Real-time-PCR: Ein Beitrag zur Bestimmung der Leichenliegezeit Der postmortale Nukleins{\"a}ureabbau verl{\"a}uft unterschiedlich: w{\"a}hrend DNA im Allgemeinen als stabil angesehen wird und erst mit Einsetzen von F{\"a}ulniserscheinungen st{\"a}rkerer Degradation unterliegt, wird RNA mit dem Sistieren der Kreislauft{\"a}tigkeit relativ rasch abgebaut. Eine Reihe von Studien hat aber gezeigt, dass RNA in bestimmten Geweben eine h{\"o}here Stabilit{\"a}t besitzt als urspr{\"u}nglich angenommen. Dies k{\"o}nnte Bedeutung f{\"u}r die molekulare Medizinforschung besitzen, die auf Genexpressionsstudien in postmortalem Gewebe angewiesen ist. Außerdem k{\"o}nnte eine Quantifizierung der RNA-Degradation z.B. durch Real-time-PCR zur Eingrenzung der Leichenliegezeit genutzt werden. In dieser Studie wurde ein quantitativer Vergleich verschiedener sog. Haushaltsgene (u.a. GAPDH, ß-Actin, FASN) in Gehirngewebe mit einer Leichenliegezeit zwischen 0 und 96 Stunden und unter alternativen Ans{\"a}tzen zur reversen Transkription (oligo-(dT)-Primer mit und ohne sog. Anker, Random Hexamer Primer) durchgef{\"u}hrt. Zun{\"a}chst erfolgten systematische Untersuchungen zur Effektivit{\"a}t der RNA-Isolierung, reversen Transkription und der PCR im Hinblick auf eine m{\"o}glichst pr{\"a}zise Quantifizierung. Es zeigte sich, dass die Resultate der Real-time-PCR ein Maß f{\"u}r die urspr{\"u}nglich in der Probe vorhandene mRNA-Menge darstellen. Weiterhin stellte sich heraus, dass eine deutliche und evtl. auch zur Liegezeitbestimmung nutzbare RNA-Degradation erst nach 24h einsetzt. Ein wesentlicher Unterschied zwischen Random- und oligo-(dT)-priming der reversen Transkription war dabei nicht festzustellen. Diese Ergebnisse belegen zum einen, dass RNA im fr{\"u}hen postmortalen Intervall relativ stabil ist und als Substrat f{\"u}r quantitative Untersuchungen dienen kann, zum anderen, dass ein zeitabh{\"a}ngiger Abbau besteht, der eine Eingrenzung der Leichenliegezeit z.B. mittels Grenzwerten in ein fr{\"u}hes und mittleres Postmortalintervall zul{\"a}sst.}, subject = {Quantifizierung}, language = {de} } @phdthesis{Waltermann2021, author = {Waltermann, Leopold-Maximilian Johannes}, title = {Charakterisierung und Standardisierung eines in-vitro Modells der oralen Mukosa f{\"u}r die pr{\"a}klinische Forschung}, doi = {10.25972/OPUS-22203}, url = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-222032}, school = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg}, year = {2021}, abstract = {Bisherige per Tissue Engineering hergestellte Testsysteme der Mundschleimhaut basieren in der Regel auf allogenen und teils dysplastischen Keratinozyten. Dies schm{\"a}lert die Aussagekraft der gewonnenen Ergebnisse hinsichtlich des Anspruchs, Nativgewebe bestm{\"o}glich nachzubilden. In der vorliegenden Arbeit sollte daher ein am Lehrstuhl f{\"u}r Tissue Engineering und Regenerative Medizin entwickeltes Protokoll zur Herstellung dreidimensionaler epidermaler Oralmukosa{\"a}quivalente auf Basis autologer Keratinozyten auf seine Eigenschaften und Einsatzm{\"o}glichkeit als in-vitro Testsystem untersucht werden. Nach erfolgreicher Isolierung und Kultivierung im Monolayer konnten insgesamt 420 Modelle zu drei verschiedenen Zeitpunkten (Passagen) aufgebaut werden. Die Untersuchung von Histologie, Viabilit{\"a}t und Barrierefunktion mittels MTT, TEER und Natriumfluoresceinpermeabilit{\"a}t konnte einen suffizienten Aufbau von verhorntem, mehrschichtigen oralen Plattenepithel nachweisen. Gleichzeitig konnte eine Abnahme der Epithelqualit{\"a}t mit steigendem Keratinozytenalter festgestellt werden. Eine sich anschließende Untersuchung von 14 Cytokeratinen sowie Apoptosemarkern per effizienzkorrigierter und normalisierter RT-qPCR konnte die {\"U}berlegenheit der dreidimensionalen autologen Oralmukosa{\"a}quivalente gegen{\"u}ber der zweidimensionalen Monolayerkultur auf Genebene zeigen.}, subject = {Tissue Engineering}, language = {de} } @phdthesis{Wittmann2007, author = {Wittmann, Stefanie}, title = {LOH- und Expressionsanalysen zur Identifikation neuer prognostischer Marker in Wilms Tumoren}, url = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-24891}, school = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg}, year = {2007}, abstract = {Der Wilms Tumor (WT), auch Nephroblastom genannt, z{\"a}hlt zu den im Kindesalter am h{\"a}ufigsten auftretenden malignen Tumoren und entsteht meist unilateral (90 - 95 \%) und sporadisch (98 - 99 \%). Leider sind bis heute die molekularen Ursachen, die zur Entwicklung dieser Tumoren f{\"u}hren nur unzureichend aufgekl{\"a}rt. So werden bisher nur drei Gene mit dem Auftreten von WT in Verbindung gebracht: WT1, CTNNB1 und WTx. W{\"a}hrend WT1 und CTNNB1 jeweils Mutationsraten von etwa 10 - 15 \% aufweisen, die zudem h{\"a}ufig gemeinsam vorliegen, werden f{\"u}r WTx Mutationsraten von etwa 30 \% beobachtet. Die genetischen Alterationen der anderen Tumoren sind noch immer komplett unbekannt. Ziel dieser Arbeit war aus diesem Grund die Identifikation von relevanten Regionen und Genen, die an der Entstehung bzw. dem klinischen Fortschreiten von Wilms Tumoren beteiligt sind. Zus{\"a}tzlich sollten weitere Untersuchungen zur Einsch{\"a}tzung ihres prognostischen Potenzials dienen. In einem ersten Ansatz wurden die Chromosomenbereiche 11q und 16q in einer großen Anzahl von Wilms Tumoren auf LOH (=loss of heterozygosity), d.h. den (partiellen) Verlust von genetischem Material, untersucht. In beiden F{\"a}llen wurden erh{\"o}hte LOH-Raten von etwa 20 \% beobachtet, jedoch war keine Eingrenzung der relevanten Regionen m{\"o}glich, da Allelverluste nicht stets ab einem bestimmten Marker beobachtet wurden. Ein Vergleich mit der Histologie ergab signifikante Assoziationen der Allelverluste mit anaplastischen und Mischtyp-Tumoren (nur f{\"u}r LOH 11q), wohingegen kaum LOHs in epithelialen und stromareichen Tumoren festgestellt wurden. Somit scheinen auf 11q und 16q Gene vorzuliegen, die einerseits die Differenzierung in Epithel und Stroma beg{\"u}nstigen oder andererseits ein blastemreiches und anaplastisches Erscheinungsbild verhindern. Jedoch k{\"o}nnte auch die Assoziation von bestimmten Subtypen mit LOH 11q und 16q auf eine Entstehung aus unterschiedlichen Zellen hindeuten. Weiterhin war das Auftreten von LOH, v.a. wenn jeweils der komplette Chromosomenarm betroffen war, mit einem erh{\"o}hten Rezidiv- und Sterberisiko (nur LOH 11q) verbunden. Somit konnte gezeigt werden, dass LOH-Untersuchungen auf 11q und 16q zur Identifikation von Hochrisikopatienten f{\"u}r die Entwicklung von Rezidiven bzw. erh{\"o}hter Mortalit{\"a}t eingesetzt werden k{\"o}nnen, wodurch eine individuelle Anpassung der Therapiemaßnahmen erm{\"o}glicht wird. In einem zweiten Ansatz wurden eine Reihe von bereits publizierten potenziellen Markergenen in einer großen Anzahl von Wilms Tumoren mit Hilfe der Realtime RT-PCR auf ihre Relevanz {\"u}berpr{\"u}ft. Allen diesen Genen wurde zuvor eine Funktion bei der histologischen Klassifikation der Tumoren bzw. bei der Vorhersage bestimmter klinischer Verl{\"a}ufe zugeschrieben. Die univariate Analyse diente der Beurteilung der Relevanz einzelner Gene, wohingegen die multivariate Analyse zur Bestimmung von prognostischen Genkombinationen eingesetzt wurde. Anschließend erfolgte die Validierung mittels eines zweiten und unabh{\"a}ngigen Tumorsatzes. Auch wenn viele der bereits publizierten Marker und in der ersten Analyse erhaltenen Assoziationen in einem weiteren und unabh{\"a}ngigen Tumorsatz nicht verifizierbar waren, konnten dennoch einige fr{\"u}here Ergebnisse repliziert und die Relevanz der entsprechenden Gene nachgewiesen werden. Neben der Verbindung der Repression von HEY2 und TRIM22 mit Hochrisikotumoren bzw. einer h{\"o}heren Sterbewahrscheinlichkeit fanden sich schwach signifikante Assoziationen auch f{\"u}r die verminderte Expression von TRIM22 und VEGF mit der Histologie. Ebenso waren erh{\"o}hte Level von TERT und die Repression von TRIM22 mit der Entwicklung eines Rezidivs verbunden. Vor allem aber die Korrelation der Repression von HEY2 und VEGF sowie einer {\"U}berexpression von CA9 mit Rezidiven, Tumoren hoher Malignit{\"a}t oder prim{\"a}ren Metastasen verweisen auf die Notwendigkeit, besonders die Hypoxie- und Angiogenese-Signalkaskaden in Wilms Tumoren zu untersuchen, um deren Einfluss v.a. auf das Fortschreiten und die Ausbreitung der Tumoren zu evaluieren. Auch wenn die multivariate Analyse nicht zu relevanten Genkombinationen f{\"u}hrte, konnte hier dennoch eine schwache Assoziation der verminderten Expression von TOP2A und TRIM22 mit prim{\"a}ren Metastasen oder einer erh{\"o}hten Mortalit{\"a}t, sowie der {\"U}berexpression von TERT mit der Rezidivbildung best{\"a}tigt werden. Interessanterweise stellte sich die Histologie, die derzeit das Hauptkriterium f{\"u}r die Risikoklassifikation darstellt, weder als geeigneter prognostischer Marker f{\"u}r die Beurteilung des Rezidiv- noch des Sterberisikos heraus. Somit sollten Realtime RT-PCR Analysen in Zukunft als weiterer Faktor zur Beurteilung des Rezidiv- und Sterberisikos eingesetzt werden, um eine individuelle Anpassung der Therapie zu erm{\"o}glichen. Basierend auf den Ergebnissen der Realtime RT-PCR Analyse wurde der Einfluss der Expression ausgew{\"a}hlter Gene auf Prim{\"a}rkulturen, die aus nativem Wilms Tumormaterial gewonnen wurden, untersucht. Nach der {\"U}berexpression von HEY2, EGR1, MYCN und TRIM22 wurden bei allen Zellen hohe Sterberaten beobachtet, v.a. bei HEY2 und EGR1. Leider konnte weder f{\"u}r HEY2 noch f{\"u}r EGR1 der Grund hierf{\"u}r aufgekl{\"a}rt werden, allerdings war bei EGR1 weder die Apoptose noch die Seneszenz beteiligt. Im Gegensatz hierzu wurde die Apoptose als entscheidender Mechanismus bei MYCN und v.a. TRIM22 ermittelt. Außerdem scheint bei MYCN ein großer Anteil an Zellen in die Seneszenz einzutreten. Auch wenn diese ersten Untersuchungen an Prim{\"a}rkulturen von Wilms Tumoren eindeutig die Relevanz dieser Gene f{\"u}r die Entwicklung bzw. das Fortschreiten der Tumoren best{\"a}tigten, so sind trotz alledem weitere Experimente v.a. in einer gr{\"o}ßeren Anzahl genetisch unterschiedlicher Prim{\"a}rkulturen n{\"o}tig, um das endg{\"u}ltige Potenzial dieser Gene aufzukl{\"a}ren.}, subject = {Nephroblastom}, language = {de} }