@article{WolfAkrapMargetal.2013,
  author    = {Wolf, Annette and Akrap, Nina and Marg, Berenice and Galliardt, Helena and Heiligentag, Martyna and Humpert, Fabian and Sauer, Markus and Kaltschmidt, Barbara and Kaltschmidt, Christian and Seidel, Thorsten},
  title     = {Elements of Transcriptional Machinery Are Compatible among Plants and Mammals},
  series = {PLoS ONE},
  volume    = {8},
  journal   = {PLoS ONE},
  number    = {1},
  doi       = {10.1371/journal.pone.0053737},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-131203},
  pages     = {e53737},
  year      = {2013},
  abstract  = {In the present work, the objective has been to analyse the compatibility of plant and human transcriptional machinery. The experiments revealed that nuclear import and export are conserved among plants and mammals. Further it has been shown that transactivation of a human promoter occurs by human transcription factor NF-\(\kappa\) B in plant cells, demonstrating that the transcriptional machinery is highly conserved in both kingdoms. Functionality was also seen for regulatory elements of NF-\(\kappa\) B such as its inhibitor I\(\kappa\)B isoform \(\alpha\) that negatively regulated the transactivation activity of the p50/RelA heterodimer by interaction with NF-\(\kappa\)B in plant cells. Nuclear export of RelA could be demonstrated by FRAP-measurements so that RelA shows nucleo-cytoplasmic shuttling as reported for RelA in mammalian cells. The data reveals the high level of compatibility of human transcriptional elements with the plant transcriptional machinery. Thus, Arabidopsis thaliana mesophyll protoplasts might provide a new heterologous expression system for the investigation of the human NF-\(\kappa\)B signaling pathways. The system successfully enabled the controlled manipulation of NF-\(\kappa\)B activity. We suggest the plant protoplast system as a tool for reconstitution and analyses of mammalian pathways and for direct observation of responses to e. g. pharmaceuticals. The major advantage of the system is the absence of interference with endogenous factors that affect and crosstalk with the pathway.},
  language  = {en}
}
@phdthesis{Weniger2007,
  author    = {Weniger, Markus},
  title     = {Genome Expression Pathway Analysis Tool - Analyse und Visualisierung von Microarray Genexpressionsdaten unter genomischen, proteomischen und metabolischen Gesichtspunkten},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-25392},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2007},
  abstract  = {Die Messung der Genexpression ist f{\"u}r viele Bereiche der Biologie und Medizin wichtig geworden und unterst{\"u}tzt Studien {\"u}ber Behandlung, Krankheiten und Entwicklungsstadien. Microarrays k{\"o}nnen verwendet werden, um die Expression von tausenden mRNA-Molek{\"u}len gleichzeitig zu messen und erm{\"o}glichen so einen Einblick und einen Vergleich der verschiedenen zellul{\"a}ren Bedingungen. Die Daten, die durch Microarray-Experimente gewonnen werden, sind hochdimensional und verrauscht, eine Interpretation der Daten ist deswegen nicht einfach. Obwohl Programme f{\"u}r die statistische Auswertung von Microarraydaten existieren, fehlt vielen eine Integration der Analyseergebnisse mit einer automatischen Interpretationsm{\"o}glichkeit. In dieser Arbeit wurde GEPAT, Genome Expression Pathway Analysis Tool, entwickelt, das eine Analyse der Genexpression unter dem Gesichtspunkten der Genomik, Proteomik und Metabolik erm{\"o}glicht. GEPAT integriert statistische Methoden zum Datenimport und -analyse mit biologischer Interpretation f{\"u}r Genmengen oder einzelne Gene, die auf dem Microarray gemessen werden. Verschiedene Typen von Oligonukleotid- und cDNAMicroarrays k{\"o}nnen importiert werden, unterschiedliche Normalisierungsmethoden k{\"o}nnen auf diese Daten angewandt werden, anschließend wird eine Datenannotation durchgef{\"u}hrt. Nach dem Import k{\"o}nnen mit GEPAT verschiedene statische Datenanalysemethoden wie hierarchisches, k-means und PCA-Clustern, ein auf einem linearen Modell basierender t-Test, oder ein Vergleich chromosomaler Profile durchgef{\"u}hrt werden. Die Ergebnisse der Analysen k{\"o}nnen auf H{\"a}ufungen biologischer Begriffe und Vorkommen in Stoffwechselwegen oder Interaktionsnetzwerken untersucht werden. Verschiedene biologische Datenbanken wurden integriert, um zu jeder Gensonde auf dem Array Informationen zur Verf{\"u}gung stellen zu k{\"o}nnen. GEPAT bietet keinen linearen Arbeitsablauf, sondern erlaubt die Benutzung von beliebigen Teilmengen von Genen oder biologischen Proben als Startpunkt einer neuen Analyse oder Interpretation. Dabei verl{\"a}sst es sich auf bew{\"a}hrte Datenanalyse-Pakete, bietet einen modularen Ansatz zur einfachen Erweiterung und kann auf einem verteilten Computernetzwerk installiert werden, um eine große Zahl an Benutzern zu unterst{\"u}tzen. Es ist unter der LGPL Open-Source Lizenz frei verf{\"u}gbar und kann unter http://gepat.sourceforge.net heruntergeladen werden.},
  subject      = {Microarray},
  language  = {de}
}
@article{TsaiGrimmChaoetal.2015,
  author    = {Tsai, Yu-Chen and Grimm, Stefan and Chao, Ju-Lan and Wang, Shih-Chin and Hofmeyer, Kerstin and Shen, Jie and Eichinger, Fred and Michalopoulou, Theoni and Yao, Chi-Kuang and Chang, Chih-Hsuan and Lin, Shih-Han and Sun, Y. Henry and Pflugfelder, Gert O.},
  title     = {Optomotor-blind negatively regulates Drosophila eye development by blocking Jak/STAT signaling},
  series = {PLoS ONE},
  volume    = {10},
  journal   = {PLoS ONE},
  number    = {3},
  doi       = {10.1371/journal.pone.0120236},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-143577},
  pages     = {e0120236},
  year      = {2015},
  abstract  = {Organ formation requires a delicate balance of positive and negative regulators. In Drosophila eye development, wingless (wg) is expressed at the lateral margins of the eye disc and serves to block retinal development. The T-box gene optomotor-blind (omb) is expressed in a similar pattern and is regulated by Wg. Omb mediates part of Wg activity in blocking eye development. Omb exerts its function primarily by blocking cell proliferation. These effects occur predominantly in the ventral margin. Our results suggest that the primary effect of Omb is the blocking of Jak/STAT signaling by repressing transcription of upd which encodes the Jak receptor ligand Unpaired.},
  language  = {en}
}
@phdthesis{Stoll2009,
  author    = {Stoll, Sascha},
  title     = {Funktionelle Analyse von Blochmannia floridanus, dem prim{\"a}ren Endosymbionten der Rossameise Camponotus floridanus},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-37238},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2009},
  abstract  = {Ameisen der Gattung Camponotus beherbergen bakterielle Symbionten der Gattung Blochmannia in spezialisierten Zellen des Mitteldarms (Blochmann, 1882; Buchner, 1965; Sauer, 2000; Schr{\"o}der et al., 1996). Die Genomsequenzierung dieser Symbionten zeigte, dass Blochmannia, {\"a}hnlich den Symbionten von Blattl{\"a}usen, haupts{\"a}chlich Gene der Aminos{\"a}urebiosynthese beibehalten hat (Degnan et al., 2005; Gil et al., 2003). Die Relevanz dieser nahrungsaufwertenden Funktion konnte experimentell best{\"a}tigt werden (Feldhaar et al., 2007). Ein Schwerpunkt der vorliegenden Arbeit war die Aufkl{\"a}rung der dynamischen Interaktion der beiden Partner w{\"a}hrend des komplexen Lebenszyklus des holometabolen Wirtes. Fr{\"u}here Studien deuteten darauf hin, dass die Symbiose vor allem w{\"a}hrend der Larven- und Puppenphasen von Bedeutung sein k{\"o}nnte (Feldhaar et al., 2007; Wolschin et al., 2004; Zientz et al., 2006). Mit fluoreszenter in situ Hybridisierung (FISH) und konfokaler Laserscanning Mikroskopie konnte in der vorliegenden Arbeit die Lokalisierung von B. floridanus w{\"a}hrend der wichtigsten Entwicklungsstadien aufgekl{\"a}rt werden. Hierbei konnte gezeigt werden, dass die Symbionten schon im ersten Larvenstadium in spezialisierten Zellen um den Darm angeordnet sind, aber in sp{\"a}teren Stadien nicht, wie bisher angenommen, auf diese Bakteriozyten beschr{\"a}nkt sind, sondern bis zum Schlupf der jungen Arbeiterinnen massiv andere Darmzellen infizieren. {\"U}bereinstimmend mit Bestimmungen der Zellzahl in den verschiedenen Wirtsstadien ist die Anzahl der Symbionten gegen Ende der Metamorphose am h{\"o}chsten. Die Symbiose degeneriert in sehr alten Arbeiterinnen, gut gef{\"u}llte Bakteriozyten werden jedoch noch monatelang beibehalten. Mit Macroarray- und qRT- PCR- basierten Transkriptomanalysen wurde die Expression der bakteriellen Gene in charakteristischen Entwicklungsstadien des Wirtes untersucht. Allgemein zeigen vor allem Gene f{\"u}r molekulare Chaperons und bestimmte bakterielle Grundfunktionen eine hohe Expression. Aber auch viele Gene, die m{\"o}glicherweise wichtige Funktionen in der Symbiose besitzen, wie die Biosynthese essentieller Aminos{\"a}uren und das Recycling von Stickstoffverbindungen, zeigen ein hohes absolutes Transkriptlevel. Zudem besteht eine positive Korrelation zwischen dem Expressionsniveau und dem GC- Gehalt der Gene, die in dem h{\"o}heren Selektionsdruck und damit einer geringeren Mutationsrate der essentiellen Gene begr{\"u}ndet liegt (Schaber et al., 2005). Durch Proteinanalysen konnte best{\"a}tigt werden, dass die Faktoren mit der h{\"o}chsten absoluten Transkription die dominanten Proteine der Symbionten darstellen. In den unterschiedlichen Entwicklungsstadien zeigen viele Gene eine deutliche Dynamik, deren Ausmaß aber, verglichen mit freilebenden Bakterien, gering ist. Aus den Expressionsprofilen aufeinanderfolgender Gene lassen sich m{\"o}gliche Transkriptionseinheiten ableiten, die teilweise auch experimentell best{\"a}tigt wurden. Oftmals zeigen auch Gene, die nicht in Transkriptionseinheiten angeordnet sind, aber verwandten Stoffwechselwegen angeh{\"o}ren, {\"a}hnliche Muster. Dies deutet auf das Vorhandensein grundlegender Genregulations-mechanismen hin, obwohl im Genom von B. floridanus nur noch sehr wenige Transkriptionsfaktoren codiert sind (Gil et al., 2003). Auf {\"u}bergeordneter Ebene zeigt sich, dass bei Symbionten aus sp{\"a}ten Puppenstadien viele symbioserelevante Gene im Vergleich zu Genen des Grundmetabolismus eine erh{\"o}hte Expression zeigen. Dies betrifft besonders die Biosynthese aromatischer und verzweigter Aminos{\"a}uren, die in diesen Stadien vom Wirt in hoher Menge ben{\"o}tigt werden, w{\"a}hrend die internen Reserven gleichzeitig zur Neige gehen. Dies {\"a}ußert sich auch im deutlichen Abfallen der Speicherproteinmenge des Wirts gegen Ende der Puppenphase. Die festgestellte Ver{\"a}nderung der Symbiontenzahl {\"u}bertrifft das geringe Ausmaß der Genregulation um ein Vielfaches. Die Bakterien liegen in jedem Stadium polyploid mit bis zu 100 Genomkopien vor, dieser Polyploidiegrad bleibt jedoch w{\"a}hrend der gesamten Wirtsentwicklung weitestgehend konstant. Somit scheint die Kontrolle des Wirts {\"u}ber die bakterielle Vermehrung der entscheidende Faktor dieser Symbiose zu sein. Die verbleibenden regulatorischen F{\"a}higkeiten der Bakterien stellen m{\"o}glicherweise eine Feinjustierung von optimierten Produktionseinheiten dar, deren Anzahl nach den Bed{\"u}rfnissen des Wirtes ver{\"a}ndert wird. Insgesamt konnten in der vorliegenden Arbeit neue Einblicke in das komplexe Zusammenleben von Blochmannia und Camponotus gewonnen werden, die zu einem besseren Verst{\"a}ndnis der biologischen Funktion und der grundlegenden Mechanismen dieser Symbiose f{\"u}hren. Eine der wichtigsten Fragestellungen nach dem Sinn einer nahrungsaufwertenden Symbiose f{\"u}r einen Nahrungsgeneralisten konnte mit starken Hinweisen auf eine stadienabh{\"a}ngige Relevanz der Symbiose beantwortet werden, die den enormen evolution{\"a}ren Erfolg dieser Ameisengattung erkl{\"a}ren k{\"o}nnte.\&\#8195;},
  subject      = {Intrazellul{\"a}re Symbiose},
  language  = {de}
}
@article{SeherLaglerStuehmeretal.2017,
  author    = {Seher, Axel and Lagler, Charlotte and St{\"u}hmer, Thorsten and M{\"u}ller-Richter, Urs Dietmar Achim and K{\"u}bler, Alexander Christian and Sebald, Walter and M{\"u}ller, Thomas Dieter and Nickel, Joachim},
  title     = {Utilizing BMP-2 muteins for treatment of multiple myeloma},
  series = {PLoS ONE},
  volume    = {12},
  journal   = {PLoS ONE},
  number    = {5},
  doi       = {10.1371/journal.pone.0174884},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-158144},
  pages     = {e0174884},
  year      = {2017},
  abstract  = {Multiple myeloma (MM) represents a haematological cancer characterized by the pathological hyper proliferation of antibody-producing B-lymphocytes. Patients typically suffer from kidney malfunction and skeletal disorders. In the context of MM, the transforming growth factor β (TGFβ) member Activin A was recently identified as a promoter of both accompanying symptoms. Because studies have shown that bone morphogenetic protein (BMP)-2-mediated activities are counteracted by Activin A, we analysed whether BMP2, which also binds to the Activin A receptors ActRII and ActRIIB but activates the alternative SMAD-1/5/8 pathway, can be used to antagonize Activin A activities, such as in the context of MM. Therefore three BMP2 derivatives were generated with modified binding activities for the type II (ActRIIB) and/or type I receptor (BMPRIA) showing either increased or decreased BMP2 activity. In the context of MM these BMP2 muteins show two functionalities since they act as a) an anti-proliferative/apoptotic agent against neoplastic B-cells, b) as a bone-formation promoting growth factor. The molecular basis of both activities was shown in two different cellular models to clearly rely on the properties of the investigated BMP2 muteins to compete for the binding of Activin A to the Activin type II receptors. The experimental outcome suggests new therapeutic strategies using BMP2 variants in the treatment of MM-related pathologies.},
  language  = {en}
}
@phdthesis{Schaefer2011,
  author    = {Sch{\"a}fer, Ingo},
  title     = {Fremdgenexpression in humanen Mitochondrien},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-85202},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2011},
  abstract  = {Bei einer Vielzahl neuromuskul{\"a}rer und neurodegenerativer Erkrankungen spielen Fehlfunktionen der Mitochondrien eine wichtige Rolle. Da die Proteine der Atmungsketten-komplexe sowohl durch die mitochondriale DNA als auch durch das Kerngenom codiert werden, k{\"o}nnen Mutationen in beiden Genomen die Ausl{\"o}ser dieser Erkrankungen darstellen. Ver{\"a}nderungen der mitochondrialen DNA lassen sich - im Gegensatz zum Kerngenom - bisher nicht korrigieren, weshalb bei einem großen Teil der Erkrankungen nur die Symptome und nicht die Ausl{\"o}ser behandelt werden k{\"o}nnen. Das grundlegende Problem stellt dabei der Transport der DNA in die Mitochondrien dar. Ziel dieser Arbeit war es, mit Hilfe von physikalischen Transfektionsmethoden exogene DNA in die Mitochondrien menschlicher Kulturzellen einzubringen. Dazu wurden unterschiedliche Vektoren hergestellt, die in Mitochondrien das an die Mitochondrien angepasste gr{\"u}n fluoreszierende mtEGFP exprimieren sollen. Die Expressionsf{\"a}higkeit und Prozessierung dieser Konstrukte konnte in in-vitro-Assays mit einem Mitochondrienextrakt nachgewiesen werden. Bei Transfektionsversuchen mit der Gene Gun gelang es erstmals, exogene Plasmid-DNA in die Mitochondrien menschlicher Zellen einzubringen. Das durch die transfizierten Vektoren exprimierte mtEGFP konnte am Fluoreszenzmikroskop eindeutig in den Mitochondrien der Zellen lokalisiert werden. Eine Transfektion mit Hilfe magnetischer Partikel erwies sich jedoch nicht als zielf{\"u}hrend, da die die Partikel eine Eigenfluoreszenz aufwiesen, die eine Detektion der mtEGFP-Expression verhinderten. Eine wichtige Voraussetzung f{\"u}r die Transfektion von Mitochondrien durch mechanische Methoden wie die Mikroinjektion ist die reversible Induktion von Megamitochondrien, da sie erst in diesem Zustand penetriert werden k{\"o}nnen. Durch eine Ans{\"a}uerung des Kulturmediums mit Natriumacetat bzw. Essigs{\"a}ure konnten Mitochondrien erzeugt werden, die beinahe die Gr{\"o}ße des Zellkerns aufwiesen und somit ideale Bedingungen f{\"u}r die Mikroinjektion darstellen. Bei den anschließenden Mikroinjektionsversuchen mit den hergestellten mitochondrialen Expressionsvektoren wurden wiederum Zellen mit eindeutig gr{\"u}n fluoreszierenden Mitochondrien gefunden. Zusammenfassend wurden im Rahmen dieser Arbeit erstmalig menschliche Mitochondrien mit exogener DNA transfiziert. Dies stellt einen grundlegenden Schritt f{\"u}r die Entwicklung neuer Therapieformen bei mitochondrialen Myopathien dar. Zuvor m{\"u}ssen die Transfektionsmethoden jedoch noch weiter optimiert werden, um eine h{\"o}here Transfektionseffizienz zu erreichen.},
  subject      = {Mitochondrium},
  language  = {de}
}
@article{SchulSchmittRegnerietal.2013,
  author    = {Schul, Daniela and Schmitt, Alexandra and Regneri, Janine and Schartl, Manfred and Wagner, Toni Ulrich},
  title     = {Bursted BMP Triggered Receptor Kinase Activity Drives Smad1 Mediated Long-Term Target Gene Oscillation in c2c12 Cells},
  series = {PLoS ONE},
  volume    = {8},
  journal   = {PLoS ONE},
  number    = {4},
  doi       = {10.1371/journal.pone.0059442},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-130131},
  pages     = {e59442},
  year      = {2013},
  abstract  = {Bone Morphogenetic Proteins (BMPs) are important growth factors that regulate many cellular processes. During embryogenesis they act as morphogens and play a critical role during organ development. They influence cell fates via concentration-gradients in the embryos where cells transduce this extracellular information into gene expression profiles and cell fate decisions. How receiving cells decode and quantify BMP2/4 signals is hardly understood. There is little data on the quantitative relationships between signal input, transducing molecules, their states and location, and ultimately their ability to integrate graded systemic inputs and generate qualitative responses. Understanding this signaling network on a quantitative level should be considered a prerequisite for efficient pathway modulation, as the BMP pathway is a prime target for therapeutic invention. Hence, we quantified the spatial distribution of the main signal transducer of the BMP2/4 pathway in response to different types and levels of stimuli in c2c12 cells. We found that the subcellular localization of Smad1 is independent of ligand concentration. In contrast, Smad1 phosphorylation levels relate proportionally to BMP2 ligand concentrations and they are entirely located in the nucleus. Interestingly, we found that BMP2 stimulates target gene expression in non-linear, wave-like forms. Amplitudes showed a clear concentration-dependency, for sustained and transient stimulation. We found that even burst-stimulation triggers gene-expression wave-like modulations that are detectable for at least 30 h. Finally, we show here that target gene expression oscillations depend on receptor kinase activity, as the kinase drives further expression pulses without receptor reactivation and the target gene expression breaks off after inhibitor treatment in c2c12 cells.},
  language  = {en}
}
@article{SchubertSpahnKneitzetal.2013,
  author    = {Schubert, Maria and Spahn, Martin and Kneitz, Susanne and Scholz, Claus J{\"u}rgen and Joniau, Steven and Stroebel, Philipp and Riedmiller, Hubertus and Kneitz, Burkhard},
  title     = {Distinct microRNA Expression Profile in Prostate Cancer Patients with Early Clinical Failure and the Impact of let-7 as Prognostic Marker in High-Risk Prostate Cancer},
  series = {PLoS ONE},
  journal   = {PLoS ONE},
  doi       = {10.1371/journal.pone.0065064},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-96825},
  year      = {2013},
  abstract  = {Background The identification of additional prognostic markers to improve risk stratification and to avoid overtreatment is one of the most urgent clinical needs in prostate cancer (PCa). MicroRNAs, being important regulators of gene expression, are promising biomarkers in various cancer entities, though the impact as prognostic predictors in PCa is poorly understood. The aim of this study was to identify specific miRNAs as potential prognostic markers in high-risk PCa and to validate their clinical impact. Methodology and Principal Findings We performed miRNA-microarray analysis in a high-risk PCa study group selected by their clinical outcome (clinical progression free survival (CPFS) vs. clinical failure (CF)). We identified seven candidate miRNAs (let-7a/b/c, miR-515-3p/5p, -181b, -146b, and -361) that showed differential expression between both groups. Further qRT-PCR analysis revealed down-regulation of members of the let-7 family in the majority of a large, well-characterized high-risk PCa cohort (n = 98). Expression of let-7a/b/and -c was correlated to clinical outcome parameters of this group. While let-7a showed no association or correlation with clinical relevant data, let-7b and let-7c were associated with CF in PCa patients and functioned partially as independent prognostic marker. Validation of the data using an independent high-risk study cohort revealed that let-7b, but not let-7c, has impact as an independent prognostic marker for BCR and CF. Furthermore, we identified HMGA1, a non-histone protein, as a new target of let-7b and found correlation of let-7b down-regulation with HMGA1 over-expression in primary PCa samples. Conclusion Our findings define a distinct miRNA expression profile in PCa cases with early CF and identified let-7b as prognostic biomarker in high-risk PCa. This study highlights the importance of let-7b as tumor suppressor miRNA in high-risk PCa and presents a basis to improve individual therapy for high-risk PCa patients.},
  language  = {en}
}
@article{SanzMorenoFuhrmannWolfetal.2014,
  author    = {Sanz-Moreno, Adrian and Fuhrmann, David and Wolf, Elmar and von Eyss, Bj{\"o}rn and Eilers, Martin and Els{\"a}sser, Hans-Peter},
  title     = {Miz1 Deficiency in the Mammary Gland Causes a Lactation Defect by Attenuated Stat5 Expression and Phosphorylation},
  series = {PLOS ONE},
  volume    = {9},
  journal   = {PLOS ONE},
  number    = {2},
  doi       = {10.1371/journal.pone.0089187},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-117286},
  pages     = {e89187},
  year      = {2014},
  abstract  = {Miz1 is a zinc finger transcription factor with an N-terminal POZ domain. Complexes with Myc, Bcl-6 or Gfi-1 repress expression of genes like Cdkn2b (p15(Ink4)) or Cd-kn1a (p21(Cip1)). The role of Miz1 in normal mammary gland development has not been addressed so far. Conditional knockout of the Miz1 POZ domain in luminal cells during pregnancy caused a lactation defect with a transient reduction of glandular tissue, reduced proliferation and attenuated differentiation. This was recapitulated in vitro using mouse mammary gland derived HC11 cells. Further analysis revealed decreased Stat5 activity in Miz1 Delta POZ mammary glands and an attenuated expression of Stat5 targets. Gene expression of the Prolactin receptor (PrlR) and ErbB4, both critical for Stat5 phosphorylation (pStat5) or pStat5 nuclear translocation, was decreased in Miz1 Delta POZ females. Microarray, ChIP-Seq and gene set enrichment analysis revealed a down-regulation of Miz1 target genes being involved in vesicular transport processes. Our data suggest that deranged intracellular transport and localization of PrlR and ErbB4 disrupt the Stat5 signalling pathway in mutant glands and cause the observed lactation phenotype.},
  language  = {en}
}
@article{RosenbaumSchickWollbornetal.2016,
  author    = {Rosenbaum, Corinna and Schick, Martin Alexander and Wollborn, Jakob and Heider, Andreas and Scholz, Claus-J{\"u}rgen and Cecil, Alexander and Niesler, Beate and Hirrlinger, Johannes and Walles, Heike and Metzger, Marco},
  title     = {Activation of Myenteric Glia during Acute Inflammation In Vitro and In Vivo},
  series = {PLoS One},
  volume    = {11},
  journal   = {PLoS One},
  number    = {3},
  doi       = {10.1371/journal.pone.0151335},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-146544},
  pages     = {e0151335},
  year      = {2016},
  abstract  = {Background Enteric glial cells (EGCs) are the main constituent of the enteric nervous system and share similarities with astrocytes from the central nervous system including their reactivity to an inflammatory microenvironment. Previous studies on EGC pathophysiology have specifically focused on mucosal glia activation and its contribution to mucosal inflammatory processes observed in the gut of inflammatory bowel disease (IBD) patients. In contrast knowledge is scarce on intestinal inflammation not locally restricted to the mucosa but systemically affecting the intestine and its effect on the overall EGC network. Methods and Results In this study, we analyzed the biological effects of a systemic LPS-induced hyperinflammatory insult on overall EGCs in a rat model in vivo, mimicking the clinical situation of systemic inflammation response syndrome (SIRS). Tissues from small and large intestine were removed 4 hours after systemic LPS-injection and analyzed on transcript and protein level. Laser capture microdissection was performed to study plexus-specific gene expression alterations. Upon systemic LPS-injection in vivo we observed a rapid and dramatic activation of Glial Fibrillary Acidic Protein (GFAP)-expressing glia on mRNA level, locally restricted to the myenteric plexus. To study the specific role of the GFAP subpopulation, we established flow cytometry-purified primary glial cell cultures from GFAP promotor-driven EGFP reporter mice. After LPS stimulation, we analyzed cytokine secretion and global gene expression profiles, which were finally implemented in a bioinformatic comparative transcriptome analysis. Enriched GFAP+ glial cells cultured as gliospheres secreted increased levels of prominent inflammatory cytokines upon LPS stimulation. Additionally, a shift in myenteric glial gene expression profile was induced that predominantly affected genes associated with immune response. Conclusion and Significance Our findings identify the myenteric GFAP-expressing glial subpopulation as particularly susceptible and responsive to acute systemic inflammation of the gut wall and complement knowledge on glial involvement in mucosal inflammation of the intestine.},
  language  = {en}
}
@article{PfeifferKruegerMaierhoferetal.2016,
  author    = {Pfeiffer, Susanne and Kr{\"u}ger, Jacqueline and Maierhofer, Anna and B{\"o}ttcher, Yvonne and Kl{\"o}ting, Nora and El Hajj, Nady and Schleinitz, Dorit and Sch{\"o}n, Michael R. and Dietrich, Arne and Fasshauer, Mathias and Lohmann, Tobias and Dreßler, Miriam and Stumvoll, Michael and Haaf, Thomas and Bl{\"u}her, Matthias and Kovacs, Peter},
  title     = {Hypoxia-inducible factor 3A gene expression and methylation in adipose tissue is related to adipose tissue dysfunction},
  series = {Scientific Reports},
  volume    = {6},
  journal   = {Scientific Reports},
  number    = {27969},
  doi       = {10.1038/srep27969},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-167662},
  year      = {2016},
  abstract  = {Recently, a genome-wide analysis identified DNA methylation of the HIF3A (hypoxia-inducible factor 3A) as strongest correlate of BMI. Here we tested the hypothesis that HIF3A mRNA expression and CpG-sites methylation in adipose tissue (AT) and genetic variants in HIF3A are related to parameters of AT distribution and function. In paired samples of subcutaneous AT (SAT) and visceral AT (VAT) from 603 individuals, we measured HIF3A mRNA expression and analyzed its correlation with obesity and related traits. In subgroups of individuals, we investigated the effects on HIF3A genetic variants on its AT expression (N = 603) and methylation of CpG-sites (N = 87). HIF3A expression was significantly higher in SAT compared to VAT and correlated with obesity and parameters of AT dysfunction (including CRP and leucocytes count). HIF3A methylation at cg22891070 was significantly higher in VAT compared to SAT and correlated with BMI, abdominal SAT and VAT area. Rs8102595 showed a nominal significant association with AT HIF3A methylation levels as well as with obesity and fat distribution. HIF3A expression and methylation in AT are fat depot specific, related to obesity and AT dysfunction. Our data support the hypothesis that HIF pathways may play an important role in the development of AT dysfunction in obesity.},
  language  = {en}
}
@article{PascoalinoDindarVieiradaRochaetal.2014,
  author    = {Pascoalino, Bruno and Dindar, G{\"u}lcin and Vieira-da-Rocha, Jo{\~a}o P. and Machado, Carlos Renato and Janzen, Christian J. and Schenkman, Sergio},
  title     = {Characterization of two different Asf1 histone chaperones with distinct cellular localizations and functions in Trypanosoma brucei},
  series = {Nucleic Acids Research},
  volume    = {42},
  journal   = {Nucleic Acids Research},
  number    = {5},
  issn      = {1362-4962},
  doi       = {10.1093/nar/gkt1267},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-117220},
  pages     = {2906-2918},
  year      = {2014},
  abstract  = {The anti-silencing function protein 1 (Asf1) is a chaperone that forms a complex with histones H3 and H4 facilitating dimer deposition and removal from chromatin. Most eukaryotes possess two different Asf1 chaperones but their specific functions are still unknown. Trypanosomes, a group of early-diverged eukaryotes, also have two, but more divergent Asf1 paralogs than Asf1 of higher eukaryotes. To unravel possible different functions, we characterized the two Asf1 proteins in Trypanosoma brucei. Asf1A is mainly localized in the cytosol but translocates to the nucleus in S phase. In contrast, Asf1B is predominantly localized in the nucleus, as described for other organisms. Cytosolic Asf1 knockdown results in accumulation of cells in early S phase of the cell cycle, whereas nuclear Asf1 knockdown arrests cells in S/G2 phase. Overexpression of cytosolic Asf1 increases the levels of histone H3 and H4 acetylation. In contrast to cytosolic Asf1, overexpression of nuclear Asf1 causes less pronounced growth defects in parasites exposed to genotoxic agents, prompting a function in chromatin remodeling in response to DNA damage. Only the cytosolic Asf1 interacts with recombinant H3/H4 dimers in vitro. These findings denote the early appearance in evolution of distinguishable functions for the two Asf1 chaperons in trypanosomes.},
  language  = {en}
}
@article{NaseemKunzDandekar2014,
  author    = {Naseem, Muhammad and Kunz, Meik and Dandekar, Thomas},
  title     = {Probing the unknowns in cytokinin-mediated immune defense in Arabidopsis with systems biology approaches},
  series = {Bioinformatics and Biology Insights},
  volume    = {8},
  journal   = {Bioinformatics and Biology Insights},
  issn      = {1177-9322},
  doi       = {10.4137/bbi.s13462},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-120199},
  pages     = {35-44},
  year      = {2014},
  abstract  = {Plant hormones involving salicylic acid (SA), jasmonic acid (JA), ethylene (Et), and auxin, gibberellins, and abscisic acid (ABA) are known to regulate host immune responses. However, plant hormone cytokinin has the potential to modulate defense signaling including SA and JA. It promotes plant pathogen and herbivore resistance; underlying mechanisms are still unknown. Using systems biology approaches, we unravel hub points of immune interaction mediated by cytokinin signaling in Arabidopsis. High-confidence Arabidopsis protein-protein interactions (PPI) are coupled to changes in cytokinin-mediated gene expression. Nodes of the cellular interactome that are enriched in immune functions also reconstitute sub-networks. Topological analyses and their specific immunological relevance lead to the identification of functional hubs in cellular interactome. We discuss our identified immune hubs in light of an emerging model of cytokinin-mediated immune defense against pathogen infection in plants.},
  language  = {en}
}
@article{MortonFliesserDittrichetal.2014,
  author    = {Morton, Charles Oliver and Fliesser, Mirjam and Dittrich, Marcus and M{\"u}ller, Tobias and Bauer, Ruth and Kneitz, Susanne and Hope, William and Rogers, Thomas Richard and Einsele, Hermann and L{\"o}ffler, J{\"u}rgen},
  title     = {Gene Expression Profiles of Human Dendritic Cells Interacting with Aspergillus fumigatus in a Bilayer Model of the Alveolar Epithelium/Endothelium Interface},
  doi       = {10.1371/journal.pone.0098279},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-112893},
  year      = {2014},
  abstract  = {The initial stages of the interaction between the host and Aspergillus fumigatus at the alveolar surface of the human lung are critical in the establishment of aspergillosis. Using an in vitro bilayer model of the alveolus, including both the epithelium (human lung adenocarcinoma epithelial cell line, A549) and endothelium (human pulmonary artery epithelial cells, HPAEC) on transwell membranes, it was possible to closely replicate the in vivo conditions. Two distinct sub-groups of dendritic cells (DC), monocyte-derived DC (moDC) and myeloid DC (mDC), were included in the model to examine immune responses to fungal infection at the alveolar surface. RNA in high quantity and quality was extracted from the cell layers on the transwell membrane to allow gene expression analysis using tailored custom-made microarrays, containing probes for 117 immune-relevant genes. This microarray data indicated minimal induction of immune gene expression in A549 alveolar epithelial cells in response to germ tubes of A. fumigatus. In contrast, the addition of DC to the system greatly increased the number of differentially expressed immune genes. moDC exhibited increased expression of genes including CLEC7A, CD209 and CCL18 in the absence of A. fumigatus compared to mDC. In the presence of A. fumigatus, both DC subgroups exhibited up-regulation of genes identified in previous studies as being associated with the exposure of DC to A. fumigatus and exhibiting chemotactic properties for neutrophils, including CXCL2, CXCL5, CCL20, and IL1B. This model closely approximated the human alveolus allowing for an analysis of the host pathogen interface that complements existing animal models of IA.},
  language  = {en}
}
@article{LealSchwebsBriggsetal.2020,
  author    = {Leal, Andrea Zurita and Schwebs, Marie and Briggs, Emma and Weisert, Nadine and Reis, Helena and Lemgruber, Leondro and Luko, Katarina and Wilkes, Jonathan and Butter, Falk and McCulloch, Richard and Janzen, Christian J.},
  title     = {Genome maintenance functions of a putative Trypanosoma brucei translesion DNA polymerase include telomere association and a role in antigenic variation},
  series = {Nucleic Acids Research},
  volume    = {48},
  journal   = {Nucleic Acids Research},
  number    = {17},
  doi       = {10.1093/nar/gkaa686},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-230579},
  pages     = {9660-9680},
  year      = {2020},
  abstract  = {Maintenance of genome integrity is critical to guarantee transfer of an intact genome from parent to off-spring during cell division. DNA polymerases (Pols) provide roles in both replication of the genome and the repair of a wide range of lesions. Amongst replicative DNA Pols, translesion DNA Pols play a particular role: replication to bypass DNA damage. All cells express a range of translesion Pols, but little work has examined their function in parasites, including whether the enzymes might contribute to host-parasite interactions. Here, we describe a dual function of one putative translesion Pol in African trypanosomes, which we now name TbPolIE. Previously, we demonstrated that TbPolIE is associated with telomeric sequences and here we show that RNAi-mediated depletion of TbPolIE transcripts results in slowed growth, altered DNA content, changes in cell morphology, and increased sensitivity to DNA damaging agents. We also show that TbPolIE displays pronounced localization at the nuclear periphery, and that its depletion leads to chromosome segregation defects and increased levels of endogenous DNA damage. Finally, we demonstrate that TbPolIE depletion leads to deregulation of telomeric variant surface glycoprotein genes, linking the function of this putative translesion DNA polymerase to host immune evasion by antigenic variation.},
  language  = {en}
}
@phdthesis{Koerner2004,
  author    = {K{\"o}rner, Ulrich},
  title     = {Funktionelle Rolle von HMGN-Proteinen w{\"a}hrend der Embryonalentwicklung von Xenopus laevis},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-9166},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2004},
  abstract  = {HMGN Proteine sind Architekturelemente des Chromatins und besitzen die F{\"a}higkeit, Chromatin aufzulockern. Sie erm{\"o}glichen anderen Proteinen den Zugang zu Nukleosomen und unterst{\"u}tzen DNA-abh{\"a}ngige Prozesse wie Replikation, Transkription und DNA-Reparatur. In dieser Arbeit wurde die funktionelle Rolle der HMGN Proteine w{\"a}hrend der Embryogenese am Beispiel des s{\"u}dafrikanischen Krallenfroschs Xenopus laevis untersucht. Dabei wurde entdeckt, dass sowohl die Expression als auch die zellul{\"a}re Verteilung der HMGN Proteine entwicklungsspezifisch reguliert ist. Eine Manipulation der HMGN Proteinmengen w{\"a}hrend der Embryonalentwicklung f{\"u}hrte zu schweren Fehlentwicklungen in Postblastula Embryonen. In der Oogenese waren sowohl Xenopus HMGN mRNAs als auch Xenopus HMGN Proteine in allen Oozytenstadien nachweisbar. Interessanterweise waren HMGN Proteine in sp{\"a}teren Oozytenstadien nur im Zytoplasma zu finden und nicht mit Lampenb{\"u}rstenchromosomen assoziiert. Im Zuge der Maturation der Oozyten zu Eiern verschwinden die Proteine g{\"a}nzlich. W{\"a}hrend der Embryogenese waren HMGN Proteine dann erst wieder ab der Blastula detektierbar, zeitgleich mit der transkriptionellen Aktivierung des embryonalen Genoms. Gleichzeitig wiesen ihre Expressionsmuster, zumindest auf mRNA-Ebene, auf Gewebspezifit{\"a}t hin. Whole mount in situ-Hybridisierungen und RT-PCR-Analysen zeigten eine erh{\"o}hte mRNA-Menge in mesodermalen und neuroektodermalen Geweben von Schwanzknospenstadien. Nach Injektion rekombinanter HMGN Proteine ({\"U}berexpression) oder Morpholino-Antisense-Oligonukleotiden (knock-down) in die Zygote entwickelten sich Embryonen mit offenen R{\"u}cken, stark verk{\"u}rzten und gebogenen K{\"o}rperachsen und deformierten Kopfstrukturen als Hauptmerkmale. Histologische Analysen und insbesondere die Magnetresonanz Bildgebung deuteten auf Fehler in der Mesodermdifferenzierung hin. Die Analysen zeigen, dass eine bestimmte kritische zellul{\"a}re HMGN Proteinmenge f{\"u}r eine korrekte Embryonalentwicklung von Xenopus laevis notwendig ist. Durch „animal cap assays" und RT-PCR-Expressionsanalysen Mesoderm-spezifischer Gene konnte schließlich gezeigt werden, dass HMGN Proteine die Regulation Mesoderm-spezifischer Gene beeinflussen. Die Ergebnisse lassen vermuten, dass auch die HMGN-Genexpression w{\"a}hrend der Mesodermdifferenzierung reguliert wird. Durch eine Analyse des Expressionsbeginns entwicklungsrelevanter Gene w{\"a}hrend der Midblastula Transition konnte gezeigt werden, dass ver{\"a}nderte HMGN Proteinmengen den Expressionsbeginn spezifischer Gene wie Xbra und chordin beeinflussen. Damit konnte zum ersten Mal ein Einfluss dieser ubiquit{\"a}ren Chromatinproteine auf die Expression spezifischer Gene gefunden werden. Die durch HMGN Proteine verursachte fehlerhafte Expression von Xbra und chordin als Schl{\"u}sselgene der Mesodermdifferenzierung kann die Fehlentwicklungen mesodermaler Strukturen erkl{\"a}ren.},
  subject      = {Glatter Krallenfrosch},
  language  = {de}
}
@article{KayaZeebDelacWolfetal.2022,
  author    = {Kaya-Zeeb, Sinan and Delac, Saskia and Wolf, Lena and Marante, Ana Luiza and Scherf-Clavel, Oliver and Thamm, Markus},
  title     = {Robustness of the honeybee neuro-muscular octopaminergic system in the face of cold stress},
  series = {Frontiers in Physiology},
  volume    = {13},
  journal   = {Frontiers in Physiology},
  issn      = {1664-042X},
  doi       = {10.3389/fphys.2022.1002740},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-288753},
  year      = {2022},
  abstract  = {In recent decades, our planet has undergone dramatic environmental changes resulting in the loss of numerous species. This contrasts with species that can adapt quickly to rapidly changing ambient conditions, which require physiological plasticity and must occur rapidly. The Western honeybee (Apis mellifera) apparently meets this challenge with remarkable success, as this species is adapted to numerous climates, resulting in an almost worldwide distribution. Here, coordinated individual thermoregulatory activities ensure survival at the colony level and thus the transmission of genetic material. Recently, we showed that shivering thermogenesis, which is critical for honeybee thermoregulation, depends on octopamine signaling. In this study, we tested the hypothesis that the thoracic neuro-muscular octopaminergic system strives for a steady-state equilibrium under cold stress to maintain endogenous thermogenesis. We can show that this applies for both, octopamine provision by flight muscle innervating neurons and octopamine receptor expression in the flight muscles. Additionally, we discovered alternative splicing for AmOARβ2. At least the expression of one isoform is needed to survive cold stress conditions. We assume that the thoracic neuro-muscular octopaminergic system is finely tuned in order to contribute decisively to survival in a changing environment.},
  language  = {en}
}
@article{GaubatzEsterlechnerReichertetal.2013,
  author    = {Gaubatz, Stefan and Esterlechner, Jasmina and Reichert, Nina and Iltzsche, Fabian and Krause, Michael and Finkernagel, Florian},
  title     = {LIN9, a Subunit of the DREAM Complex, Regulates Mitotic Gene Expression and Proliferation of Embryonic Stem Cells},
  series = {PLoS ONE},
  journal   = {PLoS ONE},
  doi       = {10.1371/journal.pone.0062882},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-96922},
  year      = {2013},
  abstract  = {The DREAM complex plays an important role in regulation of gene expression during the cell cycle. We have previously shown that the DREAM subunit LIN9 is required for early embryonic development and for the maintenance of the inner cell mass in vitro. In this study we examined the effect of knocking down LIN9 on ESCs. We demonstrate that depletion of LIN9 alters the cell cycle distribution of ESCs and results in an accumulation of cells in G2 and M and in an increase of polyploid cells. Genome-wide expression studies showed that the depletion of LIN9 results in downregulation of mitotic genes and in upregulation of differentiation-specific genes. ChIP-on chip experiments showed that mitotic genes are direct targets of LIN9 while lineage specific markers are regulated indirectly. Importantly, depletion of LIN9 does not alter the expression of pluripotency markers SOX2, OCT4 and Nanog and LIN9 depleted ESCs retain alkaline phosphatase activity. We conclude that LIN9 is essential for proliferation and genome stability of ESCs by activating genes with important functions in mitosis and cytokinesis.},
  language  = {en}
}
@article{GarciaMatosShenetal.2014,
  author    = {Garcia, Tzintzuni I. and Matos, Isa and Shen, Yingjia and Pabuwal, Vagmita and Coelho, Maria Manuela and Wakamatsu, Yuko and Schartl, Manfred and Walter, Ronald B.},
  title     = {Novel Method for Analysis of Allele Specific Expression in Triploid Oryzias latipes Reveals Consistent Pattern of Allele Exclusion},
  series = {PLOS ONE},
  volume    = {9},
  journal   = {PLOS ONE},
  number    = {6},
  issn      = {1932-6203},
  doi       = {10.1371/journal.pone.0100250},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-116000},
  pages     = {e100250},
  year      = {2014},
  abstract  = {Assessing allele-specific gene expression (ASE) on a large scale continues to be a technically challenging problem. Certain biological phenomena, such as X chromosome inactivation and parental imprinting, affect ASE most drastically by completely shutting down the expression of a whole set of alleles. Other more subtle effects on ASE are likely to be much more complex and dependent on the genetic environment and are perhaps more important to understand since they may be responsible for a significant amount of biological diversity. Tools to assess ASE in a diploid biological system are becoming more reliable. Non-diploid systems are, however, not uncommon. In humans full or partial polyploid states are regularly found in both healthy (meiotic cells, polynucleated cell types) and diseased tissues (trisomies, non-disjunction events, cancerous tissues). In this work we have studied ASE in the medaka fish model system. We have developed a method for determining ASE in polyploid organisms from RNAseq data and we have implemented this method in a software tool set. As a biological model system we have used nuclear transplantation to experimentally produce artificial triploid medaka composed of three different haplomes. We measured ASE in RNA isolated from the livers of two adult, triploid medaka fish that showed a high degree of similarity. The majority of genes examined (82\%) shared expression more or less evenly among the three alleles in both triploids. The rest of the genes (18\%) displayed a wide range of ASE levels. Interestingly the majority of genes (78\%) displayed generally consistent ASE levels in both triploid individuals. A large contingent of these genes had the same allele entirely suppressed in both triploids. When viewed in a chromosomal context, it is revealed that these genes are from large sections of 4 chromosomes and may be indicative of some broad scale suppression of gene expression.},
  language  = {en}
}
@phdthesis{Engelmann2008,
  author    = {Engelmann, Julia Cath{\´e}rine},
  title     = {DNA microarrays: applications and novel approaches for analysis and interpretation},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-29747},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2008},
  abstract  = {In der vorliegenden Dissertation wird die Entwicklung eines phylogenetischen DNA Microarrays, die Analyse von mehreren Microarray-Genexpressionsdatens{\"a}tzen und neue Ans{\"a}tze f{\"u}r die Datenanalyse und Interpretation der Ergebnisse vorgestellt. Die Entwicklung und Analyse der Daten eines phylogenetischen DNA Microarrays wird in der ersten Publikation dargestellt. Ich konnte zeigen, dass die Spezies-Detektion mit phylogenetischen Microarrays durch die Datenanalyse mit einem linearen Regressionsansatz signifikant verbessert werden kann. Standard-Methoden haben bislang nur Signalintensit{\"a}ten betrachtet und eine Spezies als an- oder abwesend bezeichnet, wenn die Signalintensit{\"a}t ihres Messpunktes oberhalb eines willk{\"u}rlich gesetzten Schwellenwertes lag. Dieses Verfahren ist allerdings aufgrund von Kreuz-Hybridisierungen nicht auf sehr nah verwandte Spezies mit hoher Sequenzidentit{\"a}t anwendbar. Durch die Modellierung des Hybridisierungs und Kreuz-Hybridisierungsverhaltens mit einem linearen Regressionsmodell konnte ich zeigen, dass Spezies mit einer Sequenz{\"a}hnlichkeit von 97\% im Markergen immer noch unterschieden werden k{\"o}nnen. Ein weiterer Vorteil der Modellierung ist, dass auch Mischungen verschiedener Spezies zuverl{\"a}ssig vorhergesagt werden k{\"o}nnen. Theoretisch sind auch quantitative Vorhersagen mit diesem Modell m{\"o}glich. Um die großen Datenmengen, die in {\"o}ffentlichen Microarray-Datenbanken abgelegt sind besser nutzen zu k{\"o}nnen, bieten sich Meta-Analysen an. In der zweiten Publikation wird eine explorative Meta-Analyse auf Arabidopsis thaliana-Datens{\"a}tzen vorgestellt. Mit der Analyse verschiedener Datens{\"a}tze, die den Einfluss von Pflanzenhormonen, Pathogenen oder verschiedenen Mutationen auf die Genexpression untersucht haben, konnten die Datens{\"a}tze anhand ihrer Genexpressionsprofile in drei große Gruppen eingeordnet werden: Experimente mit Indol-3-Essigs{\"a}ure (IAA), mit Pathogenen und andere Experimente. Gene, die charakteristisch f{\"u}r die Gruppe der IAA-Datens{\"a}tze beziehungsweise f{\"u}r die Gruppe der Pathogen-Datens{\"a}tze sind, wurden n{\"a}her betrachtet. Diese Gene hatten Funktionen, die bereits mit Pathogenbefall bzw. dem Einfluss von IAA in Verbindung gebracht wurden. Außerdem wurden Hypothesen {\"u}ber die Funktionen von bislang nicht annotierten Genen aufgestellt. In dieser Arbeit werden auch Prim{\"a}ranalysen von einzelnen Arabidopsis thaliana Genexpressions-Datens{\"a}tzen vorgestellt. In der dritten Publikation wird ein Experiment beschrieben, das durchgef{\"u}hrt wurde um herauszufinden ob Mikrowellen-Strahlung einen Einfluss auf die Genexpression einer Zellkultur hat. Dazu wurden explorative Analysemethoden angewendet. Es wurden geringe aber signifikante Ver{\"a}nderungen in einer sehr kleinen Anzahl von Genen beobachtet, die experimentell best{\"a}tigt werden konnten. Die Funktionen der regulierten Gene und eine Meta-Analyse mit {\"o}ffentlich zug{\"a}nglichen Datens{\"a}tzen einer Datenbank deuten darauf hin, dass die pflanzliche Zellkultur die Strahlung als eine Art Energiequelle {\"a}hnlich dem Licht wahrnimmt. Des weiteren wird in der vierten Publikation die funktionelle Analyse eines Arabidopsis thaliana Genexpressionsdatensatzes beschrieben. Die Analyse der Genexpressions eines pflanzlichen Tumores zeigte, dass er seinen Stoffwechsel von aerob und auxotroph auf anaerob und heterotroph umstellt. Gene der Photosynthese werden im Tumorgewebe reprimiert, Gene des Aminos{\"a}ure- und Fettstoffwechsels, der Zellwand und Transportkan{\"a}le werden so reguliert, dass Wachstum und Entwicklung des Tumors gef{\"o}rdert werden. In der f{\"u}nften Publikation in dieser Arbeit wird GEPAT (Genome Expression Pathway Analysis Tool) beschrieben. Es besteht aus einer Internet- Anwendung und einer Datenbank, die das einfache Hochladen von Datens{\"a}tzen in die Datenbank und viele M{\"o}glichkeiten der Datenanalyse und die Integration anderer Datentypen erlaubt. In den folgenden zwei Publikationen (Publikation 6 und Publikation 7) wird GEPAT auf humane Microarray-Datens{\"a}tze angewendet um Genexpressionsdaten mit weiteren Datentypen zu verkn{\"u}pfen. Genexpressionsdaten und Daten aus vergleichender Genom-Hybridisierung (CGH) von prim{\"a}ren Tumoren von 71 Mantel-Zell-Lymphom (MCL) Patienten erm{\"o}glichte die Ermittlung eines Pr{\"a}diktors, der die Vorhersage der {\"U}berlebensdauer von Patienten gegen{\"u}ber herk{\"o}mmlichen Methoden verbessert. Die Analyse der CGH Daten zeigte, dass auch diese f{\"u}r die Vorhersage der {\"U}berlebensdauer geeignet sind. F{\"u}r den Datensatz von Patienten mit großzellig diffusem B-Zell-Lymphom DLBCL konnte aus den Genexpressionsdaten ebenfalls ein neuer Pr{\"a}diktor vorgeschlagen werden. Mit den zwischen lang und kurz {\"u}berlebenden Patienten differentiell exprimierten Genen der MCL Patienten und mit den Genen, die zwischen den beiden Untergruppen von DLBCL reguliert sind, wurden Interaktionsnetzwerke gebildet. Diese zeigen, dass bei beiden Krebstypen Gene des Zellzyklus und der Proliferation zwischen Patienten mit kurzer und langer {\"U}berlebensdauer unterschiedlich reguliert sind.},
  subject      = {Microarray},
  language  = {en}
}