@phdthesis{Proettel2011,
  author    = {Pr{\"o}ttel, Anika},
  title     = {Nachweis humaner WU-Polyomavirus-DNA mittels real-time Polymerase Kettenreaktion in Nasenrachensekreten, Serum- und Stuhlproben von Kindern mit akuten respiratorischen Erkrankungen},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-71187},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2011},
  abstract  = {Das humanes WU Polyomavirus wurde im Jahr 2007 als ein neues Virus in Proben des Respirationstraktes beschrieben und geh{\"o}rt zur Familie der Polpymaviridae. Das Ziel der Arbeit war es, eine WUPyV-rea-time-PCR zu etablieren und zu evaluieren und mit dieser neuen Methode WUPyV-DNA in Nasenrachenskreten (NRS) zu detektieren und zu quantifizieren. Insgesamt wurden 1232 NRS von Patientin mit akuten respiratoischen Erkrankungen, die an der Universit{\"a}tskinderklinik W{\"u}rzburg im Zeitraum von Januar 2002 bis September 2005 und Januar 2007 bis July 2007 station{\"a}r behandelt worden waren, auf WUPyV-DNA getestet. Zus{\"a}tzlich wurden 14 Serum- und 14 Stuhlproben von Kindern mit WUPyV-DNA-pos. NRS getestet. Mit der real-time PCR wurde WUPyV-DNA in 5,2 \% der 1232 NRS detektiert. Der Viruslastmedian aller WUPyV-positiven NRS betrug 950 Kopien/m. Neben einigen sehr hohen Viruslasten (4,7 \% > E9 Kopien/ml) wurden vor allem niedirge Viruslaten (51,6 \% < 1000 Kopien/ml) mit der WUPyV-real-time PCR nachgewiesen. Es ergaben sich keine statistisch signifikanten Zusammenh{\"a}nge zwischen der Viruslast und der Koinfektionen mit anderen respiratorischen Viren, mit klinischer Diagnose, mit dem Alter der infizierten Kinder und mit dem jahreszeitlichen Auftreten. In 3 der 14 Serum und 2 der 14 Stuhlproben konnte WUPyV-DNA detektiert werden. Vir{\"a}mische Kinder hatten tendenzen zu h{\"o}hrer Viruslast im NRS.Weitere Studien sind notwendig um die pathogenetische Relevanz des WUPyV f{\"u}r den Menschen zu untersuchen. Die in dieser Arbeit etablierte real-time PCR zur WUPyV-Quantifizierung kann dabei zur Anwendung kommen.},
  subject      = {JC-Virus},
  language  = {de}
}
@phdthesis{Muhr2023,
  author    = {Muhr, Christiane},
  title     = {Optimierung eines molekularen Verfahrens zur Quantifizierung des Chim{\"a}rismus nach allogener Stammzelltransplantation},
  doi       = {10.25972/OPUS-32127},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-321277},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2023},
  abstract  = {Die molekulare Chim{\"a}rismusdiagnostik stellt einen essenziellen Teil der Therapie{\"u}berwachung nach allogener HSZT dar. In der Uniklinik W{\"u}rzburg wird hierbei mittels qPCR eines Panels von 21 Allelen eine Informativit{\"a}t von 95 \% und eine Sensitivit{\"a}t von 0,1-0,01 \% erreicht. Ziel der Arbeit war eine Optimierung dieser in unserem Labor angewandten Methode zur Chim{\"a}rismusanalyse in puncto Sensitivit{\"a}t und Informativit{\"a}t. Es wurde untersucht, ob durch Steigerung des DNA-Inputs in die qPCR eine Sensitivit{\"a}tserh{\"o}hung erzielt werden kann, ohne dass PCR-Inhibition auftritt. Dabei erwies sich ein DNA-Input von 250 ng als ideal f{\"u}r eine verl{\"a}sslichere Detektion von 0,01 \% Empf{\"a}ngerzellen. PCR-Inhibition trat nicht auf. Zur Deckung des damit einhergehendem erh{\"o}hten DNA-Bedarf wurden verschiedene Elutionsmethoden der DNA-Extraktion verglichen, wobei durch Extraktion mit dem QIAamp DNA Blood Midi-Kit und Elution mit 2 x 200 μl AE-Puffer der h{\"o}chste DNA-Ertrag gewonnen wurde. Zur Erh{\"o}hung der Informativit{\"a}t wurde die Anwendbarkeit eines Primersets f{\"u}r qPCR des SNP rs713753 evaluiert. Hierbei zeigte sich eine m{\"a}ßige Eignung: Beide Allele des SNP gemeinsam ergaben eine gute Informativit{\"a}t f{\"u}r Empf{\"a}ngerdiskriminierung von 37,5 \%. Die qPCR-Effizienzen der lokusspezifischen Referenz und des Allels C waren nahezu optimal, die des Allels T lag lediglich bei 0,87. Die Sensitivit{\"a}t der spezifischen Allele lag bei max. 0,1 \%. Sofern auch hier eine Sensitivit{\"a}tssteigerung durch Erh{\"o}hung des DNA-Inputs in die qPCR ohne Auftreten unspezifischer Amplifikation m{\"o}glich ist, w{\"a}re eine Integration der qPCR des SNP rs713753 in die Routinediagnostik denkbar. Zusammenfassend ist eine Optimierung der in unserem Labor angewandten Methode zur Chim{\"a}rismusdiagnostik hinsichtlich Sensitivit{\"a}t und Informativit{\"a}t durchaus m{\"o}glich. Eine Erh{\"o}hung des DNA-Inputs ist dabei am simpelsten umsetzbar; zur Etablierung weiterer Allele bedarf es zus{\"a}tzlicher Experimente.},
  subject      = {Real time quantitative PCR},
  language  = {de}
}
@phdthesis{Scheuermann2009,
  author    = {Scheuermann, Sabine Verena},
  title     = {Prospektive Untersuchung zur Evaluation von Risikofaktoren und Inzidenzen invasiver Pilzinfektionen, sowie der konsekutiven antimykotischen Therapie bei Hochrisikopatienten mit akuter Leuk{\"a}mie und Langzeitaplasie nach Chemotherapie unter besonderer Ber{\"u}cksichtigung der Polymerasekettenreaktion zur Verbesserung der diagnostischen Optionen},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-36601},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2009},
  abstract  = {In der H{\"a}matoonkologie nimmt die Inzidenz von Pilzinfektionen in den letzten 2 Jahrzehnten deutlich zu, wobei eine fr{\"u}hzeitige Diagnostik und ad{\"a}quate Therapie hinsichtlich einer hohen Komplikationsrate wichtig ist. Umso deutlicher wird die Notwendigkeit einer Intensivierung und Verbesserung der Diagnostik, beispielsweise durch PCR. Es soll die Wertigkeit der routinem{\"a}ssigen PCR-Untersuchung als fr{\"u}hen Indikator einer Erkrankung in einer nicht durch Studiendiagnostik verf{\"a}lschten klinischen Routine untersucht werden. Ein weiterer zentraler Punkt dieser Studie ist, ein Risikoprofil f{\"u}r neutropenische Patienten mit Chemotherapie bei Akuter Leuk{\"a}mie zu erstellen. Grundlegende Zusammenh{\"a}nge zwischen individuellen wie auch generellen Risikofaktoren und Diagnosestellung einer IPI sollen durch die Untersuchung von 62 Patienten gekl{\"a}rt werden. Die PCR-Untersuchung ist ein schnelles und sensitives Verfahren zum Nachweis von Pilz-DNS. Es werden f{\"u}r die Sensitivit{\"a}t einer PCR, hinsichtlich der Diagnosestellung einer IPI im Zeitraum der Datenerhebung, ein Wert von 59,3 \% und eine Spezifit{\"a}t von 71,4 \% ermittelt. Betrachtet man den Zeitrahmen von 14 Tagen nach Beginn der Aplasie, so kann eine h{\"o}here Sensitivit{\"a}t von 72,7 \% eruiert werden, wie auch ein hoher negativ pr{\"a}diktiver Wert von 91,7. Eine invasive Mykose bei Patienten mit mehrfach negativem PCR-Nachweis kann somit als unwahrscheinlich angesehen werden. Besonderes Augenmerk wird in der Studie auch auf das Erstellen eines Risikoprofils f{\"u}r die Patienten hinsichtlich einer invasiven Mykose gelegt. In Hinblick auf die Chemotherapie-Protokolle und -Zyklen wird ein Trend zur fr{\"u}hen Chemotherapie deutlich. Bei der {\"U}berpr{\"u}fung der epidemiologischen Verteilung f{\"u}r Deutschland kann erstmals eine signifikant unterschiedliche jahreszeitliche Verteilung an IPI nachgewiesen werden. So kommt es im Sommer signifikant seltener zu einer invasiven Mykose. Hingegen ist das Risiko der Krankheitsentstehung in den Monaten September, Oktober und November hochsignifikant gesteigert. Dieses sollte bei zuk{\"u}nftigen epidemiologischen Untersuchungen aber eventuell auch zur engmaschigen Diagnostik und Indikation prophylaktischer und empirischer Therapien ber{\"u}cksichtigt werden.},
  subject      = {Polymerase-Kettenreaktion},
  language  = {de}
}
@phdthesis{Walter2008,
  author    = {Walter, Christina},
  title     = {Quantifizierung des postmortalen RNA-Status im Gehirn mittels Real-time-PCR: Ein Beitrag zur Bestimmung der Leichenliegezeit},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-28570},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2008},
  abstract  = {Quantifizierung des postmortalen RNA-Status im Gehirn mittels Real-time-PCR: Ein Beitrag zur Bestimmung der Leichenliegezeit Der postmortale Nukleins{\"a}ureabbau verl{\"a}uft unterschiedlich: w{\"a}hrend DNA im Allgemeinen als stabil angesehen wird und erst mit Einsetzen von F{\"a}ulniserscheinungen st{\"a}rkerer Degradation unterliegt, wird RNA mit dem Sistieren der Kreislauft{\"a}tigkeit relativ rasch abgebaut. Eine Reihe von Studien hat aber gezeigt, dass RNA in bestimmten Geweben eine h{\"o}here Stabilit{\"a}t besitzt als urspr{\"u}nglich angenommen. Dies k{\"o}nnte Bedeutung f{\"u}r die molekulare Medizinforschung besitzen, die auf Genexpressionsstudien in postmortalem Gewebe angewiesen ist. Außerdem k{\"o}nnte eine Quantifizierung der RNA-Degradation z.B. durch Real-time-PCR zur Eingrenzung der Leichenliegezeit genutzt werden. In dieser Studie wurde ein quantitativer Vergleich verschiedener sog. Haushaltsgene (u.a. GAPDH, ß-Actin, FASN) in Gehirngewebe mit einer Leichenliegezeit zwischen 0 und 96 Stunden und unter alternativen Ans{\"a}tzen zur reversen Transkription (oligo-(dT)-Primer mit und ohne sog. Anker, Random Hexamer Primer) durchgef{\"u}hrt. Zun{\"a}chst erfolgten systematische Untersuchungen zur Effektivit{\"a}t der RNA-Isolierung, reversen Transkription und der PCR im Hinblick auf eine m{\"o}glichst pr{\"a}zise Quantifizierung. Es zeigte sich, dass die Resultate der Real-time-PCR ein Maß f{\"u}r die urspr{\"u}nglich in der Probe vorhandene mRNA-Menge darstellen. Weiterhin stellte sich heraus, dass eine deutliche und evtl. auch zur Liegezeitbestimmung nutzbare RNA-Degradation erst nach 24h einsetzt. Ein wesentlicher Unterschied zwischen Random- und oligo-(dT)-priming der reversen Transkription war dabei nicht festzustellen. Diese Ergebnisse belegen zum einen, dass RNA im fr{\"u}hen postmortalen Intervall relativ stabil ist und als Substrat f{\"u}r quantitative Untersuchungen dienen kann, zum anderen, dass ein zeitabh{\"a}ngiger Abbau besteht, der eine Eingrenzung der Leichenliegezeit z.B. mittels Grenzwerten in ein fr{\"u}hes und mittleres Postmortalintervall zul{\"a}sst.},
  subject      = {Quantifizierung},
  language  = {de}
}
@phdthesis{Rogausch2009,
  author    = {Rogausch, Jan Philipp},
  title     = {Systemische Zytokinexpression bei schmerzhaften und schmerzlosen Polyneuropathien},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-37522},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2009},
  abstract  = {Bislang ist ungekl{\"a}rt, warum PNPs teils schmerzhaft und teils schmerzlos verlaufen. Die in der vorliegenden Arbeit untersuchte Hypothese lautete, dass ein Ungleichgewicht zwischen pro- und anti-inflammatorischen Zytokinen der unterschiedlichen Schmerzauspr{\"a}gung zugrunde liegt.Es wurden 32 Patienten mit schmerzhafter PNP, 20 Patienten mit schmerzloser PNP und 44 Kontrollpersonen auf die Expression und Produktion ausgew{\"a}hlter pro- und anti-inflammatorischer Zytokine untersucht. Zur Messung der Schmerzhaftigkeit wurden etablierte Schmerzfrageb{\"o}gen verwendet. Zus{\"a}tzlich wurden nahezu alle Patienten mit der Allgemeinen Depressionsskala befragt. Die Diagnose, {\"A}tiologie, Dauer, klinische Manifestation der PNP sowie die Medikation der Patienten wurde auf standardisierten Erhebungsb{\"o}gen dokumentiert. Zur Messung der Zytokine wurde morgens Blut in EDTA- und Serummonovetten asserviert und entsprechend der Messmethodik weiterverarbeitet. Die relative Genexpression wurde aus Gesamt-RNA mittels reverser Transkription und quantitativer real-time PCR, die Serumproteine mittels enzyme-linked immunosorbant assay gemessen. Die Patienten mit schmerzhafter PNP hatten in der Mehrzahl Neuropathie-typische Plussymptome und mittelstarke Schmerzen, die eine starke bis sehr starke Behinderung darstellten. Die hier untersuchten Zytokinmuster bei Patienten mit schmerzhafter und schmerzloser PNP zeigten eine Verschiebung zu pro-inflammatorischen Zytokinen bei Patienten mit schmerzhafter PNP. Die Zytokinexpression der Patienten mit schmerzhafter PNP war im Vergleich zu Patienten mit schmerzloser PNP und Kontrollen bez{\"u}glich der IL-2 und TNF Expression und Produktion signifikant erh{\"o}ht. Umgekehrt lagen bei Patienten mit schmerzloser PNP die Produktion und die Expression des IL-4 im Vergleich zu Patienten mit schmerzhafter PNP und Kontrollen h{\"o}her. Die Expression des IL-10 lag bei Patienten mit schmerzloser PNP ebenfalls h{\"o}her als bei Patienten mit schmerzloser PNP und Kontrollen, unterschied sich aber auf Proteinebene nicht in den drei Gruppen. Die einleitend gestellte Hypothese, dass der schmerzhafte oder schmerzlose Verlauf einer PNP durch unterschiedliche Zytokinprofile bedingt ist, kann durch die vorliegenden Ergebnisse gest{\"u}tzt werden. In Zusammenschau mit den Daten aus der Grundlagenforschung scheint einem pro-inflammatorischen Zytokinmuster eine entscheidende Rolle an der Entstehung und Aufrechterhaltung neuropathischer Schmerzen zuzukommen. F{\"u}r TNF sind entsprechende pathophysiologische Wirkungen bekannt. Anti-inflammatorische Zytokine, wie IL-4 und IL-10 zeigten analgetische Wirkungen im Tierversuch. Die Mitwirkung des IL-2 an peripheren Opioid-Rezeptoren l{\"a}sst eine endogene periphere Analgesie vermuten. Hieraus lassen sich Folgerungen f{\"u}r zuk{\"u}nftige Diagnostik und Therapie neuropathischer Schmerzen ziehen. Durch Erkennung von Zytokin-Imbalancen w{\"a}ren schmerzhafte PNPs fr{\"u}her einer ad{\"a}quaten Therapie zuzuf{\"u}hren. Durch die Modulation von Zytokinprofilen im Rahmen schmerzhafter PNPs k{\"o}nnten sich zus{\"a}tzlich therapeutische M{\"o}glichkeiten er{\"o}ffnen.},
  subject      = {Cytokine},
  language  = {de}
}
@phdthesis{Mildenberger2017,
  author    = {Mildenberger, Michael},
  title     = {Untersuchung von im Tissue-Engineering-Verfahren hergestellten Oral-Mukosa-{\"A}quivalenten mittels RT-qPCR (reverse transcription quantitative real-time polymerase chain reaction)},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-155286},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2017},
  abstract  = {Im Rahmen dieser Arbeit wurden Fibroblasten und Keratinozyten, welche in vitro auf unterschiedlichen Scaffolds sowohl gemeinsam als auch in Monokulturen gez{\"u}chtet wurden, mittels Real-time PCR auf ihre Genaussch{\"u}ttung untersucht, um festzustellen wie sich die Unterlage auf die Genaussch{\"u}ttung auswirkt. Hierzu wurden die Proben sowohl auf die Genexpressionsmarker f{\"u}r die Basallamina Kollagen IV, Laminin 1 und 5 als auch auf die Genexpressionsmarker f{\"u}r die fr{\"u}he Differenzierung Keratin K13 und K14 untersucht. Als Referenzgen wurde β-Actin ausgew{\"a}hlt, da dieses Gen in den Vorversuchen mit zwei weiteren Referenzgenen die stabilste Expression gezeigt hatte. Die Genexpressionsanalyse zeigte, dass nur in den Kokulturen von Keratinozyten und Fibroblasten eine ausgewogene Genexpression stattfindet, da sich die Zellen darin beeinflussen und regulieren.},
  subject      = {Real time quantitative PCR},
  language  = {de}
}
@phdthesis{Strehl2008,
  author    = {Strehl, Johanna Dorothea},
  title     = {Untersuchungen zur gegen den Tumor gerichteten Immunantwort und zur Tumorneoangiogenese bei kolorektalen Lebermetastasen anhand eines Mausmodells},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-36112},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2008},
  abstract  = {Das Kolonkarzinom besitzt aufgrund seiner hohen Inzidenz und der zahlreichen M{\"o}glichkeiten, mittels moderner Therapiestrategien auf den Krankheitsverlauf Einfluss zu nehmen, eine hohe Relevanz f{\"u}r den klinischen Alltag. Etwa die H{\"a}lfte der an einem kolorektalen Karzinom erkrankten Patienten weisen Lebermetastasen auf, welche entweder bereits bei der prim{\"a}ren Diagnosestellung vorliegen oder sich im weiteren Krankheitsverlauf ausbilden. Bei der Mehrzahl der Patienten mit Lebermetastasen ist derzeit nur eine palliative Therapie m{\"o}glich. Die genaue Analyse kolorektaler Lebermetastasen ist somit unerl{\"a}sslich, um eine gezielte Entwicklung neuer, effizienter Therapiestrategien f{\"u}r dieses große Patientenkollektiv zu erm{\"o}glichen. Ziel dieser Arbeit war es, m{\"o}glichst genau Zytokinprofil, lymphozyt{\"a}res Infiltrationsmuster und Verh{\"a}ltnis von pro- zu antiangiogenetischen Faktoren im Lebermetastasengewebe {\"u}ber einen biologisch maßgeblichen Wachstumszeitraum zu charakterisieren, um zu einem besseren Verst{\"a}ndnis von Tumorimmunologie und Wachstumsverhalten kolorektaler Lebermetastasen beizutragen. Zu diesem Zweck wurde in einem Mausmodell die Ausbildung kolorektaler Lebermetastasen nach intraportaler Injektion von Tumorzellen (CT26.WT) untersucht.},
  subject      = {Real time quantitative PCR},
  language  = {de}
}