@article{WolfKlugHackenbergetal.1992,
  author    = {Wolf, Markus and Klug, J{\"o}rg and Hackenberg, Reinhard and Gessler, Manfred and Grzeschik, Karl-Heinz and Beato, Miguel and Suske, Guntram},
  title     = {Human CC10, the homologue of rabbit uteroglobin: genomic cloning, chromosomal localization and expression in endometrial cell lines},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-59206},
  year      = {1992},
  abstract  = {No abstract available},
  subject      = {Biochemie},
  language  = {en}
}
@phdthesis{Wolf2002,
  author    = {Wolf, Katarina},
  title     = {Migration of tumor cells and leukocytes in extracellular matrix : proteolytic and nonproteolytic strategies for overcoming tissue barriers},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-5670},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2002},
  abstract  = {The extracellular matrix within connective tissues represents a structural scaffold as well as a barrier for motile cells, such as invading tumor cells or passenger leukocytes. It remains unclear how different cell types utilize matrix-degrading enzymes for proteolytic migration strategies and, on the other hand, non-proteolytic strategies to overcome 3D fibrillar matrix networks. To monitor cell migration, a 3D collagen model in vitro or the mouse dermis in vivo were used, in combination with time-lapse video-, confocal- or intravital multiphoton-microscopy, and computer-assisted cell tracking. Expression of proteases, including several MMPs, ADAMs, serine proteases and cathepsins, was shown by flow cytometry, Western blot, zymography, and RT-PCR. Protease activity by migrating HT-1080 fibrosarcoma cells resulting in collagenolysis in situ and generation of tube-like matrix defects was detected by three newly developed techniques:(i) quantitative FITC-release from FITC-labelled collagen, (ii) structural alteration of the pyhsical matrix structure (macroscopically and microscopically), and (iii) the visualization of focal in situ cleavage of individual collagen fibers. The results show that highly invasive ollagenolytic cells utilized a spindle-shaped "mesenchymal" migration strategy, which involved beta1 integrindependent interaction with fibers, coclustering of beta1 integrins and matrix metalloproteinases (MMPs) at fiber bundling sites, and the proteolytic generation of a tube-like matrix-defect by MMPs and additional proteases. In contrast to tumor cells, activated T cells migrated through the collagen fiber network by flexible "amoeboid" crawling including a roundish, elliptoid shape and morphological adaptation along collagen fibers, which was independent of collagenase function and fiber degradation. Abrogation of collagenolysis in tumor cells was achieved by a cocktail of broad-spectrum protease inhibitors at non-toxic conditions blocking collagenolysis by up to 95\%. While in T cells protease inhibition induced neither morphodynamic changes nor reduced migration rates, in tumor cells a time-dependent conversion was obtained from proteolytic mesenchymal to non-proteolytic amoeboid migration in collagen lattices in vitro as well as the mouse dermis in vivo monitored by intravital microscopy. Tumor cells vigorously squeezed through matrix gaps and formed constriction rings in regions of narrow space, while the matrix structure remained intact. MMPs were excluded from fiber binding sites and beta1 integrin distribution was non-clustered linear. Besides for fibrosarcoma cells, this mesenchymal-toameboid transition (MAT) was confirmed for epithelial MDA-MB-231 breast carcinoma cells. In conclusion, cells of different origin exhibit significant diversity as well as plasticity of protease function in migration. In tumor cells, MAT could respresent a functionally important cellular and molecular escape pathway in tumor invasion and migration.},
  subject      = {Zellmigration},
  language  = {en}
}
@article{WolfKuonenDandekaretal.2015,
  author    = {Wolf, Beat and Kuonen, Pierre and Dandekar, Thomas and Atlan, David},
  title     = {DNAseq workflow in a diagnostic context and an example of a user friendly implementation},
  series = {BioMed Research International},
  journal   = {BioMed Research International},
  number    = {403497},
  doi       = {10.1155/2015/403497},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-144527},
  year      = {2015},
  abstract  = {Over recent years next generation sequencing (NGS) technologies evolved from costly tools used by very few, to a much more accessible and economically viable technology. Through this recently gained popularity, its use-cases expanded from research environments into clinical settings. But the technical know-how and infrastructure required to analyze the data remain an obstacle for a wider adoption of this technology, especially in smaller laboratories. We present GensearchNGS, a commercial DNAseq software suite distributed by Phenosystems SA. The focus of GensearchNGS is the optimal usage of already existing infrastructure, while keeping its use simple. This is achieved through the integration of existing tools in a comprehensive software environment, as well as custom algorithms developed with the restrictions of limited infrastructures in mind. This includes the possibility to connect multiple computers to speed up computing intensive parts of the analysis such as sequence alignments. We present a typical DNAseq workflow for NGS data analysis and the approach GensearchNGS takes to implement it. The presented workflow goes from raw data quality control to the final variant report. This includes features such as gene panels and the integration of online databases, like Ensembl for annotations or Cafe Variome for variant sharing.},
  language  = {en}
}
@article{WolfAkrapMargetal.2013,
  author    = {Wolf, Annette and Akrap, Nina and Marg, Berenice and Galliardt, Helena and Heiligentag, Martyna and Humpert, Fabian and Sauer, Markus and Kaltschmidt, Barbara and Kaltschmidt, Christian and Seidel, Thorsten},
  title     = {Elements of Transcriptional Machinery Are Compatible among Plants and Mammals},
  series = {PLoS ONE},
  volume    = {8},
  journal   = {PLoS ONE},
  number    = {1},
  doi       = {10.1371/journal.pone.0053737},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-131203},
  pages     = {e53737},
  year      = {2013},
  abstract  = {In the present work, the objective has been to analyse the compatibility of plant and human transcriptional machinery. The experiments revealed that nuclear import and export are conserved among plants and mammals. Further it has been shown that transactivation of a human promoter occurs by human transcription factor NF-\(\kappa\) B in plant cells, demonstrating that the transcriptional machinery is highly conserved in both kingdoms. Functionality was also seen for regulatory elements of NF-\(\kappa\) B such as its inhibitor I\(\kappa\)B isoform \(\alpha\) that negatively regulated the transactivation activity of the p50/RelA heterodimer by interaction with NF-\(\kappa\)B in plant cells. Nuclear export of RelA could be demonstrated by FRAP-measurements so that RelA shows nucleo-cytoplasmic shuttling as reported for RelA in mammalian cells. The data reveals the high level of compatibility of human transcriptional elements with the plant transcriptional machinery. Thus, Arabidopsis thaliana mesophyll protoplasts might provide a new heterologous expression system for the investigation of the human NF-\(\kappa\)B signaling pathways. The system successfully enabled the controlled manipulation of NF-\(\kappa\)B activity. We suggest the plant protoplast system as a tool for reconstitution and analyses of mammalian pathways and for direct observation of responses to e. g. pharmaceuticals. The major advantage of the system is the absence of interference with endogenous factors that affect and crosstalk with the pathway.},
  language  = {en}
}
@article{WohlwendCravenWeigeltetal.2021,
  author    = {Wohlwend, Michael R. and Craven, Dylan and Weigelt, Patrick and Seebens, Hanno and Winter, Marten and Kreft, Holger and Zurell, Damaris and Sarmento Cabral, Juliano and Essl, Franz and van Kleunen, Mark and Pergl, Jan and Pyšek, Petr and Knight, Tiffany M.},
  title     = {Anthropogenic and environmental drivers shape diversity of naturalized plants across the Pacific},
  series = {Diversity and Distributions},
  volume    = {27},
  journal   = {Diversity and Distributions},
  number    = {6},
  doi       = {10.1111/ddi.13260},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-239925},
  pages     = {1120 -- 1133},
  year      = {2021},
  abstract  = {Aim The Pacific exhibits an exceptional number of naturalized plant species, but the drivers of this high diversity and the associated compositional patterns remain largely unknown. Here, we aim to (a) improve our understanding of introduction and establishment processes and (b) evaluate whether this information is sufficient to create scientific conservation tools, such as watchlists. Location Islands in the Pacific Ocean, excluding larger islands such as New Zealand, Japan, the Philippines and Indonesia. Methods We combined information from the most up-to-date data sources to quantify naturalized plant species richness and turnover across island groups and investigate the effects of anthropogenic, biogeographic and climate drivers on these patterns. In total, we found 2,672 naturalized plant species across 481 islands and 50 island groups, with a total of 11,074 records. Results Most naturalized species were restricted to few island groups, and most island groups have a low number of naturalized species. Island groups with few naturalized species were characterized by a set of widespread naturalized species. Several plant families that contributed many naturalized species globally also did so in the Pacific, particularly Fabaceae and Poaceae. However, many families were significantly over- or under-represented in the Pacific naturalized flora compared to other regions of the world. Naturalized species richness increased primarily with increased human activity and island altitude/area, whereas similarity between island groups in temperature along with richness differences was most important for beta diversity. Main conclusions The distribution and richness of naturalized species can be explained by a small set of drivers. The Pacific region contains many naturalized plant species also naturalized in other regions in the world, but our results highlight key differences such as a stronger role of anthropogenic drivers in shaping diversity patterns. Our results establish a basis for predicting and preventing future naturalizations in a threatened biodiversity hotspot.},
  language  = {en}
}
@phdthesis{Wittmann2007,
  author    = {Wittmann, Stefanie},
  title     = {LOH- und Expressionsanalysen zur Identifikation neuer prognostischer Marker in Wilms Tumoren},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-24891},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2007},
  abstract  = {Der Wilms Tumor (WT), auch Nephroblastom genannt, z{\"a}hlt zu den im Kindesalter am h{\"a}ufigsten auftretenden malignen Tumoren und entsteht meist unilateral (90 - 95 \%) und sporadisch (98 - 99 \%). Leider sind bis heute die molekularen Ursachen, die zur Entwicklung dieser Tumoren f{\"u}hren nur unzureichend aufgekl{\"a}rt. So werden bisher nur drei Gene mit dem Auftreten von WT in Verbindung gebracht: WT1, CTNNB1 und WTx. W{\"a}hrend WT1 und CTNNB1 jeweils Mutationsraten von etwa 10 - 15 \% aufweisen, die zudem h{\"a}ufig gemeinsam vorliegen, werden f{\"u}r WTx Mutationsraten von etwa 30 \% beobachtet. Die genetischen Alterationen der anderen Tumoren sind noch immer komplett unbekannt. Ziel dieser Arbeit war aus diesem Grund die Identifikation von relevanten Regionen und Genen, die an der Entstehung bzw. dem klinischen Fortschreiten von Wilms Tumoren beteiligt sind. Zus{\"a}tzlich sollten weitere Untersuchungen zur Einsch{\"a}tzung ihres prognostischen Potenzials dienen. In einem ersten Ansatz wurden die Chromosomenbereiche 11q und 16q in einer großen Anzahl von Wilms Tumoren auf LOH (=loss of heterozygosity), d.h. den (partiellen) Verlust von genetischem Material, untersucht. In beiden F{\"a}llen wurden erh{\"o}hte LOH-Raten von etwa 20 \% beobachtet, jedoch war keine Eingrenzung der relevanten Regionen m{\"o}glich, da Allelverluste nicht stets ab einem bestimmten Marker beobachtet wurden. Ein Vergleich mit der Histologie ergab signifikante Assoziationen der Allelverluste mit anaplastischen und Mischtyp-Tumoren (nur f{\"u}r LOH 11q), wohingegen kaum LOHs in epithelialen und stromareichen Tumoren festgestellt wurden. Somit scheinen auf 11q und 16q Gene vorzuliegen, die einerseits die Differenzierung in Epithel und Stroma beg{\"u}nstigen oder andererseits ein blastemreiches und anaplastisches Erscheinungsbild verhindern. Jedoch k{\"o}nnte auch die Assoziation von bestimmten Subtypen mit LOH 11q und 16q auf eine Entstehung aus unterschiedlichen Zellen hindeuten. Weiterhin war das Auftreten von LOH, v.a. wenn jeweils der komplette Chromosomenarm betroffen war, mit einem erh{\"o}hten Rezidiv- und Sterberisiko (nur LOH 11q) verbunden. Somit konnte gezeigt werden, dass LOH-Untersuchungen auf 11q und 16q zur Identifikation von Hochrisikopatienten f{\"u}r die Entwicklung von Rezidiven bzw. erh{\"o}hter Mortalit{\"a}t eingesetzt werden k{\"o}nnen, wodurch eine individuelle Anpassung der Therapiemaßnahmen erm{\"o}glicht wird. In einem zweiten Ansatz wurden eine Reihe von bereits publizierten potenziellen Markergenen in einer großen Anzahl von Wilms Tumoren mit Hilfe der Realtime RT-PCR auf ihre Relevanz {\"u}berpr{\"u}ft. Allen diesen Genen wurde zuvor eine Funktion bei der histologischen Klassifikation der Tumoren bzw. bei der Vorhersage bestimmter klinischer Verl{\"a}ufe zugeschrieben. Die univariate Analyse diente der Beurteilung der Relevanz einzelner Gene, wohingegen die multivariate Analyse zur Bestimmung von prognostischen Genkombinationen eingesetzt wurde. Anschließend erfolgte die Validierung mittels eines zweiten und unabh{\"a}ngigen Tumorsatzes. Auch wenn viele der bereits publizierten Marker und in der ersten Analyse erhaltenen Assoziationen in einem weiteren und unabh{\"a}ngigen Tumorsatz nicht verifizierbar waren, konnten dennoch einige fr{\"u}here Ergebnisse repliziert und die Relevanz der entsprechenden Gene nachgewiesen werden. Neben der Verbindung der Repression von HEY2 und TRIM22 mit Hochrisikotumoren bzw. einer h{\"o}heren Sterbewahrscheinlichkeit fanden sich schwach signifikante Assoziationen auch f{\"u}r die verminderte Expression von TRIM22 und VEGF mit der Histologie. Ebenso waren erh{\"o}hte Level von TERT und die Repression von TRIM22 mit der Entwicklung eines Rezidivs verbunden. Vor allem aber die Korrelation der Repression von HEY2 und VEGF sowie einer {\"U}berexpression von CA9 mit Rezidiven, Tumoren hoher Malignit{\"a}t oder prim{\"a}ren Metastasen verweisen auf die Notwendigkeit, besonders die Hypoxie- und Angiogenese-Signalkaskaden in Wilms Tumoren zu untersuchen, um deren Einfluss v.a. auf das Fortschreiten und die Ausbreitung der Tumoren zu evaluieren. Auch wenn die multivariate Analyse nicht zu relevanten Genkombinationen f{\"u}hrte, konnte hier dennoch eine schwache Assoziation der verminderten Expression von TOP2A und TRIM22 mit prim{\"a}ren Metastasen oder einer erh{\"o}hten Mortalit{\"a}t, sowie der {\"U}berexpression von TERT mit der Rezidivbildung best{\"a}tigt werden. Interessanterweise stellte sich die Histologie, die derzeit das Hauptkriterium f{\"u}r die Risikoklassifikation darstellt, weder als geeigneter prognostischer Marker f{\"u}r die Beurteilung des Rezidiv- noch des Sterberisikos heraus. Somit sollten Realtime RT-PCR Analysen in Zukunft als weiterer Faktor zur Beurteilung des Rezidiv- und Sterberisikos eingesetzt werden, um eine individuelle Anpassung der Therapie zu erm{\"o}glichen. Basierend auf den Ergebnissen der Realtime RT-PCR Analyse wurde der Einfluss der Expression ausgew{\"a}hlter Gene auf Prim{\"a}rkulturen, die aus nativem Wilms Tumormaterial gewonnen wurden, untersucht. Nach der {\"U}berexpression von HEY2, EGR1, MYCN und TRIM22 wurden bei allen Zellen hohe Sterberaten beobachtet, v.a. bei HEY2 und EGR1. Leider konnte weder f{\"u}r HEY2 noch f{\"u}r EGR1 der Grund hierf{\"u}r aufgekl{\"a}rt werden, allerdings war bei EGR1 weder die Apoptose noch die Seneszenz beteiligt. Im Gegensatz hierzu wurde die Apoptose als entscheidender Mechanismus bei MYCN und v.a. TRIM22 ermittelt. Außerdem scheint bei MYCN ein großer Anteil an Zellen in die Seneszenz einzutreten. Auch wenn diese ersten Untersuchungen an Prim{\"a}rkulturen von Wilms Tumoren eindeutig die Relevanz dieser Gene f{\"u}r die Entwicklung bzw. das Fortschreiten der Tumoren best{\"a}tigten, so sind trotz alledem weitere Experimente v.a. in einer gr{\"o}ßeren Anzahl genetisch unterschiedlicher Prim{\"a}rkulturen n{\"o}tig, um das endg{\"u}ltige Potenzial dieser Gene aufzukl{\"a}ren.},
  subject      = {Nephroblastom},
  language  = {de}
}
@article{WittbrodtLammersMalitscheketal.1992,
  author    = {Wittbrodt, Joachim and Lammers, Reiner and Malitschek, Barbara and Ullrich, Axel and Schartl, Manfred},
  title     = {Xmrk receptor tyrosine kinase is activated in Xiphophorus malignant melanoma},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-61699},
  year      = {1992},
  abstract  = {Xmrk encodes a putative transmembrane glycoprotein of the tyrosine kinase family and is a melanoma-inducing gene in Xiphophorus. We attempted to investigate the biological function of the putative Xmrk receptor by characterizing its signalling properties. Since a potential Iigand for Xmrk has not yet been identified, it has been difficult to analyse the biochemical properlies and biological function of this cell surface protein. In an approach towards such analyses, the Xmrk extracellular domain was replaced by the closely related Iigand-binding domain sequences of the human epidennal growth factor receptor (HER) and the ligand-induced activity of the chimeric HER-Xmrk proteinwas examined. We show that the Xmrk protein is a functional receptor tyrosine kinase, is highly active in malignant melanoma and displays a constitutive autophosphorylation activity possibly due to an activating mutation in its extracellular or transmembrane domain. In the focus formation assay the HER-Xmrk chimera is a potent transfonning protein equivalent to other tyrosine kinase oncoproteins.},
  subject      = {Physiologische Chemie},
  language  = {en}
}
@article{WittbrodtAdamMalitscheketal.1989,
  author    = {Wittbrodt, J. and Adam, D. and Malitschek, B. and Maueler, W. and Raulf, F. and Telling, A. and Robertson, M. and Schartl, Manfred},
  title     = {Novel putative receptor tyrosine kinase encoded by the melanoma-inducing Tu locus in Xiphophorus},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-61800},
  year      = {1989},
  abstract  = {No abstract available},
  subject      = {Physiologische Chemie},
  language  = {en}
}
@phdthesis{Wistuba2000,
  author    = {Wistuba, Nicole},
  title     = {Untersuchungen zum Mechanismus des Wassertransportes in H{\"o}heren Pflanzen mit Hilfe der Druckmeßsonden- und NMR-Bildgebungstechnik},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-2471},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2000},
  abstract  = {Untersuchungen zum Wasserferntransport wurden mit Hife der Druckmeßsonden- und NMR-Bildgebungstechnik durchgef{\"u}hrt. Dabei wurden Experimente zum Einfluß der Schwerkraft auf den Wasserferntransport an einer Liane bei unterschiedlicher Orientierung der Pflanze durchgef{\"u}hrt. Der zweite Teil der Arbeit besch{\"a}ftigte sich mit der Korrelation von Flußgeschwindigkeiten und Xylemdruck in den Wasserleitungsbahnen gut gew{\"a}sserter und trockengestreßter Pflanzen. Der dritte Teil befasste sich mit der Wiederbef{\"u}llung von kavitierten oder leeren Xylemgef{\"a}ßen anhand der Auferstehungspflanze Myrothamnus flabellifolia.},
  subject      = {Samenpflanzen},
  language  = {de}
}
@article{WirthGlushakovaScheuermayeretal.2014,
  author    = {Wirth, Christine C. and Glushakova, Svetlana and Scheuermayer, Matthias and Repnik, Urska and Garg, Swatl and Schaack, Dominik and Kachman, Marika M. and Weißbach, Tim and Zimmerberg, Joshua and Dandekar, Thomas and Griffiths, Gareth and Chitnis, Chetan E. and Singh, Shallja and Fischer, Rainer and Pradel, Gabriele},
  title     = {Perforin-like protein PPLP2 permeabilizes the red blood cell membrane during egress of Plasmodium falciparum gametocytes},
  series = {Cellular Microbiology},
  volume    = {16},
  journal   = {Cellular Microbiology},
  number    = {5},
  doi       = {10.1111/cmi.12288},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-120895},
  pages     = {709-33},
  year      = {2014},
  abstract  = {Egress of malaria parasites from the host cell requires the concerted rupture of its enveloping membranes. Hence, we investigated the role of the plasmodial perforin-like protein PPLP2 in the egress of Plasmodium falciparum from erythrocytes. PPLP2 is expressed in blood stage schizonts and mature gametocytes. The protein localizes in vesicular structures, which in activated gametocytes discharge PPLP2 in a calcium-dependent manner. PPLP2 comprises a MACPF domain and recombinant PPLP2 has haemolytic activities towards erythrocytes. PPLP2-deficient [PPLP2(-)] merozoites show normal egress dynamics during the erythrocytic replication cycle, but activated PPLP2(-) gametocytes were unable to leave erythrocytes and stayed trapped within these cells. While the parasitophorous vacuole membrane ruptured normally, the activated PPLP2(-) gametocytes were unable to permeabilize the erythrocyte membrane and to release the erythrocyte cytoplasm. In consequence, transmission of PPLP2(-) parasites to the Anopheles vector was reduced. Pore-forming equinatoxin II rescued both PPLP2(-) gametocyte exflagellation and parasite transmission. The pore sealant Tetronic 90R4, on the other hand, caused trapping of activated wild-type gametocytes within the enveloping erythrocytes, thus mimicking the PPLP2(-) loss-of-function phenotype. We propose that the haemolytic activity of PPLP2 is essential for gametocyte egress due to permeabilization of the erythrocyte membrane and depletion of the erythrocyte cytoplasm.},
  language  = {en}
}
@article{WinklerWittbrodtLammersetal.1994,
  author    = {Winkler, Christoph and Wittbrodt, Joachim and Lammers, Reiner and Ullrich, Axel and Schartl, Manfred},
  title     = {Ligand-dependent tumor induction in medakafish embryos by a Xmrk receptor tyrosine kinase transgene},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-87107},
  year      = {1994},
  abstract  = {Xmrk encodes a subclass 1 receptor tyrosine kinase (RTK) which has been cloned from the melanomainducing locus Tu of the poeciliid fish Xiphophorus. To demonstrate a high oncogenic potential in vivo we transferred the gene into early embryos of the closely related medakafish. Ectopic expression of the Xmrk oncogene under the control of a strong, constitutive promoter (CMVTk) led to the induction of embryonic tumors with high incidence, after short latency periods, and with a specific pattern of affected tissues. We demonstrate ligand-dependent transformation in vivo using a chimeric receptor consisting of the extracellular and transmembrane domains of the human EGF receptor (HER) and the cytoplasmatic domain of Xmrk. Expression of the chimeric receptor alone does not lead to ldnase activation or induction of tumors. Coexpression of the chimera with its corresponding ligand, human transforming growth factor alpha (bTGF(X), however, results in the activation of the chimeric RTK. In injected fish embryos the induction of the neoplastic growth is observed with similar incidence and tissue distribution as in embryos carrying the native Xmrk oncogene suggesting that the ligand as well as factors downstream of tbe RTK are required for tumor formation. In this study we show single-step induction of tumors by ectopic expression of RTKs in vivo substantiating tbe significance of autocrine stimulation in RTK induced tumors in vertebrales.},
  subject      = {Japank{\"a}rpfling},
  language  = {en}
}
@article{WinklerVielkindSchartl1991,
  author    = {Winkler, Christoph and Vielkind, J{\"u}rgen R. and Schartl, Manfred},
  title     = {Transient expression of foreign DNA during embryonic and larval development of the medaka fish (Oryzias latipes)},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-61743},
  year      = {1991},
  abstract  = {Species of small fish are becoming useful tools for studies on vertebrate development. Wehave investigated the developing embryo of the Japanese medaka for its application as a transient expression system for the in vivo analysis of gene regulation and function. The temporaland spatial expression patterns ofbacterial chloramphenicol acetyltransferase and galactosidase reporter genes injected in supercoiled plasmid form into the cytoplasm of one cell of the two-cell stage embryo was promoter-specific. The transient expression was found to be mosaic within the tissue and organs reflecting the unequal distribution of extrachromosomal foreign DNA and the intensive cell mixing movements that occur in fish embryogenesis. The expression data are consistent with data on DNA fate. Foreign DNA persisted during embryogenesis and was still detectable in some 3- and 9-month-old adult fish; it was found in high molecular weight form as weil as in circular plasmid conformations. The DNA was replicated during early and late embryogenesis. Our data indicate that the developing medaka embryo is a powerful in vivo assay system for studies of gene regulation and function.},
  subject      = {Physiologische Chemie},
  language  = {en}
}
@article{WinklerHongWittbrodtetal.1992,
  author    = {Winkler, Christoph and Hong, Yunhan and Wittbrodt, Joachim and Schartl, Manfred},
  title     = {Analysis of heterologous and homologous promoters and enhancers in vitro and in vivo by gene transfer into Japanese medaka (Oryzias latipes) and Xiphophorus},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-86796},
  year      = {1992},
  abstract  = {Efficient expression systems are required for analysis of gene regulation and function in teleost fish. To develop such systems, a nurober of inducible or constitutive promoter and enhancer sequences of fish or higher vertebrate origin were tested for activity in a variety of fish celllines andin embryos of the Japanese medaka fish (Oryzias latipes) and Xiphophorus. The activity of the different promoterenhancer combinations were quantitated. Considerable differences were found for some constructs if tested in vitro or in vivo. From the data obtained, a set of expression vectors for basic research as weH as for aquaculture purposes were established.},
  subject      = {Schwertk{\"a}rpfling},
  language  = {en}
}
@phdthesis{Winkler2015,
  author    = {Winkler, Ann-Cathrin Nicole},
  title     = {Identification of human host cell factors involved in \(Staphylococcus\) \(aureus\) 6850 infection},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-114300},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2015},
  abstract  = {Staphylococcus aureus is both a human commensal and a pathogen. 20\%-30\% of all individuals are permanently or occasionally carriers of S. aureus without any symptoms. In contrast to this, S. aureus can cause life-threatening diseases e.g. endocarditis, osteomyelitis or sepsis. Here, the increase in antibiotic resistances makes it more and more difficult to treat these infections and hence the number of fatalities rises constantly. Since the pharmaceutical industry has no fundamentally new antibiotics in their pipeline, it is essential to better understand the interplay between S. aureus and the human host cell in order to find new, innovative treatment options. In this study, a RNA interference based whole genome pool screen was performed to identify human proteins, which play a role during S. aureus infections. Since 1,600 invasion and 2,271 cell death linked factors were enriched at least 2 fold, the big challenge was to filter out the important ones. Here, a STRING pathway analysis proved to be the best option. Subsequently, the identified hits were validated with the help of inhibitors and a second, individualised small interfering RNA-based screen. In the course of this work two important steps were identified, that are critical for host cell death: the first is bacterial invasion, the second phagosomal escape. The second step is obligatory for intracellular bacterial replication and subsequent host cell death. Invasion in turn is determining for all following events. Accordingly, the effect of the identified factors towards these two crucial steps was determined. Under screening conditions, escape was indirectly measured via intracellular replication. Three inhibitors (JNKII, Methyl-beta-cyclodeytrin, 9-Phenantrol) could be identified for the invasion process. In addition, siRNAs targeted against 16 different genes (including CAPN2, CAPN4 and PIK3CG), could significantly reduce bacterial invasion. Seven siRNAs (FPR2, CAPN4, JUN, LYN, HRAS, AKT1, ITGAM) were able to inhibit intracellular replication significantly. Further studies showed that the IP3 receptor inhibitor 2-APB, the calpain inhibitor calpeptin and the proteasome inhibitor MG-132 are able to prevent phagosomal escape and as a consequence intracellular replication and host cell death. In this context the role of calpains, calcium, the proteasome and the mitochondrial membrane potential was further investigated in cell culture. Here, an antagonistic behaviour of calpain 1 and 2 during bacterial invasion was observed. Intracellular calcium signalling plays a major role, since its inhibition protects host cells from death. Beside this, the loss of mitochondrial membrane potential is characteristic for S. aureus infection but not responsible for host cell death. The reduction of membrane potential can be significantly diminished by the inhibition of the mitochondrial Na+/Ca2+ exchanger. All together, this work shows that human host cells massively contribute to different steps in S. aureus infection rather than being simply killed by bacterial pore-forming toxins. Various individual host cell factors were identified, which contribute either to invasion or to phagosomal escape and therefore to S. aureus induced cytotoxicity. Finally, several inhibitors of S. aureus infection were identified. One of them, 2-APB, was already tested in a sepsis mouse model and reduced bacterial load of kidneys. Thus, this study shows valuable evidence for novel treatment options against S. aureus infections, based on the manipulation of host cell signalling cascades.},
  subject      = {Staphylococcus aureus},
  language  = {en}
}
@phdthesis{Winkel2009,
  author    = {Winkel, Karoline},
  title     = {Synaptonemalkomplexprotein SYCP1: Bindungspartner, Polymerisationseigenschaften und evolution{\"a}re Aspekte},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-43955},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2009},
  abstract  = {Synaptonemal Komplexe (SC) sind evolution{\"a}r konservierte, meiosespezifische, protein{\"o}se Strukturen, die maßgeblich an Synapsis, Rekombination und Segregation der homologen Chromosomen beteiligt sind. Sie zeigen eine dreigliedrige strickleiter-artige Organisation, die sich aus i) zwei Lateralelementen (LE), an die das Chromatin der Homologen angelagert ist, ii) zahlreichen Transversalfilamenten (TF), welche die LE in einer reißverschlussartigen Weise miteinander verkn{\"u}pfen, und iii) einem zentralen Element (CE) zusammensetzt. Die Hauptproteinkomponenten der S{\"a}uger-SC sind das Transversalfilamentprotein SYCP1 und die Lateralelementproteine SYCP2 und SYCP3. Wie sich die SC-Struktur zusammenf{\"u}gt war bisher nur wenig verstanden; es war nicht bekannt wie die TF innerhalb der LE-Strukturen verankert sind und dabei die homologen Chromosomen verkn{\"u}pfen. Aufgrund dessen wurde die Interaktion zwischen den Proteinen SYCP1 und SYCP2 untersucht. Mit der Hilfe verschiedenster Interaktionssysteme konnte gezeigt werden, dass der C-Terminus von SYCP1 mit SYCP2 interagieren kann. Aufgrund der Bindungsf{\"a}higkeit zu beiden Proteinen, SYCP1 und SYCP3, kann angenommen werden, dass SYCP2 als Linker zwischen diesen Proteinen fungiert und somit m{\"o}glicherweise das fehlende Bindungsglied zwischen den Lateralelementen und Transversalfilamenten darstellt. Obwohl die SC-Struktur in der Evolution hochkonserviert ist, schien dies nicht f{\"u}r seine Protein-Untereinheiten zuzutreffen. Um die Struktur und Funktion des SC besser verstehen zu k{\"o}nnen, wurde ein Vergleich zwischen den orthologen SYCP1 Proteinen der evolution{\"a}r entfernten Spezies Ratte und Medaka erstellt. Abgesehen von den erheblichen Sequenzunterschieden die sich in 450 Millionen Jahren der Evolution angeh{\"a}uft haben, traten zwei bisher nicht identifizierte Sequenzmotive hervor, CM1 und CM2, die hochgradig konserviert sind. Anhand dieser Motive konnte in Datenbankanalysen erstmals ein Protein in Hydra vulgaris nachgewiesen werden, bei dem es sich um das orthologe Protein von SYCP1 handeln k{\"o}nnte. Im Vergleich mit dem SYCP1 der Ratte zeigten die Proteine aus Medaka und Hydra, neben den hoch konservierten CM1 und CM2, vergleichbare Dom{\"a}nenorganisationen und im heterologen System zudem sehr {\"a}hnliche Polymerisationseigenschaften. Diese Ergebnisse sprechen f{\"u}r eine evolution{\"a}re Konservierung von SYCP1.},
  subject      = {Meiose},
  language  = {de}
}
@phdthesis{Willmes2013,
  author    = {Willmes, Christoph},
  title     = {Therapie kutaner Tumoren : Identifizierung molekularer Biomarker der ex vivo Chemosensitivit{\"a}t des malignen Melanoms und Evaluierung der Wirkungsweise von Interferonen und Artemisininen auf das Merkelzellkarzinom},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-83470},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2013},
  abstract  = {F{\"u}r Patienten mit malignem Melanom im Stadium der Fernmetastasierung gibt es bis heute lediglich Therapieoptionen mit sehr eingeschr{\"a}nkten Erfolgsaussichten. Diese Tatsache best{\"a}tigt die Notwendigkeit von Biomarkern zur Vorhersage des Erfolgs verschiedener Therapien. Der ATP-basierende ex vivo Chemosensitivit{\"a}tsassay hat sich als erfolgreiche Methode zur individuellen Vorhersage eines Chemotherapieerfolgs herausgestellt. Tats{\"a}chlich zeigte der Assay ein heterogenes Sensitivit{\"a}tsprofil gegen verschiedene Chemotherapeutika und ließ in getesteten Patienten ein ex vivo wirksames Chemotherapieregime identifizieren, das anschließend auch klinische Therapieerfolge bei Verwendung der Therapie mit dem besten individuellen Chemosensitivit{\"a}tsindex(BICSI) zeigte. Um diesen sehr aufwendigen Assay zuk{\"u}nftig zu umgehen, sollten in der vorliegenden Arbeit pr{\"a}diktive molekulare Biomarker der Chemosensitivit{\"a}t identifiziert werden. Hierf{\"u}r wurden im Voraus durch einen Microarray die Kandidaten Secernin 1 (SCRN1), Lysyl oxidaselike 1 (LOXL1), Thymosin beta 4 X-linked (TMSB4X), Vesicle-associated membrane protein 5 (VAMP5) und Serine protease inhibitor B1 (SERPINB1) als differentiell exprimierte Gene in chemosensitivem gegen{\"u}ber chemoresistentem Gewebe identifiziert. Die relative Expression dieser Kandidatengene wurde daraufhin in bis zu 128 verschiedenen Melanomgeweben mit dem Chemosensitivit{\"a}tsindex verschiedener Chemotherapeutika korreliert. Hierbei konnte eine signifikante Korrelation zwischen SerpinB1 mit der Chemosensitivit{\"a}t gegen{\"u}ber der Therapiekombination mit Paclitaxel und Cisplatin auf Gen- aber nicht auf Proteinebene identifiziert werden. Weiterhin konnte eine differentielle Expression ebenfalls in chemosensitiven und -resistenten Melanomzelllinien nachgewiesen werden, die allerdings im Vergleich mit dem analysierten Gewebe in gegens{\"a}tzlicher Richtung verlief. Zusammenfassend l{\"a}sst sich sagen, dass SerpinB1 ein vielversprechender Marker f{\"u}r die Chemosensitivit{\"a}t gegen{\"u}ber Paclitaxel und Cisplatin ist, dessen funktionelle Bedeutung aber unklar bleibt. Das Merkelzellkarzinom (MCC) ist ein seltener und hoch aggressiver Tumor der mit dem Merkelzellpolyomavirus (MCV) in Zusammenhang steht. Da MCC Zelllinien zur Aufrechterhaltung ihrer Viabilit{\"a}t die MCV T-Antigene ben{\"o}tigen, k{\"o}nnte der Einsatz von Interferonen (IFN) ein m{\"o}glicher therapeutischer Ansatz zur Behandlung dieser Krebserkrankung sein. In der vorliegenden Arbeit haben wir daher die Effekte von IFNs auf MCC Zelllinien, mit besonderer Ber{\"u}cksichtigung der MCV+ Linien, untersucht. IFNs vom Typ I (hier Multiferon, ein Mix verschiedener IFN α Subtypen, und IFN β) wirkten stark inhibierend auf die zellul{\"a}re Viabilit{\"a}t. Die Zellzyklusanalyse zeigte eine Erh{\"o}hung des sub-G Anteils der Zellen nach Behandlung mit IFN, was auf Apoptose als ausschlagebenden Grund schließen ließ. Diese Effekte waren f{\"u}r die Behandlung mit IFN β weniger stark ausgepr{\"a}gt. Der inhibitorische Effekt von Typ I IFNs auf MCV+ MCC Zelllinien war assoziiert mit einer verringerten Expression des viralen großen T-Antigens (LTA) und einer Erh{\"o}hung in der Expression von promyelocytic leukemia protein (PML), das daf{\"u}r bekannt ist, die Funktion des LTA st{\"o}rend zu beeinflussen. Zus{\"a}tzlich f{\"u}hrte die intratumorale Anwendung von Multiferon in vivo zu einer Regression im Wachstum von MCV+, aber nicht MCV- MCC Xenotransplantaten. Die Ergebnisse zeigen das Typ I IFNs einen starken antitumoralen Effekt haben, der zum Teil durch die Regulierung des LTA herbeigef{\"u}hrt wird. Neben diesen direkten Effekten der IFNs auf die Zellproliferation induzieren diese auch die Expression von MHC Klasse I Molek{\"u}len in MCC Zelllinien. Die Durchflusszytometrie zeigte eine Induktion der MHC Klasse I Expression in drei MHC I negativen MCC Zelllinien und eine Erh{\"o}hung der Expression, die vor der Behandlung eine geringe Menge an MHC I aufwiesen. Diese Effekte konnten auch in den in vivo Xenotransplantaten beobachtet werden. Die Ergebnisse zeigen, dass die Behandlung mit IFN sowohl direkte als auch indirekte Effekte auf das MCC hat und eine breite Anwendung in Patienten mit MCV+ und MCV- Tumoren finden kann. Neben IFNs sind auch Artemisinin und seine Derivate bekannt f{\"u}r ihre antitumoralen und antiviralen Eigenschaften. Daher haben wir den Effekt des Artemisininderivats Artesunate auf MCV+ und MCV- MCC Zelllinien getestet. Tats{\"a}chlich konnten wir auch hier einen antiproliferativen Effekt des Stoffes nachweisen, der st{\"a}rker auf MCV+ als auf MCV- Zelllinien wirkte und bei ersteren wiederum mit einer reduzierten LTA Expression einherging. Im Vergleich dazu blieben Fibroblasten von der Behandlung unbeeinflusst. Das verringerte Tumorwachstum konnte ebenfalls f{\"u}r in vivo Xenotransplantationsmodelle gezeigt werden. Auf Grundlage dieser Erkenntnis sollte eine genauere Untersuchung dieses alten Naturheilstoffes f{\"u}r die Behandlung von MCC Patienten in Betracht gezogen werden.},
  subject      = {Interferon},
  language  = {de}
}
@phdthesis{Williams2005,
  author    = {Williams, Tatjana},
  title     = {Untersuchungen zur Rolle des Phosphoproteins Stathmin in Listeria monocytogenes-infizierten S{\"a}ugerzellen und Molekulare Charakterisierung der listeriellen Zweikomponetensysteme},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-15388},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2005},
  abstract  = {Das fakultativ intrazellul{\"a}re Bakterium Listeria monocytogenes besitzt die F{\"a}higkeit, eukaryotische Wirtszellen zu penetrieren, sich in diesen zu vermehren, fortzubewegen und zwischen den Zellen auszubreiten. Im Zuge des intrazellul{\"a}ren Lebenszyklus gehen Listerien Wechselwirkungen mit ver-schiedenen zellul{\"a}ren Proteinen ein. Als eines dieser Proteine konnte das zellul{\"a}re Phosphoprotein Stathmin identifiziert werden. Dieses Protein bindet an Untereinheiten des Tubulins und destabilisiert dadurch Mikrotubuli (MT). Es wird durch Phosphorylierung von vier spezifischen Serinresten in seiner MT-destabilisierenden Aktivit{\"a}t reguliert. Da Stathmin als Antwort auf externe Signale zellul{\"a}re Funktionen, z. B. Zell-Proliferation und Differenzierung reguliert, vermutet man seine Funktion in einer Art Relais welches verschiedene Signale aus dem Umfeld der Zelle integriert. In mit L. monocytogenes infizierten Wirtszellen wird Stathmin an die Oberfl{\"a}che intrazellul{\"a}rer Bakterien rekrutiert. Inwiefern diese Rekrutierung das Phosphorylierungsmuster von Stathmin und damit dessen Aktivit{\"a}t beeinflusst, konnte im Rahmen dieser Arbeit nicht gekl{\"a}rt werden. Stathmin knock-out M{\"a}use sollten sich gut eignen, um die Rolle von Stathmin w{\"a}hrend einer Infektion mit L. monocytogenes EGD in vitro und in vivo zu untersuchen. Es stellte sich heraus, dass in Stathmin(-/-)-Makrophagen der intrazellul{\"a}re Lebenszyklus der Listerien nicht signifikant beeinflusst ist. Nach intraven{\"o}ser Verabreichung von 5x103 L. monocytogenes waren drei Tage nach der Infektion in Leber und Milz der knock-out M{\"a}use allerdings signifikant mehr Listerien nachzuweisen, als in den Organen wildtypischer M{\"a}use. Mittels Immunfluoreszenzmikroskopie und einem anti-Stathmin-Antiersum konnte an mit verschiedenen L. monocytogenes-Mutanten infizierten Zellen gezeigt werden, dass Stathmin mit der Oberfl{\"a}che intrazellul{\"a}rer Listerien kolokalisiert. Allerdings konnten dabei die Angaben in der Literatur nicht best{\"a}tigt werden, wonach f{\"u}r diese Kolokalisation die Expression von ActA notwendig ist. Die Ergebnisse dieser Arbeit sprechen im Gegensatz zu den publizierten Daten daf{\"u}r, dass Stathmin {\"u}ber einen bisher noch unbekannten Mechanismus ActA-unabh{\"a}ngig an intrazellul{\"a}re Listerien rekrutiert wird. Zweikomponentensysteme erm{\"o}glichen Bakterien eine rasche Anpassung an sich ver{\"a}ndernde Umweltbedingungen, da sie extra- und intrazellul{\"a}re Stimuli in zellul{\"a}re Signale umwandeln. Um die 16 in der Genomsequenz von L. mono-cytogenes EGDe identifizierten Zweikomponentensysteme charakterisieren zu k{\"o}nnen, wurden individuelle Mutanten konstruiert, in denen individuelle Response Regulatorgene deletiert sind. Die erhaltenen Mutanten wurden in vitro und in vivo auf ihr Wachstumsverhalten hin untersucht. Es zeigte sich, dass unter den angewandten Kultur- und Versuchsbedingungen keines der Zweikomponentensysteme eine signifikante Rolle bei der Anpassung an Temperatur, sowie an oxidativen oder osmotischen Stress spielt. Die Zugabe von 5 \% Ethanol hatte einen stark hemmenden Effekt auf das Wachstum von 4 Mutanten, wohingegen zwei andere Mutanten in Gegenwart des Alkohols deutlich besser wuchsen. Unter anaeroben Bedingungen konnte kein Unterschied im Wachstum beobachtet werden. Die Expression wichtiger Virulenzgene war in keiner der untersuchten Mutanten im Vergleich zum Ausgangsstamm ver{\"a}ndert. Die intrazellul{\"a}re Replikation sowie intrazellul{\"a}re Bewegung und Ausbreitung im Zellrasen waren durch die Deletion der Response Regulatorgene nicht beeintr{\"a}chtigt. Abgesehen von geringen Unterschieden in der Invasivit{\"a}t einiger Deletionsmutanten f{\"u}r Cos-1 und Caco-2 Zellen zeigte sich keiner der Response Regulatoren f{\"u}r den intrazellul{\"a}ren Lebenszyklus von L. monocytogenes erforderlich. Es zeigte sich, dass der in der vorliegenden Arbeit verwendete L. monocyto-genes-Wildstamm auch bei der f{\"u}r die Flagellenexpression normalerweise nicht-permissiven Temperatur von 37° C noch beweglich ist. Die L. monocytogenes \&\#916;degU-Mutante war dagegen auf Weichagar temperaturunabh{\"a}ngig unbeweglich. Die elektronenmikroskopische Analyse ergab, dass dieser Stamm im Gegensatz zum Wildtyp auch bei 24° C keine Flagellen ausbildet. Durch vergleichende Proteomanalysen konnte gezeigt werden, dass L. monocytogenes \&\#916;degU bei 24° C wesentliche Proteine des Flagellenapparates nicht synthetisiert. Mittels Transkriptomanalysen konnten die Ergebnisse der Proteomanalysen best{\"a}tigt werden. Es wurden neben Genen, die f{\"u}r Proteine der Flagellenbiosynthese und Chemotaxis codieren, noch weitere Gene identifiziert, die offensichtlich unter der transkriptionellen Kontrolle des Response Regulators DegU stehen. Die Ergebnisse der in vivo Studien zeigten, dass L. monocytogenes \&\#916;degU deutlich virulenzattenuiert ist. F{\"u}r die restlichen L. monocytogenes \&\#916;TCS-Mutanten waren im Vergleich zum Wildtyp die Unterschiede in Leber und Milz nur leicht ver{\"a}ndert und statistisch nicht signifikant.},
  subject      = {Phosphoproteine},
  language  = {de}
}
@article{WilliamsChagtaiAlcaideGermanetal.2015,
  author    = {Williams, Richard D. and Chagtai, Tasnim and Alcaide-German, Marisa and Apps, John and Wegert, Jenny and Popov, Sergey and Vujanic, Gordan and Van Tinteren, Harm and Van den Heuvel-Eibrink, Marry M and Kool, Marcel and De Kraker, Jan and Gisselsson, David and Graf, Norbert and Gessler, Manfred and Pritchard-Jones, Kathy},
  title     = {Multiple mechanisms of MYCN dysregulation in Wilms tumour},
  series = {Oncotarget},
  volume    = {6},
  journal   = {Oncotarget},
  number    = {9},
  doi       = {10.18632/oncotarget.3377},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-143471},
  pages     = {7232-7243},
  year      = {2015},
  abstract  = {Genomic gain of the proto-oncogene transcription factor gene MYCN is associated with poor prognosis in several childhood cancers. Here we present a comprehensive copy number analysis of MYCN in Wilms tumour (WT), demonstrating that gain of this gene is associated with anaplasia and with poorer relapse-free and overall survival, independent of histology. Using whole exome and gene-specific sequencing, together with methylation and expression profiling, we show that MYCN is targeted by other mechanisms, including a recurrent somatic mutation, P44L, and specific DNA hypomethylation events associated with MYCN overexpression in tumours with high risk histologies. We describe parallel evolution of genomic copy number gain and point mutation of MYCN in the contralateral tumours of a remarkable bilateral case in which independent contralateral mutations of TP53 also evolve over time. We report a second bilateral case in which MYCN gain is a germline aberration. Our results suggest a significant role for MYCN dysregulation in the molecular biology of Wilms tumour. We conclude that MYCN gain is prognostically significant, and suggest that the novel P44L somatic variant is likely to be an activating mutation.},
  language  = {en}
}
@article{WilkenKossnerSenecaletal.1993,
  author    = {Wilken, Norbert and Kossner, Ursula and Sen{\´e}cal, Jean-Luc and Scheer, Ulrich and Dabauvalle, Marie-Christine},
  title     = {Nup180, a novel nuclear pore complex protein localizing to the cytoplasmic ring and associated fibrils},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-32049},
  year      = {1993},
  abstract  = {No abstract available},
  language  = {en}
}
@phdthesis{Wilde2019,
  author    = {Wilde, Sabrina},
  title     = {Einsatz von mechanistischen Biomarkern zur Charakterisierung und Bewertung von \(in\) \(vitro\) Genotoxinen},
  doi       = {10.25972/OPUS-18278},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-182782},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2019},
  abstract  = {Die verf{\"u}gbaren in vitro Genotoxizit{\"a}tstests weisen hinsichtlich ihrer Spezifit{\"a}t und ihres Informationsgehalts zum vorliegenden Wirkmechanismus (Mode of Action, MoA) Einschr{\"a}nkungen auf. Um diese M{\"a}ngel zu {\"u}berwinden, wurden in dieser Arbeit zwei Ziele verfolgt, die zu der Entwicklung und Etablierung neuer in vitro Methoden zur Pr{\"u}fung auf Genotoxizit{\"a}t in der Arzneimittelentwicklung beitragen. 1. Etablierung und Bewertung einer neuen in vitro Genotoxizit{\"a}tsmethode (MultiFlow Methode) Die MultiFlow Methode basiert auf DNA-schadensassoziierten Proteinantworten von γH2AX (DNA-Doppelstrangbr{\"u}che), phosphorylierten H3 (S10) (mitotische Zellen), nukle{\"a}ren Protein p53 (Genotoxizit{\"a}t) und cleaved PARP1 (Apoptose) in TK6-Zellen. Insgesamt wurden 31 Modellsubstanzen mit dem MultiFlow Assay und erg{\"a}nzend mit dem etablierten Mikrokerntest (MicroFlow MNT), auf ihre F{\"a}higkeit verschiedene MoA-Gruppen (Aneugene/Klastogene/Nicht-Genotoxine) zu differenzieren, untersucht. Die Performance der „neuen" gegen{\"u}ber der „alten" Methode f{\"u}hrte zu einer verbesserten Sensitivit{\"a}t von 95\% gegen{\"u}ber 90\%, Spezifit{\"a}t von 90\% gegen{\"u}ber 72\% und einer MoA-Klassifizierungsrate von 85\% gegen{\"u}ber 45\% (Aneugen vs. Klastogen). 2. Identifizierung mechanistischer Biomarker zur Klassifizierung genotoxischer Substanzen Die Analyse 67 ausgew{\"a}hlter DNA-schadensassoziierter Gene in der QuantiGene Plex Methode zeigte, dass mehrere Gene gleichzeitig zur MoA-Klassifizierung beitragen k{\"o}nnen. Die Kombination der h{\"o}chstrangierten Marker BIK, KIF20A, TP53I3, DDB2 und OGG1 erm{\"o}glichte die beste Identifizierungsrate der Modellsubstanzen. Das synergetische Modell kategorisierte 16 von 16 Substanzen korrekt in Aneugene, Klastogene und Nicht-Genotoxine. Unter Verwendung der Leave-One-Out-Kreuzvalidierung wurde das Modell evaluiert und erreichte eine Sensitivit{\"a}t, Spezifit{\"a}t und Pr{\"a}diktivit{\"a}t von 86\%, 83\% und 85\%. Ergebnisse der traditionellen qPCR Methode zeigten, dass Genotoxizit{\"a}t mit TP53I3, Klastogenit{\"a}t mit ATR und RAD17 und oxidativer Stress mit NFE2L2 detektiert werden kann. Durch die Untersuchungen von posttranslationalen Modifikationen unter Verwendung der High-Content-Imaging-Technologie wurden mechanistische Assoziationen f{\"u}r BubR1 (S670) und pH3 (S28) mit Aneugenit{\"a}t, 53BP1 (S1778) und FANCD2 (S1404) mit Klastogenit{\"a}t, p53 (K373) mit Genotoxizit{\"a}t und Nrf2 (S40) mit oxidativem Stress identifiziert. Diese Arbeit zeigt, dass (Geno)toxine unterschiedliche Gen- und Proteinver{\"a}nderungen in TK6-Zellen induzieren, die zur Erfassung mechanistischer Aktivit{\"a}ten und Einteilung (geno)toxischer MoA-Gruppen (Aneugen/Klastogen/ Reaktive Sauerstoffspezies) eingesetzt werden k{\"o}nnen und daher eine bessere Risikobewertung von Wirkstoffkandidaten erm{\"o}glichen.},
  subject      = {Genotoxizit{\"a}t},
  language  = {de}
}