@article{SchwenderKoenigKlapperstuecketal.2014,
  author    = {Schwender, Joerg and Koenig, Christina and Klapperstueck, Matthias and Heinzel, Nicolas and Munz, Eberhard and Hebbelmann, Inga and Hay, Jordan O. and Denolf, Peter and De Bodt, Stefanie and Redestig, Henning and Caestecker, Evelyne and Jakob, Peter M. and Borisjuk, Ljudmilla and Rolletschek, Hardy},
  title     = {Transcript abundance on its own cannot be used to infer fluxes in central metabolism},
  series = {Frontiers in Plant Science},
  volume    = {5},
  journal   = {Frontiers in Plant Science},
  issn      = {1664-462X},
  doi       = {10.3389/fpls.2014.00668},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-114586},
  year      = {2014},
  abstract  = {An attempt has been made to define the extent to which metabolic flux in central plant metabolism is reflected by changes in the transcriptome and metabolome, based on an analysis of in vitro cultured immature embryos of two oilseed rape (Brassica napus) accessions which contrast for seed lipid accumulation. Metabolic flux analysis (MFA) was used to constrain a flux balance metabolic model which included 671 biochemical and transport reactions within the central metabolism. This highly confident flux information was eventually used for comparative analysis of flux vs. transcript (metabolite). Metabolite profiling succeeded in identifying 79 intermediates within the central metabolism, some of which differed quantitatively between the two accessions and displayed a significant shift corresponding to flux. An RNA-Seq based transcriptome analysis revealed a large number of genes which were differentially transcribed in the two accessions, including some enzymes/proteins active in major metabolic pathways. With a few exceptions, differential activity in the major pathways (glycolysis, TCA cycle, amino acid, and fatty acid synthesis) was not reflected in contrasting abundances of the relevant transcripts. The conclusion was that transcript abundance on its own cannot be used to infer metabolic activity/fluxes in central plant metabolism. This limitation needs to be borne in mind in evaluating transcriptome data and designing metabolic engineering experiments.},
  language  = {en}
}
@phdthesis{Bischofs2011,
  author    = {Bischofs, Sonja Julia},
  title     = {Morphologische Entwicklung und Zytokinproduktion von humanen Pr{\"a}implantationsembryonen},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-66904},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2011},
  abstract  = {In Deutschland unterliegt die Reproduktionsmedizin umfassenden gesetzlichen Regelungen. Fertilisierte Oozyten m{\"u}ssen im Pronukleus-Stadium selektiert werden, hierbei darf maximal eine Anzahl von drei Embryonen kultiviert werden. Studien der vergangenen Jahre zielten vornehmlich auf die Entwicklung eines detaillierten Scoring-Systemes (Zygoten Screening im Pronukleus Stadium), um jeweils die Embryonen mit dem gr{\"o}ßten Entwicklungspotenzial zu selektieren. 99 Patientinnen wurden inkludiert und durchliefen entweder eine IVF oder ICSI Prozedur. Die fertilisierten Oozyten wurden im Pronukleus-Stadium beurteilt. TNF alpha und LIF, beides in der Reproduktionsmedizin bekannte Zytokine, wurden in gepoolten Kulturmedien an den Tagen 3 und 5 gemessen. 865 Oozyten wurden hierbei gewonnen, 438 zeigten positive Fertilisations-Zeichen, es fand sich eine Fertilisationsrate von 62,6\%. Die Schwangerschaftsrate betrug 24,7\%. Die mittlere PN Scores zeigten sich signifikant niedriger bei nicht konzipierenden Frauen (15.8 versus 17.2). Die mittlere TNF alpha Konzentration zeigte sich sowohl an Tag 3 als auch an Tag 5 signifikant erniedrigt in schwangeren Frauen gegen{\"u}ber denen, welche nicht konzipierten (0.43pg/ml versus 0.59pg/ml). Die mittlere LIF Konzentration hingegen war signifikant erh{\"o}ht bei schwangeren Frauen (56.2pg/ml versus 22.2pg/ml an Tag 3). Zusammenfassung: Das PN-Scoring bleibt eine gute Methode zur prognostischen Einsch{\"a}tzung des weiteren Entwicklungspotenziales von Pr{\"a}implantationsembryonen. H{\"o}here Konzentrationen von LIF und niedrigere Konzentrationen von TNF alpha in Kulturmedien scheinen eine favorable Rolle in der Embryogenese zu spielen.},
  subject      = {Embryo},
  language  = {de}
}
@article{ProbstmeierBilzSchneiderSchaulies1994,
  author    = {Probstmeier, R. and Bilz, A. and Schneider-Schaulies, J{\"u}rger},
  title     = {Expression of the neural cell adhesion molecule and polysialic acid during early mouse embryogenesis},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-54921},
  year      = {1994},
  abstract  = {The expression of the neural cell adhesion molccule (N-CAM) and a 2-8 linked polysialic acid (PSA), whieh is believed to be predominantly expressed on N-CAM, was investigated during early embryonie development ofthe mouse (embryonic days 7.5 to 10.0). By immunoeytoehemistry, in tissue sections, N-CAM and PSA were not detectable at embryonie day 7.5 but were expressed in the prominent body regions such as somites, unsegmented mesoderm, developing heart, and neuroectoderm at embryonie day 8.0 N-CAM and PSA immunoreaetivities were always predominantly associated with tbe plasma membrane. No tissue could be detected which was positive for PSA but negative for N-CAM. In Western blot analysis of whole embryos, by contrast, only the lightly sialylated and PSA-negative 180 and 140 kD isoforms of N-CAM werc present at embryonie day 8.0 and strong expression of PSA-bearing, heavily sialylated N-CAM was not detectable before embryonie day 10.0. In Western blot analysis of N-CAM immunoaffinity purifled from whole embryos and digested with neuraminidase as weil as in Northern blot analysis, the 120 kD isoform of N-CAM or its eorresponding mRN A were not expressed in detectable amounts during the time period investigated.},
  subject      = {Immunologie},
  language  = {en}
}
@phdthesis{Brambrink2002,
  author    = {Brambrink, Tobias},
  title     = {Entwicklung und Evaluierung eines Verfahrens zur Genexpressionsanalyse bei individuellen pr{\"a}implantatorischen S{\"a}ugerembryonen {\"u}ber die cDNA-Array-Technologie},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-1787},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2002},
  abstract  = {Untersuchungen der Transkriptionsebene individueller pr{\"a}implantatorischer Embryonalstadien k{\"o}nnen wertvolle Informationen {\"u}ber den physiologischen Status der betrachteten Embryonen, die z.B. zur Verbesserung der Systeme zur In vitro-Produktion von Embryonen genutzt werden k{\"o}nnen, liefern. Bisher fehlte es jedoch an einer geeigneten Technologie, um eine große Anzahl von Transkripten in einzelnen Embryonen zu erfassen. Zielsetzung der vorliegenden Arbeit war es, ein Verfahren zur globalen Amplifikation embryonaler mRNA-Pr{\"a}parationen zu entwickeln, das die Analyse der Transkriptionsebene einzelner pr{\"a}implantatorischer Embryonalstadien {\"u}ber die cDNA-Array-Technologie erm{\"o}glicht. Dazu wurde die Strategie gew{\"a}hlt, zwei bereits etablierte Amplifikationsverfahren, Polymerasekettenreaktion und In vitro-Transkription, zu kombinieren, um so synergistische Effekte beider Verfahren zu nutzen. Die Evaluierung des entwickelten Verfahrens zeigte eine hohe Reproduzierbarkeit der erhaltenen Genexpressionsdaten und belegte, dass die relativen Mengenverh{\"a}ltnisse einzelner mRNA-Spezies zueinander w{\"a}hrend der globalen mRNA-Amplifikation nur unwesentlich ver{\"a}ndert wurden. Die entwickelte Methodik ist somit geeignet, komplexe Genexpressionsprofile einzelner Blastozysten zu erstellen und Unterschiede in der Expressionsst{\"a}rke einzelner Transkripte zu detektieren. Es konnte weiterhin gezeigt werden, dass es m{\"o}glich ist, {\"u}ber heterologe Hybridisierung Genexpressionsprofile boviner Blastozysten mit cDNA-Arrays, die murine Probensequenzen enthalten, reproduzierbar darzustellen. Neben der Detektion individueller Unterschiede in den Genexpressionsprofilen diverser muriner Embryonalstadien und boviner Blastozysten lag ein Schwerpunkt dieser Arbeit in der Untersuchung der Auswirkungen verschiedener in vitro-Produktionssysteme auf die embryonale Genexpression. Die erhaltenen cDNA-Array Expressionsdaten muriner Oozyten, Zweizeller und Blastozysten befanden sich dabei in {\"U}bereinstimmung mit Daten fr{\"u}herer Publikationen anderer Arbeitsgruppen. Genexpressionsprofile in vitro fertilisierter boviner Blastozysten ließen eine Beurteilung der Auswirkungen unterschiedlicher Proteinsupplemente des Kulturmediums auf die embryonale Genexpression zu. Im Rahmen dieser Arbeit wurden zum ersten Mal Genexpressionsprofile einzelner pr{\"a}implantatorischer S{\"a}ugerembryonen {\"u}ber cDNA-Array-Analyse erstellt. Die entwickelte Technologie erm{\"o}glicht es -bei Verwendung entsprechender cDNA-Array-Systeme-, eine theoretisch unbegrenzte Zahl von Transkripten in individuellen S{\"a}ugerembryonen semiquantitativ zu erfassen. Dies ist ein wichtiger Schritt hin zu einem besseren Verst{\"a}ndnis komplexer Regulationsabl{\"a}ufe w{\"a}hrend der fr{\"u}hen Embryonalentwicklung und einer besseren Beurteilung der Lebensf{\"a}higkeit und Entwicklungskompetenz in vitro produzierter Embryonen, was f{\"u}r die Verbesserung von In vitro-Produktionssystemen f{\"u}r Embryonen sowohl bei Tieren als auch beim Menschen unerl{\"a}sslich ist.},
  subject      = {Embryo},
  language  = {de}
}
@phdthesis{Hartl2003,
  author    = {Hartl, Guido},
  title     = {Deskriptive morphologische Beurteilung der Pronukleus- und Embryonalstadien bei der extrakorporalen Befruchtung},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-6431},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2003},
  abstract  = {Diese Studie im Rahmen eines IVF/ICSI Programmes besch{\"a}ftigt sich mit der detaillierten Morphologie der Vorkern- und Embyonalstadien bei der extrakorporalen Befruchtung beim Menschen. Die morphologische Beurteilung der Zygoten und Embryonen w{\"a}hrend der Eizell- und Embryokultur ist von zentraler Bedeutung f{\"u}r den Erfolg der Behandlung, da damit die Entwicklung vitaler Embryonen vorhergesagt und die Auswahl hochwertiger Embryonen f{\"u}r den Transfer erm{\"o}glicht wird. Aufgrund der derzeitigen gesetzlichen Bestimmungen ist in Deutschland nur eine Auswahl von Vorkernstadien, bei denen es noch zu keiner Verschmelzung des weiblichen und m{\"a}nnlichen Vorkerns gekommen ist, aber nicht von Embryonen gestattet. Damit kommt der extrakorporalen Befruchtung in Deutschland, im Gegensatz zur Situation in praktisch allen europ{\"a}ischen L{\"a}ndern, der Beurteilung der Vorkernstadien (Zygoten) am ersten Tag der Kultur eine entscheidende Bedeutung zu.},
  language  = {de}
}