@article{BaluapuriHofstetterDudvarskiStankovicetal.2019,
  author    = {Baluapuri, Apoorva and Hofstetter, Julia and Dudvarski Stankovic, Nevenka and Endres, Theresa and Bhandare, Pranjali and Vos, Seychelle Monique and Adhikari, Bikash and Schwarz, Jessica Denise and Narain, Ashwin and Vogt, Markus and Wang, Shuang-Yan and D{\"u}ster, Robert and Jung, Lisa Anna and Vanselow, Jens Thorsten and Wiegering, Armin and Geyer, Matthias and Maric, Hans Michael and Gallant, Peter and Walz, Susanne and Schlosser, Andreas and Cramer, Patrick and Eilers, Martin and Wolf, Elmar},
  title     = {MYC Recruits SPT5 to RNA Polymerase II to Promote Processive Transcription Elongation},
  series = {Molecular Cell},
  volume    = {74},
  journal   = {Molecular Cell},
  doi       = {10.1016/j.molcel.2019.02.031},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-221438},
  pages     = {674-687},
  year      = {2019},
  abstract  = {The MYC oncoprotein binds to promoter-proximal regions of virtually all transcribed genes and enhances RNA polymerase II (Pol II) function, but its precise mode of action is poorly understood. Using mass spectrometry of both MYC and Pol II complexes, we show here that MYC controls the assembly of Pol II with a small set of transcription elongation factors that includes SPT5, a subunit of the elongation factor DSIF. MYC directly binds SPT5, recruits SPT5 to promoters, and enables the CDK7-dependent transfer of SPT5 onto Pol II. Consistent with known functions of SPT5, MYC is required for fast and processive transcription elongation. Intriguingly, the high levels of MYC that are expressed in tumors sequester SPT5 into non-functional complexes, thereby decreasing the expression of growth-suppressive genes. Altogether, these results argue that MYC controls the productive assembly of processive Pol II elongation complexes and provide insight into how oncogenic levels of MYC permit uncontrolled cellular growth.},
  language  = {en}
}
@article{BugaiQuaresmaFriedeletal.2019,
  author    = {Bugai, Andrii and Quaresma, Alexandre J. C. and Friedel, Caroline C. and Lenasi, Tina and D{\"u}ster, Robert and Sibley, Christopher R. and Fujinaga, Koh and Kukanja, Petra and Hennig, Thomas and Blasius, Melanie and Geyer, Matthias and Ule, Jernej and D{\"o}lken, Lars and Barborič, Matjaž},
  title     = {P-TEFb Activation by RBM7 Shapes a Pro-survival Transcriptional Response to Genotoxic Stress},
  series = {Molecular Cell},
  volume    = {74},
  journal   = {Molecular Cell},
  doi       = {10.1016/j.molcel.2019.01.033},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-221726},
  pages     = {254-267},
  year      = {2019},
  abstract  = {DNA damage response (DDR) involves dramatic transcriptional alterations, the mechanisms of which remain ill defined. Here, we show that following genotoxic stress, the RNA-binding motif protein 7 (RBM7) stimulates RNA polymerase II (Pol II) transcription and promotes cell viability by activating the positive transcription elongation factor b (P-TEFb) via its release from the inhibitory 7SK small nuclear ribonucleoprotein (7SK snRNP). This is mediated by activation of p38MAPK, which triggers enhanced binding of RBM7 with core subunits of 7SK snRNP. In turn, P-TEFb relocates to chromatin to induce transcription of short units, including key DDR genes and multiple classes of non-coding RNAs. Critically, interfering with the axis of RBM7 and P-TEFb provokes cellular hypersensitivity to DNA-damage-inducing agents due to activation of apoptosis. Our work uncovers the importance of stress-dependent stimulation of Pol II pause release, which enables a pro-survival transcriptional response that is crucial for cell fate upon genotoxic insult.},
  language  = {en}
}
@article{ŽutićMatosAbiagueScharfetal.2019,
  author    = {Žutić, Igor and Matos-Abiague, Alex and Scharf, Benedikt and Dery, Hanan and Belashchenko, Kirill},
  title     = {Proximitized materials},
  series = {Materials Today},
  volume    = {22},
  journal   = {Materials Today},
  doi       = {10.1016/j.mattod.2018.05.003},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-233972},
  pages     = {85-107},
  year      = {2019},
  abstract  = {Advances in scaling down heterostructures and having an improved interface quality together with atomically thin two-dimensional materials suggest a novel approach to systematically design materials. A given material can be transformed through proximity effects whereby it acquires properties of its neighbors, for example, becoming superconducting, magnetic, topologically nontrivial, or with an enhanced spin-orbit coupling. Such proximity effects not only complement the conventional methods of designing materials by doping or functionalization but also can overcome their various limitations. In proximitized materials, it is possible to realize properties that are not present in any constituent region of the considered heterostructure. While the focus is on magnetic and spin-orbit proximity effects with their applications in spintronics, the outlined principles also provide a broader framework for employing other proximity effects to tailor materials and realize novel phenomena.},
  language  = {en}
}
@article{McCollGrollJungstetal.2018,
  author    = {McColl, Erin and Groll, J{\"u}rgen and Jungst, Tomasz and Dalton, Paul D.},
  title     = {Design and fabrication of melt electrowritten tubes using intuitive software},
  series = {Materials and Design},
  volume    = {155},
  journal   = {Materials and Design},
  doi       = {10.1016/j.matdes.2018.05.036},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-223891},
  pages     = {46-58},
  year      = {2018},
  abstract  = {This study approaches the accurate continuous direct-writing onto a cylindrical collector from a mathematical perspective, taking into account the winding angle, cylinder diameter and length required for the final 3D printed tube. Using an additive manufacturing process termed melt electrowriting (MEW), porous tubes intended for tissue engineering applications are fabricated from medical-grade poly(ε-caprolactone) (PCL), validating the mathematically-derived method. For the fabricated tubes in this study, the pore size, winding angle and printed length can all be planned in advance and manufactured as designed. The physical dimensions of the tubes matched theoretical predictions and mechanical testing performed demonstrated that variations in the tubular morphology have a direct impact on their strength. MEWTubes, the web-based application developed and described here, is a particularly useful tool for planning the complex continuous direct writing path required for MEW onto a rotating, cylindrical build surface.},
  language  = {en}
}
@article{FazziniLaminaFendtetal.2019,
  author    = {Fazzini, Federica and Lamina, Claudia and Fendt, Liane and Schultheiss, Ulla T. and Kotsis, Fruzsina and Hicks, Andrew A. and Meiselbach, Heike and Weissensteiner, Hansi and Forer, Lukas and Krane, Vera and Eckardt, Kai-Uwe and K{\"o}ttgen, Anna and Kronenberg, Florian},
  title     = {Mitochondrial DNA copy number is associated with mortality and infections in a large cohort of patients with chronic kidney disease},
  series = {Kidney International},
  volume    = {96},
  journal   = {Kidney International},
  organization    = {GCKD Investigators},
  doi       = {10.1016/j.kint.2019.04.021},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-227662},
  pages     = {480-488},
  year      = {2019},
  abstract  = {Damage of mitochondrial DNA (mtDNA) with reduction in copy number has been proposed as a biomarker for mitochondrial dysfunction and oxidative stress. Chronic kidney disease (CKD) is associated with increased mortality and risk of cardiovascular disease, but the underlying mechanisms remain incompletely understood. Here we investigated the prognostic role of mtDNA copy number for cause-specific mortality in 4812 patients from the German Chronic Kidney Disease study, an ongoing prospective observational national cohort study of patients with CKD stage G3 and A1-3 or G1-2 with overt proteinuria (A3) at enrollment. MtDNA was quantified in whole blood using a plasmid-normalized PCR-based assay. At baseline, 1235 patients had prevalent cardiovascular disease. These patients had a significantly lower mtDNA copy number than patients without cardiovascular disease (fully-adjusted model: odds ratio 1.03, 95\% confidence interval [CI] 1.01-1.05 per 10 mtDNA copies decrease). After four years of follow-up, we observed a significant inverse association between mtDNA copy number and all-cause mortality, adjusted for kidney function and cardiovascular disease risk factors (hazard ratio 1.37, 95\% CI 1.09-1.73 for quartile 1 compared to quartiles 2-4). When grouped by causes of death, estimates pointed in the same direction for all causes but in a fully-adjusted model decreased copy numbers were significantly lower only in infection-related death (hazard ratio 1.82, 95\% CI 1.08-3.08). A similar association was observed for hospitalizations due to infections in 644 patients (hazard ratio 1.19, 95\% CI 1.00-1.42 in the fully-adjusted model). Thus, our data support a role of mitochondrial dysfunction in increased cardiovascular disease and mortality risks as well as susceptibility to infections in patients with CKD.},
  language  = {en}
}
@phdthesis{Fuhl2024,
  author    = {Fuhl, Lucas},
  title     = {Photolumineszenzmikroskopie und -spektroskopie endohedraler Farbstoffe in Bornitridnanor{\"o}hren},
  doi       = {10.25972/OPUS-37115},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-371150},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2024},
  abstract  = {Im Rahmen der vorliegenden Dissertation wurde untersucht, wie die Einkapselung organischer Farbstoffmolek{\"u}le in Bornitridnanor{\"o}hren (BNNTs) die photophysikalischen Eigenschaften der Fluorophore beeinflusst. Als Farbstoffe wurden hierbei alpha-Quaterthiophen (4T), alpha-Sexithiophen (6T), alpha-Octithiophen (8T) sowie Nilrot (NR) ausgew{\"a}hlt. Die eingesetzten BNNTs besitzen einen nominellen Durchmesser von \(5 \pm 2\)nm. F{\"u}r die Charakterisierung der reinen Farbstoffe und der hybriden Systeme aus Farbstoff und Nanor{\"o}hre kam ein Laboraufbau zum Einsatz, der neben Absorptions- und Photolumineszenz (PL)-Spektroskopie auch PL-Mikroskopie erm{\"o}glicht. Zus{\"a}tzlich l{\"a}sst sich damit auch eine zeitaufgel{\"o}ste Untersuchung der PL (engl. time correlated single photon counting, TCSPC) im Ensemble und an einzelnen, separierten Nano-Objekten (mit Farbstoff gef{\"u}llte BNNTs) umsetzen. In Kapitel 5 wurden zun{\"a}chst die freien Farbstoffe in L{\"o}sung charakterisiert. Es hat sich gezeigt, dass sowohl 4T als auch NR im verwendeten L{\"o}semittel Dimethylformamid (DMF) l{\"o}slich sind, wohingegen 6T und 8T hier eine geringere L{\"o}slichkeit zeigen. Die unterschiedlichen Verl{\"a}ufe der konzentrationsabh{\"a}ngigen PL-Spektren f{\"u}r 4T und 6T in DMF lassen sich vermutlich auf diesen L{\"o}slichkeitsunterschied zur{\"u}ckf{\"u}hren. Zudem wurden Extinktionskoeffizienten f{\"u}r 4T und NR mittels konzentrationsabh{\"a}ngiger Absorptionsspektren bestimmt und es zeigte sich eine gute {\"U}bereinstimmung mit der Literatur. F{\"u}r 6T und 8T war eine Bestimmung aufgrund der geringen L{\"o}slichkeit nicht m{\"o}glich, weshalb auf Literaturwerte zur{\"u}ckgegriffen wurde oder diese extrapoliert wurden (8T). In Kapitel 6 erfolgte die detaillierte Charakterisierung der mit Oligothiophenen gef{\"u}llten BNNTs. Die Bef{\"u}llung wurde dabei im Wesentlichen nach einem von C. Allard publizierten Verfahren durchgef{\"u}hrt und auf die zus{\"a}tzlichen Fluorophore 4T, 8T und NR {\"u}bertragen. F{\"u}r Messungen mittels UV-Vis-Spektroskopie in L{\"o}sung bzw. Dispersion hat sich beim Farbstoff 6T gezeigt, dass sich das Absorptionsmaximum von 407nm (freies 6T) hin zu 506nm (6T@BNNT) verschiebt. Ursache hierf{\"u}r ist vermutlich die Bildung von J-Aggregaten im Inneren der R{\"o}hren. Die entsprechenden PL-Spektren von freiem 6T und dem Hybridsystem zeigen dabei keine signifikanten Unterschiede. F{\"u}r konzentrationsabh{\"a}ngige PL-Spektren von 6T@BNNT ergibt sich (anders als bei freiem 6T in DMF) keine {\"A}nderung des Verlaufs der Kurven, was als ein Indiz f{\"u}r eine erfolgreiche Einkapselung gedeutet werden kann. Durch Kombination von Rasterkraft- und PL-Mikroskopie konnten die Außendurchmesser von einzelnen 6T@BNNT Objekten ermittelt und in direkten Zusammenhang mit deren photophysikalischen Eigenschaften gebracht werden. Bei einer Analyse der Polarisation des Emissionslichtes von 6T@BNNT in Abh{\"a}ngigkeit des Außendurchmessers ließ sich jedoch keine klare Korrelation zwischen Struktur und Emissionscharakteristiken erkennen. Diese Beobachtung l{\"a}sst sich vermutlich dadurch erkl{\"a}ren, dass mit Hilfe der Rasterkraftmikroskopie lediglich der Außendurchmesser der (teils mehrwandigen) BNNTs bestimmt werden kann. Die entscheidende Gr{\"o}ße an dieser Stelle ist allerdings der innere Durchmesser der BNNTs, welcher die Ausrichtung und damit auch die Polarisation der Farbstoffmolek{\"u}le beeinflusst. Ein Vergleich des mittleren maximalen Polarisationsgrades der jeweiligen Hybridsysteme hat gezeigt, dass 4T@BNNT den geringsten und 6T@BNNT mit den h{\"o}chsten Wert aufweist. Dies best{\"a}tigt die Annahme, dass mit zunehmender Molek{\"u}ll{\"a}nge die Polarisation, aufgrund des h{\"o}heren Templat-Effektes der R{\"o}hre, zunimmt. 8T@BNNT liegt zwischen den beiden anderen Werten, was dieser Annahme widerspricht. Der mittlere Verkippungswinkel der eingekapselten Farbstoffmolek{\"u}le gegen{\"u}ber der R{\"o}hrenachse liegt f{\"u}r 4T@BNNT bei etwa 16° und ist damit etwas gr{\"o}ßer als derjenige von 6T@BNNT. Somit zeigt sich auch hier, dass k{\"u}rzere Molek{\"u}le mehr sterische Freiheitsgerade im Innern der R{\"o}hren besitzen. F{\"u}r 8T@BNNT liegt der Winkel bei ca. 28° und widerspricht abermals der Annahme. TCSPC-Messungen an freien Oligothiophen-Farbstoffen sowie an den hybriden Systemen zeigten, dass die Fluoreszenzlebensdauer \(\tau\) f{\"u}r 4T und 6T (jeweils in DMF) infolge der Einkapselung deutlich zunimmt wenn die Hybridsysteme ebenfalls in DMF dispergiert sind. Die ermittelten Werte f{\"u}r \(\tau\) der separierten Nanoobjekte lagen f{\"u}r 4T@BNNT und 6T@BNNT unterhalb der entsprechenden in DMF. F{\"u}r 8T bzw. 8T@BNNT ergab sich eine deutlich k{\"u}rzerer Lebensdauer der separierten Nanoobjekte im Vergleich zum freien Farbstoff in kolloidaler Suspension. Ein erster Ansatz, um den zugrundeliegende Mechanismus aufzukl{\"a}ren, bestand darin, die TCSPC-Spektren (f{\"u}r 6T in DMF und 6T@BNNT in DMF) hinsichtlich der einzelnen Zerfallskan{\"a}le zu analysieren. Die erhaltenen Ergebnisse deuteten darauf hin, dass bei freiem 6T in DMF andere Zerfallskan{\"a}le dominieren als beim Hybridsystem 6T@BNNT (in DMF). Eine Korrelation der Fluorezenslebensdauer von 6T@BNNT vom {\"a}ußeren Durchmesser der Nanor{\"o}hren zeigte keinen eindeutigen Zusammenhang. Die Charakterisierung von Nilrot bzw. NR@BNNT (analog zu den Oligothiophenen) erfolgte in Kapitel 4. Auch hier zeigte sich eine Verschiebung des PL-Spektrums des Fluorophores durch die Einkapselung in die BNNTs. Allerdings ist das PL-Spektrum des Hybridsystems (NR@BNNT) um etwa 20nm hypsochrom verschoben. Nilrot ist in der Literatur zudem als Nanosonde zur Ermittlung der Permittivit{\"a}t des L{\"o}semittels bzw. der Umgebung bekannt. Dies erlaubte eine Absch{\"a}tzung der relativen Permittiv{\"a}t im Inneren der BNNTs. Der ermittelte Wert von ca. 4 f{\"u}r ein isoliertes NR@BNNT Objekt deutet auf eine relativ unpolare Umgebung im R{\"o}hreninneren hin. Zum Vergleich dazu, liegt der Wert von freiem NR in DMF bei 47, was die relativ hohe Polarit{\"a}t von DMF best{\"a}tigt. Der ermittelte Wert f{\"u}r die mittlere maximale Polarisation lag leicht {\"u}ber dem der hybriden Systeme aus Oligothiophenen und Nanor{\"o}hren. F{\"u}r die Auslenkung der NR-Molek{\"u}le gegen{\"u}ber der R{\"o}hrenachse ergab sich ein Winkel von etwa 16°, was im Bereich der Werte von 4T@BNNT und 6T@BNNT liegt. Die Messung der zeitaufgel{\"o}sten Fluoreszenz von freiem und eingekapseltem Nilrot hat ergeben, dass auch in diesem Fall eine Verk{\"u}rzung der Lebensdauer (von 4091 ps auf 812 ps) erfolgte. Eine solche Verk{\"u}rzung der Lebensdauer von Chromophoren wird in der Literatur unter anderem mit der Bildung von J-Aggregaten in Zusammenhang gebracht.},
  subject      = {Fluoreszenzmikroskopie},
  language  = {de}
}
@phdthesis{Adolf2024,
  author    = {Adolf, Jonas Michael},
  title     = {Die Zusammenarbeit zwischen der station{\"a}ren beziehungsweise teilstation{\"a}ren psychotherapeutischen Behandlung und niedergelassenen Psychotherapeut:innen},
  doi       = {10.25972/OPUS-37109},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-371098},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2024},
  abstract  = {Das Ziel der vorliegenden Arbeit war es die aktuelle Versorgungskontinuit{\"a}t in der psychotherapeutischen Versorgung hinsichtlich der Zusammenarbeit des (teil-)station{\"a}ren und des ambulanten Sektors aus Sicht der niedergelassenen Psychotherapeut:innen zu untersuchen, diese in den wissenschaftlichen Kontext einzuordnen und - falls m{\"o}glich - erste M{\"o}glichkeiten zur Verbesserung der derzeitigen Versorgungskontinuit{\"a}t aufzuzeigen. In Zusammenarbeit mit dem Arbeitsbereich f{\"u}r Medizinische Psychologie und Psychotherapie im Zentrum f{\"u}r psychische Gesundheit des Universit{\"a}tsklinikums W{\"u}rzburg wurde hierzu ein Fragebogen entwickelt und acht ausgew{\"a}hlten psychotherapeutischen Fachgesellschaften beziehungsweise Psychotherapeutenkammern mit der Bitte um Weiterleitung an deren Mitglieder zugesandt. In der vorliegenden Studie wurden - neben einer Globalbeurteilung - im Speziellen die Teil-aspekte des Austauschs, der entsprechenden Rahmenbedingungen und die Bereitstellung des poststation{\"a}ren ambulanten Psychotherapieplatzes betrachtet. Die Studienergebnisse bilden den derzeitigen Status Quo der psychotherapeutischen Versorgungslage aus Sicht der niedergelassenen Psychotherapeut:innen ab und weisen im Zuge dessen auf einige Defizite in den untersuchten Teilaspekten hin. Die aufgestellten Nebenfragestellungen zeigen gleichsam aber auch Ansatzunkte f{\"u}r L{\"o}sungen auf. Aufgrund der besonderen Relevanz der aufgezeigten Ergebnisse, gilt es - zur Erm{\"o}glichung einer ad{\"a}quaten kontinuierlichen psychotherapeutischen Versorgung - eine weitergehende Betrach-tung der aufgezeigten Defizite vorzunehmen. F{\"u}r ein umfassendes Bild sind zudem kongruente Folgearbeiten mit dem Augenmerk auf der Sichtweise der (teil-)station{\"a}ren Behandlungseinrichtungen und der Patient:innen notwendig. Insbesondere vor dem Hintergrund der limitierten M{\"o}glichkeiten der vorliegenden Arbeit gilt es große repr{\"a}sentative und nationale Studien anzustreben. Hierzu w{\"a}re die Etablierung zentral verwalteter Register zur B{\"u}ndelung der bisherigen und zuk{\"u}nftigen Forschungsarbeiten im Bereich der Psychotherapie w{\"u}nschenswert. Vor allem vor dem Hintergrund zahlreicher Modellprojekte erscheint dies sinnvoll und k{\"o}nnte einen wichtigen Beitrag zur Optimierung der derzeitigen psychotherapeutischen Forschungs- und Versorgungslage beitragen.},
  subject      = {Psychotherapie},
  language  = {de}
}
@phdthesis{Schuhmair2024,
  author    = {Schuhmair, Leah Sophia},
  title     = {Etablierung eines in-situ-Immunfluoreszenzf{\"a}rbeverfahrens zur dreidimensionalen Darstellung und Quantifizierung der Immunzellinfiltration in experimentellen Tumoren},
  doi       = {10.25972/OPUS-37094},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-370945},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2024},
  abstract  = {Brustkrebs ist die h{\"a}ufigste diagnostizierte Krebserkrankung weltweit. Trotz der vielf{\"a}ltigen Behandlungsm{\"o}glichkeiten endet die Diagnose Brustkrebs in vielen F{\"a}llen noch immer t{\"o}dlich. Aus diesem Grund ist die Entwicklung neuer Therapieans{\"a}tze wichtig. Ein Therapieansatz, der in den letzten zehn Jahren immer mehr an Bedeutung gewonnen hat, ist die Immuntherapie. Allerdings konnte sie bei Brustkrebs noch keine großen Erfolge erzielen. Ursache hierf{\"u}r ist die geringe Immunzellinfiltration in Brusttumoren. Um Brustkrebs f{\"u}r Immuntherapie empf{\"a}nglicher zu machen, m{\"u}ssten Immuntherapeutika in Kombination mit Medikamenten angewendet werden, die die Immunzellinfiltration steigern. Um die Wirksamkeit solcher Medikamente in pr{\"a}klinischen Studien zu testen, braucht es eine Methode, mit der man die T-Zellverteilung innerhalb des Tumors darstellen kann. F{\"u}r umfassendes Verst{\"a}ndnis ist dreidimensionale Darstellung der Zellen im Tumor notwendig, da es einen großen Unterschied macht, ob sich die T-Zellen im Tumorstroma oder in unmittelbarer N{\"a}he zu den Tumorzellen befinden. Die starke Fibrotisierung der Extrazellul{\"a}ren Matrix, die typisch f{\"u}r Brusttumoren ist, erschwert nicht nur die Immunzellinfiltration, sondern auch die Diffusion der fluoreszierenden Antik{\"o}rper ins Gewebe. Im Zuge dieser Arbeit wurde eine Methode entwickelt, um im dreidimensionalen CD4 und CD8-positive T-Zellen in Brusttumoren darzustellen. Dies gelang mittels Immunfluoreszenzf{\"a}rbung und anschließender dreidimensionaler Aufnahme mithilfe optischer Sektionierung am Lichtblattmikroskop. Erreicht wurde dies durch deutliche Erh{\"o}hung der Inkubationszeiten, aggressive Permeabilisierung des Gewebes, Testen unterschiedlicher Antik{\"o}rper bzw. Antik{\"o}rperkombinationen und Entf{\"a}rbung sowie Kl{\"a}rung des Tumorgewebes. Dar{\"u}ber hinaus konnten erste Schritte in der nachtr{\"a}glichen Bearbeitung der Aufnahmen inklusive Rekonstruktion der Zellen gemacht werden. F{\"u}r die Anwendung des Verfahrens in Studien zur Medikamentenwirksamkeit ist noch weitere Optimierung notwendig.},
  subject      = {Immunfluoreszenz},
  language  = {de}
}
@phdthesis{Wanner2024,
  author    = {Wanner, Maren},
  title     = {L{\"a}ngsschnittanalyse von Stimmparametern bei gesunden S{\"a}uglingen im zweiten Lebenshalbjahr},
  doi       = {10.25972/OPUS-37096},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-370962},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2024},
  abstract  = {In der vorliegenden Arbeit wurde die Melodiestrukturentwicklung im zweiten Lebenshalbjahr, exemplarisch an zehn gesunden S{\"a}uglingen mit deutscher Umgebungssprache, untersucht. Zusammen mit den zuvor erhobenen und vorliegenden Ergebnissen der ersten sechs Lebensmonate (Kottmann, 2023) war erstmalig eine systematische L{\"a}ngsschnittanalyse {\"u}ber das gesamte erste Lebensjahr m{\"o}glich. Mithilfe des Lautanalyseprogramms CDAP wurden f{\"u}r die vorliegende Arbeit 4686 fr{\"u}hkindliche Lautaufahmen bez{\"u}glich ihres Melodiekonturverlaufs sowie ihrer auditiv und visuell wahrnehmbaren Feinstrukturmerkmale detailliert analysiert und ausgewertet. Der Datensatz spiegelt repr{\"a}sentativ das typische Lautrepertoire von S{\"a}uglingen im zweiten Lebenshalbjahr mit den hier untersuchten Komfort-Vokalisationstypen wider: {\"U}bergangslaute, marginale und kanonische Babbellaute. In {\"U}bereinstimmung mit dem von Wermke und Mende postulierten MD-Modell, das eine vokalisationstyp-{\"u}bergreifende Komplexit{\"a}tszunahme fr{\"u}hkindlicher Laut{\"a}ußerungen beschreibt, konnten erstmals die regelhaften Entwicklungsverl{\"a}ufe im zweiten Lebenshalbjahr gezeigt und ausf{\"u}hrlich benannt werden. Dabei scheint die Zunahme der Komplexit{\"a}t vor allem im Zusammenhang mit artikulatorischen Reifeprozessen zu stehen. In der Melodie selbst fiel diesbez{\"u}glich vor allem der Einbau von Segmentierungen auf. Diese innermelodischen Unterbrechungen k{\"o}nnen wiederum als Vorl{\"a}ufer linguistischer Strukturen, wie beispielsweise Silben, angesehen werden. Der {\"U}bergang von einfachen zu fortgeschritteneren Vokalisationen, bis hin zu den ersten W{\"o}rtern, ist fließend. Zuk{\"u}nftig w{\"a}re f{\"u}r weitere empirische Untersuchungen interessant, inwiefern sich der Grundfrequenzverlauf zunehmend zur suprasegmentalen Intonationskurve entwickelt, was sich bereits in den durchgef{\"u}hrten Analysen angedeutet hat. Die kontinuierlich wachsende Kontrolle des S{\"a}uglings {\"u}ber den Vokaltrakt mit zunehmend gezielter Reproduktion erlernter Lautstrukturen wird durch die Ergebnisse der vorliegenden Arbeit belegt. Sie liefert einen wichtigen Beitrag zum Verst{\"a}ndnis der Sprachentwicklung von S{\"a}uglingen und erm{\"o}glicht durch die Erkenntnisse der physiologisch ablaufenden Prozesse eine vorsprachliche Diagnostik, eine fr{\"u}hzeitige Intervention und F{\"o}rderung der Sprache. Vor allem der Beginn des Babbelns scheint hierbei eine wichtige Evaluationsgr{\"o}ße zu sein.},
  subject      = {Sprachentwicklung},
  language  = {de}
}
@phdthesis{Liu2024,
  author    = {Liu, Yang},
  title     = {Predictions for Composite Higgs Models Using Gauge/Gravity Duality},
  doi       = {10.25972/OPUS-37083},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-370833},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2024},
  abstract  = {This thesis is dedicated to construct a non-abelian holographic dynamical minimal composite Higgs model. We first build a non-abelian bottom-up AdS/YM model that can explain the QCD meson spectrum well. The model is made non-abelian by considering non-abelian DBI action in the top-down model. We then change the dual theory from the QCD to the minimal composite Higgs model U (4)/Sp(4). By adding a second explicit U (4) → Sp(4) breaking through the NJL interaction at the boundary, we managed to construct a composite Higgs phase and a technicolor phase in this model. The transition between the two phases is also realized, which is controlled by the NJL coupling. This thesis is based on the works [1, 2].},
  subject      = {Higgs-Modell},
  language  = {en}
}
@phdthesis{Mueller2024,
  author    = {M{\"u}ller, Nicole},
  title     = {Modellierung klonaler Evolution beim Multiplen Myelom},
  doi       = {10.25972/OPUS-37081},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-370818},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2024},
  abstract  = {In dieser Arbeit wurde ein modulares Zelllinienmodell zur Visualisierung klonaler Evolutionsmechanismen etabliert. Hierf{\"u}r wurden unterschiedlich fluoreszierende Proteine (LSSmKate2, EGFP, mTagBFP2) durch Anwendung eines Sleeping Beauty basierten Vektorsystems in unterschiedliche Sublinien der Myelom Zelllinie L363 eingebracht. Diese vier Sublinien beinhalten jeweils eine von drei aus prim{\"a}ren Patientenproben gewonnenen Mutationen in IKZF1 (A152T, E170D, R439H) oder den IKZF1 WT. Die Anwendung von immunmodulatorischen Medikamenten (IMiDs) f{\"u}hrt zu einer Ubiquitinierung des Transkriptionsfaktors IKZF1 durch die E3-Ubiquitin-Protein-Ligase (CRBN-CUL4). Durch Mutationen in IKZF1 kommt es zu St{\"o}rungen in diesem Prozess und damit zu einer {\"U}berexpression von IKZF1. Dies wirkt sich wachstumsf{\"o}rdert auf die Myelomzellen aus. Die Auswirkungen der einzelnen Mutationen in IKZF1 ist aufgrund dessen ein klinisch relevantes Forschungsthema. In dieser Arbeit wurden jeweils zwei Sublinien mit Zellen des IKZF1 WT und Zellen mit einer IKZF1 Mutation mit jeweils unterschiedlich fluoreszierenden Proteinen markiert. Diese wurden gemeinsam unter Behandlung mit verschiedenen Konzentrationen von Lenalidomid inkubiert. Somit konnte das Selektionsverhalten mittels Durchflusszytometrie-Auswertungen visualisiert werden. Es konnte gezeigt werden, dass die IKZF1 Mutation A152T einen deutlichen Selektionsvorteil f{\"u}r die Myelomzellen darstellt. Bei den IKZF1 Mutationen E170D und R439H konnte kein Selektionsvorteil gegen{\"u}ber dem IKZF1 WT beobachtet werden.},
  subject      = {Lenalidomid},
  language  = {de}
}
@phdthesis{Rode2024,
  author    = {Rode, Stefan},
  title     = {Automated resummation of electroweak Sudakov logarithms in diboson production},
  doi       = {10.25972/OPUS-37106},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-371060},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2024},
  abstract  = {The present thesis is concerned with the automated computation of integrated and differential cross sections of diboson production in proton-proton and electron-positron collisions at very high energies, including a resummation of electroweak Sudakov logarithms to all orders in the fine-structure constant using soft-collinear effective theory. The search for new physics at future colliders such as the FCC-hh or the CLIC requires precise predictions for scattering cross sections from the theoretical high-energy physics com- munity. Electroweak Sudakov logarithms, which currently limit the accuracy of predictions in the high-energy tails of differential distributions for LHC-like energies, are known to destroy the convergence behaviour of the fixed-order perturbative series, once sufficiently high energies are considered. To resum these large corrections, soft-collinear effective theory has been applied to simple processes, which permits analytic calculations. Within this work, we present an automated computation within a Monte Carlo integration framework, thus facilitating the computation of fully differential cross section to complicated processes. This requires the use of the Catani- Seymour subtraction algorithm to treat the occurring infrared divergences. The machinery is applied to all diboson processes with intermediate weak gauge bosons, including the photon- induced W+ W- -production channel. To this end we carefully study the validity of the necessary assumptions such as the double- pole approximation and estimate the order of magnitude of neglected effects. Especially the non-doubly-resonant contributions turn out to be sizeable in several interesting phase-space regions. For lepton collisions at 3 TeV we obtain the integrated cross sections of W-pair and Z-pair production to be shifted by more than 20\% with respect to the Born value, owing to the resum- mation of the leading-logarithmic corrections These effects are partly cancelled by subleading effects. For proton-proton collisions at √ s = 100 TeV we observe sizeable resummation effects in the high-energy tails, while the integrated cross sections are dominated by interactions, for which soft-collinear effective theory is not applicable.},
  language  = {en}
}
@phdthesis{Aljasem2024,
  author    = {Aljasem, Anwar},
  title     = {Der Einfluss des Hepatocyte growth factors auf die PD-L1-Expression in Kopf-Hals-Karzinomen: Die Bedeutung des MAPK-, AKT- und STAT3-Signalwegs},
  doi       = {10.25972/OPUS-37035},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-370358},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2024},
  abstract  = {Die zielgerichtete Therapie und die Immuncheckpoint-Inhibitoren haben die Tumortherapie revolutioniert. W{\"a}hrend erstere die Tumorzellen gezielt angreift, verhindern letztere die Hemmung des Immunsystems durch Immuncheckpoints, um eine robuste Immunantwort zu erreichen. Zus{\"a}tzlich ist das Nebenwirkungsprofil bei direktem Vergleich mit der konventionellen Chemotherapie g{\"u}nstiger. Beim HNSCC werden beide Ans{\"a}tze angewendet. Cetuximab ist ein monoklonaler Antik{\"o}rper, der sich gegen EGFR, welcher bei HNSCC {\"u}berexprimiert ist, richtet. Nivolumab und Pembrolizumab richten sich gegen das Immuncheckpoint-Protein PD-1. Nach wie vor sind die Resistenzen, sowohl die initialen als auch die erworbenen, die gr{\"o}ßte zu {\"u}berwindende Herausforderung. Aufbauend auf dem Ergebnis vorangegangener Arbeiten, die zeigen konnten, dass HGF {\"u}ber c-MET die Expression des Immuncheckpointliganden PD-L1 steigert, setzt sich diese Arbeit weiter mit den intrazellul{\"a}ren nachgeschalteten Signalwegen nach c-MET Aktivierung auseinander. Dies ist von besonderem Interesse, weil diese Signalwege ebenfalls f{\"u}r die Resistenzentwicklung verantwortlich sein k{\"o}nnen, zeitgleich k{\"o}nnen diese im Rahmen der zielgerichteten Therapie gezielt inhibiert werden. Um den HGF-Einfluss auf die intrazellul{\"a}ren Signalwege zu pr{\"u}fen, wurden vier etablierte HNSCC-Zelllinien herangezogen. Im ersten Teil der Arbeit wurden die 4 HNSCC-abgeleitete Zelllinien mit HGF stimuliert und mittels Western Blot der PD-L1-Anstieg und die Phosphorylierungs{\"a}nderung der Schl{\"u}sselproteine der einzelnen Signalwege nachgewiesen. Daraus ergab sich, dass HGF die MAPK- und PIK3/AKT-Signalwege aktiviert. W{\"a}hrend eine kombinierte Blockade des MAPK-Signalwegs den PD-L1-Anstieg vollst{\"a}ndig verhindern konnte, hemmte die PIK3/AKT-Blockade den PD-L1-Anstieg nur partiell. Im zweiten Teil wurde mit siRNA der haupts{\"a}chlich f{\"u}r den PD-L1-Anstieg zust{\"a}ndige MAPK-Signalweg unterbunden, was mittels quantitativer PCR auf der mRNA-Ebene nachgewiesen werden konnte. Mittels Western Blot konnte entsprechend gezeigt werden, dass der PD-L1-Anstieg trotz HGF-Stimulation bei nicht funktionsf{\"a}higem MAPK-Signalweg eingeschr{\"a}nkt war. Weiter wurde der Effekt mit dem Medikament Trametinib, das im Rahmen der zielgerichteten Therapie bei malignem Melanom und NSCLC f{\"u}r die MAPK-Signalweg-Hemmung zugelassen ist, evaluiert. Sowohl im Western Blot als auch in der Durchflusszytometrie konnte best{\"a}tigt werden, dass Trametinib den HGF-induzierten Anstieg von PD-L1 signifikant blockiert. Dar{\"u}ber hinaus konnte im Rahmen der Western Blot-Versuche gezeigt werden, dass die Signalwege und die PD-L1-Expression in den Zelllinien unterschiedlich aktiv bzw. hoch waren. Unter den vier Zelllinien zeigte die FaDu-Zelllinie eine erh{\"o}hte PI3K/AKT-Aktivit{\"a}t, Detroit562 und SCC9 eine erh{\"o}hte MAPK-Aktivit{\"a}t. Die PD-L1- Expression war in der SCC9-Zelllinie am h{\"o}chsten. Die Arbeit zeigt eine einheitliche Reaktion der HNSCC-Zelllinien auf den Wachstumsfaktor HGF, welcher im Tumormilieu von HNSCC oft in hoher Konzentration vorhanden ist. Neben dem EGFR-Antik{\"o}rper (Cetuximab) kann eine kombinierte Hemmung entweder von c-MET oder von den nachgeschalteten Signalwegen MAPK und PI3K/AKT bei Resistenzen, Progression oder Unvertr{\"a}glichkeiten eine M{\"o}glichkeit f{\"u}r eine wirksamere Therapie von HNSCC darstellen. Ein Screening der Signalwege und deren Aktivierungsmechanismen k{\"o}nnte bei Resistenzen oder bei einem Rezidiv/Progress dazu beitragen, gezielt die alternative Aktivierung zu hemmen und m{\"o}glicherweise die Wirksamkeit einer Immuncheckpointblockade zu verbessern.},
  subject      = {Hepatozyten-Wachstumsfaktor},
  language  = {de}
}
@phdthesis{Lechermeier2024,
  author    = {Lechermeier, Carina},
  title     = {Neuroanatomical and functional evaluation of ADHD candidate genes in the model organism zebrafish (\(Danio\) \(rerio\))},
  doi       = {10.25972/OPUS-37108},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-371084},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2024},
  abstract  = {Attention deficit hyperactivity disorder (ADHD) is one of the most prevalent developmental disorders, affecting 5.9\% children and adolescents and 2.5\% adults worldwide. The core characteristics are age-inappropriate levels of hyperactivity, impulsivity and inattention, often accompanied by co-morbidities such as mood and conduct disorders as wells as learning deficits. In the majority of cases, ADHD is caused by an interplay of accumulated genetic and environmental risk factors. Twin studies report a very high heritability of 70-80\%, however, common genetic variants in the population only explain a third of the heritability. The rest of the genetic predisposition is composed of rare copy number variations (CNVs) and gene x environment interactions including epigenetic alterations. Through genome wide association (GWAS) and linkage studies a number of likely candidate genes were identified. A handful of them play a role in dopamine or noradrenaline neurotransmitter systems, simultaneously those systems are the main targets of common drug treatment approaches. However, for the majority of candidates the biological function in relation to ADHD is unknown. It is crucial to identify those functions in order to gain a deeper understanding of the pathomechanism and genetic networks potentially responsible for the disorder. This work focuses on the three candidate genes GFOD1, SLC2A3 and LBX1 and their role in the healthy organism as well as in case of ADHD. The neuroanatomy was regarded through expression analysis and various behavioural assays of activity were performed to link alterations on the transcript level to phenotypes associated with the neurodevelopmental disorder. Zebrafish orthologues of the human risk genes were identified and extensive temporal and spacial expression characterisation performed via RNA in situ hybridisation. Through morpholino derived knock-down and mRNA overexpression zebrafish models with subsequent behavioural analysis, both hyper- and hypoactive phenotypes were discovered. Additional expression analysis through double in situ hybridisation revealed a co-localisation during zebrafish neurodevelopment of each gfod1 and slc2a3a together with gad1b, a marker for GABAergic neurons. Interestingly, both risk genes have previously been associated with glucose homeostasis and energy metabolism, which when disrupted could lead to alterations in signal transduction and neuron survival. Likewise, Lbx1 plays a pivotal role in GABAergic versus glutamatergic neuron specification during spinal cord and hindbrain development in mice and chicken. Preliminary results of this work suggest a similar role in zebrafish. Taken together, those findings on the one hand represent a sturdy basis to con- tinue studies of the function of the genes and on the other hand open up the opportunity to investigate novel aspects of ADHD research by exploring the role of the GABAergic neurotransmitter system or the connection between energy metabolism and psychiatric disorders.},
  subject      = {Aufmerksamkeitsdefizit-Syndrom},
  language  = {en}
}
@article{ZhangYeGburecketal.2018,
  author    = {Zhang, Zishuai and Ye, Siyu and Gbureck, Uwe and Barralet, Jake E. and Merle, G{\´e}raldine},
  title     = {Cavitation Mediated 3D Microstructured Architectures from Nanocarbon},
  series = {Advanced Functional Materials},
  volume    = {28},
  journal   = {Advanced Functional Materials},
  doi       = {10.1002/adfm.201706832},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-233926},
  year      = {2018},
  abstract  = {Here, the formation of high surface area microscale assemblies of nanocarbon through phosphate and ultrasound cavitation treatment is reported. Despite high conductivity and large surface area, potential health and safety concerns limit the use of nanocarbon and add challenges to handling. Previously, it is shown that phosphate ultrasonic bonding is ineffective for organic materials but in this study, it is found that by a preliminary oxidizing treatment, several carbons can be readily assembled from xerogels. Assembling nanocarbon into microparticles can usually require a binder or surfactants, which can reduce surface area or conductivity and generate a low microsphere yield. Carbon nanotube microspheres are nitrogen-doped and flower-like nanostructured Pt deposited on their surface, and finally showcased as efficient cathode electrocatalysts for the oxygen reduction reaction (half-wave potential 0.78 V vs reversible hydrogen electrode) and methanol oxidation (417 mA mg-1). In particular, no significant degradation of the catalysts is detected after 12 000 cycles (26.6 h). These results indicate the potential of this multimaterial assembly method and open a new way to improve handling of nanoscale materials.},
  language  = {en}
}
@article{McMasterHoefnerHrynevichetal.2019,
  author    = {McMaster, Rebecca and Hoefner, Christiane and Hrynevich, Andrei and Blum, Carina and Wiesner, Miriam and Wittmann, Katharina and Dargaville, Tim R. and Bauer-Kreisel, Petra and Groll, J{\"u}rgen and Dalton, Paul D. and Blunk, Torsten},
  title     = {Tailored Melt Electrowritten Scaffolds for the Generation of Sheet-Like Tissue Constructs from Multicellular Spheroids},
  series = {Advanced Healthcare Materials},
  volume    = {8},
  journal   = {Advanced Healthcare Materials},
  doi       = {10.1002/adhm.201801326},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-223921},
  year      = {2019},
  abstract  = {Melt electrowriting (MEW) is an additive manufacturing technology that is recently used to fabricate voluminous scaffolds for biomedical applications. In this study, MEW is adapted for the seeding of multicellular spheroids, which permits the easy handling as a single sheet-like tissue-scaffold construct. Spheroids are made from adipose-derived stromal cells (ASCs). Poly(ε-caprolactone) is processed via MEW into scaffolds with box-structured pores, readily tailorable to spheroid size, using 13-15 µm diameter fibers. Two 7-8 µm diameter "catching fibers" near the bottom of the scaffold are threaded through each pore (360 and 380 µm) to prevent loss of spheroids during seeding. Cell viability remains high during the two week culture period, while the differentiation of ASCs into the adipogenic lineage is induced. Subsequent sectioning and staining of the spheroid-scaffold construct can be readily performed and accumulated lipid droplets are observed, while upregulation of molecular markers associated with successful differentiation is demonstrated. Tailoring MEW scaffolds with pores allows the simultaneous seeding of high numbers of spheroids at a time into a construct that can be handled in culture and may be readily transferred to other sites for use as implants or tissue models.},
  language  = {en}
}
@article{SelcukTokluBeykanetal.2018,
  author    = {Selcuk, Nalan Alan and Toklu, Turkay and Beykan, Seval and Karaaslan, Serife Ipek},
  title     = {Evaluation of the dosimetry approaches in ablation treatment of thyroid cancer},
  series = {Journal of Applied Clinical Medical Physics},
  volume    = {19},
  journal   = {Journal of Applied Clinical Medical Physics},
  doi       = {10.1002/acm2.12350},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-235882},
  pages     = {134-140},
  year      = {2018},
  abstract  = {In this study, we aimed to evaluate dosimetric approaches in ablation treatment of Differentiated Thyroid Carcinoma (DTC) without interrupting the clinical routine. Prior to therapy, 10.7 MBq 131I in average was orally given to 24 patients suffering from DTC. MIRD formalism was used for dosimetric calculations. For blood and bone marrow dosimetry, blood samples and whole-body counts were collected at 2, 24, 72, and 120 h after I-131 administration. For remnant tissue dosimetry, uptake measurements were performed at the same time intervals. To estimate the remnant volume, anterior and lateral planar gamma camera images were acquired with a reference source within the field of view at 24 h after I-131 administration. Ultrasound imaging was also performed. Treatment activities determined with the fixed activity method were administered to the patients. Secondary cancer risk relative to applied therapy was evaluated for dosimetric approaches. The average dose to blood and bone marrow were determined as 0.15 ± 0.04 and 0.11 ± 0.04 Gy/GBq, respectively. The average remnant tissue dose was 0.58 ± 0.52 Gy/MBq and the corresponding required activity to ablate the remnant was approximately 1.3 GBq of 131I. A strong correlation between 24th-hour uptake and time-integrated activity coefficient values was obtained. Compared to fixed activity method, approximately five times higher secondary cancer risk was determined in bone marrow dosimetry, while the risk was about three times lower in lesion-based dosimetry.},
  language  = {en}
}
@article{GoettlichKunzZappetal.2018,
  author    = {G{\"o}ttlich, Claudia and Kunz, Meik and Zapp, Cornelia and Nietzer, Sarah L. and Walles, Heike and Dandekar, Thomas and Dandekar, Gudrun},
  title     = {A combined tissue-engineered/in silico signature tool patient stratification in lung cancer},
  series = {Molecular Oncology},
  volume    = {12},
  journal   = {Molecular Oncology},
  doi       = {10.1002/1878-0261.12323},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-233137},
  pages     = {1264-1285},
  year      = {2018},
  abstract  = {Patient-tailored therapy based on tumor drivers is promising for lung cancer treatment. For this, we combined in vitro tissue models with in silico analyses. Using individual cell lines with specific mutations, we demonstrate a generic and rapid stratification pipeline for targeted tumor therapy. We improve in vitro models of tissue conditions by a biological matrix-based three-dimensional (3D) tissue culture that allows in vitro drug testing: It correctly shows a strong drug response upon gefitinib (Gef) treatment in a cell line harboring an EGFR-activating mutation (HCC827), but no clear drug response upon treatment with the HSP90 inhibitor 17AAG in two cell lines with KRAS mutations (H441, A549). In contrast, 2D testing implies wrongly KRAS as a biomarker for HSP90 inhibitor treatment, although this fails in clinical studies. Signaling analysis by phospho-arrays showed similar effects of EGFR inhibition by Gef in HCC827 cells, under both 2D and 3D conditions. Western blot analysis confirmed that for 3D conditions, HSP90 inhibitor treatment implies different p53 regulation and decreased MET inhibition in HCC827 and H441 cells. Using in vitro data (western, phospho-kinase array, proliferation, and apoptosis), we generated cell line-specific in silico topologies and condition-specific (2D, 3D) simulations of signaling correctly mirroring in vitro treatment responses. Networks predict drug targets considering key interactions and individual cell line mutations using the Human Protein Reference Database and the COSMIC database. A signature of potential biomarkers and matching drugs improve stratification and treatment in KRAS-mutated tumors. In silico screening and dynamic simulation of drug actions resulted in individual therapeutic suggestions, that is, targeting HIF1A in H441 and LKB1 in A549 cells. In conclusion, our in vitro tumor tissue model combined with an in silico tool improves drug effect prediction and patient stratification. Our tool is used in our comprehensive cancer center and is made now publicly available for targeted therapy decisions.},
  language  = {en}
}
@article{StromeckiTatariCoudiereMorrisonetal.2018,
  author    = {Stromecki, Margaret and Tatari, Nazanin and Coudi{\`e}re Morrison, Ludivine and Kaur, Ravinder and Zagozewski, Jamie and Palidwor, Gareth and Ramaswamy, Vijay and Skowron, Patryk and W{\"o}lfl, Matthias and Milde, Till and Del Bigio, Marc R. and Taylor, Michael D. and Werbowetski-Ogilvie, Tamra E.},
  title     = {Characterization of a novel OTX2-driven stem cell program in Group 3 and Group 4 medulloblastoma},
  series = {Molecular Oncology},
  volume    = {12},
  journal   = {Molecular Oncology},
  doi       = {10.1002/1878-0261.12177},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-240089},
  pages     = {495-513},
  year      = {2018},
  abstract  = {Medulloblastoma (MB) is the most common malignant primary pediatric brain cancer. Among the most aggressive subtypes, Group 3 and Group 4 originate from stem/progenitor cells, frequently metastasize, and often display the worst prognosis, yet we know the least about the molecular mechanisms driving their progression. Here, we show that the transcription factor orthodenticle homeobox 2 (OTX2) promotes self-renewal while inhibiting differentiation in vitro and increases tumor initiation from MB stem/progenitor cells in vivo. To determine how OTX2 contributes to these processes, we employed complementary bioinformatic approaches to characterize the OTX2 regulatory network and identified novel relationships between OTX2 and genes associated with neuronal differentiation and axon guidance signaling in Group 3 and Group 4 MB stem/progenitor cells. In particular, OTX2 levels were negatively correlated with semaphorin (SEMA) signaling, as expression of 9 SEMA pathway genes is upregulated following OTX2 knockdown with some being potential direct OTX2 targets. Importantly, this negative correlation was also observed in patient samples, with lower expression of SEMA4D associated with poor outcome specifically in Group 4 tumors. Functional proof-of-principle studies demonstrated that increased levels of select SEMA pathway genes are associated with decreased self-renewal and growth in vitro and in vivo and that RHO signaling, known to mediate the effects of SEMA genes, is contributing to the OTX2 KD phenotype. Our study provides mechanistic insight into the networks controlled by OTX2 in MB stem/progenitor cells and reveals novel roles for axon guidance genes and their downstream effectors as putative tumor suppressors in MB.},
  language  = {en}
}
@article{StoreyStaplinHaynesetal.2018,
  author    = {Storey, Benjamin C. and Staplin, Natalie and Haynes, Richard and Reith, Christina and Emberson, Jonathan and Herrington, William G. and Wheeler, David C. and Walker, Robert and Fellstr{\"o}m, Bengt and Wanner, Christoph and Landray, Martin J. and Baigent, Colin},
  title     = {Lowering LDL cholesterol reduces cardiovascular risk independently of presence of inflammation},
  series = {Kidney International},
  volume    = {93},
  journal   = {Kidney International},
  organization    = {The SHARP Collaborative Group},
  doi       = {10.1016/j.kint.2017.09.011},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-240067},
  pages     = {1000-1007},
  year      = {2018},
  abstract  = {Markers of inflammation, including plasma C-reactive protein (CRP), are associated with an increased risk of cardiovascular disease, and it has been suggested that this association is causal. However, the relationship between inflammation and cardiovascular disease has not been extensively studied in patients with chronic kidney disease. To evaluate this, we used data from the Study of Heart and Renal Protection (SHARP) to assess associations between circulating CRP and LDL cholesterol levels and the risk of vascular and non-vascular outcomes. Major vascular events were defined as nonfatal myocardial infarction, cardiac death, stroke or arterial revascularization, with an expanded outcome of vascular events of any type. Higher baseline CRP was associated with an increased risk of major vascular events (hazard ratio per 3x increase 1.28; 95\% confidence interval 1.19-1.38). Higher baseline LDL cholesterol was also associated with an increased risk of major vascular events (hazard ratio per 0.6 mmol/L higher LDL cholesterol; 1.14, 1.06-1.22). Higher baseline CRP was associated with an increased risk of a range of non-vascular events (1.16, 1.12-1.21), but there was a weak inverse association between baseline LDL cholesterol and non-vascular events (0.96, 0.92-0.99). The efficacy of lowering LDL cholesterol with simvastatin/ezetimibe on major vascular events, in the randomized comparison, was similar irrespective of CRP concentration at baseline. Thus, decisions to offer statin-based therapy to patients with chronic kidney disease should continue to be guided by their absolute risk of atherosclerotic events. Estimation of such risk may include plasma biomarkers of inflammation, but there is no evidence that the relative beneficial effects of reducing LDL cholesterol depends on plasma CRP concentration.},
  language  = {en}
}