@phdthesis{Maeurer2006,
  author    = {M{\"a}urer, Andr{\´e} Germar Paul},
  title     = {Analysis of the Chlamydophila pneumoniae and host transcriptome in the acute and iron depletion-mediated persistent infection},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-21415},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2006},
  abstract  = {The obligate intracellular gram-negative bacterium, Chlamydophila pneumoniae (Cpn), has a significant impact as an acute and chronic disease-causing pathogen. Its potential to undergo persistent infections has been linked to chronic diseases. Several in vitro cell culture models are used to study persistent conditions, mainly IFN_ stimulation, treatment with antibiotics and iron depletion. Little is known about changes in the Cpn transcriptome during the acute and persistent infection. Therefore, the Cpn transcriptome during its acute developmental cycle and iron depletion-mediated persistence was examined in this study. Based on expression profiles, genes with similar expression changes formed 12 clusters using the self-organizing map algorithm. While other studies define genes based on their onset of transcription, here the important feature for clustering was the expression profile. This turned out to be more appropriate for comparing the time specific relevance of a certain cluster of genes to their proposed functions in the cycle. The Cpn clusters were grouped into the 'Early', 'Mid' and 'Late' classes as described for Ctr. Additionally, a new gene expression class containing genes with steadily increasing expression at the end of the developmental cycle was defined and termed 'Tardy' class. Comparison of the Cpn clusters to published proteomics data showed that genes encoding elementary body (EB) proteins peaked in the 'Late' gene cluster. This indicated that genes of the 'Late' and 'Tardy' class have different roles in RB to EB re-differentiation. Moreover, using lexical comparison the EB mRNA profile was significantly linked to the 'Tardy' cluster class. This provided evidence that initial translation in the cycle might be directed from stable transcripts present in the infectious EB form. Based on these criteria the novel 'Tardy' class was separated from the 'Late' class. The gene ontologies were used to identify specific pathways and physiological functions active during the different phases of development. Additionally, the transcriptome of Cpn in the persistent stage was compared to that of the acute developmental cycle. The Cpn transcriptome was altered in the iron-depletion mediated persistence. Genes upregulated were linked to clusters at the beginning of the developmental cycle, and genes down-regulated were linked to clusters at the end of the developmental cycle. These data provided strong evidence that the Cpn transcriptome during persistence is a gene expression arrest in mid-development. In early acute infection convergently or divergently oriented gene pairs preferentially had an antagonistic expression profile, whereas tandemly oriented gene pairs showed a correlated expression profile. This suggests that the Cpn genome is organized mainly in tandemly arranged operons and in convergently or divergently oriented genes with favored antagonistic profiles. The microarray studies done with the Cpn strain CWL029 also showed expression signals for several genes annotated only for the Cpn strains AR39 and J138. BLAST comparison verified that these genes are also coded in the CWL029 genome. Several of these genes were convergently arranged with their neighboring gene and shared overlapping genome information. Among these were parB, involved in DNA segregation and rpsD, an alternative sigma factor responsible for the transcription at late stages of the developmental cycle. Both genes have been described to have major roles in the chlamydial cycle. These genes had an antagonistic expression profile at the beginning of the acute developmental cycle and in persistence, as described before to be predominant for convergently oriented genes. Real time RT-PCR analysis showed that full-length rpsD mRNA transcripts were down-regulated, whereas short-length rpsD mRNA transcripts were up-regulated during the persistent infection. This demonstrated that the rpsD promoter is activated during the persistent infection and that because of the collision of the RNA polymerases full length transcripts were down-regulated. This sigma factor-independent mechanism is known as 'Transcriptional Interference'. This is the first description on how the alternative sigma factor rpsD might be down-regulated during persistent infections. Finally, the host cell transcriptome was analyzed in the acute and persistent infection mediated by the depletion of iron. Cpn infection triggered the upregulation of relB, involved in an alternative NF-KB signaling pathway. Several genes coding for cell cycle proteins were triggered, including cyclin G2 and cyclin D1 and inhibitors of CDK4. Taken together, this work provides insights into the modulation of the pathogen and the host transcriptome during the acute infection and the iron mediated persistent infection.},
  subject      = {Chlamydia pneumoniae},
  language  = {en}
}
@phdthesis{Kordsmeyer2020,
  author    = {Kordsmeyer, Maren},
  title     = {Pr{\"a}valenz und prognostischer Einfluss von An{\"a}mie, Niereninsuffizienz und Eisenmangel bei Herzinsuffizienz},
  doi       = {10.25972/OPUS-21051},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-210516},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2020},
  abstract  = {An{\"a}mie (A), Niereninsuffizienz (RI) und Eisenmangel (ID) sind h{\"a}ufige Komorbidit{\"a}ten der Herzinsuffizienz. Zum ersten Mal wurden in dieser Analyse die Pr{\"a}valenz sowie der Einfluss auf Mortalit{\"a}t aller drei Komorbidit{\"a}ten einzeln sowie koinzident in einer Population aus akut dekompensierten Herzinsuffizienzpatienten untersucht. Ebenso fehlten in der Literatur bisher Studien {\"u}ber die Pr{\"a}valenz und den Einfluss auf die Mortalit{\"a}t von An{\"a}mie und Niereninsuffizienz abh{\"a}ngig von den vier AHA/ACC-Stadien bzw. von den verschiedenen Herzinsuffizienztypen HFrEF, HFpEF und dem hinsichtlich Herzinsuffizienz bisher asymptomatischen AHA/ACC-Stadium A/B. A, RI und ID sind h{\"a}ufig und treten bei {\"U}berlebenden nach Hospitalisierung mit akut dekompensierter HFrEF oft zusammen auf. Patienten mit A und RI mit oder ohne ID haben das h{\"o}chste Risiko f{\"u}r Mortalit{\"a}t. Die Definition und prognostische Rolle des ID nach akuter kardialer Dekompensation erfordert weitere Forschungsbem{\"u}hungen. Die Pr{\"a}valenz von A und insbesondere von RI ist bereits in den aymptomatischen AHA / ACC-Stadien A und B hoch und nimmt mit dem Schweregrad der Herzinsuffizienz zu. Sowohl A als auch RI haben einen individuellen und kumulativen prognostischen Einfluss {\"u}ber das gesamte AHA / ACC-Spektrum. A und RI waren bei allen Herzinsuffizienztypen h{\"a}ufig. Mehr als 20\% der asymptomatischen AHA / ACC-Patienten im Stadium A und B hatten bereits RI. A und RI zeigten einen negativen individuellen und kumulativen prognostischen Einfluss bei allen Herzinsuffizienztypen, einschließlich der asymptomatischen Patienten (bei HFpEF gab es nur einen Trend, h{\"o}chstwahrscheinlich aufgrund der geringeren Patientenzahl). Bei Bestehen von A, RI oder ID ist eine sorgf{\"a}ltige Ursachenforschung indiziert im Rahmen eines ganzheitlichen Managements der Herzinsuffizienz mit dem Ziel, die Prognose der Herzinsuffizienz zu verbessern.},
  subject      = {Herzinsuffizienz},
  language  = {de}
}
@phdthesis{Jung2023,
  author    = {Jung, Constanze},
  title     = {Pr{\"a}valenz, Charakteristika und prognostischer Einfluss von An{\"a}mie, Niereninsuffizienz und Eisenmangel w{\"a}hrend der Index-Hospitalisierung nach akut dekompensierter Herzinsuffizienz und 1 Jahr nach Entlassung},
  doi       = {10.25972/OPUS-31376},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-313762},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2023},
  abstract  = {An{\"a}mie (A), Niereninsuffizienz (NI) und Eisenmangel (EM) sind h{\"a}ufige Komorbidit{\"a}ten bei akuter Herzinsuffizienz (AHF) in Folge derer sich die Langzeitprognose verschlechtert. Ihr Einfluss auf Verlauf und Dauer der Index-Hospitalisierung waren bisher nicht systematisch untersucht. Ziele der vorliegenden Arbeit waren deshalb, die H{\"a}ufigkeiten von A, NI und EM bei Aufnahme und Entlassung zu beschreiben, ihren Einfluss auf den Krankheitsverlauf, die Dauer des station{\"a}ren Aufenthaltes und die 1-Jahresprognose zu untersuchen sowie die Zusammenh{\"a}nge der Ver{\"a}nderungen des Eisenstatus mit Ver{\"a}nderungen der Herzinsuffizienzschwere und der Inflammation zu {\"u}berpr{\"u}fen. Von 399 Patienten wiesen bei Aufnahme 57\% A, 74\% NI und 65\% EM auf. 93\% hatten mindestens 1 Komorbidit{\"a}t und etwa 1/3 alle 3. Das Vorliegen der Komorbidit{\"a}ten erh{\"o}hte die Rate der intrahospitalen Zustandsverschlechterungen und verl{\"a}ngerte die Dauer des station{\"a}ren Aufenthalts individuell und additiv. Hb, eGFR und TSAT, nicht jedoch Ferritin waren mit dem 1-Jahres-Outcome (Tod oder Hospitalisierung) assoziiert. W{\"a}hrend der Index-Hospitalisierung ver{\"a}nderten sich die Pr{\"a}valenzraten von A und NI nicht, die H{\"a}ufigkeit von EM nahm jedoch ab. Eine Ver{\"a}nderung des Ferritins korrelierte mit hsCRP und Leukozytenzahl, nicht jedoch mit Ver{\"a}nderungen des NT-proBNPs. Unsere Daten zeigten, dass A, NI und EM bei Aufnahme h{\"a}ufig sind. Nur der EM nahm gem{\"a}ß {\"u}blicher Definition ab. A, NI und EM wirkten sich individuell und additiv negativ auf den Krankheitsverlauf, die Dauer der Hospitalisierung und die 1-Jahresprognose aus. Nicht-kardiale Komorbidit{\"a}ten spielen damit f{\"u}r Krankheitsverlauf und Prognose der Herzinsuffizienz eine zentrale Rolle und m{\"u}ssen ad{\"a}quat diagnostiziert und bei der Prognoseabsch{\"a}tzung ber{\"u}cksichtigt werden. Zudem ist die Definition des EM auf Basis von Ferritin bei AHF wegen des Zusammenhangs zwischen dem Akut-Phase Protein Ferritin und systemischer Inflammation kritisch zu hinterfragen.},
  subject      = {Eisenmangel},
  language  = {de}
}