@phdthesis{Breunig2018,
  author    = {Breunig, Lukas},
  title     = {Optimierung und Validierung einer qualitativen PCR-Minipool-Strategie zum kombinierten Nachweis von virologischem Therapieversagen und antiretroviralen Medikamentenresistenzen bei HIV-1 positiven Patienten im s{\"u}dlichen Afrika},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-172359},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2018},
  abstract  = {Hintergrund: Die weltweit h{\"o}chsten HIV-Pr{\"a}valenzen finden sich im s{\"u}dlichen Afrika. In den letzten Jahren gelang in dieser Region die massive Ausweitung der Verf{\"u}gbarkeit antiretroviraler Medikamente - ein großer Erfolg im Kampf gegen HIV und AIDS. Doch nur durch regelm{\"a}ßiges Viruslastmonitoring k{\"o}nnen die Therapieerfolge nachhaltig gesichert werden. In vielen L{\"a}ndern des s{\"u}dlichen Afrikas ist die Verf{\"u}gbarkeit von Viruslasttests noch unzureichend. Gr{\"u}nde daf{\"u}r sind die hohen Kosten und die Komplexit{\"a}t kommerzieller Testsysteme. Als Alternative f{\"u}r ressourcenknappe Regionen wurde eine qualitative PCR-Minipool-Strategie zum kombinierten Nachweis von virologischem Versagen und Medikamentenresistenzen vorgeschlagen. In dieser Arbeit sollte diese Methode an die Gegebenheiten des s{\"u}dlichen Afrikas adaptiert und im Rahmen einer Studie validiert werden. Methoden: Die qualitative PCR wurde zun{\"a}chst f{\"u}r HIV-1 Subtyp C optimiert. Daf{\"u}r wurden Primer designt und in eine Nested-PCR integriert. Das Detektionslimit der optimierten Methode wurde bestimmt, um den HIV-1 RNA-Eintrag in die RT-PCR so abstimmen zu k{\"o}nnen, dass trotz der qualitativen Natur der PCR eine Unterscheidung zwischen hoch- und niedrigpositiven Proben m{\"o}glich war. Im Rahmen einer Studie an 50 s{\"u}dafrikanischen Patientenproben wurde die qualitative PCR-Minipool-Strategie mit der Referenzmethode verglichen. An einigen positiv getesteten Proben wurde eine genotypische Resistenztestung durchgef{\"u}hrt. Ergebnisse: Das Detektionslimit der Nested-PCR betrug 20 RNA-Kopien. Daraus wurde der optimale RNA-Eintrag in die RT-PCR abgeleitet. 50 Patientenproben wurden in 10 Minipools {\`a} 5 Proben getestet, anschließend erfolgte die Dekonvolution der 7 positiven Pools. Die qualitative PCR-Minipool-Strategie detektierte 10 der 11 Patientenproben mit einer Viruslast {\"u}ber 1.000 Kopien/ml. Die {\"U}bereinstimmung mit der Referenzmethode betrug 98 \%, die diagnostische Sensitivit{\"a}t f{\"u}r die Detektion von Therapieversagern betrug 91 \%, der negative pr{\"a}diktive Wert 98 \%. Die Spezifit{\"a}t und der positive pr{\"a}diktive Wert betrugen jeweils 100 \%. Durch die Minipool-Methode konnten 10 \% der Tests eingespart werden. Vier positiv getestete Patientenproben wurden der genotypischen Resistenztestung zugef{\"u}hrt. Alle wurden erfolgreich sequenziert und resistenzassoziierte Mutationen wurden identifiziert. Schlussfolgerung: Die konsequente Virussuppression verbessert die Gesundheit der Patienten unter ART und ist eine Schl{\"u}sselmaßnahme auf dem Weg zur Beendigung der HIV-Pandemie. Viele L{\"a}nder des s{\"u}dlichen Afrikas verf{\"u}gen jedoch noch nicht {\"u}ber angepasste Technologien zum Monitoring der Viruslast. Die in dieser Arbeit optimierte Methode zeigte bei der qualitativen Viruslastbestimmung von 50 s{\"u}dafrikanischen Patientenproben eine hervorragende {\"U}bereinstimmung mit der Referenzmethode. Durch die Kombination mit einer genotypischen Resistenztestung bietet sie dar{\"u}ber hinaus wichtige Informationen {\"u}ber die {\"A}tiologie des Therapieversagens. Dem behandelnden Arzt hilft das bei der Entscheidung {\"u}ber die Notwendigkeit einer Therapieumstellung. Durch ihr anpassungsf{\"a}higes und simples Testdesign ist die qualitative PCR-Minipool-Strategie f{\"u}r die Anwendung in ressourcenknappen Regionen des s{\"u}dlichen Afrikas geeignet.},
  subject      = {HIV-Infektion},
  language  = {de}
}
@phdthesis{Paulmann2019,
  author    = {Paulmann, Susanne},
  title     = {Pooling nach der Matrix-Methode zur Kostenreduktion von HIV-1 RNA Viruslasttestung in ressourcenarmen L{\"a}ndern am Beispiel von S{\"u}dafrika},
  doi       = {10.25972/OPUS-18819},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-188191},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2019},
  abstract  = {Hintergrund: Um eine optimale Einstellung einer HIV-Therapie gew{\"a}hrleisten zu k{\"o}nnen, sind die regelm{\"a}ßige Kontrolle der Viruslast und der CD4-Zellzahl notwendig. Die hohen Kosten, die das Monitoring der Viruslast bei einer steigenden Anzahl von Patienten, die eine HIV-Therapie erhalten, hervorruft, sind jedoch f{\"u}r viele L{\"a}nder nicht zu bew{\"a}ltigen. Pooling-Strategien konnten bei einem festgesetzten und klinisch sinnvollen Viruslast-Grenzwert die Kosten des Monitorings effizient reduzieren. Dies galt jedoch bei einer niedrigen Rate an Patienten, die {\"u}ber dem Viruslast-Grenzwert lagen. In {\"a}rmeren L{\"a}ndern ist die HIV-Infektionsrate oft besonders hoch und die Rate an Patienten mit hohen Viruslasten erscheint h{\"o}her. Methoden: Es wurden Informationen von Testanforderungsb{\"o}gen ausgewertet, um Selektionskriterien zu finden, die die Wahrscheinlichkeit erh{\"o}hten, eventuelle Therapieversager zu erkennen. Anschließend wurde Blutplasma von 300 Patientenproben, die die gefundenen Selektionskriterien erf{\"u}llten, in drei 10x10 Matrices gepoolt. Zur Auswertung der Pools wurde ein bereits vorher entwickelter Algorithmus verwendet. Ergebnisse: Als Selektionskriterien wurden gefunden, dass nur Patienten, die mindestens 16 Jahre alt waren und eine auf einem nicht-nukleosidischen Reverse-Transkriptase-Inhibitor beruhende Therapie erhielten (first-line Therapie), f{\"u}r das Pooling geeignet waren. Die Rate an Patienten mit einer Viruslast von mindestens 1.000 HIV-1 RNA Kopien pro Milliliter unter den 300 Patientenproben betrug 11,0\%. Durch die Anwendung der Matrix-Pooling-Methode konnten insgesamt 41\% der Tests eingespart werden, was in einer durchschnittlichen Kostenreduktion von 1.640 US\$ pro 100 Patientenproben resultierte. Dabei lag der negative pr{\"a}diktive Wert bei 98\% und der positive pr{\"a}diktive Wert bei 100\% bei einer Sensitivit{\"a}t von 81\% und einer Spezifit{\"a}t von 100\%. Diskussion: Pooling-Methoden sind eine M{\"o}glichkeit, bei den bisher zur Verf{\"u}gung stehenden kommerziell angebotenen Viruslasttestungen Kosten einzusparen und somit die Viruslasttestung in L{\"a}ndern zu erm{\"o}glichen, die bisher die Kosten daf{\"u}r nicht tragen konnten.},
  language  = {de}
}