@phdthesis{Dostal2001,
  author    = {Dostal, Stefan},
  title     = {Molekulare Differenzierung von Mykobakterien},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-3348},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2001},
  abstract  = {Die Differenzierung von Mykobakterien auf Speziesebene mithilfe von herk{\"o}mmlichen biochemischen Testverfahren ist langwierig, was zu signifikanten Verz{\"o}gerungen in der Diagnostik f{\"u}hrt. Molekulare Identifizierung hingegen weist, verglichen mit der ph{\"a}notypischen Identifizierung, zwei entscheidende Vorteile auf: es kommt dabei zu einem Geschwindigkeitszuwachs und zu einer h{\"o}heren Genauigkeit des Diagnoseerfahrens. Der Informationsgehalt des 5'-Endes des 16S-rRNA-Gens ist ausreichend f{\"u}r die Identifizierung der meisten bakteriellen Spezies. Wegen der vielen fehlerhaften Datenbest{\"a}nde k{\"o}nnen {\"o}ffentliche Sequenzdatenbanken die ben{\"o}tigten Referenzsequenzen jedoch nicht zur Verf{\"u}gung stellen. Es wurde deshalb eigens eine Datenbank mit qualitativ hochwertigen Sequenzen geschaffen. Die Sequenzen beinhalten beide Str{\"a}nge der 5'-16S-rDNA (E. coli-Position 54-510) von 125 Stammsammlungisolaten. Dabei wurden alle bis zum 31.03.2000 valide beschriebenen Arten (n=89) und einige weitere, bereits ver{\"o}ffentlichte Sequevare-Varianten eingeschlossen. Konnten St{\"a}mme anhand der 16S-Sequenzen nicht unterschieden werden, wurde zus{\"a}tzlich die Sequenz der „Internal Transcribed Spacer Region" bestimmt (n=45). Insgesamt existierten von den St{\"a}mmen, die anhand ihrer 16S-rDNA-Sequenz nicht eindeutig zu identifizieren waren, 77 Isolate in der {\"o}ffentlichen Datenbank Genbank. Den neu analysierten Sequenzen gegen{\"u}bergestellt weisen diese im paarweisen Vergleich eine durchschnittliche Diskrepanz von 4,31 Basen auf. Durch die vergleichende 5'-16S-rDNA-Sequenzanalyse war es m{\"o}glich 64 der 89 validen Spezies zu identifizieren (71.9\%). Nach Hinzunahme der ITS-Sequenz war es m{\"o}glich, weitere 15 Spezies zu differenzieren. Nur die Arten des M. tuberculosis complex, M. marinum und M. ulcerans und die M. avium Subspezies konnten weder durch 5'16S-rDNA-Sequenzanalyse noch anhand der ITS-Sequenz differenziert werden. Die Sequenzen aller St{\"a}mme sind abrufbar in der Datenbank des RIDOM-Projekts ("Ribosomal Differentiation of Medical Microorganisms"). Weiterf{\"u}hrende Informationen (z.B. taxonomischer oder medizinischer Art) vervollst{\"a}ndigen zusammen mit einem Algorithmus zur genotypischen Identifizierung aller valide beschriebenen Mykobakterien dieses Angebot. Nach ausf{\"u}hrlicher Analyse verschiedener Mykobakterien Spezies ist es nun in der Tat m{\"o}glich, die meisten Mykobakterien Arten anhand der vergleichenden Seqenzanalyse der 16S-rDNA und ITS zu unterscheiden. Voraussetzung hierf{\"u}r ist eine Datenbank mit qualitativ hochwertigen Referenzsequenzen. Bereits in naher Zukunft ist die Anwendung dieses Verfahrens im Routinebetrieb, v.a. in Referenzlaboratorien, denkbar.},
  language  = {de}
}
@phdthesis{Wohlleben2004,
  author    = {Wohlleben, Michael},
  title     = {Sequenzanalyse des humanen 5´-Deiodase (Typ I) -Gens bei Patienten mit Schilddr{\"u}senfunktionsst{\"o}rungen},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-7621},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2004},
  abstract  = {Durch ihre Aufgaben im Metabolismus der Schilddr{\"u}senhormone kommt der Enzymfamilie der Deiodasen im feinregulierten Zusammenspiel der Aktivierung und Inaktivierung dieser signalgebenden Stoffe eine zentrale Rolle zu. St{\"o}rungen in diesem System ziehen weitreichende Folgen auf der Ebene der Entwicklung und Steuerung des gesamten Organismus nach sich. Verminderte Aktivit{\"a}t der 5´DI, sei sie durch unzureichende Expression des Gens oder posttranskriptionelle Fehlsteuerung bedingt, geht dabei mit einer sogenannten „Konversionshemmung" einher, die sich in erh{\"o}hten T4- und rT3-Spiegeln bei vermindertem Plasma-T3-Gehalt {\"a}ußert. Diese Konstellation wird in Tiermodellen, bei denen ein 5´DI-Defekt auf molekularer Ebene bekannt ist, beobachtet. Ein derartiger Defekt ist jedoch beim Menschen bislang nicht festgestellt worden. Eine routinem{\"a}ßige Untersuchung des 5´DI-Gens von Patienten, bei denen ein Enzymdefekt die Ursache ihrer Symptomatik sein k{\"o}nnte, ist mit Hilfe des hier aufgef{\"u}hrten Verfahrens unter einfachen Bedingungen m{\"o}glich. In dieser Arbeit wird neben der Beschreibung eines stummen Polymorphismus im Exon 1 erstmals eine potentiell relevante Ver{\"a}nderung im translatierten Bereich des 5´DI-Gens beschrieben. Ausgew{\"a}hlte Patienten, deren Symptome den Verdacht auf eine Konversionshemmung aufkommen lassen, sind (bei sonst unver{\"a}nderter Exonstruktur) heterozygot f{\"u}r eine Punktmutation im Codon 108 im Exon 1. Durch den Austausch von G durch A ergibt sich bei ihnen aus dem Codon UGG f{\"u}r die Aminos{\"a}ure Tryptophan das Stop- beziehungsweise SeCys-Codon UGA. Im ersten Fall entsteht dadurch ein etwa um die H{\"a}lfte verk{\"u}rztes und damit wohl funktionsunf{\"a}higes Protein, im zweiten ein in Konformation und Aktivit{\"a}t sicherlich beeintr{\"a}chtigtes Enzym, vorausgesetzt, das im 3'-untranslatierten Bereich der mRNA befindliche SECIS-Element ist f{\"u}r dieses UGA-Codon wirksam. Bei beiden Varianten ist jedoch zu kl{\"a}ren, ob der Defekt durch das zweite wildtypische Allel teilweise oder v{\"o}llig kompensiert werden kann, wozu Untersuchungen von Gewebeproben aus Leber und Niere beziehungsweise die Expression des ver{\"a}nderten Gens in Zellkultur erforderlich w{\"a}ren.},
  language  = {de}
}