@phdthesis{Haas2022,
  author    = {Haas, Tobias Eberhard},
  title     = {Analyse der RNA-Landschaft und Chromatinorganisation in lytischer HSV-1 Infektion und Stress},
  doi       = {10.25972/OPUS-28302},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-283028},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2022},
  abstract  = {Zellstress in Form von lytischer Herpes-simplex-Virustyp-1-Infektion, Hitze und Salzstress f{\"u}hrt dazu, dass die RNA-Polymerase II {\"u}ber das 3'-Ende von manchen Genen hinaus transkribiert. Dies geht bei Herpes-simplex-Virustyp-1-Infektion teilweise mit offenem Chromatin nach dem 3'-Ende einher. In dieser Arbeit wurden verschiedene Methoden getestet, um diese Effekte genomweit zu eruieren. Dabei wurden die Peak-Caller ATAC-seq-Pipeline, F-Seq, Hotspots und MACS2 getestet sowie mit der Hilfsgr{\"o}ße „downstream Open Chromatin Regions" gearbeitet. Weiterhin wurde das R-Skript „Pipeline for ATAC-seq and 4sU-seq plotting" entwickelt, mit dem sich die Dynamik der oben beschriebenen Effekte zeigen l{\"a}sst: Die Offenheit des Chromatins ist bei Herpesinfektion zus{\"a}tzlich zur Erh{\"o}hung nach dem 3'-Ende generell erh{\"o}ht. Die Transkription der RNA-Polymerase II {\"u}ber das 3'-Ende hingegen nimmt nach 75k Basenpaaren rapide ab. Die Ergebnisse des R-Skripts im Bezug auf Salz und Hitzestress decken sich mit vorbeschriebener Literatur, in der gezeigt wurde, dass eine Erh{\"o}hung der Offenheit des Chromatins nach dem 3'-Ende nicht stattfindet.},
  subject      = {Herpes-simplex-Virus},
  language  = {de}
}