@article{StangeDesirKakaretal.2015, author = {Stange, Katja and D{\´e}sir, Julie and Kakar, Naseebullah and Mueller, Thomas D. and Budde, Birgit S. and Gordon, Christopher T. and Horn, Denise and Seemann, Petra and Borck, Guntram}, title = {A hypomorphic BMPR1B mutation causes du Pan acromesomelic dysplasia}, series = {Orphanet Journal of Rare Diseases}, volume = {10}, journal = {Orphanet Journal of Rare Diseases}, number = {84}, doi = {10.1186/s13023-015-0299-5}, url = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-151650}, year = {2015}, abstract = {Background: Grebe dysplasia, Hunter-Thompson dysplasia, and du Pan dysplasia constitute a spectrum of skeletal dysplasias inherited as an autosomal recessive trait characterized by short stature, severe acromesomelic shortening of the limbs, and normal axial skeleton. The majority of patients with these disorders have biallelic loss-of-function mutations of GDF5. In single instances, Grebe dysplasia and a Grebe dysplasia-like phenotype with genital anomalies have been shown to be caused by mutations in BMPR1B, encoding a GDF5 receptor. Methods: We clinically and radiologically characterised an acromesomelic chondrodysplasia in an adult woman born to consanguineous parents. We sequenced GDF5 and BMPR1B on DNA of the proposita. We performed 3D structural analysis and luciferase reporter assays to functionally investigate the identified BMPR1B mutation. Results: We extend the genotype-phenotype correlation in the acromesomelic chondrodysplasias by showing that the milder du Pan dysplasia can be caused by a hypomorphic BMPR1B mutation. We show that the homozygous c.91C>T, p.(Arg31Cys) mutation causing du Pan dysplasia leads to a significant loss of BMPR1B function, but to a lesser extent than the previously reported p.Cys53Arg mutation that results in the more severe Grebe dysplasia. Conclusions: The phenotypic severity gradient of the clinically and radiologically related acromesomelic chondrodysplasia spectrum of skeletal disorders may be due to the extent of functional impairment of the ligand-receptor pair GDF5-BMPR1B.}, language = {en} } @article{PlanesNinolesRubioetal.2015, author = {Planes, Maria D. and Ni{\~n}oles, Regina and Rubio, Lourdes and Bissoli, Gaetano and Bueso, Eduardo and Garc{\´i}a-S{\´a}nchez, Mar{\´i}a J. and Alejandro, Santiago and Gonzalez-Guzm{\´a}n, Miguel and Hedrich, Rainer and Rodriguez, Pedro L. and Fern{\´a}ndez, Jos{\´e} A. and Serrano, Ram{\´o}n}, title = {A mechanism of growth inhibition by abscisic acid in germinating seeds of Arabidopsis thaliana based on inhibition of plasma membrane \(H^+\)-ATPase and decreased cytosolic pH, \(K^+\), and anions}, series = {Journal of Experimental Botany}, volume = {66}, journal = {Journal of Experimental Botany}, number = {3}, doi = {10.1093/jxb/eru442}, url = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-121221}, pages = {813-25}, year = {2015}, abstract = {The stress hormone abscisic acid (ABA) induces expression of defence genes in many organs, modulates ion homeostasis and metabolism in guard cells, and inhibits germination and seedling growth. Concerning the latter effect, several mutants of Arabidopsis thaliana with improved capability for \(H^+\) efflux (wat1-1D, overexpression of AKT1 and ost2-1D) are less sensitive to inhibition by ABA than the wild type. This suggested that ABA could inhibit \(H^+\) efflux (\(H^+\)-ATPase) and induce cytosolic acidification as a mechanism of growth inhibition. Measurements to test this hypothesis could not be done in germinating seeds and we used roots as the most convenient system. ABA inhibited the root plasma-membrane H+-ATPase measured in vitro (ATP hydrolysis by isolated vesicles) and in vivo (\(H^+\) efflux from seedling roots). This inhibition involved the core ABA signalling elements: PYR/PYL/RCAR ABA receptors, ABA-inhibited protein phosphatases (HAB1), and ABA-activated protein kinases (SnRK2.2 and SnRK2.3). Electrophysiological measurements in root epidermal cells indicated that ABA, acting through the PYR/PYL/RCAR receptors, induced membrane hyperpolarization (due to \(K^+\) efflux through the GORK channel) and cytosolic acidification. This acidification was not observed in the wat1-1D mutant. The mechanism of inhibition of the \(H^+\)-ATPase by ABA and its effects on cytosolic pH and membrane potential in roots were different from those in guard cells. ABA did not affect the in vivo phosphorylation level of the known activating site (penultimate threonine) of (\(H^+\)-ATPase in roots, and SnRK2.2 phosphorylated in vitro the C-terminal regulatory domain of (\(H^+\)-ATPase while the guard-cell kinase SnRK2.6/OST1 did not.}, language = {en} } @article{SexauerBhasinSchoenetal.2023, author = {Sexauer, Moritz and Bhasin, Hemal and Sch{\"o}n, Maria and Roitsch, Elena and Wall, Caroline and Herzog, Ulrike and Markmann, Katharina}, title = {A micro RNA mediates shoot control of root branching}, series = {Nature Communications}, volume = {14}, journal = {Nature Communications}, doi = {10.1038/s41467-023-43738-6}, url = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-357472}, year = {2023}, abstract = {Plants extract mineral nutrients from the soil, or from interactions with mutualistic soil microbes via their root systems. Adapting root architecture to nutrient availability enables efficient resource utilization, particularly in patchy and dynamic environments. Root growth responses to soil nitrogen levels are shoot-mediated, but the identity of shoot-derived mobile signals regulating root growth responses has remained enigmatic. Here we show that a shoot-derived micro RNA, miR2111, systemically steers lateral root initiation and nitrogen responsiveness through its root target TML (TOO MUCH LOVE) in the legume Lotus japonicus, where miR2111 and TML were previously shown to regulate symbiotic infections with nitrogen fixing bacteria. Intriguingly, systemic control of lateral root initiation by miR2111 and TML/HOLT (HOMOLOGUE OF LEGUME TML) was conserved in the nonsymbiotic ruderal Arabidopsis thaliana, which follows a distinct ecological strategy. Thus, the miR2111-TML/HOLT regulon emerges as an essential, conserved factor in adaptive shoot control of root architecture in dicots.}, language = {en} } @article{PalamidesJodeleitFoehlingeretal.2016, author = {Palamides, Pia and Jodeleit, Henrika and F{\"o}hlinger, Michael and Beigel, Florian and Herbach, Nadja and Mueller, Thomas and Wolf, Eckhard and Siebeck, Matthias and Gropp, Roswitha}, title = {A mouse model for ulcerative colitis based on NOD-scid IL2R gamma(null) mice reconstituted with peripheral blood mononuclear cells from affected individuals}, series = {Disease Models \& Mechanisms}, volume = {9}, journal = {Disease Models \& Mechanisms}, doi = {10.1242/dmm.025452}, url = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-164946}, pages = {985-997}, year = {2016}, abstract = {Animal models reflective of ulcerative colitis (UC) remain a major challenge, and yet are crucial to understand mechanisms underlying the onset of disease and inflammatory characteristics of relapses and remission. Mouse models in which colitis-like symptoms are induced through challenge with toxins such as oxazolone, dextran sodium sulfate (DSS) or 2,4,6-trinitrobenzenesulfonic acid (TNBS) have been instrumental in understanding the inflammatory processes of UC. However, these neither reflect the heterogeneous symptoms observed in the UC-affected population nor can they be used to test the efficacy of inhibitors developed against human targets where high sequence and structural similarity of the respective ligands is lacking. In an attempt to overcome these problems, we have developed a mouse model that relies on NOD-scid IL2R γnull mice reconstituted with peripheral blood mononuclear cells derived from UC-affected individuals. Upon challenge with ethanol, mice developed colitis-like symptoms and changes in the colon architecture, characterized by influx of inflammatory cells, edema, crypt loss, crypt abscesses and epithelial hyperplasia, as previously observed in immune-competent mice. TARC, TGFβ1 and HGF expression increased in distal parts of the colon. Analysis of human leucocytes isolated from mouse spleen revealed an increase in frequencies of CD1a+, CD64+, CD163+ and TSLPR+ CD14+ monocytes, and antigen-experienced CD44+ CD4+ and CD8+ T-cells in response to ethanol. Analysis of human leucocytes from the colon of challenged mice identified CD14+ monocytes and CD11b+ monocytes as the predominant populations. Quantitative real-time PCR (RT-PCR) analysis from distal parts of the colon indicated that IFNγ might be one of the cytokines driving inflammation. Treatment with infliximab ameliorated symptoms and pathological manifestations, whereas pitrakinra had no therapeutic benefit. Thus, this model is partially reflective of the human disease and might help to increase the translation of animal and clinical studies.}, language = {en} } @article{JahnSchmidtMock2014, author = {Jahn, Martin T. and Schmidt, Katrin and Mock, Thomas}, title = {A novel cost effective and high-throughput isolation and identification method for marine microalgae}, series = {Plant Methods}, volume = {10}, journal = {Plant Methods}, number = {26}, doi = {10.1186/1746-4811-10-26}, url = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-121255}, year = {2014}, abstract = {BACKROUND: Marine microalgae are of major ecologic and emerging economic importance. Biotechnological screening schemes of microalgae for specific traits and laboratory experiments to advance our knowledge on algal biology and evolution strongly benefit from culture collections reflecting a maximum of the natural inter- and intraspecific diversity. However, standard procedures for strain isolation and identification, namely DNA extraction, purification, amplification, sequencing and taxonomic identification still include considerable constraints increasing the time required to establish new cultures. RESULTS: In this study, we report a cost effective and high-throughput isolation and identification method for marine microalgae. The throughput was increased by applying strain isolation on plates and taxonomic identification by direct PCR (dPCR) of phylogenetic marker genes in combination with a novel sequencing electropherogram based screening method to assess the taxonomic diversity and identity of the isolated cultures. For validation of the effectiveness of this approach, we isolated and identified a range of unialgal cultures from natural phytoplankton communities sampled in the Arctic Ocean. These cultures include the isolate of a novel marine Chlorophyceae strain among several different diatoms. CONCLUSIONS: We provide an efficient and effective approach leading from natural phytoplankton communities to isolated and taxonomically identified algal strains in only a few weeks. Validated with sensitive Arctic phytoplankton, this approach overcomes the constraints of standard molecular characterisation and establishment of unialgal cultures."}, language = {en} } @article{ShepardChevalPeterlinetal.2016, author = {Shepard, Blythe D. and Cheval, Lydie and Peterlin, Zita and Firestein, Stuart and Koepsell, Hermann and Doucet, Alain and Pluznick, Jennifer L.}, title = {A Renal Olfactory Receptor Aids in Kidney Glucose Handling}, series = {Scientific Reports}, volume = {6}, journal = {Scientific Reports}, number = {35215}, doi = {10.1038/srep35215}, url = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-167605}, year = {2016}, abstract = {Olfactory receptors (ORs) are G protein-coupled receptors which serve important sensory functions beyond their role as odorant detectors in the olfactory epithelium. Here we describe a novel role for one of these ORs, Olfr1393, as a regulator of renal glucose handling. Olfr1393 is specifically expressed in the kidney proximal tubule, which is the site of renal glucose reabsorption. Olfr1393 knockout mice exhibit urinary glucose wasting and improved glucose tolerance, despite euglycemia and normal insulin levels. Consistent with this phenotype, Olfr1393 knockout mice have a significant decrease in luminal expression of Sglt1, a key renal glucose transporter, uncovering a novel regulatory pathway involving Olfr1393 and Sglt1. In addition, by utilizing a large scale screen of over 1400 chemicals we reveal the ligand profile of Olfr1393 for the first time, offering new insight into potential pathways of physiological regulation for this novel signaling pathway.}, language = {en} } @article{HarthKotzschHuetal.2010, author = {Harth, Stefan and Kotzsch, Alexander and Hu, Junli and Sebald, Walter and Mueller, Thomas D.}, title = {A Selection Fit Mechanism in BMP Receptor IA as a Possible Source for BMP Ligand-Receptor Promiscuity}, url = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-68497}, year = {2010}, abstract = {Background: Members of the TGF-b superfamily are characterized by a highly promiscuous ligand-receptor interaction as is readily apparent from the numeral discrepancy of only seven type I and five type II receptors available for more than 40 ligands. Structural and functional studies have been used to address the question of how specific signals can be deduced from a limited number of receptor combinations and to unravel the molecular mechanisms underlying the protein-protein recognition that allow such limited specificity. Principal Findings: In this study we have investigated how an antigen binding antibody fragment (Fab) raised against the extracellular domain of the BMP receptor type IA (BMPR-IA) recognizes the receptor's BMP-2 binding epitope and thereby neutralizes BMP-2 receptor activation. The crystal structure of the complex of the BMPR-IA ectodomain bound to the Fab AbD1556 revealed that the contact surface of BMPR-IA overlaps extensively with the contact surface for BMP-2 interaction. Although the structural epitopes of BMPR-IA to both binding partners coincides, the structures of BMPR-IA in the two complexes differ significantly. In contrast to the structural differences, alanine-scanning mutagenesis of BMPR-IA showed that the functional determinants for binding to the antibody and BMP-2 are almost identical. Conclusions: Comparing the structures of BMPR-IA bound to BMP-2 or bound to the Fab AbD1556 with the structure of unbound BMPR-IA shows that binding of BMPR-IA to its interaction partners follows a selection fit mechanism, possibly indicating that the ligand promiscuity of BMPR-IA is inherently encoded by structural adaptability. The functional and structural analysis of the BMPR-IA binding antibody AbD1556 mimicking the BMP-2 binding epitope may thus pave the way for the design of low-molecular weight synthetic receptor binders/inhibitors.}, subject = {Physiologische Chemie}, language = {en} } @article{DindasDreyerHuangetal.2021, author = {Dindas, Julian and Dreyer, Ingo and Huang, Shouguang and Hedrich, Rainer and Roelfsema, M. Rob G.}, title = {A voltage-dependent Ca\(^{2+}\) homeostat operates in the plant vacuolar membrane}, series = {New Phytologist}, volume = {230}, journal = {New Phytologist}, number = {4}, doi = {10.1111/nph.17272}, url = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-259627}, pages = {1449-1460}, year = {2021}, abstract = {Cytosolic calcium signals are evoked by a large variety of biotic and abiotic stimuli and play an important role in cellular and long distance signalling in plants. While the function of the plasma membrane in cytosolic Ca\(^{2+}\) signalling has been intensively studied, the role of the vacuolar membrane remains elusive. A newly developed vacuolar voltage clamp technique was used in combination with live-cell imaging, to study the role of the vacuolar membrane in Ca\(^{2+}\) and pH homeostasis of bulging root hair cells of Arabidopsis. Depolarisation of the vacuolar membrane caused a rapid increase in the Ca\(^{2+}\) concentration and alkalised the cytosol, while hyperpolarisation led to the opposite responses. The relationship between the vacuolar membrane potential, the cytosolic pH and Ca2+ concentration suggests that a vacuolar H\(^{+}\)/Ca\(^{2+}\) exchange mechanism plays a central role in cytosolic Ca2+ homeostasis. Mathematical modelling further suggests that the voltage-dependent vacuolar Ca\(^{2+}\) homeostat could contribute to calcium signalling when coupled to a recently discovered K\(^{+}\) channel-dependent module for electrical excitability of the vacuolar membrane.}, language = {en} } @phdthesis{Nhan2007, author = {Nhan, Pham Phuoc}, title = {Accumulation and biological activity of oxidized lipids in Anabaena PCC 7120}, url = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-24347}, school = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg}, year = {2007}, abstract = {Oxylipine sind wichtige biologisch aktive Verbindungen, die entscheidende Rollen in der Abwehr, dem Wachstum, der Entwicklung und der Reproduktion von Pflanzen und Tieren spielen. Oxylipine k{\"o}nnen entweder {\"u}ber enzymatische Wege oder eine Radikal-katalysierte Reaktion gebildet werden. Enzymatische und nicht-enzymatische Oxidationsprodukte der Arachidons{\"a}ure (C20:4) in Tieren sind Prostaglandine und Isoprostane. In Pflanzen werden ausgehend von der \&\#61537;-Linolens{\"a}ure (C18:3) {\"u}ber einen enzymatischen Weg OPDA und Jasmons{\"a}ure und durch Radikal-katalysierte Reaktion Phytoprostane gebildet. Die Membranen von Cyanobakterien enthalten, {\"a}hnlich denen von Pflanzen, einen großen Anteil an mehrfach unges{\"a}ttigten Fetts{\"a}uren, ca. 25\% der gesamten Fetts{\"a}uren. Biosynthese und Funktionen der Oxylipine wurden an zwei Modell-Cyanobakterien, Anabaena PCC 7120 und Synechocystis PCC 6803 untersucht: 1. Das fadenf{\"o}rmige Cyanobakterium Anabaena PCC 7120 kann Phytoprostane Typ I und II sowie Hydroxyfetts{\"a}uren {\"a}hnlich wie Pflanzen produzieren aber die enzymatische Ausstattung zur Bildung von Jasmonaten (12-oxo-Phytodiens{\"a}ure und Jasmons{\"a}ure) und Prostaglandinen ist nicht vorhanden. Die erhaltenen Daten stellen den ersten Nachweis f{\"u}r das Vorkommen von Phytoprostanen in Cyanobakterien bzw. bei Prokaryonten dar. 2. Durch GC-MS Analyse wurden E1- and F1-Phytoprostane in Anabaena PCC 7120 in freier und veresterter Form detektiert. Die Spiegel sind vergleichbar mit denen in Pflanzen und lagen im Bereich von ng/g TG. PPF1 ließen sich nicht in einw{\"o}chigen Kulturen nachweisen, die Spiegel in sechsw{\"o}chigen Kulturen lagen bei 142 ng/l. Die Spiegel von PPE1 waren hingegen in ein- und sechsw{\"o}chigen Kulturen {\"a}hnlich und lagen bei ca. 20 ng/g TG. Die Mengen an freien PPE1 in den Zellen waren mit 80.5 \&\#61617; 23.6 etwa viermal h{\"o}her als die von PPF1 mit 24.1 \&\#61617; 10.9 ng/g TG. Allerdings gab es keine signifikanten Unterschiede in den Spiegeln an gesamten PPF1 und PPE1 in den Zellen, sie lagen im Bereich von 150 bis zu ca. 200 ng/g TG. 3. Die Akkumulation von Phytoprostanen in Anabaena ist induzierbar. Nach der Kombination von oxidativem Stress (200 µM H2O2 oder 10 µM CuSO4) und hoher Lichtintensit{\"a}t (330 µE.m-2.s-1) f{\"u}r 8 h stiegen die Spiegel an gesamten PPE1 und PPF1 um den Faktor 2 bis 4 an. Interessanterweise f{\"u}hrte im Gegensatz zu h{\"o}heren Pflanzen die Applikation von oxidativem Stress oder hoher Lichtintensit{\"a}t alleine nicht zur Induktion der Phytoprostanakkumulation in diesen Cyanobakterien. 4. Eine Vorbehandlung von Anabaena Zellen mit exogenen Phytoprostanen f{\"u}hrte zu einer erh{\"o}hten Toleranz gegen{\"u}ber oxidativem Stress. Alle Phytoprostane außer PPE1 zeigten einen Schutzeffekt. Eine Mischung von PPA1 Typ I und II ergab den h{\"o}chsten Schutzeffekt. Eine Vorinkubation von Anabena Zellen mit 100 µM PPA1-type I/II f{\"u}r 16 h sch{\"u}tzte 84.2\% beziehungsweise 77.5\% der Zellen vor einer anschießenden lethalen Applikation von 1 mM H2O2 beziehungsweise 50 µM CuSO4 f{\"u}r 5 h. Ohne eine Oxylipin-Vorinkubation starben etwa 98\% der Zellen. {\"U}berraschenderweise ergab auch die Vorbehandlung mit anderen, enzymatisch gebildeten Oxylipinen aus Tieren und Pflanzen einen Schutzeffekt, der allerdings nur 10 bis 30\% betrug. Dagegen sch{\"u}tzte eine Phytoprostan-Vorbehandlung nicht Pseudomonas syringae und Escherichia coli gegen toxische Mengen von Wasserstoffperoxid. Allerdings fehlen in den Membranen dieser Bakterien mehrfach unges{\"a}ttigte Fetts{\"a}uren und deshalb endogen oxydierte Lipide. 5. Eine exogene Applikation von 100 µM PPF1 oder 1,5 mM H2O2 f{\"u}hrte in Anabaena nicht zu einer Induktion der Expression des isiA Gens. Oxylipin-Behandlungen zeigten auch keine Wirkung auf Shinorin- und Tocopherol-Spiegel in Anabaena. Die Applikation von 100 µM PPF1 f{\"u}r 6 h f{\"u}hrte aber zu {\"A}nderungen im Proteinmuster in Anabaena. Der gr{\"o}ßte Teil der differentiellen Proteine wurde durch PPF1 herunterreguliert. Bei vielen dieser Proteine handelt es sich um photosynthetische Proteine. Da ein oxidativer Stress nur in der Kombination mit hoher Lichtintensit{\"a}t die Lipidperoxidation erh{\"o}ht, k{\"o}nnte die negative Regulation der Photosynthese nach Erkennung von oxydierten Lipiden (Phytoprostanen) eine {\"U}berlebens-Strategie sein um Sch{\"a}den durch peroxidierte Lipide zu vermeiden. 6. Tote Pflanzen k{\"o}nnten eine haupts{\"a}chliche Quelle der exogenen Phytoprostane in der nat{\"u}rlichen Umgebung von Anabaena sein. Trockenes Heu gibt PPE1 und PPF1 (11 µg/g TG) an die w{\"a}sserige Umgebung ab. Anabaena ist ein typisches Cyanobakterium in Reisfeldern. Nach der Ernte bleiben meist die nicht genutzten Teile der Reispflanzen auf dem Feld. Diese k{\"o}nnten Phytoprostane abgeben, die wiederum einen Einfluß auf die Cyanobakterien im Reis-{\"O}kosystem haben k{\"o}nnten. 7. Eine neue Kategorie von Oxylipinen, die Phytoprostane Typ III und IV, wurden in vitro identifiziert und quantifiziert. Die beiden Haupt-Phytoprostane, PPE1 und PPF1 (Typ III und IV), k{\"o}nnen durch die Autoxidation der \&\#61543;-Linolens{\"a}ure oder des Borretschsamen{\"o}ls (enth{\"a}lt 25\% der \&\#61543;-Linolens{\"a}ure) gewonnen werden. Nach 12 Tagen Autoxidation und anschließender Hydrolyse wurden aus 1 g Borretschsamen{\"o}l 112,71 ± 1,93 µg PPF1 und 3,80 ± 0,14 mg PPE1 isoliert. PPB1 und PPA1 (Typ III und IV) wurden durch Isomerisierung und Dehydratisierung von PPE1 hergestellt. Die Ausbeute von PPB1 lag bei 1,71 ± 0,04 mg/g {\"O}l (Typ III) und 2,09 ± 0,12 mg/g {\"O}l (Typ IV), die von PPA1 lag bei 8,38 ± 0,35 µg/g und 10,18 ± 0,30 µg/g {\"O}l. 8. Es wurde eine schnelle HPLC-MS/MS Methode f{\"u}r die Analytik der Phytoprostane und Phytohormone entwickelt. Diese Methode wurde f{\"u}r die Quantifizierung von freien und veresterten E1- and F1-Phytoprostane Typ III und IV in Synechocystis PCC 6803 angewendet. Die Phytoprostane Typ III und IV sind in vivo in freier und veresterter Form vorhanden. Die Spiegel der gesamten PPE1 Typ III und IV in Synechocystis sind mindestens doppelt so hoch wie die von PPF1. Im Gegensatz zu Anabaena, waren PPE1 und PPF1 in ein- und sechsw{\"o}chigen Kulturen von Synechocystis detektierbar. Die Spiegel an freien PPF1 im Medium (231,8 ± 36,2 ng/l) und in den Zellen (164,9 ± 15,2 ng/g TG) waren niedriger als die von PPE1 (1003,3 ± 365,2 ng/l und 2331,0 ± 87,7 ng/g TG).}, subject = {Oxidativer Stress}, language = {en} } @article{AbdelmohsenYangHornetal.2014, author = {Abdelmohsen, Usama Ramadan and Yang, Chen and Horn, Hannes and Hajjar, Dina and Ravasi, Timothy and Hentschel, Ute}, title = {Actinomycetes from Red Sea Sponges: Sources for Chemical and Phylogenetic Diversity}, doi = {10.3390/md12052771}, url = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-112882}, year = {2014}, abstract = {The diversity of actinomycetes associated with marine sponges collected off Fsar Reef (Saudi Arabia) was investigated in the present study. Forty-seven actinomycetes were cultivated and phylogenetically identified based on 16S rRNA gene sequencing and were assigned to 10 different actinomycete genera. Eight putatively novel species belonging to genera Kocuria, Mycobacterium, Nocardia, and Rhodococcus were identified based on sequence similarity values below 98.2\% to other 16S rRNA gene sequences available in the NCBI database. PCR-based screening for biosynthetic genes including type I and type II polyketide synthases (PKS-I, PKS-II) as well as nonribosomal peptide synthetases (NRPS) showed that 20 actinomycete isolates encoded each at least one type of biosynthetic gene. The organic extracts of nine isolates displayed bioactivity against at least one of the test pathogens, which were Gram-positive and Gram-negative bacteria, fungi, human parasites, as well as in a West Nile Virus protease enzymatic assay. These results emphasize that marine sponges are a prolific resource for novel bioactive actinomycetes with potential for drug discovery.}, subject = {Meeresschw{\"a}mme}, language = {en} } @phdthesis{ScheideNoeth2021, author = {Scheide-N{\"o}th, Jan-Philipp}, title = {Activation of the Interleukin-5 receptor and its inhibition by cyclic peptides}, doi = {10.25972/OPUS-18250}, url = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-182504}, school = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg}, year = {2021}, abstract = {The cytokine interleukin-5 (IL-5) is part of the TH2-mediated immune response. As a key regulator of eosinophilic granulocytes (eosinophils), IL-5 controls multiple aspects of eosinophil life. Eosinophils play a pathogenic role in the onset and progression of atopic diseases as well as hypereosinophilic syndrome (HES). Here, cytotoxic proteins and pro-inflammatory mediators stored in intracellular vesicles termed granula are released upon activation thereby causing local inflammation to fight the pathogen. However, if such inflammation persists, tissue damage and organ failure can occur. Due to the close relationship between eosinophils and IL-5 this cytokine has become a major pharmaceutical target for the treatment of atopic diseases or HES. As observed with other cytokines, IL-5 signals by assembling a heterodimeric receptor complex at the cell surface in a stepwise mechanism. In the first step IL-5 binds to its receptor IL-5Rα (CD125). This membrane-located complex then recruits the so-called common beta chain βc (CD131) into a ternary ligand receptor complex, which leads to activation of intracellular signaling cascades. Based on this mechanism various strategies targeting either IL-5 or IL-5Rα have been developed allowing to specifically abrogate IL-5 signaling. In addition to the classical approach of employing neutralizing antibodies against IL 5/IL-5Rα or antagonistic IL-5 variants, two groups comprising small 18 to 30mer peptides have been discovered, that bind to and block IL-5Rα from binding its activating ligand IL-5. Structure-function studies have provided detailed insights into the architecture and interaction of IL-5IL-5Rα and βc. However, structural information for the ternary IL-5 complex as well as IL-5 inhibiting peptides is still lacking. In this thesis three areas were investigated. Firstly, to obtain insights into the second receptor activation step, i.e. formation of the ternary ligand-receptor complex IL-5•IL-5Rα•βc, a high-yield production for the extracellular domain of βc was established to facilitate structure determination of the ternary ligand receptor assembly by either X-ray crystallography or cryo-electron microscopy. In a second project structure analysis of the ectodomain of IL-5Rα in its unbound conformation was attempted. Data on IL-5Rα in its ligand-free state would provide important information as to whether the wrench-like shaped ectodomain of IL-5Rα adopts a fixed preformed conformation or whether it is flexible to adapt to its ligand binding partner upon interaction. While crystallization of free IL-5Rα failed, as the crystals obtained did not diffract X rays to high resolution, functional analysis strongly points towards a selection fit binding mechanism for IL-5Rα instead of a rigid and fixed IL-5Rα structure. Hence IL-5 possibly binds to a partially open architecture, which then closes to the known wrench-like architecture. The latter is then stabilized by interactions within the D1-D2 interface resulting in the tight binding of IL-5. In a third project X-ray structure analysis of a complex of the IL-5 inhibitory peptide AF17121 bound to the ectodomain of IL-5Rα was performed. This novel structure shows how the small cyclic 18mer peptide tightly binds into the wrench-like cleft formed by domains D1 and D2 of IL-5Rα. Due to the partial overlap of its binding site at IL-5Rα with the epitope for IL-5 binding, the peptide blocks IL-5 from access to key residues for binding explaining how the small peptide can effectively compete with the rather large ligand IL-5. While AF17121 and IL-5 seemingly bind to the same site at IL-5Rα, functional studies however showed that recognition and binding of both ligands differ. With the structure for the peptide-receptor complex at hand, peptide design and engineering could be performed to generate AF17121 analogies with enhanced receptor affinity. Several promising positions in the peptide AF17121 could be identified, which could improve inhibition capacity and might serve as a starting point for AF17121-based peptidomimetics that can yield either superior peptide based IL-5 antagonists or small-molecule-based pharmacophores for future therapies of atopic diseases or the hypereosinophilic syndrome.}, subject = {Interleukin 5}, language = {en} } @article{VikukFuchsKrischkeetal.2020, author = {Vikuk, Veronika and Fuchs, Benjamin and Krischke, Markus and Mueller, Martin J. and Rueb, Selina and Krauss, Jochen}, title = {Alkaloid Concentrations of Lolium perenne Infected with Epichlo{\"e} festucae var. lolii with Different Detection Methods—A Re-Evaluation of Intoxication Risk in Germany?}, series = {Journal of Fungi}, volume = {6}, journal = {Journal of Fungi}, number = {3}, issn = {2309-608X}, doi = {10.3390/jof6030177}, url = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-213171}, year = {2020}, abstract = {Mycotoxins in agriculturally used plants can cause intoxication in animals and can lead to severe financial losses for farmers. The endophytic fungus Epichlo{\"e} festucae var. lolii living symbiotically within the cool season grass species Lolium perenne can produce vertebrate and invertebrate toxic alkaloids. Hence, an exact quantitation of alkaloid concentrations is essential to determine intoxication risk for animals. Many studies use different methods to detect alkaloid concentrations, which complicates the comparability. In this study, we showed that alkaloid concentrations of individual plants exceeded toxicity thresholds on real world grasslands in Germany, but not on the population level. Alkaloid concentrations on five German grasslands with high alkaloid levels peaked in summer but were also below toxicity thresholds on population level. Furthermore, we showed that alkaloid concentrations follow the same seasonal trend, regardless of whether plant fresh or dry weight was used, in the field and in a common garden study. However, alkaloid concentrations were around three times higher when detected with dry weight. Finally, we showed that alkaloid concentrations can additionally be biased to different alkaloid detection methods. We highlight that toxicity risks should be analyzed using plant dry weight, but concentration trends of fresh weight are reliable.}, language = {en} } @article{FukushimaPollock2020, author = {Fukushima, Kenji and Pollock, David D.}, title = {Amalgamated cross-species transcriptomes reveal organ-specific propensity in gene expression evolution}, series = {Nature Communications}, volume = {11,}, journal = {Nature Communications}, doi = {10.1038/s41467-020-18090-8}, url = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-230468}, year = {2020}, abstract = {The origins of multicellular physiology are tied to evolution of gene expression. Genes can shift expression as organisms evolve, but how ancestral expression influences altered descendant expression is not well understood. To examine this, we amalgamate 1,903 RNA-seq datasets from 182 research projects, including 6 organs in 21 vertebrate species. Quality control eliminates project-specific biases, and expression shifts are reconstructed using gene-family-wise phylogenetic Ornstein-Uhlenbeck models. Expression shifts following gene duplication result in more drastic changes in expression properties than shifts without gene duplication. The expression properties are tightly coupled with protein evolutionary rate, depending on whether and how gene duplication occurred. Fluxes in expression patterns among organs are nonrandom, forming modular connections that are reshaped by gene duplication. Thus, if expression shifts, ancestral expression in some organs induces a strong propensity for expression in particular organs in descendants. Regardless of whether the shifts are adaptive or not, this supports a major role for what might be termed preadaptive pathways of gene expression evolution.}, language = {en} } @article{TianNagelGao2021, author = {Tian, Yuehui and Nagel, Georg and Gao, Shiqiang}, title = {An engineered membrane-bound guanylyl cyclase with light-switchable activity}, series = {BMC Biology}, volume = {19}, journal = {BMC Biology}, number = {1}, doi = {10.1186/s12915-021-00978-6}, url = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-259181}, pages = {54}, year = {2021}, abstract = {Background Microbial rhodopsins vary in their chemical properties, from light sensitive ion transport to different enzymatic activities. Recently, a novel family of two-component Cyclase (rhod)opsins (2c-Cyclop) from the green algae Chlamydomonas reinhardtii and Volvox carteri was characterized, revealing a light-inhibited guanylyl cyclase (GC) activity. More genes similar to 2c-Cyclop exist in algal genomes, but their molecular and physiological functions remained uncharacterized. Results Chlamyopsin-5 (Cop5) from C. reinhardtii is related to Cr2c-Cyclop1 (Cop6) and can be expressed in Xenopus laevis oocytes, but shows no GC activity. Here, we exchanged parts of Cop5 with the corresponding ones of Cr2c-Cyclop1. When exchanging the opsin part of Cr2c-Cyclop1 with that of Cop5, we obtained a bi-stable guanylyl cyclase (switch-Cyclop1) whose activity can be switched by short light flashes. The GC activity of switch-Cyclop1 is increased for hours by a short 380 nm illumination and switched off (20-fold decreased) by blue or green light. switch-Cyclop1 is very light-sensitive and can half-maximally be activated by ~ 150 photons/nm2 of 380 nm (~ 73 J/m2) or inhibited by ~ 40 photons/nm\(^2\) of 473 nm (~ 18 J/m\(^2\)). Conclusions This engineered guanylyl cyclase is the first light-switchable enzyme for cGMP level regulation. Light-regulated cGMP production with high light-sensitivity is a promising technique for the non-invasive investigation of the effects of cGMP signaling in many different tissues.}, language = {en} } @article{OsmanStigloherMuelleretal.2020, author = {Osman, Mohamed and Stigloher, Christian and Mueller, Martin J. and Waller, Frank}, title = {An improved growth medium for enhanced inoculum production of the plant growth-promoting fungus Serendipita indica}, series = {Plant Methods}, volume = {16}, journal = {Plant Methods}, doi = {10.1186/s13007-020-00584-7}, url = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-229186}, year = {2020}, abstract = {Background The plant endophytic fungus Serendipita indica colonizes roots of a wide range of plant species and can enhance growth and stress resistance of these plants. Due to its ease of axenic cultivation and its broad host plant range including the model plant Arabidopsis thaliana and numerous crop plants, it is widely used as a model fungus to study beneficial fungus-root interactions. In addition, it was suggested to be utilized for commercial applications, e.g. to enhance yield in barley and other species. To produce inoculum, S. indica is mostly cultivated in a complex Hill-Kafer medium (CM medium), however, growth in this medium is slow, and yield of chlamydospores, which are often used for plant root inoculation, is relatively low. Results We tested and optimized a simple vegetable juice-based medium for an enhanced yield of fungal inoculum. The described vegetable juice (VJ) medium is based on commercially available vegetable juice and is easy to prepare. VJ medium was superior to the currently used CM medium with respect to biomass production in liquid medium and hyphal growth on agar plates. Using solid VJ medium supplemented with sucrose (VJS), a high amount of chlamydospores developed already after 8 days of cultivation, producing significantly more spores than on CM medium. Use of VJ medium is not restricted to S. indica, as it also supported growth of two pathogenic fungi often used in plant pathology experiments: the ascomycete Fusarium graminearum, the causal agent of Fusarium head blight disease on wheat and barley, and Verticillium longisporum, the causal agent of verticillium wilt. Conclusions The described VJ medium is recommended for streamlined and efficient production of inoculum for the plant endophytic fungus Serendipita indica and might prove superior for the propagation of other fungi for research purposes.}, language = {en} } @article{LiPradaDaminelietal.2021, author = {Li, Kunkun and Prada, Juan and Damineli, Daniel S. C. and Liese, Anja and Romeis, Tina and Dandekar, Thomas and Feij{\´o}, Jos{\´e} A. and Hedrich, Rainer and Konrad, Kai Robert}, title = {An optimized genetically encoded dual reporter for simultaneous ratio imaging of Ca\(^{2+}\) and H\(^{+}\) reveals new insights into ion signaling in plants}, series = {New Phytologist}, volume = {230}, journal = {New Phytologist}, number = {6}, doi = {10.1111/nph.17202}, url = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-239847}, pages = {2292 -- 2310}, year = {2021}, abstract = {Whereas the role of calcium ions (Ca\(^{2+}\)) in plant signaling is well studied, the physiological significance of pH-changes remains largely undefined. Here we developed CapHensor, an optimized dual-reporter for simultaneous Ca\(^{2+}\) and pH ratio-imaging and studied signaling events in pollen tubes (PTs), guard cells (GCs), and mesophyll cells (MCs). Monitoring spatio-temporal relationships between membrane voltage, Ca\(^{2+}\)- and pH-dynamics revealed interconnections previously not described. In tobacco PTs, we demonstrated Ca\(^{2+}\)-dynamics lag behind pH-dynamics during oscillatory growth, and pH correlates more with growth than Ca\(^{2+}\). In GCs, we demonstrated abscisic acid (ABA) to initiate stomatal closure via rapid cytosolic alkalization followed by Ca2+ elevation. Preventing the alkalization blocked GC ABA-responses and even opened stomata in the presence of ABA, disclosing an important pH-dependent GC signaling node. In MCs, a flg22-induced membrane depolarization preceded Ca2+-increases and cytosolic acidification by c. 2 min, suggesting a Ca\(^{2+}\)/pH-independent early pathogen signaling step. Imaging Ca2+ and pH resolved similar cytosol and nuclear signals and demonstrated flg22, but not ABA and hydrogen peroxide to initiate rapid membrane voltage-, Ca\(^{2+}\)- and pH-responses. We propose close interrelation in Ca\(^{2+}\)- and pH-signaling that is cell type- and stimulus-specific and the pH having crucial roles in regulating PT growth and stomata movement.}, language = {en} } @phdthesis{Karg2006, author = {Karg, Kathrin}, title = {Analyse biologisch aktiver, oxidierter Lipide in Pflanzen und Menschen}, url = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-20424}, school = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg}, year = {2006}, abstract = {Durch freie, radikalkatalysierte Oxidation von Linolens{\"a}ure k{\"o}nnen in vitro und in vivo meh-rere Klassen von Phytoprostanen gebildet werden. Im Rahmen der vorliegenden Arbeit wur-den Phytoprostane in Pflanzenmaterial (Bl{\"a}ttern, Bl{\"u}tenpollen), Speise{\"o}len sowie in mensch-lichen K{\"o}rperfl{\"u}ssigkeiten (Blut und Urinproben) untersucht. Zus{\"a}tzlich wurden neue Metho-den entwickelt, um Phytohormone sowie verschiedene Metabolite des pflanzlichen Prim{\"a}r- und Sekund{\"a}rstoffwechsels zusammen mit einer gemeinsamen Aufarbeitung erfassen und bestimmen zu k{\"o}nnen. Bl{\"u}tenpollen enthalten mehrere mmol/g an Phytoprostanen, darunter PPA1/PPB1, PPE1 und PPF1. Physiologisch relevant sind jedoch nur die Mengen, die sich nach Extraktion in einem w{\"a}ssrigen Puffer wiederfinden lassen. Deshalb wurden hier erstmals w{\"a}ssrige Extrakte von Birkenpollen untersucht. In diesen befanden sich durchschnittlich 60 nmol PPE1 und 10 nmol PPF1 pro g extrahiertem Pollen. Pflanzen{\"o}le enthalten a-Linolens{\"a}ure bis zu einem Gewichtsanteil von 56 \% (m/m). In Spei-se{\"o}len aus ausgesuchten Pflanzenarten (Lein{\"o}l, Soja{\"o}l, Oliven{\"o}l), Walnuss{\"o}l, Traubenkern{\"o}l) und parenteraler Nahrung (Intralipid) wurden die Phytoprostanklassen A1, B1, D1, E1, F1 und deoxy-J1 nachgewiesen und quantifiziert. In frischen {\"O}len wurden große Mengen an Phy-toprostanen (0,4 - 101 mg/g {\"O}l) gefunden, welche teilweise frei und teilweise verestert vorla-gen. Der absolute Phytoprostangehalt der {\"O}le nahm in folgender Reihe ab: Lein{\"o}l » Soja{\"o}l > Oliven{\"o}l > Walnuss{\"o}l > Raps{\"o}l >> Traubenkern{\"o}l. (a-Tocopherol). In allen untersuchten {\"O}-len dominierten entweder PPE1 oder PPF1 als h{\"a}ufigste Phytoprostanklasse. PPA1 und PPB1 waren lediglich als untergeordnete Bestandteile enthalten. PPD1 und dPPJ1 konnten nur in sehr geringen Mengen gefunden werden. Wenn ein {\"O}l bei l{\"a}ngerer Lagerung autoxidiert, k{\"o}nnen die Gehalte an oxidierten Fetts{\"a}uren um ein Vielfaches ansteigen. Es konnte gezeigt werden, dass bei der Autoxidation von Spei-se{\"o}len weitere Phytoprostane entstehen und die Konzentrationen von PPE1 und PPF1 im {\"O}l bis auf das 10-fache ansteigen k{\"o}nnen. Weiterhin wurde dabei die Bildung von detektierbaren Mengen dPPJ1 nachgewiesen. Die Kinetik der Phytoprostanbildung folgte dem f{\"u}r andere Autoxidationsprodukte typischem zeitlichen Verlauf und erst nach {\"U}berschreiten einer Induk-tionsperiode traten vermehrt Phytoprostane auf. Im menschlichen Verdauungstrakt sind Phytoprostane chemisch stabil. Allerdings k{\"o}nnen im sauren Milieu des Magens (pH 0-2) Dehydratisierungen auftreten: Nach Inkubation von PPE1 in 0,1 M HCl waren nach 3 h noch 97 \% intakt, wohingegen 3 \% nichtenzymatisch zu PPA1 konvertiert waren. Unter den gleichen Bedingungen wurden 19 \% der inkubierten PGD1 zu dPGJ1 dehydratisiert. In den Pflanzen{\"o}len veresterte PPF1 wurden mit Schweinepankreas-Lipase innerhalb 1 h zu 44 bis 100 \% hydrolysiert. Raffinierte Speise{\"o}le, welche fast ausschließlich aus Triacylglyce-riden zusammengesetzt sind, wurden die veresterten PPF1 sogar zu fast 100 \% hydrolysiert. Weiterhin konnte erstmals gezeigt werden, dass Phytoprostane nach oraler Aufnahme resor-biert werden k{\"o}nnen und anschließend mit dem Urin ausgeschieden werden. Nach Verzehr von Pflanzen{\"o}len (Soja{\"o}l, Oliven{\"o}l, Traubenkern{\"o}l) wurden die Spiegel von PPF1 in Blut und Urin bestimmt. Dabei zeigte sich eine deutliche Korrelation zwischen dem Phytoprostangehalt der {\"O}le und dem Gehalt in den Blut- und Urinproben: Nach Konsum von Oliven- oder Soja{\"o}l konnten innerhalb von 24 h PPF1 in Blut und Urin wiedergefunden werden, wohingegen der Konsum von Traubenkern{\"o}l in den untersuchten Zeitr{\"a}umen weder im Blut noch im Urin zu detektierbaren PPF1-Mengen f{\"u}hrte. Im Blut lag PPF1 verestert vor: Im Serum von Oliven{\"o}l-Konsumenten konnten durchschnittlich 1,22 nmol/l PPF1 gefunden werden. Das Serum eines Soja{\"o}l-Konsumenten enthielt 0,97 nmol PPF1/l. Die Ausscheidung von unmetabolisierten PPF1 mit dem Urin erfolgte fast vollst{\"a}ndig innerhalb der ersten 8 h nach dem Konsum der {\"O}le, 8 bis 24 h danach konnten im Urin nur noch sehr geringe Mengen PPF1 detektiert wer-den. In den Urinproben der Konsumenten von Oliven{\"o}l oder Soja{\"o}l konnten nach 0-4 h durch-schnittlich 2,02 bzw. 0,43 pmol PPF1/mg Kreatinin und nach 4-8 h 1,39 bzw. 0,68 pmol PPF1/mg Kreatinin gefunden werden. Im Rahmen dieser Arbeit wurde eine Methode entwickelt, welche die simultane Bestimmung von Phytohormonen, Oxylipinen und Fetts{\"a}uren erm{\"o}glicht. Weiterhin wurden Methoden zur Metabolit-Analytik entwickelt, mit welchen Konzentrationsunterschiede zwischen zwei Pro-ben direkt verglichen werden k{\"o}nnen. Zur Markierung von der Carboxylgruppe von Oxylipinen, Phytohormonen und Aminos{\"a}uren mit 18O-Sauerstoff wurden allgemein anwendbare Methoden entwickelt. Die [18O]2-markierten Verbindungen erwiesen sich als stabil und eigneten sich als interner Standard in der GC-MS und HPLC-MS Analytik.}, subject = {Prostaglandine}, language = {de} } @phdthesis{Horn2017, author = {Horn, Hannes}, title = {Analysis and interpretation of (meta-)genomic data from host-associated microorganisms}, url = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-152035}, school = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg}, year = {2017}, abstract = {Host-microbe interactions are the key to understand why and how microbes inhabit specific environments. With the scientific fields of microbial genomics and metagenomics, evolving on an unprecedented scale, one is able to gain insights in these interactions on a molecular and ecological level. The goal of this PhD thesis was to make (meta-)genomic data accessible, integrate it in a comparative manner and to gain comprehensive taxonomic and functional insights into bacterial strains and communities derived from two different environments: the phyllosphere of Arabidopsis thaliana and the mesohyl interior of marine sponges. This thesis focused first on the de novo assembly of bacterial genomes. A 5-step protocol was developed, each step including a quality control. The examination of different assembly software in a comparative way identified SPAdes as most suitable. The protocol enables the user to chose the best tailored assembly. Contamination issues were solved by an initial filtering of the data and methods normally used for the binning of metagenomic datasets. This step is missed in many published assembly pipelines. The described protocol offers assemblies of high quality ready for downstream analysis. Subsequently, assemblies generated with the developed protocol were annotated and explored in terms of their function. In a first study, the genome of a phyllosphere bacterium, Williamsia sp. ARP1, was analyzed, offering many adaptions to the leaf habitat: it can deal with temperature shifts, react to oxygen species, produces mycosporins as protection against UV-light, and is able to uptake photosynthates. Further, its taxonomic position within the Actinomycetales was infered from 16S rRNA and comparative genomics showing the close relation between the genera Williamsia and Gordonia. In a second study, six sponge-derived actinomycete genomes were investigated for secondary metabolism. By use of state-of-the-art software, these strains exhibited numerous gene clusters, mostly linked to polykethide synthases, non-ribosomal peptide synthesis, terpenes, fatty acids and saccharides. Subsequent predictions on these clusters offered a great variety of possible produced compounds with antibiotic, antifungal or anti-cancer activity. These analysis highlight the potential for the synthesis of natural products and the use of genomic data as screening toolkit. In a last study, three sponge-derived and one seawater metagenomes were functionally compared. Different signatures regarding the microbial composition and GC-distribution were observed between the two environments. With a focus on bacerial defense systems, the data indicates a pronounced repertoire of sponge associated bacteria for bacterial defense systems, in particular, Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats, restriction modification system, DNA phosphorothioation and phage growth limitation. In addition, characterizing genes for secondary metabolite cluster differed between sponge and seawater microbiomes. Moreover, a variety of Type I polyketide synthases were only found within the sponge microbiomes. With that, metagenomics are shown to be a useful tool for the screening of secondary metabolite genes. Furthermore, enriched defense systems are highlighted as feature of sponge-associated microbes and marks them as a selective trait.}, subject = {Bakterien}, language = {en} } @article{LiuMaierhoferRybaketal.2019, author = {Liu, Yi and Maierhofer, Tobias and Rybak, Katarzyna and Sklenar, Jan and Breakspear, Andy and Johnston, Matthew G. and Fliegmann, Judith and Huang, Shouguang and Roelfsema, M. Rob G. and Felix, Georg and Faulkner, Christine and Menke, Frank L.H. and Geiger, Dietmar and Hedrich, Rainer and Robatzek, Silke}, title = {Anion channel SLAH3 is a regulatory target of chitin receptor-associated kinase PBL27 in microbial stomatal closure}, series = {eLife}, volume = {8}, journal = {eLife}, doi = {10.7554/eLife.44474}, url = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-202631}, pages = {e44474}, year = {2019}, abstract = {In plants, antimicrobial immune responses involve the cellular release of anions and are responsible for the closure of stomatal pores. Detection of microbe-associated molecular patterns (MAMPs) by pattern recognition receptors (PRRs) induces currents mediated via slow-type (S-type) anion channels by a yet not understood mechanism. Here, we show that stomatal closure to fungal chitin is conferred by the major PRRs for chitin recognition, LYK5 and CERK1, the receptor-like cytoplasmic kinase PBL27, and the SLAH3 anion channel. PBL27 has the capacity to phosphorylate SLAH3, of which S127 and S189 are required to activate SLAH3. Full activation of the channel entails CERK1, depending on PBL27. Importantly, both S127 and S189 residues of SLAH3 are required for chitin-induced stomatal closure and anti-fungal immunity at the whole leaf level. Our results demonstrate a short signal transduction module from MAMP recognition to anion channel activation, and independent of ABA-induced SLAH3 activation.}, language = {en} } @phdthesis{Mueller2021, author = {M{\"u}ller, Heike Milada}, title = {Anpassung an Trocken- und Salzstress: Untersuchungen an Modellpflanzen und Extremophilen}, doi = {10.25972/OPUS-17900}, url = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-179005}, school = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg}, year = {2021}, abstract = {Die wahrscheinlich gr{\"o}ßten Probleme des 21. Jahrhunderts sind der Klimawandel und die Sicherstellung der Nahrungsmittelversorgung f{\"u}r eine steigende Zahl an Menschen. Durch die Zunahme von extremen Wetterbedingungen wie Trockenheit und Hitze wird der Anbau konventioneller, wenig toleranter Nutzpflanzen erschwert und die dadurch notwendige, steigende Bew{\"a}sserung der Fl{\"a}chen f{\"u}hrt dar{\"u}ber hinaus zu einer zus{\"a}tzlichen Versalzung der B{\"o}den mit f{\"u}r Pflanzen toxischen Natrium- und Chlorid-Ionen. Kenntnisse {\"u}ber Anpassungsstrategien salztoleranter Pflanzen an Salzstress, aber auch detailliertes Wissen {\"u}ber die Steuerung der Transpiration und damit des Wasserverlusts von Pflanzen sind daher wichtig, um auch k{\"u}nftig ertragreiche Landwirtschaft betreiben zu k{\"o}nnen. In dieser Arbeit habe ich verschiedene Aspekte der pflanzlichen Stressphysiologie bearbeitet, die im Folgenden getrennt voneinander zusammengefasst werden. I. Funktionelle Unterschiede der PYR/PYL-Rezeptoren von Schließzellen Entscheidend f{\"u}r den Wasserstatus von Pflanzen ist die Kontrolle des Wasserverlusts durch Spalt{\"o}ffnungen (Stomata), die von einem Paar Schließzellen gebildet werden. Externe Faktoren wie Licht, Luftfeuchtigkeit und CO2, sowie interne Faktoren wie das Phytohormon Abszisins{\"a}ure (ABA) regulieren {\"u}ber Signalkaskaden die Stomaweite und dadurch den Wasserverlust. Die zugrunde liegenden Signalkaskaden {\"u}berlappen teilweise. Vor allem der Stomaschluss durch erh{\"o}htes CO2 und ABA weisen viele Gemeinsamkeiten auf und die Identifizierung des Konvergenzpunktes beider Signale ist immer noch aktueller Gegenstand der Forschung. Von besonderem Interesse sind dabei die in Schließzellen exprimierten ABA-Rezeptoren der PYR/PYL-Familie. Denn obwohl bislang nicht nachgewiesen werden konnte, dass CO2 zu einem Anstieg des ABA-Gehalts von Schließzellen f{\"u}hrt deuten einige Studien darauf hin, dass die ABA-Rezeptoren selbst am CO2-Signalweg beteiligt sind. Durch Untersuchungen der Stomareaktion von Arabidopsis ABA-Rezeptormutanten konnte ich in dieser Arbeit zeigen, dass die in Schließzellen exprimierten ABA-Rezeptoren der PYR/PYL-Familie funktionale Unterschiede aufweisen. F{\"u}nffach-Verlustmutanten der ABA-Rezeptoren PYR1, PYL2, 4, 5 und 8 (12458) waren in ihrem ABA-induzierten Stomaschluss beeintr{\"a}chtigt und nur die Komplementation mit PYL2 und in geringerem Maße PYR1 konnte die ABA-Sensitivit{\"a}t wiederherstellen. Die Stomata von 12458-Verlustmutanten waren außerdem insensitiv gegen{\"u}ber erh{\"o}htem CO2, was auf eine Beteiligung der ABA-Rezeptoren am CO2-induzierten Stomaschluss hindeutet und diese Sensitivit{\"a}t konnte nur durch die Komplementation mit PYL4 oder PYL5, nicht aber mit PYL2 wiederhergestellt werden. Somit konnten in dieser Arbeit erstmals funktionelle Unterschiede der PYR/PYLs beim Stoma-Schluss nachgewiesen werden. Alle externen und internen Stomaschluss-Signale haben außerdem Einfluss auf die Genexpression der Schließzellen und f{\"u}hren zu individuellen expressionellen Adaptionen. In vorangegangenen Microarray Studien konnte gezeigt werden, dass jeder Stimulus auch die Expression eines distinkten Sets an ABA-Rezeptoren beeinflusst. Im Rahmen dieser Arbeit konnte ich außerdem zeigen, dass die Expression der ABA-Rezeptoren bereits auf kleine {\"A}nderungen der ABA-Konzentration der Schließzellen reagiert und dass diese sich außerdem in ihrer Sensitivit{\"a}t gegen{\"u}ber ABA unterschieden. Geringe {\"A}nderungen der ABA-Konzentration von Schließzellen haben demnach Auswirkungen auf deren Rezeptor-zusammensetzung. Dar{\"u}ber hinaus konnte ich zeigen, dass die Rezeptoren die Expression unterschiedlicher nachgeschalteter Gene beeinflussen, was darauf hindeutet, dass Anpassungen des Rezeptorpools durch geringe {\"A}nderungen des ABA-Gehalts von Schließzellen schlussendlich auf genexpressioneller Ebene zur l{\"a}ngerfristigen Adaption an externe Bedingungen f{\"u}hren und die Rezeptoren auch hier funktional verschieden sind. II. Stomat{\"a}re Besonderheiten der toleranten Dattelpalme (Phoenix dactylifera) Dattelpalmen kommen nat{\"u}rlicherweise an besonders trockenen und heißen Standorten vor, an denen es aufgrund der harschen Bedingungen nur sehr wenigen Pflanzen m{\"o}glich ist {\"u}berhaupt zu wachsen. Ein naheliegender Grund f{\"u}r die herausragende Toleranz dieser Art gegen{\"u}ber wasserlimitierenden Bedingungen ist eine Anpassung der stomat{\"a}ren Regulation zu Gunsten des Wasserhaushalts. In dieser Arbeit konnte ich durch vergleichende Untersuchungen der lichtabh{\"a}ngigen Transpiration sowie dem ABA-induzierten Stomaschluss grundlegende Unterschiede in der Stomaphysiologie der Dattelpalmen und der eher sensitiven Modellpflanze Arabidopsis thaliana nachweisen. Blattgaswechselmessungen zeigten, dass Dattelpalmen in der Lage sind die Spalt{\"o}ffnungen bei niedrigen Lichtintensit{\"a}ten, bei denen Arabidopsis bereits deutlich ge{\"o}ffnete Stomata aufwies, geschlossen zu halten. Der bedeutendste Unterschied in der Stomaphysiologie von Dattelpalmen und Arabidopsis lag aber im ABA-induzierten Stomaschluss. W{\"a}hrend {\"u}ber die Petiole verabreichtes ABA bei Arabidopsis innerhalb von 15 Minuten zu einem vollst{\"a}ndigen Stomaschluss f{\"u}hrte, konnte ich in dieser Arbeit zeigen, dass der ABA-induzierte Stomaschluss der Datteln nitratabh{\"a}ngig ist. ABA allein f{\"u}hrte nur zu einem sehr langsamen Stomaschluss der innerhalb einer Stunde nicht vollst{\"a}ndig abgeschlossen war. Nur in Gegenwart von Nitrat f{\"u}hrte die ABA-Gabe in den Transpirationsstrom der Fiederbl{\"a}tter der Datteln zu einem schnellen und vollst{\"a}ndigen Stomaschluss. In Arabidopsis wird der in Schließzellen vorkommende Anionenkanal AtSLAC1 durch eine {\"u}ber den ABA-Signalweg vermittelte Phosphorylierung aktiviert, was schlussendlich zur Aktivierung spannungsabh{\"a}ngiger Kationenkan{\"a}le und zum Ausstrom von Kalium aus den Schließzellen f{\"u}hrt. Es konnte gezeigt werden, dass die Nitratabh{\"a}ngigkeit der ABA-Antwort der Schließzellen von Dattelpalmen auf Eigenschaften von PdSLAC1 zur{\"u}ckzuf{\"u}hren ist und dieser Kanal nur in Anwesenheit von extrazellul{\"a}rem Nitrat aktivierbar ist. Mittlerweile konnte, unter anderem basierend auf diesen Ergebnissen, eine Tandem-Aminos{\"a}uresequenz identifiziert werden, die die SLAC-Homologe monokotyler Pflanzen wie der Dattelpalme von der dikotyler Pflanzen unterscheidet und zumindest teilweise f{\"u}r die nitratabh{\"a}ngige Aktivierung des Stomaschlusses vieler monokotyler verantwortlich ist. III. Die Salztoleranz von Phoenix dactylifera und Chenopodium quinoa Sowohl Dattelpalmen als auch C. quinoa weisen, verglichen mit den meisten anderen Pflanzen, eine hohe Toleranz gegen{\"u}ber NaCl-haltigen B{\"o}den auf. In dieser Arbeit habe ich die Salztoleranz beider Arten untersucht, um so Strategien zu identifizieren, die diesen Pflanzen diese gesteigerte Toleranz erm{\"o}glichen. Dattelpalmen k{\"o}nnen nat{\"u}rlicherweise auf salzigen B{\"o}den wachsen. Makroskopisch weisen diese Pflanzen aber keine Anpassungen wie bspw. Salzdr{\"u}sen auf und bislang ist unklar wie Dattelpalmen mit dem NaCl aus dem Boden umgehen. In dieser Arbeit konnte ich zeigen, dass der Natriumgehalt der Fiederbl{\"a}tter der Datteln durch eine sechsw{\"o}chige Bew{\"a}sserung mit 600mM NaCl, was ungef{\"a}hr der Konzentration von Meerwasser entspricht, nicht zunimmt. Demnach sind Datteln so genannte „Exkluder", also Pflanzen, die eine {\"u}berm{\"a}ßige Natriumaufnahme in photosynthetisch aktives Gewebe vermeiden. Der Natriumgehalt der Wurzeln dagegen nahm unter Salzstress aber zu. Diese Zunahme war allerdings in unterschiedlichen Bereichen der Wurzeln verschieden stark. Flammenphotometrische Messungen ergaben einen vom Wurzelansatz ausgehenden graduellen Anstieg des Natriumgehalts, der an der Wurzelspitze am h{\"o}chsten war. Dar{\"u}ber hinaus konnte eine Induktion von PdSOS1, einem putativen Na+/H+-Antiporter in diesen unteren, natriumhaltigen Bereichen nachgewiesen werden. Eine hohe SOS1-Aktivit{\"a}t gilt bereits in anderen toleranten Arten als Schl{\"u}sselmerkmal f{\"u}r deren Toleranz und die gesteigerte Expression von PdSOS1 deutet auf eine erh{\"o}hte Natrium-Exportrate aus der Wurzel zur{\"u}ck in den Boden in diesen unteren Bereichen hin, was schlussendlich den Ausschluss von Natrium vermitteln k{\"o}nnte. In sensitiven Arten f{\"u}hrt Salzstress h{\"a}ufig zu einer Abnahme der Kaliumkonzentration des Gewebes. Interessanterweise war dies weder f{\"u}r das Blatt- noch das Wurzelgewebe der Dattelpalmen der Fall. Der Kaliumgehalt beider Gewebe blieb trotz der Bew{\"a}sserung der Pflanzen mit Salzwasser konstant. Auf expressioneller Ebene konnte ich dar{\"u}ber hinaus zeigen, dass PdHAK5, ein putativer hochaffiner Kaliumtransporter, der unter Kontrollbedingungen {\"u}berwiegend in den oberen Wurzelabschnitten exprimiert wurde, durch den Salzstress dort reprimiert wurde. PdKT, ebenfalls ein putatives Kalium-Transportprotein dagegen, wurde nicht durch die Salzbehandlung beeinflusst, was zusammengenommen darauf hindeutet, dass das Aufrechterhalten des Kaliumgehalts bei Salzstress durch die differentielle Regulation verschiedener Kaliumaufnahmesysteme gew{\"a}hrleistet wird. Der effiziente Ausschluss von Natrium zusammen mit dem hohen K+/Na+-Verh{\"a}ltnis k{\"o}nnten demnach Schl{\"u}sselmerkmale f{\"u}r die hohe Salztoleranz von Phoenix dactylifera darstellen. Quinoa ist, {\"a}hnlich wie die Dattelpalme, eine salztolerante Nutzpflanze. Im Gegensatz zu Dattelpalmen weist Quinoa allerdings besondere Strukturen auf der Epidermis auf, die so genannten epidermalen Blasenhaare (englisch: epidermal bladder cells, EBCs). Die Funktion dieser ballonartig vergr{\"o}ßerten Zellen als externe Salzspeicher wird seit l{\"a}ngerem diskutiert. Flammenphotometrische Messungen des Natriumgehalts von Quinoa unter Salzstressbedingungen ergaben, dass Quinoa anders als Dattelpalmen, Natrium in die oberirdischen, photosynthetisch aktiven Organe aufnimmt. Auch die Zunahme des Natriumgehalts der EBCs konnte ich nachweisen. Junge Bl{\"a}tter haben eine hohe Dichte an intakten EBCs, was deren Funktion als externe Salzspeicher besonders zum Schutz dieser jungen Bl{\"a}tter nahelegt. mRNA-Sequenzierungen ergaben dar{\"u}ber hinaus, dass die EBCs bereits unter Kontrollbedingungen viele in grundlegende Stoffwechselprozesse involvierte Gene sowie membranst{\"a}ndige Transportproteine differentiell exprimieren. Diese Unterschiede im Transkriptom der EBCs zum Blattgewebe zeigen, dass katabole Stoffwechselwege nur eine untergeordnete Rolle in den hochspezialisierten EBCs spielen und deren Stoffwechsel auf dem Import energiereicher Zucker und Aminos{\"a}uren basiert. Mittels qPCR-Messungen und RNA-Sequenzierungen konnte ich die gewebespezifische Expression verschiedener Transportproteine nachweisen, die eine gerichtete Aufnahme von Natrium in EBCs erm{\"o}glichen k{\"o}nnten. Besonders die differentielle Expression eines Natriumkanals der HKT1-Familie deutet auf dessen Beteiligung an der Natriumbeladung der EBCs hin. CqHKT1.2 wurde ausschließlich in EBCs exprimiert und die elektrophysiologische Charakterisierung dieses Transportproteins ergab eine spannungsabh{\"a}ngige Natriumleitf{\"a}higkeit. Dieser Natriumkanal kann demnach die Natriumaufnahme bei Membranspannungen nahe dem Ruhepotential in die EBCs vermitteln und die Deaktivierung des CqHKT1.2 bei depolarisierenden Membranspannungen kann dar{\"u}ber hinaus einen Efflux von Na+ aus den EBCs verhindern. Auch das Expressionsmuster eines putativen Na+/H+-Antiporters (CqSOS1) der nur sehr gering in EBCs aber deutlich h{\"o}her in Blattgewebe exprimiert wurde, deutet auf eine indirekte Beteiligung dieses SOS1 an der Beladung der EBCs hin. Bereits charakterisierte SOS1-Proteine anderer Pflanzen zeigten unter physiologischen Bedingungen eine Natriumexport-Aktivit{\"a}t. CqSOS1 k{\"o}nnte demnach den Export von Natrium aus Mesophyll- und Epidermiszellen der Bl{\"a}tter in den Apoplasten vermitteln, welches dann {\"u}ber CqHKT1.2 in die EBCs aufgenommen wird. Trotz der Natriumaufnahme in die oberirdischen Teile und die EBCs f{\"u}hrte die Salzbehandlung {\"a}hnlich wie bei den Datteln nicht zu einer Abnahme des bemerkenswert hohen Kaliumgehalts. Mittels qPCR-Untersuchungen konnte ich die Expression verschiedener HAK-Orthologe nachweisen, deren Aktivit{\"a}t die Aufrechterhaltung des Kaliumgehalts unter Salzstress vermitteln k{\"o}nnten. Fr{\"u}here Studien konnten zeigen, dass Salzstress bei Quinoa wie bei vielen salztoleranten Arten zu einem Anstieg der Konzentration von kompatiblen gel{\"o}sten Substanzen und besonders von Prolin f{\"u}hrt. In dieser Arbeit konnte ich die hohe Expression eines Prolintransporters in EBCs nachweisen, was eher auf einen importbasierten Anstieg der Prolinkonzentration als auf die Synthese innerhalb der EBCs schließen l{\"a}sst. Zusammengefasst ergaben der Anstieg des Natriumgehalts der EBCs in Verbindung mit den Ergebnissen der RNA-Sequenzierung und den erg{\"a}nzenden qPCR Messungen, dass die EBCs von Quinoa bereits unter Kontrollbedingen f{\"u}r die Aufnahme von {\"u}bersch{\"u}ssigen Ionen unter Salzstress spezialisierte Zellen sind, deren Spezialisierung auf dem Import von energiereichreichen Zucken und anderen Substanzen basiert.}, subject = {Botanik}, language = {de} } @article{YoussifHaggagElshamyetal.2019, author = {Youssif, Khayrya A. and Haggag, Eman G. and Elshamy, Ali M. and Rabeh, Mohamed A. and Gabr, Nagwan M. and Seleem, Amany and Salem, M. Alaraby and Hussein, Ahmed S. and Krischke, Markus and Mueller, Martin J. and Ramadan Abdelmohsen, Usama}, title = {Anti-Alzheimer potential, metabolomic profiling and molecular docking of green synthesized silver nanoparticles of Lampranthus coccineus and Malephora lutea aqueous extracts}, series = {PLoS ONE}, volume = {14}, journal = {PLoS ONE}, number = {11}, doi = {10.1371/journal.pone.0223781}, url = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-202696}, pages = {e0223781}, year = {2019}, abstract = {The green synthesis of silver nanoparticles (SNPs) using plant extracts is an eco-friendly method. It is a single step and offers several advantages such as time reducing, cost-effective and environmental non-toxic. Silver nanoparticles are a type of Noble metal nanoparticles and it has tremendous applications in the field of diagnostics, therapeutics, antimicrobial activity, anticancer and neurodegenerative diseases. In the present work, the aqueous extracts of aerial parts of Lampranthus coccineus and Malephora lutea F. Aizoaceae were successfully used for the synthesis of silver nanoparticles. The formation of silver nanoparticles was early detected by a color change from pale yellow to reddish-brown color and was further confirmed by transmission electron microscope (TEM), UV-visible spectroscopy, Fourier transform infrared (FTIR) spectroscopy, dynamic light scattering (DLS), X-ray diffraction (XRD), and energy-dispersive X-ray diffraction (EDX). The TEM analysis of showed spherical nanoparticles with a mean size between 12.86 nm and 28.19 nm and the UV- visible spectroscopy showed λ\(_{max}\) of 417 nm, which confirms the presence of nanoparticles. The neuroprotective potential of SNPs was evaluated by assessing the antioxidant and cholinesterase inhibitory activity. Metabolomic profiling was performed on methanolic extracts of L. coccineus and M. lutea and resulted in the identification of 12 compounds, then docking was performed to investigate the possible interaction between the identified compounds and human acetylcholinesterase, butyrylcholinesterase, and glutathione transferase receptor, which are associated with the progress of Alzheimer's disease. Overall our SNPs highlighted its promising potential in terms of anticholinesterase and antioxidant activity as plant-based anti-Alzheimer drug and against oxidative stress.}, language = {en} } @article{PimentelElardoKozytskaBugnietal.2010, author = {Pimentel-Elardo, Sheila Marie and Kozytska, Svitlana and Bugni, Tim S. and Ireland, Chris M. and Moll, Heidrun and Hentschel, Ute}, title = {Anti-Parasitic Compounds from Streptomyces sp. Strains Isolated from Mediterranean Sponges}, url = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-68312}, year = {2010}, abstract = {Actinomycetes are prolific producers of pharmacologically important compounds accounting for about 70\% of the naturally derived antibiotics that are currently in clinical use. In this study, we report on the isolation of Streptomyces sp. strains from Mediterranean sponges, on their secondary metabolite production and on their screening for anti-infective activities. Bioassay-guided isolation and purification yielded three previously known compounds namely, cyclic depsipeptide valinomycin, indolocarbazole alkaloid staurosporine and butenolide. This is the first report of the isolation of valinomycin from a marine source. These compounds exhibited novel anti-parasitic activities specifically against Leishmania major (valinomycin IC50 < 0.11 μM; staurosporine IC50 5.30 μM) and Trypanosoma brucei brucei (valinomycin IC50 0.0032 μM; staurosporine IC50 0.022 μM; butenolide IC50 31.77 μM). These results underscore the potential of marine actinomycetes to produce bioactive compounds as well as the re-evaluation of previously known compounds for novel anti-infective activities.}, subject = {Biologie}, language = {en} } @article{vanDintherZhangWeidaueretal.2013, author = {van Dinther, Maarten and Zhang, Juan and Weidauer, Stella E. and Boschert, Verena and Muth, Eva-Maria and Knappik, Achim and de Gorter, David J. J. and van Kasteren, Puck B. and Frisch, Christian and M{\"u}ller, Thomas D. and ten Dijke, Peter}, title = {Anti-Sclerostin Antibody Inhibits Internalization of Sclerostin and Sclerostin-Mediated Antagonism of Wnt/LRP6 Signaling}, series = {PLoS ONE}, volume = {8}, journal = {PLoS ONE}, number = {4}, doi = {10.1371/journal.pone.0062295}, url = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-130981}, pages = {e62295}, year = {2013}, abstract = {Sclerosteosis is a rare high bone mass disease that is caused by inactivating mutations in the SOST gene. Its gene product, Sclerostin, is a key negative regulator of bone formation and might therefore serve as a target for the anabolic treatment of osteoporosis. The exact molecular mechanism by which Sclerostin exerts its antagonistic effects on Wnt signaling in bone forming osteoblasts remains unclear. Here we show that Wnt3a-induced transcriptional responses and induction of alkaline phosphatase activity, an early marker of osteoblast differentiation, require the Wnt co-receptors LRP5 and LRP6. Unlike Dickkopf1 (DKK1), Sclerostin does not inhibit Wnt-3a-induced phosphorylation of LRP5 at serine 1503 or LRP6 at serine 1490. Affinity labeling of cell surface proteins with \([^{125} I]\) Sclerostin identified LRP6 as the main specific Sclerostin receptor in multiple mesenchymal cell lines. When cells were challenged with Sclerostin fused to recombinant green fluorescent protein (GFP) this was internalized, likely via a Clathrin-dependent process, and subsequently degraded in a temperature and proteasome-dependent manner. Ectopic expression of LRP6 greatly enhanced binding and cellular uptake of Sclerostin-GFP, which was reduced by the addition of an excess of non-GFP-fused Sclerostin. Finally, an anti-Sclerostin antibody inhibited the internalization of Sclerostin-GFP and binding of Sclerostin to LRP6. Moreover, this antibody attenuated the antagonistic activity of Sclerostin on canonical Wnt-induced responses.}, language = {en} } @phdthesis{Abdelmohsen2010, author = {Abdelmohsen, Usama Ramadan}, title = {Antimicrobial Activities from Plant Cell Cultures and Marine Sponge-Associated Actinomycetes}, url = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-51483}, school = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg}, year = {2010}, abstract = {This thesis is divided into three parts with the main goal allocating novel antimicrobial compounds that could be used as future antibiotics. The first part aimed to evaluate the potential of plant suspension cultures for the production of antimicrobial proteins. The extracellular, intracellular and cell wall bound fractions of seven heterotrophic and photomixotrophic plant cell suspension cultures treated with nine different elicitors were tested for the elicitor dependent production of antimicrobial proteins. Bioactivities were tested against a selected panel of human isolates including Gram-positive and Gram-negative bacteria as well as fungi using the disc diffusion assay. The intracellular fractions of elicited cell cultures were more active than extracellular fractions while the cell wall bound fractions showed lowest activities. Among the 21 fractions tested, the intracellular fraction of Lavendula angustifolia elicited with DC3000 was most active against Candida maltosa. The second most active fraction was the intracellular fraction of Arabidopsis thaliana elicited with salicylic acid which was moreover active against all test strains. The antimicrobial activity of elicited Arabidopsis thaliana cell cultures was tested by bioautography to locate the antimicrobial proteins in the crude extract. The intracellular fraction of photomixotrophic Arabidopsis thaliana cells elicited with salicylic acid was selected for further gel filtration chromatography on S-200 column leading to the purification of one 19 kDa antimicrobially active protein, designated, AtAMP. Our findings suggest that elicited plant cell cultures may present a new promising alternative source of antimicrobial proteins. The second part comprises the isolation of actinomycetes associated with marine sponges and testing the bioactivities of new species for further investigations. Actinobacterial communities of eleven taxonomically different sponges that had been collected from offshore Ras Mohamed (Egypt) and from Rovinj (Croatia) were investigated by a culture-based approach using different standard media for isolation of actinomycetes and media enriched with aqueous sponge extract to target rare and new actinomycete species. Phylogenetic characterization of 52 representative isolates out of 90 based on almost complete sequences of genes encoding 16S rRNA supported their assignment to 18 different actinomycete genera. Altogether 14 putatively new species were identified based on sequence similarity values below 98.2\% to other strains in the NCBI database. The use of M1 agar amended with aqueous sponge extract yielded a putative new genus related to Rubrobacter which highlighting the need for innovative cultivation protocols. Biological activity testing showed that five isolates were active against Gram-positives only, one isolate was active against Candida albicans only and one isolate showed activity against both groups of pathogens. Moreover, the antiparasistic activity was documented for four isolates. These results showed a high diversity of actinomycetes associated with marine sponges as well as highlighted their potential to produce anti-infective agents. The third part of the thesis focused on the isolation and structure elucidation of new bioactive compounds. Streptomyces strain RV15 recovered from sponge Dysidea tupha, was selected for further chemical analysis by virtue of the fact that it exhibited the greatest antimicrobial potential against Staphylococcus aureus as well as Candida albicans among the all tested strains. Moreover, members of the genus Streptomyces are well known as prolific producers of interesting pharmacologically active metabolites. Chemical analysis of the methanolic crude extract using different chromatographic tools yielded four new compounds. The structures of the new compounds were spectroscopically elucidated to be four new cyclic peptides, namely, cyclodysidins A-D. Their bioactivity was tested against different proteases, bacteria and Candida as well as tumor cell lines. The compounds did not show any significant activities at this point.}, subject = {Antimikrobieller Wirkstoff}, language = {en} } @phdthesis{Tabares2011, author = {Tabares, Paula}, title = {Antimicrobial, anti-protease and immunomodulatory activities of secondary metabolites from Caribbean sponges and their associated bacteria}, url = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-67000}, school = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg}, year = {2011}, abstract = {Marine sponges and their associated bacteria have been proven to be a rich source of novel secondary metabolites with therapeutic usefulness in infection and autoimmunity. This Ph.D. project aimed to isolate bioactive secondary metabolites from the marine sponges Amphimedon compressa, Aiolochroia crassa and Theonella swinhoei as well as from bacteria associated with different Caribbean sponges, specifically actinomycetes and sphingomonads. In this study, amphitoxin was isolated from the crude methanol extract of the sponge A. compressa and it was found to have antibacterial and anti-parasitic activities. Amphitoxin showed protease inhibitory activity when tested against the mammalian protease cathepsin B and the parasitic proteases rhodesain and falcipain-2. Furthermore, miraziridine A was identified in the dichloromethane extract of the sponge T. swinhoei collected offshore Israel in the Red Sea. Miraziridine A, a natural peptide isolated previously from the marine sponge Theonella aff. mirabilis, is a potent cathepsin B inhibitor with an IC50 value of 1.4 g/mL (2.1 M). Secondary metabolites from sponge-derived bacteria were also isolated and identified. A total of 79 strains belonging to 20 genera of the order Actinomycetales and seven strains belonging to two genera of the order Sphingomonadales were cultivated from 18 different Caribbean sponges and identified by 16S rRNA gene sequencing. Seven of these strains are likely to represent novel species. Crude extracts from selected strains were found to exhibit protease inhibition against cathepsins B and L, rhodesain, and falcipain-2 as well as immunomodulatory activities such as induction of cytokine release by human peripheral blood mononuclear cells. The isolates Sphingobium sp. CO105 and Lapillicoccus sp. BA53 were selected for cultivation, extraction and purification of bioactive metabolites based on initial bioactive screening results. The isoalloxazine isolumichrome was isolated from the strain Sphingobium sp. CO105 which inhibited the protease rhodesain with an IC50 of 0.2 M. The strain Lapillicoccus sp. BA53 was found to produce p-aminosalicylic acid methyl ester, which showed activity against the proteases cathepsins B and L, falcipain-2 and rhodesain. These results highlight the significance of marine sponge-associated bacteria to produce bioactive secondary metabolites with therapeutic potential in the treatment of infectious diseases and disorders of the immune system.}, subject = {Schw{\"a}mme}, language = {en} } @article{AbdelmohsenSzesnyOthmanetal.2012, author = {Abdelmohsen, Usama Ramadan and Szesny, Matthias and Othman, Eman Maher and Schirmeister, Tanja and Grond, Stepanie and Stopper, Helga and Hentschel, Ute}, title = {Antioxidant and Anti-Protease Activities of Diazepinomicin from the Sponge-Associated Micromonospora Strain RV115}, url = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-76279}, year = {2012}, abstract = {Diazepinomicin is a dibenzodiazepine alkaloid with an unusual structure among the known microbial metabolites discovered so far. Diazepinomicin was isolated from the marine sponge-associated strain Micromonospora sp. RV115 and was identified by spectroscopic analysis and by comparison to literature data. In addition to its interesting preclinical broad-spectrum antitumor potential, we report here new antioxidant and anti-protease activities for this compound. Using the ferric reducing antioxidant power (FRAP) assay, a strong antioxidant potential of diazepinomicin was demonstrated. Moreover, diazepinomicin showed a significant antioxidant and protective capacity from genomic damage induced by the reactive oxygen species hydrogen peroxide in human kidney (HK-2) and human promyelocytic (HL-60) cell lines. Additionally, diazepinomicin inhibited the proteases rhodesain and cathepsin L at an IC50 of 70-90 μM. It also showed antiparasitic activity against trypomastigote forms of Trypanosoma brucei with an IC50 of 13.5 μM. These results showed unprecedented antioxidant and anti-protease activities of diazepinomicin, thus further highlighting its potential as a future drug candidate.}, subject = {Biologie}, language = {en} } @article{RostasBollmannSavilleetal.2018, author = {Rost{\´a}s, Michael and Bollmann, Felix and Saville, David and Riedel, Michael}, title = {Ants contribute to pollination but not to reproduction in a rare calcareous grassland forb}, series = {PeerJ}, volume = {6}, journal = {PeerJ}, doi = {10.7717/peerj.4369}, url = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-227053}, pages = {e4369, 1-16}, year = {2018}, abstract = {The number of plants pollinated by ants is surprisingly low given the abundance of ants and the fact that they are common visitors of angiosperms. Generally ants are considered as nectar robbers that do not provide pollination service. We studied the pollination system of the endangered dry grassland forb Euphorbia seguieriana and found two ant species to be the most frequent visitors of its flowers. Workers of Formica cunicularia carried five times more pollen than smaller Tapinoma erraticum individuals, but significantly more viable pollen was recovered from the latter. Overall, the viability of pollen on ant cuticles was significantly lower (p < 0.001)-presumably an antibiotic effect of the metapleural gland secretion. A marking experiment suggested that ants were unlikely to facilitate outcrossing as workers repeatedly returned to the same individual plant. In open pollinated plants and when access was given exclusively to flying insects, fruit set was nearly 100\%. In plants visited by ants only, roughly one third of flowers set fruit, and almost none set fruit when all insects were excluded. The germination rate of seeds from flowers pollinated by flying insects was 31 +/- 7\% in contrast to 1 +/- 1\% resulting from ant pollination. We conclude that inbreeding depression may be responsible for the very low germination rate in ant pollinated flowers and that ants, although the most frequent visitors, play a negligible or even deleterious role in the reproduction of E. seguieriana. Our study reiterates the need to investigate plant fitness effects beyond seed set in order to confirm ant-plant mutualisms.}, language = {en} } @article{RaheemTawfikeAbdelmohsenetal.2019, author = {Raheem, Dotsha J. and Tawfike, Ahmed F. and Abdelmohsen, Usama R. and Edrada-Ebel, RuAngelie and Fitzsimmons-Thoss, Vera}, title = {Application of metabolomics and molecular networking in investigating the chemical profile and antitrypanosomal activity of British bluebells (\(Hyacinthoides\) \(non-scripta\))}, series = {Scientific Reports}, volume = {9}, journal = {Scientific Reports}, doi = {10.1038/s41598-019-38940-w}, url = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-224935}, pages = {2547, 1-13}, year = {2019}, abstract = {Bulb, leaf, scape and flower samples of British bluebells (Hyacinthoides non-scripta) were collected regularly for one growth period. Methanolic extracts of freeze-dried and ground samples showed antitrypanosomal activity, giving more than 50\% inhibition, for 20 out of 41 samples. High-resolution mass spectrometry was used in the dereplication of the methanolic extracts of the different plant parts. The results revealed differences in the chemical profile with bulb samples being distinctly different from all aerial parts. High molecular weight metabolites were more abundant in the flowers, shoots and leaves compared to smaller molecular weight ones in the bulbs. The anti-trypanosomal activity of the extracts was linked to the accumulation of high molecular weight compounds, which were matched with saponin glycosides, while triterpenoids and steroids occurred in the inactive extracts. Dereplication studies were employed to identify the significant metabolites via chemotaxonomic filtration and considering their previously reported bioactivities. Molecular networking was implemented to look for similarities in fragmentation patterns between the isolated saponin glycoside at m/z 1445.64 [M + formic-H](-) equivalent to C64H104O33 and the putatively found active metabolite at m/z 1283.58 [M + formic-H](-) corresponding to scillanoside L-1. A combination of metabolomics and bioactivity-guided approaches resulted in the isolation of a norlanostane-type saponin glycoside with antitrypanosoma I activity of 98.9\% inhibition at 20 mu M.}, language = {en} } @phdthesis{Woitke2001, author = {Woitke, Markus}, title = {Artenkombination, Etablierungsstadium und anthropogenes St{\"o}rungsregime als Einflußfaktoren auf die Bestandsentwicklung der invasiven Brassicaceae Bunias orientalis L. und Rorippa austriaca (Crantz)Besser in experimenteller Vegetation}, url = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-2500}, school = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg}, year = {2001}, abstract = {Einerseits werden anthropogene St{\"o}rungen oft genannt, um erfolgreiche Invasionen von invasiven Organismen in ihren neuen Arealen zu erkl{\"a}ren. Andererseits sind g{\"a}ngige Theorien pflanzlicher Invasionen h{\"a}ufig f{\"u}r ihren limitierten erkl{\"a}renden und voraussagenden Wert kritisiert worden, haupts{\"a}chlich aus Gr{\"u}nden der {\"o}kologisch komplexen Zusammenh{\"a}nge, die Invasionen zu Grunde liegen. Die {\"o}kologische Komplexit{\"a}t eines andauernden Invasionsprozesses zweier invasiver Brassicaceen ber{\"u}cksichtigend, wurde diese Studie durchgef{\"u}hrt, um experimentell die wichtigsten Faktoren zu bestimmen, die den an Feldstandorten zu beobachtenden variablen Dominanz-Mustern der Arten im Vergleich zu vergesellschafteten indigenen Arten zugrunde liegen. Das Vorkommen, die relative H{\"a}ufigkeit und die Dynamik der genannten Arten in spontanen Best{\"a}nden stand daher im Zentrum dieser Arbeit. Ziel der Arbeit war es, auf der Basis des erlangten Verst{\"a}ndnisses der funktionellen {\"O}kologie der Kodominanzgesellschaften Vorhersagen zum gegenw{\"a}rtig fortschreitenden Invasionsprozeß zu machen. Die Bestandsentwicklung (Wachstum und Fitneß) der zwei invasiven Arten wurde in Abh{\"a}ngigkeit unterschiedlicher Artenkombination, Etablierungsstadium und anthropogenem St{\"o}rungsregime in experimenteller Vegetation untersucht. Diese Untersuchungen sind von unmittelbarer Bedeutung f{\"u}r das untersuchte System, weil eine m{\"o}glichst 'naturgetreue' Artenvergesellschaftung an einem geeigneten Standort gew{\"a}hlt wurde. Dar{\"u}ber hinaus sollte durch die Dauer des Experiments (3 volle Vegetationsperioden) vermieden werden, daß es zu Fehleinsch{\"a}tzungen von Bestandsentwicklungsdynamiken kommt, die aus zu kurzen Beobachtungszeitr{\"a}umen resultieren k{\"o}nnen und f{\"u}r pr{\"a}diktive Aussagen bedeutungslos sind. Die dieser Arbeit zugrunde liegenden Fragen und Hypothesen waren: (?) Werden die invasiven relativ zu den indigenen Arten durch St{\"o}rungsmanagements gef{\"o}rdert? F{\"u}hrt wiederholte St{\"o}rung zu einer Verst{\"a}rkung der Effekte {\"u}ber die Zeit? (!) Hypothese: Die invasiven k{\"o}nnen relativ zu den indigenen Arten unter dem Einfluß von St{\"o}rungsmanagements profitieren, wobei die Unterschiede mit der Zeit st{\"a}rker werden. (.)Die Hypothese wird durch die Ergebnisse best{\"a}tigt. Kumulative, durch wiederholte St{\"o}rungen verursachte Effekte, f{\"o}rdern die Invasiven relativ zu den Indigenen. (?) Unterscheiden sich die unterschiedlichen St{\"o}rungsregime in ihren Effekten voneinander? (!) Hypothese: Beide invasive Arten reagieren in {\"a}hnlicher Weise. Eine zunehmende St{\"o}rungsintensit{\"a}t (P>M2>M1>K) verst{\"a}rkt die Effekte. (.)Diese Hypothese wird durch die Ergebnisse teilweise best{\"a}tigt. Insgesamt gesehen werden die Invasiven durch eine zunehmende Intensit{\"a}t der St{\"o}rung st{\"a}rker gef{\"o}rdert. Allerdings unterscheiden sich die beiden Arten in ihrer Reaktion auf unterschiedliche St{\"o}rungen erheblich. B. orientalis profitierte nur m{\"a}ßig, sowohl von Mahd als auch von Bodenabtragung. R. austriaca dagegen wurde von Mahd eher beeintr{\"a}chtigt und profitierte sehr stark von Bodenabtragung. (?) Wie wirken sich Variationen in der Zusammensetzung von Etablierungsstadien zu Beginn einer Bestandsentwicklung aus? (!)Hypothese: Ein Entwicklungsvorsprung, i.a. ein weiter fortgeschrittenes Etablierungssstadium im Vergleich zu den vergesellschafteten Indigenen, sollte f{\"u}r die Invasiven von Vorteil sein. Im Falle, daß beide Gruppen durch gleiche Etablierungsstadien vertreten sind, sollte die Etablierung aus juvenilen Stadien vorteilhafter sein als jene aus adultem Pflanzenmaterial, weil angenommen wird, daß invasive Arten hohe anf{\"a}ngliche Wachstumsraten juveniler Stadien aufweisen. (.) Auch diese Hypothese kann durch die Ergebnisse nur teilweise best{\"a}tigt werden. Ein Etablierungsvorsprung ist f{\"u}r die Invasiven nur zu Beginn der Bestandsentwicklung bedeutend. Dar{\"u}ber hinaus profitiert R. austriaca relativ st{\"a}rker von der Regeneration aus adultem Pflanzenmaterial. Zur{\"u}ckzuf{\"u}hren ist das auf das enorme Potential dieser Art, aus fragmentierten Pflanzen erfolgreich zu regenerieren. (?) Haben unterschiedliche Artenkombinationen einen Einfluß auf die Reaktion der Invasiven auf die unterschiedlichen St{\"o}rungsregime und Etablierungsstadien? (!) Hypothese: Ein Unterschied in der Reaktion wird erwartet, aber keine Ver{\"a}nderung der wesentlichen Muster. (.) Der Austausch einer Art (funktioneller {\"O}kotyp) der f{\"u}nf (sechs) vergesellschafteten Arten in experimenteller Vegetation hatte einen st{\"a}rkeren Effekt auf die Ergebnisse als erwartet. Es zeigt sich, daß die An- oder Abwesenheit eines funktionellen {\"O}kotyps daf{\"u}r verantwortlich ist, ob die invasive Art in ihrer Bestandsentwicklung prosperiert oder beeintr{\"a}chtigt wird. Zusammenfassend l{\"a}ßt sich sagen, daß die Invasiven schwache Konkurrenten sind, aber von anthropogener St{\"o}rung opportun profitieren. Ihre Entwicklung in den weit verbreiteten 'Co-Dominanzgesellschaften', welche Betrachtungsgegenstand dieser Untersuchung waren, h{\"a}ngt eindeutig mit allen vier untersuchten Faktoren zusammen und ist von diesen abh{\"a}ngig: Artidentit{\"a}t, Art der St{\"o}rung, Etablierungsstadium und Artkombination. Die Effekte dieser Faktoren interagieren in komplexer Art und Weise. Zieht man die gegenw{\"a}rtige Art der Landnutzung in der Region in Betracht, muß davon ausgegangen werden, daß beide Arten in m{\"a}ßig bis stark gest{\"o}rten krautigen Gesellschaften mit ausreichender N{\"a}hrstoffversorgung weiter zunehmen werden. Der Invasionserfolg von R. austriaca wird st{\"a}rker von Bodenst{\"o}rung und Bodentranslokation abh{\"a}ngen, w{\"a}hrend f{\"u}r B. orientalis zu erwarten ist, daß sie vor allem an gem{\"a}hten Standorten mit nicht zu dichtem Bestand an Gr{\"a}sern weiter expandieren wird.}, subject = {{\"O}sterreichische Sumpfkresse}, language = {de} } @article{ZhangZhengZhengetal.2019, author = {Zhang, Yonghong and Zheng, Lanlan and Zheng, Yan and Zhou, Chao and Huang, Ping and Xiao, Xiao and Zhao, Yongheng and Hao, Xincai and Hu, Zhubing and Chen, Qinhua and Li, Hongliang and Wang, Xuanbin and Fukushima, Kenji and Wang, Guodong and Li, Chen}, title = {Assembly and Annotation of a Draft Genome of the Medicinal Plant Polygonum cuspidatum}, series = {Frontiers in Plant Science}, volume = {10}, journal = {Frontiers in Plant Science}, issn = {1664-462X}, doi = {10.3389/fpls.2019.01274}, url = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-189279}, pages = {1274}, year = {2019}, abstract = {Polygonum cuspidatum (Japanese knotweed, also known as Huzhang in Chinese), a plant that produces bioactive components such as stilbenes and quinones, has long been recognized as important in traditional Chinese herbal medicine. To better understand the biological features of this plant and to gain genetic insight into the biosynthesis of its natural products, we assembled a draft genome of P. cuspidatum using Illumina sequencing technology. The draft genome is ca. 2.56 Gb long, with 71.54\% of the genome annotated as transposable elements. Integrated gene prediction suggested that the P. cuspidatum genome encodes 55,075 functional genes, including 6,776 gene families that are conserved in the five eudicot species examined and 2,386 that are unique to P. cuspidatum. Among the functional genes identified, 4,753 are predicted to encode transcription factors. We traced the gene duplication history of P. cuspidatum and determined that it has undergone two whole-genome duplication events about 65 and 6.6 million years ago. Roots are considered the primary medicinal tissue, and transcriptome analysis identified 2,173 genes that were expressed at higher levels in roots compared to aboveground tissues. Detailed phylogenetic analysis demonstrated expansion of the gene family encoding stilbene synthase and chalcone synthase enzymes in the phenylpropanoid metabolic pathway, which is associated with the biosynthesis of resveratrol, a pharmacologically important stilbene. Analysis of the draft genome identified 7 abscisic acid and water deficit stress-induced protein-coding genes and 14 cysteine-rich transmembrane module genes predicted to be involved in stress responses. The draft de novo genome assembly produced in this study represents a valuable resource for the molecular characterization of medicinal compounds in P. cuspidatum, the improvement of this important medicinal plant, and the exploration of its abiotic stress resistance.}, language = {en} } @article{SchreiberKlughammerKolbowski2012, author = {Schreiber, Ulrich and Klughammer, Christof and Kolbowski, J{\"o}rg}, title = {Assessment of wavelength-dependent parameters of photosynthetic electron transport with a new type of multi-color PAM chlorophyll fluorometer}, series = {Photosynthesis Research}, volume = {113}, journal = {Photosynthesis Research}, number = {1}, doi = {10.1007/s11120-012-9758-1}, url = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-127003}, pages = {127-144}, year = {2012}, abstract = {Technical features of a novel multi-color pulse amplitude modulation (PAM) chlorophyll fluorometer as well as the applied methodology and some typical examples of its practical application with suspensions of Chlorella vulgaris and Synechocystis PCC 6803 are presented. The multi-color PAM provides six colors of pulse-modulated measuring light (peak-wavelengths at 400, 440, 480, 540, 590, and 625 nm) and six colors of actinic light (AL), peaking at 440, 480, 540, 590, 625 and 420-640 nm (white). The AL can be used for continuous illumination, maximal intensity single-turnover pulses, high intensity multiple-turnover pulses, and saturation pulses. In addition, far-red light (peaking at 725 nm) is provided for preferential excitation of PS I. Analysis of the fast fluorescence rise kinetics in saturating light allows determination of the wavelength- and sample-specific functional absorption cross section of PS II, Sigma(II)λ, with which the PS II turnover rate at a given incident photosynthetically active radiation (PAR) can be calculated. Sigma(II)λ is defined for a quasi-dark reference state, thus differing from σPSII used in limnology and oceanography. Vastly different light response curves for Chlorella are obtained with light of different colors, when the usual PAR-scale is used. Based on Sigma(II)λ the PAR, in units of μmol quanta/(m2 s), can be converted into PAR(II) (in units of PS II effective quanta/s) and a fluorescence-based electron transport rate ETR(II) = PAR(II) · Y(II)/Y(II)max can be defined. ETR(II) in contrast to rel.ETR qualifies for quantifying the absolute rate of electron transport in optically thin suspensions of unicellular algae and cyanobacteria. Plots of ETR(II) versus PAR(II) for Chlorella are almost identical using either 440 or 625 nm light. Photoinhibition data are presented suggesting that a lower value of ETR(II)max with 440 nm possibly reflects photodamage via absorption by the Mn-cluster of the oxygen-evolving complex.}, language = {en} } @phdthesis{Graus2020, author = {Graus, Dorothea}, title = {Auswirkungen einer V-PPase-{\"U}berexpression auf Nicotiana benthamiana Blattzellen und deren physiologische Bedeutung unter Salzbelastung}, doi = {10.25972/OPUS-19367}, url = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-193676}, school = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg}, year = {2020}, abstract = {Vakuol{\"a}re PPasen (V-PPase) in Landpflanzen dienen dem Transport von Protonen in die Vakuole und dem Aufbau eines elektrochemischen Gradienten, w{\"a}hrend sie gleichzeitig durch Hydrolyse eine Anreicherung des toxischen PPi im Cytosol verhindern. Zahlreiche Publikationen bewiesen bereits positive Effekte der stabilen V-PPase-{\"U}berexpression in Pflanzen. Unter anderem zeigte die Ackerschmalwand, Tabak, Reis und Tomate eine erh{\"o}hte Biomasse und gesteigerte Stresstoleranz auf Grund einer erh{\"o}hten stabilen V-PPase Ex-pression. Um die zugrundeliegenden Prozesse ohne potenzielle pleiotropische Effekte w{\"a}hrend der Pflanzenentwicklung zu analysieren, wurden in der vorliegenden Dissertation die physiologischen Auswirkungen einer transienten V-PPase-{\"U}berexpression in Nicotiona benthamiana Bl{\"a}ttern und die Einflussnahme von NaCl quantitativ erfasst. Zu diesem Zweck wurden zwei endogene V-PPasen (NbVHP1 und NbVHP2) aus N. bentha-miana zun{\"a}chst bioinformatisch und dann auf Transkriptionsebene mittels quantitativer Real-Time-PCR identifiziert. Die endogenen V-PPasen wurden mittels der Agrobakterien-Infiltrationstechnik transient in N. benthamiana Bl{\"a}ttern und ihre vakuol{\"a}re Lokalisation mit Hilfe von Fluoreszenzmarkern best{\"a}tigt. Die Protonenpump-Funktion der {\"u}berexprimierten NbVHPs konnte mit der Patch-Clamp-Technik anhand des vier-fach erh{\"o}hten Protonenpump-stroms in den isolierten Mesophyllvakuolen verifiziert werden. Im Zuge der elektro-physiologischen Charakterisierung der endogenen N. benthamiana V-PPasen konnte die f{\"u}r V-PPasen typische Sensitivit{\"a}t gegen{\"u}ber cytosolischem Calcium best{\"a}tigt werden, welche sich bei einem erh{\"o}hten Calcium-Spiegel in einer Hemmung der Pumpstr{\"o}me {\"a}ußerte. Ferner wurde ihre gleichartige Substrataffinit{\"a}t (Km von 65 µM PPi) unabh{\"a}ngig des vakuol{\"a}ren pHs zwischen 5,5 und 7,5 festgestellt. Der Vergleich dieser Ergebnisse mit analog durchgef{\"u}hrten Messungen an der bereits publizierten AtVHP1 von A. thaliana best{\"a}tigte die große Homo-logie der V-PPasen von Landpflanzen. Im Gegensatz zu den erw{\"u}nschten Auswirkungen der stabilen V-PPase {\"U}berexpression resultierte diese starke transiente {\"U}berexpression nach drei Tagen im Absterben makroskopischer Blattbereiche. Das Ausmaß dieser Nekrosen wurde anhand des vorhandenen PhotosystemII in den transformierten Bl{\"a}ttern mit der Puls-Amplituden-Modulations-Technik quantifiziert. Die analoge transiente {\"U}berexpression einer l{\"o}slichen PPase (IPP1) f{\"u}hrte allerdings zu keinerlei negativen Effekten f{\"u}r die Pflanze, wodurch die erh{\"o}hte Protonentransportaktivit{\"a}t im Gegensatz zur Hydrolyseaktivit{\"a}t der V-PPasen als Ursache des Zellsterbens verifiziert werden konnte. Aufgrund dieser unerwarteten negativen Auswirkungen der transienten V-PPase-{\"U}berex-pression auf die Blattvitalit{\"a}t wurde zus{\"a}tzlich die Salzstresstoleranz der Bl{\"a}tter untersucht. Unter Ber{\"u}cksichtigung des kurzen Transformations- und damit Beobachtungszeitfensters wurde ein Salzapplikationsverfahren etabliert, bei dem simultan mit der Agrobakterien-infiltration 200 mM NaCl direkt in den Blattapoplasten eingef{\"u}hrt wurde. Anhand einer Zu-nahme in sowohl der Transskriptmenge der V-PPase als auch des PPi-induzierten Protonen-pumptransportes {\"u}ber den Tonoplasten wurde gezeigt, dass die NaCl-Anwesenheit im Blatt eine erh{\"o}hte Aktivit{\"a}t der endogenen V-PPasen des N. benthaminan Pflanzen bewirkte. Der gleichzeitige tendenzielle R{\"u}ckgang der V-ATPase-Pumpaktivit{\"a}t in salzbehandelten Mesophyllvakuolen l{\"a}sst vermuten, dass die V-PPasen eine gr{\"o}ßere Rolle bei der Bewahrung des vakuol{\"a}ren pH-Wertes und der protonenmotorische Kraft (PMF) unter Salzstress ein-nimmt. Interessanterweise f{\"u}hrte die Salzapplikation bei einer V-PPase-{\"U}berexpression zu keinen additiven negativen Effekten, sondern verhinderte sogar das Auftreten der Nekrosen. Um dieses Ph{\"a}nomen zu ergr{\"u}nden, wurde zun{\"a}chst mit Hilfe von Apoplastenwaschungen und Natrium-Konzentrationsmessungen best{\"a}tigt, dass das injizierte NaCl im Blatt verblieb und von den Blattzellen aufgenommen wurde. F{\"u}r weitere Studien der Ursachen der Nekrosen wurden in-vivo-pH-, Membranpotenzial- und Metabolitmessungen durchgef{\"u}hrt. W{\"a}hrend in V-PPase-{\"u}berexprimierenden Zellen der vakuol{\"a}re pH-Wert zu Kontrollvakuolen signifikant sank, blieb er mit zus{\"a}tzlicher Salzbehandlung auf Kontrollniveau. Des Weiteren schw{\"a}chte die Salzapplikation die starke Depolarisation der Plasmamembran nach V-PPase-{\"U}ber-expression um mehr als die H{\"a}lfte ab. Hingegen konnten keine nennenswerten Ver-{\"a}nderungen im Metabolit- und Ionengehalt des Blattgewebes bei V-PPase-{\"U}berexpression festgestellt werden. Lediglich der Natrium- und Chlorid-Spiegel waren bei salz-behandelten Bl{\"a}ttern erwartungsgem{\"a}ß erh{\"o}ht. Diese Ergebnisse bekr{\"a}ftigten, dass der stark erh{\"o}hte V-PPase-vermittelte Protonenpumpstrom und weniger metabolische Ver{\"a}nderungen f{\"u}r die Nekrosen von V-PPase-{\"u}berexprimierte Pflanzen verantwortlich ist. Diese negativen Auswirkungen werden offensichtlich durch die Salzbehandlung stark vermindert, da die Aufnahme der Salz-ionen {\"u}ber Protonen-Na+/K+-Antiporter wie NHX antagonistisch auf die V-PPase verursachte Protonenanreicherung und die daraus folgende Ver{\"a}nderung des Membran-potentials und der PMF entgegenwirkt. In diese Arbeit wurde in einem neuen Blickwinkel deutlich, dass die nat{\"u}rliche Expressions-kontrolle der V-PPase in ausdifferenzierten Pflanzenzellen sich den Umweltbedingungen anpasst, um das Gleich-gewicht zwischen den positiven und negativen Auswirkungen der Pumpaktivit{\"a}t zu halten.}, subject = {Pyrophosphatase}, language = {de} } @phdthesis{Schraut2004, author = {Schraut, Daniela}, title = {Auswirkungen von externen Stressbedingungen auf die radialen Wasser- und ABA-Fl{\"u}sse und den endogenen ABA-Gehalt des Wurzelgewebes von Maiskeimlingen (Zea mays L.)}, url = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-13163}, school = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg}, year = {2004}, abstract = {Das Ziel der vorliegenden Arbeit war es den Zusammenhang zwischen dem endogenen und internen ABA-Gehalt des Wurzelgewebes und dem radialen ABA- und Wasserfluss zu untersuchen und zu {\"u}berpr{\"u}fen ob diese Faktoren durch unterschiedliche N{\"a}hrstoffbedingungen beeinflusst werden. Der radiale Transportweg von ABA wurde ebenfalls untersucht. • In dieser Arbeit konnte das erste Mal gezeigt werden, dass ein direkter Zusammenhang zwischen dem endogenen und internen ABA-Gehalt des Wurzelgewebes und dem radialen Wasser- und ABA-Transport besteht. Unter vergleichbaren Bedingungen k{\"o}nnen aus einem gegebenen ABA-Gehalt R{\"u}ckschl{\"u}sse auf die radialen Wasser- und ABA-Fl{\"u}sse gezogen werden. • W{\"a}hrend Kalium- und Calciummangel und die Kultur in CaSO4 den radialen Wasserfluss von Maiskeimlingen stimulierten, war Jv unter Nitratmangel reduziert. Phosphat- und Sulfatmangel wirkten sich nicht auf den Wasserhaushalt von Maiskeimlingen aus, trotz einem deutlich reduzierten P- bzw. S-Gehalt konnten keine klaren Defizienzsymptome festgestellt werden. • Der endogene ABA-Gehalt im Wurzelgewebe von Maiskeimlingen war nur unter Kalium- und Nitratmangel erh{\"o}ht. • Der radiale ABA-Transport wurde unter Kalium-, Nitrat-, Calciummangel und in CaSO4-Kultur gesteigert. Der erh{\"o}hte ABA-Fluss in Kaliumdefizienten Keimlingen resultiert aus einer gesteigerten ABA-Biosynthese und dem erh{\"o}hten Wassertransport. Unter Nitratmangelbedingungen l{\"a}sst sich der gesteigerte ABA-Fluss anhand des erh{\"o}hten ABA-Gehaltes im Wurzelgewebe erkl{\"a}ren. Die erh{\"o}hte ABA-Konzentration im Xylemsaft von Keimlingen aus Calciummangel- und CaSO4-Kultur ist das Ergebnis des gesteigerten Wassertransportes. Phosphat- und Sulfatmangel hatten keine Auswirkungen auf den ABA-Fluss. • Salzstress (50 mM) reduzierte den radialen Wasserfluss deutlich. Der erh{\"o}hte endogene ABA-Gehalt im Wurzelgewebe hatte keinen Einfluss auf Jv und JABA. Die Auswirkungen von Salzstress waren voll reversibel. • 100 nM externe ABA wirkte sich unter allen untersuchten N{\"a}hrstoffbedingungen gleichermaßen stimulierend auf Jv und JABA aus. In NaCl-gestressten Keimlingen zeigte externe ABA keinen Effekt. • Eine M{\"o}glichkeit zur Immunolokalisation von ABA in Wurzelquerschnitten von Maiskeimlingen wurde entwickelt und optimiert. • Die Visualisierung des radialen ABA-Transportes anhand der Immunolokalisation mit monoclonalen Antik{\"o}rpern zeigte, dass Endo- und Exodermis eine apoplastische Barriere f{\"u}r den ABA-Transport darstellen. Die Ergebnisse lassen den R{\"u}ckschluss zu, dass die Exodermis die wirksamere Barriere f{\"u}r den ABA-Transport ist. • Wurzeln von Maiskeimlingen bildeten unter Nitratmangelbedingungen eine Exodermis aus und verst{\"a}rkten die Suberinisierung der Endodermis. Unter Kaliummangel konnten keine verst{\"a}rkten Barriereeigenschaften beobachtet werden. In der vorliegenden Arbeit konnte zum ersten Mal aufgezeigt werden, dass eine signifikant hohe Korrelation zwischen dem endogenen ABA-Gehalt des Wurzelgewebes und dem ABA- bzw. Wassertransport besteht. Die ebenfalls positiv signifikant hohe Korrelation zwischen dem radialen Wasser- und ABA-Transport zeigt einen apoplastischen ABA-Transport an. Mit zunehmendem Wasserfluss steigt auch die ABA-Konzentration im Xylem. Ein apoplastischer radialer bypass der ABA konnte auch mit Hilfe der Immunolokalisation nachgewiesen werden.}, subject = {Mais}, language = {de} } @article{DindasScherzerRoelfsemaetal.2018, author = {Dindas, Julian and Scherzer, S{\"o}nke and Roelfsema, M. Rob G. and Meyer, Katharina von and M{\"u}ller, Heike M. and Al-Rasheid, K. A. S. and Palme, Klaus and Dietrich, Petra and Becker, Dirk and Bennett, Malcolm J. and Hedrich, Rainer}, title = {AUX1-mediated root hair auxin influx governs SCFTIR1/AFB-type Ca2+ signaling}, series = {Nature Communications}, volume = {9}, journal = {Nature Communications}, doi = {10.1038/s41467-018-03582-5}, url = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-225368}, year = {2018}, abstract = {Auxin is a key regulator of plant growth and development, but the causal relationship between hormone transport and root responses remains unresolved. Here we describe auxin uptake, together with early steps in signaling, in Arabidopsis root hairs. Using intracellular microelectrodes we show membrane depolarization, in response to IAA in a concentration- and pH-dependent manner. This depolarization is strongly impaired in aux1 mutants, indicating that AUX1 is the major transporter for auxin uptake in root hairs. Local intracellular auxin application triggers Ca2+ signals that propagate as long-distance waves between root cells and modulate their auxin responses. AUX1-mediated IAA transport, as well as IAA- triggered calcium signals, are blocked by treatment with the SCFTIR1/AFB - inhibitor auxinole. Further, they are strongly reduced in the tir1afb2afb3 and the cngc14 mutant. Our study reveals that the AUX1 transporter, the SCFTIR1/AFB receptor and the CNGC14 Ca2+ channel, mediate fast auxin signaling in roots.}, language = {en} } @phdthesis{Kottmair2014, author = {Kottmair, Mathias}, title = {Bambi - Charakterisierung eines inhibitorischen BMP-Pseudorezeptors}, url = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-103530}, school = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg}, year = {2014}, abstract = {Die TGF-β-Proteinfamilie umfasst eine Vielzahl von zumeist homodimeren sezernierten Liganden in h{\"o}heren Tieren, die viele Vorg{\"a}nge und Entwicklungen im Embryo wie im adulten Lebewesen {\"u}ber absolute oder graduelle Einflussnahme steuern. Die Signalweiterleitung ins Zytoplasma und den Nukleus erfolgt {\"u}ber promisk paarig rekrutierte Typ-I- und Typ-II-Rezeptoren, ehe vorwiegend rezeptorabh{\"a}ngig verschiedene SMAD-Proteine von Typ-I-Kinasen der Rezeptoren aktiviert werden, in den Kern translozieren und die Transkription induzieren. Zu jedem Zeitpunkt dieser Signalweiterleitung kann mittels verschiedener endogener Inhibitoren regulatorisch eingegriffen werden. Dem bisher einzig bekannten membranst{\"a}ndigen Pseudorezeptor Bambi (BMP and Activine membrane bound inhibitor) wurde in vorangegangenen Arbeiten inhibitorisches Potential gegen{\"u}ber dem BMP- und Activin-vermittelten Signalweg {\"u}ber Bindung an distinkte ligandenadressierte Rezeptoren zugeschrieben, wobei die genaue Wirkweise bislang noch vollkommen unklar war. In der vorliegenden Arbeit wurde initial ein Homologiemodell der extrazellul{\"a}ren Dom{\"a}ne von hBambi anhand der gel{\"o}sten Kristallstruktur der extrazellul{\"a}ren Dom{\"a}ne von BR1A im gebundenen Zustand (PDB-ID: 1REW) erstellt. Anhand dieses Modells wurde eine Arbeitshypothese entwickelt und es gelang in der Folge, biologisch aktives rekombinantes Protein zum einen aus transfizierten Insektenzellen sowie aus der Renaturierung aus bakteriellen Einschlussk{\"o}rpern in hinreichender Menge herzustellen und chromatographisch aufzureinigen. Nach einer vergleichenden Qualit{\"a}tskontrolle beider Exprimate wurden mittels CD-Spektroskopie und analytischer Gelfiltration der Anteil der Sekund{\"a}rstrukturelemente sowie der Oligomerisierungsgrad erfolgreich bestimmt. In SPR-Bindestudien wurde der Beweis erbracht, dass hBambi-ECD Affinit{\"a}t zu ann{\"a}hernd allen getesteten Liganden der BMP-/GDF-Gruppe, die den SMAD-1/-5-/-8-Signalweg aktivieren, zeigt. Bekannte Typ-I- und Typ-II-Bindungsmutanten von BMP-2 wurden ebenfalls von hBambi-ECD quasi wildtypisch gebunden. Verschiedene Rezeptorektodom{\"a}nen sowie ActivinA wurden, wie bisher in der Literatur f{\"a}lschlich angenommen wurde, hingegen nicht gebunden. Die propagierte Homooligomerisierung von Bambi wird {\"u}berdies nicht {\"u}ber die extrazellul{\"a}re Dom{\"a}ne vermittelt. Eingesetzt in Stimulationsversuche mit BMP-responsiven Zellen wurde eine konzentrationsabh{\"a}ngige inhibierende Wirkung von freier hBambi-ECD auf die BMP-2-vermittelte Signalweiterleitung mit unterschiedlichen Nachweismethoden ermittelt, welche die Ergebnisse aus den SPR-Versuchen erfolgreich best{\"a}tigten. In einem weiteren Teil dieser Arbeit wurden verschiedene chim{\"a}re Konstrukte aus f{\"u}r Bambi- und BR1A-Dom{\"a}nen kodierenden Sequenzen kloniert, in HEK Ad293-Zellen zusammen mit BMP- und Activin-responsiven Reportergenkonstrukten transient transfiziert und Stimulationsversuche mit BMP-2 und ActivinA durchgef{\"u}hrt. Wildtypisches Bambi zeigte hierbei ein ambivalentes Verhalten in Bezug auf die Regulation des BMP-2-Signals: geringe Mengen wirken agonistisch, h{\"o}here Mengen antagonistisch auf die Ausbildung des Reporters. Im Fall von ActivinA zeigte sich hingegen kein antagonistischer Einfluss von Bambi. In den Experimenten mit chim{\"a}ren Varianten erfolgte durch die erhaltenen Daten die Eingrenzung der Bindestelle von hBambi-ECD an BMP-2 auf den Bereich der Typ-I-Bindestelle. Ein direkter Einfluss der intrazellul{\"a}ren Dom{\"a}ne auf den BMP-2-Signalweg wurde ausgeschlossen. Weiterhin konnte gerade in Versuchen mit einem Antik{\"o}rper gegen BR1A-ECD eine weitere Eigenheit der Bindung von Bambi an den Liganden offenbart werden: so bildet das Konstrukt aus hBambi-ECD und der intrazellul{\"a}ren BR1A-Dom{\"a}ne mit zugeh{\"o}riger GS-Box und Typ-I-Kinase einen korrekt in den signalaktiven heterohexameren Komplex rekrutierten funktionellen Typ-I-Rezeptor. Mit den in dieser Arbeit erzielten Ergebnissen, n{\"a}mlich der gelungenen Erstellung eines Herstellungsprotokolls der ECD, deren erfolgreich identifizierten Bindepartnern sowie der Charakterisierung der Bindung an BMP-2 ist der Grundstein f{\"u}r die Strukturaufkl{\"a}rung von hBambi-ECD gelegt, welche weitere Klarheit in die Funktionalit{\"a}t dieses Modulators der BMP-/GDF-vermittelten Signalweiterleitung bringen wird. Ebenso sind erste das Verst{\"a}ndnis der ICD aufkl{\"a}rende Ergebnisse erzielt worden, die das Fundament f{\"u}r weitere Experimente und darauf folgende Kenntnisgewinne darstellen werden.}, subject = {Knochen-Morphogenese-Proteine}, language = {de} } @phdthesis{Foley2001, author = {Foley, Paul Bernard}, title = {Beans, roots and leaves}, url = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-1181975}, school = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg}, year = {2001}, abstract = {The author presents the first detailed review of the pharmacological therapy of parkinsonism from ancient times until the near present (1980). It is not clear whether parkinsonism as it is now defined - a progressive neurodegenerative disorder of the basal ganglia characterized by sharply reduced striatal dopamine levels, particularly in the striatum - has always affected a significant minority of aged persons, but suggestive evidence to this effect in the older literature is reviewed. The major discussion commences, however, with the administration of various plant alkaloids to parkinsonian patients in the second half of the 19th century. Antiparkinsonian therapy since this time may be divided into a number of phases: 1. The employment of alkaloids derived from solanaceous plants: initially hyoscyamine, then hyoscine/scopolamine and atropine. The discovery and characterization of these alkaloids, and the gradual recognition that other pharmacologically useful solanaceous alkaloids (such as duboisine) were identical with one or other of these three compounds, is discussed. 2. With the outbreak of encephalitis lethargica following the First World War, parkinsonian patient numbers increased dramatically, leading to a multiplicity of new directions, including the use of another solanaceous plant, stramonium, of extremely high atropine doses, and of harmala alkaloids. 3. The so-called "Bulgarian treatment" was popularized in western Europe in the mid-1930s. It was also a belladonna alkaloid-based therapy, but associated with greater efficacy and fewer side effects. This approach, whether as actual plant extracts or as defined combinations of belladonna alkaloids, remained internationally dominant until the end of the 1940s. 4. Synthetic antiparkinsonian agents were examined following the Second World War, with the aim of overcoming the deficiencies of belladonna alkaloid therapy. These agents fell into two major classes: synthetic anticholinergic (= antimuscarinic) agents, such as benzhexol, and antihistaminergic drugs, including diphenhydramine. These agents were regarded as more effective than plant-based remedies, but certainly not as cures for the disease. 5. A complete change in direction was heralded by the discovery in 1960 of the striatal dopamine deficit in parkinsonism. This led to the introduction of L-DOPA therapy for parkinsonism, the first approach directed against an identified physiological abnormality in the disorder. 6. Subsequent developments have thus far concentrated on refinement or supplementation of the L-DOPA effect. Recent attempts to develop neuroprotective or -restorative approaches are also briefly discussed. The thesis also discusses the mechanisms by which the various types of antiparkinsonian agent achieved their effects, and also the problems confronting workers at various periods in the design and assessment of novel agents. The impact of attitudes regarding the etiology and nature of parkinsonism, particularly with regard to symptomatology, is also considered. Finally, the history of antiparkinsonian therapy is discussed in context of the general development of both clinical neurology and fundamental anatomical, physiological and biochemical research. In particular, the deepening understanding of the neurochemical basis of central nervous system function is emphasized, for which reason the history of dopamine research is discussed in some detail. This history of antiparkinsonian therapy also illustrates the fact that the nature of experimental clinical pharmacology has markedly changed throughout this period: No longer the preserve of individual physicians, it is now based firmly on fundamental laboratory research, the clinical relevance of which is not always immediately apparent, and which is only later examined in (large scale) clinical trials. It is concluded that antiparkinsonian therapy was never irrational or without basis, but has always been necessarily rooted in current knowledge regarding neural and muscular function. The achievements of L-DOPA therapy, the first successful pharmacological treatment for a neurodegenerative disorder, derived from the fruitful union of the skills and contributions of different types by laboratory scientists, pharmacologists and clinicians.}, subject = {Parkinson-Krankheit}, language = {en} } @phdthesis{Friedrich2015, author = {Friedrich, Alexandra}, title = {Beeinflussung des Na+-D-Glukose-Kotransporters SGLT1 und der Na+-Nukleosidtransporter CNT durch Peptidmotive des Regulatorproteins RS1 im Darm}, url = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-127394}, school = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg}, year = {2015}, abstract = {Der Natrium-D-Glukose Kotransporter 1 (SGLT1) spielt eine wichtige Rolle bei der Aufnahme von Glukose aus dem Darmlumen in die Enterozyten des Darms. Anhand von Untersuchungen an Xenopus laevis-Oozyten konnte in unserem Labor das Protein RS1 als posttranslationales Regulatorprotein f{\"u}r SGLT1 und diverse andere Transporter ermittelt werden. Es wurde eine regulatorische Dom{\"a}ne aus RS1 mit vielen potentiellen Phosphorylierungsstellen isoliert (RS1-Reg) und gezeigt dass RS1-Reg die Abschn{\"u}rung von Transporter enthaltenen Vesikeln vom Transgolgi-Netzwerk hemmt. Neben SGLT1 reguliert RS1 auch die konzentrierenden Nukleosidtransporter (CNTs) am TGN. Die Regulation der Transporter ist vom Phosphorylierungszustand von RS1-Reg abh{\"a}ngig. So wurde durch Versuche an Oozyten von Xenopus laevis und Injektion von RS1-Reg Mutanten gezeigt, dass die Phosphorylierung von RS1-Reg an einigen Stellen zu einer Inhibition von SGLT1 f{\"u}hrte, w{\"a}hrend der Nukleosidtransporter CNT1 durch die dephosphorylierte Mutante herunterreguliert wurden. Neben der phosphorylierungsabh{\"a}ngigen Regulation konnte f{\"u}r SGLT1 auch gezeigt werden, dass die Herunterregulation nur unter Niedrigzucker-Bedingungen erfolgte, nicht jedoch bei hohen Glukosekonzentrationen. F{\"u}r die CNTs war eine derartige Zuckerabh{\"a}ngigkeit nicht zu beobachten. Im Rahmen der vorliegenden Studie wurde untersucht, ob die Ergebnisse aus den Oozytenmessungen auch in vivo in einem S{\"a}ugetier gezeigt werden k{\"o}nnen. Hierzu wurden Mutanten der regulatorischen Dom{\"a}ne (RS1-Reg) des Maus-Proteins, welche den phosphorylierten Zustand simulierten (RS1-Reg (S19E)), oder die Phosphorylierung verhinderten (RS1-Reg (S19A)) eingesetzt. Diese wurden an ein Nanohydrogel gekoppelt, um eine Aufnahme in die Enterozyten im Darm zu gew{\"a}hrleisten. Es wurde in der RS1KO-Mausohne funktionelles RS1 gezeigt, dass auch im in vivo-System eine Herunterregulation von SGLT1 durch mRS1-Reg (S19E), nicht jedoch durch mRS1-Reg (S19A) erfolgte, w{\"a}hrend die CNTs nur durch mRS1-Reg (S19A) inhibiert wurden. Des Weiteren f{\"u}hrte mRS1-Reg (S19A) in der Wildtypmaus bei niedrigen Zuckerkonzentrationen zu einer Stimulation von SGLT1, was f{\"u}r eine Kompetition mit dem endogenen RS1-Proteins spricht. Es konnte indirekt der Beweis erbracht werden, dass {\"u}ber Nanohydrogele l{\"a}ngere Proteine in die Zelle gebracht werden k{\"o}nnen und dort funktionell freigesetzt werden.}, subject = {Glucosetransport}, language = {de} } @techreport{MuellerSchererLorenzenAmmeretal.2022, author = {M{\"u}ller, J{\"o}rg and Scherer-Lorenzen, Michael and Ammer, Christian and Eisenhauer, Nico and Seidel, Dominik and Schuldt, Bernhard and Biedermann, Peter and Schmitt, Thomas and K{\"u}nzer, Claudia and Wegmann, Martin and Cesarz, Simone and Peters, Marcell and Feldhaar, Heike and Steffan-Dewenter, Ingolf and Claßen, Alice and B{\"a}ssler, Claus and von Oheimb, Goddert and Fichtner, Andreas and Thorn, Simon and Weisser, Wolfgang}, title = {BETA-FOR: Erh{\"o}hung der strukturellen Diversit{\"a}t zwischen Waldbest{\"a}nden zur Erh{\"o}hung der Multidiversit{\"a}t und Multifunktionalit{\"a}t in Produktionsw{\"a}ldern. Antragstext f{\"u}r die DFG Forschungsgruppe FOR 5375}, doi = {10.25972/OPUS-29084}, url = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-290849}, pages = {210}, year = {2022}, abstract = {Der in j{\"u}ngster Zeit beobachtete kontinuierliche Verlust der β-Diversit{\"a}t in {\"O}kosystemen deutet auf homogene Gemeinschaften auf Landschaftsebene hin, was haupts{\"a}chlich auf die steigende Landnutzungsintensit{\"a}t zur{\"u}ckgef{\"u}hrt wird. Biologische Vielfalt ist mit zahlreichen Funktionen und der Stabilit{\"a}t von {\"O}kosystemen verkn{\"u}pft. Es ist daher zu erwarten, dass eine abnehmende β-Diversit{\"a}t auch die Multifunktionalit{\"a}t verringert. Wir kombinieren hier Fachwissen aus der Forstwissenschaft, der {\"O}kologie, der Fernerkundung, der chemischen {\"O}kologie und der Statistik in einem gemeinschaftlichen und experimentellen β-Diversit{\"a}tsdesign, um einerseits die Auswirkungen der Homogenisierung zu bewerten und andererseits Konzepte zu entwickeln, um negative Auswirkungen durch Homogenisierung in W{\"a}ldern r{\"u}ckg{\"a}ngig zu machen. Konkret werden wir uns mit der Frage besch{\"a}ftigen, ob die Verbesserung der strukturellen β-Komplexit{\"a}t (ESBC) in W{\"a}ldern durch Waldbau oder nat{\"u}rliche St{\"o}rungen die Biodiversit{\"a}t und Multifunktionalit{\"a}t in ehemals homogenen Produktionsw{\"a}ldern erh{\"o}hen kann. Unser Ansatz wird m{\"o}gliche Mechanismen hinter den beobachteten Homogenisierungs-Diversit{\"a}ts-Beziehungen identifizieren und zeigen, wie sich diese auf die Multifunktionalit{\"a}t auswirken. An elf Standorten in ganz Deutschland haben wir dazu zwei Waldbest{\"a}nde als zwei kleine "Waldlandschaften" ausgew{\"a}hlt. In einem dieser beiden Best{\"a}nde haben wir ESBC (Enhancement of Structural Beta Complexity)-Behandlungen durchgef{\"u}hrt. Im zweiten, dem Kontrollbestand, werden wir die gleich Anzahl 50x50m Parzellen ohne ESBC einrichten. Auf allen Parzellen werden wir 18 taxonomische Artengruppen aller trophischer Ebenen und 21 {\"O}kosystemfunktionen, einschließlich der wichtigsten Funktionen in W{\"a}ldern der gem{\"a}ßigten Zonen, messen. Der statistische Rahmen wird eine umfassende Analyse der Biodiversit{\"a}t erm{\"o}glichen, indem verschiedenen Aspekte (taxonomische, funktionelle und phylogenetische Vielfalt) auf verschiedenen Skalenebenen (α-, β-, γ-Diversit{\"a}t) quantifiziert werden. Um die Gesamtdiversit{\"a}t zu kombinieren, werden wir das Konzept der Multidiversit{\"a}t auf die 18 Taxa anwenden. Wir werden neue Ans{\"a}tze zur Quantifizierung und Aufteilung der Multifunktionalit{\"a}t auf α- und β-Skalen verwenden und entwickeln. Durch die experimentelle Beschreibung des Zusammenhangs zwischen β-Diversit{\"a}t und Multifunktionalit{\"a}t in einer Reallandschaft wird unsere Forschung einen neuen Weg einschlagen. Dar{\"u}ber hinaus werden wir dazu beitragen, verbesserte Leitlinien f{\"u}r waldbauliche Konzepte und f{\"u}r das Management nat{\"u}rlicher St{\"o}rungen zu entwickeln, um Homogenisierungseffekte der Vergangenheit umzukehren.}, subject = {Wald{\"o}kosystem}, language = {en} } @phdthesis{Stange2010, author = {Stange, Annette}, title = {Beziehung zwischen Ca2+-Hom{\"o}ostase und Aktivit{\"a}t der S-Typ Anionenkan{\"a}le in Schließzellen}, url = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-52131}, school = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg}, year = {2010}, abstract = {Pflanzen regulieren ihren Gasaustausch mit der Atmosph{\"a}re, indem sie die {\"O}ffnungsweite von Poren in der Epidermis von Bl{\"a}ttern, sog. Stomata, ver{\"a}ndern. Bei Wassermangel werden die stomat{\"a}ren Poren geschlossen, um den Verlust von Wasser zu minimieren. Dieser Vorgang wird durch das Phytohormon ABA ausgel{\"o}st, welches eine Aktivierung von Anionenkan{\"a}len in der Plasmamembran der Schließzellen induziert. Obwohl die Aktivierung der Anionenkan{\"a}le ein zentrales Element in der ABA-Antwort darstellt, ist der Signalweg, der zu der Aktivierung der Anionenkan{\"a}le f{\"u}hrt, nur l{\"u}ckenhaft verstanden. Im Rahmen dieser Arbeit wurde die Rolle von Signalintermediaten wie Proteinkinasen, -phosphatasen, Lipid-abgeleiteten Botenstoffen und Ca2+ bei der Aktivierung der Anionenkan{\"a}le untersucht. Hinsichtlich Ca2+ lag ein spezieller Fokus auf der Generierung von Ca2+-Signalen und auf der Frage, inwieweit ein Anstieg in der cytosolischen freien Ca2+-Konzentration f{\"u}r eine Aktivierung der Anionenkan{\"a}le ausreicht. F{\"u}r diese Studien wurde haupts{\"a}chlich die Zwei-Elektroden-Spannungsklemm- (DEVC) Technik in Kombination mit Ca2+-Konzentrationsmessungen durch den Ca2+-sensitiven Farbstoff FURA-2 angewendet. Die M{\"o}glichkeit Anionenkan{\"a}le durch Ca2+ zu aktivieren wurde getestet, indem Ca2+-Signale in intakten Schließzellen von Nicotiana tabacum durch hyper- und depolarisierte Spannungen ausgel{\"o}st wurden und gleichzeitig die Str{\"o}me, die {\"u}ber die Plasmamembran flossen, gemessen wurden. Dabei f{\"u}hrte eine Hyperpolarisation zu einer transienten Erh{\"o}hung der cytosolischen freien Ca2+-Konzentration w{\"a}hrend des Spannungssprunges, wohingegen eine Depolarisation zun{\"a}chst eine Erniedrigung der cytosolischen freien Ca2+-Konzentration ausl{\"o}ste und das Ca2+-Signal bei Repolarisation der Plasmamembran auftrat. Dies weist darauf hin, dass in beiden F{\"a}llen hyperpolarisations-aktivierte Ca2+-Kan{\"a}le beteiligt sind, wobei das Schwellenpotential der Schließzellen, bei dem ein Ca2+-Signal ausgel{\"o}st wird, nach einer langen Depolarisation zu positiveren Spannungen verschoben ist. Die Modulation der Spannungssensitivit{\"a}t der Schließzellen w{\"a}hrend einer langen Depolarisation findet m{\"o}glicherweise durch eine Aktivierung der Ca2+-Kan{\"a}le und/oder eine Inhibierung verschiedener Ca2+-Transportproteine durch eine niedrige cytosolische freie Ca2+-Konzentration statt. Der durch Hyperpolarisation bzw. durch lange Depolarisation induzierte transiente Anstieg in der cytosolischen freien Ca2+-Konzentration korrelierte mit einer transienten Aktivierung von S-Typ Anionenkan{\"a}len. Die Analyse der Ca2+-Konzentrations- und Zeitabh{\"a}ngigkeit ergab, dass die S-Typ Anionenkan{\"a}le durch Ca2+ in einem schnellen Signalweg mit einer halbmaximalen cytosolischen freien Ca2+-Konzentration von 515 nM (SE=235, n=33) aktiviert werden. Der durchschnittliche maximale S-Typ Anionenstrom lag bei -349 pA (SE=107, n=33) bei einer Spannung von -100 mV. Die Wirkung von Ca2+ auf Transportvorg{\"a}nge {\"u}ber die Plasmamembran wurde auch in Dr{\"u}senzellen von Dionaea muscipula untersucht. In diesem Zelltyp induzierte eine mechanische Stimulierung der Triggerhaare ein Ca2+-Signal, wobei mehr als zwei Aktionspotentiale n{\"o}tig waren, um einen transienten Ca2+-Anstieg auszul{\"o}sen. Diese Daten zeigen, dass die Depolarisationsphase des Aktionspotentials in den Dr{\"u}sen nicht direkt mit Ca2+-Fl{\"u}ssen assoziiert ist. Anstelle einer Ca2+-abh{\"a}ngigen Aktivierung scheinen Anionenkan{\"a}le in Dr{\"u}sen von Dionaea muscipula also in einem Ca2+-unabh{\"a}ngigen Signalweg aktiviert zu werden. Diesen Aktivierungsmechanismus gibt es auch im ABA-Signalweg in Schließzellen. Dort findet eine Ca2+-unabh{\"a}ngige Aktivierung der S-Typ Anionenkan{\"a}le durch Proteinkinasen wie OST1 und CPK23 statt, wobei die Proteinphosphatase ABI1 als negativer Regulator diskutiert wird. In dieser Arbeit konnte die Redundanz von OST1 und CPK23 sowie Komponenten des Ca2+-abh{\"a}ngigen Weges in DEVC-Experimenten mit ost1-2- und cpk23-Mutanten von Arabidopsis thaliana beobachtet werden, die beide S-Typ Anionenkanalaktivit{\"a}t zeigten. Die Aktivit{\"a}t von S-Typ Anionenkan{\"a}len in Arabidopsis thaliana Mutanten, denen der S-Typ Anionenkanal SLAC1 fehlt, deutet außerdem an, dass redundante S-Typ Anionenkan{\"a}le vorhanden sind, die auch durch andere Proteinkinasen aktiviert werden k{\"o}nnten. ABA-induzierte S-Typ Anionenstr{\"o}me waren auch in abi1-Transformanten von Nicotiana tabacum messbar, wobei eine geringere Sensitivit{\"a}t gegen{\"u}ber ABA als im Wildtyp auftrat, was auf eine unvollst{\"a}ndige Inhibierung des ABA-Signalweges hindeutet. Die Redundanz der Intermediate im ABA-Signalweg war auch in Studien mit dem Lipid-abgeleiteten Botenstoff Phosphatids{\"a}ure sichtbar, der nur einen langsamen und unvollst{\"a}ndigen Stomaschluss induzierte, was allerdings auch auf eine untergeordnete Rolle von Phosphatids{\"a}ure im ABA-Signalweg hinweisen k{\"o}nnte.}, subject = {Schließzelle}, language = {de} } @phdthesis{Seltmann2010, author = {Seltmann, Martin Alexander}, title = {Bildung und Funktion von Jasmonaten w{\"a}hrend Seneszenz-Prozessen in Arabidopsis thaliana}, url = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-51563}, school = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg}, year = {2010}, abstract = {Jasmons{\"a}ure und verwandte Oxylipine wurden bisher als Substanzen, die an der Regulation von Initialisierung und Progression der Blattseneszenz beteiligt sein sollen, kontrovers diskutiert. Bisherige Studien haben sich dabei auf die exogene Applikation von Jasmonaten oder die Messung endogener Spiegel beschr{\"a}nkt. Um die Funktion von Jasmonaten in der Seneszenz-Regulation zu kl{\"a}ren, wurden in dieser Arbeit die Profile freier und membranveresterter Oxylipine sowie die Auswirkungen verminderter Oxylipinbildung w{\"a}hrend der nat{\"u}rlichen Seneszenz und Seneszenz-{\"a}hnlicher Prozesse induziert durch Dunkel- und Sorbitol-Inkubation in Bl{\"a}ttern von Arabidopsis thaliana untersucht. Jasmons{\"a}ure sowie freie 12-Oxo-Phytodiens{\"a}ure steigen w{\"a}hrend dieser drei Prozesse an, mit dem st{\"a}rksten Anstieg von Jasmons{\"a}ure nach Dunkelinkubation. Eine deutliche Akkumulation membranveresterter Oxylipine (Arabidopside) konnte lediglich nach Flottierung auf Sorbitol festgestellt werden. Die Mengen an plastid{\"a}ren Mono- und Digalaktosyl-Diacylglycerolen verringerten sich jedoch w{\"a}hrend der Behandlungen bzw. im Verlauf der Alterung. Zur Untersuchung m{\"o}glicher Funktionen ansteigender Jasmonat-Konzentrationen wurden Lipoxygenase 2 RNAi-Pflanzen konstruiert, welche basal Jasmons{\"a}ure und 12-Oxo-Phytodiens{\"a}ure produzieren k{\"o}nnen, jedoch keinen Anstieg w{\"a}hrend Seneszenz- bzw. Stress-Prozessen zeigen. Die Gehalte an Chlorophyll und Membranlipiden sowie die Genexpression entwicklungsspezifischer Seneszenzmarker waren w{\"a}hrend der nat{\"u}rlichen und der dunkelinduzierten Seneszenz in diesen Pflanzen nicht ver{\"a}ndert. Dies legt nahe, dass diese Oxylipine im Verh{\"a}ltnis zu anderen endogenen Faktoren keine bzw. nur geringe Wirkungen auf die Seneszenz-Progression haben. Aus den gemachten Beobachtungen kann vielmehr geschlossen werden, dass bei diesen Prozessen die Akkumulation von Jasmonaten eher die Folge eines ver{\"a}nderten Lipid-Metabolismus als ein Ausl{\"o}ser der Seneszenz ist. Im Gegensatz dazu zeigen die Lipoxygenase 2 RNAi-Linien eine verlangsamte Seneszenz nach Sorbitol-Behandlung. {\"A}hnlich verh{\"a}lt sich die Allenoxid-Synthase Mutante dde2-2, die zwar 13-Lipoxygenase-Produkte aber keine Jasmonate bilden kann. Dies bedeutet, dass die Jasmonate und nicht andere 13-Lipoxygenase-Produkte f{\"u}r die Seneszenz-{\"a}hnlichen Symptome unter diesen Bedingungen verantwortlich sind. Dabei stellt die Sorbitol-induzierte Seneszenz einen Stress-Prozess dar, der sich in vielen Punkten von der nat{\"u}rlichen Seneszenz unterscheidet aber große {\"A}hnlichkeiten zur Seneszenz-Induktion nach exogener Jasmonat-Applikation aufweist. Lipoxygenase 2 ist also durch die Bereitstellung von Oxylipinen weniger in Entwicklungs- als vielmehr in Stress-Prozesse involviert.}, subject = {Ackerschmalwand}, language = {de} } @article{ShadyElHossaryFouadetal.2017, author = {Shady, Nourhan Hisham and El-Hossary, Ebaa M. and Fouad, Mostafa A. and Gulder, Tobias A. M. and Kamel, Mohamed Salah and Abdelmohsen, Usama Ramadan}, title = {Bioactive natural products of marine sponges from the Genus Hyrtios}, series = {Molecules}, volume = {22}, journal = {Molecules}, number = {5}, doi = {10.3390/molecules22050781}, url = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-158227}, pages = {781}, year = {2017}, abstract = {Marine sponges are known as a rich source for novel bioactive compounds with valuable pharmacological potential. One of the most predominant sponge genera is Hyrtios, reported to have various species such as Hyrtios erectus, Hyrtios reticulatus, Hyrtios gumminae, Hyrtios communis, and Hyrtios tubulatus and a number of undescribed species. Members of the genus Hyrtios are a rich source of natural products with diverse and valuable biological activities, represented by different chemical classes including alkaloids, sesterterpenes and sesquiterpenes. This review covers the literature until June 2016, providing a complete survey of all compounds isolated from the genus Hyrtios with their corresponding biological activities whenever applicable.}, language = {en} } @article{ChengMacIntyreRamadanAbdelmohsenetal.2015, author = {Cheng, Cheng and MacIntyre, Lynsey and Ramadan Abdelmohsen, Usama and Horn, Hannes and Polymenakou, Paraskevi N. and Edrada-Ebel, RuAngelie and Hentschel, Ute}, title = {Biodiversity, Anti-Trypanosomal Activity Screening, and Metabolomic Profiling of Actinomycetes Isolated from Mediterranean Sponges}, series = {PLoS One}, volume = {10}, journal = {PLoS One}, number = {9}, doi = {10.1371/journal.pone.0138528}, url = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-125138}, pages = {e0138528}, year = {2015}, abstract = {Marine sponge-associated actinomycetes are considered as promising sources for the discovery of novel biologically active compounds. In the present study, a total of 64 actinomycetes were isolated from 12 different marine sponge species that had been collected offshore the islands of Milos and Crete, Greece, eastern Mediterranean. The isolates were affiliated to 23 genera representing 8 different suborders based on nearly full length 16S rRNA gene sequencing. Four putatively novel species belonging to genera Geodermatophilus, Microlunatus, Rhodococcus and Actinomycetospora were identified based on a 16S rRNA gene sequence similarity of < 98.5\% to currently described strains. Eight actinomycete isolates showed bioactivities against Trypanosma brucei brucei TC221 with half maximal inhibitory concentration (IC50) values <20 μg/mL. Thirty four isolates from the Milos collection and 12 isolates from the Crete collection were subjected to metabolomic analysis using high resolution LC-MS and NMR for dereplication purposes. Two isolates belonging to the genera Streptomyces (SBT348) and Micromonospora (SBT687) were prioritized based on their distinct chemistry profiles as well as their anti-trypanosomal activities. These findings demonstrated the feasibility and efficacy of utilizing metabolomics tools to prioritize chemically unique strains from microorganism collections and further highlight sponges as rich source for novel and bioactive actinomycetes.}, language = {en} } @article{BerendzenWeisteWankeetal.2012, author = {Berendzen, Kenneth W. and Weiste, Christoph and Wanke, Dierk and Kilian, Joachim and Harter, Klaus and Dr{\"o}ge-Laser, Wolfgang}, title = {Bioinformatic cis-element analyses performed in Arabidopsis and rice disclose bZIP- and MYB-related binding sites as potential AuxRE-coupling elements in auxin-mediated transcription}, url = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-75138}, year = {2012}, abstract = {Background: In higher plants, a diverse array of developmental and growth-related processes is regulated by the plant hormone auxin. Recent publications have proposed that besides the well-characterized Auxin Response Factors (ARFs) that bind Auxin Response Elements (AuxREs), also members of the bZIP- and MYB-transcription factor (TF) families participate in transcriptional control of auxin-regulated genes via bZIP Response Elements (ZREs) or Myb Response Elements (MREs), respectively. Results: Applying a novel bioinformatic algorithm, we demonstrate on a genome-wide scale that singular motifs or composite modules of AuxREs, ZREs, MREs but also of MYC2 related elements are significantly enriched in promoters of auxin-inducible genes. Despite considerable, species-specific differences in the genome structure in terms of the GC content, this enrichment is generally conserved in dicot (Arabidopsis thaliana) and monocot (Oryza sativa) model plants. Moreover, an enrichment of defined composite modules has been observed in selected auxin-related gene families. Consistently, a bipartite module, which encompasses a bZIP-associated G-box Related Element (GRE) and an AuxRE motif, has been found to be highly enriched. Making use of transient reporter studies in protoplasts, these findings were experimentally confirmed, demonstrating that GREs functionally interact with AuxREs in regulating auxin-mediated transcription. Conclusions: Using genome-wide bioinformatic analyses, evolutionary conserved motifs have been defined which potentially function as AuxRE-dependent coupling elements to establish auxin-specific expression patterns. Based on these findings, experimental approaches can be designed to broaden our understanding of combinatorial, auxin-controlled gene regulation.}, subject = {Arabidopsis}, language = {en} } @phdthesis{Scherzer2012, author = {Scherzer, S{\"o}nke}, title = {Biophysikalische Analyse und Rekonstitution des schnellen ABA-Signaltransduktionsweges aus Arabidopsis thaliana}, url = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-76199}, school = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg}, year = {2012}, abstract = {In dieser Arbeit sollte zun{\"a}chst die Frage gekl{\"a}rt werden, ob es sich bei SLAC1 um den S-typ Anionenkanal handelt, oder ob SLAC1 nur ein essentieller Bestandteil des Anionenkanals ist. Zur funktionellen Charakterisierung des per se inaktiven SLAC1 Proteins, wurde mit der Suche nach SLAC1-aktivierenden Interaktionspartnern begonnen. Zu diesem Zweck bediente man sich der Methode der bimolekularen Fluoreszenz Komplementation (BiFC) im heterologen Expressionssystem der Xenopus Oozyten. Da bereits die Abh{\"a}ngigkeit der Anionenstr{\"o}me in Schließzellen von De- und Phosphorylierungsereignissen bekannt war, galt Ca2+-abh{\"a}ngigen Kinasen der CPK Familie, ABA-aktivierten Kinasen der SnRK Familie und Phosphatasen des PP2C Typs eine besondere Aufmerksamkeit. Mitglieder dieser Familien wurden bereits mit der Regulation des Stomaschlusses in Verbindung gebracht. Bei diesen Experimenten zeigte sich, dass SnRK2.6 (OST1) und mehrere CPKs deutlich mit SLAC1 physikalisch interagierten. Als Folge dieser Interaktion in Oozyten konnten schließlich nach Koexpression von SLAC1 zusammen mit den interagierenden Kinasen typische S-Typ Anionenstr{\"o}me detektiert werden, wie man sie aus Patch-Clamp Experimenten an isolierten Schließzellprotoplasten kannte. Hierbei bewirkten die Kinasen OST1 und CPK23 die gr{\"o}ßte Anionenkanalaktivierung. Dieses Ergebnis wird durch die BIFC-Experimente gest{\"u}tzt, da OST1 und CPK23 die st{\"a}rkste Interaktion zu SLAC1 zeigten. Die elektrophysiologische Charakterisierung der SLAC1-Str{\"o}me im heterologen Expressionssystem der Xenopus Oozyten in Kombination mit in vivo Patch-Clamp Untersuchungen wies SLAC1 eindeutig als den lange gesuchten S-Typ Anionenkanal in Arabidopsis Schließzellen aus. Somit ist die direkte S-Typ Anionenkanalaktivierung durch OST1 auf dem Kalzium- unabh{\"a}ngigen und durch CPKs auf dem Ca2+-abh{\"a}ngigen ABA-Signaltransduktionsweg gelungen. Bei der Spezifizierung der einzelnen Kalzium-Abh{\"a}ngigkeiten dieser Kinasen in Oozyten und in in vitro Kinase Assays konnten weiterhin unterschiedliche Affinit{\"a}ten der CPKs zu Kalzium festgestellt werden. So vermittelten die schwach Kalzium-abh{\"a}ngigen CPK6 und CPK23 bereits ohne einen Anstieg der zytosolischen Kalziumkonzentratiom {\"u}ber das Ruheniveau hinaus schon die Anionenkanalaktivierung. Die stark Kalzium-abh{\"a}ngigen CPK3 und CPK21 hingegen, werden erst aktiv wenn die ABA vermittelte Signaltransduktion zu einem Anstieg der Kalziumkonzentration f{\"u}hrt. Da somit die Kinasen OST1, CPK6 und CPK23 ohne dieses Kalziumsignal aktiv sind, ben{\"o}tigen diese einen {\"u}bergeordneten Regulationsmechanismus. In den BIFC-Experimenten konnte eine deutliche Interaktion der Phosphatasen ABI1 und 2 zu den SLAC1 aktivierenden Kinasen beobachtet werden. Dass diese Interaktion zu einem Ausbleiben der Anionenkanalaktivierung f{\"u}hrt, wurde in TEVC-Messungen gezeigt. Mit diesen Erkenntnissen um die ABA-Signaltransduktionskette in Schließzellen konnten in in vitro Kinase Experimenten ihre einzelnen Glieder zusammengesetzt und der ABA-vermittelte Stomaschluss nachvollzogen werden. In dieser Arbeit zeigte sich, dass, das unter Wasserstress-Bedingungen synthetisierte Phytohormon, ABA von Rezeptoren der RCAR/PYR/PYL-Familie percepiert wird. Anschließend bindet die Phosphatase ABI1 an den ABA-RCAR1 Komplex. In ihrer freien Form inhibiert die Phosphatase ABI1 die Kinasen OST1, CPK3, 6, 21 und CPK23 durch Dephosphorylierung. Nach Bindung von ABI1 an RCAR1 sind diese Kinasen von dem inhibierenden ABI1 entlassen. Die Kinasen OST1, CPK6 und CPK23 stellen ihre Aktivit{\"a}t durch Autophosphorylierung wieder her. Die stark Ca2+-abh{\"a}ngigen Kinasen CPK3 und 21 ben{\"o}tigt hierzu noch einen ABA induzierten Ca2+-Anstieg im Zytoplasma. Diese Kinasen phosphorylieren anschließend SLAC1 am N-Terminus. Diese Phosphorylierung bewirkt die Aktivierung von SLAC1 woraufhin Anionen aus der Schließzelle entlassen werden. Das Fehlen dieser negativen Ladungen f{\"u}hrt zur Depolarisation der Membran woraufhin der ausw{\"a}rtsgleichrichtende Kaliumkanal GORK aktiviert und K+ aus der Schließzelle entl{\"a}sst. Der Verlust an Osmolyten bewirkt einen osmotisch getriebenen Wasserausstrom und das Stoma schließt sich.}, subject = {Schließzelle}, language = {de} } @phdthesis{Derrer2013, author = {Derrer, Carmen}, title = {Biophysikalische Aufschl{\"u}sselung des Transportzyklus von ZmSUT1, einem H+/Saccharose Symporter aus Mais}, url = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-78949}, school = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg}, year = {2013}, abstract = {Die Mesophyllzellen vollentwickelter Bl{\"a}tter stellen den Hauptort der Photosynthese h{\"o}herer Pflanzen dar. Diese autotrophen Zellen (source-Gewebe) produzieren einen {\"U}berschuss an Kohlenstoff-Assimilaten, die f{\"u}r die Versorgung anderer heterotropher Gewebe und Organe, wie z.B. Fr{\"u}chten oder Wurzeln (sink-Gewebe), genutzt werden. Das Langstrecken-Transportsystem h{\"o}herer Pflanzen, das Phloem, transportiert die Photoassimilate durch den gesamten Pflanzenk{\"o}rper. Der zwischen source- und sink-Geweben herrschende hydrostatische Druckunterschied wird von osmotisch aktiven Substanzen generiert und treibt den Massenstrom in diesem Gef{\"a}ßsystem an. Der nicht-reduzierende Zucker Saccharose stellt in den meisten h{\"o}heren Pflanzen die Haupttransportform der photosynthetisch hergestellten Kohlenstoffverbindungen im Phloem dar. Protonen-gekoppelte Saccharosetransporter reichern Saccharose im Phloemgewebe mit einer 1000-fach h{\"o}heren Konzentration (bis zu 1M), verglichen zum extrazellul{\"a}ren Raum, an. Aufgrund dieser einzigartigen F{\"a}higkeit {\"u}ben diese Carrier eine essentielle Rolle in der Phloembeladung aus und gew{\"a}hrleisten so die Versorgung der gesamten Pflanze mit Photoassimilaten. Saccharosetransporter k{\"o}nnen diese Energie-aufw{\"a}ndige Aufgabe nur durch eine enge Kopplung des zeitgleichen Transports von Saccharose und Protonen bewerkstelligen. Molekulare Einblicke in diesen physiologisch außerordentlich wichtigen Prozess der Zuckertranslokation sind jedoch bis heute immer noch sehr l{\"u}ckenhaft. Im Rahmen dieser Arbeit wurde der Saccharosetransporter ZmSUT1 aus Mais im heterologen Expressionssystem der Xenopus Oozyten exprimiert. ZmSUT1 generiert in Oozyten ungew{\"o}hnlich hohe Str{\"o}me im µA-Bereich, was diesen Zuckertransporter f{\"u}r pr{\"a}zise elektrophysiologische Messungen geradezu pr{\"a}destiniert. Erste elektrophysiologische Messungen zur Substratspezifit{\"a}t zeigten, dass der synthetische S{\"u}ßstoff Sucralose kein Substrat f{\"u}r ZmSUT1 darstellt. Dar{\"u}ber hinaus gelang es, Sucralose als kompetitiven Inhibitor der Saccharose-induzierten Transportstr{\"o}me von ZmSUT1 zu identifizieren. Die Verwendung dieses Saccharose-Derivats erm{\"o}glichte es, den Transportmechanismus in einzelne Schritte zu zerlegen und diese zu quantifizieren. Durch hochaufl{\"o}sende elektrophysiologische Messungen konnten transiente Str{\"o}me in der Abwesenheit jeglichen Substrats detektiert werden, die jedoch in der Anwesenheit s{\"a}ttigender Saccharosekonzentrationen erloschen. Diese sogenannten presteady-state Str{\"o}me (Ipre) zeichneten sich durch eine schnelle und eine langsame Komponente in der Relaxationskinetik der Str{\"o}me aus. Ipre konnten mit dem Binden der Protonen an den Transporter innerhalb des elektrischen Feldes der Membran in Verbindung gebracht werden. Somit f{\"u}hrte die Analyse der presteady-state Str{\"o}me zur Aufkl{\"a}rung des ersten Schritts - dem Binden der Protonen - im Transportzyklus von ZmSUT1. Interessanterweise reduzierte der kompetitive Inhibitor Sucralose die langsame Komponente der presteady-state Str{\"o}me in Abh{\"a}ngigkeit von der Sucralosekonzentration, w{\"a}hrend die schnelle Komponente von Ipre unbeeinflusst blieb. Um dieses Verhalten erkl{\"a}ren zu k{\"o}nnen und einen weiteren Schritt im Transportzyklus von ZmSUT1 zu studieren, wurde die Methode der Spannungsklemmen-Fluorometrie zur Untersuchung der Konformations{\"a}nderung von ZmSUT1 etabliert. Tats{\"a}chlich gelang es, zum ersten Mal die intramolekulare Bewegung eines pflanzlichen Transportproteins zu visualisieren. Detaillierte Analysen zeigten, dass die Konformations{\"a}nderungen von ZmSUT1, unabh{\"a}ngig von Saccharose, mit einer schwachen pH-Abh{\"a}ngigkeit auftraten. Interessanterweise wurde die Beweglichkeit des Transporters durch die Applikation des kompetitiven Inhibitors Sucralose deutlich reduziert. Dieser Effekt deutet, zusammen mit dem Sucralose-induzierten Verschwinden der langsamen Komponente der Ipre darauf hin, dass Sucralose den Transporter in seiner ausw{\"a}rts-gerichteten Konformation arretiert. Somit repr{\"a}sentiert die Zug{\"a}nglichkeit der extrazellul{\"a}ren Protonenbindestelle und folglich die Konformations{\"a}nderung den Geschwindigkeits-bestimmenden Schritt im Reaktionszyklus von ZmSUT1. Zusammenfassend gelang es in dieser Arbeit, das Binden der Protonen und den Zusammenhang mit der Bewegung des Proteins, von einer ausw{\"a}rts-gerichteten in eine einw{\"a}rts-gerichtete Konformation, aufzukl{\"a}ren. Mit der Hilfe der Erkenntnisse aus dieser Arbeit konnte ein mechanistisches Modell f{\"u}r den Transportzyklus von ZmSUT1 entwickelt werden, anhand dessen alle Ergebnisse schl{\"u}ssig erkl{\"a}rt und diskutiert werden konnten.}, subject = {Mais}, language = {de} } @phdthesis{Geiger2004, author = {Geiger, Dietmar}, title = {Biophysikalische Untersuchung von Phloem-lokalisierten Carriern und Kaliumkan{\"a}len und deren Interaktion im Modellsystem der Xenopus Oozyte}, url = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-13108}, school = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg}, year = {2004}, abstract = {Das Phloem stellt ein Netzwerk zur Assimilat- und N{\"a}hrstofftranslokation sowie zur elektrischen Kommunikation innerhalb der Pflanze dar. In apoplastisch beladenden Pflanzen werden die funktionellen Eigenschaften des Phloems im Wesentlichen vom Zusammenspiel eines Transportmoduls, bestehend aus Carriern, Kaliumkan{\"a}len und Protonen-ATPasen, bestimmt. Ausgangspunkt f{\"u}r die biophysikalische Charakterisierung dieses Phloem-Transportmoduls waren Arbeiten zum Saccharosetransport in der Arabidopsis akt2/3-1 Mutante. Das AKT2/3 Gen kodiert f{\"u}r einen Phloem-spezifischen Kaliumkanal vom Shaker-Typ. Die Tatsache, dass der Saccharosegehalt im Phloem dieser Mutante um 50\% im Vergleich zum Wildtyp reduziert war, ließ eine enge Kopplung von Kalium- und Zuckerfl{\"u}ssen vermuten. Um diesen Ph{\"a}notyp aufkl{\"a}ren zu k{\"o}nnen und ein Modell f{\"u}r die Beladungsprozesse an der Phloemmembran zu entwickeln, wurde das heterologe Expressionssystem der Xenopus Oozyten gew{\"a}hlt. So konnte in Coexpressionsstudien die Interaktion von Phloem-lokalisierten Kaliumkan{\"a}len und Transportern sowie die Kopplung des Kalium- und Zuckertransports mit Hilfe biophysikalischer Methoden untersucht werden.}, subject = {Phloem}, language = {de} } @phdthesis{Guhling2006, author = {Guhling, Ortwin}, title = {Biosynthese kutikul{\"a}rer Triterpenoide : Klonierung und Charakterisierung von Epoxysqualenzyklasen aus Ricinus communis und Lycopersicon esculentum}, url = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-21796}, school = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg}, year = {2006}, abstract = {Triterpene finden sich in großer struktureller Vielfalt als Sekund{\"a}rmetabolite in Form von glycosylierten Verbindungen, aber auch als Aglykone, in zahlreichen Pflanzen. In einigen Arten akkumulieren Triterpene in großen Mengen als kutikul{\"a}re Wachsbestandteile im prim{\"a}ren Abschlussgewebe und beeinflussen auf diese Weise die Grenzfl{\"a}cheneigenschaften der oberirdischen Pflanzenorgane. In der vorliegenden Arbeit wurde die kutikulaspezifische Biosynthese von Triterpenen durch die Kombination molekulargenetischer und analytischer Methoden exemplarisch an Ricinus communis eingehend untersucht. Die Rizinus-Pflanze tritt in zwei Sprossachsenph{\"a}notypen in Erscheinung: Der Glossy-Ph{\"a}notyp ist frei von epikutikul{\"a}ren Wachskristallen, wohingegen die Sprossachsen von Individuen des Glaucous-Ph{\"a}notyps von fadenf{\"o}rmigen epikutikul{\"a}ren Wachskristallen bedeckt sind. Eine vergleichende chemische Analyse zeigte, dass 67 Tage alte Hypokotyle der Individuen des Glossy-Ph{\"a}notyps mit etwa 12,5 µg/cm^2 kutikul{\"a}rem Wachs bedeckt sind, die Zusammensetzung des kutikul{\"a}ren Wachsgemisches wird von VLC-aliphatischen Verbindungen dominiert. Hypokotyle der Individuen vom Glaucous-Ph{\"a}notyp weisen mit 51,9 µg/cm^2 dagegen eine weit h{\"o}here Wachsbelegung auf, wobei das Wachsgemisch von Triterpen-Verbindungen, vor allem durch die Hauptkomponente Lupeol mit 56\% der Gesamtwachsmenge dominiert wird. Um die Akkumulation von Lupeol im Laufe der fr{\"u}hen Sprossachsenentwicklung des Glaucous-Ph{\"a}notyps zu dokumentieren, wurden entsprechende wachsanalytische Beprobungen an Hypokotylen durchgef{\"u}hrt. Es zeigte sich, dass Lupeol bereits in einer fr{\"u}hen Entwicklungsphase mit hohen Raten in die Kutikula eingelagert wird: zwischen Tag 6 und Tag 25 nach der Keimung der Pflanzen nimmt die Lupeolwachsbelegung mit einer Rate von 1,2 µg cm^2 und Tag zu; dies entspricht einer t{\"a}glichen Lupeol-Zunahme von 0,013 ng/Zelle zwischen Tag 11 und Tag 18. Rasterelektronenmikroskopische Untersuchungen belegten, dass die Lupeolakkumulation von einer starken Zunahme der fadenf{\"o}rmigen Wachskristalle in der fr{\"u}hen Hypokotylentwicklung begleitet wird. Vor dem Hintergrund der wachsanalytischen und mikromorphologischen Daten war es von zentraler Bedeutung, die f{\"u}r die Biosynthese des kutikul{\"a}ren Lupeols verantwortliche Triterpensynthase zu klonieren. Mit Hilfe des entwickelten Primerdesigns zur homologiebasierten Klonierung pflanzlicher 2,3-Oxidosqualenzyklasen wurden zwei Epoxysqualenzyklasen aus Ricinus communis kloniert und durch heterologe Expression in der Lanosterolsynthase-defizienten Hefemutante GIL 77 jeweils als Cycloartenolsynthase (RcCAS1) und monofunktionale Lupeolsynthase (RcLUS1) charakterisiert. Die auf den Glaucous-Ph{\"a}notyp beschr{\"a}nkte sprossachsenspezifische Expression und die hohe Expressionsrate von RcLUS1 in der fr{\"u}hen Entwicklungsphase mit einem Peak an Tag 12 nach der Keimung stimmte exakt mit der zeitlichen Akkumulation von Lupeol in der Sprossachsenkutikula bei Individuen des Glaucous-Ph{\"a}notyps {\"u}berein. Damit handelt es sich bei RcLUS1 um die erste charakterisierte Triterpensynthase, die f{\"u}r die Bildung kutikul{\"a}rer Triterpene verantwortlich gemacht werden kann. Die Untersuchungen an R. communis zeigen, dass die Biosynthese von kutikul{\"a}ren Triterpenen {\"u}ber die enzymatisch gesteuerte Zyklisierung von 2,3-Oxidosqualen bewerkstelligt wird. Offensichtlich spielt eine Transkriptionsregulation auf der Ebene der jeweiligen Triterpensynthase dabei eine zentrale Rolle. Phylogenetische Vergleiche zeigten, dass RcLUS1 nur relativ geringe Sequenz{\"a}hnlichkeiten zu den bisher charakterisierten Lupeolsynthasen aufzeigt und somit als Vertreter einer bisher nicht beschriebenen Klasse pflanzlicher Triterpensynthasen angesprochen werden muss. Durch gerichtete Mutagenisierung wurde die RcLUS1-Mutante F257W hergestellt und funktionell charakterisiert. Das Produktspektrum der mutagenisierten Lupeolsynthase verschob sich von Lupeol nach \&\#946;-Amyrin und best{\"a}tigte damit die Bedeutung des dem Phenylalanin in Amyrinsynthasen korrespondierenden Tryptophans f{\"u}r die katalytische Funktionalit{\"a}t dieser Enzyme. Mit der Klonierung der Triterpensynthasen LeTTS1 und LeTTS2 aus Lycopersicon esculentum wurde der erste wichtige Schritt f{\"u}r ein tieferes Verst{\"a}ndnis der Biosynthese kutikul{\"a}rer Triterpene in dieser Pflanze getan. LeTTS1 konnte als \&\#946;-Amyrinsynthase charakterisiert werden. Im Gegensatz zur Stammkutikula des Glaucous-Ph{\"a}notyps von Ricinus communis werden in die Fruchtkutikula von Tomate nicht nur ein, sondern mit \&\#945;-, \&\#946;- und \&\#948;-Amyrin gleich drei Triterpene in gr{\"o}ßeren Mengen eingelagert. Der Nachweis einer tats{\"a}chlichen Relevanz der klonierten OSCs f{\"u}r die Biosynthese dieser kutikul{\"a}ren Triterpene muss durch Untersuchungen zur Expression dieser Gene erbracht werden.}, subject = {Rizinus}, language = {de} } @phdthesis{Beckert2002, author = {Beckert, Cornelia}, title = {Biosynthese, Akkumulation und Strukturen von Styrylpyronen in gametophytischen und sporophytischen Geweben von Equisetum}, url = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-3454}, school = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg}, year = {2002}, abstract = {Untersuchungen zur Akkumulation phenolischer Inhaltsstoffe von Equisetum an gametophytischen und unterirdisch wachsenden sporophytischen Geweben vervollst{\"a}ndigten den Kenntnisstand der phenolischen Inhaltsstoffe in dieser Gattung. In beiden Geweben konnten - wie in oberirdischen sporophytischen Geweben - Hydroxyzimts{\"a}urederivate nachgewiesen werden. Styrylpyrone und Protoflavonoide ersetzen hier die in oberirdischen sporophytischen Geweben nachgewiesenen Flavonoide. Hydroxyzimts{\"a}urederivate wurden in Prothallien aller untersuchter Arten gefunden wohingegen in Rhizomen der jeweiligen Arten einzelne Hydroxyzimts{\"a}urederivate fehlten. Die Inhaltsstoffmuster der Styrylpyrone bei verschiedenen Arten entsprachen sich weitgehend. Die sukzessive Analyse des {\"U}bergangsbereiches - unterirdisch wachsendes Rhizom zu oberirdischem Spross - zeigte einen ebenso sukzessiven Wechsel im Akkumulationsmuster. Der Gehalt l{\"o}slicher Styrylpyrone nahm - von unten nach oben betrachtet - in gleichem Maße ab, wie der Gehalt an Flavonoiden anstieg. In lokal braun pigmentierten Sprossbereichen, die vereinzelt an oberirdisch wachsenden Sporophyten auftraten, wurden neben den in Rhizomen konstitutiv akkumulierten Styrylpyronen auch, offenbar durch Verwundung induziert, Styrylpyrone detektiert. In den gr{\"u}nen, nicht pigmentierten Bereichen dieser Sprosse wurden dagegen ausschließlich Flavonoide und Hydroxyzimts{\"a}urederivate detektiert. Fluoreszenzmikroskopische Untersuchungen belegten eine vakuol{\"a}re Speicherung der l{\"o}slichen Inhaltsstoffe Styrylpyrone und Hydroxyzimts{\"a}urederivate in Rhizomen und Prothallien. Hydroxyzimts{\"a}urederivate wurden vorwiegend in zentral liegenden Rhizombereichen detektiert, w{\"a}hrend Styrylpyrone {\"u}ber den gesamten Rhizomquerschnitt verteilt sichtbar gemacht werden konnten. Folgende Styrylpyrone wurden aus Rhizomen von E. arvense isoliert und mit Hilfe spektroskopischer Methoden in ihrer Struktur aufgekl{\"a}rt: 3,4-Dihydroxy-6-(4´-hydroxy-E-styryl)-2-pyron-3-O-ß-D-glucopyranosid und 3,4-Dihydroxy-6-(3´-hydroxy-4´methoxy-E-styryl)-2-pyron-3-O-ß-glucopyranosid. Untersuchungen zur Biosynthese von Styrylpyronen zeigten eine enzymkatalysierte Bildung von Hispidin und Bisnoryangonin in Gametophyten verschiedener Equisetum-Arten sowie in Rhizomen und fertilen Sporophyten von E. arvense. Ebenso gelang der Nachweis der enzymatischen Glycosilierung von 3-Hydroxyhispidin zu Equisetumpyron in Gametophyten von E. arvense. Eine Styrylpyronsynthase wurde charakterisiert: Das pH-Optimum f{\"u}r die Bildung von Bisnoryangonin lag bei pH 7,5-7,8 und f{\"u}r die Bildung von Hispidin bei 6,8-7,0, jeweils in 0,5 M KPi-Puffer. Das Temperaturoptimum f{\"u}r die Bildung von Bisnoryangonin betrug 30° C bzw. 37°C f{\"u}r die Bildung von Hispidin. Die Substanzen Natriumascorbat in einer Konzentration von 20 mM, BSA (0,1 \% w/V), Dithiothreitol (2,5 mM) bzw. Mercaptoethanol (7 mM) konnten die Enzymaktivit{\"a}t deutlich steigern. Die Km\&\#64979;Werte wurden f{\"u}r die Substrate Kaffeoyl-CoA und Malonyl-CoA bei 116 µM bzw. 141 µM ermittelt. F{\"u}r die Substrate p-Cumaroyl-CoA und Malonyl-CoA lagen die Km\&\#64979;Werte bei 182 µM bzw. 238 µM. Das relative Molekulargewicht des nativen Enzyms wurde mittels Gelfiltration mit 78-80 kD bestimmt. Im Rahmen der Proteinreinigung wurde eine auf chromatographischen Techniken basierende Methode entwickelt, mit der die Styrylpyronsynthase mit einem Anreicherungsfaktor von 1107 bei einer Ausbeute von 0,08 \% gereinigt werden konnte.}, subject = {Schachtelhalm}, language = {de} } @phdthesis{Trebing2014, author = {Trebing, Johannes}, title = {CD70-abh{\"a}ngige und spezifische Aktivierung von TRAILR1 oder TRAILR2 durch scFv:CD70-TRAIL-Mutanten}, url = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-111592}, school = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg}, year = {2014}, abstract = {Das Ziel dieser Arbeit bestand darin, den T-Zell-inhibierenden Effekt eines CD70-blockierenden Antik{\"o}rpers mit einer Fc-unabh{\"a}ngigen Zelltod-induzierenden Aktivit{\"a}t auf CD70-exprimierende Tumoren zu kombinieren. Dazu wurden Fusionsproteine hergestellt und untersucht, die aus einer CD70-bindenden scFv-Dom{\"a}ne sowie aus einer TRAIL-Dom{\"a}ne bestehen. Der CD70-spezifische monoklonale Antik{\"o}rper lαhCD70 sowie der beretis bekannte hCD70-spezifische Antik{\"o}rper 1F6 blockieren mit hoher Effizienz die CD27/CD70-Interaktion von CD70-exprimierenden Zelllinien (Mino, OVCAR-3, U-266) und inhibieren dadurch die Induktion der IL8-Produktion durch diese Zellen in kokultivierten HT1080-CD27-Zellen. IL8 wird durch den klassischen NFκB-Signalweg reguliert und ist f{\"u}r den pro-angiogenetischen Effekt von entscheidender Bedeutung (Abb. 2, 3). Mit Hilfe zellul{\"a}rer Gleichgewichtsbindungsstudien mit mono- und trimeren scFv:lαhCD70-GpL-Fusionsproteinen (Abb. 4) auf Mino- und OVCAR-3-Zellen konnte gezeigt werden, dass die Trimerisierung in beiden Zelllinien zu einer Steigerung der apparenten Affinit{\"a}t der scFv:lαhCD70-CD70 Interaktion f{\"u}hrt und damit einen Effekt auf die CD70-Belegung hat (Abb. 5). F{\"u}r die Konstruktion der Fusionsproteine wurde sowohl Wildtyp-TRAIL als auch TRAIL-Mutanten mit Pr{\"a}ferenz f{\"u}r den TRAILR1 oder TRAILR2 verwendet. Die TRAILR-Pr{\"a}ferenz der verwendeten TRAIL-Mutanten (wt, mutR1, mutR2) wurde nicht nur in zellul{\"a}ren GpL-Bindungsstudien (Abb. 7) sondern zus{\"a}tzlich auch in TRAILR Immobilisierungsexperimenten (Abb. 8) bewiesen. Hier zeigte sich, dass bei TRAILR1 keine Interaktion mit TRAILmutR2, so wie bei TRAILR2 keine signifikante Bindung mit TRAILmutR1 erfolgte. Nur der TRAIL-Wildtyp band signifikant an beide TRAIL-Todesrezeptoren. Vitalit{\"a}tsexperimente (Abb. 10) und Western-Blot Analysen der Caspase-Prozessierung (Abb. 11) best{\"a}tigten die starke TRAILR1- bzw. TRAILR2-Spezifit{\"a}t der TRAILmutR1- und TRAILmutR2-Varianten. Im Gegensatz zu den unvernetzten l{\"o}slichen TRAIL-Trimeren waren nur die quervernetzten TRAIL-TNC-Varianten in der Lage, eine signifikante Apoptose-Signalkaskade bei relativ geringen Konzentrationen zu induzieren. Die toxischen ED50-Konzentrationen der unoligomerisierten TRAIL-Formen lagen um einen Faktor 100 h{\"o}her als die der oligomerisierten Varianten. Zusammenfassend zeigten die ED50-Werte der Zytotoxizit{\"a}tsexperimente von M2-oligomerisierten zu -unoligomerisierten trimeren TRAIL-Varianten bei allen Fusionskonstrukten und Zelllinien eine eindeutige Verst{\"a}rkung der Apoptoseinduktion durch die M2-Quervernetzung. Bei Jurkat- und Mino-Zellen konnte gr{\"o}ßtenteils erst nach Oligomerisierung {\"u}berhaupt eine Bioaktivit{\"a}t bzw. eine Zelltodinduktion beobachtet werden. In OVCAR-3-Zellen zeigte sich eine 100-1000 fache apoptotische Verst{\"a}rkung durch die Oligomerisierung (Abb. 10). Weiterhin zeigten Zytotoxizit{\"a}tsexperimente, dass sich durch Bindung an hCD70 das Ausmaß der Toxizit{\"a}t der Fusionsproteine auf allen CD70-exprimierenden Zelllinien 10-100x verst{\"a}rkte (Abb. 15, 17). In {\"U}bereinstimmung mit der verst{\"a}rkten TRAIL-Todesrezeptor-Aktivierung durch die CD70-Bindung der scFv-TRAIL-Fusionsproteine, konnte durch eine CD70-Blockade die Caspase-8 Aktivierung und die Prozessierung von Caspase-3 signifikant unterbunden werden (Abb. 18). Die Trimerisierung des scFv:lαhCD70-Antik{\"o}rpers f{\"u}hrte zu keiner Apoptose und beeinflußte auch nicht die Aktivit{\"a}t von TRAIL (Abb. 19) was belegt, dass die beobachteten Effekte auf einer st{\"a}rkeren TRAIL-induzierten Apoptose nach CD70-Bindung der Konstrukte beruhen muss. Die Fusionsproteine beseitigen somit nachweislich einerseits das Problem der limitierenden Aktivit{\"a}t von l{\"o}slichem TRAIL {\"u}ber ihre Verankerung an CD70 (Abb. 15-20) und anderseits die potentielle unerw{\"u}nschte CD70-vermittelte protumorale CD27-Stimulation (Abb. 3). Dar{\"u}ber hinaus k{\"o}nnten die TRAILR-spezifischen TRAIL-Mutanten helfen, Nebeneffekte zu reduzieren, die prim{\"a}r durch den jeweils anderen TRAIL-Todesrezeptor vermittelt werden. Jedoch sind weiter Forschungen insbesondere in vivo Experimente notwendig, um Aussagen {\"u}ber Funktionalit{\"a}t, Halbwertszeiten, sowie Effektivit{\"a}t und Vertr{\"a}glichkeit treffen zu k{\"o}nnen.}, subject = {Apoptosis}, language = {de} } @article{SteinerZacharyBaueretal.2023, author = {Steiner, Thomas and Zachary, Marie and Bauer, Susanne and M{\"u}ller, Martin J. and Krischke, Markus and Radziej, Sandra and Klepsch, Maximilian and Huettel, Bruno and Eisenreich, Wolfgang and Rudel, Thomas and Beier, Dagmar}, title = {Central Role of Sibling Small RNAs NgncR_162 and NgncR_163 in Main Metabolic Pathways of Neisseria gonorrhoeae}, series = {mBio}, volume = {14}, journal = {mBio}, doi = {10.1128/mbio.03093-22}, url = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-313323}, year = {2023}, abstract = {Small bacterial regulatory RNAs (sRNAs) have been implicated in the regulation of numerous metabolic pathways. In most of these studies, sRNA-dependent regulation of mRNAs or proteins of enzymes in metabolic pathways has been predicted to affect the metabolism of these bacteria. However, only in a very few cases has the role in metabolism been demonstrated. Here, we performed a combined transcriptome and metabolome analysis to define the regulon of the sibling sRNAs NgncR_162 and NgncR_163 (NgncR_162/163) and their impact on the metabolism of Neisseria gonorrhoeae. These sRNAs have been reported to control genes of the citric acid and methylcitric acid cycles by posttranscriptional negative regulation. By transcriptome analysis, we now expand the NgncR_162/163 regulon by several new members and provide evidence that the sibling sRNAs act as both negative and positive regulators of target gene expression. Newly identified NgncR_162/163 targets are mostly involved in transport processes, especially in the uptake of glycine, phenylalanine, and branched-chain amino acids. NgncR_162/163 also play key roles in the control of serine-glycine metabolism and, hence, probably affect biosyntheses of nucleotides, vitamins, and other amino acids via the supply of one-carbon (C\(_1\)) units. Indeed, these roles were confirmed by metabolomics and metabolic flux analysis, which revealed a bipartite metabolic network with glucose degradation for the supply of anabolic pathways and the usage of amino acids via the citric acid cycle for energy metabolism. Thus, by combined deep RNA sequencing (RNA-seq) and metabolomics, we significantly extended the regulon of NgncR_162/163 and demonstrated the role of NgncR_162/163 in the regulation of central metabolic pathways of the gonococcus.}, language = {en} }