@phdthesis{Scheuermann2009,
  author    = {Scheuermann, Sabine Verena},
  title     = {Prospektive Untersuchung zur Evaluation von Risikofaktoren und Inzidenzen invasiver Pilzinfektionen, sowie der konsekutiven antimykotischen Therapie bei Hochrisikopatienten mit akuter Leuk{\"a}mie und Langzeitaplasie nach Chemotherapie unter besonderer Ber{\"u}cksichtigung der Polymerasekettenreaktion zur Verbesserung der diagnostischen Optionen},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-36601},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2009},
  abstract  = {In der H{\"a}matoonkologie nimmt die Inzidenz von Pilzinfektionen in den letzten 2 Jahrzehnten deutlich zu, wobei eine fr{\"u}hzeitige Diagnostik und ad{\"a}quate Therapie hinsichtlich einer hohen Komplikationsrate wichtig ist. Umso deutlicher wird die Notwendigkeit einer Intensivierung und Verbesserung der Diagnostik, beispielsweise durch PCR. Es soll die Wertigkeit der routinem{\"a}ssigen PCR-Untersuchung als fr{\"u}hen Indikator einer Erkrankung in einer nicht durch Studiendiagnostik verf{\"a}lschten klinischen Routine untersucht werden. Ein weiterer zentraler Punkt dieser Studie ist, ein Risikoprofil f{\"u}r neutropenische Patienten mit Chemotherapie bei Akuter Leuk{\"a}mie zu erstellen. Grundlegende Zusammenh{\"a}nge zwischen individuellen wie auch generellen Risikofaktoren und Diagnosestellung einer IPI sollen durch die Untersuchung von 62 Patienten gekl{\"a}rt werden. Die PCR-Untersuchung ist ein schnelles und sensitives Verfahren zum Nachweis von Pilz-DNS. Es werden f{\"u}r die Sensitivit{\"a}t einer PCR, hinsichtlich der Diagnosestellung einer IPI im Zeitraum der Datenerhebung, ein Wert von 59,3 \% und eine Spezifit{\"a}t von 71,4 \% ermittelt. Betrachtet man den Zeitrahmen von 14 Tagen nach Beginn der Aplasie, so kann eine h{\"o}here Sensitivit{\"a}t von 72,7 \% eruiert werden, wie auch ein hoher negativ pr{\"a}diktiver Wert von 91,7. Eine invasive Mykose bei Patienten mit mehrfach negativem PCR-Nachweis kann somit als unwahrscheinlich angesehen werden. Besonderes Augenmerk wird in der Studie auch auf das Erstellen eines Risikoprofils f{\"u}r die Patienten hinsichtlich einer invasiven Mykose gelegt. In Hinblick auf die Chemotherapie-Protokolle und -Zyklen wird ein Trend zur fr{\"u}hen Chemotherapie deutlich. Bei der {\"U}berpr{\"u}fung der epidemiologischen Verteilung f{\"u}r Deutschland kann erstmals eine signifikant unterschiedliche jahreszeitliche Verteilung an IPI nachgewiesen werden. So kommt es im Sommer signifikant seltener zu einer invasiven Mykose. Hingegen ist das Risiko der Krankheitsentstehung in den Monaten September, Oktober und November hochsignifikant gesteigert. Dieses sollte bei zuk{\"u}nftigen epidemiologischen Untersuchungen aber eventuell auch zur engmaschigen Diagnostik und Indikation prophylaktischer und empirischer Therapien ber{\"u}cksichtigt werden.},
  subject      = {Polymerase-Kettenreaktion},
  language  = {de}
}
@phdthesis{Butters2007,
  author    = {Butters, Marlene},
  title     = {Etablierung und Evaluierung von quantitativen RT-PCR- und ELISA-Verfahren zur Bestimmung muriner Zytokinspiegel bei der Immunantwort gegen{\"u}ber Aspergillus fumigatus},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-38890},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2007},
  abstract  = {In unserer Studie sollte die Genauigkeit der PCR zur Bestimmung von Zytokinspiegeln ermittelt werden. Mittels Blutproben von mit A. Fumigatus infizierten M{\"a}usen, sollte eine Aussage bez{\"u}glich der Immunantwort getroffen werden. Wir griffen TNF\&\#945;, IL-12p40 und IL-10 heraus, um einsch{\"a}tzen zu k{\"o}nnen, ob die Immunantwort eher humoral oder zellvermittelt abl{\"a}uft. Zur m{\"o}glichen Bestimmung der Sensitivit{\"a}t und Genauigkeit, wurden die crossing points der Standardverd{\"u}nnungsreihen jeweils einmal in einem Lauf dreifach, ausserdem jeweils in drei unabh{\"a}ngigen L{\"a}ufen von einander einfach eingesetzt, und miteinander verglichen. Unsere Ergebnisse decken sich mit den Ergebnissen aktueller Literatur und Etablierungen anderer Zytokine. Die Etablierung des ELISAs sollte dem Vergleich zwischen mRNA-Ebene und Proteinebene dienen. Zur richtigen Einordnung unserer Arbeiten mit dem Immunoassay m{\"u}ssen die Limitierungen der Ergebnisse beachtet werden. Die Versuche zur Quantifizierung der mRNA murinen TNF\&\#945;s aus den Versuchsserien misslang. Auch die erzielten Ergebnisse mit Protein-basierten Nachweisverfahren konnten letztendlich nicht suffizient beurteilt werden. Die großen Schwankungen in der Konzentration und die Widerspr{\"u}chlichkeit im Vergleich der Ergebnisse aktueller Literatur, machen eine Verf{\"a}lschung durch Kontamination mit Proteinen aus lysierten Zellen sehr wahrscheinlich. Die erzielten Ergebnisse der RT-PCR anhand der Inter- und Intra-Assay- Vergleiche jedoch k{\"o}nnen nachfolgenden Projekten dazu dienen, haupts{\"a}chlich das Instrument LightCycler in seiner Sensitivit{\"a}t und Genauigkeit einsch{\"a}tzen zu k{\"o}nnen, und so die ermittelten Daten besser verarbeiten zu k{\"o}nnen.},
  subject      = {Aspergillus fumigatus},
  language  = {de}
}
@phdthesis{Beyerle2016,
  author    = {Beyerle, Dhyana},
  title     = {Etablierung einer PCR-Methode zur Chim{\"a}rismusdiagnostik},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-146759},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2016},
  abstract  = {Neben Infektionen und Graft-versus-Host-Reaktionen nach allogener Stammzelltransplantation, stellen das Rezidiv der Grunderkrankungen und die Transplantatabstoßung die schwerwiegendsten Probleme bei diesem Patientenklientel dar. Um jene fr{\"u}hzeitig zu erkennen, werden Chim{\"a}rismusanalysen eingesetzt, mit deren Hilfe das Auftauchen kleinster Mengen an Empf{\"a}ngerknochenmarkszellen im peripheren Blut nachgewiesen werden k{\"o}nnen. Hierf{\"u}r stehen verschiedene M{\"o}glichkeiten mit unterschiedlichen Sensitivit{\"a}ten und Anwendungsbereichen zur Verf{\"u}gung, wie die Fluoreszenz-in-situ-Hybridisierung (FISH), die Amplifikation von short tandem repeats (STR) mittels Polymerasekettenreaktion (PCR) und die allelspezifische quantitative Real-time-PCR (qRT-PCR) mittels TaqMan, um die es in dieser Arbeit geht. Mit Hilfe von speziellen Zielsequenzen auf unterschiedlichen Allelen, die Alizadeh et al. 2002 ver{\"o}ffentlichten, kann in der qRT-PCR bereits eine von 1000 Zellen nachgewiesen werden und somit zu einem fr{\"u}hen Zeitpunkt ein m{\"o}gliches Rezidiv oder eine Abstoßung erkannt werden. In dieser Arbeit wurden f{\"u}r die beschriebenen Allele und das SRY-Gen Standardreihen mit unterschiedlichen Konzentrationsstufen erstellt, mit Hilfe derer man die Ergebnisse der PCR aus Patientenproben einordnen und den Chim{\"a}rismus berechnen konnte. Eine zus{\"a}tzliche Kalibrierung der Proben wurde mit Standardreihen vorbestimmter Konzentrationsstufen des Housekeeping-Gens HCK durchgef{\"u}hrt, das auch bei der Auswertung der Patientenproben zum Einsatz kam. Somit war es im Rahmen der Etablierung der PCR an der Uniklinik W{\"u}rzburg m{\"o}glich, in dieser Arbeit 395 Proben zu bestimmen, von denen 127 Proben von 26 Patienten ausgewertet und mit extern ermittelten STR-PCR-Ergebnissen verglichen werden konnten. Die hieraus gewonnenen Daten wurden mit den von Alizadehet al.[59] ver{\"o}ffentlichten Daten verglichen bez{\"u}glich der Anwendbarkeit der allelspezifischen PCR auf das Patientenkollektiv der Uniklinik W{\"u}rzburg und der Auswertung ihrer Sensitivit{\"a}t sowie klinischen Verwendbarkeit. 50 Um die ermittelten Chim{\"a}rismen in einen klinischen Zusammenhang zu stellen, erfolgte die Zuordnung zu vier Gruppen mit verschiedenen Prozentspannen, bei denen unterschiedliche Szenarien in der klinischen Bewertung durchgespielt wurden. Die Schw{\"a}chen der etablierten PCR bestanden vor allem darin, dass 12,5\% der Proben dieser Methode nicht zug{\"a}nglich waren und angenommen werden muss, dass der Assay z.T. zu sensitiv war. Gerade in einem Bereich von > 5\%igen Chim{\"a}rismen stimmten die erhobenen Daten nicht mehr mit den Kontrollen {\"u}berein, sondern gaben m{\"o}glicherweise falsch hohe Chim{\"a}rismen an. Fehlende prospektive Daten machten es nicht m{\"o}glich, in der Arbeit unstimmige Werte durch Beobachtung des weiteren klinischen Verlaufs auf ihre Richtigkeit zu pr{\"u}fen. F{\"u}r die weitere Bewertung des Assays w{\"a}re es wichtig, dies in zuk{\"u}nftige Untersuchungen mit einzubeziehen.},
  subject      = {Polymerase-Kettenreaktion},
  language  = {de}
}
@phdthesis{Reiter2007,
  author    = {Reiter, Constantin Wei-te Caspar},
  title     = {Allelotypisierung und prognostische Relevanz der Regionen 1p32-36, 4p14-16 und 17p12 beim kolorektalen Karzinom},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-24673},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2007},
  abstract  = {Die Karzinomentstehung im Kolon l{\"a}sst sich entsprechend der Adenom-Karzinom-Sequenz u.a. auf die Inaktivierung von Tumorsuppressorgenen zur{\"u}ckf{\"u}hren. Loss of heterozygosity (LOH) in verschiedenen chromosomalen Bereichen konnten bereits mit einer signifikant schlechteren Patientenprognose oder einem schlechteren Ansprechen einer Chemotherapie korreliert werden. Im Rahmen dieser Arbeit wurden 2 Multiplex-PCR Reaktionen zur Untersuchung von DNA-Proben etabliert. Anschließend wurden 100 Tumoren in den chromosomalen Regionen 1p32-36, 4p14-16 und 17p12 auf allelische Deletionen untersucht und diese mit der Patientenprognose korreliert. Es konnte ein signifikant schlechteres {\"U}berleben bei einem gleichzeitigen Vorliegen von LOH auf den Regionen 4p15.2 (D4S2397) und 17p12 (D17S1303) gefunden werden (p=0,0367). Ferner konnte ein Trend zur schlechteren Prognose bei einem gleichzeitigen Auftreten von LOH in den Regionen 17p12 (D17S1303) und 1p32-36 (HY-TM1) gezeigt werden (p=0,15). Um klinisch nutzbare Untersuchungsverfahren zur Prognosebestimmung bei Patienten mit Kolonkarzinom entwickeln zu k{\"o}nnen, werden noch weitere molekulargenetische Folgestudien n{\"o}tig sein.},
  subject      = {Colonkrebs},
  language  = {de}
}