@article{DechHolzwarthAsametal.2021,
  author    = {Dech, Stefan and Holzwarth, Stefanie and Asam, Sarah and Andresen, Thorsten and Bachmann, Martin and Boettcher, Martin and Dietz, Andreas and Eisfelder, Christina and Frey, Corinne and Gesell, Gerhard and Gessner, Ursula and Hirner, Andreas and Hofmann, Matthias and Kirches, Grit and Klein, Doris and Klein, Igor and Kraus, Tanja and Krause, Detmar and Plank, Simon and Popp, Thomas and Reinermann, Sophie and Reiners, Philipp and Roessler, Sebastian and Ruppert, Thomas and Scherbachenko, Alexander and Vignesh, Ranjitha and Wolfmueller, Meinhard and Zwenzner, Hendrik and Kuenzer, Claudia},
  title     = {Potential and challenges of harmonizing 40 years of AVHRR data: the TIMELINE experience},
  series = {Remote Sensing},
  volume    = {13},
  journal   = {Remote Sensing},
  number    = {18},
  issn      = {2072-4292},
  doi       = {10.3390/rs13183618},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-246134},
  year      = {2021},
  abstract  = {Earth Observation satellite data allows for the monitoring of the surface of our planet at predefined intervals covering large areas. However, there is only one medium resolution sensor family in orbit that enables an observation time span of 40 and more years at a daily repeat interval. This is the AVHRR sensor family. If we want to investigate the long-term impacts of climate change on our environment, we can only do so based on data that remains available for several decades. If we then want to investigate processes with respect to climate change, we need very high temporal resolution enabling the generation of long-term time series and the derivation of related statistical parameters such as mean, variability, anomalies, and trends. The challenges to generating a well calibrated and harmonized 40-year-long time series based on AVHRR sensor data flown on 14 different platforms are enormous. However, only extremely thorough pre-processing and harmonization ensures that trends found in the data are real trends and not sensor-related (or other) artefacts. The generation of European-wide time series as a basis for the derivation of a multitude of parameters is therefore an extremely challenging task, the details of which are presented in this paper.},
  language  = {en}
}
@phdthesis{Ruppert2002,
  author    = {Ruppert, Andreas},
  title     = {Die B-Lymphozyten-Aktivierung in der osteoarthrotischen Synovialmembran - ein Beitrag zum molekularpathogenetischen Verst{\"a}ndnis der Osteoarthrose},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-5161},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2002},
  abstract  = {Die Synovialmembran zeigt bei Osteoarthrose, einer prim{\"a}r degenerativen Erkrankung, ein sekund{\"a}res entz{\"u}ndliches Geschehen. Histopathologisch existiert das entz{\"u}ndliche Infiltrat in zwei unterschiedlichen Mustern, die jedoch eine sekund{\"a}re, durch Knorpelalteration bedingte Synovialitis gemeinsam haben: (1) Detritus Synovialitis und (2) lympho-plasmazellul{\"a}re Synovialitis, beide mit leicht ausgepr{\"a}gter entz{\"u}ndlicher Infiltration durch Lymphozyten und Plasmazellen. Ziel dieser Studie war es, ein genaueres Verst{\"a}ndnis von der B-Zell-Aktivierung in der Synovialmembran der OA zu eruieren. Denn es ist immer noch ungekl{\"a}rt, ob die B-Lymphozyten im synovialen Infiltrat Antigen-aktiviert sind, als solche m{\"o}glicherweise schon einwandern, oder ob sie auch lokal expandieren (im Sinne einer antigenabh{\"a}ngigen Affinit{\"a}tsmaturation), wie bei der RA. Bei dieser ist inzwischen eine lokale Affinit{\"a}tsmaturation in synovialen Keimzentren bewiesen. Dazu wurden IgVH-Gene der synovialen B-Lymphozyten analysiert und immunhistochemische F{\"a}rbungen durchgef{\"u}hrt, da bis dato noch wenige morphologische, als auch molekularbiologische Daten {\"u}ber die synovialen B-Zellen bzw. Plasmazellen in der OA vorliegen. Ein Fokus wurde auf die Antigen-Aktivierung der synovialen B-Lymphozyten (charakterisiert durch hohe R/S-Ratios) gerichtet. Um der Herkunft des Entz{\"u}ndungsgeschehens nachzugehen, wurde die Histologie verschiedener Differenzierungsstufen von B-Lymphozyten im entz{\"u}ndlichen Infiltrat von nicht-follikul{\"a}ren und follikel{\"a}hnlichen B-Zell-Ansammlugen analysiert. Durch CD27/CD20- und CD27/Syndekan-Doppelf{\"a}rbungen konnte die bevorzugte Lokalisation von Memory-und Plasma-Zellen identifiziert werden. Diese gab n{\"a}here Hinweise auf den Ort der Antigen-Aktivierung bei Osteoarthrose. Die Resultate der hohen R/S-Ratios (17/24 Klonen), gerade in den CDR-Regionen, stehen im Einklang mit der g{\"a}ngigen Meinung, dass die CDR-Regionen mehr mutieren als die FR-Regionen, da in diesen eher ein konstantes Antik{\"o}rpermerkmal erhalten wird, wohingegen die CDR´s auf eine Affinit{\"a}tsanpassung (durch h{\"o}here Mutationsraten) ausgerichtet sind. Die Mutationsrate weist auf eine stattgefundene Antigenaktivierung dieser B-Lymphozyten hin. Aus den histologischen Schnittbildern mit den oben genannten Doppelf{\"a}rbungen war v.a. perivaskul{\"a}r ein Vorkommen von vielen CD27+/CD20+ Memory-B-Zellen (PMZ/IaM), sowie Plasmazellen zu erkennen, dahingegen relativ betrachtet wenige CD27-CD20+ B-Lymphozyten. Dies deutet darauf hin, dass bei der OA vermehrt bereits aktivierte Memory-Zellen ins Synovialgewebe einwandern. Allerdings zeigte sich eine unerwartete Anh{\"a}ufung von Follikel{\"a}hnlichen Formationen ohne Keimzentrumscharakter, die Anlaß zu weiteren {\"U}berlegungen geben. Die Diskussion findet im Rahmen des generellen Pathogenese-Konzepts der OA statt, mit besonderem Augenmerk auf die unterschiedlichen Entz{\"u}ndungstypen und -muster, sowie die dominierenden Zelltypen in der osteoarthrotischen Synovialmembran. Da in dem Entz{\"u}ndungsinfiltrat der osteoarthrotischen Synovialmembran keine Keimzentren zu finden sind, nur Follikel{\"a}hnliche Formationen, muss von einer Antigen-Aktivierung und Affinit{\"a}tsreifung außerhalb des Gelenkes ausgegangen werden. Bei nahezu allen morphologischen Betrachtungen der osteoarthrotischen Synovia fiel eine deutlich hohe Anzahl von CD27+/CD20+ Memory-B-Lymphozyten perivaskul{\"a}r auf. Daher kann davon ausgegangen werden, dass wir es beim arthrotischen Entz{\"u}ndungsinfiltrat mit einer Sekund{\"a}r-Antwort zu tun haben, die auf Antigene reagiert, an die sich das Immunsystem „erinnert" und bereits aktivierte B-Zellen einwandern. Zusammenfassend legt die Datenlage nahe, dass man offensichtlich von einer immunologischen Bekanntheit es k{\"o}rpereigenen Immunsystems mit freigesetzten Antigenen in der OA spechen kann. Hierdurch wurde ein Beitrag zum immunpathogenetischen Verst{\"a}ndnis der sekund{\"a}ren Begleitsynovialitis dahingehend gefunden, dass die geringer ausgepr{\"a}gte Entz{\"u}ndung in der Arthrose -im Gegensatz zur RA- ein Ausdruck der Reaktivit{\"a}t auf „dem Immunsystem in Erinnerung gebliebener" Antigene ist. Der Vergleich der potentiellen Antigene bei den Krankheitsbildern RA und OA weist einige Gemeinsamkeiten auf, wodurch sich die Frage einer genetischen Pr{\"a}disposition f{\"u}r das Ausmaß des Entz{\"u}ndungsgrades in den Gelenken ergibt.},
  language  = {de}
}
@article{SchulzRuppertHermsetal.2017,
  author    = {Schulz, Herbert and Ruppert, Ann-Kathrin and Herms, Stefan and Wolf, Christiane and Mirza-Schreiber, Nazanin and Stegle, Oliver and Czamara, Darina and Forstner, Andreas J. and Sivalingam, Sugirthan and Schoch, Susanne and Moebus, Susanne and P{\"u}tz, Benno and Hillmer, Axel and Fricker, Nadine and Vatter, Hartmut and M{\"u}ller-Myhsok, Bertram and N{\"o}then, Markus M. and Becker, Albert J. and Hoffmann, Per and Sander, Thomas and Cichon, Sven},
  title     = {Genome-wide mapping of genetic determinants influencing DNA methylation and gene expression in human hippocampus},
  series = {Nature Communications},
  volume    = {8},
  journal   = {Nature Communications},
  doi       = {10.1038/s41467-017-01818-4},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-173168},
  year      = {2017},
  abstract  = {Emerging evidence emphasizes the strong impact of regulatory genomic elements in neurodevelopmental processes and the complex pathways of brain disorders. The present genome-wide quantitative trait loci analyses explore the \(cis\)-regulatory effects of single-nucleotide polymorphisms (SNPs) on DNA methylation (meQTL) and gene expression (eQTL) in 110 human hippocampal biopsies. We identify \(cis\)-meQTLs at 14,118 CpG methylation sites and \(cis\)-eQTLs for 302 3′-mRNA transcripts of 288 genes. Hippocampal \(cis\)-meQTL-CpGs are enriched in flanking regions of active promoters, CpG island shores, binding sites of the transcription factor CTCF and brain eQTLs. \(Cis\)-acting SNPs of hippocampal meQTLs and eQTLs significantly overlap schizophrenia-associated SNPs. Correlations of CpG methylation and RNA expression are found for 34 genes. Our comprehensive maps of \(cis\)-acting hippocampal meQTLs and eQTLs provide a link between disease-associated SNPs and the regulatory genome that will improve the functional interpretation of non-coding genetic variants in the molecular genetic dissection of brain disorders.},
  language  = {en}
}
@article{GredicKarnatiRuppertetal.2023,
  author    = {Gredic, Marija and Karnati, Srikanth and Ruppert, Clemens and Guenther, Andreas and Avdeev, Sergey N. and Kosanovic, Djuro},
  title     = {Combined pulmonary fibrosis and emphysema: when Scylla and Charybdis ally},
  series = {Cells},
  volume    = {12},
  journal   = {Cells},
  number    = {9},
  issn      = {2073-4409},
  doi       = {10.3390/cells12091278},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-313571},
  year      = {2023},
  abstract  = {Combined pulmonary fibrosis and emphysema (CPFE) is a recently recognized syndrome that, as its name indicates, involves the existence of both interstitial lung fibrosis and emphysema in one individual, and is often accompanied by pulmonary hypertension. This debilitating, progressive condition is most often encountered in males with an extensive smoking history, and is presented by dyspnea, preserved lung volumes, and contrastingly impaired gas exchange capacity. The diagnosis of the disease is based on computed tomography imaging, demonstrating the coexistence of emphysema and interstitial fibrosis in the lungs, which might be of various types and extents, in different areas of the lung and several relative positions to each other. CPFE bears high mortality and to date, specific and efficient treatment options do not exist. In this review, we will summarize current knowledge about the clinical attributes and manifestations of CPFE. Moreover, we will focus on pathophysiological and pathohistological lung phenomena and suspected etiological factors of this disease. Finally, since there is a paucity of preclinical research performed for this particular lung pathology, we will review existing animal studies and provide suggestions for the development of additional in vivo models of CPFE syndrome.},
  language  = {en}
}