@phdthesis{Breunig2018,
  author    = {Breunig, Lukas},
  title     = {Optimierung und Validierung einer qualitativen PCR-Minipool-Strategie zum kombinierten Nachweis von virologischem Therapieversagen und antiretroviralen Medikamentenresistenzen bei HIV-1 positiven Patienten im s{\"u}dlichen Afrika},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-172359},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2018},
  abstract  = {Hintergrund: Die weltweit h{\"o}chsten HIV-Pr{\"a}valenzen finden sich im s{\"u}dlichen Afrika. In den letzten Jahren gelang in dieser Region die massive Ausweitung der Verf{\"u}gbarkeit antiretroviraler Medikamente - ein großer Erfolg im Kampf gegen HIV und AIDS. Doch nur durch regelm{\"a}ßiges Viruslastmonitoring k{\"o}nnen die Therapieerfolge nachhaltig gesichert werden. In vielen L{\"a}ndern des s{\"u}dlichen Afrikas ist die Verf{\"u}gbarkeit von Viruslasttests noch unzureichend. Gr{\"u}nde daf{\"u}r sind die hohen Kosten und die Komplexit{\"a}t kommerzieller Testsysteme. Als Alternative f{\"u}r ressourcenknappe Regionen wurde eine qualitative PCR-Minipool-Strategie zum kombinierten Nachweis von virologischem Versagen und Medikamentenresistenzen vorgeschlagen. In dieser Arbeit sollte diese Methode an die Gegebenheiten des s{\"u}dlichen Afrikas adaptiert und im Rahmen einer Studie validiert werden. Methoden: Die qualitative PCR wurde zun{\"a}chst f{\"u}r HIV-1 Subtyp C optimiert. Daf{\"u}r wurden Primer designt und in eine Nested-PCR integriert. Das Detektionslimit der optimierten Methode wurde bestimmt, um den HIV-1 RNA-Eintrag in die RT-PCR so abstimmen zu k{\"o}nnen, dass trotz der qualitativen Natur der PCR eine Unterscheidung zwischen hoch- und niedrigpositiven Proben m{\"o}glich war. Im Rahmen einer Studie an 50 s{\"u}dafrikanischen Patientenproben wurde die qualitative PCR-Minipool-Strategie mit der Referenzmethode verglichen. An einigen positiv getesteten Proben wurde eine genotypische Resistenztestung durchgef{\"u}hrt. Ergebnisse: Das Detektionslimit der Nested-PCR betrug 20 RNA-Kopien. Daraus wurde der optimale RNA-Eintrag in die RT-PCR abgeleitet. 50 Patientenproben wurden in 10 Minipools {\`a} 5 Proben getestet, anschließend erfolgte die Dekonvolution der 7 positiven Pools. Die qualitative PCR-Minipool-Strategie detektierte 10 der 11 Patientenproben mit einer Viruslast {\"u}ber 1.000 Kopien/ml. Die {\"U}bereinstimmung mit der Referenzmethode betrug 98 \%, die diagnostische Sensitivit{\"a}t f{\"u}r die Detektion von Therapieversagern betrug 91 \%, der negative pr{\"a}diktive Wert 98 \%. Die Spezifit{\"a}t und der positive pr{\"a}diktive Wert betrugen jeweils 100 \%. Durch die Minipool-Methode konnten 10 \% der Tests eingespart werden. Vier positiv getestete Patientenproben wurden der genotypischen Resistenztestung zugef{\"u}hrt. Alle wurden erfolgreich sequenziert und resistenzassoziierte Mutationen wurden identifiziert. Schlussfolgerung: Die konsequente Virussuppression verbessert die Gesundheit der Patienten unter ART und ist eine Schl{\"u}sselmaßnahme auf dem Weg zur Beendigung der HIV-Pandemie. Viele L{\"a}nder des s{\"u}dlichen Afrikas verf{\"u}gen jedoch noch nicht {\"u}ber angepasste Technologien zum Monitoring der Viruslast. Die in dieser Arbeit optimierte Methode zeigte bei der qualitativen Viruslastbestimmung von 50 s{\"u}dafrikanischen Patientenproben eine hervorragende {\"U}bereinstimmung mit der Referenzmethode. Durch die Kombination mit einer genotypischen Resistenztestung bietet sie dar{\"u}ber hinaus wichtige Informationen {\"u}ber die {\"A}tiologie des Therapieversagens. Dem behandelnden Arzt hilft das bei der Entscheidung {\"u}ber die Notwendigkeit einer Therapieumstellung. Durch ihr anpassungsf{\"a}higes und simples Testdesign ist die qualitative PCR-Minipool-Strategie f{\"u}r die Anwendung in ressourcenknappen Regionen des s{\"u}dlichen Afrikas geeignet.},
  subject      = {HIV-Infektion},
  language  = {de}
}
@phdthesis{Bernard2016,
  author    = {Bernard, Frank Oskar},
  title     = {Etablierung eines ELISA basierten IgG-Antik{\"o}rpernachweises aus Dried Blood Spots zur Erkennung von opportunistischen CMV-, VZV-, HSV- und Toxoplasmoseinfektionen bei einer HIV-Infektion - Validierung der methodischen Grundlagen und Evaluierung mit Patientenproben des Missions{\"a}rztlichen Instituts W{\"u}rzburg},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-140265},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2016},
  abstract  = {Die Verwendung von Dried Blood Spots zur serologischen Diagnostik auf Antik{\"o}rper gegen opportunistische Erreger im Rahmen einer HIV Infektion, wurde unter simulierten afrikanischen Extrembedingungen validiert. Ziel war es zu zeigen, dass Dried Blood Spots unter idealen Lagerungsbedingungen f{\"u}r 4 Wochen stabil bleiben und anschliessend eine valide Antik{\"o}rperdiagnostik m{\"o}glich ist. Diese Methode kann als M{\"o}glichkeit f{\"u}r einen einfachen und kosteng{\"u}nstigen Probentransport in Tansania dienen.},
  subject      = {HIV-Infektion},
  language  = {de}
}
@phdthesis{Lundershausen2014,
  author    = {Lundershausen, Anna-Teresa},
  title     = {Der Nutzen von Minipools, Dried Blood Spots und Dried Plasma Spots zur Kostenreduktion von HIV-1 RNA Viruslasttestung in ressourcenarmen L{\"a}ndern am Beispiel von S{\"u}dafrika},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-99988},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2014},
  abstract  = {HINTERGRUND: Um den Erfolg einer antiretroviralen HIV-Therapie zu kontrollieren und Therapieversagen suffizient aufzudecken ist die quantitative Messung der HIV-1 RNA der Bestimmung der CD4-Zellzahl sowie der Beurteilung anhand der Klinik des Patienten {\"u}berlegen. Die Viruslastbestimmung ist jedoch ein sehr teures Verfahren, sodass Kosten und Infrastruktur h{\"a}ufig die begrenzende Komponente f{\"u}r die Anwendung darstellen. Das gilt besonders f{\"u}r arme L{\"a}nder, in denen die technische Entwicklung des Gesundheitssystems wenig fortgeschritten ist. In aktuellen Studien konnte gezeigt werden, dass das Poolen von Blutproben, bei einer an die klinische Relevanz angepassten Schwelle, ein effizientes Verfahren ist, um die ART mittels Viruslastbestimmung zu {\"u}berwachen. Dies gilt, wenn die Therapieversagerquote niedrig ist. In L{\"a}ndern, in denen der Kostenreduktion der Viruslastbestimmung eine besondere Wichtigkeit zukommt, sind die Durchseuchungsrate und die Therapieversagerquote jedoch oft hoch. METHODEN: Es wurde das Poolen von Blutplasmaproben, DBS und DPS bei einer Population mit hoher Therapieversagerquote untersucht. Ein Pool wurde jeweils aus f{\"u}nf Einzelproben angefertigt. Zur Auswertung der Pools aus fl{\"u}ssigen Plasmaproben wurde ein Algorithmus zur Vereinfachung der Dekonvolution angewandt. ERGEBNISSE: Die Effizienz der Methode bei DPS (n=185) und fl{\"u}ssigem Plasma (n=385) lag zwischen 34,29\% und 47,57\%. Die Anwendung des Poolingsystems an DBS (n=100) erwies sich als wenig rentabel. Die Effizienz beim Gebrauch von DPS war am h{\"o}chsten. Die Kosten pro Test konnten hier bei einem negativen Vorhersagewert von 95\% und minimalem technischen Aufwand auf fast die H{\"a}lfte (21 US\$, statt 40 US\$ pro Assay) reduziert werden. SCHLUSSFOLGERUNG: Durch die Kombination von Vorauswahlkriterien und Minipoolmethode k{\"o}nnen die Kosten f{\"u}r das virologische Monitoring der antiretroviralen Therapie auch in Entwicklungsl{\"a}ndern gesenkt werden, ohne wesentliche Verluste in Genauigkeit und Validit{\"a}t der Methode verzeichnen zu m{\"u}ssen. DPS stellen eine erfolgsversprechende M{\"o}glichkeit dar, die Viruslastbestimmung auch in abgelegen Regionen ohne entsprechenden Laboratorien zu erm{\"o}glichen.},
  subject      = {HIV-Infektion},
  language  = {de}
}