@phdthesis{Hagmann2020,
  author    = {Hagmann, Hanns Antony},
  title     = {The impact of the CRISPR/Cas system on the interaction of Neisseria meningitidis with human host cells},
  doi       = {10.25972/OPUS-19949},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-199490},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2020},
  abstract  = {Neisseria meningitidis, a commensal β-proteobacterium residing exclusively in the human nasopharynx, is a leading cause of sepsis and epidemic meningitis worldwide. While comparative genome analysis was able to define hyperinvasive lineages that are responsible for most of the cases of invasive meningococcal disease (IMD), the genetic basis of their virulence remains unclear. Recent studies demonstrate that the type II C CRISPR/Cas system of meningococci is associated with carriage and less invasive lineages. CRISPR/Cas, an adaptive defence system against foreign DNA, was shown to be involved in gene regulation in Francisella novicida. This study shows that knockout strains of N. meningitidis lacking the Cas9 protein are impaired in the adhesion to human nasopharyngeal cells in a strain-dependant manner, which constitutes a central step in the pathogenesis of IMD. Consequently, this study indicates that the meningococcal CRISPR/Cas system fulfils functions beyond the defence of foreign DNA and is involved in the regulation of meningococcal virulence.},
  subject      = {CRISPR/Cas-Methode},
  language  = {en}
}
@phdthesis{HagmanngebKischkies2016,
  author    = {Hagmann [geb. Kischkies], Laura Violetta},
  title     = {Stringent response regulation and its impact on ex vivo survival in the commensal pathogen \(Neisseria\) \(meningitidis\)},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-144352},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2016},
  abstract  = {Neisseria meningitidis is a commensal bacterium which sometimes causes serious disease in humans. Recent studies in numerous human pathogenic bacteria have shown that the stringent response contributes to bacterial virulence. Therefore, this study analyzed the regulation of the stringent response in meningococci and in particular of RelA as well as its contribution to ex vivo fitness in a strain- and condition- dependent manner by using the carriage strain α522 and the hyperinvasive strain MC58 in different in vitro and ex vivo conditions. Growth experiments revealed that both wild-type strains were almost indistinguishable in their ex vivo phenotypes. However, quantitative real time PCR (qRT-PCR) found differences in the gene expression of relA between both strains. Furthermore, in contrast to the MC58 RelA mutant strain α522 deficient in RelA was unable to survive in human whole blood, although both strains showed the same ex vivo phenotypes in saliva and cerebrospinal fluid. Moreover, strain α522 was depended on a short non-coding AT-rich repeat element (ATRrelA) in the promoter region of relA to survive in human blood. Furthermore, cell culture experiments with human epithelial cells revealed that in both strains the deletion of relA resulted in a significantly decreased invasion rate while not significantly affecting adhesion. In order to better understand the conditional lethality of the relA deletion, computational and experimental analyses were carried out to unravel differences in amino acid biosynthetic pathways between both strains. Whereas strain MC58 is able to synthesize all 20 amino acids, strain α522 has an auxotrophy for cysteine and glutamine. In addition, the in vitro growth experiments found that RelA is required for growth in the absence of external amino acids in both strains. Furthermore, the mutant strain MC58 harboring an ATRrelA in its relA promoter region showed improved growth in minimal medium supplemented with L-cysteine and/or L-glutamine compared to the wild-type strain. Contrary, in strain α522 no differences between the wild-type and the ATRrelA deletion mutant were observed. Together this indicates that ATRrelA interferes with the complex regulatory interplay between the stringent response pathway and L-cysteine as well as L-glutamine metabolism. It further suggests that meningococcal virulence is linked to relA in a strain- and condition- depended manner. In conclusion, this work highlighted the role of the stringent response and of non-coding regulatory elements for bacterial virulence and indicates that virulence might be related to the way how meningococci accomplish growth within the host environments.},
  subject      = {Neisseria meningitidis},
  language  = {en}
}
@phdthesis{Hampel2015,
  author    = {Hampel, Christine},
  title     = {Evaluierung des Resplex-Testsystems zum Nachweis des respiratorischen Synzytialvirus und von Adenoviren bei Kindern mit akuten respiratorischen Erkrankungen},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-134704},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2015},
  abstract  = {Hintergrund: In den letzten Jahren werden in der virologischen Routinediagnostik herk{\"o}mmliche Methoden, wie der Immunfluoreszenztest (IFT), zunehmend durch neue molekulare Detektionsmethoden ersetzt. Auf der Suche nach einem f{\"u}r das Kinderklinik-Kollektiv geeigneten alternativen Screeningtest war im Vorfeld das Resplex Panel im Vergleich zum aktuellen Standard (IFT) getestet worden. Die Ergebnisse f{\"u}r ADV und RSV waren dabei deutlich diskrepant. Studiendesign: Zur weiteren Abkl{\"a}rung der diskrepanten Ergebnisse zwischen IFT und Resplex wurden respiratorische Proben aus dem Zeitraum Mai 2004 bis Februar 2008 von Patienten aus W{\"u}rzburger Kinderkliniken verwendet. Dies umfasste 71 Proben, die im IFT positiv f{\"u}r Adenovirus-Antigen vorgetestet waren, und 68 Proben, die im IFT positiv f{\"u}r RSV-Antigen vorgetestet waren. F{\"u}r alle Proben lagen Resplex-Ergebnisse vor. Mittels Sequenzierung aus Restmaterial wurden Adenovirus-Typen und RSV-Subtypen bestimmt. IFT-, Resplex- und Typisierungs-Ergebnisse wurden verglichen. Zus{\"a}tzlich erfolgte eine epidemiologische Auswertung. Ergebnisse: Das Resplex Panel zeigt sich im vorliegenden p{\"a}diatrischen Kollektiv zur Detektion von ADV und RSV aufgrund unterschiedlicher Ursachen als ungeeignet: F{\"u}r ADV ist sein auf zwei Spezies (ADV B und E) beschr{\"a}nktes Spektrum unzureichend, wodurch es die im Kollektiv h{\"a}ufige ADV C-Spezies (43\%) nicht erfasst. F{\"u}r RSV bed{\"u}rfen die Primer bzw. Sonden einer {\"U}berarbeitung, da das Resplex Panel, verglichen mit dem IFT, wesentlich weniger Proben (41\%) als RSV-positiv erkennt. Bez{\"u}glich der Pr{\"a}valenz der Typen wurde eine f{\"u}r ADV typische Verteilung in Kinderkollektiven (54\% ADV 3, 26\% ADV 2, 12\% ADV 1) nachgewiesen. Betroffen waren vor allem Kinder im Alter von sechs Monaten bis f{\"u}nf Jahren. Kinder mit ADV C-Infektionen waren signifikant j{\"u}nger als Kinder mit ADV B-Infektionen. F{\"u}r RSV zeigte sich in der respiratorischen Saison 2006/2007 und in den Wintermonaten 1 - 2/2008 eine Dominanz von RSV Subtyp B. Betroffen waren vor allem Kinder im ersten Lebensjahr. Resum{\´e}: Die vorliegende Studie best{\"a}tigt die unzureichende Detektion von ADV und RSV durch das Resplex Panel, wobei bez{\"u}glich ADV ein unzureichendes Spektrum, f{\"u}r RSV unzureichend optimierte Primer und Sonden vermutlich urs{\"a}chlich sind. Die epidemiologischen Daten stehen mit denen aus anderen Studien an {\"a}hnlichen Kollektiven in Einklang.},
  subject      = {Adenoviren},
  language  = {de}
}
@phdthesis{Piazza2021,
  author    = {Piazza, Giuseppina},
  title     = {Evaluation der pr{\"a}station{\"a}ren, station{\"a}ren und poststation{\"a}ren antibiotischen Therapie bei Kindern und Jugendlichen mit parapneumonischen Pleuraerg{\"u}ssen/-empyemen in Deutschland (2010-2018)},
  doi       = {10.25972/OPUS-24335},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-243351},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2021},
  abstract  = {Die Dissertation untersucht die vorstation{\"a}re, station{\"a}re und poststation{\"a}re antibiotische Therapie bei 1724 Kindern und Jugendlichen mit parapneumonischen Pleuraerg{\"u}ssen/-empyemen in Deutschland. Der Untersuchungszeitraum war von Oktober 2010 bis Juni 2018. Untersucht wurden jeweils die Wirkstoffauswahl der h{\"a}ufigsten Mono- und Mehrfachtherapien, wie oft die Therapie im station{\"a}ren Verlauf erweitert oder umgestellt wurden, sowie der klinische Verlauf der Patienten.},
  subject      = {Pleuraempyem},
  language  = {de}
}