@phdthesis{Herz2021,
  author    = {Herz, Michaela},
  title     = {Genome wide expression profiling of Echinococcus multilocularis},
  doi       = {10.25972/OPUS-20380},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-203802},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2021},
  abstract  = {Alveolar echinococcosis, which is caused by the metacestode stage of the small fox tapeworm Echinococcus multilocularis, is a severe zoonotic disease with limited treatment options. For a better understanding of cestode biology the genome of E. multilocularis, together with other cestode genomes, was sequenced previously. While a few studies were undertaken to explore the E. multilocularis transcriptome, a comprehensive exploration of global transcription profiles throughout life cycle stages is lacking. This work represents the so far most comprehensive analysis of the E. multilocularis transcriptome. Using RNA-Seq information from different life cycle stages and experimental conditions in three biological replicates, transcriptional differences were qualitatively and quantitatively explored. The analyzed datasets are based on samples of metacestodes cultivated under aerobic and anaerobic conditions as well as metacestodes obtained directly from infected jirds. Other samples are stem cell cultures at three different time points of development as well as non-activated and activated protoscoleces, the larval stage that can develop into adult worms. In addition, two datasets of metacestodes under experimental conditions suitable for the detection of genes that are expressed in stem cells, the so-called germinative cells, and one dataset from a siRNA experiment were analyzed. Analysis of these datasets led to expression profiles for all annotated genes, including genes that are expressed in the tegument of metacestodes and play a role in host-parasite interactions and modulation of the host's immune response. Gene expression profiles provide also further information about genes that might be responsible for the infiltrative growth of the parasite in the liver. Furthermore, germinative cell-specific genes were identified. Germinative cells are the only proliferating cells in E. multilocularis and therefore of utmost importance for the development and growth of the parasite. Using a combination of germinative cell depletion and enrichment methods, genes with specific expression in germinative cells were identified. As expected, many of these genes are involved in translation, cell cycle regulation or DNA replication and repair. Also identified were transcription factors, many of which are involved in cell fate commitment. As an example, the gene encoding the telomerase reverse transcriptase (TERT) was studied further. Expression of E. multilocularis tert in germinative cells was confirmed experimentally. Cell culture experiments indicate that TERT is required for proliferation and development of the parasite, which makes TERT a potentially interesting drug target for chemotherapy of alveolar echinococcosis. Germinative cell specific genes in E. multilocularis also include genes of densoviral origin. More than 20 individual densovirus loci with information for non-structural and structural densovirus proteins were identified in the E. multilocularis genome. Densoviral elements were also detected in many other cestode genomes. Genomic integration of these elements suggests that densovirus-based vectors might be suitable tools for genetic manipulation of tapeworms. Interestingly, only three of more than 20 densovirus loci in the E. multilocularis genome are expressed. Since the canonical piRNA pathway is lacking in cestodes, this raises the question about potential silencing mechanisms. Exploration of RNA-Seq information indicated natural antisense transcripts as a potential gene regulation mechanism in E. multilocularis. Preliminary experiments further suggest DNA-methylation, which was previously shown to occur in platyhelminthes, as an interesting avenue to explore in future. The transcriptome datasets also contain information about genes that are expressed in differentiated cells, for example the serotonin transporter gene that is expressed in nerve cells. Cell culture experiments indicate that serotonin and serotonin transport play an important role in E. multilocularis proliferation, development and survival. Overall, this work provides a comprehensive transcription data atlas throughout the E. multilocularis life cycle. Identification of germinative cell-specific genes and genes important for host-parasite interactions will greatly facilitate future research. A global overview of gene expression profiles will also aide in the detection of suitable drug targets and the development of new chemotherapeutics against alveolar echinococcosis.},
  subject      = {Fuchsbandwurm},
  language  = {en}
}
@phdthesis{Aumann2018,
  author    = {Aumann, Ralf},
  title     = {Vorkommen und Expression des opcA Gens in Meningokokkenst{\"a}mmen von Erkrankten und asymptomatischen Tr{\"a}gern},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-157278},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2018},
  abstract  = {Das Opc-Protein ist ein Außenmembranprotein von Meningokokken, das {\"u}ber extrazellul{\"a}re Matrixproteine mit Integrinen der Wirtszelle interagiert. Opc ist in Menschen immunogen und induziert bakterizide Antik{\"o}rper. Das Opc-Protein wurde daher als aussichtsreicher Impfstoff-Kandidat angesehen, da es außerdem relativ gut konserviert ist. Allerdings wird das Opc-Protein nicht von allen Meningokokkenst{\"a}mmen exprimiert. Einerseits fehlt das opc-Gen in einigen klonalen Komplexen (z.B. ST-8, ST-11, ST-53), andererseits ist die Opc-Expression nicht konstitutiv wegen einer phasenvariablen Transkription, die auf einem Poly-Cytidin-Bereich im Promotor des opc-Gens beruht. In dieser Arbeit wurde die Pr{\"a}senz des opc-Gens und die Opc-Expression in zwei großen Sammlungen deutscher Meningokokkenisolate von invasiven Erkrankungen (n=1141) und gesunden Tr{\"a}gern (n=792) untersucht. Das opc-Gen war bei 71\% der invasiven und 77\% der Tr{\"a}gerst{\"a}mme nachweisbar. Der gr{\"o}ßte Teil der opc-Gen negativen St{\"a}mme geh{\"o}rte zu den klonalen Komplexen ST-8, ST-11, ST-213, ST-231, ST-334 und ST-53. Der Anteil opc-positiver St{\"a}mme, die Opc in vitro exprimieren, war bei den invasiven St{\"a}mmen kleiner als bei den Tr{\"a}gerst{\"a}mmen (13\% vs. 29\%, p<0,001, Chi-square-Test). Der gr{\"o}ßere Anteil Opc-exprimierender Tr{\"a}gerst{\"a}mme ist u.a. am ehesten mit der {\"U}berrepr{\"a}sentation von wenig pathogenen klonalen Komplexen (ST-23, ST-35, ST-198) mit einer hohen Opc-Expressionsrate zu erkl{\"a}ren. 24 von den 176 invasiven St{\"a}mmen mit einer Anzahl von 11 - 14 Cs in der Promotor-Region, die die Opc-Expression beg{\"u}nstigt, zeigten weder im ELISA noch im Westernblot eine Opc-Expression. Bei 14 dieser 24 St{\"a}mme wurde als Ursache ein phasenvariabler, intragenischer Poly-Adenin-Bereich identifiziert, der zu einer Leserasterverschiebung f{\"u}hrte. Die Vermutung mehrerer Autoren, dass die Opc-Expression mit dem klinischen Bild der Meningitis verkn{\"u}pft ist, konnte mit der hier genutzten großen Stammsammlung nicht best{\"a}tigt werden. Invasive St{\"a}mme, die das Opc-Protein exprimierten, wurden genauso h{\"a}ufig von Patienten mit dem klinischen Bild der Meningitis isoliert wie St{\"a}mme, die das Opc-Protein nicht exprimierten (46\% vs. 47\%, Chi-square-Test: p<0,9). Allerdings gibt es eine starke Assoziation der Gegenwart des opc-Gens mit dem klinischen Merkmal Meningitis. Dieser Befund gibt Anlass zu der Hypothese, dass in vitro und in vivo Expression von Opc sich unterscheiden. Zusammenfassend l{\"a}sst sich festhalten, dass das Opc-Protein nur in 19,8\% aller Isolate (invasive und Tr{\"a}gerst{\"a}mme zusammengenommen) exprimiert wurde. Es zeigte sich eine Tendenz zu h{\"a}ufigerer Opc-Expression in apathogenen Tr{\"a}gerisolaten. Das Vorhandensein des opc-Gens, nicht aber die in vitro Expression konnten mit dem klinischen Merkmal Meningitis assoziiert werden. Zus{\"a}tzlich wurde ein weiterer Mechanismus der intragenischen Phasenvariation beschrieben.},
  subject      = {Neisseria meningitidis},
  language  = {de}
}
@article{VendelovadeLimaLorenzattoetal.2016,
  author    = {Vendelova, Emilia and de Lima, Jeferson Camargo and Lorenzatto, Karina Rodrigues and Monteiro, Karina Mariante and Mueller, Thomas and Veepaschit, Jyotishman and Grimm, Clemens and Brehm, Klaus and Hrčkov{\´a}, Gabriela and Lutz, Manfred B. and Ferreira, Henrique B. and Nono, Justin Komguep},
  title     = {Proteomic Analysis of Excretory-Secretory Products of Mesocestoides corti Metacestodes Reveals Potential Suppressors of Dendritic Cell Functions},
  series = {PLoS Neglected Tropical Diseases},
  volume    = {10},
  journal   = {PLoS Neglected Tropical Diseases},
  number    = {10},
  doi       = {10.1371/journal.pntd.0005061},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-166742},
  pages     = {e0005061},
  year      = {2016},
  abstract  = {Accumulating evidences have assigned a central role to parasite-derived proteins in immunomodulation. Here, we report on the proteomic identification and characterization of immunomodulatory excretory-secretory (ES) products from the metacestode larva (tetrathyridium) of the tapeworm Mesocestoides corti (syn. M. vogae). We demonstrate that ES products but not larval homogenates inhibit the stimuli-driven release of the pro-inflammatory, Th1-inducing cytokine IL-12p70 by murine bone marrow-derived dendritic cells (BMDCs). Within the ES fraction, we biochemically narrowed down the immunosuppressive activity to glycoproteins since active components were lipid-free, but sensitive to heat- and carbohydrate-treatment. Finally, using bioassay-guided chromatographic analyses assisted by comparative proteomics of active and inactive fractions of the ES products, we defined a comprehensive list of candidate proteins released by M. corti tetrathyridia as potential suppressors of DC functions. Our study provides a comprehensive library of somatic and ES products and highlight some candidate parasite factors that might drive the subversion of DC functions to facilitate the persistence of M. corti tetrathyridia in their hosts.},
  language  = {en}
}
@article{KohlmorgenEliasSchoen2017,
  author    = {Kohlmorgen, Britta and Elias, Johannes and Schoen, Christoph},
  title     = {Improved performance of the artus Mycobacterium tuberculosis RG PCR kit in a low incidence setting: a retrospective monocentric study},
  series = {Scientific Reports},
  volume    = {7},
  journal   = {Scientific Reports},
  number    = {14127},
  doi       = {10.1038/s41598-017-14367-z},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-159248},
  year      = {2017},
  abstract  = {Tuberculosis (TB) and the spread of Mycobacterium tuberculosis complex (MTBC) strains resistant against rifampin (RIF) and isoniazid (INH) pose a serious threat to global health. However, rapid and reliable MTBC detection along with RIF/INH susceptibility testing are challenging in low prevalence countries due to the higher rate of false positives. Here, we provide the first performance data for the artus MTBC PCR assay in a low prevalence setting. We analyze 1323 respiratory and 311 non-respiratory samples with the artus MTBC PCR assay as well as by mycobacterial culture and microscopy. We propose retesting of specimens in duplicate and consideration of a determined cycle-threshold value cut-off greater than 34, as this significantly increases accuracy, specificity, and negative predictive value without affecting sensitivity. Furthermore, we tested fourteen MTBC positive samples with the GenoType MTBDRplus test and demonstrate that using an identical DNA extraction protocol for both assays does not impair downstream genotypic testing for RIF and INH susceptibility. In conclusion, our procedure optimizes the use of the artus MTB assay with workload efficient methods in a low incidence setting. Combining the modified artus MTB with the GenoType MTBDRplus assays allows rapid and accurate detection of MTBC and RIF/INH resistance.},
  language  = {en}
}
@phdthesis{Joerdens2016,
  author    = {J{\"o}rdens, Markus Sebastian},
  title     = {Einfluss des Komplementsystems und der neuartigen Meningokokken-Vakzine 4CMenB auf cnl-Meningokokken},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-147071},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2016},
  abstract  = {In dieser Arbeit wurden verschiedene Vakzine-relevante Oberfl{\"a}chenantigene von cnl-Meningokokken typisiert und die Interaktion von cnl-Meningokokken mit dem Komplementsystem, v.a. mit dessen Hauptregulatoren fH und C4bp, analysiert. Mit den gewonnenen Daten sollten Schlussfolgerungen bzgl. der erwarteten Wirkung von 4CMenB, einem 2013 in Deutschland eingef{\"u}hrten und auf Meningokokken der Serogruppe B abzielenden Impfstoff, auf cnl-Meningokokken gezogen werden. Des Weiteren sollte die Interaktion der nat{\"u}rlicherweise unbekapselten cnl-Meningokokken, die als apathogen und m{\"o}glicherweise g{\"u}nstig f{\"u}r die Entwicklung einer nat{\"u}rlichen Immunit{\"a}t eingesch{\"a}tzt werden, untersucht werden. Eine Auswahl von cnl-Meningokokken-St{\"a}mmen, die die genetische Variabilit{\"a}t dieser Bakterienpopulation abbilden, wurde mittels PCR (porA, porB, fetA, opc, fHbp, nhba und nadA) oder Western Blot-Analyse (Opc) typisiert. Hierbei konnte eine deutliche Assoziation einzelner Allele zu klonalen Komplexen gezeigt werden. Allerdings l{\"a}sst die Analyse bezweifeln, dass cnl-Meningokokken durch Bexsero-induzierte Antik{\"o}rper erkannt werden, da ihr Antigenmuster stark von den Vakzineantigenen abweicht. Unklarheit herrscht lediglich bzgl. des Antigens NhbA. In der Folge wurde die fH- und C4bp-Bindung bei cnl-Meningokokken mittels Durchflusszytometrie untersucht. Es konnte beobachtet werden, dass im Vergleich zu fH bzw. C4bp bindenden Kontrollst{\"a}mmen die Bindung der Hauptregulatoren des Komplementsystems an cnl-Meningokokken sehr gering ist. Weiterhin konnte gezeigt werden, dass cnl-Meningokokken eine sehr geringe Serumresistenz in vitro haben, was ebenfalls f{\"u}r eine schwache Akquirierung der Komplementregulatoren spricht. Dieser Befund unterstreicht die apathogene Natur der Bakterien. Er zeigt aber auch, dass mit herk{\"o}mmlichen Methoden wie dem Serumbakterizidietest, der bei bekapselten St{\"a}mmen angewendet wird, funktionelle Aussagen bzgl. der Wirkung bakterizider Antik{\"o}rper, die durch Impfstoffe auf Proteinbasis induziert werden, nur schwer zu t{\"a}tigen sein werden. Sehr geringe Komplementmengen m{\"u}ssten eingesetzt werden oder alternative Verfahren wie die Opsonophagozytose Anwendung finden.},
  subject      = {Meningoencephalitis},
  language  = {de}
}
@article{NellBurgkartGradletal.2011,
  author    = {Nell, Manuel and Burgkart, Rainer H. and Gradl, Guntmar and von Eisenhart-Rothe, R{\"u}diger and Schaeffeler, Christoph and Trappe, Dennis and Prazeres da Costa, Clarissa and Gradinger, Reiner and Kirchhoff, Chlodwig},
  title     = {Primary extrahepatic alveolar echinococcosis of the lumbar spine and the psoas muscle},
  series = {Annals of Clinical Microbiology and Antimicrobials},
  volume    = {10},
  journal   = {Annals of Clinical Microbiology and Antimicrobials},
  number    = {13},
  doi       = {10.1186/1476-0711-10-13},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-141796},
  pages     = {1-6},
  year      = {2011},
  abstract  = {Alveolar echinococcosis (AE) of human being caused by Echinococcus multilocularis is a rare but important zoonosis especially in tempered zones of middle Europe and Northern America with endemic character in many countries. Due to the long incubation period, various clinical manifestations, critical prognosis, and outcome AE presents a serious and severe disease. The primary focus of infection is usually the liver. Although secondary affection of visceral organs is possible extrahepatic AE is highly uncommon. Moreover, the involvement of bone and muscle presents with an even lower incidence. In the literature numerous cases on hepatic AE have been reported. However, extrahepatic AE involving bones and/or muscles was described very rarely. We report a case of an 80-year-old man with primary extrahepatic alveolar Echinococcosis of the lumbar spine and the psoas muscle. The etiology, diagnosis, differential diagnoses, treatment options and outcome of this rare disease are discussed in context with the current literature.},
  language  = {en}
}
@article{StijnisDijkmansBartetal.2015,
  author    = {Stijnis, Kees and Dijkmans, Anneke C. and Bart, Aldert and Brosens, Lodewijk A. A. and Muntau, Birgit and Schoen, Christoph and Barth, Thomas F. and van Gulik, Thomas and van Gool, Tom and Grobusch, Martin P. and Tappe, Dennis},
  title     = {Echinococcus vogeli in Immigrant from Suriname to the Netherlands},
  series = {Emerging Infectious Diseases},
  volume    = {21},
  journal   = {Emerging Infectious Diseases},
  number    = {3},
  doi       = {10.3201/eid2103.141205},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-143953},
  pages     = {528-530},
  year      = {2015},
  language  = {en}
}
@phdthesis{Simonis2016,
  author    = {Simonis, Alexander},
  title     = {Untersuchungen zur funktionellen Relevanz der sauren Sphingomyelinase in der Infektionspathogenese von \(Neisseria\) \(meningitidis\)},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-143638},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2016},
  abstract  = {Die Interaktion mit Gehirnendothelzellen stellt ein zentraler Schritt in der Infektionspathogenese von Neisseria meningitidis dar. In dieser Promotionsarbeit konnte gezeigt werden, dass die Infektion von menschlichen Gehirnendothelzellen mit N. meningitidis zu einer transienten Aktivierung der sauren Sphingomyelinase (ASM) gefolgt von einer vermehrten Ceramidproduktion f{\"u}hrt. Als Antwort auf die Infektion mit N. meningitidis kommt es zu einer vermehrten Pr{\"a}sentation der ASM und von Ceramiden an der {\"a}usseren Seite der Plasmamembran und zu einer Ausbildung von großen Ceramid-reichen Membran-Dom{\"a}nen, welche mit cortical plaque assoziierten Proteinen kolokalisieren. Bei dieser N. meningitids vermittelten Aktivierung der ASM spielt das bakterielle Aussenmembranprotein Opc sowie die Aktivierung der Phosphatidylcholin-spezifische Phospholipase C {\"u}ber die Interaktion von Opc mit Heparansulfat-Proteoglykane eine entscheidende Rolle. Die pharmakologische oder genetische Inhibition der ASM Funktion f{\"u}hrt zu einer geringeren Invasivit{\"a}t der Meningokokken ohne dabei die Adh{\"a}renz zu beeinflussen. Im Einklang mit diesen Ergebnissen steht die Beobachtung, dass die geringere Invasivit{\"a}t von ausgew{\"a}hlten Isolaten des ST-11/ST-8 Komplex in menschlichen Gehirnendothelzellen direkt mit ihrer eingeschr{\"a}nkter F{\"a}higkeit korreliert, die ASM zu aktivieren bzw. eine Ceramidproduktion zu induzieren. Schlussfolgernd ist die ASM Aktivierung und eine nachfolgende Ceramidproduktion essenziell f{\"u}r die Internalisierung von Opc-exprimierende Meningokokken in Gehirnendothelzellen und bietet einen Erkl{\"a}rungsansatz f{\"u}r die unterschiedliche Invasivit{\"a}t von verschiedenen N. meningitidis St{\"a}mmen.},
  subject      = {Neisseria meningitidis},
  language  = {de}
}
@article{TappeMeyerOesterleinetal.2011,
  author    = {Tappe, Dennis and Meyer, Michael and Oesterlein, Anett and Jaye, Assan and Frosch, Matthias and Schoen, Christoph and Pantchev, Nikola},
  title     = {Transmission of Armillifer armillatus Ova at Snake Farm, The Gambia, West Africa},
  series = {Emerging Infectious Diseases},
  volume    = {17},
  journal   = {Emerging Infectious Diseases},
  number    = {2},
  doi       = {10.3201/eid1702.101118},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-142804},
  pages     = {251-254},
  year      = {2011},
  abstract  = {Visceral pentastomiasis caused by Armillifer armillatus larvae was diagnosed in 2 dogs in The Gambia. Parasites were subjected to PCR; phylogenetic analysis confirmed relatedness with branchiurans/crustaceans. Our investigation highlights transmission of infective A. armillatus ova to dogs and, by serologic evidence, also to 1 human, demonstrating a public health concern.},
  language  = {en}
}
@phdthesis{HauergebLein2019,
  author    = {Hauer [geb. Lein], Nina},
  title     = {Genetische Variabilit{\"a}t und Expression der ADP-Ribosyltransferase NarE},
  doi       = {10.25972/OPUS-18780},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-187803},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2019},
  abstract  = {Neisseria meningitidis ist Ausl{\"o}ser invasiver Infektionen, die Sepsis und Meningitis hervorrufen. Bakterielle ADP-Ribosyltransferasen wurden als Toxine zahlreicher Bakterien wie E.coli, V. cholerae und B. pertussis beschrieben, die postranslationale Modifikationen bei eukaryotischen Proteinen mit pathologischer Wirkung f{\"u}r den Menschen hervorrufen. Die ADP-Ribosyltransferase NarE von Neisserien ist auf der Basis von Sequenzhomologien identifiziert worden. Die enzymatische Aktivit{\"a}t des Proteins wurde bereits in Studien gezeigt. Ziel dieser Arbeit war, NarE aus epidemiologischem und populationsbiologischem Blickwinkel zu betrachten. Insgesamt wurden 576 Meningokokkenisolate (109 Isolate aus der Stammsammlung des Instituts f{\"u}r Hygiene und Mikrobiologie W{\"u}rzburg und 467 Isolate der Meningococcus Genome Library der Meningitis Research Foundation) auf das Vorhandensein von narE sowie auf Sequenzvariationen untersucht. Das Ergebnis zeigte den Besitz des Gens bei insgesamt 247 St{\"a}mmen. Bis auf zwei Punktmutationen waren alle untersuchten narE-Sequenzen identisch. Die narE-positiven Isolate konnten neun klonalen Komplexen zugeordnet werden. Zus{\"a}tzlich wurde veranschaulicht, dass das Gen in Komplexen vorkommt, die verwandtschaftlich nicht eng miteinander verbunden sind. Mittels Western Blot konnte bei allen narE-positiven Meningokokken die Proteinexpression best{\"a}tigt werden, wobei ein signifikanter Unterschied zwischen St{\"a}mmen des cc32 und cc41/44 festzustellen war. Auf Transkriptionsebene konnte mittels qRT-PCR kein Unterschied zwischen diesen Komplexen ermittelt werden, so dass der Expressionsunterschied auf einem posttranskriptionellen Mechanismus beruhen muss. Neisseria gonorrhoeae ist ebenfalls im Besitz des Gens wie von Masignani et al. (2003) am Beispiel weniger Isolate beschrieben. In dieser Arbeit konnte f{\"u}r alle 29 getesteten Gonokokken die Insertion von vier Basenpaaren best{\"a}tigt werden, die zu einer Verschiebung im Leseraster f{\"u}hrt, so dass NarE nicht exprimiert wird. Auch ein Neisseria sicca Stamm beinhaltet und exprimiert das narE-Gen.},
  subject      = {Neisseria meningitidis},
  language  = {de}
}