@phdthesis{Herz2021,
  author    = {Herz, Michaela},
  title     = {Genome wide expression profiling of Echinococcus multilocularis},
  doi       = {10.25972/OPUS-20380},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-203802},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2021},
  abstract  = {Alveolar echinococcosis, which is caused by the metacestode stage of the small fox tapeworm Echinococcus multilocularis, is a severe zoonotic disease with limited treatment options. For a better understanding of cestode biology the genome of E. multilocularis, together with other cestode genomes, was sequenced previously. While a few studies were undertaken to explore the E. multilocularis transcriptome, a comprehensive exploration of global transcription profiles throughout life cycle stages is lacking. This work represents the so far most comprehensive analysis of the E. multilocularis transcriptome. Using RNA-Seq information from different life cycle stages and experimental conditions in three biological replicates, transcriptional differences were qualitatively and quantitatively explored. The analyzed datasets are based on samples of metacestodes cultivated under aerobic and anaerobic conditions as well as metacestodes obtained directly from infected jirds. Other samples are stem cell cultures at three different time points of development as well as non-activated and activated protoscoleces, the larval stage that can develop into adult worms. In addition, two datasets of metacestodes under experimental conditions suitable for the detection of genes that are expressed in stem cells, the so-called germinative cells, and one dataset from a siRNA experiment were analyzed. Analysis of these datasets led to expression profiles for all annotated genes, including genes that are expressed in the tegument of metacestodes and play a role in host-parasite interactions and modulation of the host's immune response. Gene expression profiles provide also further information about genes that might be responsible for the infiltrative growth of the parasite in the liver. Furthermore, germinative cell-specific genes were identified. Germinative cells are the only proliferating cells in E. multilocularis and therefore of utmost importance for the development and growth of the parasite. Using a combination of germinative cell depletion and enrichment methods, genes with specific expression in germinative cells were identified. As expected, many of these genes are involved in translation, cell cycle regulation or DNA replication and repair. Also identified were transcription factors, many of which are involved in cell fate commitment. As an example, the gene encoding the telomerase reverse transcriptase (TERT) was studied further. Expression of E. multilocularis tert in germinative cells was confirmed experimentally. Cell culture experiments indicate that TERT is required for proliferation and development of the parasite, which makes TERT a potentially interesting drug target for chemotherapy of alveolar echinococcosis. Germinative cell specific genes in E. multilocularis also include genes of densoviral origin. More than 20 individual densovirus loci with information for non-structural and structural densovirus proteins were identified in the E. multilocularis genome. Densoviral elements were also detected in many other cestode genomes. Genomic integration of these elements suggests that densovirus-based vectors might be suitable tools for genetic manipulation of tapeworms. Interestingly, only three of more than 20 densovirus loci in the E. multilocularis genome are expressed. Since the canonical piRNA pathway is lacking in cestodes, this raises the question about potential silencing mechanisms. Exploration of RNA-Seq information indicated natural antisense transcripts as a potential gene regulation mechanism in E. multilocularis. Preliminary experiments further suggest DNA-methylation, which was previously shown to occur in platyhelminthes, as an interesting avenue to explore in future. The transcriptome datasets also contain information about genes that are expressed in differentiated cells, for example the serotonin transporter gene that is expressed in nerve cells. Cell culture experiments indicate that serotonin and serotonin transport play an important role in E. multilocularis proliferation, development and survival. Overall, this work provides a comprehensive transcription data atlas throughout the E. multilocularis life cycle. Identification of germinative cell-specific genes and genes important for host-parasite interactions will greatly facilitate future research. A global overview of gene expression profiles will also aide in the detection of suitable drug targets and the development of new chemotherapeutics against alveolar echinococcosis.},
  subject      = {Fuchsbandwurm},
  language  = {en}
}
@phdthesis{Aumann2018,
  author    = {Aumann, Ralf},
  title     = {Vorkommen und Expression des opcA Gens in Meningokokkenst{\"a}mmen von Erkrankten und asymptomatischen Tr{\"a}gern},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-157278},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2018},
  abstract  = {Das Opc-Protein ist ein Außenmembranprotein von Meningokokken, das {\"u}ber extrazellul{\"a}re Matrixproteine mit Integrinen der Wirtszelle interagiert. Opc ist in Menschen immunogen und induziert bakterizide Antik{\"o}rper. Das Opc-Protein wurde daher als aussichtsreicher Impfstoff-Kandidat angesehen, da es außerdem relativ gut konserviert ist. Allerdings wird das Opc-Protein nicht von allen Meningokokkenst{\"a}mmen exprimiert. Einerseits fehlt das opc-Gen in einigen klonalen Komplexen (z.B. ST-8, ST-11, ST-53), andererseits ist die Opc-Expression nicht konstitutiv wegen einer phasenvariablen Transkription, die auf einem Poly-Cytidin-Bereich im Promotor des opc-Gens beruht. In dieser Arbeit wurde die Pr{\"a}senz des opc-Gens und die Opc-Expression in zwei großen Sammlungen deutscher Meningokokkenisolate von invasiven Erkrankungen (n=1141) und gesunden Tr{\"a}gern (n=792) untersucht. Das opc-Gen war bei 71\% der invasiven und 77\% der Tr{\"a}gerst{\"a}mme nachweisbar. Der gr{\"o}ßte Teil der opc-Gen negativen St{\"a}mme geh{\"o}rte zu den klonalen Komplexen ST-8, ST-11, ST-213, ST-231, ST-334 und ST-53. Der Anteil opc-positiver St{\"a}mme, die Opc in vitro exprimieren, war bei den invasiven St{\"a}mmen kleiner als bei den Tr{\"a}gerst{\"a}mmen (13\% vs. 29\%, p<0,001, Chi-square-Test). Der gr{\"o}ßere Anteil Opc-exprimierender Tr{\"a}gerst{\"a}mme ist u.a. am ehesten mit der {\"U}berrepr{\"a}sentation von wenig pathogenen klonalen Komplexen (ST-23, ST-35, ST-198) mit einer hohen Opc-Expressionsrate zu erkl{\"a}ren. 24 von den 176 invasiven St{\"a}mmen mit einer Anzahl von 11 - 14 Cs in der Promotor-Region, die die Opc-Expression beg{\"u}nstigt, zeigten weder im ELISA noch im Westernblot eine Opc-Expression. Bei 14 dieser 24 St{\"a}mme wurde als Ursache ein phasenvariabler, intragenischer Poly-Adenin-Bereich identifiziert, der zu einer Leserasterverschiebung f{\"u}hrte. Die Vermutung mehrerer Autoren, dass die Opc-Expression mit dem klinischen Bild der Meningitis verkn{\"u}pft ist, konnte mit der hier genutzten großen Stammsammlung nicht best{\"a}tigt werden. Invasive St{\"a}mme, die das Opc-Protein exprimierten, wurden genauso h{\"a}ufig von Patienten mit dem klinischen Bild der Meningitis isoliert wie St{\"a}mme, die das Opc-Protein nicht exprimierten (46\% vs. 47\%, Chi-square-Test: p<0,9). Allerdings gibt es eine starke Assoziation der Gegenwart des opc-Gens mit dem klinischen Merkmal Meningitis. Dieser Befund gibt Anlass zu der Hypothese, dass in vitro und in vivo Expression von Opc sich unterscheiden. Zusammenfassend l{\"a}sst sich festhalten, dass das Opc-Protein nur in 19,8\% aller Isolate (invasive und Tr{\"a}gerst{\"a}mme zusammengenommen) exprimiert wurde. Es zeigte sich eine Tendenz zu h{\"a}ufigerer Opc-Expression in apathogenen Tr{\"a}gerisolaten. Das Vorhandensein des opc-Gens, nicht aber die in vitro Expression konnten mit dem klinischen Merkmal Meningitis assoziiert werden. Zus{\"a}tzlich wurde ein weiterer Mechanismus der intragenischen Phasenvariation beschrieben.},
  subject      = {Neisseria meningitidis},
  language  = {de}
}
@article{VendelovadeLimaLorenzattoetal.2016,
  author    = {Vendelova, Emilia and de Lima, Jeferson Camargo and Lorenzatto, Karina Rodrigues and Monteiro, Karina Mariante and Mueller, Thomas and Veepaschit, Jyotishman and Grimm, Clemens and Brehm, Klaus and Hrčkov{\´a}, Gabriela and Lutz, Manfred B. and Ferreira, Henrique B. and Nono, Justin Komguep},
  title     = {Proteomic Analysis of Excretory-Secretory Products of Mesocestoides corti Metacestodes Reveals Potential Suppressors of Dendritic Cell Functions},
  series = {PLoS Neglected Tropical Diseases},
  volume    = {10},
  journal   = {PLoS Neglected Tropical Diseases},
  number    = {10},
  doi       = {10.1371/journal.pntd.0005061},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-166742},
  pages     = {e0005061},
  year      = {2016},
  abstract  = {Accumulating evidences have assigned a central role to parasite-derived proteins in immunomodulation. Here, we report on the proteomic identification and characterization of immunomodulatory excretory-secretory (ES) products from the metacestode larva (tetrathyridium) of the tapeworm Mesocestoides corti (syn. M. vogae). We demonstrate that ES products but not larval homogenates inhibit the stimuli-driven release of the pro-inflammatory, Th1-inducing cytokine IL-12p70 by murine bone marrow-derived dendritic cells (BMDCs). Within the ES fraction, we biochemically narrowed down the immunosuppressive activity to glycoproteins since active components were lipid-free, but sensitive to heat- and carbohydrate-treatment. Finally, using bioassay-guided chromatographic analyses assisted by comparative proteomics of active and inactive fractions of the ES products, we defined a comprehensive list of candidate proteins released by M. corti tetrathyridia as potential suppressors of DC functions. Our study provides a comprehensive library of somatic and ES products and highlight some candidate parasite factors that might drive the subversion of DC functions to facilitate the persistence of M. corti tetrathyridia in their hosts.},
  language  = {en}
}
@article{KohlmorgenEliasSchoen2017,
  author    = {Kohlmorgen, Britta and Elias, Johannes and Schoen, Christoph},
  title     = {Improved performance of the artus Mycobacterium tuberculosis RG PCR kit in a low incidence setting: a retrospective monocentric study},
  series = {Scientific Reports},
  volume    = {7},
  journal   = {Scientific Reports},
  number    = {14127},
  doi       = {10.1038/s41598-017-14367-z},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-159248},
  year      = {2017},
  abstract  = {Tuberculosis (TB) and the spread of Mycobacterium tuberculosis complex (MTBC) strains resistant against rifampin (RIF) and isoniazid (INH) pose a serious threat to global health. However, rapid and reliable MTBC detection along with RIF/INH susceptibility testing are challenging in low prevalence countries due to the higher rate of false positives. Here, we provide the first performance data for the artus MTBC PCR assay in a low prevalence setting. We analyze 1323 respiratory and 311 non-respiratory samples with the artus MTBC PCR assay as well as by mycobacterial culture and microscopy. We propose retesting of specimens in duplicate and consideration of a determined cycle-threshold value cut-off greater than 34, as this significantly increases accuracy, specificity, and negative predictive value without affecting sensitivity. Furthermore, we tested fourteen MTBC positive samples with the GenoType MTBDRplus test and demonstrate that using an identical DNA extraction protocol for both assays does not impair downstream genotypic testing for RIF and INH susceptibility. In conclusion, our procedure optimizes the use of the artus MTB assay with workload efficient methods in a low incidence setting. Combining the modified artus MTB with the GenoType MTBDRplus assays allows rapid and accurate detection of MTBC and RIF/INH resistance.},
  language  = {en}
}
@phdthesis{Joerdens2016,
  author    = {J{\"o}rdens, Markus Sebastian},
  title     = {Einfluss des Komplementsystems und der neuartigen Meningokokken-Vakzine 4CMenB auf cnl-Meningokokken},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-147071},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2016},
  abstract  = {In dieser Arbeit wurden verschiedene Vakzine-relevante Oberfl{\"a}chenantigene von cnl-Meningokokken typisiert und die Interaktion von cnl-Meningokokken mit dem Komplementsystem, v.a. mit dessen Hauptregulatoren fH und C4bp, analysiert. Mit den gewonnenen Daten sollten Schlussfolgerungen bzgl. der erwarteten Wirkung von 4CMenB, einem 2013 in Deutschland eingef{\"u}hrten und auf Meningokokken der Serogruppe B abzielenden Impfstoff, auf cnl-Meningokokken gezogen werden. Des Weiteren sollte die Interaktion der nat{\"u}rlicherweise unbekapselten cnl-Meningokokken, die als apathogen und m{\"o}glicherweise g{\"u}nstig f{\"u}r die Entwicklung einer nat{\"u}rlichen Immunit{\"a}t eingesch{\"a}tzt werden, untersucht werden. Eine Auswahl von cnl-Meningokokken-St{\"a}mmen, die die genetische Variabilit{\"a}t dieser Bakterienpopulation abbilden, wurde mittels PCR (porA, porB, fetA, opc, fHbp, nhba und nadA) oder Western Blot-Analyse (Opc) typisiert. Hierbei konnte eine deutliche Assoziation einzelner Allele zu klonalen Komplexen gezeigt werden. Allerdings l{\"a}sst die Analyse bezweifeln, dass cnl-Meningokokken durch Bexsero-induzierte Antik{\"o}rper erkannt werden, da ihr Antigenmuster stark von den Vakzineantigenen abweicht. Unklarheit herrscht lediglich bzgl. des Antigens NhbA. In der Folge wurde die fH- und C4bp-Bindung bei cnl-Meningokokken mittels Durchflusszytometrie untersucht. Es konnte beobachtet werden, dass im Vergleich zu fH bzw. C4bp bindenden Kontrollst{\"a}mmen die Bindung der Hauptregulatoren des Komplementsystems an cnl-Meningokokken sehr gering ist. Weiterhin konnte gezeigt werden, dass cnl-Meningokokken eine sehr geringe Serumresistenz in vitro haben, was ebenfalls f{\"u}r eine schwache Akquirierung der Komplementregulatoren spricht. Dieser Befund unterstreicht die apathogene Natur der Bakterien. Er zeigt aber auch, dass mit herk{\"o}mmlichen Methoden wie dem Serumbakterizidietest, der bei bekapselten St{\"a}mmen angewendet wird, funktionelle Aussagen bzgl. der Wirkung bakterizider Antik{\"o}rper, die durch Impfstoffe auf Proteinbasis induziert werden, nur schwer zu t{\"a}tigen sein werden. Sehr geringe Komplementmengen m{\"u}ssten eingesetzt werden oder alternative Verfahren wie die Opsonophagozytose Anwendung finden.},
  subject      = {Meningoencephalitis},
  language  = {de}
}
@article{NellBurgkartGradletal.2011,
  author    = {Nell, Manuel and Burgkart, Rainer H. and Gradl, Guntmar and von Eisenhart-Rothe, R{\"u}diger and Schaeffeler, Christoph and Trappe, Dennis and Prazeres da Costa, Clarissa and Gradinger, Reiner and Kirchhoff, Chlodwig},
  title     = {Primary extrahepatic alveolar echinococcosis of the lumbar spine and the psoas muscle},
  series = {Annals of Clinical Microbiology and Antimicrobials},
  volume    = {10},
  journal   = {Annals of Clinical Microbiology and Antimicrobials},
  number    = {13},
  doi       = {10.1186/1476-0711-10-13},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-141796},
  pages     = {1-6},
  year      = {2011},
  abstract  = {Alveolar echinococcosis (AE) of human being caused by Echinococcus multilocularis is a rare but important zoonosis especially in tempered zones of middle Europe and Northern America with endemic character in many countries. Due to the long incubation period, various clinical manifestations, critical prognosis, and outcome AE presents a serious and severe disease. The primary focus of infection is usually the liver. Although secondary affection of visceral organs is possible extrahepatic AE is highly uncommon. Moreover, the involvement of bone and muscle presents with an even lower incidence. In the literature numerous cases on hepatic AE have been reported. However, extrahepatic AE involving bones and/or muscles was described very rarely. We report a case of an 80-year-old man with primary extrahepatic alveolar Echinococcosis of the lumbar spine and the psoas muscle. The etiology, diagnosis, differential diagnoses, treatment options and outcome of this rare disease are discussed in context with the current literature.},
  language  = {en}
}
@article{StijnisDijkmansBartetal.2015,
  author    = {Stijnis, Kees and Dijkmans, Anneke C. and Bart, Aldert and Brosens, Lodewijk A. A. and Muntau, Birgit and Schoen, Christoph and Barth, Thomas F. and van Gulik, Thomas and van Gool, Tom and Grobusch, Martin P. and Tappe, Dennis},
  title     = {Echinococcus vogeli in Immigrant from Suriname to the Netherlands},
  series = {Emerging Infectious Diseases},
  volume    = {21},
  journal   = {Emerging Infectious Diseases},
  number    = {3},
  doi       = {10.3201/eid2103.141205},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-143953},
  pages     = {528-530},
  year      = {2015},
  language  = {en}
}
@phdthesis{Simonis2016,
  author    = {Simonis, Alexander},
  title     = {Untersuchungen zur funktionellen Relevanz der sauren Sphingomyelinase in der Infektionspathogenese von \(Neisseria\) \(meningitidis\)},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-143638},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2016},
  abstract  = {Die Interaktion mit Gehirnendothelzellen stellt ein zentraler Schritt in der Infektionspathogenese von Neisseria meningitidis dar. In dieser Promotionsarbeit konnte gezeigt werden, dass die Infektion von menschlichen Gehirnendothelzellen mit N. meningitidis zu einer transienten Aktivierung der sauren Sphingomyelinase (ASM) gefolgt von einer vermehrten Ceramidproduktion f{\"u}hrt. Als Antwort auf die Infektion mit N. meningitidis kommt es zu einer vermehrten Pr{\"a}sentation der ASM und von Ceramiden an der {\"a}usseren Seite der Plasmamembran und zu einer Ausbildung von großen Ceramid-reichen Membran-Dom{\"a}nen, welche mit cortical plaque assoziierten Proteinen kolokalisieren. Bei dieser N. meningitids vermittelten Aktivierung der ASM spielt das bakterielle Aussenmembranprotein Opc sowie die Aktivierung der Phosphatidylcholin-spezifische Phospholipase C {\"u}ber die Interaktion von Opc mit Heparansulfat-Proteoglykane eine entscheidende Rolle. Die pharmakologische oder genetische Inhibition der ASM Funktion f{\"u}hrt zu einer geringeren Invasivit{\"a}t der Meningokokken ohne dabei die Adh{\"a}renz zu beeinflussen. Im Einklang mit diesen Ergebnissen steht die Beobachtung, dass die geringere Invasivit{\"a}t von ausgew{\"a}hlten Isolaten des ST-11/ST-8 Komplex in menschlichen Gehirnendothelzellen direkt mit ihrer eingeschr{\"a}nkter F{\"a}higkeit korreliert, die ASM zu aktivieren bzw. eine Ceramidproduktion zu induzieren. Schlussfolgernd ist die ASM Aktivierung und eine nachfolgende Ceramidproduktion essenziell f{\"u}r die Internalisierung von Opc-exprimierende Meningokokken in Gehirnendothelzellen und bietet einen Erkl{\"a}rungsansatz f{\"u}r die unterschiedliche Invasivit{\"a}t von verschiedenen N. meningitidis St{\"a}mmen.},
  subject      = {Neisseria meningitidis},
  language  = {de}
}
@article{TappeMeyerOesterleinetal.2011,
  author    = {Tappe, Dennis and Meyer, Michael and Oesterlein, Anett and Jaye, Assan and Frosch, Matthias and Schoen, Christoph and Pantchev, Nikola},
  title     = {Transmission of Armillifer armillatus Ova at Snake Farm, The Gambia, West Africa},
  series = {Emerging Infectious Diseases},
  volume    = {17},
  journal   = {Emerging Infectious Diseases},
  number    = {2},
  doi       = {10.3201/eid1702.101118},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-142804},
  pages     = {251-254},
  year      = {2011},
  abstract  = {Visceral pentastomiasis caused by Armillifer armillatus larvae was diagnosed in 2 dogs in The Gambia. Parasites were subjected to PCR; phylogenetic analysis confirmed relatedness with branchiurans/crustaceans. Our investigation highlights transmission of infective A. armillatus ova to dogs and, by serologic evidence, also to 1 human, demonstrating a public health concern.},
  language  = {en}
}
@phdthesis{HauergebLein2019,
  author    = {Hauer [geb. Lein], Nina},
  title     = {Genetische Variabilit{\"a}t und Expression der ADP-Ribosyltransferase NarE},
  doi       = {10.25972/OPUS-18780},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-187803},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2019},
  abstract  = {Neisseria meningitidis ist Ausl{\"o}ser invasiver Infektionen, die Sepsis und Meningitis hervorrufen. Bakterielle ADP-Ribosyltransferasen wurden als Toxine zahlreicher Bakterien wie E.coli, V. cholerae und B. pertussis beschrieben, die postranslationale Modifikationen bei eukaryotischen Proteinen mit pathologischer Wirkung f{\"u}r den Menschen hervorrufen. Die ADP-Ribosyltransferase NarE von Neisserien ist auf der Basis von Sequenzhomologien identifiziert worden. Die enzymatische Aktivit{\"a}t des Proteins wurde bereits in Studien gezeigt. Ziel dieser Arbeit war, NarE aus epidemiologischem und populationsbiologischem Blickwinkel zu betrachten. Insgesamt wurden 576 Meningokokkenisolate (109 Isolate aus der Stammsammlung des Instituts f{\"u}r Hygiene und Mikrobiologie W{\"u}rzburg und 467 Isolate der Meningococcus Genome Library der Meningitis Research Foundation) auf das Vorhandensein von narE sowie auf Sequenzvariationen untersucht. Das Ergebnis zeigte den Besitz des Gens bei insgesamt 247 St{\"a}mmen. Bis auf zwei Punktmutationen waren alle untersuchten narE-Sequenzen identisch. Die narE-positiven Isolate konnten neun klonalen Komplexen zugeordnet werden. Zus{\"a}tzlich wurde veranschaulicht, dass das Gen in Komplexen vorkommt, die verwandtschaftlich nicht eng miteinander verbunden sind. Mittels Western Blot konnte bei allen narE-positiven Meningokokken die Proteinexpression best{\"a}tigt werden, wobei ein signifikanter Unterschied zwischen St{\"a}mmen des cc32 und cc41/44 festzustellen war. Auf Transkriptionsebene konnte mittels qRT-PCR kein Unterschied zwischen diesen Komplexen ermittelt werden, so dass der Expressionsunterschied auf einem posttranskriptionellen Mechanismus beruhen muss. Neisseria gonorrhoeae ist ebenfalls im Besitz des Gens wie von Masignani et al. (2003) am Beispiel weniger Isolate beschrieben. In dieser Arbeit konnte f{\"u}r alle 29 getesteten Gonokokken die Insertion von vier Basenpaaren best{\"a}tigt werden, die zu einer Verschiebung im Leseraster f{\"u}hrt, so dass NarE nicht exprimiert wird. Auch ein Neisseria sicca Stamm beinhaltet und exprimiert das narE-Gen.},
  subject      = {Neisseria meningitidis},
  language  = {de}
}
@phdthesis{Leitenberger2020,
  author    = {Leitenberger, Karolin},
  title     = {Vergleich der Bakterienlast in vivo und Wachstumskinetik in vitro hyperletaler Meningokokkentypen},
  doi       = {10.25972/OPUS-20313},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-203133},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2020},
  abstract  = {Die invasive Meningokokkenerkrankung stellt weltweit mit einer Letalit{\"a}t von 5-10\% trotz antibiotischer Therapie eine Herausforderung dar. Ein spezifisches Virulenzgen, welches die Schwere der Meningokokkenerkrankung bestimmt, konnte bisher nicht definiert werden. Vorangegangene Studien zeigen eine Korrelation der Letalit{\"a}t mit der Bakterienlast, Unterschiede bez{\"u}glich der Letalit{\"a}t je nach Serogruppe, eine erh{\"o}hte Letalit{\"a}t bei Infektionen mit sogenannten hyperletalen Feintypen (bisher nicht ver{\"o}ffentlichte Daten des NRZMHi) sowie einen Unterschied in der maximal in Fl{\"u}ssigkultur erreichten Konzentration der Bakterien zwischen invasiven St{\"a}mmen und Tr{\"a}gerst{\"a}mmen. In dieser Arbeit wurden m{\"o}gliche Gr{\"u}nde f{\"u}r die Hyperletalit{\"a}t bestimmter Meningokokkentypen experimentell untersucht. Insbesondere wird die Frage analysiert, ob die hyperletalen Meningokokkentypen mit einer h{\"o}heren bakteriellen Last im Blut assoziiert sind und ob sie andere Wachstumscharakteristiken im Vergleich zu ihren Kontrollst{\"a}mmen in vitro zeigen. Hierzu erfolgte mittels quantitativer Echtzeit-Polymerase-Kettenreaktion die Bestimmung der bakteriellen Last in 62 Blutproben von Patienten mit best{\"a}tigter invasiver Meningokokkenerkrankung {\"u}ber den Nachweis des ctrA-Gens. Darunter waren elf Proben des hyperletalen Feintyps B:P1.7-2,4:F1-5 und f{\"u}nf Proben des hyperletalen Feintyps C:P1.5,2:F3-3. Die Wachstumsversuche wurden mit 30 zuf{\"a}llig gew{\"a}hlten St{\"a}mmen der hyperletalen Feintypen B:P1.7-2,4:F1-5, C:P1.5-1,10-8:F3-6 und C:P1.5,2:F3-3 mit ihren jeweiligen nach Alter und Geschlecht abgeglichenen nicht zu der Gruppe der hyperletalen Feintypen geh{\"o}renden Kontrollst{\"a}mmen in dem Medium PPM+ durchgef{\"u}hrt. Die Wachstumsgeschwindigkeit μ sowie die Kapazit{\"a}t A (maximale Konzentrationszunahme als Logarithmus der gemessenen OD im Verh{\"a}ltnis zur Ausgangsdichte ODT0) wurden durch nicht-lineare Regression anhand der modifizierten Gompertz-Funktion ermittelt. Die Messung der optischen Dichte erfolgte alle 30 Minuten {\"u}ber 16 Stunden bei 620nm durch das Ger{\"a}t TECAN Infinite 200 Pro (Tecan Group Ltd., M{\"a}nnedorf / Schweiz). Die Methode wurde anhand einer publizierten Studie zwischen Tr{\"a}gerst{\"a}mmen und invasiven St{\"a}mmen (Schoen et al., 2014) validiert und best{\"a}tigte einen marginalen Unterschied in der optischen Dichte (p=0,057, Wilcoxon-Test) zwischen den Gruppen. Es zeigte sich kein Unterschied in der Wachstumsgeschwindigkeit. Aus den Ergebnissen dieser Arbeit k{\"o}nnen drei wesentliche Schlussfolgerungen gezogen werden: 1.) Die Bakterienlast in dieser Stichprobe ist, entgegen der Literatur, nicht abh{\"a}ngig von der Serogruppe und dem Feintyp, jedoch von der Krankheitsmanifestation. 2.) Die Kapazit{\"a}t A ist in der Gruppe der „hyperletalen" Typen im Vergleich zu den Kontrollst{\"a}mmen m{\"o}glicherweise h{\"o}her. 3.) Gr{\"o}ßere Stichproben (Nativmaterial, St{\"a}mme) sind erforderlich, um die Beobachtungen dieser Studie zu best{\"a}tigen.},
  subject      = {Letalit{\"a}t},
  language  = {de}
}
@phdthesis{Eibicht2020,
  author    = {Eibicht, Sebastian Johannes},
  title     = {Die Kontamination von Fl{\"a}chen mit MRSA in Krankentransport- und Rettungswagen bei Kurzzeittransporten von MRSA-Patienten},
  doi       = {10.25972/OPUS-20713},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-207130},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2020},
  abstract  = {Die Innenausbaufl{\"a}chen von Krankentransport- bzw. Rettungswagen unterliegen dem Risiko einer Verunreinigung durch Methicillin-resistenten S. aureus (MRSA). In der vorliegenden Arbeit wurden Krankentransport- bzw. Rettungswagen unmittelbar nach dem Transport von MRSA-kolonisierten oder -infizierten Patienten auf MRSA untersucht. Zu diesem Zweck wurden an 2 Stellen der Trage und an 3 Stellen der Innenausbaufl{\"a}chen Proben entnommen. 89 von 100 untersuchten Transporten, welche das Einschlusskriterium einer Transportzeit von weniger als 20 Minuten erf{\"u}llten, wurden weitergehend analysiert. 8 der untersuchten Kranken- bzw. Rettungswagen (7,1\%) wiesen eine Kontamination auf (90\% Konfidenzintervall: 4-14 \%), wobei die Transportzeit keinen Einfluss auf die Kontamination hatte. MRSA wurde nur an der Trage nachgewiesen und zwar ausschließlich am Kopfteil der Trage und an den Tragegriffen. Die beprobten Stellen der Innenausbaufl{\"a}chen waren nicht kontaminiert. Bei Kurzzeittransporten von MRSA-positiven Patienten sollte daher der Fokus der Desinfektion auf die Oberfl{\"a}chen in unmittelbarer Patientenn{\"a}he gelegt werden. Eine weitere Untersuchung von 60 Transporten MRSA-negativer Patienten blieb ohne MRSA-Befund. In 12 dieser Krankentransportwagen wurde jedoch Methicillin-sensibler S. aureus nachgewiesen, der sich ebenfalls vorwiegend an Kopfteil und Handgriffen der Trage fand. Auch dieses Ergebnis unterstreicht die Bedeutung der Desinfektion patientennaher Fl{\"a}chen unabh{\"a}ngig vom MRSA-Status der transportierten Patienten.},
  subject      = {MRSA},
  language  = {de}
}
@article{WalterCollenburgJaptoketal.2016,
  author    = {Walter, T. and Collenburg, L. and Japtok, L. and Kleuser, B. and Schneider-Schaulies, S. and M{\"u}ller, N. and Becam, J. and Schubert-Unkmeir, A. and Kong, J. N. and Bieberich, E. and Seibel, J.},
  title     = {Incorporation and visualization of azido-functionalized N-oleoyl serinol in Jurkat cells, mouse brain astrocytes, 3T3 fibroblasts and human brain microvascular endothelial cells},
  series = {Chemical Communications},
  volume    = {52},
  journal   = {Chemical Communications},
  number    = {55},
  doi       = {10.1039/c6cc02879a},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-191263},
  pages     = {8612-8614},
  year      = {2016},
  abstract  = {The synthesis and biological evaluation of azido-N-oleoyl serinol is reported. It mimicks biofunctional lipid ceramides and has shown to be capable of click reactions for cell membrane imaging in Jurkat and human brain microvascular endothelial cells.},
  language  = {en}
}
@phdthesis{Benke2019,
  author    = {Benke, Dominik},
  title     = {Charakterisierung der T2-Ribonuklease des Fuchsbandwurms \(Echinococcus\) \(multilocularis\)},
  doi       = {10.25972/OPUS-18106},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-181064},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2019},
  abstract  = {Die alveol{\"a}re Echinokokkose ist eine lebensbedrohliche Erkrankung, die durch tumorartig in der Leber wachsende Larven (Metazestoden) des Fuchsbandwurms ausgel{\"o}st wird. W{\"a}hrend Th1-dominierte Immunantworten zur Expulsion des Parasiten f{\"u}hren k{\"o}nnen, sind Th2-Antworten mit chronischer Infektion assoziiert. {\"U}ber seine exkretorisch-sekretorischen Produkte (ESPs) nimmt Echinococcus multilocularis Einfluss auf die Polarisierung der Immunantwort. Allerdings ist bislang nur wenig {\"u}ber die zugrundeliegenden Mechanismen und aktiven Komponenten der ESPs bekannt. Die Immunmodulation durch Eier des P{\"a}rchenegels Schistosoma mansoni, der wie E. multilocularis zu den Plattw{\"u}rmern geh{\"o}rt, ist dagegen schon besser charakterisiert. Hier hat omega-1, eine Ribonuklease der T2-Familie, Aufmerksamkeit als starker Induktor von Th2-Antworten und als Hepatotoxin erregt. Die Fragestellung dieser Arbeit war nun, ob die T2-RNase des Fuchsbandwurms (EmRNASET2) hinsichtlich ihrer Wirkungen auf Zellen des Immunsystems und der Leber {\"A}hnlichkeiten mit omega-1 besitzt. Es konnte gezeigt werden, dass EmRNASET2 von allen Larvenstadien und auch vom adulten Wurm exprimiert wird. Der Einsatz polyklonaler Antik{\"o}rper gegen rekombinant in Escherichia coli exprimierte recEmRNASET2 erm{\"o}glichte den Nachweis des Proteins in den ESPs von Prim{\"a}rzellen, die das fr{\"u}he Stadium sich entwickelnder Metazestoden darstellen, und, wenngleich geringer ausgepr{\"a}gt, in ESPs reifer Metazestoden. Zur Untersuchung einer m{\"o}glichen immunmodulatorischen Wirkung wurden dendritische Zellen (DCs) aus murinem Knochenmark generiert und mit {\"U}berst{\"a}nden recEmRNASET2-produzierender HEK-Zellen exponiert. Diese zeigten im Vergleich zu {\"U}berst{\"a}nden von mit leerem Transfektionsvektor behandelten HEK-Zellen keine signifikante Inhibition der LPS-induzierten Reifung und Interleukin-12-Produktion von DCs, wie sie f{\"u}r omega-1 beschrieben ist. Auch ein Pilotexperiment mit der Leberzelllinie Hep3B lieferte keinen Anhalt f{\"u}r eine hepatotoxische Wirkung von EmRNASET2. Somit sprechen die Ergebnisse dieser Arbeit gegen eine funktionelle Verwandtschaft von EmRNASET2 und omega-1. Unterst{\"u}tzt wird diese Beobachtung durch eine orientierende phylogenetische Untersuchung, in der sich EmRNASET2 n{\"a}her verwandt zu einer zweiten T2-RNase von S. mansoni zeigte. Omega-1 k{\"o}nnte also das Resultat einer Genduplikation mit anschließender Akquirierung immunmodulatorischer Funktionen sein.},
  subject      = {Parasitologie},
  language  = {de}
}
@article{KoziolRadioSmircichetal.2015,
  author    = {Koziol, Uriel and Radio, Santiago and Smircich, Pablo and Zarowiecki, Magdalena and Fern{\´a}ndez, Cecilia and Brehm, Klaus},
  title     = {A novel terminal-repeat retrotransposon in miniature (TRIM) is massively expressed in Echinococcus multilocularis stem cells},
  series = {Genome Biology and Evolution},
  volume    = {7},
  journal   = {Genome Biology and Evolution},
  number    = {8},
  doi       = {10.1093/gbe/evv126},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-148306},
  pages     = {2136-2153},
  year      = {2015},
  abstract  = {Taeniid cestodes (including the human parasites Echinococcus spp. and Taenia solium) have very few mobile genetic elements (MGEs) in their genome, despite lacking a canonical PIWI pathway. The MGEs of these parasites are virtually unexplored, and nothing is known about their expression and silencing. In this work, we report the discovery of a novel family of small nonautonomous long terminal repeat retrotransposons (also known as terminal-repeat retrotransposons in miniature, TRIMs) which we have named ta-TRIM (taeniid TRIM). ta-TRIMs are only the second family of TRIM elements discovered in animals, and are likely the result of convergent reductive evolution in different taxonomic groups. These elements originated at the base of the taeniid tree and have expanded during taeniid diversification, including after the divergence of closely related species such as Echinococcus multilocularis and Echinococcus granulosus. They are massively expressed in larval stages, from a small proportion of full-length copies and from isolated terminal repeats that show transcriptional read-through into downstream regions, generating novel noncoding RNAs and transcriptional fusions to coding genes. In E. multilocularis, ta-TRIMs are specifically expressed in the germinative cells (the somatic stem cells) during asexual reproduction of metacestode larvae. This would provide a developmental mechanism for insertion of ta-TRIMs into cells that will eventually generate the adult germ line. Future studies of active and inactive ta-TRIM elements could give the first clues on MGE silencing mechanisms in cestodes.},
  language  = {en}
}
@article{KoziolJareroOlsonetal.2016,
  author    = {Koziol, Uriel and Jarero, Francesca and Olson, Peter D. and Brehm, Klaus},
  title     = {Comparative analysis of Wnt expression identifies a highly conserved developmental transition in flatworms},
  series = {BMC Biology},
  volume    = {14},
  journal   = {BMC Biology},
  number    = {10},
  doi       = {10.1186/s12915-016-0233-x},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-146566},
  year      = {2016},
  abstract  = {Background Early developmental patterns of flatworms are extremely diverse and difficult to compare between distant groups. In parasitic flatworms, such as tapeworms, this is confounded by highly derived life cycles involving indirect development, and even the true orientation of the tapeworm antero-posterior (AP) axis has been a matter of controversy. In planarians, and metazoans generally, the AP axis is specified by the canonical Wnt pathway, and we hypothesized that it could also underpin axial formation during larval metamorphosis in tapeworms. Results By comparative gene expression analysis of Wnt components and conserved AP markers in the tapeworms Echinococcus multilocularis and Hymenolepis microstoma, we found remarkable similarities between the early stages of larval metamorphosis in tapeworms and late embryonic and adult development in planarians. We demonstrate posterior expression of specific Wnt factors during larval metamorphosis and show that scolex formation is preceded by localized expression of Wnt inhibitors. In the highly derived larval form of E. multilocularis, which proliferates asexually within the mammalian host, we found ubiquitous expression of posterior Wnt factors combined with localized expression of Wnt inhibitors that correlates with the asexual budding of scoleces. As in planarians, muscle cells are shown to be a source of secreted Wnt ligands, providing an explanation for the retention of a muscle layer in the immotile E. multilocularis larva. Conclusions The strong conservation of gene expression between larval metamorphosis in tapeworms and late embryonic development in planarians suggests, for the first time, a homologous developmental period across this diverse phylum. We postulate these to represent the phylotypic stages of these flatworm groups. Our results support the classical notion that the scolex is the true anterior end of tapeworms. Furthermore, the up-regulation of Wnt inhibitors during the specification of multiple anterior poles suggests a mechanism for the unique asexual reproduction of E. multilocularis larvae.},
  language  = {en}
}
@article{TahaClausLappannetal.2016,
  author    = {Taha, Muhamed-Kheir and Claus, Heike and Lappann, Martin and Veyrier, Fr{\´e}d{\´e}ric J. and Otto, Andreas and Becher, D{\"o}rte and Deghmane, Ala-Eddine and Frosch, Matthias and Hellenbrand, Wiebke and Hong, Eva and du Ch{\^a}telet, Isabelle Parent and Prior, Karola and Harmsen, Dag and Vogel, Ulrich},
  title     = {Evolutionary Events Associated with an Outbreak of Meningococcal Disease in Men Who Have Sex with Men},
  series = {PLoS ONE},
  volume    = {11},
  journal   = {PLoS ONE},
  number    = {5},
  doi       = {10.1371/journal.pone.0154047},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-179870},
  year      = {2016},
  abstract  = {Meningococci spread via respiratory droplets, whereas the closely related gonococci are transmitted sexually. Several outbreaks of invasive meningococcal disease have been reported in Europe and the United States among men who have sex with men (MSM). We recently identified an outbreak of serogroup C meningococcal disease among MSM in Germany and France. In this study, genomic and proteomic techniques were used to analyze the outbreak isolates. In addition, genetically identical urethritis isolates were recovered from France and Germany and included in the analysis. Genome sequencing revealed that the isolates from the outbreak among MSM and from urethritis cases belonged to a clade within clonal complex 11. Proteome analysis showed they expressed nitrite reductase, enabling anaerobic growth as previously described for gonococci. Invasive isolates from MSM, but not urethritis isolates, further expressed functional human factor H binding protein associated with enhanced survival in a newly developed transgenic mouse model expressing human factor H, a complement regulatory protein. In conclusion, our data suggest that urethritis and outbreak isolates followed a joint adaptation route including adaption to the urogenital tract.},
  language  = {en}
}
@phdthesis{HagmanngebKischkies2016,
  author    = {Hagmann [geb. Kischkies], Laura Violetta},
  title     = {Stringent response regulation and its impact on ex vivo survival in the commensal pathogen \(Neisseria\) \(meningitidis\)},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-144352},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2016},
  abstract  = {Neisseria meningitidis is a commensal bacterium which sometimes causes serious disease in humans. Recent studies in numerous human pathogenic bacteria have shown that the stringent response contributes to bacterial virulence. Therefore, this study analyzed the regulation of the stringent response in meningococci and in particular of RelA as well as its contribution to ex vivo fitness in a strain- and condition- dependent manner by using the carriage strain α522 and the hyperinvasive strain MC58 in different in vitro and ex vivo conditions. Growth experiments revealed that both wild-type strains were almost indistinguishable in their ex vivo phenotypes. However, quantitative real time PCR (qRT-PCR) found differences in the gene expression of relA between both strains. Furthermore, in contrast to the MC58 RelA mutant strain α522 deficient in RelA was unable to survive in human whole blood, although both strains showed the same ex vivo phenotypes in saliva and cerebrospinal fluid. Moreover, strain α522 was depended on a short non-coding AT-rich repeat element (ATRrelA) in the promoter region of relA to survive in human blood. Furthermore, cell culture experiments with human epithelial cells revealed that in both strains the deletion of relA resulted in a significantly decreased invasion rate while not significantly affecting adhesion. In order to better understand the conditional lethality of the relA deletion, computational and experimental analyses were carried out to unravel differences in amino acid biosynthetic pathways between both strains. Whereas strain MC58 is able to synthesize all 20 amino acids, strain α522 has an auxotrophy for cysteine and glutamine. In addition, the in vitro growth experiments found that RelA is required for growth in the absence of external amino acids in both strains. Furthermore, the mutant strain MC58 harboring an ATRrelA in its relA promoter region showed improved growth in minimal medium supplemented with L-cysteine and/or L-glutamine compared to the wild-type strain. Contrary, in strain α522 no differences between the wild-type and the ATRrelA deletion mutant were observed. Together this indicates that ATRrelA interferes with the complex regulatory interplay between the stringent response pathway and L-cysteine as well as L-glutamine metabolism. It further suggests that meningococcal virulence is linked to relA in a strain- and condition- depended manner. In conclusion, this work highlighted the role of the stringent response and of non-coding regulatory elements for bacterial virulence and indicates that virulence might be related to the way how meningococci accomplish growth within the host environments.},
  subject      = {Neisseria meningitidis},
  language  = {en}
}
@article{SchubertUnkmeirKonradSlaninaetal.2010,
  author    = {Schubert-Unkmeir, Alexandra and Konrad, Christian and Slanina, Heiko and Czapek, Florian and Hebling, Sabrina and Frosch, Matthias},
  title     = {Neisseria meningitidis Induces Brain Microvascular Endothelial Cell Detachment from the Matrix and Cleavage of Occludin: A Role for MMP-8},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-68589},
  year      = {2010},
  abstract  = {Disruption of the blood-brain barrier (BBB) is a hallmark event in the pathophysiology of bacterial meningitis. Several inflammatory mediators, such as tumor necrosis factor alpha (TNF-a), nitric oxide and matrix metalloproteinases (MMPs), contribute to this disruption. Here we show that infection of human brain microvascular endothelial cells (HBMEC) with Neisseria meningitidis induced an increase of permeability at prolonged time of infection. This was paralleled by an increase in MMP-8 activity in supernatants collected from infected cells. A detailed analysis revealed that MMP-8 was involved in the proteolytic cleavage of the tight junction protein occludin, resulting in its disappearance from the cell periphery and cleavage to a lower-sized 50-kDa protein in infected HBMEC. Abrogation of MMP-8 activity by specific inhibitors as well as transfection with MMP-8 siRNA abolished production of the cleavage fragment and occludin remained attached to the cell periphery. In addition, MMP-8 affected cell adherence to the underlying matrix. A similar temporal relationship was observed for MMP activity and cell detachment. Injury of the HBMEC monolayer suggested the requirement of direct cell contact because no detachment was observed when bacteria were placed above a transwell membrane or when bacterial supernatant was directly added to cells. Inhibition of MMP-8 partially prevented detachment of infected HBMEC and restored BBB permeability. Together, we established that MMP-8 activity plays a crucial role in disassembly of cell junction components and cell adhesion during meningococcal infection.},
  subject      = {Neisseria meningitidis},
  language  = {en}
}
@phdthesis{Hemer2012,
  author    = {Hemer, Sarah},
  title     = {Molecular characterization of evolutionarily conserved signaling systems of Echinococcus multilocularis and their utilization for the development of novel drugs against Echinococosis},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-74007},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2012},
  abstract  = {Alveolar echinococcosis (AE), a severe and life-threatening disease is caused by the small fox tapeworm Echinococcus multilocularis. Currently, the options of chemotherapeutic treatment are very limited and are based on benzimidazole compounds, which act merely parasitostatic in vivo and often display strong side effects. Therefore, new therapeutic drugs and targets are urgently needed. In the present work the role of two evolutionarily conserved signalling pathways in E. multilocularis, namely the insulin signalling cascade and Abl kinases, has been studied in regard to host-parasite interaction and the possible use in anti-AE chemotherapy.},
  subject      = {Fuchsbandwurm},
  language  = {en}
}