@phdthesis{Fender2015,
  author    = {Fender, Hendrik Eike},
  title     = {NFATc1 as a Therapeutic Target in Burkitt's Lymphoma},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-133098},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2015},
  abstract  = {Burkitt's lymphoma (BL) is a very aggressive, germinal center-derived B cell lymphoma. It mostly occurs in children from equatorial Africa who carry both the Epstein-Barr virus and the pathogens for malaria. Aside from this endemic form, there are also sporadic and immunosuppressive forms of BL. The most important characteristics are both the "starry sky" macrophages - from a histological point of view - and the translocation of MYC to one of the immunoglobulin enhancers at the molecular level. In addition to MYC overexpression several mutations, e.g. in p53 or cyclin D3, or constitutive active PI3-kinase signaling contribute to lymphoma genesis. Furthermore, NFAT factors seem also to play a crucial role. In human BL cell lines and murine Myc-driven tumors, the pro survival factor NFATc1 is highly expressed and present in the nuclei. To interfere with the NFAT pathway in lymphoma formation, I tested the "classical" way by inhibition of calcineurin (CN) with CsA, FK506 or VIVIT. Surprisingly, CN inhibition was not sufficient to induce a complete cytoplasmic translocation of NFATc1. Furthermore, CN inhibitors affected cellular survival and proliferation only at atypical high concentrations. Investigation of other pathways, like the PI3-kinase or JAK3, excluded the possibility that they promote NFATc1 activity. Finally, I treated NFATc1 over-expressing BL and pancreatic cancer cell lines with gallium nitrate that turned out to be a very potent inhibitor of cell survival. Gallium nitrate suppressed NFATc1 and MYC transcription though protein stability was not affected. Regarding the regulation of NFATc1 by MYC-overexpression, the data obtained in my work suggested that (1) NFATc1 mRNA level is down-regulated in murine cells, (2) NFATc1 protein level is up-regulated in both human and murine cells, and (3) MYC supports NFATc1's nuclear residence. Finally, I discovered Myc-driven tumor cells as potential "starry sky" macrophages. Under certain conditions, mainly concerning calcium signaling, they change their outward appearance, surface marker expression, and gain the ability for phagocytosis. For the future, the discovery that gallium acts through NFATc1 in BL and probably numerous other cancer types opens up new strategies for therapeutic interventions.},
  subject      = {Burkitt},
  language  = {en}
}
@article{RascheDuellMorgneretal.2013,
  author    = {Rasche, Leo and Duell, Johannes and Morgner, Charlotte and Chatterjee, Manik and Hensel, Frank and Rosenwald, Andreas and Einsele, Hermann and Topp, Max S. and Br{\"a}ndlein, Stephanie},
  title     = {The Natural Human IgM Antibody PAT-SM6 Induces Apoptosis in Primary Human Multiple Myeloma Cells by Targeting Heat Shock Protein GRP78},
  series = {PLoS ONE},
  volume    = {8},
  journal   = {PLoS ONE},
  number    = {5},
  doi       = {10.1371/journal.pone.0063414},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-130125},
  pages     = {e63414},
  year      = {2013},
  abstract  = {In contrast to other haematological malignancies, targeted immunotherapy has not entered standard treatment regimens for de novo or relapsed multiple myeloma (MM) yet. While a number of IgG-formatted monoclonal antibodies are currently being evaluated in clinical trials in MM, our study aimed to investigate whether the fully human IgM monoclonal antibody PAT-SM6 that targets a tumour-specific variant of the heat shock protein GRP78 might be an attractive candidate for future immunotherapeutic approaches. We here show that GRP78 is stably and consistently expressed on the surface on tumour cells from patients with de novo, but also relapsed MM and that binding of PAT-SM6 to MM cells can specifically exert cytotoxic effects on malignant plasma cells, whereas non-malignant cells are not targeted. We demonstrate that the induction of apoptosis and, to a lesser extent, complement dependent cytotoxicity is the main mode of action of PAT-SM6, whereas antibody dependent cellular cytotoxicity does not appear to contribute to the cytotoxic properties of this antibody. Given the favourable safety profile of PAT-SM6 in monkeys, but also in a recent phase I trial in patients with malignant melanoma, our results form the basis for a planned phase I study in patients with relapsed MM.},
  language  = {en}
}
@article{HuangBelharazemLietal.2013,
  author    = {Huang, Bei and Belharazem, Djeda and Li, Li and Kneitz, Susanne and Schnabel, Philipp A. and Rieker, Ralf J. and K{\"o}rner, Daniel and Nix, Wilfried and Schalke, Berthold and M{\"u}ller-Hermelink, Hans Konrad and Ott, German and Rosenwald, Andreas and Str{\"o}bel, Philipp and Marx, Alexander},
  title     = {Anti-apoptotic signature in thymic squamous cell carcinomas - functional relevance of anti-apoptotic BIRC3 expression in the thymic carcinoma cell line 1889c},
  series = {Frontiers in Oncology},
  volume    = {3},
  journal   = {Frontiers in Oncology},
  number    = {316},
  doi       = {10.3389/fonc.2013.00316},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-132214},
  year      = {2013},
  abstract  = {The molecular pathogenesis of thymomas and thymic arcinomas (TCs) is poorly understood and results of adjuvant therapy are unsatisfactory in case of metastatic disease and tumor recurrence. For these clinical settings, novel therapeutic strategies are urgently needed. Recently, limited sequencing efforts revealed that a broad spectrum of genes that play key roles in various common cancers are rarely affected in thymomas and TCs, suggesting that other oncogenic principles might be important.This made us re-analyze historic expression data obtained in a spectrumof thymomas and thymic squamous cell carcinomas (TSCCs) with a custom-made cDNA microarray. By cluster analysis, different anti-apoptotic signatures were detected in type B3 thymoma and TSCC, including overexpression of BIRC3 in TSCCs. This was confirmed by qRT-PCR in the original and an independent validation set of tumors. In contrast to several other cancer cell lines, the BIRC3-positive TSCC cell line, 1889c showed spontaneous apoptosis after BIRC3 knock-down. Targeting apoptosis genes is worth testing as therapeutic principle in TSCC.},
  language  = {en}
}
@article{WolfahrtHermanScholzetal.2013,
  author    = {Wolfahrt, Sonja and Herman, Sandra and Scholz, Claus-J{\"u}rgen and Sauer, Georg and Deissler, Helmut},
  title     = {Identification of alternative transcripts of rat CD9 expressed by tumorigenic neural cell lines and in normal tissues},
  series = {Genetics and Molecular Biology},
  volume    = {36},
  journal   = {Genetics and Molecular Biology},
  number    = {2},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-131801},
  pages     = {276-281},
  year      = {2013},
  abstract  = {CD9 is the best-studied member of the tetraspanin family of transmembrane proteins. It is involved in various fundamental cellular processes and its altered expression is a characteristic of malignant cells of different origins. Despite numerous investigations confirming its fundamental role, the heterogeneity of CD9 or other tetraspanin proteins was considered only to be caused by posttranslational modification, rather than alternative splicing. Here we describe the first identification of CD9 transcript variants expressed by cell lines derived from fetal rat brain cells. Variant mRNA-B lacks a potential translation initiation codon in the alternative exon 1 and seems to be characteristic of the tumorigenic BT cell lines. In contrast, variant mRNA-C can be translated from a functional initiation codon located in its extended exon 2, and substantial amounts of this form detected in various tissues suggest a contribution to CD9 functions. From the alternative sequence of variant C, a different membrane topology ( 5 transmembrane domains) and a deviating spectrum of functions can be expected.},
  language  = {en}
}
@article{RonchiLeichSbieraetal.2012,
  author    = {Ronchi, Cristina L. and Leich, Ellen and Sbiera, Silviu and Weismann, Dirk and Rosenwald, Andreas and Allolio, Bruno and Fassnacht, Martin},
  title     = {Single Nucleotide Polymorphism Microarray Analysis in Cortisol-Secreting Adrenocortical Adenomas Identifies New Candidate Genes and Pathways},
  series = {Neoplasia},
  volume    = {14},
  journal   = {Neoplasia},
  number    = {3},
  doi       = {10.1593/neo.111758},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-134953},
  pages     = {206},
  year      = {2012},
  abstract  = {The genetic mechanisms underlying adrenocortical tumor development are still largely unknown. We used high-resolution single nucleotide polymorphism microarrays (Affymetrix SNP 6.0) to detect copy number alterations (CNAs) and copy-neutral losses of heterozygosity (cnLOH) in 15 cortisol-secreting adrenocortical adenomas with matched blood samples. We focused on microalterations aiming to discover new candidate genes involved in early tumorigenesis and/or autonomous cortisol secretion. We identified 962 CNAs with a median of 18 CNAs per sample. Half of them involved noncoding regions, 89\% were less than 100 kb, and 28\% were found in at least two samples. The most frequently gained regions were 5p15.33, 6q16.1, 7p22.3-22.2, 8q24.3, 9q34.2-34.3, 11p15.5, 11q11, 12q12, 16q24.3, 20p11.1-20q21.11, and Xq28 (>= 20\% of cases), most of them being identified in the same three adenomas. These regions contained among others genes like NOTCH1, CYP11B2, HRAS, and IGF2. Recurrent losses were less common and smaller than gains, being mostly localized at 1p, 6q, and 11q. Pathway analysis revealed that Notch signaling was the most frequently altered. We identified 46 recurrent CNAs that each affected a single gene (31 gains and 15 losses), including genes involved in steroidogenesis (CYP11B1) or tumorigenesis (CTNNB1, EPHA7, SGK1, STIL, FHIT). Finally, 20 small cnLOH in four cases affecting 15 known genes were found. Our findings provide the first high-resolution genome-wide view of chromosomal changes in cortisol-secreting adenomas and identify novel candidate genes, such as HRAS, EPHA7, and SGK1. Furthermore, they implicate that the Notch1 signaling pathway might be involved in the molecular pathogenesis of adrenocortical tumors.},
  language  = {en}
}
@article{deVreezeCoevordenBoerrigteretal.2011,
  author    = {de Vreeze, Ronald S. A. and Coevorden, Frits van and Boerrigter, Lucie and Nederlof, Petra M. and Haas, Rick L. and Bras, Johannes and Rosenwald, Andreas and Mentzel, Thomas and de Jong, Daphne},
  title     = {Delineation of Chondroid Lipoma: An Immunohistochemical and Molecular Biological Analysis},
  series = {Sarcoma},
  volume    = {2011},
  journal   = {Sarcoma},
  number    = {Article ID 638403},
  doi       = {10.1155/2011/638403},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-135103},
  pages     = {5},
  year      = {2011},
  abstract  = {Aims Chondroid lipoma (CL) is a benign tumor that mimics a variety of soft tissue tumors and is characterized by translocation (11;16). Here, we analyze CL and its histological mimics. Methods CL ( ) was compared to a variety of histological mimics ( ) for morphological aspects and immunohistochemical features including cyclinD1(CCND1). Using FISH analysis, CCND1 and FUS were investigated as potential translocation partners. Results All CLs were strongly positive for CCND1. One of 4 myoepitheliomas, CCND1, was positive. In well-differentiated lipomatous tumors and in chondrosarcomas, CCND1 was frequently expressed, but all myxoid liposarcomas were negative. FISH analysis did not give support for direct involvement of CCND1 and FUS as translocation partners. Conclusions Chondroid lipoma is extremely rare and has several and more prevalent histological mimics. The differential diagnosis of chondroid lipomas can be unraveled using immunohistochemical and molecular support.},
  language  = {en}
}
@article{CarmelaVeglianteRoyoPalomeroetal.2011,
  author    = {Carmela Vegliante, Maria and Royo, Cristina and Palomero, Jara and Salaverria, Itziar and Balint, Balazs and Martin-Guerrero, Idoia and Agirre, Xabier and Lujambio, Amaia and Richter, Julia and Xargay-Torrent, Silvia and Bea, Silvia and Hernandez, Luis and Enjuanes, Anna and Jose Calasanz, Maria and Rosenwald, Andreas and Ott, German and Roman-Gomez, Jose and Prosper, Felipe and Esteller, Manel and Jares, Pedro and Siebert, Reiner and Campo, Elias and Martin-Subero, Jose I. and Amador, Virginia},
  title     = {Epigenetic Activation of SOX11 in Lymphoid Neoplasms by Histone Modifications},
  series = {PLoS ONE},
  volume    = {6},
  journal   = {PLoS ONE},
  number    = {6},
  doi       = {10.1371/journal.pone.0021382},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-135325},
  pages     = {e21382},
  year      = {2011},
  abstract  = {Recent studies have shown aberrant expression of SOX11 in various types of aggressive B-cell neoplasms. To elucidate the molecular mechanisms leading to such deregulation, we performed a comprehensive SOX11 gene expression and epigenetic study in stem cells, normal hematopoietic cells and different lymphoid neoplasms. We observed that SOX11 expression is associated with unmethylated DNA and presence of activating histone marks (H3K9/14Ac and H3K4me3) in embryonic stem cells and some aggressive B-cell neoplasms. In contrast, adult stem cells, normal hematopoietic cells and other lymphoid neoplasms do not express SOX11. Such repression was associated with silencing histone marks H3K9me2 and H3K27me3. The SOX11 promoter of non-malignant cells was consistently unmethylated whereas lymphoid neoplasms with silenced SOX11 tended to acquire DNA hypermethylation. SOX11 silencing in cell lines was reversed by the histone deacetylase inhibitor SAHA but not by the DNA methyltransferase inhibitor AZA. These data indicate that, although DNA hypermethylation of SOX11 is frequent in lymphoid neoplasms, it seems to be functionally inert, as SOX11 is already silenced in the hematopoietic system. In contrast, the pathogenic role of SOX11 is associated with its de novo expression in some aggressive lymphoid malignancies, which is mediated by a shift from inactivating to activating histone modifications.},
  language  = {en}
}
@article{LiuHuNiemannetal.2013,
  author    = {Liu, Dan and Hu, Kai and Niemann, Markus and Herrmann, Sebastian and Cikes, Maja and St{\"o}rk, Stefan and Beer, Meinrad and Gaudron, Philipp Daniel and Morbach, Caroline and Knop, Stefan and Geissinger, Eva and Ertl, Georg and Bijnens, Bart and Weidemann, Frank},
  title     = {Impact of Regional Left Ventricular Function on Outcome for Patients with AL Amyloidosis},
  series = {PLoS ONE},
  volume    = {8},
  journal   = {PLoS ONE},
  number    = {3},
  doi       = {10.1371/journal.pone.0056923},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-130293},
  pages     = {e56923},
  year      = {2013},
  abstract  = {Objectives The aim of this study was to explore the left ventricular (LV) deformation changes and the potential impact of deformation on outcome in patients with proven light-chain (AL) amyloidosis and LV hypertrophy. Background Cardiac involvement in AL amyloidosis patients is associated with poor outcome. Detecting regional cardiac function by advanced non-invasive techniques might be favorable for predicting outcome. Methods LV longitudinal, circumferential and radial peak systolic strains (Ssys) were assessed by speckle tracking imaging (STI) in 44 biopsy-proven systemic AL amyloidosis patients with LV hypertrophy (CA) and in 30 normal controls. Patients were divided into compensated (n = 18) and decompensated (n = 26) group based on clinical assessment and followed-up for a median period of 345 days. Results Ejection fraction (EF) was preserved while longitudinal Ssys (LSsys) was significantly reduced in both compensated and decompensated groups. Survival was significantly reduced in decompensated group (35\% vs. compensated 78\%, P = 0.001). LSsys were similar in apical segments and significantly reduced in basal segments between two patient groups. LSsys at mid-segments were significantly reduced in all LV walls of decompensated group. Patients were further divided into 4 subgroups according to the presence or absence of reduced LSsys in no (normal), only basal (mild), basal and mid (intermediate) and all segments of the septum (severe). This staging revealed continuously worse prognosis in proportion to increasing number of segments with reduced LSsys (mortality: normal 14\%, mild 27\%, intermediate 67\%, and severe 64\%). Mid-septum LSsys<11\% suggested a 4.8-fold mortality risk than mid-septum LSsys≥11\%. Multivariate regression analysis showed NYHA class and mid-septum LSsys were independent predictors for survival. Conclusions Reduced deformation at mid-septum is associated with worse prognosis in systemic amyloidosis patients with LV hypertrophy.},
  language  = {en}
}
@article{KimGrimmigGrimmetal.2013,
  author    = {Kim, Mia and Grimmig, Tanja and Grimm, Martin and Lazariotou, Maria and Meier, Eva and Rosenwald, Andreas and Tsaur, Igor and Blaheta, Roman and Heemann, Uwe and Germer, Christoph-Thomas and Waaga-Gasser, Ana Maria and Gasser, Martin},
  title     = {Expression of Foxp3 in Colorectal Cancer but Not in Treg Cells Correlates with Disease Progression in Patients with Colorectal Cancer},
  series = {PLoS ONE},
  volume    = {8},
  journal   = {PLoS ONE},
  number    = {1},
  doi       = {10.1371/journal.pone.0053630},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-130340},
  pages     = {e53630},
  year      = {2013},
  abstract  = {Background Measles virus (MV) causes T cell suppression by interference with phosphatidylinositol-3-kinase (PI3K) activation. We previously found that this interference affected the activity of splice regulatory proteins and a T cell inhibitory protein isoform was produced from an alternatively spliced pre-mRNA. Hypothesis Differentially regulated and alternatively splice variant transcripts accumulating in response to PI3K abrogation in T cells potentially encode proteins involved in T cell silencing. Methods To test this hypothesis at the cellular level, we performed a Human Exon 1.0 ST Array on RNAs isolated from T cells stimulated only or stimulated after PI3K inhibition. We developed a simple algorithm based on a splicing index to detect genes that undergo alternative splicing (AS) or are differentially regulated (RG) upon T cell suppression. Results Applying our algorithm to the data, 9\% of the genes were assigned as AS, while only 3\% were attributed to RG. Though there are overlaps, AS and RG genes differed with regard to functional regulation, and were found to be enriched in different functional groups. AS genes targeted extracellular matrix (ECM)-receptor interaction and focal adhesion pathways, while RG genes were mainly enriched in cytokine-receptor interaction and Jak-STAT. When combined, AS/RG dependent alterations targeted pathways essential for T cell receptor signaling, cytoskeletal dynamics and cell cycle entry. Conclusions PI3K abrogation interferes with key T cell activation processes through both differential expression and alternative splicing, which together actively contribute to T cell suppression.},
  language  = {en}
}
@article{LeichWeissbachKleinetal.2013,
  author    = {Leich, E. and Weißbach, S. and Klein, H.-U. and Grieb, T. and Pischimarov, J. and St{\"u}hmer, T. and Chatterjee, M. and Steinbrunn, T. and Langer, C. and Eilers, M. and Knop, S. and Einsele, H. and Bargou, R. and Rosenwald, A.},
  title     = {Multiple myeloma is affected by multiple and heterogeneous somatic mutations in adhesion- and receptor tyrosine kinase signaling molecules},
  series = {Blood Cancer Journal},
  volume    = {3},
  journal   = {Blood Cancer Journal},
  number    = {e102},
  doi       = {10.1038/bcj.2012.47},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-128663},
  year      = {2013},
  abstract  = {Multiple myeloma (MM) is a largely incurable plasma cell malignancy with a poorly understood and heterogeneous clinical course. To identify potential, functionally relevant somatic mutations in MM, we performed whole-exome sequencing of five primary MM, corresponding germline DNA and six MM cell lines, and developed a bioinformatics strategy that also integrated published mutational data of 38 MM patients. Our analysis confirms that identical, recurrent mutations of single genes are infrequent in MM, but highlights that mutations cluster in important cellular pathways. Specifically, we show enrichment of mutations in adhesion molecules of MM cells, emphasizing the important role for the interaction of the MM cells with their microenvironment. We describe an increased rate of mutations in receptor tyrosine kinases (RTKs) and associated signaling effectors, for example, in EGFR, ERBB3, KRAS and MAP2K2, pointing to a role of aberrant RTK signaling in the development or progression of MM. The diversity of mutations affecting different nodes of a particular signaling network appears to be an intrinsic feature of individual MM samples, and the elucidation of intra- as well as interindividual redundancy in mutations that affect survival pathways will help to better tailor targeted therapeutic strategies to the specific needs of the MM patient.},
  language  = {en}
}
@article{DmochewitzFoertschZwergeretal.2013,
  author    = {Dmochewitz, Lydia and F{\"o}rtsch, Christina and Zwerger, Christian and Vaeth, Martin and Felder, Edward and Huber-Lang, Markus and Barth, Holger},
  title     = {A Recombinant Fusion Toxin Based on Enzymatic Inactive C3bot1 Selectively Targets Macrophages},
  series = {PLoS ONE},
  volume    = {8},
  journal   = {PLoS ONE},
  number    = {1},
  doi       = {10.1371/journal.pone.0054517},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-131189},
  pages     = {e54517},
  year      = {2013},
  abstract  = {Background: The C3bot1 protein (~23 kDa) from Clostridium botulinum ADP-ribosylates and thereby inactivates Rho. C3bot1 is selectively taken up into the cytosol of monocytes/macrophages but not of other cell types such as epithelial cells or fibroblasts. Most likely, the internalization occurs by a specific endocytotic pathway via acidified endosomes. Methodology/Principal Findings: Here, we tested whether enzymatic inactive C3bot1E174Q serves as a macrophage-selective transport system for delivery of enzymatic active proteins into the cytosol of such cells. Having confirmed that C3bot1E174Q does not induce macrophage activation, we used the actin ADP-ribosylating C2I (~50 kDa) from Clostridium botulinum as a reporter enzyme for C3bot1E174Q-mediated delivery into macrophages. The recombinant C3bot1E174Q-C2I fusion toxin was cloned and expressed as GST-protein in Escherichia coli. Purified C3bot1E174Q-C2I was recognized by antibodies against C2I and C3bot and showed C2I-specific enzyme activity in vitro. When applied to cultured cells C3bot1E174Q-C2I ADP-ribosylated actin in the cytosol of macrophages including J774A.1 and RAW264.7 cell lines as well as primary cultured human macrophages but not of epithelial cells. Together with confocal fluorescence microscopy experiments, the biochemical data indicate the selective uptake of a recombinant C3-fusion toxin into the cytosol of macrophages. Conclusions/Significance: In summary, we demonstrated that C3bot1E174Q can be used as a delivery system for fast, selective and specific transport of enzymes into the cytosol of living macrophages. Therefore, C3-based fusion toxins can represent valuable molecular tools in experimental macrophage pharmacology and cell biology as well as attractive candidates to develop new therapeutic approaches against macrophage-associated diseases.},
  language  = {en}
}
@phdthesis{Stoecklein2007,
  author    = {St{\"o}cklein, Heike},
  title     = {Charakterisierung der Deletionsregion in Chromosom 17p und Identifikation von HIC1 als neues Tumorsuppressorgen in diffusen großzelligen B-Zell Lymphomen},
  isbn      = {xxx},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-25406},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2007},
  abstract  = {Im Rahmen der vorliegenden Arbeit wurde eine detaillierte Analyse des Chromosom 17p-Status in DLBCL durchgef{\"u}hrt, welches das TSG TP53 beinhaltet. Eine monoallelische Deletion dieses Gens fand sich in 16\% der Patienten (28/172), dar{\"u}ber hinaus lag in 3\% (6/172) der Patienten ein Verlust in Chromosom 17p ohne Alteration des TP53-Lokus vor. Zur Untersuchung des zweiten TP53-Allels wurden an allen 28 Patienten mit sowie an 27 Patienten ohne TP53-Deletion Mutationsanalysen durchgef{\"u}hrt. Eine vollst{\"a}ndige Inaktivierung des TP53-Gens durch Deletion und Mutation konnte in 46\% der 17p-deletierten F{\"a}lle (13/28) gezeigt werden. In 54\% der 17p-deletierten DLBCL (15/28) lag lediglich eine monoallelische TP53-Deletion ohne gleichzeitige Mutation des zweiten Allels vor. 26\% der DLBCL mit nicht-deletiertem TP53 (7/27) zeigten eine monoallelische Mutation des TP53-Gens. Diese Ergebnisse deuteten auf weitere TSG in der chromosomalen Region 17p13 hin. Mit der Durchf{\"u}hrung einer detaillierten Deletionsanalyse von Chromosom 17p13.1 bis 17p13.3 wurden folgende Ergebnisse erzielt. In insgesamt 41\% der DLBCL mit nicht-deletiertem TP53-Gen (11/27) konnte eine minimal deletierte Region identifiziert werden, welche die chromosomale Bande 17p13.3 einschließlich des genetischen Lokus des TSG HIC1 betraf. Eine Deletion von TP53 war in allen untersuchten F{\"a}llen mit einem subtotalen Verlust des kurzen Armes von 17p einschließlich der o.g. minimal deletierten Region verbunden. Mehrere Hinweise deuten darauf hin, dass die Inaktivierung von HIC1 eine entscheidende Rolle in der Pathogenese von DLBCL einnimmt. In 55\% der untersuchten DLBCL (30/55) wurde eine Hypermethylierung des HIC1-Promoters nachgewiesen. In 90\% der HIC1-hypermethylierten DLBCL (27/30) lag zudem eine gleichzeitige Deletion des HIC1-Lokus vor, was eine biallelische Inaktivierung des TSG, analog der „two-hit"-Hypothese nach Knudson, nahe legte. Eine vollst{\"a}ndige durch Hypermethylierung und Deletion verursachte HIC1-Inaktivierung konnte auch in sieben F{\"a}llen mit Wildtyp TP53-Status gezeigt werden. Die {\"U}berlebenszeit von Patienten mit einer gleichzeitigen HIC1- und TP53-Inaktivierung war im Vergleich zu Patienten mit alleiniger Inaktivierung von TP53 deutlich verk{\"u}rzt. Es konnte somit gezeigt werden, dass in den untersuchten DLBCL, {\"u}ber die klinisch bedeutsame und prognostisch relevante Inaktivierung von TP53 hinaus, ein weiteres TSG unabh{\"a}ngig von oder in Kombination mit TP53 alteriert ist, und einen Einfluss auf die {\"U}berlebenszeit der Patienten hat.},
  subject      = {xxx},
  language  = {de}
}
@phdthesis{Erk2007,
  author    = {Erk, Steffen},
  title     = {Angeborene Immunit{\"a}t des Menschen : Kreuzreaktionen tumorspezifischer monoklonaler IgM-Antik{\"o}rper},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-25013},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2007},
  abstract  = {Die von CD5-positiven B-Zellen produzierten nat{\"u}rlichen Antik{\"o}rper sind humorale Bestandteile des angeborenen Immunsystems. Sie kommen im K{\"o}rper bereits vor, ohne dass ein Antigen-Kontakt stattgefunden hat und dienen dazu, den Organismus schnell und effektiv vor eindringenden Pathogenen zu sch{\"u}tzen, m{\"o}glichst noch bevor die erworbene Immunabwehr aktiviert werden muss. Zudem werden k{\"o}rpereigene Molek{\"u}le erkannt, die normalerweise gesch{\"u}tzt intrazellul{\"a}r vorliegen und erst bei Zellnekrose freigesetzt und so dem Immunsystem zug{\"a}nglich gemacht werden. Außerdem konnten mit Hilfe der humanen Hybridoma Technologie aus Krebspatienten und gesunden Probanden nat{\"u}rliche Antik{\"o}rper isoliert werden, die transformierte Zellen erkennen und beseitigen. Die nat{\"u}rlichen Antik{\"o}rper sind keimbahncodiert und erh{\"o}hen im Gegensatz zu Antik{\"o}rpern der erworbenen Immunabwehr nicht ihre Variabilit{\"a}t durch Mutationsereignisse und Reifung. In fr{\"u}heren Studien wurde beobachtet, dass nat{\"u}rliche Antik{\"o}rper nicht spezifisch ein Antigen binden, sondern dass bestimmte h{\"a}ufig vorkommende und in der Evolution konservierte Antigen-Muster erkannt werden. Daraus folgerte man, dass nat{\"u}rliche Antik{\"o}rper ihre Antigene „unspezifisch" binden, so dass sich eine Vielzahl von Kreuzreaktionen mit verschiedenen Antigenen ergibt. Derartige Kreuzreaktionen der nat{\"u}rlichen Antik{\"o}rper wurden bereits 1986 beschrieben. Ziel der vorliegenden Arbeit war zu zeigen, dass es innerhalb der nat{\"u}rlichen Antik{\"o}rper verschiedene Pools mit unterschiedlichen Aufgaben gibt und dass nat{\"u}rliche Antik{\"o}rper nicht wahllos beliebige Antigene binden, sondern dass sich ihr Reaktionsmuster aus ihrer Aufgabe innerhalb des menschlichen Immunsystems ergibt. Es wurden anhand des ELISA-Verfahrens Kreuzreaktionen der nat{\"u}rlichen Antik{\"o}rper mit humaner DNA, k{\"o}rpereigenen Zytoskelettproteinen (Actin, Myosin, Keratin, Desmin, Vimentin) und Molek{\"u}len untersucht, die die innate Immunabwehr {\"u}ber Toll-like-Rezeptoren aktivieren k{\"o}nnen (LPS, LTS, PGN, Flagellin, HSP 70, bakterielle DNA, H.pylori-CagA und -VacA). Es konnte gezeigt werden, dass den 17 untersuchten Antik{\"o}rpern CM-1, CM-2, LM-1, M6, NORM-1, NORM-2, NORM-3, NORM-4, PAM-1, PM-1, PM-2, SAM-1, SAM-3, SAM-4, SAM-5, SAM-6, SC-1 haupts{\"a}chlich die Aufgabe zukommt, transformierte Zellen zu beseitigen. Ihre Reaktionsweise ist also nicht „unspezifisch", sondern „oligospezifisch" innerhalb ihres Aufgabenbereichs. Zudem fiel in fr{\"u}heren Studien eine deutliche Korrelation zwischen der Anzahl durchgemachter Mutationen und dem Reaktionsmuster der Antik{\"o}rper mit Tumorzellen auf: keimbahncodierte Antik{\"o}rper ohne Mutationen reagierten immer mit einem breiten Spektrum verschiedener Tumore oder sogar Vorl{\"a}uferl{\"a}sionen, wohingegen das Spektrum der Reaktionen mit steigender Zahl von Mutationen abnahm. Bei den in dieser Arbeit untersuchten Antigen-Antik{\"o}rper-Reaktionen konnte kein eindeutiger Zusammenhang zwischen der Reaktionsweise und dem genetischen Ursprung oder der Anzahl durchgemachter Mutationen hergestellt werden.},
  subject      = {Immunglobulin M},
  language  = {de}
}
@phdthesis{Lohr2007,
  author    = {Lohr, Andreas},
  title     = {Risikostratifikation grosszelliger B-Zell Non-Hodgkin Lymphome anhand immunhistochemischer Parameter},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-23654},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2007},
  abstract  = {Die diffusen großzelligen B-Zell-Lymphome (DLBCL) stellen den h{\"a}ufigsten Typ aller Non-Hodgkin-Lymphome dar, sind aber morphologisch, immunologisch, genetisch und klinisch eine sehr heterogene Gruppe. Aufgrund dieser Heterogenit{\"a}t von DLBCL wurde in mehreren Studien untersucht, ob eine molekulare Heterogenit{\"a}t der Tumoren vorl{\"a}ge, bzw. versucht, eine molekulare Reklassifikation zu erreichen. Resultat dieser Bem{\"u}hungen war eine Unterscheidung bzw. Definition einer Keimzentrums- {\"a}hnlichen (GCB-cell-like) Gruppe und einer aktivierten B-Zellen-{\"a}hnlichen (ABC-like) Gruppe, die sich in ihrem Ansprechen auf {\"u}bliche Therapieschemata, mit einer deutlich besseren Prognose f{\"u}r die GCB-like-Gruppe, unterschieden. Die hierbei angewendete Microarray-Technologie hat den entscheidenden Nachteil, dass hierf{\"u}r qualitativ hochwertige RNA zur Verf{\"u}gung stehen muss. Neu ist der Ansatz, unterschiedliche Proteinexpressionsmuster am Paraffinmaterial zur Unterscheidung prognostisch relevanter Gruppen heranzuziehen. Die hierbei erzielten Daten sind allerdings in Ihren Aussagen hinsichtlich der prognostischen Wertigkeiten widerspr{\"u}chlich. In der vorliegenden Arbeit wurden zun{\"a}chst verschiedene biologische Parameter am Paraffinmaterial hinsichtlich ihrer prognostischen Wertigkeit in der Risikostratifikation von DLBCL untersucht. In einem ersten Schritt wurden klinische Daten von 99 de novo entstandenen großzelligen B-Zell-Lymphomen erhoben, bei denen es sich um 84 DLBCL und um elf DLBCL mit einer weiteren Komponente eines follikul{\"a}ren Lymphoms Grad 3B bzw. auch um vier F{\"a}lle mit ausschließlich follikul{\"a}rem Wachstumsmuster handelte. Die Klassifikation der F{\"a}lle nach dem Internationalen Prognostischen Index (IPI) sowie der einzelnen klinischen Parameter des IPI zeigte eine deutliche prognostische Relevanz. In einem zweiten Schritt wurden immunhistochemische F{\"a}rbungen mit verschiedenen Antik{\"o}rpern durchgef{\"u}hrt und auf ihre prognostische Bedeutung {\"u}berpr{\"u}ft. Als negative prognostische Parameter erwiesen sich die Negativit{\"a}t f{\"u}r CD10 sowie BCL-6, also Antigene, die mit einer Keimzentrumszell-Differenzierung assoziiert werden, sowie eine {\"U}berexpression von MUM-1, das mit einer postfollikul{\"a}ren Differenzierung assoziiert wird. Weiterhin konnte gezeigt werden, dass einer Expression von BCL-2 und einem Ki67-Index von unter 80 \% eine negative prognostische Bedeutung zukommt. Die Stratifikation der F{\"a}lle in einen GCB- und einen ABC- Typ anhand des Hans-Klassifikators zeigte nur eine schwache Korrelation zur {\"U}berlebenswahrscheinlichkeit. In einem dritten Schritt wurde gezeigt, dass die kombinierte Analyse jeweils zweier Parameter eine relative Abh{\"a}ngigkeit ihrer Expression von der Expression weiterer Marker erkennen ließ. Aus diesem Grunde wurde ein Modell einer sequentiellen Addition negativer prognostischer Indikatoren entwickelt, in der bei Anwesenheit einer negativen Variable (CD10-Negativit{\"a}t, BCL-6 < 20\%, BCL-2 positiv, MUM-1\&\#8805; 50\% und Ki67 < 80\%) ein negativer Faktor gewertet und die Summe dieser als Risiko-Score angegeben wurde. Die Stratifikation der Patienten anhand dieses „kombinierten immunhistochemischen Risiko-Scores" zeigte drei prognostisch deutlich unterschiedliche Gruppen: In der Gruppe von Patienten ohne Risikofaktoren verstarb lediglich eine Patientin (die eine Behandlung abgelehnt hatte); in der Hochrisikogruppe (Score 5) verstarben alle Patienten innerhalb eines Jahres. Die multivariate Analyse des Scores ergab dabei eine Unabh{\"a}ngigkeit von den Parametern des IPI. In der intermedi{\"a}ren Gruppe mit einem Risiko-Score von 1-4 zeigten sich der IPI sowie eine LDH-Erh{\"o}hung und das Vorhandensein einer B-Symptomatik als geeignete Parameter, um hier eine weitere Stratifizierung durchzuf{\"u}hren. Die vorliegende Arbeit stellt somit eine Erweiterung der publizierten Ans{\"a}tze einer Erfassung prognostischer Indikatoren in kombinierten Algorithmen dar. Eine Verifizierung der gezeigten Ergebnisse in einer homogen behandelten Patientengruppe innerhalb einer klinischen Studie muss Ziel weiterer Untersuchungen sein.},
  language  = {de}
}
@phdthesis{Kraus2008,
  author    = {Kraus, Alexander},
  title     = {H{\"a}ufige Aberrationen auf Chromosom 18 bei gastralen MALT-Lymphomen},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-32889},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2008},
  abstract  = {Die prim{\"a}ren genetischen Ver{\"a}nderungen gastraler MALT-Lymphome zeigen verschiedene Pathogenesen auf. In 20 bis 30 Prozent der DLBCL kann eine Translokation t(14;18)(q32;q21) nachgewiesen werden, bei der das antiapoptotisch wirkende Bcl-2-Gen transloziert wird. Dies f{\"u}hrt zu einer {\"U}berexpression von Bcl-2. Die Translokation t(11;18)(q21;q21) wurde in bis zu 50 Prozent der MZBZL vom MALT-Typ und wenigen DLBZL nachgewiesen. Dabei werden unterschiedlich lange Teile des MALT1-Gens in BIRC3 (ehemals: Apoptose- Inhibitor- Gen API2) auf 11q21 integriert. Mit den Translokationen scheint man bei einem Teil der gastrointestinalen Lymphome die prim{\"a}re genetische Ver{\"a}nderung entdeckt zu haben. Bei Lymphomen, bei denen die Pathogenese nicht durch Translokationen vorangetrieben wird, k{\"o}nnten die gleichen, von Translokationen betroffen Gene durch Amplifikationen/ Mutationen {\"u}berexprimiert/ aktiviert werden. Im Rahmen dieser Doktorarbeit wurden die Gene MALT1 und Bcl-2 hinsichtlich Amplifikationen der genomischen DNA untersucht. Amplifikationen des Bcl-2-Gens konnten k{\"u}rzlich bei einigen t(14;18)(q32;q21)-negativen DLBCL und follikul{\"a}ren Lymphomen nachgewiesen und auch im Rahmen dieser Doktorarbeit gezeigt werden. Mittels semiquantitativer PCR konnte in vier von 30 untersuchten DLBCL-F{\"a}llen (13,3 Prozent) eine Amplifikation des Bcl-2-Gens nachgewiesen werden. Die Hypothese, dass Bcl-2-Amplifikation mit folgender {\"U}berexpression des Bcl-2-Proteins (neben Bcl-2-Translokation) eine wichtige Rolle in der Pathogenese bei DLBCL spielt, wird mit diesen Ergebnissen gest{\"u}tzt. Zudem zeigten zwei von 14 MZBZL-F{\"a}llen (14,3 Prozent) eine Bcl-2-Amplifikation. Hieraus ergibt sich die Vermutung, dass Bcl-2 auch eine wichtige Rolle bei der Entstehung der MZBZL vom MALT-Typ spielen k{\"o}nnte. Bisher konnten Bcl-2-Gen-Beteiligungen (zum Beispiel t(14;18)(q32;q21)) nicht nachgewiesen werden. Amplifikationen des MALT1-Gens wurden k{\"u}rzlich als m{\"o}gliche prim{\"a}re Ursache f{\"u}r die Entstehung von Lymphomen beschrieben. In vier der 30 untersuchten DLBCL-F{\"a}llen (13,3 Prozent) und einem t(11;18)(q21;q21)-negativem MZBZL-Fall konnten mittels semiquantitativer PCR Amplifikationen von MALT1 detektiert werden. Die Ergebnisse zeigen, dass MALT1 als dominantes Onkogen in der Pathogenese von gastralen MZBZL vom MALT-Typ und prim{\"a}r gastralen DLBCL zu agieren scheint. Es kann sowohl durch Translokationen, wie auch durch genomische Amplifikationen dysreguliert werden.},
  subject      = {Lymphom},
  language  = {de}
}
@phdthesis{Hepping2006,
  author    = {Hepping, Nico},
  title     = {Untersuchungen {\"u}ber den inhibitorischen Effekt des Transkriptionsfaktors C/EBPß auf die Aktivit{\"a}t des Interleukin 2-Promotors},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-21784},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2006},
  abstract  = {Untersuchungen {\"u}ber den inhibitorischen Effekt des Transkriptionsfaktors C/EBPß auf die Aktivit{\"a}t des Interleukin 2-Promotors},
  language  = {de}
}
@phdthesis{Laufer2008,
  author    = {Laufer, Antje},
  title     = {Kombinierte zytogenetische und morphologische Analyse follikul{\"a}rer Non-Hodgkin Lymphome : Eine neue rekurrente chromosomale Aberration bei pr{\"a}dominant diffusen follikul{\"a}ren Lymphomen},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-29701},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2008},
  abstract  = {Das follikul{\"a}re Lymphom ist eines der h{\"a}ufigsten Non-Hodgkin Lymphome und {\"u}berwiegend eine Erkrankung des erwachsenen Menschen. In der WHO-Klassifikation ist es als ein Lymphom von Keimzentrumszellen definiert, das follikul{\"a}r und/oder diffus wachsen kann. Zur Subklassifikation follikul{\"a}rer Lymphome empfiehlt die WHO-Klassifikation eine Unterscheidung der Grade 1, 2 und 3 durch Ausz{\"a}hlen der Zentroblasten pro zehn Gesichtsfelder in starker Vergr{\"o}ßerung. Beim Grad 3A liegen neben Zentroblasten auch Zentrozyten vor. FL Grad 3B bestehen ausschließlich aus Zentroblasten. Hinsichtlich der Zytomorphologie, Immunhistologie und Genetik bestehen deutliche Unterschiede zwischen FL Grad 1, 2 und 3A gegen{\"u}ber FL Grad 3B. In der vorliegenden Arbeit konnte gezeigt werden, dass die weit {\"u}berwiegende Zahl der follikul{\"a}ren Lymphome Grad 1, 2 und 3A ein pr{\"a}dominant follikul{\"a}res Wachstumsmuster aufwies. Ein follikul{\"a}rer und diffuser Wuchstyp lag seltener vor. Noch seltener war ein {\"u}berwiegend bzw. „rein" diffuses Wachstumsmuster. Die mitotische und proliferative Aktivit{\"a}t stieg mit dem Tumorgrad linear an. Hinsichtlich der CD10 Reaktivit{\"a}t, der BCL-2 und p53 Expression sowie des Nachweises einer sekretorischen Differenzierung ergaben sich beim Vergleich der FL Grad 1 bis 3A keine statistisch signifikanten Unterschiede. Die BCL-2 Expression nahm allerdings bei den FL1-3A mit zunehmendem Grad ab. In zytogenetischen Untersuchungen wurden in allen follikul{\"a}ren Lymphomen Grad 1 bis 3A prim{\"a}re bzw. sekund{\"a}re Chromosomenaberrationen gefunden. Unter den rekurrenten chromosomalen Alterationen trat die Translokation t(14;18)(q32;q21) am h{\"a}ufigsten auf und war insbesondere bei follikul{\"a}ren Lymphomen Grad 1 und 2, in etwas geringerem Maße auch bei FL Grad 3A anzutreffen. Diese Translokation scheint also in einem fr{\"u}hen Stadium der B-Zell-Entwicklung aufzutreten und f{\"u}hrt prim{\"a}r zu einem h{\"o}her differenzierten (zentrozytenreichen) Lymphom. Die t(14;18) bedingt zumeist eine {\"U}berexpression des BCL-2 Gens, die sich auch immunhistochemisch nachweisen l{\"a}sst und diagnostische Verwendung findet. Das BCL-2 Protein ist daher von Nutzen f{\"u}r die Unterscheidung neoplastischer von reaktiven Follikeln, nicht aber, um follikul{\"a}re von anderen „low grade" B-Zell Lymphomen zu unterscheiden. Die sekund{\"a}ren Alterationen charakterisieren bestimmte undifferenzierte Stadien mit hohem Blastenanteil und einer hohen mitotischen und proliferativen Aktivit{\"a}t. In zytogenetischen Untersuchungen von {\"u}berwiegend diffus wachsenden FL konnte keine Translokation t(14;18)(q32;q21) nachgewiesen werden. Die identische Morphologie dieser Lymphome und die identischen Ver{\"a}nderungen auch auf genetischer Ebene deuten auf die nahe Verwandtschaft der {\"u}berwiegend diffus wachsenden FL mit den typischen Keimzentrums-lymphomen hin. Es handelt sich jedoch um eine eigenst{\"a}ndige Identit{\"a}t, die differenzierten Keimzentrumslymphome, die wahrscheinlich aufgrund des Fehlens einer t(14;18)(q32;q21) ein prim{\"a}r und ausgepr{\"a}gt diffuses Wachstumsmuster aufweisen.},
  subject      = {Lymphdr{\"u}se},
  language  = {de}
}
@phdthesis{Rasche2008,
  author    = {Rasche, Leo},
  title     = {Tumortherapie mit Cocktails aus humanen monoklonalen Antik{\"o}rpern},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-35809},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2008},
  abstract  = {Humane oder humanisierte monoklonale Antik{\"o}rper haben sich in den letzten zehn Jahren als Arzneimittel etabliert. Sie sind hochspezifisch und zeigen in ihrer Anwendung im Vergleich zu konventionellen Therapeutika viel weniger Nebenwirkungen. In den 80er Jahren gelang es am Pathologischen Institut der Universit{\"a}t W{\"u}rzburg eine Reihe von humanen Antik{\"o}rpern aus Patienten zu isolieren, die hochspezifisch mit malignen Zellen reagieren und diese sowohl in vitro als auch im experimentellen Tiermodel selektiv durch Induktion von Apoptose t{\"o}ten. Um die Wirkungsweise von monoklonalen Antik{\"o}rpern in der Krebstherapie zu erh{\"o}hen, werden die meisten in Kombination mit herk{\"o}mmlichen Methoden, wie Chemotherapie, eingesetzt. Die ideale Therapieform sind hinsichtlich der Nebenwirkungen sog. Cocktails aus verschiedenen monoklonalen Antik{\"o}rpern. Allerdings sind die Studien hierzu noch wenig fortgeschritten. Das Ziel dieser Arbeit war es, in pr{\"a}klinischen Versuchsreihen den Einsatz verschiedener tumorspezifischer humaner monoklonaler Antik{\"o}rper als Cocktail und in Kombination mit Chemotherapie zu evaluieren. Hierzu wurden neun Antik{\"o}rper in 32 verschiedenen Antik{\"o}rperkombinationen hinsichtlich ihrer Auswirkungen auf die in vitro Proliferation einer Pankreaskarzinom-Zellinie untersucht. In Immunfluoreszenz-Aufnahmen ließ sich zeigen, dass kombinierte Antik{\"o}rper an unterschiedlichen Stellen an der Zelle binden, was eindeutig auf verschiedene Zielstrukturen hinweist. Einige werden dabei endozytiert, w{\"a}hrend andere auf der Zellmembran bleiben. Interessanterweise ließen sich Kombinationen identifizieren, deren antiproliferative Wirkung sowohl additiv als auch synergistisch ist, das heißt gr{\"o}ßer als die Summe ihrer Einzelaktivit{\"a}ten. Wurden Antik{\"o}rper mit Zytostatika (5-Flurouracil) kombiniert, so ließen sich ebenfalls synergistische Effekte beobachten. In FACS-Analysen zeigt sich ein gesteigertes Bindungsverhalten der Antik{\"o}rper, wenn die Zellen mit 5-FU vorinkubiert wurden. Zusammenfassend best{\"a}tigen die Ergebnisse dieser Arbeit die Beobachtung, dass die Wirkung humaner monoklonaler Antik{\"o}rper in Kombination mit Chemotherapie erh{\"o}ht werden kann. F{\"u}r die Zukunft humaner Antik{\"o}rper als Therapiemittel gegen maligne Erkrankungen mag allerdings noch wichtiger sein, dass Antik{\"o}per in Cocktails tats{\"a}chlich synergistische Wirkung zeigen k{\"o}nnen.},
  subject      = {Monoklonaler Antik{\"o}rper},
  language  = {de}
}
@article{HornBausingerStaigeretal.2014,
  author    = {Horn, Heike and Bausinger, Julia and Staiger, Annette M. and Sohn, Maximilian and Schmelter, Christopher and Gruber, Kim and Kalla, Claudia and Ott, M. Michaela and Rosenwald, Andreas and Ott, German},
  title     = {Numerical and Structural Genomic Aberrations Are Reliably Detectable in Tissue Microarrays of Formalin-Fixed Paraffin-Embedded Tumor Samples by Fluorescence In-Situ Hybridization},
  series = {PLOS ONE},
  volume    = {9},
  journal   = {PLOS ONE},
  number    = {4},
  issn      = {1932-6203},
  doi       = {10.1371/journal.pone.0095047},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-116706},
  pages     = {e95047},
  year      = {2014},
  abstract  = {Few data are available regarding the reliability of fluorescence in-situ hybridization (FISH), especially for chromosomal deletions, in high-throughput settings using tissue microarrays (TMAs). We performed a comprehensive FISH study for the detection of chromosomal translocations and deletions in formalin-fixed and paraffin-embedded (FFPE) tumor specimens arranged in TMA format. We analyzed 46 B-cell lymphoma (B-NHL) specimens with known karyotypes for translocations of IGH-, BCL2-, BCL6- and MYC-genes. Locus-specific DNA probes were used for the detection of deletions in chromosome bands 6q21 and 9p21 in 62 follicular lymphomas (FL) and six malignant mesothelioma (MM) samples, respectively. To test for aberrant signals generated by truncation of nuclei following sectioning of FFPE tissue samples, cell line dilutions with 9p21-deletions were embedded into paraffin blocks. The overall TMA hybridization efficiency was 94\%. FISH results regarding translocations matched karyotyping data in 93\%. As for chromosomal deletions, sectioning artefacts occurred in 17\% to 25\% of cells, suggesting that the proportion of cells showing deletions should exceed 25\% to be reliably detectable. In conclusion, FISH represents a robust tool for the detection of structural as well as numerical aberrations in FFPE tissue samples in a TMA-based high-throughput setting, when rigorous cut-off values and appropriate controls are maintained, and, of note, was superior to quantitative PCR approaches.},
  language  = {en}
}
@article{SanderdeJongRosenwaldetal.2014,
  author    = {Sander, Brigitta and de Jong, Daphne and Rosenwald, Andreas and Xie, Wanling and Balagu{\´e}, Olga and Calaminici, Maria and Carreras, Joaquim and Gaulard, Philippe and Gribben, John and Hagenbeek, Anton and Kersten, Marie Jos{\´e} and Molina, Thierry Jo and Lee, Abigail and Montes-Moreno, Santiago and Ott, German and Raemaekers, John and Salles, Gilles and Sehn, Laurie and Thorns, Christoph and Wahlin, Bjorn E. and Gascoyne, Randy D. and Weller, Edie},
  title     = {The reliability of immunohistochemical analysis of the tumor microenvironment in follicular lymphoma: a validation study from the Lunenburg Lymphoma Biomarker Consortium},
  series = {Haematologica},
  volume    = {99},
  journal   = {Haematologica},
  number    = {4},
  issn      = {1592-8721},
  doi       = {10.3324/haematol.2013.095257},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-116875},
  pages     = {715-725},
  year      = {2014},
  abstract  = {The cellular microenvironment in follicular lymphoma is of biological and clinical importance. Studies on the clinical significance of non-malignant cell populations have generated conflicting results, which may partly be influenced by poor reproducibility in immunohistochemical marker quantification. In this study, the reproducibility of manual scoring and automated microscopy based on a tissue microarray of 25 follicular lymphomas as compared to flow cytometry is evaluated. The agreement between manual scoring and flow cytometry was moderate for CD3, low for CD4, and moderate to high for CD8, with some laboratories scoring closer to the flow cytometry results. Agreement in manual quantification across the 7 laboratories was low to moderate for CD3, CD4, CD8 and FOXP3 frequencies, moderate for CD21, low for MIB1 and CD68, and high for CD10. Manual scoring of the architectural distribution resulted in moderate agreement for CD3, CD4 and CD8, and low agreement for FOXP3 and CD68. Comparing manual scoring to automated microscopy demonstrated that manual scoring increased the variability in the low and high frequency interval with some laboratories showing a better agreement with automated scores. Manual scoring reliably identified rare architectural patterns of T-cell infiltrates. Automated microscopy analyses for T-cell markers by two different instruments were highly reproducible and provided acceptable agreement with flow cytometry. These validation results provide explanations for the heterogeneous findings on the prognostic value of the microenvironment in follicular lymphoma. We recommend a more objective measurement, such as computer-assisted scoring, in future studies of the prognostic impact of microenvironment in follicular lymphoma patients.},
  language  = {en}
}