@phdthesis{Winkelmann2005,
  author    = {Winkelmann, Julia},
  title     = {Molekulare Charakterisierung Saposin-{\"a}hnlicher Proteine von Entamoeba histolytica SCHAUDINN},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-15927},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2005},
  abstract  = {Saposin-{\"a}hnliche Proteine (SAPLIPs) sind membraninteragierende Proteine, die sich durch die konservierte Position von drei Disulfidbr{\"u}cken, einer typischen alpha-helikalen Proteinfaltung und der F{\"a}higkeit mit Lipiden zu interagieren, auszeichnen. Ihre zellul{\"a}ren Funktionen sind {\"a}ußerst vielf{\"a}ltig. Bis zum Beginn des Genomsequenzierungsprojektes waren die Amoebapores die einzigen bekannten und charakterisierten SAPLIPs von Entamoeba histolytica, dem Erreger der humanen Am{\"o}benruhr. Aufgrund ihrer antimikrobiellen Aktivit{\"a}t stellen sie f{\"u}r diesen parasitischen Einzeller, der sich von phagozytierten Bakterien ern{\"a}hrt, wichtige Effektormolek{\"u}le dar. Sie k{\"o}nnen aber auch cytolytisch auf Wirtszellen wirken und werden deshalb als bedeutender Pathogenit{\"a}tsfaktor angesehen. Die theoretische computergest{\"u}tzte Datenbankanalyse nach Abschluss der Genomsequenzierung ergab, dass es 16 weitere Gene kodierend f{\"u}r SAPLIPs zus{\"a}tzlich zu den drei Amoebapore-Genen gibt. Die Sequenzen der neuen SAPLIPs sind abgesehen von dem Cysteinmotiv divers und auch die Gr{\"o}ße der Proteine ist sehr unterschiedlich (77 - 1009 Aminos{\"a}uren). Alle besitzen sie jedoch eine einzige, C-terminal gelegene SAPLIP Dom{\"a}ne. Außer der SAPLIP-Dom{\"a}ne konnten keine weiteren bekannten funktionellen oder strukturellen Dom{\"a}nen in den relevanten Datenbanken identifiziert werden, die auf m{\"o}gliche Funktionen h{\"a}tten hinweisen k{\"o}nnen. Alle SAPLIP-Gene werden gleichzeitig in axenisch kultivierten Trophozoiten transkribiert wie durch reverse Transkriptions-PCR gezeigt wurde. Die vergleichende transkriptionelle Analyse im Mikroarray ergab, dass nach Kontakt mit menschlichen Kolonzellen keine Hochregulierung dieser Gene mit Ausnahme des Amoebapore A Gens stattfindet. F{\"u}r die parallele Klonierung der verschiedenen SAPLIP-Dom{\"a}nen wurde ein "Expressionsscreening" in E.coli mit dem gr{\"u}n fluoreszierenden Protein als Reporterprotein etabliert, das die erfolgreiche Klonierung und Expression eines Fragments aufgrund der Fluoreszenz der Bakterienkolonie bereits auf der Ebene der Transformation anzeigt. Die rekombinant exprimierte und bis zur Homogenit{\"a}t gereinigte SAPLIP-Dom{\"a}ne von SAPLIP 12 wies Amoebapore-{\"a}hnliche Aktivit{\"a}ten auf. Unter Verwendung von Liposomen konnte porenbildende Aktivit{\"a}t nachgewiesen werden, wobei diese Aktivit{\"a}t stark an einen sauren pH-Wert gebunden ist. Die SAPLIP-Dom{\"a}ne 12 ist aber auch antibakteriell und dieses sogar mit vergleichbarer Selektivit{\"a}t wie Amoebapore A, n{\"a}mlich Zelllyse von gram-positiven B. megaterium war nachweisbar, jedoch nicht von gram-negativen E. coli. Strukturell unterscheiden sich die SAPLIP-Dom{\"a}ne 12 und Amoebapore A bez{\"u}glich der Exposition positiver Ladungsansammlungen auf der Proteinoberfl{\"a}che und des Fehlens des f{\"u}r den Mechanismus der Amoebapores essentiellen Histidinrestes an entsprechender Position in der Sequenz. Dar{\"u}ber hinaus {\"u}bt die SAPLIP-Dom{\"a}ne 12 eine im Vergleich zum Amoebapore A geringere spezifische Aktivit{\"a}t aus. Diese Eigenschaften weisen darauf hin, dass es sich um einen anderen Wirkungsmechanismus handeln k{\"o}nnte. F{\"u}r die SAPLIP-Dom{\"a}ne 12 w{\"a}re eine {\"u}ber die positiven Ladungen der Proteinoberfl{\"a}che vermittelte Interaktion mit den negativ geladenen Phospholipidk{\"o}pfen von Membranen denkbar, die bei Erreichen einer bestimmten Konzentration in einer St{\"o}rung der Lipidordnung und letztendlich in der Aufl{\"o}sung der Membranstruktur resultieren k{\"o}nnte. SAPLIP 3 {\"a}hnelt den Amoebapores in der Gr{\"o}ße und molekularen Architektur und kann somit als funktionelle Einheit angesehen werden, es unterscheidet sich aber durch eine hohe negative Nettoladung von den Amoebapores. Außerdem ist das rekombinante SAPLIP 3 nicht antibakteriell und die Membraninteraktionen dieses SAPLIPs unterscheiden sich grundlegend von denjenigen, die f{\"u}r die Amoebapores beschrieben sind. SAPLIP 3 zerst{\"o}rt nicht einfach die Liposomenstruktur wie von den porenbildenden Amoebapores bekannt, sondern es vermittelt die Fusion von multilamellaren Liposomen unter Freisetzung des Liposomeninhalts. Diese Aktivit{\"a}t ist abh{\"a}ngig von der Anwesenheit anionischer Lipide und von einem sauren pH-Wert. Die F{\"a}higkeit zur Vesikelfusion sowie die Verteilung der negativen Ladungen von SAPLIP 3 auf der Proteinoberfl{\"a}che {\"a}hneln Merkmalen des humanen Saposin C. Neben der Funktion als Cofaktor von Exohydrolasen, die im Sphingolipid Katabolismus involviert sind, wird angenommen, dass die F{\"a}higkeit von Saposin C, Vesikel zu fusionieren, wichtig f{\"u}r die Reorganisation der humanen lysosomalen Kompartimente ist. Die Saposin C-{\"a}hnlichen Charakteristika von SAPLIP 3 geben Grund zu der Annahme, dass es bereits in einem so basalen Organismus wie der Am{\"o}be ein Protein mit Saposin-{\"a}hnlichen membranfusionierenden Aktivit{\"a}ten gibt und dass dieses SAPLIP entsprechende Funktionen w{\"a}hrend endo- und exozytotischer Transportprozesse in der Am{\"o}be {\"u}bernehmen k{\"o}nnte.},
  subject      = {Entamoeba histolytica},
  language  = {de}
}
@article{WintermeyerRdestLudwigetal.1991,
  author    = {Wintermeyer, E. and Rdest, U. and Ludwig, B. and Debes, A. and Hacker, J{\"o}rg},
  title     = {Characterization of legiolysin (lly); responsible for hemolytic activity, colour production and fluorescence of Legionella pneumophila},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-59706},
  year      = {1991},
  abstract  = {No abstract available},
  subject      = {Infektionsbiologie},
  language  = {en}
}
@article{WirbelauerHofHacker1988,
  author    = {Wirbelauer, J. and Hof, H. and Hacker, J{\"o}rg},
  title     = {Die Wirkung von Desacetylcefotaxin, einem Metaboliten von Cefotaxim, in vitro und auf die experimentelle Infektion mit Escherichia coli},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-40348},
  year      = {1988},
  abstract  = {Die MHK-Werte von Desacetylcefotaxim gegen verschiedene, z. T. ampicillinresistente St{\"a}mme von Escherichia coH, die mit Hilfe einer Agardilutionsmethode erhoben wurden, waren h{\"o}her als die von Cefotaxim und Ceftriaxon, jedoch niedriger als die von Cefoxitin. In einem Modell der systemischen Infektion der Maus mit einem plasmidtragenden, betalactamaseproduzierenden Stamm von E. coli f{\"u}hrte die Therapie mit Desacetylcefotaxim zu einer starken Reduktion der Keime pro Leber. Im Vergleich zur Therapie mit Cefotaxim trat die protektive Wirkung aber verlangsamt ein. Desacetylcefotaxim ist also kein unn{\"u}tzes Abbauprodukt von Cefotaxim.},
  language  = {de}
}
@phdthesis{Wu2006,
  author    = {Wu, Rongxue},
  title     = {Integrins and SPARC : potential implications for cardiac remodeling},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-17531},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2006},
  abstract  = {Der enorme Umbau des Herzgewebes, wie man ihn nach Druck{\"u}berlastung des Ventrikels oder MyokardInfarkt beobachten kann, gilt als eine der kausalen Ursachen des Herzversagens. Die Ver{\"a}nderungen in der Architektur des Herzens beeinflussen die mechanischen Eigenschaften des Herzmuskels, begr{\"u}ndet sind sie jedoch in Anpassungsprozessen auf der zellul{\"a}ren Ebene vor allem in einer Modulation der Expression bestimmter Gene. Gemeinsam mit Integrinen, den Transmembran-Rezeptoren, welche die extrazellul{\"a}re Umgebung mit dem intrazellul{\"a}ren Zytoskelett verbinden, geh{\"o}ren Proteine der extrazellul{\"a}ren Matrix (ECM) und matrizellul{\"a}re Proteine zu den Schl{\"u}sselkomponenten, die den Umbauprozess im Herzen steuern. Aus diesen Gr{\"u}nden hatte diese Doktorarbeit zum Ziel, die Rolle der Integrine f{\"u}r die Regulation der Genexpression und die Leistungsf{\"a}higkeit des Herzmuskels w{\"a}hrend der durch Druck{\"u}berlastung oder myokardialen Infarkt (MI) hervorgerufenen Wundheilungsprozesse zu analysieren. Um die Beteiligung von Integrin Beta 1 zu untersuchen, wurde ein experimentelles Modell der Druck{\"u}berlastung im Mausherzen (aortic banding; Konstriktion der Aorta; AB) eingesetzt, wobei M{\"a}use mit einer konditionalen, Herz-spezifischen Deletion des Integrin Beta 1 Gens untersucht wurden. Ein besonderes Augenmerk wurde dabei auf die physiologischen Unterschiede und eine ver{\"a}nderte Genexpression im gestressten Herzen in An- oder Abwesenheit von Integrin Beta 1 gelegt. Interessanterweise wurden die M{\"a}use, welche eine Kombination aus Integrin knock-out Allel und dem Kardiomyozyten-spezifischen konditionalen knock-out Allel von Integrin Beta 1 aufwiesen im normalen Mendelschen Verh{\"a}ltnis geboren und wuchsen normal auf. Obwohl diese Tiere immer noch geringe Mengen von Integrin Beta 1 in ihrem Herzen aufwiesen (exprimiert von nicht-Myozyten), besaßen diese M{\"a}use eine ver{\"a}nderte Herzfunktion und waren sehr sensitiv gegen{\"u}ber AB. Im Gegensatz zu der kompensatorischen hypertrophischen Reaktion, die in Wildtyp M{\"a}usen zu beobachten war, zeigte sich in den Integrin Beta 1-defizienten Mausherzen kein Gewebeumbau. Auch die erh{\"o}hte Expression von verschiedenen ECM Proteinen, insbesondere die verst{\"a}rkte Expression des matrizellul{\"a}ren Proteins SPARC, unterblieb nach AB in den Integrin Beta 1-defizienten Tieren. Interessanterweise konnte auch eine transiente Erh{\"o}hung der SPARC mRNA w{\"a}hrend der Umbauprozesse im Herzen in Folge von myokardialem Infarkt (MI) mittels cDNA Makroarrays festgestellt werden. In der Tat fanden sich gr{\"o}ßere Mengen von SPARC bereits 2 Tage (~2,5-fach erh{\"o}ht), 7 Tage (~4-fach erh{\"o}ht) und 1 Monat (~2-fach erh{\"o}ht) nach MI, w{\"a}hrend ein spezifischer Inhibitor der Integrin alpha v Untereinheit diese Hochregulation von SPARC in vivo verhinderte. Immunfluoreszenz Untersuchungen von Herzgewebe verdeutlichten, dass sich die erh{\"o}hte Expression von SPARC auf das Infarktareal beschr{\"a}nkte, dass die Expression von SPARC nach einer anf{\"a}nglichen Erh{\"o}hung im Verlauf von 1 Monaten wieder auf das Anfangsniveau zur{\"u}ckging und dass die verst{\"a}rkte Expression von der Einwanderung von Fibroblasten in das isch{\"a}mische Herzgewebe begleitet war. In vitro stimulierten die Wachstumsfaktoren TGF-Beta 1 und PDGF-BB die Expression von SPARC durch Fibroblasten. Wie sich an Hand von ELISA und Western Blot Untersuchungen feststellen ließ, war die Inhibition von Integrin Beta v nicht in der Lage, die durch TGF-Beta 1 oder PDGF induzierte Sekretion von SPARC zu beeinflussen. Jedoch zeigte sich, dass Vitronektin, ein Ligand von Integrin alpha v, sowohl die Sekretion von TGF-Beta 1 als auch von PDGF-BB durch Kardiomyozyten induzierte und diese Reaktion wurde durch den Integrin alpha v Inhibitor komplett unterdr{\"u}ckt. In funktioneller Hinsicht wirkte SPARC auf die durch ECM Proteine induzierte Migration von Fibroblasten ein, so dass man davon ausgehen kann, dass die lokale Freisetzung von SPARC nach myokardialem Infarkt zur Wundheilung im Herzen beitr{\"a}gt. Zusammenfassend l{\"a}ßt die Kombination der in vivo und in vitro erhobenen experimentellen Daten den Schluss zu, dass mehrere Integrin Untereinheiten eine entscheidende Rolle w{\"a}hrend der Gewebeumbildung im Herzen spielen. Integrin-abh{\"a}ngige Genexpressionsereignisse wie beispielsweise die erh{\"o}hte Expression von SPARC nach MI sind entscheidend an der Koordination der Wundheilung beteiligt. Diese Prozesse scheinen auf einer komplexen Wechselwirkung und Kommunikation zwischen verschiedenen Zelltypen wie Kardiomyozyten und Fibroblasten zu beruhen, um lokal begrenzt eine Heilung und Vernarbung des verletzten Gewebes zu regulieren. Die Aufkl{\"a}rung des fein abgestimmten Wechselspiels zwischen Integrinen matrizellul{\"a}ren Proteinen wie SPARC und Wachstumsfaktoren wird sicherlich zu einem besseren und klinisch nutzbarem Verst{\"a}ndnis der molekularen Mechanismen des Gewebeumbaus im Herzen beitragen.},
  subject      = {Integrine},
  language  = {en}
}
@article{YuVogelFoerstner2018,
  author    = {Yu, Sung-Huan and Vogel, J{\"o}rg and F{\"o}rstner, Konrad U.},
  title     = {ANNOgesic: a Swiss army knife for the RNA-seq based annotation of bacterial/archaeal genomes},
  series = {GigaScience},
  volume    = {7},
  journal   = {GigaScience},
  doi       = {10.1093/gigascience/giy096},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-178942},
  year      = {2018},
  abstract  = {To understand the gene regulation of an organism of interest, a comprehensive genome annotation is essential. While some features, such as coding sequences, can be computationally predicted with high accuracy based purely on the genomic sequence, others, such as promoter elements or noncoding RNAs, are harder to detect. RNA sequencing (RNA-seq) has proven to be an efficient method to identify these genomic features and to improve genome annotations. However, processing and integrating RNA-seq data in order to generate high-resolution annotations is challenging, time consuming, and requires numerous steps. We have constructed a powerful and modular tool called ANNOgesic that provides the required analyses and simplifies RNA-seq-based bacterial and archaeal genome annotation. It can integrate data from conventional RNA-seq and differential RNA-seq and predicts and annotates numerous features, including small noncoding RNAs, with high precision. The software is available under an open source license (ISCL) at https://pypi.org/project/ANNOgesic/.},
  language  = {en}
}
@article{ZdziarskiBrzuszkiewiczWulltetal.2010,
  author    = {Zdziarski, Jaroslaw and Brzuszkiewicz, Elzbieta and Wullt, Bjorn and Liesegang, Heiko and Biran, Dvora and Voigt, Birgit and Gronberg-Hernandez, Jenny and Ragnarsdottir, Bryndis and Hecker, Michael and Ron, Eliora Z. and Daniel, Rolf and Gottschalk, Gerhard and Hacker, Joerg and Svanborg, Catharina and Dobrindt, Ulrich},
  title     = {Host Imprints on Bacterial Genomes-Rapid, Divergent Evolution in Individual Patients},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-68594},
  year      = {2010},
  abstract  = {Bacteria lose or gain genetic material and through selection, new variants become fixed in the population. Here we provide the first, genome-wide example of a single bacterial strain's evolution in different deliberately colonized patients and the surprising insight that hosts appear to personalize their microflora. By first obtaining the complete genome sequence of the prototype asymptomatic bacteriuria strain E. coli 83972 and then resequencing its descendants after therapeutic bladder colonization of different patients, we identified 34 mutations, which affected metabolic and virulence-related genes. Further transcriptome and proteome analysis proved that these genome changes altered bacterial gene expression resulting in unique adaptation patterns in each patient. Our results provide evidence that, in addition to stochastic events, adaptive bacterial evolution is driven by individual host environments. Ongoing loss of gene function supports the hypothesis that evolution towards commensalism rather than virulence is favored during asymptomatic bladder colonization.},
  subject      = {Proteomanalyse},
  language  = {en}
}
@phdthesis{Zdziarski2008,
  author    = {Zdziarski, Jaroslaw Maciej},
  title     = {Bacterial Genome Plasticity and its Role for Adaptation and Evolution of Asymptomatic Bacteriuria (ABU) Escherichia coli Strains},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-32879},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2008},
  abstract  = {Asymptomatic bacteriuria (ABU) represents the long term bacterial colonization of the urinary tract, frequently caused by Escherichia coli (E. coli), without typical symptoms of a urinary tract infection (UTI). To investigate characteristics of ABU E. coli isolates in more detail, the geno- and phenotypes of eleven ABU isolates have been compared. Moreover, consecutive in vivo re-isolates of the model ABU strain 83972 were characterized with regard to transcriptomic, proteomic and genomic alterations upon long term in vivo persistence in the human bladder. Finally, the effect of the human host on bacterial adaptation/evolution was assessed by comparison of in vitro and in vivo-propagated strain 83972. ABU isolates represent a heterologous group of organisms. The comparative analysis of different ABU isolates elucidated the remarkable genetic and phenotypic flexibility of E. coli isolates. These isolates could be allocated to all four major E. coli phylogenetic lineages as well as to different clonal groups. Accordingly, they differed markedly in genome content, i.e., the genome size as well as the presence of typical UPEC virulence-associated genes. Multi locus sequence typing suggested that certain ABU strains evolved from UPEC variants that are able to cause symptomatic UTI by genome reduction. Consequently, the high E. coli genome plasticity does not allow a generalized view on geno- and phenotypes of individual isolates within a clone. Reductive evolution by point mutations, DNA rearrangements and deletions resulted in inactivation of genes coding for several UPEC virulence factors, thus supporting the idea that a reduced bacterial activation of host mucosal inflammation promotes the ABU lifestyle of these E. coli isolates. Gene regulation and genetic diversity are strategies which enable bacteria to live and survive under continuously changing environmental conditions. To study adaptational changes upon long term growth in the bladder, consecutive re-isolates of model ABU strain 83972 derived from a human colonisation study and from an in vitro long term cultivation experiment were analysed with regard to transcriptional changes and genome rearrangements. In this context, it could be demonstrated that E. coli, when exposed to different host backgrounds, is able to adapt its metabolic networks resulting in an individual bacterial colonisation strategy. Transcriptome and proteome analyses demonstrated distinct metabolic strategies of nutrients acquisition and energy production of tested in vivo re-isolates of strain 83972 that enabled them to colonise their host. Utilisation of D-serine, deoxy- and ribonucleosides, pentose and glucuronate interconversions were main up-regulated pathways providing in vivo re-isolates with extra energy for efficient growth in the urinary bladder. Moreover, this study explored bacterial response networks to host defence mechanisms: The class III alcohol dehydrogenase AdhC, already proven to be involved in nitric oxide detoxification in pathogens like Haemophilus influenzae, was shown for the first time to be employed in defending E. coli against the host response during asymptomatic bacteriuria. Consecutive in vivo and in vitro re-isolates of strain 83972 were also analysed regarding their genome structure. Several changes in the genome structure of consecutive re-isolates derived from the human colonisation study implied the importance of bacterial interactions with the host during bacterial microevolution. In contrast, the genome structure of re-isolates from the in vitro long term cultivation experiment, where strain 83972 has been propagated without host contact, was not affected. This suggests that exposure to the immune response promotes genome plasticity thus being a driving force for the development of the ABU lifestyle and evolution within the urinary tract.},
  subject      = {Escherichia coli},
  language  = {en}
}
@article{ZinglerBlumFalkenhagenetal.1993,
  author    = {Zingler, G. and Blum, G. and Falkenhagen, U. and Orskov, I. and Orskov, F. and Hacker, J{\"o}rg and Ott, M},
  title     = {Clonal differentiation of uropathogenic E. coli isolates of serotype O6:K5 by fimbrial antigen typing and DNA long-range mapping techniques},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-59865},
  year      = {1993},
  abstract  = {Escherichia coli isolates of serotype 06: K5 are the most common causative agents of cystitis and pyelonephritis in adults. To answer the question, as to whether strains of this particular serotype represent one special clonal group, out of a collection of 34 serotype 06: K5 isolates [Zingler et al. ( 1990) Zentralbl. Bakteriol Mikrobiol Hyg [A] 274:372-381] 15 strains were selected andanalyzed in detail. The flagellar (H) antigen and the outer membrane protein (OMP) pattern were determined. Furtherserum resistance properties and the genetic presence and expression of other virulence factors, including hemolysin, aerobactin, P fimbriae, S/F1C fimbriae and type 1 fimbriae was evaluated. In~laddition the Xbalmacrorestriction pattern of ten representative isolates was elaborated and the fimbrial (F) antigentype ofthe P fimbriae was determined, to obtain the complete 0: K: H: F pattern. These analyses could clearly show that the 06: K5 isolates do not represent one clonal group. The Xbal-macrorestriction profiles were heterogeneaus and marked differences in the hybridization patterns, using virulenceassociated gene probes in Southern hybridization of long-range-separated genomic DNA, were observed among the strains. However, some of strains showed similarities in the genomic profiles, arguing for clonal groupings among the 06: K5 isolates. lnterstingly the strains grouped tagether exhibited the same fimbrial F typethat many indicate a coincidence of this phenotypic trait with clonality.},
  subject      = {Infektionsbiologie},
  language  = {en}
}
@article{ZinglerOttBlumetal.1992,
  author    = {Zingler, G. and Ott, M. and Blum, G. and Falkenhagen, U. and Naumann, G. and Sokolowska-K{\"o}hler, W. and Hacker, J{\"o}rg},
  title     = {Clonal analysis of Escherichia coli serotype O6 strains from urinary tract infections},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-59786},
  year      = {1992},
  abstract  = {A total of 36 Escherichia coli urinary tract isolates (UTI) of serotype 06, with different combinations of capsule ( K) and flagellin ( H) antigens, were analysed according to the outer membrane pattern (OMP), serum resistance properties, mannose-resistant hemagglutination using various types of erythrocytes, and also for the genetic presence and the expression of Pfimbriae. S fimbriae/F1 C fimbriae, Type 1 fimbriae, aerobactin and hemolysin. Twenty selected strains were further analysed by pulsed field gel electrophoresis (PFGE), elaborating genomic profilas by Xba I cleavage and subsequent Southern hybridization to virulence-associated DNA probes. lt could be shown that 06 UTI isolates represent a highly heterogeneaus group of strains according to the occurrence and combination of these traits. Relatedness an the genetic and the phenotypic Ievei was found for some of the strains exhibiting the same 0: K: H: F serotype. DNA Iang-range mapping further indicated some interesting features, according to the copy number and the genomic linkage of virulence genes.},
  subject      = {Infektionsbiologie},
  language  = {en}
}
@article{ZukherNovikovaTikhonovetal.2014,
  author    = {Zukher, Inna and Novikova, Maria and Tikhonov, Anton and Nesterchuk, Mikhail V. and Osterman, Ilya A. and Djordjevic, Marko and Sergiev, Petr V. and Sharma, Cynthia M. and Severinov, Konstantin},
  title     = {Ribosome-controlled transcription termination is essential for the production of antibiotic microcin C},
  series = {Nucleic Acids Research},
  volume    = {42},
  journal   = {Nucleic Acids Research},
  number    = {19},
  issn      = {0305-1048},
  doi       = {10.1093/nar/gku880},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-114839},
  pages     = {11891-11902},
  year      = {2014},
  abstract  = {Microcin C (McC) is a peptide-nucleotide antibiotic produced by Escherichia coli cells harboring a plasmid-borne operon mccABCDE. The heptapeptide MccA is converted into McC by adenylation catalyzed by the MccB enzyme. Since MccA is a substrate for MccB, a mechanism that regulates the MccA/MccB ratio likely exists. Here, we show that transcription from a promoter located upstream of mccA directs the synthesis of two transcripts: a short highly abundant transcript containing the mccA ORF and a longer minor transcript containing mccA and downstream ORFs. The short transcript is generated when RNA polymerase terminates transcription at an intrinsic terminator located in the intergenic region between the mccA and mccB genes. The function of this terminator is strongly attenuated by upstream mcc sequences. Attenuation is relieved and transcription termination is induced when ribosome binds to the mccA ORF. Ribosome binding also makes the mccA RNA exceptionally stable. Together, these two effects-ribosome induced transcription termination and stabilization of the message-account for very high abundance of the mccA transcript that is essential for McC production. The general scheme appears to be evolutionary conserved as ribosome-induced transcription termination also occurs in a homologous operon from Helicobacter pylori.},
  language  = {en}
}