3596
1989
eng
article
1
2010-01-25
--
--
Mapping of transcription units on Xenopus laevis lampbrush chromosomes by in situ hybridization with biotin-labeled cDNA probes
A non-radioactive in situ hybridization method is described for the localization of transcription units of defined genes to lateral loops of Xenopus laevis lampbrush chromosomes. Two Xenopus cONA probes were used encoding the nucleolar protein N038/ B23 and cytokeratin 1(8). Both proteins are known to be synthesized in Xenopus oocytes, and Northern blot analysis revealed the presence of the corresponding mRNAs in different oogenic stages. The probes were enzymatically labeled with biotin-dCTP and hybridized to lampbrush chromosomes. The sites of hybridization were detected either by indirect immunofluorescence microscopy using rabbit antibodies against biotin and fluorescein-conjugated antirabbit IgG or enzymatically using peroxidase-conjugated streptavi din. The probe encoding the nucleolar protein hybridized to two sets of lateral loops on different bivalents, the cytokeratin probe to at least four. Our finding that each probe hybridized to more than one chromosomal locus may reflect the tetraploid nature of the Xenopus laevis genome or results from cross-hybridization to other transcriptionally active members of the N038/ B23-nucleoplasmin or the cytokeratin-Iamin gene families. The method described should facilitate further in situ hybridization studies with appropriate genomic clones in order to map specific DNA sequences to defined loop regions and to come to a better understanding of the relationship between loop organization and gene transcription unit.
urn:nbn:de:bvb:20-opus-40763
4076
In: European Journal of Cell Biology (1989) 50, 144 - 153.
Thomas Weber
Erwin Schmidt
Ulrich Scheer
deu
swd
Cytologie
eng
uncontrolled
Lampbrush chromosomes
eng
uncontrolled
in situ hybridization
eng
uncontrolled
transcription units
eng
uncontrolled
Xenopus oocytes
Biowissenschaften; Biologie
open_access
Theodor-Boveri-Institut für Biowissenschaften
Universität Würzburg
https://opus.bibliothek.uni-wuerzburg.de/files/3596/Scheer_Xenopus_lamprush.pdf
131
1999
deu
doctoralthesis
1
2002-08-13
--
1999-12-08
Identifizierung und Charakterisierung von Genen für die Entwicklung der Nieren und des Urogenitalsystems
Identification and characterization of genes involved in development of the kidney and the urogenital system
Das Studium der Nierenentwicklung gibt Einblicke in generelle entwicklungsbiologische Prozesse wie induktive Wechselwirkungen, mesenchymale Kondensation, mesenchymale-epitheliale Umformung, Determinierung von Zellschicksal sowie Differenzierung und damit auch in die Entstehung congenitaler Fehlbildungen. Nach Induktion durch die Ureterknospe entstehen aus dem metanephrogenen Mesenchym die funktionellen Einheiten der Niere - die Nephrone - und das Nierenstroma. Diesen morphogenetischen Prozessen liegen komplexe regulatorische Veränderungen in der Genexpression zugrunde, die bislang nicht im Detail aufgeklärt sind. Ziel dieser Arbeit war deshalb die Identifizierung bekannter und insbesondere neuer Gene, die durch Induktion im metanephrogenen Mesenchym reguliert werden. Mit Hilfe der ddPCR und Transfilter-Organkulturen wurde die Genexpression von induziertem versus nicht-induziertem Mesenchym aus Mäuse-Nierenanlagen untersucht. Einzelne Kandidaten wurden auf differenzielle Expression durch Northern Blot Analyse überprüft und für die weitere Charakterisierung ausgewählt. Als eines der bekannten Gene wurde sFRP2 als im metanephrogenen Mesenchym induziert bestätigt und durch in situ Hybridisierung ganzer Mäuseembryonen und Paraffinschnitte näher untersucht. Es zeigt eine spezifische und dynamische Expression während der Entwicklung der Niere und anderer Gewebe, die mit den Expressionsmustern von sFRP1 und sFRP4 verglichen wurde. Die detailierte Genexpressionsanalyse der sFRP-Familie in der murinen Embryonalentwicklung sollte als Grundlage für funktionelle Studien dieser erst kürzlich entdeckten neuen Genfamilie dienen. Erste Untersuchungen der ddPCR-Produkte C0-5, J6-3 und M2-4 zeigten, daß es sich um neue Gene handelt, die unterschiedliche Expressionsmuster in der Niere zeigen. Während C0-5 dynamisch in Epithelzellen von Ureter und Nephronvorläufern exprimiert ist, markiert J6-3 Stromazellen und M2-4 ist bereits im kondensierenden Mesenchym, später aber auch in den epithelialen Derivaten nachweisbar. Die Isolierung und Analyse der dem C0-5-ddPCR-Fragment entsprechenden cDNA zeigte, daß sie für ein kollagenartiges Protein codiert, welches beim Menschen in der Nähe des EWS-Gens auf Chromosom 22q12 liegt. Darüber hinaus wurde eine neue zu hairy und dem E(spl)-Komplex verwandte Genfamile identifiziert. Aufgrund ihrer Verwandtschaft und einem charakteristischen YRPW-Tetrapeptid wurden sie als Hey-Gene bezeichnet für: "hairy- und E(spl)-verwandt mit YRPW-Motiv". Sie zeigen gegenüber hairy/E(spl) oder den entsprechenden Vertebraten-Homologen der Hes-Genfamilie veränderte DNA- und Protein-Bindungseigenschaften. Darüber hinaus korrelieren ihre Expressionsmuster häufig mit Genen des Delta-Notch-Signaltransduktionsweg, was auf eine Beteiligung der Hey-Gene an Zelldeterminierung und Bildung von Zellgrenzen hinweist. Diese Vermutung konnte durch die Analyse von Dll1-Knockout-Mäusen für die Somitogenese ansatzweise bestätigt werden. Die Kombination von Transfilter-Organkultur mit ddPCR erwies sich als geeignet, um transkriptionell regulierte Gene des metanephrogenen Mesenchyms zu identifizieren. Expressions- und Sequenzanalyse vor allem der neuen Gene deutet auf ihre Beteiligung an der Entwicklung der Niere und anderer Gewebe hin, die nun im Einzelnen untersucht werden muß. Mehr als 50 weitere Kandidaten für neue Gene bilden eine breite Basis zur weiteren Erforschung molekularer Grundlagen der Nierenentwicklung.
Studies on kidney development provide insights into general processes of embryogenesis like inductive interactions, mesenchymal condensation, mesenchymal-epithelial interactions, cell fate determination as well as differentiation and thereby into the basis of congenital malformations. Once induced by the ureteric bud, the metanephrogenic mesenchyme gives rise to the functional units of the kidney - the nephrons - and the renal stroma. These morphogenetic processes rely on complex regulatory changes in gene expression, which to date are not understood in detail. The present thesis aimed to identify known and primarily novel genes regulated within the metanephrogenic mesenchyme upon induction. Gene expression of induced versus uninduced mesenchyme from murine kidney anlagen was compared using ddPCR together with transfilter organ culture. Several candidates were assayed for differential expression by northern blot hybridization and selected for further characterization. As one of the known genes, sFRP2 was verified to be induced within the metanephrogenic mesenchyme. In situ hybridization of whole-mount mouse embryos and paraffin sections revealed specific and dynamic expression patterns for sFRP2 as well as for the related genes sFRP1 and sFRP4 in the developing kidney and other tissues. The detailed sFRP gene expression analysis was performed to guide functional studies for this recently identified novel gene family. Preliminary investigations of the ddPCR products C0-5, J6-3 and M2-4 revealed that they are all derived from novel genes with distinct expression patterns during kidney development. While C0-5 expression dynamically switches from the ureteric bud to the nephron precursors and the collecting system, J6-3 specifies the stromal cell lineage and M2-4 is already detectable in the condensing mesenchyme with subsequent expression in epithelial derivatives. Isolation and analysis of the C0-5 cDNA resulted in the identification of a collagen-like protein in mice and humans that is located upstream of the EWS gene of the human chromosome 22q12. Additionally, a novel gene family related to hairy and the E(spl)-complex genes has been identified. Because of this relationship and a characteristic YRPW tetrapeptide they were designated as Hey genes for "hairy and E(spl) related with YRPW motif". Compared to hairy/E(spl) or the mammalian Hes proteins they show novel features of DNA-binding and protein interaction. Moreover, their expression patterns frequently correlate with those of members of the Delta-Notch signaling pathway suggesting that Hey genes may participate in this pathway in cell fate decisions and boundary formation. Analysis of Dll1 knockout mice partly confirmed this assumption for Hey1 and Hey2 during somitogenesis. This screen has shown that transfilter organ culture in combination with ddPCR is a powerful tool to identify genes regulated within the metanephrogenic mesenchyme upon induction. Expression and sequence analysis of the novel genes implies a function during development of the kidney and other tissues that can now be studied in further detail. The collection of more than 50 additional candidates for novel genes regulated during nephrogenesis provides a rich resource for future analysis of the networks governing kidney development
urn:nbn:de:bvb:20-opus-1690
169
X116801
Cornelia Leimeister
deu
swd
Niere
deu
swd
Entwicklung
deu
swd
Molekulargenetik
deu
uncontrolled
Niere
deu
uncontrolled
Urogenitalsystem
deu
uncontrolled
Differential Display PCR
deu
uncontrolled
Entwicklung
deu
uncontrolled
In situ Hybridisierung
deu
uncontrolled
Somitogenese
deu
uncontrolled
Neurogenese
deu
uncontrolled
Mesenchym
deu
uncontrolled
Maus
deu
uncontrolled
Delta
eng
uncontrolled
kidney
eng
uncontrolled
urogenital system
eng
uncontrolled
differential display PCR
eng
uncontrolled
development
eng
uncontrolled
in situ hybridization
eng
uncontrolled
somitogenesis
eng
uncontrolled
neurogenesis
eng
uncontrolled
mesenchyme
eng
uncontrolled
mouse
Biowissenschaften; Biologie
open_access
Theodor-Boveri-Institut für Biowissenschaften
Universität Würzburg
Universität Würzburg
https://opus.bibliothek.uni-wuerzburg.de/files/131/abkuerzungen.pdf
https://opus.bibliothek.uni-wuerzburg.de/files/131/diskussion.pdf
https://opus.bibliothek.uni-wuerzburg.de/files/131/einleitung.pdf
https://opus.bibliothek.uni-wuerzburg.de/files/131/ergebnisse.pdf
https://opus.bibliothek.uni-wuerzburg.de/files/131/inhaltsverz_titel.pdf
https://opus.bibliothek.uni-wuerzburg.de/files/131/literatur.pdf
https://opus.bibliothek.uni-wuerzburg.de/files/131/material.pdf
https://opus.bibliothek.uni-wuerzburg.de/files/131/methoden.pdf
https://opus.bibliothek.uni-wuerzburg.de/files/131/summary.pdf
https://opus.bibliothek.uni-wuerzburg.de/files/131/zusammenfassung.pdf