TY  - JOUR
A1  - Sauer, Markus
A1  - Juranek, Stefan A.
A1  - Marks, James
A1  - De Magis, Alessio
A1  - Kazemier, Hinke G
A1  - Hilbig, Daniel
A1  - Benhalevy, Daniel
A1  - Wang, Xiantao
A1  - Hafner, Markus
A1  - Paeschke, Katrin
T1  - DHX36 prevents the accumulation of translationally inactive mRNAs with G4-structures in untranslated regions
JF  - Nature Communications
N2  - Translation efficiency can be affected by mRNA stability and secondary structures, including G-quadruplex structures (G4s). The highly conserved DEAH-box helicase DHX36/RHAU resolves G4s on DNA and RNA in vitro, however a systems-wide analysis of DHX36 targets and function is lacking. We map globally DHX36 binding to RNA in human cell lines and find it preferentially interacting with G-rich and G4-forming sequences on more than 4500 mRNAs. While DHX36 knockout (KO) results in a significant increase in target mRNA abundance, ribosome occupancy and protein output from these targets decrease, suggesting that they were rendered translationally incompetent. Considering that DHX36 targets, harboring G4s, preferentially localize in stress granules, and that DHX36 KO results in increased SG formation and protein kinase R (PKR/EIF2AK2) phosphorylation, we speculate that DHX36 is involved in resolution of rG4 induced cellular stress.
KW  - RNA metabolism
KW  - Translation
Y1  - 2019
U6  - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-227486
VL  - 10
IS  - 2421
ER  - 
TY  - THES
A1  - Handoko, Lusy Lusiana
T1  - Functional Characterization of IGHMBP2, the Disease Gene Product of Spinal Muscular Atrophy with Respiratory Distress Type 1 (SMARD1)
T1  - Funktionelle Charakterisierung vom IGHMBP2, des Krankheitgenproduktes der Spinalen Muskelatrophie mit Atemnot Typ 1
N2  - Spinale Muskelatrophie mit Atemnot Type 1 (SMARD1) ist eine autosomal rezessive, neurodegenerative Erkrankung, die sich häufig schon im Säuglings- und Kleinkindalter manifestiert. Pathologisches Merkmal von SMARD1 ist eine frühe und akut einsetzende Atemnot und eine progrediente, zunächst distal betonte Muskelschwäche, die durch eine Lähmung des Zwerchfells und der Skelettmuskulatur aufgrund des Absterbens der motorischen Vordernhornzellen des Rückenmarks eintritt. SMARD1 ist eine monogene Krankheit, die durch Mutationen im Gen für das Immunoglobulin µ-bindende Protein 2“ (IGHMBP2) hervorgerufen wird. Obwohl Mutationen in IGHMBP2 ausschließlich die Degeneration von Motoneuronen auslösen, ist das Gen bei Menschen und Mäusen ubiquitär exprimiert. Deshalb scheint SMARD1 durch den Defekt eines „Haushaltsproteins“ statt eines Neuron-spezifischen Faktors verursacht zu werden. IGHMBP2 verfügt über eine N-terminale DEXDc-Helicase/ATPase-Domäne und gehört zur Superfamily 1 Helicase. Bislang war lediglich bekannt, dass das Protein in verschiedenen zellulären Aktivitäten wie DNA Replikation, Transkription und prä-mRNA Splicing zugewiesen wurde. Die präzise Funktion von IGHMBP2 in den obengenannten Prozessen, und damit auch die molekulare Ursache von SMARD1 sind jedoch noch völlig unklar. Das Ziel der vorliegenden Arbeit war es daher, das IGHMBP2 Protein sowohl enzymatisch zu charakterisieren als auch den Prozess zu identifizieren, in dem dieses Protein in vivo agiert. Mit diesem Wissen sollten dann pathogene Mutanten von IGHMBP2 auf Defekte hin untersucht werden. Ein Schlüssel für diese Arbeit war die Gewinnung von rekombinantem, biologisch aktivem IGHMBP2 durch eine zweistufige Aufreinigungsstrategie. Dieses hochreine Enzym zeigte eine ATP-abhängige Helikaseaktivität, die sowohl doppelsträngige DNA als auch RNA mit einer 5’→3’ Direktionalität entwindet. Interessanterweise zeigte sich, dass dieses Enzym -im Gegensatz zu früheren Befunden- nahezu ausschließlich im Zytoplasma von Zellen lokalisiert ist. Darüber hinaus wiesen die Affinitätsaufreinigungsexperimente und Grossenfraktionierungsuntersuchungen daraufhin, dass IGHMBP2 ein Bestandteil des RNase-empfindlichen Komplexes ist, der als Ribosomen identifiziert wurde. IGHMBP2 interagiert primär mit 80S Monosomen, wobei das Protein mit beiden Untereinheiten in Kontakt steht. Hingegen ist IGHMBP2 an Polysomen nur in geringen Mengen zu finden. Diese Befunde deuten stark auf eine Rolle von IGHMBP2 bei der mRNA Verarbeitung am Ribosom hin, wobei noch unklar ist, ob es sich um translationsrelevante Prozesse handelt oder die mRNA-Stabilität beeinflusst. Die biochemische und enzymatische Charakterisierung von IGHMBP2 erlaubte erstmals Einblicke in den Pathomechanismus von SMARD1. In den folgenden Untersuchungen wurden die enzymatischen Aktivitäten der SMARD1-erregenden Ighmbp2 Mutante und ihre Assoziation mit ribosomalen Untereinheiten nachgeforscht. Interessanterweise konnten pathogene Missense-Mutanten von IGHMBP2 noch genauso gut wie das Wildtyp-Protein mit ribosomalen Untereinheiten wechselwirken. Jedoch inhibierten alle bisher getesteten Mutanten die RNA Helikaseaktivität, allerdings über unterschiedliche Mechanismen. Diese Daten weisen darauf hin, dass ein Defekt in den enzymatischen Aktivitäten des IGHMBP2 direkt mit der Pathogenese der SMARD1 korreliert. Des Weiteren lassen die im Rahmen dieser Arbeit erhaltenen Ergebnisse vermuten, dass SMARD1 durch Defekte in der zellularen Translationsmaschinerie entsteht.
N2  - Spinal muscular atrophy with respiratory distress type 1 (SMARD1) is an autosomal recessive neuronal disorder in infants. The disease is marked by early onset of respiratory distress and predominantly distal muscle weakness, as consequences of diaphragmatic paralysis and progressive degeneration of  motor neurons in the spinal cord, respectively. Genetically, SMARD1 is caused by mutations in the single gene encoding Immunoglobulin µ-Binding Protein 2 (IGHMBP2). Despite the tissue specific degeneration observed in SMARD1 patients, the disease gene product IGHMBP2 is ubiquitously expressed in human and mouse tissues. Therefore, SMARD1 appears to be a motor neuron disease caused by the malfunction of a “housekeeping” protein, rather than a neuron specific factor. IGHMBP2 harbors an N-terminal DEXDc-type helicase/ATPase domain and has been classified as a member of the Superfamily 1 (SF1) of helicases. This protein has been assigned to various cellular activities such as DNA replication, pre-mRNA splicing and transcription. However its precise function in either process has remained elusive. The study presented here aimed at the enzymatic characterization of IGHMBP2, the identification of a specific cellular process to which IGHMBP2 is connected and the role of this factor in the pathophysiology of SMARD1. As a first step toward this end, a two-step purification strategy was established, which enabled the large-scale purification of properly folded and enzymatically active IGHMBP2. In vitro enzymatic studies using this recombinant protein defined IGHMBP2 as an ATP-dependent helicase that catalyzes unwinding of duplices composed of either DNA or RNA in a 5’→3’ direction. In contrast to previous reports, indirect immunofluorescence studies revealed a predominantly cytoplasmic localization of IGHMBP2. Size-fractionation studies and affinity-purification experiments further showed that IGHMBP2 is part of an RNase-sensitive macromolecular complex, which was identified as the ribosome. Interestingly, IGHMBP2 was abundantly detected in both subunits as well as to 80S ribosomes but only in small amounts in actively translating polysomes. These data strongly point to a role of IGHMBP2 in ribosomes-associated gene regulation control, such as in mRNA stabilization or mRNA translation. However, its precise function in those pathways remains to be identified. The biochemical and enzymatic characterization of IGHMBP2 allowed for the first time insights into the pathomechanism of SMARD1. SMARD1-causing pathogenic IGHMBP2 variants were investigated for their enzymatic activities and interaction with ribosomal subunits. Interestingly, among all missense mutations that have been tested thus far, none obstructs association with ribosomal subunits. However, these mutants exhibit specific defects in either the ATPase or RNA helicase activity or both. The data suggest that defects in the enzymatic activity of IGHMBP2 directly correlate with the pathogenesis of SMARD1. Furthermore, these data also raise the possibility that the disease SMARD1 is caused by alterations in the cellular translation machinery.
KW  - IGHMBP2
KW  - SMARD1
KW  - DSMA1
KW  - Translation
KW  - RNA Helikase
KW  - IGHMBP2
KW  - SMARD1
KW  - DSMA1
KW  - Translation
KW  - RNA Helicase
Y1  - 2007
U6  - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-24984
ER  -