TY - JOUR A1 - Ampattu, Biju Joseph A1 - Hagmann, Laura A1 - Liang, Chunguang A1 - Dittrich, Marcus A1 - Schlüter, Andreas A1 - Blom, Jochen A1 - Krol, Elizaveta A1 - Goesmann, Alexander A1 - Becker, Anke A1 - Dandekar, Thomas A1 - Müller, Tobias A1 - Schoen, Christoph T1 - Transcriptomic buffering of cryptic genetic variation contributes to meningococcal virulence JF - BMC Genomics N2 - Background: Commensal bacteria like Neisseria meningitidis sometimes cause serious disease. However, genomic comparison of hyperinvasive and apathogenic lineages did not reveal unambiguous hints towards indispensable virulence factors. Here, in a systems biological approach we compared gene expression of the invasive strain MC58 and the carriage strain α522 under different ex vivo conditions mimicking commensal and virulence compartments to assess the strain-specific impact of gene regulation on meningococcal virulence. Results: Despite indistinguishable ex vivo phenotypes, both strains differed in the expression of over 500 genes under infection mimicking conditions. These differences comprised in particular metabolic and information processing genes as well as genes known to be involved in host-damage such as the nitrite reductase and numerous LOS biosynthesis genes. A model based analysis of the transcriptomic differences in human blood suggested ensuing metabolic flux differences in energy, glutamine and cysteine metabolic pathways along with differences in the activation of the stringent response in both strains. In support of the computational findings, experimental analyses revealed differences in cysteine and glutamine auxotrophy in both strains as well as a strain and condition dependent essentiality of the (p)ppGpp synthetase gene relA and of a short non-coding AT-rich repeat element in its promoter region. Conclusions: Our data suggest that meningococcal virulence is linked to transcriptional buffering of cryptic genetic variation in metabolic genes including global stress responses. They further highlight the role of regulatory elements for bacterial virulence and the limitations of model strain approaches when studying such genetically diverse species as N. meningitidis. KW - neisseria meningitidis KW - MITE KW - virulenceregulatory evolution KW - systems biology KW - metabolism KW - cryptic KW - genetic variation KW - stringent response KW - relA Y1 - 2017 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-157534 VL - 18 IS - 282 ER - TY - JOUR A1 - Bensaad, Karim A1 - Favaro, Elena A1 - Lewis, Caroline A. A1 - Peck, Barrie A1 - Lord, Simon A1 - Collins, Jennifer M. A1 - Pinnick, Katherine E. A1 - Wigfield, Simon A1 - Buffa, Francesca M. A1 - Li, Ji-Liang A1 - Zhang, Qifeng A1 - Wakelam, Michael J. O. A1 - Karpe, Fredrik A1 - Schulze, Almut A1 - Harris, Adrian L. T1 - Fatty Acid Uptake and Lipid Storage Induced by HIF-1 alpha Contribute to Cell Growth and Survival after Hypoxia-Reoxygenation JF - Cell Reports N2 - An in vivo model of antiangiogenic therapy allowed us to identify genes upregulated by bevacizumab treatment, including Fatty Acid Binding Protein 3 (FABP3) and FABP7, both of which are involved in fatty acid uptake. In vitro, both were induced by hypoxia in a hypoxia-inducible factor-1 alpha (HIF-1 alpha)-dependent manner. There was a significant lipid droplet (LD) accumulation in hypoxia that was time and O-2 concentration dependent. Knockdown of endogenous expression of FABP3, FABP7, or Adipophilin (an essential LD structural component) significantly impaired LD formation under hypoxia. We showed that LD accumulation is due to FABP3/7-dependent fatty acid uptake while de novo fatty acid synthesis is repressed in hypoxia. We also showed that ATP production occurs via beta-oxidation or glycogen degradation in a cell-type-dependent manner in hypoxia-reoxygenation. Finally, inhibition of lipid storage reduced protection against reactive oxygen species toxicity, decreased the survival of cells subjected to hypoxia-reoxygenation in vitro, and strongly impaired tumorigenesis in vivo. KW - inducible factor-I KW - binding protein KW - triglyceride accumulation KW - cancer cell KW - complex-III KW - beta-oxidation KW - metabolism KW - lipogenesis KW - proliferation KW - resistance Y1 - 2014 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-115162 SN - 2211-1247 VL - 9 IS - 1 ER - TY - THES A1 - Brühlmann, David T1 - Tailoring Recombinant Protein Quality by Rational Media Design T1 - Der Einfluss von Zellkulturmedien auf Qualitätsattribute von rekombinanten Proteinen N2 - Nowadays, more than half of the biotherapeutics are produced in mammalian cell lines as a result of correct protein folding and assembly as well as their faculty to bring about a variety of post-translational modifications. The widespread progression of biosimilars has moved the focus in mammalian cell-culture process development. Thereby, the modulation of quality attributes of recombinant therapeutic proteins has increasingly gained importance from early process development stages. Protein quality directly shapes the clinical efficacy and safety in vivo, and therefore, the control of the complex post-translational modifications, such as glycosylation (e.g. high mannose, fucosylation, galactosylation and sialylation), charge variants, aggregates and low-molecular-weight species formation, is pivotal for efficient receptor binding and for triggering the desired immune responses in patients. In the frame of biosimilar development, product quality modulation methods using the potential of the host cell line are particularly sought after to match the quality profile of the targeted reference medicinal product (RMP) as closely as possible. The environment the cell is dwelling in directly influences its metabolism and the resulting quality profile of the expressed protein. Thereby the cell culture medium plays a central role in upstream manufacturing. In this work, concentration adjustment of selected media components and supplementation with a variety of compounds was performed to alter various metabolic pathways, enzyme activities and in some cases the gene expression levels of Chinese Hamster Ovary (CHO) cells in culture. The supplementation of cell culture medium with the trisaccharide raffinose in fed-batch cultures entailed an increase of the abundance of high mannose glycans in two different CHO cell lines. Raffinose especially favored mannose 5 glycans. At the same time, it impaired cell culture performance, induced changes on the intracellular nucleotide levels and even varied the expression levels of glycosylation-related genes. Supplementation with a number of galactosyltransferase inhibiting compounds, in particular fluorinated galactose analogs (alpha- and beta-2F-peracetyl-galactose), consistently decreased the production of galactosylated monoclonal antibodies (mAb). By means of targeted addition during the culture rather than at the beginning, the inhibition was further increased, while limiting detrimental effects on both growth and productivity. High-throughput screening in 96-deepwell plates showed that spermine and L-ornithine also reduced the level of galactosylation. On the other hand, exploratory screening of a variety of potentially disulfide-bridge-reducing agents highlighted that the inherent low-molecular-species level of the proprietary platform cell culture process was likely due to favored reduction. This hypothesis was reinforced by the observation that supplementation of cysteine and N-acetylcysteine promoted fragmentation. Additionally, fragmentation decreased with higher protein expression. At that point, aiming to improve the efficiency in process development, a rational experimental design method was developed to identify and to define the optimal concentration range of quality modulating compounds by calling on a combination of high throughput fed-batch testing and multivariate data analysis. Seventeen medium supplements were tested in five parallel 96-deepwell plate experiments. The selection process of promising modulators for the follow-up experiment in shake tubes consisted in a three-step procedure, including principal component analysis, quantitative evaluation of their performance with respect to the specifications for biosimilarity and selection following a hierarchical order of decisions using a decision tree. The method resulted in a substantial improvement of the targeted glycosylation profile in only two experimental rounds. Subsequent development stages, namely validation and transfer to industrial-scale facilities require tight control of product quality. Accordingly, further mechanistic understanding of the underlying processes was acquired by non-targeted metabolomic profiling of a CHO cell line expressing a mAb cultured in four distinct process formats. Univariate analysis of intra- and extracellular metabolite and temporal glycosylation profiles provided insights in various pathways. The numerous of parameters were the main driver to carry out principal component analysis, and then, using the methodology of partial-least-square (PLS) projection on latent structures, a multivariate model was built to correlate the extracellular data with the distinct glycosylation profiles. The PLS observation model proved to be reliable and showed its great benefit for glycan pattern control in routine manufacturing, especially at large scale. Rather than relying on post-production interpretation of glycosylation results, glycosylation can be predicted in real-time based on the extracellular metabolite levels in the bioreactor. Finally, for the bioactivity assessment of the glycan differences between the biosimilar and the reference medicinal product (RMP), the health agencies may ask for in the drug registration process, extended ranges of glycan variants need to be generated so that the in vitro assays pick up the changes. The developed glycosylation modulator library enabled the generation of extreme glycosylation variants, including high mannose, afucosylated, galactosylated as well as sialic acid species of both a mAb and an antibody fusion molecule with three N-glycosylation sites. Moreover, to create increased variety, enzymatic glycoengineering was explored for galactosylation and sialylation. The glyco variants induced significant responses in the respective in vitro biological activity assays. The data of this work highlight the immense potential of cell culture medium optimization to adjust product quality. Medium and feed supplementation of a variety of compounds resulted in reproducible and important changes of the product quality profile of both mAbs and a fusion antibody. In addition to the intermediate modulation ranges that largely met the requirements for new-biological-entity and biosimilar development, medium supplementation even enabled quick and straightforward generation of extreme glycan variants suitable for biological activity testing. N2 - Mehr als die Hälfte der Biotherapeutika werden heutzutage aufgrund korrekter Proteinfaltung und korrektem Zusammenbau in tierischen Zelllinien hergestellt, welche zudem die Fähigkeit besitzen, verschiedene posttranslationale Modifikationen zu bewerkstelligen, hergestellt. Der ausgeprägte Aufschwung von Biosimilars hat den Entwicklungsschwerpunkt von Zellkulturverfahren verlagert. Dabei hat die Modulierung der Qualitätsattribute von rekombinanten Proteinen bereits in frühen Entwicklungsstadien eine wichtige Bedeutung erlangt. Die Qualitätsattribute beeinflussen die klinische Wirksamkeit und die In-Vivo-Sicherheit direkt. Somit ist die Regulierung der posttranslationalen Modifikationen, einschließlich der Glykosylierung (mannosereiche, fukosylierte, galaktosylierte und sialylierte Glykane), der Ladungsvarianten, sowie die Bildung von Aggregaten und niedermolekularen Spezien, für effiziente Rezeptorbindung und das Auslösen der gewünschten Immunantwort in Patienten entscheidend. Im Rahmen der Biosimilarentwicklung werden Methoden zur Anpassung der Produktqualität innerhalb des Potentials der Wirtszelle gesucht, um sie möglichst genau dem Referenzarzneimittel anzugleichen. Die Umgebung, in der die Zelle verweilt, beeinflusst ihren Metabolismus und das resultierende Produktqualitätsprofil. Dabei spielen Medien eine zentrale Rolle in der Zellkultur. Im Rahmen dieser Doktorarbeit wurden durch Adjustierung von ausgewählten Medienbestandteilen und Ergänzung mit einer Vielfalt von Stoffen diverse Stoffwechselwege, Enzymaktivitäten und in einigen Fällen das Genexpressionsniveau von kultivierten Chinesischen Hamster-Ovarialzellen (CHO) verändert. Die Ergänzung von Zellkulturmedium mit Raffinose, ein Trisaccharid, führte zu einer Erhöhung des mannosereichen Glykosylierungsmusters in zwei unterschiedlichen CHO-Zelllinien. Raffinose begünstigte hauptsächlich Mannose-5-Spezien. Gleichzeitig wurde die Zellkulturleistung beeinträchtigt und zudem intrazelluläre Nukleotidkonzentrationen sowie das Expressionsniveau von Glykosylierungsgenen verändert. Ergänzung mit mehreren Inhibitoren der Galaktosyltransferase, insbesondere fluorierte Galaktosenachbildungen (Alpha- und Beta-2F-Peracetyl-Galaktose), verringerte stetig die Produktion von galaktosylierten monoklonalen Antikörpern (mAb). Durch gezielte Zugabe im Verlauf der Kultur, statt bereits am Anfang, wurde die Inhibition weiter erhöht, und dabei die Einwirkung auf das Zellwachstum und die Produktivität beschränkt. Ein Hochdurchsatz-Screening in 96-Deep-Well-Platten zeigte, dass Spermin und L-Ornithin auch das Ausmaß der Galaktosylierung reduzierte. Andererseits zeigten erste Nachforschungen anhand eines Screenings einer Auswahl von potenziellen Disulfidbrücken-Reduktionsmittel, dass wahrscheinlich begünstigte Reduktion das inhärente Niedermolekular-Speziesniveau des firmeneigenen Zellkulturplattformverfahrens verursacht. Die Hypothese wurde durch die Beigabe von Cystein und N-Acetylcystein bekräftigt. Diese Stoffe begünstigten die Fragmentierung, wohingegen sie bei höherer Proteinexpression abnahm. Mit dem Ziel die Entwicklungseffizienz zu steigern, wurde daraufhin zur Identifikation von qualitätsverändernden Stoffen und Bestimmung der optimalen Konzentrationsbereichen eine rationale Versuchsanordnungsmethode entwickelt. Dazu wurde eine Kombination von Hochdurchsatz-Fed-Batch-Tests und multivariater Datenanalyse herbeigezogen. Siebzehn Mediumergänzungsstoffe wurden in fünf parallelen 96-Deep-Well-Platten-Experimenten getestet. Das Auswahlverfahren von erfolgsversprechenden Modulatoren fürs Nachfolgeexperiment in Schüttelröhrchen umfasste drei Schritte: Hauptkomponentenanalyse, quantitative Evaluierung der Leistung der Modulatoren hinsichtlich der Biosimilaritätsspezifikationen und die Auswahl in Anlehnung an eine hierarchische Entscheidungsreihenfolge mit Hilfe eines Entscheidungsbaums. Die Methode führte in nur zwei Versuchsreihen zu einer erheblichen Annäherung an das gewünschte Glykosylierungsprofil. Anschließende Entwicklungsschritte (Validierung und Transfer in die großtechnische Anlage) erforden eine rigorose Kontrolle der Produktqualität. Demzufolge konnte dank der Non-Targeted Metabolomics Analyse von vier verschiedenen Herstellungsverfahren einer mAb exprimierenden CHO-Zelllinie weitere mechanistische Kenntnisse der zugrunde liegenden Vorgängen gewonnen werden. Univariate Analysen der intra- und extrazellulären Stoffwechselprodukte und die zeitliche Glykosylierungsprofile lieferten einen Einblick in verschiedene Stoffwechselwege. Die Vielzahl von Parametern führte dazu, nach dem Prinzip der Hauptkomponentenanalyse vorzugehen, und dann anhand der Partial Least Squares (PLS)-Projektion auf latente Strukturen ein multivariates Modell zu erstellen, das die extrazellulären Daten mit den individuellen Glykosylierungsprofilen korreliert. Das PLS Beobachtungsmodell stellte sich als verlässlich heraus und zeigte seinen außerordentlichen Nutzen zur Regulierung der Glykanen in der Routineherstellung, insbesondere in der Großanlage. Anstatt sich auf Glykosylierungsresultate nach dem Ende der Produktion zu verlassen, kann die Glykosylierung, basierend auf den Niveaus der extrazellulären Stoffwechselprodukte im Bioreaktor, in Echtzeit vorausgesagt werden. Schließlich können im Rahmen des Arzneigenehmigungsverfahrens Gesundheitsbehörden verlangen, die Glykanunterschiede zwischen dem Biosimilar und dem Referenzarzneimittel zu untersuchen. Damit der biologische Test die Unterschiede nachweisen kann, muss eine erweiterte Palette von Glykanvarianten hergestellt werden. Die entwickelte Glykosylierungsmodulierungsbibliothek ermöglichte, extreme Varianten für mannosereiche, afukosylierte, galaktosylierte und sialylierte Glykane von mAb und einem Antikörperfusionsmolekül mit drei N-Glykosylierungsstellen zu generieren. Für erhöhte Variantenvielfalt wurde die enzymatische Glykoengineering Technologie für die Galaktosylierung und Sialylierung untersucht. Die Glykanvarianten erzeugten signifikante Antworten in der jeweiligen In-Vitro-Bestimmung der biologischen Aktivität. Die Ergebnisse unterstreichen das immense Potential von Zellkulturmediumoptimierung zur Anpassung der Produktqualität. Ergänzung des Mediums und der Nährstofflösung brachte reproduzierbare und beträchtliche Veränderungen der Produktqualität von mAb und eines Fusionsantikörpers hervor. Zusätzlich zu den intermediären Modulierungsbereichen, die mehr als ausreichend den Anforderungen für die Entwicklung von neuen biologischen Wirkstoffen und Biosimilars genügen, ermöglichte die Mediumergänzung auf schnelle und einfache Art und Weise selbst extreme Glykanvarianten zu bilden, die für die Bestimmung der biologischen Aktivität geeignet waren. KW - CHO cell culture KW - product qualitymodulation KW - media design KW - metabolism KW - glycosylation KW - high throughput KW - Zellkultur KW - CHO-Zelle KW - Produktivität KW - Nährboden KW - Stoffwechsel Y1 - 2017 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-147345 ER - TY - JOUR A1 - Dandekar, Thomas A1 - Eisenreich, Wolfgang T1 - Host-adapted metabolism and its regulation in bacterial pathogens JF - Frontiers in Cellular and Infection Microbiology N2 - No abstract available. KW - bacterial pathogens KW - enteric pathogens KW - metabolism KW - host-pathogen adaption KW - isotopolog profiling Y1 - 2015 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-196876 SN - 2235-2988 VL - 5 IS - 28 ER - TY - JOUR A1 - Dandekar, Thomas A1 - Fieselmann, Astrid A1 - Fischer, Eva A1 - Popp, Jasmin A1 - Hensel, Michael A1 - Noster, Janina T1 - Salmonella—how a metabolic generalist adopts an intracellular lifestyle during infection JF - Frontiers in Cellular and Infection Microbiology N2 - The human-pathogenic bacterium Salmonella enterica adjusts and adapts to different environments while attempting colonization. In the course of infection nutrient availabilities change drastically. New techniques, “-omics” data and subsequent integration by systems biology improve our understanding of these changes. We review changes in metabolism focusing on amino acid and carbohydrate metabolism. Furthermore, the adaptation process is associated with the activation of genes of the Salmonella pathogenicity islands (SPIs). Anti-infective strategies have to take these insights into account and include metabolic and other strategies. Salmonella infections will remain a challenge for infection biology. KW - regulation KW - virulence KW - "-omics" KW - metabolism KW - Salmonella-containing vacuole (SCV) Y1 - 2014 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-120686 SN - 2235-2988 VL - 4 IS - 191 ER - TY - JOUR A1 - Dandekar, Thomas A1 - Fieselmann, Astrid A1 - Fischer, Eva A1 - Popp, Jasmin A1 - Hensel, Michael A1 - Noster, Janina T1 - Salmonella - how a metabolic generalist adopts an intracellular lifestyle during infection JF - Frontiers in Cellular and Infection Microbiology N2 - The human-pathogenic bacterium Salmonella enterica adjusts and adapts to different environments while attempting colonization. In the course of infection nutrient availabilities change drastically. New techniques, "-omics" data and subsequent integration by systems biology improve our understanding of these changes. We review changes in metabolism focusing on amino acid and carbohydrate metabolism. Furthermore, the adaptation process is associated with the activation of genes of the Salmonella pathogenicity islands (SPIs). Anti-infective strategies have to take these insights into account and include metabolic and other strategies. Salmonella infections will remain a challenge for infection biology. KW - enterica serovar Typhimurium KW - bacterial invasion KW - mouse model KW - defenses KW - regulation KW - "-omics" KW - virulence KW - Salmonella-containing vacuole (SCV) KW - metabolism KW - nitric oxide Y1 - 2015 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-149029 VL - 4 IS - 191 ER - TY - JOUR A1 - Dandekar, Thomas A1 - Fieselmann, Astrid A1 - Popp, Jasmin A1 - Hensel, Michael T1 - Salmonella enterica: a surprisingly well-adapted intracellular lifestyle JF - Frontiers in Microbiology N2 - The infectious intracellular lifestyle of Salmonella enterica relies on the adaptation to nutritional conditions within the Salmonella-containing vacuole (SCV) in host cells. We summarize latest results on metabolic requirements for Salmonella during infection. This includes intracellular phenotypes of mutant strains based on metabolic modeling and experimental tests, isotopolog profiling using (13)C-compounds in intracellular Salmonella, and complementation of metabolic defects for attenuated mutant strains towards a comprehensive understanding of the metabolic requirements of the intracellular lifestyle of Salmonella. Helpful for this are also genomic comparisons. We outline further recent studies and which analyses of intracellular phenotypes and improved metabolic simulations were done and comment on technical required steps as well as progress involved in the iterative refinement of metabolic flux models, analyses of mutant phenotypes, and isotopolog analyses. Salmonella lifestyle is well-adapted to the SCV and its specific metabolic requirements. Salmonella metabolism adapts rapidly to SCV conditions, the metabolic generalist Salmonella is quite successful in host infection. KW - Salmonella enterica KW - metabolism KW - Salmonella-containing vacuole KW - regulation KW - virulence Y1 - 2012 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-123135 ER - TY - THES A1 - De Lira, Maria Nathalia T1 - The regulation of T cell metabolism by neutral sphingomyelinase 2 T1 - Die Regulation des T-Zell-Metabolismus durch Neutrale Sphingomyelinase 2 N2 - T cells play an essential role in the immune system. Engaging the T cell receptor (TCR) initiates a cascade of signaling events that activates the T cells. Neutral sphingomyelinase (NSM) is a member of a superfamily of enzymes responsible for the hydrolysis of sphingomyelin into phosphocholine and ceramide. Sphingolipids are essential mediators in signaling cascades involved in apoptosis, proliferation, stress responses, necrosis, inflammation, autophagy, senescence, and differentiation. Upon specific ablation of NSM2, T cells proved to be hyper-responsive to CD3/CD28 co-stimulation, indicating that the enzyme acts to dampen early overshooting activation of these cells. It remained unclear whether a deregulated metabolic activity supports the hyper-reactivity of NSM2 deficient T cells. This work demonstrates that the ablation of NSM2 activity affects the metabolism of the quiescent CD4+ T cells. These accumulate ATP in mitochondria and increase basal glycolytic activity by increasing the basal glucose uptake and GLUT1 receptor expression, which, altogether, raises intracellular ATP levels and boosts cellular respiration. The increased basal metabolic activity is associated with rapid phosphorylation of S6, a mTORC1 target, as well as enhanced elevation total ATP levels within the first hour after CD3/CD28 costimulation. Increased metabolic activity in resting NSM2 deficient T cells does, however, not support sustained stimulated responses. While elevated under steady-state conditions and elevated early after co-stimulation in NSM2 deficient CD4+ T cells, the mTORC1 pathway regulating mitochondria size, oxidative phosphorylation, and ATP production is impaired after 24 hours of stimulation. Taken together, the absence of NSM2 promotes a hyperactive metabolic state in unstimulated CD4+ T cells yet fails to support sustained T cell responses upon antigenic stimulation without affecting T cell survival. N2 - T-Zellen spielen eine wesentliche Rolle im Immunsystem. Die Aktivierung des T-Zell-Rezeptors (TCR) löst eine Kaskade von Signalereignissen aus, die die T-Zellen aktivieren. Neutrale Sphingomyelinase (NSM) gehört zu einer Superfamilie von Enzymen, die für die Aufspaltung von Sphingomyelin in Phosphocholin und Ceramid verantwortlich sind. Sphingolipide sind wesentliche Mediatoren in Signalkaskaden, die an Apoptose, Proliferation, Stressreaktionen, Nekrose, Entzündung, Autophagie, Seneszenz und Differenzierung beteiligt sind. NSM2-depletierte T-Zellen erwiesen sich als hyper-reaktiv gegenüber CD3/CD28-Kostimulation, was darauf hinweist, dass das Enzym eine überschießende Aktivierung dieser Zellen dämpft. Es blieb unklar, ob die Hyperreaktivität NSM2-defizienter T-Zellen durch eine deregulierte Stoffwechselaktivität unterstützt wird. Diese Arbeit zeigt, dass NSM2-Insuffizienz den Metabolismus ruhender CD4+-T-Zellen beeinflusst: Diese akkumulieren ATP in Mitochondrien und zeigen eine erhöhte basale glykolytische Aktivität, die auf einer erhöhten Glukoseaufnahme und Expression des GLUT1-Rezeptors beruht und mit einer Erhöhung intrazellulärer ATP-Werte und gesteigerten Zellrespiration einhergeht. Aufgrund ihrer bereits erhöhten basalen metabolische Aktivität zeigen NSM2 defiziente T Zellen eine im Vergleich zu Kontrollzellen schnellere, effizientere Aktivierung nach Kostimulation, die sich in Phosphorylierung von S6, eines mTORC1 Targets, sowie erhöhtem ATP Spiegel manifestiert. Dies kann jedoch nicht aufrechterhalten werden:Die mTORC1-Aktivierung, die die Größe der Mitochondrien, die oxidative Phosphorylierung und die ATP-Produktion reguliert, unter stationären Bedingungen in NSM2-defizienten CD4+-T-Zellen erhöht ist, ist nach 24-stündiger Kostimulation beeinträchtigt. Insgesamt scheint die NSM2-Aktivität wesentlich für die Regulation der basalen metabolischen Aktivität ruhender T-Zellen und der Vermeidung überschiessender Antworten nach Kostimulation zu sein, jedoch ebenso wichtig für die dauerhafte Aufrechterhaltung des Aktivierungssignals zu sein. KW - T zellen KW - metabolism KW - t cell KW - NSM2 KW - mitochondria Y1 - 2020 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-215673 ER - TY - THES A1 - Dejure, Francesca Romana T1 - Investigation of the role of MYC as a stress responsive protein T1 - Untersuchung der Rolle von MYC als stress-reguliertes Protein N2 - The transcription factor MYC is deregulated in over 70% of all human tumors and, in its oncogenic form, plays a major role in the cancer metabolic reprogramming, promoting the uptake of nutrients in order to sustain the biosynthetic needs of cancer cells. The research presented in this work aimed to understand if MYC itself is regulated by nutrient availability, focusing on the two major fuels of cancer cells: glucose and glutamine. Initial observations showed that endogenous MYC protein levels strongly depend on the availability of glutamine, but not of glucose. Subsequent analysis highlighted that the mechanism which accounts for the glutamine-mediated regulation of MYC is dependent on the 3´-untranslated region (3´-UTR) of MYC. Enhanced glutamine utilization by tumors has been shown to be directly linked to MYC oncogenic activity and MYC-dependent apoptosis has been observed under glutamine starvation. Such effect has been described in experimental systems which are mainly based on the use of MYC transgenes that do not contain the 3´-UTR. It was observed in the present study that cells are able to survive under glutamine starvation, which leads to cell cycle arrest and not apoptosis, as previously reported. However, enforced expression of a MYC transgene, which lacks the 3´-UTR, strongly increases the percentage of apoptotic cells upon starvation. Evaluation of glutamine-derived metabolites allowed to identify adenosine nucleotides as the specific stimulus responsible for the glutamine-mediated regulation of MYC, in a 3´-UTR-dependent way. Finally, glutamine-dependent MYC-mediated effects on RNA Polymerase II (RNAPII) function were evaluated, since MYC is involved in different steps of global transcriptional regulation. A global loss of RNAPII recruitment at the transcriptional start site results upon glutamine withdrawal. Such effect is overcome by enforced MYC expression under the same condition. This study shows that the 3´UTR of MYC acts as metabolic sensor and that MYC globally regulates the RNAPII function according to the availability of glutamine. The observations presented in this work underline the importance of considering stress-induced mechanisms impinging on the 3´UTR of MYC. N2 - In über 70% aller Krebserkrankungen ist der Transkriptionsfaktor MYC dereguliert. Dabei spielt onkogenes MYC unter anderem eine wichtige Rolle bei der Umprogrammierung metabolischer Prozesse indem es z.B. die Aufnahme von Nährstoffen wie Glutamin oder Glukose fördert, um den veränderten Bedürfnissen an den Stoffwechsel der Krebszellen Rechnung zu tragen. Die im Rahmen dieser Arbeit erzielten Ergebnisse zeigen, dass auch das MYC-Protein selbst durch die Verfügbarkeit von Nährstoffen in der Zelle reguliert werden kann. Erste Beobachtungen zeigten, dass die endogenen MYC Proteinlevel stark von der Verfügbarkeit von Glutamin, jedoch nicht von Glucose, abhängen. Weiterführende Experimente ergaben außerdem, dass der Mechanismus, der der Glutamin vermittelten Regulation von MYC zugrunde liegt, abhängig von der 3´-untranslatierten Region (3´-UTR) der MYC-mRNA ist. Es konnte bereits gezeigt werden, dass in Tumoren die verstärkte Nutzung von Glutamin in direktem Zusammenhang mit der onkogenen Aktivität von MYC steht und Zellen unter Glutaminentzug MYC-abhängig Apoptose einleiten. Diese Effekte wurden in experimentellen Systemen beschrieben, die auf einer Überexpression eines MYCTransgenes basierten, welches keine 3´-UTR enthält. In dieser Arbeit konnte jedoch beobachtet werden, dass Zellen, die ohne Glutamin kultiviert wurden, in der Lage waren zu überleben, da entgegen den Resultaten vorausgegangener Studien, ein Arrest des Zellzyklus und nicht Apoptose eingeleitet wurde. Die verstärkte Expression eines MYCTransgenes ohne 3´-UTR, erhöhte jedoch auch unter diesen Bedingungen die Anzahl apoptotischer Zellen. Weiterhin war es möglich Adenosin, für dessen Biosynthese Glutamin notwendig ist, als Stimulus zu identifizieren, der für die 3´-UTR abhängige Regulation von MYC verantwortlich ist. Da MYC in verschiedene Schritte der globalen Regulation der Transkription eingebunden ist, wurden abschließend die durch MYC vermittelten Glutaminabhängigen Effekte auf die RNA-Polymerase II (RNAPII) untersucht. Dabei zeigte sich, dass es nach Glutaminentzug zu einem globalen Verlust der Rekrutierung von RNAPII zu den Transkriptionsstartstellen kommt, was durch eine verstärkte MYC-Expression wieder aufgehoben werden kann. Zusammenfassend konnte in dieser Arbeit gezeigt werden, dass die 3´-UTR von MYC als metabolischer Sensor fungiert und dass MYC in Abhängigkeit der Verfügbarkeit von Glutamin global die RNAPII Funktion reguliert. Diese Studie hebt weiterhin die Bedeutung der 3´-UTR von MYC für die Vermittlung stressinduzierter Feedback-Mechanismen hervor. KW - cancer KW - metabolism KW - MYC KW - Myc KW - Stress KW - Metabolismus KW - Genregulation KW - Glutamin Y1 - 2018 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-158587 ER - TY - JOUR A1 - Dembek, Marcin A1 - Barquist, Lars A1 - Boinett, Christine J. A1 - Cain, Amy K. A1 - Mayho, Matthew A1 - Lawley, Trevor D. A1 - Fairweather, Neil F. A1 - Fagan, Robert P. T1 - High-throughput analysis of gene essentiality and sporulation in Clostridium difficile JF - mBio N2 - Clostridium difficile is the most common cause of antibiotic-associated intestinal infections and a significant cause of morbidity and mortality. Infection with C. difficile requires disruption of the intestinal microbiota, most commonly by antibiotic usage. Therapeutic intervention largely relies on a small number of broad-spectrum antibiotics, which further exacerbate intestinal dysbiosis and leave the patient acutely sensitive to reinfection. Development of novel targeted therapeutic interventions will require a detailed knowledge of essential cellular processes, which represent attractive targets, and species-specific processes, such as bacterial sporulation. Our knowledge of the genetic basis of C. difficile infection has been hampered by a lack of genetic tools, although recent developments have made some headway in addressing this limitation. Here we describe the development of a method for rapidly generating large numbers of transposon mutants in clinically important strains of C. difficile. We validated our transposon mutagenesis approach in a model strain of C. difficile and then generated a comprehensive transposon library in the highly virulent epidemic strain R20291 (027/BI/NAP1) containing more than 70,000 unique mutants. Using transposon-directed insertion site sequencing (TraDIS), we have identified a core set of 404 essential genes, required for growth in vitro. We then applied this technique to the process of sporulation, an absolute requirement for C. difficile transmission and pathogenesis, identifying 798 genes that are likely to impact spore production. The data generated in this study will form a valuable resource for the community and inform future research on this important human pathogen. KW - Bacillus subtilis KW - expression KW - spores KW - toxin KW - transcription KW - germination KW - transposition KW - metabolism KW - infection KW - in vitro Y1 - 2015 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-143745 VL - 6 IS - 2 ER -