TY - THES A1 - Hutter, Gerhard J. T1 - Kulturunabhängige 16S rRNA Analyse des subgingivalen bakteriellen Biofilms bei der aggressiven Parodontitis T1 - 16S rRNA analysis of bacterial diversity of subgingival plaque in periodontitis N2 - Kulturunabhängige 16S rRNA Analyse des subgingivalen bakteriellen Biofilms bei der aggressiven Parodontitis und Vergleich mit bekannten Bakterien bzw. Phylotypen, die im Zusammenhang mit der parodontalen Flora nachgewiesen wurde. Putative Pathogene wurden bestimmt. N2 - In this culture independent 16S rRNA study cloning and sequencing was used to analyse gingival samples from a population of 26 persons suffering from aggressive periodontitis and six healthy adult individuals. KW - Bakterien KW - Biofilm KW - Parodontitis KW - Ribosomale RNS <16S> KW - Sequenzanalyse KW - BLAST KW - Oligonucleotide KW - Bakterielle Infektion KW - Phylogenie KW - Stammbaum KW - Bootstrap-Statistik KW - Klonbanken KW - periodontitis KW - clone libraries KW - phylotypes Y1 - 2008 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-28944 ER - TY - THES A1 - Valenza, Giuseppe T1 - Kulturunabhängige Analyse der subgingivalen bakteriellen Flora bei Hypophosphatasiepatienten T1 - Culture-indipendent analysis of subgingival bacterial flora in hypophosphatasia patients N2 - Kurzfassung in deutsch Ziel dieser Studie war die Analyse der bakteriellen Diversität der subgingivalen Plaque bei einem Hypophosphatasiepatientenkollektiv durch Anwendung der 16S rRNA Technologie. Das Kollektiv bestand aus sieben männlichen Patienten mit einer infantil-juvenilen Hypophosphatasie. Es sollten mikrobiologische Evidenzen für oder gegen die Hypothese einer frühen Parodontitis bei Hypophosphatasiepatienten gewonnen werden. Subgingivale Plaqueproben wurden von jedem Patienten entnommen. Anschließend folgte die DNA Extraktion aus den Plaqueproben und die Amplifikation der 16S rRNA Gene mittels zweier verschiedener universeller Primer-Paare: 27f/519r; 515f/1525r. Die PCR-Produkte wurden kloniert und sequenziert. Dann folgte ein Vergleich der Sequenzen mit der Genbank Database durch den BLAST-Server des National Center for Biotechnology Information (NBCI, Bethesda, MD, USA). Insgesamt wurden zwei verschiedene 16S rRNA Genbanken erstellt und 101 Klone pro Genbank identifiziert. Mit der 27f/519r PCR wurden 15 bakterielle Familien, mit der 515f/1525r PCR 10 bakterielle Familien identifiziert. 66 Phylotypen wurden in der 27f/519r Genbank identifiziert, 41 in der 515f/1525r Genbank. Der Coverage war 50% in der 27f/519r Genbank und 73% in der zweiten Genbank. In allgemeinen zeigte sich ein hoher Anzahl der Keime der physiologischen Plaqueflora (Streptococcus sp. und Actinomyces sp.), dagegen kamen putative Parodontalpathogene wie Porphyromonas gingivalis, Filifactor alocis, Tannerella forsythensis, Campylobacter rectus niemals vor. Die Analyse der bakteriellen Diversität der subgingivalen Plaque erbrachte eine deutlich andere Zusammensetzung im Vergleich zu Padodontitispatienten. Es zeigte sich somit keine mikrobiologische Evidenz für eine Parodontitis bei dem Hypophosphatasiepatientenkollektiv. N2 - Kurzfassung in englisch In this study the bacterial diversity of the subgingival plaque from seven male patients with childhood-type hypophosphatasia (HOPS) was analyzed by 16S rRNA gene cloning and sequencing with the purpose to find out microbiological evidences of periodontitis. 202 sequences were analyzed: 66 phylotypes were identified within the clone libraries based on PCR using the primers 27f/519r (number of clones n=101; coverage C=50%), and 41 phylotypes within the clone libraries 515f/1525r (n=101; C=73%). We recovered only three of 20 putative pathogens, which were proposed recently by Paster et al. (2001) to be associated with periodontitis. Significant was that known putative periodontal pathogens such as Porphyromonas gingivalis, Filifactor alocis, Tannerella forsythensis and Campylobacter rectus were not identified in any patient. These results seem to exclude a periodontitis in the hypophosphatasia collective. KW - Hypophosphatasie KW - Parodontitis KW - 16S rRNA KW - Hypophosphatasia KW - Periodontitis KW - 16S rRNA Y1 - 2003 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-7094 ER - TY - THES A1 - Suhl, Anja T1 - Phylogenetische Analyse und Antibiotikaresistenzbestimmung von subgingivalen bakteriellen Isolaten aus Parodontitispatienten T1 - Phylogenetic analyses and antibiotic susceptibility in subgingival plaque associated with periodontal disease N2 - Parodontitis ist eine Erkrankung des Zahnhalteapparates, die durch einen komplexen bakteriellen Biofilm unterhalten wird. Neben Mikroorganismen wie A. actinomycetemcomitans, P. gingivalis, T. denticola und T. forsythensis werden Keime unbekannter Spezies in parodontalen Taschen ausfindig gemacht. Durch die Entschlüsselung von 16S rRNA-Gensequenzen konnte die orale Flora nahezu vollständig katalogisiert werden. Allerdings fehlen bei vielen Phylotypen die entsprechenden Typstämme für weitergehende phänotypische Analysen. Grundlage dieser Arbeit bildeten 59 Patientenisolate der Parodontitis-Stammsammlung des Instituts für Hygiene und Mikrobiologie bei denen partielle 16S rRNA Sequenzen keine Spezieszuordnung ermöglichten. Nahezu vollständige 16S rRNA-Sequenzen wurden erstellt und mit Datenbankeinträgen verglichen. Bei mehr als der Hälfte der Stämme konnte keine taxonomische Zuordnung auf Sequenzierebene getroffen werden. 43 Isolate wuchsen unter aerober Atmosphäre, 16 benötigten eine anaerobe Umgebung. Alle Kulturmorphologien und nach Gram gefärbten mikroskopischen Präparate wurden fotografisch dokumentiert und katalogisiert. Die hier untersuchten Stämme, die zufällig auf der Basis taxonomischer Fragestellungen ausgewählt wurden, waren zum überwiegenden Teil auf Amoxicillin und Metronidazol empfindlich. Diese Antibiotika finden alle ihre Verwendung bei der Parodontitistherapie. Ciprofloxacin, das wegen seiner intrazellulären Wirkung ein interessantes Agens ist, wies v.a. bei Actinomyceten und Streptokokken Wirkungslücken auf. Es bleibt zu diskutieren, ob dieser Umstand nachteilig ist, da auf der einen Seite diese Genera ein orales Reservoir für Gyrasehemmer-Resistenzen ausbilden können, auf der anderen Seite diese grampositiven Keime möglicherweise parodontalprotektiv wirken könnten. In dieser Studie konnte eine Stammsammlung charakterisiert werden, die zukünftig insbesondere angesichts der zu erwartenden Entschlüsselung des oralen Metagenoms für weitere funktionelle Untersuchungen von Interesse sein dürfte. N2 - The aim of this study was the characterisation of the subgingival periodontal microbiota by cultural and molecular methods. Periodontitis is a bacterial disease, which is caused by different periodontal pathogens like Aggregatibacter actinomycetemcomitans, Porphyromonas gingivalis, Treponema denticola and Tannerella forsythensis. Furthermore there exist some species in the complex subgingival biofilm that are not cultured yet. They may participate in the progression or persistence of periodontal destruction. In this paper 59 Plaque samples were obtained from a previous study of the Institute for Hygiene and Microbiology from the University of Würzburg where the comparison of subgingival microorganisms with public databases didn´t allow a species identification. Almost complete 16S rRNA sequences were provided and compared with database entries. More than half of the bacterial isolates didn’t permit a taxonomic allocation. Macroscopic and microscopic features, the susceptibility against amoxicillin, ciprofloxacin and metronidazole are described here. 43 isolates grew under aerobic conditions, 16 needed anaerobic atmosphere. The morphology of the culture and the colouring according to Gram were documented photographically and listed. Most tested microorganisms were susceptible to amoxicillin and metronidazole. Except for Actinomyces and Streptococcus ciprofloxacin exhibits good results in the treatment of periodontal disease. In this study a collection of subgingival bacteria could be characterized, which might be of interest for further investigations in view of the decoding of the oral metagenome. KW - Parodontitis KW - 16S rRNA Sequenzanalyse KW - Antibiotikaresistenzen KW - periodontitis KW - 16S rRNA analyses KW - antibiotic susceptibility KW - uncultivated bacteria Y1 - 2009 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-40076 ER -