TY - THES A1 - Dostal, Stefan T1 - Molekulare Differenzierung von Mykobakterien T1 - Molecular differentiation of Mycobacteria N2 - Die Differenzierung von Mykobakterien auf Speziesebene mithilfe von herkömmlichen biochemischen Testverfahren ist langwierig, was zu signifikanten Verzögerungen in der Diagnostik führt. Molekulare Identifizierung hingegen weist, verglichen mit der phänotypischen Identifizierung, zwei entscheidende Vorteile auf: es kommt dabei zu einem Geschwindigkeitszuwachs und zu einer höheren Genauigkeit des Diagnoseerfahrens. Der Informationsgehalt des 5’-Endes des 16S-rRNA-Gens ist ausreichend für die Identifizierung der meisten bakteriellen Spezies. Wegen der vielen fehlerhaften Datenbestände können öffentliche Sequenzdatenbanken die benötigten Referenzsequenzen jedoch nicht zur Verfügung stellen. Es wurde deshalb eigens eine Datenbank mit qualitativ hochwertigen Sequenzen geschaffen. Die Sequenzen beinhalten beide Stränge der 5’-16S-rDNA (E. coli-Position 54-510) von 125 Stammsammlungisolaten. Dabei wurden alle bis zum 31.03.2000 valide beschriebenen Arten (n=89) und einige weitere, bereits veröffentlichte Sequevare-Varianten eingeschlossen. Konnten Stämme anhand der 16S-Sequenzen nicht unterschieden werden, wurde zusätzlich die Sequenz der „Internal Transcribed Spacer Region“ bestimmt (n=45). Insgesamt existierten von den Stämmen, die anhand ihrer 16S-rDNA-Sequenz nicht eindeutig zu identifizieren waren, 77 Isolate in der öffentlichen Datenbank Genbank. Den neu analysierten Sequenzen gegenübergestellt weisen diese im paarweisen Vergleich eine durchschnittliche Diskrepanz von 4,31 Basen auf. Durch die vergleichende 5‘-16S-rDNA-Sequenzanalyse war es möglich 64 der 89 validen Spezies zu identifizieren (71.9%). Nach Hinzunahme der ITS-Sequenz war es möglich, weitere 15 Spezies zu differenzieren. Nur die Arten des M. tuberculosis complex, M. marinum und M. ulcerans und die M. avium Subspezies konnten weder durch 5‘16S-rDNA-Sequenzanalyse noch anhand der ITS-Sequenz differenziert werden. Die Sequenzen aller Stämme sind abrufbar in der Datenbank des RIDOM-Projekts (“Ribosomal Differentiation of Medical Microorganisms”). Weiterführende Informationen (z.B. taxonomischer oder medizinischer Art) vervollständigen zusammen mit einem Algorithmus zur genotypischen Identifizierung aller valide beschriebenen Mykobakterien dieses Angebot. Nach ausführlicher Analyse verschiedener Mykobakterien Spezies ist es nun in der Tat möglich, die meisten Mykobakterien Arten anhand der vergleichenden Seqenzanalyse der 16S-rDNA und ITS zu unterscheiden. Voraussetzung hierfür ist eine Datenbank mit qualitativ hochwertigen Referenzsequenzen. Bereits in naher Zukunft ist die Anwendung dieses Verfahrens im Routinebetrieb, v.a. in Referenzlaboratorien, denkbar. N2 - Differentiation of mycobacteria to the species level by conventional biochemical tests is laborious, leading to significant delays in diagnosis. Molecular identification on the other hand provides two primary advantages to phenotypic identification: rapid turn-around time and improved accuracy. The information content of the 5'-end of the 16S-rRNA gene is sufficient for identification of most bacterial species. However, sequence based identification is hampered by many faulty sequence entries in publicly accessible databases. In order to establish an improved 16S-rDNA sequence database for identification of clinical isolates both strands of the 5'-16S-rDNA (E. coli position 54-510) from 125 mycobacterial culture collection isolates were sequenced. All until 31.03.2000 valid described species (n=89) and some published sequevar variants were included. If the 16S rDNA sequences were not discriminatory enough, the internal transcribed spacer (ITS) region sequences (n=45) were also determined. In total 77 identical 16S-rDNA-strains had been sequenced by others before. Comparing these GenBank entries with our sequences, there were on average 4.31 differences. By 5'-16S-rDNA sequencing it was possible to identify 64 of 89 different mycobacterial species (71.9%). With the additional input of the ITS sequence, further 15 species could be differentiated. Only M. tuberculosis complex species, M. marinum and M. ulcerans and the M. avium subspecies could neither be differentiated by 5'-16S rDNA- nor by ITS-sequencing. The sequences are available for public similarity searches in the database of the RIDOM project (“Ribosomal Differentiation of Medical Microorganisms”). Further information (e.g. taxonomic, medical) together with an algorithm for genotypic identification of all mycobacteria complements this service. In conclusion, it could be shown in this exhaustive analysis of different mycobacterial species, that it is indeed possible to differentiate most mycobacterial species by sequence analysis of 16S-rDNA or ITS, if a high quality sequence reference database is available. This technique should be, therefore, considered for routine application especially in reference laboratories in the future. KW - Mykobakterien KW - molekulare Differenzierung KW - molekulare Identifizierung KW - Phylogenie KW - 16S-rDNA KW - Sequenzanalyse KW - Mycobacteria KW - molecular differentiation KW - molecular identification KW - phylogeny KW - 16S-rDNA KW - sequence analysis Y1 - 2001 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-3348 ER - TY - THES A1 - Wohlleben, Michael T1 - Sequenzanalyse des humanen 5´-Deiodase (Typ I) -Gens bei Patienten mit Schilddrüsenfunktionsstörungen T1 - Sequence analysis of the human 5' deiodinase (type I) - gene in patients with thyroid malfunction N2 - Durch ihre Aufgaben im Metabolismus der Schilddrüsenhormone kommt der Enzymfamilie der Deiodasen im feinregulierten Zusammenspiel der Aktivierung und Inaktivierung dieser signalgebenden Stoffe eine zentrale Rolle zu. Störungen in diesem System ziehen weitreichende Folgen auf der Ebene der Entwicklung und Steuerung des gesamten Organismus nach sich. Verminderte Aktivität der 5´DI, sei sie durch unzureichende Expression des Gens oder posttranskriptionelle Fehlsteuerung bedingt, geht dabei mit einer sogenannten „Konversionshemmung“ einher, die sich in erhöhten T4- und rT3-Spiegeln bei vermindertem Plasma-T3-Gehalt äußert. Diese Konstellation wird in Tiermodellen, bei denen ein 5´DI-Defekt auf molekularer Ebene bekannt ist, beobachtet. Ein derartiger Defekt ist jedoch beim Menschen bislang nicht festgestellt worden. Eine routinemäßige Untersuchung des 5´DI-Gens von Patienten, bei denen ein Enzymdefekt die Ursache ihrer Symptomatik sein könnte, ist mit Hilfe des hier aufgeführten Verfahrens unter einfachen Bedingungen möglich. In dieser Arbeit wird neben der Beschreibung eines stummen Polymorphismus im Exon 1 erstmals eine potentiell relevante Veränderung im translatierten Bereich des 5´DI-Gens beschrieben. Ausgewählte Patienten, deren Symptome den Verdacht auf eine Konversionshemmung aufkommen lassen, sind (bei sonst unveränderter Exonstruktur) heterozygot für eine Punktmutation im Codon 108 im Exon 1. Durch den Austausch von G durch A ergibt sich bei ihnen aus dem Codon UGG für die Aminosäure Tryptophan das Stop- beziehungsweise SeCys-Codon UGA. Im ersten Fall entsteht dadurch ein etwa um die Hälfte verkürztes und damit wohl funktionsunfähiges Protein, im zweiten ein in Konformation und Aktivität sicherlich beeinträchtigtes Enzym, vorausgesetzt, das im 3’-untranslatierten Bereich der mRNA befindliche SECIS-Element ist für dieses UGA-Codon wirksam. Bei beiden Varianten ist jedoch zu klären, ob der Defekt durch das zweite wildtypische Allel teilweise oder völlig kompensiert werden kann, wozu Untersuchungen von Gewebeproben aus Leber und Niere beziehungsweise die Expression des veränderten Gens in Zellkultur erforderlich wären. N2 - By its functions in the metabolismus of the thyroid hormones a central role comes to the enzyme family of the deiodinases by activation and inactivating these signal-giving hormones. Changes in this system result in consequences in development and controlling of the entire organism. Decreased activity of the 5'DI, due to insufficient expression of the gene or posttranscriptional changes, causes increased T4 and rT3-levels with decreased plasma T3 content. This is observed in animals, in which a 5'DI-defect on molecular level is known. Such a defect was so far not known however with humans. A routine investigation of the 5'DI-gene in patients, where an enzyme defect could be the cause of their symptomatology, is possible by the procedure specified here under simple conditions. In this work, apart from the description of a polymorphism in the Exon 1, a potentially relevant change in the translated part of the 5'DI gene is described for the first time in human. Selected patients, whose symptoms let to the suspicion on a conversion defect for thyroid hormones, are heterozygot for a mutation in the Codon 108 in the Exon 1. The exchange of G by A results in the stop and/or SeCys Codon UGA. In the first case an approximately half shortened and thus probably nonfunctioning protein would result, in the second an enzyme most probably changed in activity, if the SECIS element in the 3' untranslated region is effective for this UGA Codon. With both variants it is to be clarified whether the defect can be partly or completely compensated by the second wild-typ allele, what makes in necessary to investigat samples from liver and kidney tissue and/or the expression of the changed gene in cell culture. KW - Deiodase Typ I KW - human KW - Gen KW - Sequenzanalyse KW - Schilddrüsenfunktionsstörung KW - deiodinase type I KW - human KW - gene KW - sequence analysis KW - thyroid malfunction Y1 - 2004 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-7621 ER - TY - THES A1 - Singer, Christian J. T1 - Molekulare Identifizierung von Neisseriaceae und Moraxellaceae mittels ribosomaler DNA-Sequenzierung T1 - Molecular Diagnostics of Neisseriaceae and Moraxellaceae by ribosomal DNA sequencing N2 - Die schnelle und verlässliche Identifizierung mikrobiologischer Isolate ist ein fundamentales Ziel der klinischen Mikrobiologie. Bei einigen gram–negativen Spezies ist die klassische phänotypische Identifizierung, basierend auf metabolischen, enzymatischen oder serologischen Methoden erschwert, zeitraubend oder nicht suffizient. Durch die Sequenzierung partieller Abschnitte der 16S- oder 23S-rDNA können Bakterien meist exakt spezifiziert werden. Hauptziel der vorliegenden Arbeit war es, hypervariable rDNA Abschnitte zu finden, die von stark konservierten Regionen flankiert werden, um auf molekularer Ebene Mitglieder der Familie Neisseriaceae und Moraxellaceae zu diskriminieren. Die inter- und intragenetischen Beziehungen von insgesamt 94 Stämmen wurden untersucht. Im Vergleich zu den Referenzstämmen der Genera waren bei der partiellen 16S-rDNA (E. coli Position 54 – 510) je Spezies durchschnittlich 30 polymorphe Positionen vorhanden. Die partiellen 23S-rDNA Abschnitte (E. coli Position 1400 – 1600) zeigten durchschnittlich 11 polymorphe Positionen. Neisseria macacae und N. mucosa subsp. mucosa (ATCC 19696) zeigten identische 16S- und 23S-rDNA Sequenzen. Die Gruppierung verschiedener Isolate war bei Acinetobacter lwoffii, Moraxella lacunata und Neisseria mucosa an beiden untersuchten Genabschnitten heterogen. Im Fall von N. meningitidis konnte mit Hilfe der 23S-rDNA Daten nicht suffizient gruppiert werden. Die Ergebnisse zeigen eine Überlegenheit der untersuchten partiellen 16S-rDNA zur Diagnostik der Neisseriaceae und Moraxellaceae. Eine Referenzdatenbank zur Diagnostik von Mikroorganismen sollte mehr als ein Isolat einer Spezies enthalten und zudem einen polyphasischen Ansatz verfolgen. Die Sequenz–Chromatogramme und weitere diagnostisch relevante Informationen wurden mit der „offline“-Datenbank RIDOM_Tool gesammelt und sind ein Teil des Internet-basierenden Service von RIDOM (www.ridom-rdna.de). Eine eingegebene Sequenzfolge kann online eingefügt und damit ein direkter Vergleich mit den in der RIDOM Referenzdatenbank existierenden Datensätzen initiiert werden. N2 - Fast and reliable identification of microbial isolates is a fundamental goal of clinical microbiology. However, in the case of some fastidious gram-negative bacterial species, classical phenotype identification based on either metabolic, enzymatic, or serological methods is difficult, time-consuming, and inadequate. 16S- or 23S-rDNA bacterial sequencing will most often result in accurate speciation of isolates. The objective of this study was to find a hypervariable rDNA stretch, flanked by strongly conserved regions, which is suitable for molecular species identification of members of the Neisseriaceae and Moraxellaceae. The inter- and intrageneric relationships were investigated using comparative sequence analysis of PCR-amplified partial 16S- and 23S-rDNA from a total of 94 strains. When compared to the type species of the investigated genera an average of 30 polymorphic positions was observed within the partial 16S-rDNA (corresponding to E. coli position 54 – 510) for each species and an average of 11 polymorphic positions was observed within the 202 nucleotides of the 23S-rDNA gene (E. coli position 1400 – 1600). N. macacae and N. mucosa ssp. mucosa (ATCC 19696) had identical 16S- and 23S-rDNA sequences. Species clusters were heterogeneous in both genes in the case of A. lwoffii, M. lacunata, and N. mucosa. N. meningitidis isolates failed to cluster only in the 23S-rDNA subset. The data showed that the 16S-rDNA region is more suitable than the partial 23S-rDNA for the molecular diagnosis of Neisseriaceae and Moraxellaceae and that a reference database should include more than one strain of each species. Not all microorganisms can be identified by solely partial rDNA sequences. Therefore a database should pursue a polyphasic approach e. g. including phenotypic criteria or different molecular targets. All sequence chromatograms and species-specific information were administered offline with RIDOM_Tool. The dataset is available online as part of the web-based service RIDOM (www.ridom-rdna.de). Users can submit a sequence and conduct a similarity search against the RIDOM reference database for microbial identification purposes. KW - DNA KW - Sequenzanalyse KW - 16S KW - Neisseriaceae KW - Moraxellaceae KW - DNA KW - Sequence analysis KW - 16S KW - Neisseriaceae KW - Moraxellaceae Y1 - 2005 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-16823 ER -