TY - THES A1 - Memmel, Simon T1 - Automatisierte Algorithmen zur Analyse der Migration und der strahleninduzierten DNA-Schäden humaner Glioblastomzellen nach kombinierter PI3K/mTOR/Hsp90-Inhibierung T1 - Automated algorithms for the analysis of cell migration and radiation induced DNA-damage in human glioblastoma cells after combined PI3K/mTOR/Hsp90 inhibition N2 - Das hohe invasive Potential und die starke Resistenz gegen Radio-/Chemotherapie von Glioblastoma multiforme (GBM) Zellen machen sie zu dem tödlichsten Tumor ihrer Art. Es ist deshalb von großem Interesse die Grundlagen, welche der Migrationsfähigkeit und DNA Reparatur zu Grunde liegen, besser zu verstehen. Im ersten Teil dieser Arbeit wurden zwei Algorithmen zur automatischen Analyse der Migration in der Einzelzellverfolgung und im Wundheilungsassay modifiziert. Die Auswertung der Daten konnte automatisch und somit schnell, effektiv und mit geringerem Arbeitsaufwand durchgeführt werden. Mit Hilfe dieser automatischen Algorithmen wurde die Migrationsfähigkeit von zwei GBM-Zelllinien (DK-MG und SNB19) untersucht. Zusätzlich wurde die konfokale Laserscanning- sowie die hochauflösende dSTORM-Fluoreszenzmikroskopie verwendet um die, der Zellbewegung zu Grunde liegende, Struktur des F Aktin und der fokalen Adhäsionskinase (FAK) aufzulösen und darzustellen. Unter Anwendung dieser genannten Methoden sind die Effekte des dualen PI3K/mTOR Inhibitors PI-103 alleine und in Kombination mit dem Hsp90 Inhibitor NVP AUY922 mit und ohne Bestrahlung auf die Bewegung untersucht worden. Es konnte festgestellt werden, dass sich beide Zelllinien deutlich in ihrem migratorischem Potential in vitro unterscheiden und zudem auch markante Unterschiede in ihrer Morphologie aufweisen. Die weniger invasiven DK MG-Zellen besitzen eine polarisierte Zellstruktur, wohingegen SNB19-Zellen sich durch multipolare ungerichtete Bewegung auszeichneten. Zudem wurde die Migration, durch PI3K/mTOR Inhibition mit PI-103 bei den DK-MG-Zellen (p53 wt, PTEN wt), sehr effektiv unterdrückt. Wohingegen sich die SNB19-Zellen (p53 mut, PTEN mut) resistent gegen diesen Inhibitor zeigten. Hsp90 Inhibition offenbarte in beiden Zelllinien einen starken inhibitorischen Effekt auf die Migration der Zellen sowie die Reorganisierung des F Aktinskelettes. In der zweiten Hälfte dieser Arbeit wurde ein Augenmerk auf die DNA-DSB-Reparatur der GBM Zellen nach ionisierender Strahlung gelegt. Zunächst wurde eine automatische Analysesoftware „FocAn-3D“ entwickelt, mit dessen Hilfe die DNA Doppelstrangbruchreparaturkinetik untersucht werden sollte. Diese Software ermöglicht es die gesamten Zellkerne mit ihren γH2AX-Foci in 3D-cLSM-Aufnahmen zu untersuchen. Es konnte somit eine Verbesserung der Genauigkeit in der Auszählung der γH2AX-Foci erreicht werden, welche 2D beschränkter Software verwehrt bleibt. Mit FocAn-3D konnte der gesamte Verlauf der Induktions- und Abbauphase der γH2AX-Foci in DK MG- und SNB19-Zellen mit einem mathematischen Modell ausgewertet und dargestellt werden. Des Weiteren wurde die Nanometerstruktur von γH2AX- und pDNA-PKcs-Foci mittels hochauflösender dSTORM-Mikroskopie untersucht. Konventionelle Mikroskopiemethoden, begrenzt durch das Beugungslimit und einer Auflösung von ~200 nm, konnten die Nanometerstruktur (<100 nm) der Reparaturfoci bisher nicht darstellen. Mit Hilfe der beugungsunbegrenzten dSTORM-Mikroskopie war es möglich in DK MG- und SNB19-Zellen die Nanometerstruktur genannten Reparaturproteine in den Foci mit einer Auflösung von bis zu ~20 nm darzustellen. γH2AX-Foci zeigten sich als eine Verteilung aus einzelnen Untereinheiten („Nanofoci“) mit einem Durchmesser von ~45 nm. Dies lässt die Vermutung zu, dass es sich hier um die elementare Substruktur der Foci und somit der γH2AX enthaltenen Nukleosome handelt. DNA-PK-Foci wiesen hingegen eine diffusere Verteilung auf. Die in dieser Arbeit ermittelten Unterschiede im Migrationsverhalten der Zellen rechtfertigen eine weitere präklinische Untersuchung der verwendeten Inhibitoren als potentielle Zelltherapeutika für die Behandlung von GBM. Zudem konnte sich dSTORM als machtvolles Hilfsmittel, sowohl zur Analyse der Migration zugrundeliegenden Zytoskelettstruktur und der Effekte der Hsp90 Inhibierung, als auch, der Nanostruktur der DNA-DSB-Reparaturfoci herausstellen. Es ist anzunehmen, dass beugungsunbegrenzte Mikroskopiemethoden sich als bedeutende Werkzeuge in der medizinischen und biologischen Erforschung der DNA-Reparaturmechanismen herausstellen werden. Das in dieser Arbeit entwickelte ImageJ Plugin „FocAn-3D“ bewies sich ebenfalls als ein vielversprechendes Werkzeug für die Analyse der Reparaturkinetik. Mit Hilfe von „FocAn-3D“ sollte es somit möglich sein u.a. den Einfluss gezielter Inhibition auf den zeitlichen Verlauf der Induktion und des Abbaus der DNA-Reparaturmaschinerie genauer zu studieren. N2 - The high invasive Potential and increased resistance to radio- and chemotherapy of glioblastoma multiforme (GBM) tumor cells make it the most lethal of all primary brain tumors. It is therefore of great interest to gain a better understanding of the mechanisms facilitating the migration and DNA repair. In the first part of this study, two algorithms for single cell tracking and wound healing assays were modified to increase effectiveness and speed of the automatic data analysis. The migratory capacity of the two GBM cell lines, DK MG and SNB19, were analyzed using these automatic algorithms. In addition, employing confocal microscopy and high resolution dSTORM imaging, the underlying F actin/FAK structure was resolved and studied. Together, these automatic algorithms enabled me to elucidate the effects of the dual PI3K/mTOR inhibitor PI 103 alone and in combination with the Hsp90 inhibitor NVP-AUY922 and/or irradiation on the migration, focal adhesions and F-actin cytoskeleton of DK-MG and SNB19 cells. Both cell lines differ markedly in their migratory capacity in vitro and display distinctive differences in their morphology. The less invasive DK-MG cells retained their polarized structure, while SNB19 cells demonstrate multipolar morphology with random migration. The PI3K/mTOR Inhibition using PI-103 suppressed migration of the PTEN wt and p53 wt DK-MG cells but not of the PTEN mut and p53 mut SNB19 cells. In contrast, Hsp90 inhibition using NVP-AUY922 exerted a strong inhibitory effect on the migration in both cell lines as well as massive morphological changes and reorganization of the F-actin cytoskeleton. The second part of this study was designed to gain further insights in the DNA double strand break (DSB) repair of both GBM cell lines. The DNA DSB repair kinetics were analyzed using the novel software “FocAn-3D”. The software enables the 3D analysis of foci in entire nuclei using cLSM-imaging. This in turn results in increased accuracy of the foci counts, compared to approaches restricted to 2D. Using the new software approach, I was able to determine the whole γH2AX-foci induction and decay process and apply a well described mathematical model for the γH2AX-foci repair kinetics. Additionally, diffraction unlimited microscopy (dSTORM) was applied to resolve the nanometer scale of the foci forming repair proteins γH2AX and DNA-PK. Although conventional microscopy is able to reveal the repair foci as diffuse spots, the underlying protein distribution is well beyond the diffraction limit of ~200 nm. In this study, using the diffraction unlimited dSTORM microscopy with a lateral resolution of ~20 nm, it was possible to resolve the nanometer scale of both γH2AX and DNA-PK. γH2AX foci appeared not as diffuse spots, but rather as a distribution of distinct subunits (“nanofoci”). In contrast DNA-PK mostly showed a more diffuse distribution. The nanofoci diameter was about ~45 nm and it can be concluded that these clusters represent the elementary structural subunits of repair foci, the γH2AX-containing nucleosomes. Using the newly developed or modified algorithms for the analysis of cell migration, I was able to show a cell line specific response of the PI3K/mTOR inhibition on the cell migration. This warrants further preclinical trials for its potential as an anti-migratory agent in the treatment of GBM. In addition, dSTORM emerged as a powerful tool for the analysis of the cytoskeletal structure, underlying the cells migration capacity and the effects of Hsp90 inhibition. Also, dSTORM was able to unravel the elementary nanostructure of the DSB repair foci. This means diffraction unlimited single-molecule localization nanoscopy methods will likely emerge as powerful tools for the analysis of targeted inhibition on the DSB repair mechanisms. In addition, the newly developed software “FocAn-3D” showed promising results in the analysis of Foci kinetics. Consequently, it should enable the future study of targeted inhibition and its effects on foci induction and decay processes of the DNA repair. KW - Glioblastom KW - Zellmigration KW - DNS-Schädigung KW - Algorithmus KW - Automatisierung KW - PI3K/mTOR inhibierung KW - yH2AX-Foci KW - Dnaschaden KW - DNS-Doppelstrangbruch Y1 - 2019 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-185710 ER - TY - THES A1 - Malik, Michelle Uta T1 - Schockraumaufnahme schwerverletzter oder kritisch kranker Patienten - geschätzte und tatsächliche Eintreffzeit im Vergleich. Eine Untersuchung zur Analyse der Prozessqualität des Alarmierungsalgorithmus T1 - Trauma centre admission of severely injured or critically ill patients - comparison of estimated and real arrival times. A study to analyze the process quality of the algorithm for trauma team alert N2 - Hintergrund: Die tatsächliche Ankunftszeit von schwerverletzten oder kritisch kranken Patienten im Schockraum einer Klinik stimmt nicht immer mit der von der Rettungsleitstelle angekündigten Ankunftszeit überein. Im Rahmen einer retrospektiven Analyse an einem deutschen überregionalen Traumazentrum wurde untersucht, ob der dortige Alarmierungsalgorithmus geeignet ist, Zeitabweichungen in der Patientenankunft zu kompensieren. Methode: Die Datenanalyse erfolgte retrospektiv. Es wurde die Differenz zwischen angekündigter und tatsächlicher Eintreffzeit aller über das Schockraumtelefon angekündigten und im Schockraum aufgenommenen Patienten von September 2010 bis März 2011 ermittelt. Die Teamalarmierung erfolgte 10 Minuten vor angekündigter Patientenankunft. Ergebnisse: In die Untersuchung wurden 165 Patienten eingeschlossen. Bei 11% aller Patienten und bei 9% der primär über den Schockraum aufgenommenen Traumapatienten stimmten angekündigte und tatsächliche Ankunftszeit überein. In 24% aller Fälle lag die tatsächliche Ankunftszeit des Patienten vor der angekündigten Ankunftszeit. 3% des gesamten Patientenkollektives und 0% aus der Gruppe der schwer betroffenen Traumapatienten kamen vor der Teamversammlung im Schockraum an. Zu Wartezeiten des Teams von über 20 Minuten kam es in 9% aller Fälle. Schlussfolgerung: Bei einer Teamalarmierung 10 Minuten vor angekündigter Ankunftszeit kann eine vollständige Versammlung des Schockraumteams vor Ankunft des Patienten in 97% aller Fälle erreicht werden. Gleichzeitig resultieren akzeptable Wartezeiten für das Team. N2 - Background: The real arrival time of severe injured or critically ill patients in hospital sometimes differs from the estimated arrival time. In a retrospective data analysis at a level I German trauma centre it was evaluated whether the existing algorithm for trauma team alert is able to compensate temporal deviations in arrival of patients. Methods: A retrospective data analysis was done using data from September 2010 to March 2011. The difference between the real and the estimated arrival time of all patients with admission in the hospital via emergency room after a prehospital notification phone call was evaluated. Trauma team activation took place 10 minutes before estimated arrival time. Results: In the study 165 patients were included. In 11% of all patients and 9% of the trauma-patients with primary admission via emergency room the real arrival time coincided with the estimated arrival time. In 24% of all cases the real arrival time was earlier than estimated. 3% of all patients and none of the seriously injured trauma patients arrived in emergency room prior to the trauma team. The waiting time for the trauma team was more than 20 minutes in 9% of all cases. Conclusion: With trauma team alert 10 minutes prior to the estimated arriving time an arrival of patient before the trauma team can be avoided in 97% of all cases. Furthermore acceptable waiting times for the trauma team can be achieved. KW - Polytrauma KW - Qualitätsmanagement KW - Algorithmus KW - Schnittstelle KW - Schockraum KW - Prozessqualität KW - Alarmierungsalgorithmus KW - Schockraumteam KW - Patientenaufnahme Y1 - 2017 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-155801 ER - TY - THES A1 - Appold, Christian T1 - Symbolische BDD-basierte Modellprüfung asynchroner nebenläufiger Systeme T1 - Symbolic BDD-based Model Checking of Asynchronous Concurrent Systems N2 - Today, information and communication systems are ubiquitous and consist very often of several interacting and communicating components. One reason is the widespread use of multi-core processors and the increasing amount of concurrent software for the efficient usage of multi-core processors. Also, the dissemination of distributed emergent technologies like sensor networks or the internet of things is growing. Additionally, a lot of internet protocols are client-server architectures with clients which execute computations in parallel and servers that can handle requests of several clients in parallel. Systems which consist of several interacting and communicating components are often very complex and due to their complexity also prone to errors. Errors in systems can have dramatic consequenses, especially in safety-critical areas where human life can be endangered by incorrect system behavior. Hence, it is inevitable to have methods that ensure the proper functioning of such systems. This thesis aims on improving the verifiability of asynchronous concurrent systems using symbolic model checking based on Binary Decision Diagrams (BDDs). An asynchronous concurrent system is a system that consists of several components, from which only one component can execute a transition at a time. Model checking is a formal verification technique. For a given system description and a set of desired properties, the validity of the properties for the system is decided in model checking automatically by software tools called model checkers. The main problem of model checking is the state-space explosion problem. One approach to reduce this problem is the use of symbolic model checking. There, system states and transitions are not stored explicitely as in explicit model checking. Instead, in symbolic model checking sets of states and sets of transitions are stored and also manipulated together. The data structure which is used in this thesis to store those sets are BDDs. BDD-based symbolic model checking has already been used successful in industry for several times. Nevertheless, BDD-based symbolic model checking still suffers from the state-space explosion problem and further improvements are necessary to improve its applicability. Central operations in BDD-based symbolic model checking are the computation of successor and predecessor states of a given set of states. Those computations are called image computations. They are applied repeatedly in BDD-based symbolic model checking to decide the validity of properties for a given system description. Hence, their efficient execution is crucial for the memory and runtime requirements of a model checker. In an image computation a BDD for a set of transitions and a BDD for a set of states are combined to compute a set of successor or predecessor states. Often, also the size of the BDDs to represent the transition relation is critical for the successful use of model checking. To further improve the applicability of symbolic model checking, we present in this thesis new data structures to store the transition relation of asynchronous concurrent systems. Additionally, we present new image computation algorithms. Both can lead to large runtime and memory reductions for BDD-based symbolic model checking. Asynchronous concurrent systems often contain symmetries. A technique to exploit those symmetries to diminish the state-space explosion problem is symmetry reduction. In this thesis we also present a new efficient algorithm for symmetry reduction in BDD-based symbolic model checking. N2 - In unserem Alltag kommen wir heute ständig mit Systemen der Informations- und Kommunikationstechnik in Kontakt. Diese bestehen häufig aus mehreren interagierenden und kommunizierenden Komponenten, wie zum Beispiel nebenläufige Software zur effizienten Nutzung von Mehrkernprozessoren oder Sensornetzwerke. Systeme, die aus mehreren interagierenden und kommunizierenden Komponenten bestehen sind häufig komplex und dadurch sehr fehleranfällig. Daher ist es wichtig zuverlässige Methoden, die helfen die korrekte Funktionsweise solcher Systeme sicherzustellen, zu besitzen. Im Rahmen dieser Doktorarbeit wurden neue Methoden zur Verbesserung der Verifizierbarkeit von asynchronen nebenläufigen Systemen durch Anwendung der symbolischen Modellprüfung mit binären Entscheidungsdiagrammen (BDDs) entwickelt. Ein asynchrones nebenläufiges System besteht aus mehreren Komponenten, von denen zu einem Zeitpunkt jeweils nur eine Komponente Transitionen ausführen kann. Die Modellprüfung ist eine Technik zur formalen Verifikation, bei der die Gültigkeit einer Menge von zu prüfenden Eigenschaften für eine gegebene Systembeschreibung automatisch durch Softwarewerkzeuge, die Modellprüfer genannt werden, entschieden wird. Das Hauptproblem der symbolischen Modellprüfung ist das Problem der Zustandsraumexplosion und es sind weitere Verbesserungen notwendig, um die symbolische Modellprüfung häufiger erfolgreich durchführen zu können. Bei der BDD-basierten symbolischen Modellprüfung werden Mengen von Systemzuständen und Mengen von Transitionen jeweils durch BDDs repräsentiert. Zentrale Operationen bei ihr sind die Berechnung von Nachfolger- und Vorgängerzuständen von gegebenen Zustandsmengen, welche Bildberechnungen genannt werden. Um die Gültigkeit von Eigenschaften für eine gegebene Systembeschreibung zu überprüfen, werden wiederholt Bildberechnungen durchgeführt. Daher ist ihre effiziente Berechnung entscheidend für eine geringe Laufzeit und einen niedrigen Speicherbedarf der Modellprüfung. In einer Bildberechnung werden ein BDD zur Repräsentation einer Menge von Transitionen und ein BDD für eine Menge von Zuständen kombiniert, um eine Menge von Nachfolger- oder Vorgängerzuständen zu berechnen. Oft ist auch die Größe von BDDs zur Repräsentation der Transitionsrelation von Systemen entscheidend für die erfolgreiche Anwendbarkeit der Modellprüfung. In der vorliegenden Arbeit werden neue Datenstrukturen zur Repräsentation der Transitionsrelation von asynchronen nebenläufigen Systemen bei der BDD-basierten symbolischen Modellprüfung vorgestellt. Zusätzlich werden neue Algorithmen zur Durchführung von Bildberechnungen präsentiert. Beides kann zu großen Reduktionen der Laufzeit und des Speicherbedarfs führen. Asynchrone nebenläufige Systeme besitzen häufig Symmetrien. Eine Technik zur Reduktion des Problems der Zustandsraumexplosion ist die Symmetriereduktion. In dieser Arbeit wird ebenfalls ein neuer effizienter Algorithmus zur Symmetriereduktion bei der symbolischen Modellprüfung mit BDDs aufgeführt. KW - Programmverifikation KW - OBDD KW - Model Checking KW - Nebenläufigkeit KW - Algorithmus KW - Symbolic Model Checking KW - Binary Decision Diagram KW - Symmetry Reduction KW - Image Computation KW - Algorithms KW - Reachability Analysis KW - Concurrent Systems KW - Modellprüfung KW - Geordnetes binäres Entscheidungsdiagramm Y1 - 2015 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-137029 ER -