TY - JOUR A1 - Kaiser, Bettina A1 - Vogg, Gerd A1 - Fürst, Ursula B. A1 - Albert, Markus T1 - Parasitic plants of the genus Cuscuta and their interaction with susceptible and resistant host plants JF - Frontiers in Plant Science N2 - By comparison with plant microbe interaction, little is known about the interaction of parasitic plants with their hosts. Plants of the genus Cuscuta belong to the family of Cuscutaceae and comprise about 200 species, all of which live as stem holoparasites on other plants. Cuscuta spp. possess no roots nor fully expanded leaves and the vegetative portion appears to be a stem only. The parasite winds around plants and penetrates the host stems via haustoria, forming direct connections to the vascular bundles of their hosts to withdraw water, carbohydrates, and other solutes. Besides susceptible hosts, a few plants exist that exhibit an active resistance against infestation by Cuscuta spp. For example, cultivated tomato (Solanum lycopersicum) fends off Cuscuta reflexa by means of a hypersensitive-type response occurring in the early penetration phase. This report on the plant plant dialog between Cuscuta spp. and its host plants focuses on the incompatible interaction of C. reflexa with tomato. KW - incompatible interaction KW - messenger-RNA KW - Reflexa Roxb KW - localization KW - symbiosis KW - parasitic plants KW - plant-plant interaction KW - Cuscuta KW - dodder KW - plant immunity KW - resistance KW - Lycopersicon esculentum KW - phenolic constituents KW - Orobanche crenata KW - weed dodder KW - tomato KW - striga Y1 - 2015 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-144091 VL - 6 IS - 45 ER - TY - THES A1 - Mutterer, Elisabeth T1 - Keimspektrum bei erster Harnwegsinfektion im Kindesalter T1 - Resistance Pattern of the first instance of urinary tract infection N2 - Die antibiotische Therapie von Harnwegsinfekten sollte möglichst rasch und effektiv erfolgen. Dabei ist einerseits das schnelle Erreichen von Symptomfreiheit, andererseits die Abwendung drohender Spätschäden, insbesondere am Nierenparenchym, das vorrangige Ziel. Bei der Auswahl eines geeigneten Antibiotikums ist es von besonderer Bedeutung, das genaue Keimspektrum und Resistenzmuster des vorliegenden Patientenkollektivs zu kennen, um von Anfang an eine bestmögliche Therapie zu gewährleisten. Aufgrund örtlich definierter Unterschiede wurde vorliegende retrospektive Studie erstellt, um die Resistenzmuster uropathogener Keime für die Universitätskinderklinik Würzburg über einen Zeitraum von 1999 bis 2004 zu untersuchen und mittels Therapieempfehlungen die Behandlung von Harnwegsinfektionen zu optimieren. Dabei richtete sich das Augenmerk auf die Erstinfektion, wodurch 140 Kinder aus einem Kollektiv von 400 Patienten extrahiert werden konnten. Die höchste Inzidenz zeigte sich insgesamt im Kleinkindesalter (2-6 Jahre), wobei die männlichen Patienten im Durchschnitt jünger als die weiblichen waren. Kinder mit pathologischem Harntrakt wurden in die Studie eingeschlossen, was dazu führte, dass auch seltenere Keime gefunden wurden. Unverändert an erster Stelle präsentierte sich Escherichia coli, der sich ausgesprochen resistent gegen die Antibiotika darstellte, die auch häufig bei interkurrierenden Atemwegsinfekten eingesetzt werden. Das Keimspektrum des gesunden Urogenitaltraktes umfasste insgesamt fünf Erreger; die selteneren Keime inclusive Pseudomonas aeruginosa kamen nur bei Harnwegsanomalien vor. Sogenannte Problemkeime, wie beispielsweise Proteus mirabilis und Pseudomonas aeruginosa, spielten vor allem bei pathologischem Harntrakt eine Rolle und präsentierten sich – wie erwartet – zum Teil multiresistent. Die besorgniserregende Entwicklung steigender Resistenzraten für Cotrimoxazol (28 %) und Aminopenicilline (40 %) ließ sich auch in der UKK Würzburg nachweisen. Dabei fiel besonders die extreme Auswirkung von vorangehender antibiotischer Therapie auf, die die Resistenzen bei Aminopenicillinen auf 55 % und bei Cotrimoxazol sogar auf 71-83 % steigerte. Somit können beide Antibiotika nicht mehr als Mittel der ersten Wahl in der UKK Würzburg empfohlen werden. Die beste Wirksamkeit fand sich für Cephalosporine, deren orale Verabreichung beim unkomplizierten und intravenöse Applikation beim komplizierten HWI anzuraten ist. Bei letzterem sollte aufgrund der Enterokokkenwirksamkeit eine Kombination mit Aminopenicillinen in Erwägung gezogen werden. Bei pathologischem Harntrakt bieten sich Aminoglykoside in einer Kombinationstherapie an, beispielsweise zusammen mit Ceftazidim oder Ampicillin. Über Nitrofurantoin konnte leider keine Aussage getroffen werden, da keine diesbezüglichen Testungen vorlagen. Aufgrund der stets fortschreitenden Resistenzentwicklung sollte eine regelmäßige Evaluation der regionalen Keimlage und Resistenzmuster erfolgen. N2 - The antibiotic treatment of urinary tract infections should happen as fast and effectively as possible. The highest priority here is on the one hand to get rid of the symptoms and on the other hand to avert the threat of long-term damage, particularly on the renal parenchyma. In choosing a suitable antibiotic it is important to know the precise microbiological occurrence and resistance pattern of the patients concerned in order to be able to guarantee the best treatment from the start. Because of local differences we designed this retrospective study to analyze the resistance pattern of uropathogenic germs in the University Children’s Hospital in Würzburg in the period from 1999 to 2004 in order to optimise the therapy of urinary tract infections with treatment recommendations. To this end we turned our attention to the first instance of urinary tract infection. In doing so we extracted 140 children out of a collective of 400 patients. The highest incidence rate was found between the ages of 2 to 6 years, whereas the mean age of the male patients was younger than the female. Children with pathologic urinary tract were included in this study, which circumstance led to the detection even of rare germs. Unchanged in first position appeared Escherichia coli, which was highly resistant to the antibiotics often used in the therapy of acute respiratory diseases. The bacterial spectrum of the healthy urinary tract contained five germs altogether, the rare ones, including Pseudomonas aeruginosa, were only found with pathological urinary tract. The so-called problematic germs, such as Proteus mirabilis and Pseudomonas aeruginosa, were important especially in abnormal urinary tracts. As expected, these germs were to some extent multiresistant. We were able to illustrate the alarming development of growing resistance rates of co-trimoxazole (28 %) and aminopenicillins (40 %) in the UKK Würzburg. Here the extreme effect of previous antibiotic treatment was particularly conspicuous, which caused an increase in the resistance to aminopenicillins to 55 % and of co-trimoxazole to as much as 71-83 %. For this reason we cannot recommend these antibiotics as first line drugs in the UKK Würzburg. The highest potency was found with cephalosporins. We suggest the oral use of these in cases of uncomplicated urinary tract infection and the i.v.-application for complicated ones. In the latter case a combination with aminopenicillins should be taken into consideration because of their efficacy for Enterococcus spp.. Furthermore, the combination with aminoglykosides is advisable in cases of pathological urinary tract, for example with Ceftazidime or Ampicillin. Unfortunately we couldn’t give a statement for Nitrofurantoin because of unavailable tests. Due to constantly progressing resistances a regular re-evaluation of the regional state of germs and their resistance patterns is necessary. KW - Harnwegsinfektion KW - Kind KW - Keimspektrum KW - Resistenzmuster KW - Erreger KW - Antibiotika KW - resistance KW - urinary tract infection KW - childhood KW - germs KW - antibiotics Y1 - 2009 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-48953 ER - TY - JOUR A1 - Dühring, Sybille A1 - Germerodt, Sebastian A1 - Skerka, Christine A1 - Zipfel, Peter F. A1 - Dandekar, Thomas A1 - Schuster, Stefan T1 - Host-pathogen interactions between the human innate immune system and Candida albicans - understanding and modeling defense and evasion strategies JF - Frontiers in Microbiology N2 - The diploid, polymorphic yeast Candida albicans is one of the most important human pathogenic fungi. C. albicans can grow, proliferate and coexist as a commensal on or within the human host for a long time. However, alterations in the host environment can render C. albicans virulent. In this review, we describe the immunological cross-talk between C. albicans and the human innate immune system. We give an overview in form of pairs of human defense strategies including immunological mechanisms as well as general stressors such as nutrient limitation, pH, fever etc. and the corresponding fungal response and evasion mechanisms. Furthermore, Computational Systems Biology approaches to model and investigate these complex interactions are highlighted with a special focus on game-theoretical methods and agent-based models. An outlook on interesting questions to be tackled by Systems Biology regarding entangled defense and evasion mechanisms is given. KW - agent-based model KW - antimicrobial peptides KW - fungal pathogens KW - Candida albicans KW - immunological cross-talk KW - beta-lactamase inhibition KW - in vitro KW - biomaterial surfaces KW - biofilm formation KW - dendritic cells KW - infection KW - resistance KW - human immune system KW - host-pathogen interaction KW - computational systems biology KW - defense and evasion strategies Y1 - 2015 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-151621 VL - 6 IS - 625 ER - TY - THES A1 - Jacobs, Graeme Brendon T1 - HIV-1 resistance analyses from therapy-naïve patients in South Africa, Tanzania and the characterization of a new HIV-1 subtype C proviral molecular clone T1 - HIV-1 Resistenz-Analysen von nicht-therapierten Patienten aus Südafrika und Tansania und Charakterisierung eines neuen HIV-1 Subtyp C proviralen molekularen Klons N2 - The acquired immunodeficiency syndrome (AIDS) is currently the most infectious disease worldwide. It is caused by the human immunodeficiency virus (HIV). At the moment there are ~33.3 million people infected with HIV. Sub-Saharan Africa, with ~22.5 million people infected accounts for 68% of the global burden. In most African countries antiretroviral therapy (ART) is administered in limited-resource settings with standardised first- and second-line ART regimens. During this study I analysed the therapy-naïve population of Cape Town, South Africa and Mwanza, Tanzania for any resistance associated mutations (RAMs) against protease inhibitors, nucleoside reverse transcriptase inhibitors and non-nucleoside reverse transcriptase inhibitors. My results indicate that HIV-1 subtype C accounts for ~95% of all circulating strains in Cape Town, South Africa. I could show that ~3.6% of the patient derived viruses had RAMs, despite patients being therapy-naïve. In Mwanza, Tanzania the HIV drug resistance (HIVDR) prevalence in the therapy-naïve population was 14.8% and significantly higher in the older population, >25 years. Therefore, the current WHO transmitted HIVDR (tHIVDR) survey that is solely focused on the transmission of HIVDR and that excludes patients over 25 years of age may result in substantial underestimation of the prevalence of HIVDR in the therapy-naïve population. Based on the prevalence rates of tHIVDR in the study populations it is recommended that all HIV-1 positive individuals undergo a genotyping resistance test before starting ART. I also characterized vif sequences from HIV-1 infected patients from Cape Town, South Africa as the Vif protein has been shown to counteract the antiretroviral activity of the cellular APOBEC3G/F cytidine deaminases. There is no selective pressure on the HIV-1 Vif protein from current ART regimens and vif sequences was used as an evolutionary control. As the majority of phenotypic resistance assays are still based on HIV-1 subtype B, I wanted to design an infectious HIV-1 subtype C proviral molecular clone that can be used for in vitro assays based on circulating strains in South Africa. Therefore, I characterized an early primary HIV-1 subtype C isolate from Cape Town, South Africa and created a new infectious subtype C proviral molecular clone (pZAC). The new pZAC virus has a significantly higher transient viral titer after transfection and replication rate than the previously published HIV-1 subtype C virus from Botswana. The optimized proviral molecular clone, pZAC could be used in future cell culture and phenotypic HIV resistance assays regarding HIV-1 subtype C. N2 - Das erworbene Immundefektsyndrom (“acquired immunodeficiency syndrome”, AIDS), verursacht durch das Humane Immundefizienzvirus (HIV), ist derzeit die häufigste Infektionskrankheit weltweit. Zirka 33,3 Millionen Menschen sind gegenwärtig mit HIV infiziert, wobei hiervon etwa 22,5 Millionen Infizierte (68%) in den Ländern südlich der Sahara leben. In den meisten dieser Länder ist die antiretrovirale Therapie (ART) in nur zwei standardisierten Medikamentenkombinationen verfügbar. In dieser Arbeit wurden nichttherapierte Patienten aus Kapstadt (Südafrika) und Mwanza (Tansania) auf resistenzassoziierte Mutationen (RAMs) gegen Protease Inhibitoren, nukleosidische- und nichtnukleosidische Reverse Transkriptase Inhibitoren analysiert. Meine Ergebnisse zeigten, dass in 3,6 % der Patienten RAMs gefunden wurden, obwohl diese nicht vortherapiert waren. In der Patientengruppe aus Tansania wurden sogar in 14,8 % der Patientenviren RAMs gefunden. Dieses Patientenkollektiv war signifikant älter als 25 Jahre und damit außerhalb der von der WHO beobachteten Altersgruppe. Meine Studie legt nahe, dass die WHO-Kriterien zur Überwachung der Übertragung von resistenten HIVs die Weitergabe von resistenten Viren unterschätzt, da Patienten über 25 Jahre ausgeschlossen werden. Weiterhin wurden vif Sequenzen von HIV-1 infizierten Patienten aus Kapstadt charakterisiert, da bereits gezeigt wurde, dass das HIV Vif Protein die antiretrovirale Aktivität der Cytidin Deaminase APOBEC3G/F antagonisieren kann. Da jedoch keine Medikamenten induzierte Selektion auf diesen Sequenzen liegt, wurden diese zur Analyse der viralen Evolution verwendet. Phenotypische Resistenzanalysen basieren gegenwärtig meist auf dem HIV Subtyp B, jedoch sind die meisten Infizierten in Südafrika und sogar weltweit mit Subtyp C infiziert. Deshalb war es ein Ziel dieser Arbeit einen proviralen HIV Subtyp C Plasmid zu entwickeln. Dazu wurde das Virus aus einem frühen HIV Subtyp C Isolat kloniert. Das hier neu klonierte Virus (HIV-ZAC) zeigt sowohl einen höheren viralen Titer nach der Transfektion und auch eine höhere Replikationsrate als das zuvor publizierte HIV-1 Suptyp C Virus aus Botswana. Deshalb könnte der von mir optimierte und neu charakterisierte provirale molekulare Klon, pZAC, zukünftig in der Zellkultur und bei phenotypischen HIV Resistenztests als wildtypisches HIV-1 Suptyp C Virus eingesetzt werden. KW - HIV KW - Immunität KW - Südafrika KW - Tansania KW - HIV-1 KW - Subtyp C KW - HIV-1 KW - resistance KW - diversity KW - South Africa KW - Tanzania Y1 - 2011 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-67319 ER - TY - JOUR A1 - Sass, Andrea M. A1 - Van Acker, Heleen A1 - Förstner, Konrad U. A1 - Van Nieuwerburgh, Filip A1 - Deforce, Dieter A1 - Vogel, Jörg A1 - Coenye, Tom T1 - Genome-wide transcription start site profiling in biofilm-grown Burkholderia cenocepacia J2315 JF - BMC Genomics N2 - Background: Burkholderia cenocepacia is a soil-dwelling Gram-negative Betaproteobacterium with an important role as opportunistic pathogen in humans. Infections with B. cenocepacia are very difficult to treat due to their high intrinsic resistance to most antibiotics. Biofilm formation further adds to their antibiotic resistance. B. cenocepacia harbours a large, multi-replicon genome with a high GC-content, the reference genome of strain J2315 includes 7374 annotated genes. This study aims to annotate transcription start sites and identify novel transcripts on a whole genome scale. Methods: RNA extracted from B. cenocepacia J2315 biofilms was analysed by differential RNA-sequencing and the resulting dataset compared to data derived from conventional, global RNA-sequencing. Transcription start sites were annotated and further analysed according to their position relative to annotated genes. Results: Four thousand ten transcription start sites were mapped over the whole B. cenocepacia genome and the primary transcription start site of 2089 genes expressed in B. cenocepacia biofilms were defined. For 64 genes a start codon alternative to the annotated one was proposed. Substantial antisense transcription for 105 genes and two novel protein coding sequences were identified. The distribution of internal transcription start sites can be used to identify genomic islands in B. cenocepacia. A potassium pump strongly induced only under biofilm conditions was found and 15 non-coding small RNAs highly expressed in biofilms were discovered. Conclusions: Mapping transcription start sites across the B. cenocepacia genome added relevant information to the J2315 annotation. Genes and novel regulatory RNAs putatively involved in B. cenocepacia biofilm formation were identified. These findings will help in understanding regulation of B. cenocepacia biofilm formation. KW - persistence KW - genomic islands KW - pathogen KW - identification KW - bacteria KW - small RNAs KW - translation initiation KW - cepedia complex KW - global gene expression KW - SEQ KW - resistance KW - burkholderia cenocepacia KW - biofilms KW - dRNA-Seq KW - transcription start site KW - antisense RNA Y1 - 2015 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-139748 VL - 16 IS - 775 ER - TY - THES A1 - Schubert, Sabrina T1 - Funktionelle Analyse des „Multidrug-Resistance“-Regulators MRR1 im humanpathogenen Hefepilz Candida albicans T1 - Functional analysis of the multidrug resistance regulator MRR1 in the pathogenic yeast Candida albicans N2 - Der Hefepilz Candida albicans gehört zu den fakultativ pathogenen Infektionserregern und ist Teil der natürlichen Mikroflora der Schleimhäute des Verdauungs- und Urogenitaltraktes der meisten gesunden Menschen. Ist das Gleichgewicht der Flora gestört, kann es zu oberflächlichen Mykosen kommen, wie z.B. der oropharyngealen Candidiasis (Mundsoor), die in der Regel durch die Gabe eines Antimykotikums in wenigen Tagen zu behandeln sind. In seltenen Fällen kann es auch zu schwerwiegenden Infektionsverläufen bis hin zu lebensbedrohlichen systemischen Mykosen kommen. Hauptsächlich immunsupprimierte Patienten, wie z.B. AIDS-Patienten oder Personen, die kürzlich einer Organ- oder Knochenmarkstransplantation unterzogen wurden, leiden häufig an oberflächlichen C. albicans-Infektionen. Insbesondere bei wiederkehrenden Infektionen ist der Pilz in der Lage, gegen das häufig verabreichte Medikament Fluconazol eine Resistenz zu entwickeln. Ein wichtiger Mechanismus dieser Resistenzentwicklung ist die Überexpression von Effluxpumpen, die das Medikament aus der Zelle heraustransportieren. Zwei Arten von Effluxpumpen, die eine Rolle in der Resistenzentwicklung in C. albicans spielen, konnten bisher identifiziert werden, die ABC (ATP binding cassette)-Transporter Cdr1 und Cdr2 sowie der MFS (major facilitator superfamily)-Transporter Mdr1. Der Zinc-Cluster Transkriptionsfaktor Mrr1 spielt eine wichtige Rolle in der Regulation der MDR1-E¬ffluxpumpe. Er kontrolliert die MDR1-Expression in Anwesenheit induzierender Substanzen und sogenannte "gain-of-function" Mutationen in MRR1 konnten als die Ursache der konstitutiven MDR1-Hochregulierung und der "Multidrug-Resistance" in C. albicans identifiziert werden. In dieser Arbeit konnte ein Ortholog zu MRR1 aus C. albicans in Candida dubliniensis, einer zu C. albicans nahe verwandten Hefe, identifiziert werden. Es wurde gezeigt, dass in den untersuchten klinischen und in vitro generierten Fluconazol-resistenten C. dubliniensis-Stämmen ebenfalls gain-of-funcion Mutationen in MRR1 die MDR1-Überexpression und eine Resistenz bewirken. Die Ergebnisse demonstrieren, dass der Transkriptionsfaktor Mrr1 eine wichtige Rolle in der Entwicklung der Resistenz in diesen humanpathogenen Pilzen spielt. Bisher ist nicht bekannt, wie der Zinc-Cluster Transkriptionsfaktor MRR1 durch induzierende Substanzen oder gain-of-function Mutationen aktiviert wird. Um zu verstehen, wie die Mrr1- Aktivität reguliert wird, wurden in dieser Arbeit durch Deletionsstudien funktionelle Domänen des Transkriptionsfaktors identifiziert. Um einen besseren Einblick in die Regulation der MDR1-vermittelten Resistenz in C. albicans zu bekommen, wurde in dieser Arbeit die gegenseitige Abhängigkeit von Mrr1 und Cap1 bzw. Upc2 in Bezug auf die MDR1-Expression untersucht. Es wurden ChIP-on-chip Analysen und Transkriptionsprofile mit aktiviertem Mrr1 durchgeführt, um direkte Targets von Mrr1 zu identifizieren. Mit der vorliegenden Arbeit wurde ein wichtiger Beitrag zum Verständnis der Entwicklung der Multidrug-Resistenz in C. albicans geleistet. E¬ffluxpumpen und deren Regulatoren stellen in der Bekämpfung von C. albicans-Infektionen ein interessantes Angriffsziel für die Entwicklung neuer Medikamente und die Weiterentwicklung bereits vorhandender Antimykotika dar. N2 - The yeast Candida albicans is a human fungal pathogen and is part of the microflora of mucosal surfaces of the gastrointestinal and urogenital tract in most healthy people. If the balance of the flora is disturbed C. albicans can cause super cial mycoses, e.g. oropharyngeal Candidiasis, also known as "thrush", which are usually easy to cure within a few days by treatment with antimycotic drugs. Infections with the yeast can also result in serious as well as life-threatening systemic mycoses. However, immunocompromised patients, e.g. AIDS patients, often suffer from super cial C. albicans infections and especially in recurrent infections the yeast can develop resistance to the commonly used antifungal drug fluconazole. An important mechanism of drug resistance is the overexpression of e¬ux pumps, which mediate the transport of toxic compounds out of the cell. Two types of e¬fflux pumps, which play a role in die development of resistance in C. albicans, have been described so far, the ABC (ATP binding cassette) transporters Cdr1 and Cdr2, and the MFS (major facilitator superfamily) transporter Mdr1. The zinc cluster transcription factor Mrr1 plays an important role in the regulation of the MDR1 gene. It controls the MDR1 expression in response to inducing chemicals and gain-of function mutations in MRR1 are responsible for the constitutive upregulation of MDR1 and fluconazole resistance. In this work a CaMRR1 ortholog was found in Candida dubliniesis, a yeast closely related to C. albicans. It could be shown that gain-of-function mutations in CdMRR1 were the cause of MDR1 overexpression and drug resistance in all investigated clinical and in vitro generated strains. The results showed that Mrr1 plays an important role in the development of drug resistence in these human fungal pathogens. Currently it is not understood how these zinc cluster transcription factors are activated under inducing conditions or by gain-of-function mutations. To better understand the regulation of Mrr1 activation, in this work deletion studies were performed to identify functional domains of the transcription factor. To gain better insight into the regulation of MDR1-mediated drug resistance in C. albicans, the interdependence of Mrr1 and two other MDR1 regulators, Cap1 and Upc2, was studied in this work. ChIP-on-chip analyses and transcriptional profiles with acitvated Mrr1 were performed to identify direct targets of Mrr1. This thesis contributes to the understanding of the development of multidrug resistance in C. albicans. Efflux pumps and their transcriptional regulators provide an interesting target for the development of new antifungal drugs or the further development of available drugs against C. albicans infections. KW - Candida albicans KW - Resistenz KW - Effluxpumpen KW - Candida albicans KW - resistance KW - efflux pump Y1 - 2011 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-70916 ER - TY - JOUR A1 - Bensaad, Karim A1 - Favaro, Elena A1 - Lewis, Caroline A. A1 - Peck, Barrie A1 - Lord, Simon A1 - Collins, Jennifer M. A1 - Pinnick, Katherine E. A1 - Wigfield, Simon A1 - Buffa, Francesca M. A1 - Li, Ji-Liang A1 - Zhang, Qifeng A1 - Wakelam, Michael J. O. A1 - Karpe, Fredrik A1 - Schulze, Almut A1 - Harris, Adrian L. T1 - Fatty Acid Uptake and Lipid Storage Induced by HIF-1 alpha Contribute to Cell Growth and Survival after Hypoxia-Reoxygenation JF - Cell Reports N2 - An in vivo model of antiangiogenic therapy allowed us to identify genes upregulated by bevacizumab treatment, including Fatty Acid Binding Protein 3 (FABP3) and FABP7, both of which are involved in fatty acid uptake. In vitro, both were induced by hypoxia in a hypoxia-inducible factor-1 alpha (HIF-1 alpha)-dependent manner. There was a significant lipid droplet (LD) accumulation in hypoxia that was time and O-2 concentration dependent. Knockdown of endogenous expression of FABP3, FABP7, or Adipophilin (an essential LD structural component) significantly impaired LD formation under hypoxia. We showed that LD accumulation is due to FABP3/7-dependent fatty acid uptake while de novo fatty acid synthesis is repressed in hypoxia. We also showed that ATP production occurs via beta-oxidation or glycogen degradation in a cell-type-dependent manner in hypoxia-reoxygenation. Finally, inhibition of lipid storage reduced protection against reactive oxygen species toxicity, decreased the survival of cells subjected to hypoxia-reoxygenation in vitro, and strongly impaired tumorigenesis in vivo. KW - inducible factor-I KW - binding protein KW - triglyceride accumulation KW - cancer cell KW - complex-III KW - beta-oxidation KW - metabolism KW - lipogenesis KW - proliferation KW - resistance Y1 - 2014 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-115162 SN - 2211-1247 VL - 9 IS - 1 ER - TY - THES A1 - Kraus, Alexander T1 - Diagnostische Relevanz der Impuls-Oszillometrie im Vergleich zur Bodyplethysmographie im Kindesalter T1 - Diagnostic relevance of impulse oscillometry in comparison with bodyplethysmography in childhood N2 - Die Impuls-Oszillometrie (IOS), die Ganzkörperplethysmographie (BP) und teilweise die Spirometrie wurden in der vorliegenden Arbeit umfassend beurteilt. Die Reliabilität der drei Methoden wurde durch Wiederholungsmessungen an zwölf gesunden Probanden überprüft. Ergebnisse der IOS wurden mit der BP korreliert. Anhand 87 atemwegsgesunder Kinder zwischen neun und elf Jahren erfolgte eine Normwerterstellung für die IOS und die BP. Die gewonnenen Referenzwerte wurden auf 38 Kinder mit Asthma bronchiale im gleichen Altersbereich angewandt. Die Validität des IOS und der BP wurde mittels Sensitivitätsindices und Diskriminanzanalyse (Sensitivität, Spezifität) miteinander verglichen. In der Wiederholbarkeit (intraindividuelle Variabilität) lag die Spirometrie mit Variationskoeffizienten (CV) von z. B. 2,0% für VCmax und 3,7% für FEV1 an der Spitze. Die Parameter der Fluss - Volumen - Messung erreichten CV um 10%. Für die BP errechneten sich 5,0% für das ITGV und 11,6% bzw. 13,8% für den absoluten bzw. spezifischen effektiven Atemwegswiderstand. Sämtliche anderen untersuchten Bestimmungsmethoden (tot, Mitte, 0,5, peak, in, ex) erreichen schlechtere Variationskoeffizienten bis zu 23,7% für R0,5. Die Widerstände der IOS erzielten mit einem CV von 10,4% für die Resistance bei 5 und 10 Hz und 10,6% für die Impedanz geringfügig bessere Ergebnisse als die Widerstände der BP. Der CV der Resonanzfrequenz war 9,5%. Für die Reaktanzen ist eine Berechnung des Variationskoeffizienten auf Grund des Betrags der Reaktanz um Null nicht sinnvoll. Die Standardabweichungen für die Reaktanzen lagen jedoch etwas unter den entsprechenden Resistanzen. Die in dieser Arbeit eingeführten Differenzparameter Zrespir-Z15 und R5-R10 erreichten mit 21,9% und 30,9% eine hohe intraindividuelle Variabilität. Oszillatorische und bodyplethysmographische Widerstände korrelierten insgesamt gut miteinander. Insbesondere R5, X10 und R5-R10 erreichten mit sämtlichen effektiven Atemwegswiderständen hohe Korrelationskoeffizienten um 0,8. Die Referenzwerterstellung mittels eines multiplen, linearen Modells erfolgte für beide Geschlechter getrennt anhand von Größe, Gewicht und Alter, soweit diese Faktoren Einfluss auf die Regressionsfunktion hatten. Eine Normwertfunktion für die Resonanzfrequenz war aufgrund der hohen interindividuellen Variabilität und die Festlegung der Resonanzfrequenz durch die Reaktanz nicht sinnvoll. Sowohl für Wiederholungsmessungen (Verlaufsbeobachtung) als auch für die Primärdiagnostik anhand von Normwerten wurden für die hier eingeführte Differenz Zrespir-Z15 die besten Ergebnisse erzielt. Der Vorsprung gegenüber Zrespir und sReff war gering. Die Verwendung der Referenzwerte für die spezifischen Widerstände ist jedoch trotz der guten Ergebnisse durch die hohe interindividuelle Variabilität eingeschränkt. Für sämtliche effektiven Atemwegswiderstände, R5 und dessen Differenzparameter R5-R15 wurden ebenfalls gute Ergebnisse erzielt. In der Verlaufsbeobachtung verliert die Variabilität der Normwerte gegenüber der intraindividuellen Variabilität an Bedeutung. Bei den Wiederholungsmessungen wurden die spezifischen Atemwegswiderstände und die Reaktanzen (v. a. X10) aussagekräftiger. Somit ergeben sich geringe Vorteile der IOS gegenüber der BP in der Validität und Objektivität. In der Objektivität deshalb, da das plethysmographische Messergebnis durch eine BTPS - Korrektur beeinflussbar ist. Die IOS ist für Kinder angenehmer und einfacher durchzuführen. Aufgrund des günstigeren Anschaffungspreises und der kurzen Untersuchungszeit ist die IOS wirtschaftlicher. Ebenbürtig sind sich beide Verfahren in der Reliabilität (Zuverlässigkeit). Mittels BP und Heliumeinwaschmethode kann jedoch im Gegensatz zur IOS „trapped air“ exakt bestimmt werden. N2 - Impulse oscillometry (IOS), bodyplethysmography (BP) and partly the spirometry were compared in the present study. Reliability of the three methods was checked by repetition measurements of twelve healthy children. Results of the IOS were correlated with BP. On the basis of 87 breath-way-healthy children between nine and eleven years reference values were calculated for IOS and BP. The reference values were applied to 38 children with asthma within the same age. The validity of the IOS and the BP was compared by means of sensitivity indices, sensitivity and specificity. In the repeatability (intraindividual variability) the spirometry with coefficient of variation (CV) of e.g. 2.0% for VCmax and 3.7% for FEV1 were at the top. The parameters of the flow - volume - measurement achieved CV around 10%. For the BP 5.0% for the ITGV and 11.6% / 13,8% for the absolute / specific effective airway resistance were calculated. All other examined methods (Rtot, Rmid, R0.5, Rpeak, Rin, Rex) achieved worse CV up to 23,7% for R0.5. Resistances of the IOS (RIOS) obtained with a CV of 10.6% for impedance Z and 10,4% for RIOS at 5 and 10 Hz slightly better results as for the BP. The CV of the resonant frequency was 9,5%. The standard deviations for the reactances X were slightly under the appropriate resistances. The difference parameters Zrespir-Z15 and R5-R10 (introduced in this study) achieved a high intraindividual variability with 21,9% and 30,9%. Oscillatory and bodyplethysmographic resistances correlated altogether high. In particular R5, X10 and R5-R10 achieved high coefficients of correlation with all effective airway resistances (Reff) around 0,8. The reference value creation by means of a multiple, linear model took place for both sexes separately on the basis from size, weight and age, as far as these factors had influence on the regression function. A standard value function for the resonant frequency was not meaningful due to the high interindividual variability and the definition of the resonant frequency by the reactance. Both for repetition measurements (process observation) and for the primary diagnostics on the basis of reference values the difference impedance Zrespir-Z15 (introduced in this study) obtained the best results. The lead to Zrespir and specific airway resistance was small. The use of the reference values for specific airway resistance is however reduced by its high interindividual variability. For all effective airway resistances, R5 and its difference parameter R5-R15 were obtained likewise good results. In the process observation the variability of the reference values loses importance in relation to the intraindividuel variability. With the repetition measurements specific airway resistances and the reactances (especially X10) became more important. Thus small advantages result for impulse oscillometry in validity and objectivity. In the objectivity, because the plethysmographic result is influenced by a BTPS – correction. The IOS is more pleasantly and more simply to execute and thus even suitable for younger children. Due to the lower price and the short investigation time the IOS is more economical. Both procedures are equal in the reliability. By means of BP and helium dilution method however trapped air can be determined accurately in contrast to IOS. KW - Impuls-Oszillometrie KW - IOS KW - Bodyplethysmographie KW - Normwerte für Kinder KW - Resistanz KW - Reaktanz KW - Impedanz KW - Atemwegswiderstand KW - impulse oscillometry KW - IOS KW - bodyplethysmography KW - reference values for children KW - resistance KW - reactance KW - impedance KW - airway resistance Y1 - 1999 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-2906 ER - TY - JOUR A1 - Masic, Anita A1 - Hurdayal, Ramona A1 - Nieuwenhuizen, Natalie E. A1 - Brombacher, Frank A1 - Moll, Heidrun T1 - Dendritic Cell-Mediated Vaccination Relies on Interleukin-4 Receptor Signaling to Avoid Tissue Damage after Leishmania major Infection of BALB/c Mice JF - PLoS Neglected Tropical Diseases N2 - Prevention of tissue damages at the site of Leishmania major inoculation can be achieved if the BALB/c mice are systemically given L. major antigen (LmAg)-loaded bone marrow-derived dendritic cells (DC) that had been exposed to CpG-containing oligodeoxynucleotides (CpG ODN). As previous studies allowed establishing that interleukin-4 (IL-4) is involved in the redirection of the immune response towards a type 1 profile, we were interested in further exploring the role of IL-4. Thus, wild-type (wt) BALB/c mice or DC-specific IL-4 receptor \(\alpha\) (IL-4R \(\alpha\))-deficient (CD11c\(^{cre}\)IL-4R \(\alpha^{-/lox}\) BALB/c mice were given either wt or IL-4R \(\alpha\)-deficient LmAg-loaded bone marrow-derived DC exposed or not to CpG ODN prior to inoculation of 2x10\(^5\) stationary-phase L. major promastigotes into the BALB/c footpad. The results provide evidence that IL4/IL-4R alpha-mediated signaling in the vaccinating DC is required to prevent tissue damage at the site of L. major inoculation, as properly conditioned wt DC but not IL-4R alpha-deficient DC were able to confer resistance. Furthermore, uncontrolled L. major population size expansion was observed in the footpad and the footpad draining lymph nodes of CD11c\(^{cre}\)IL-4R \(\alpha^{-/lox}\) mice immunized with CpG ODN-exposed LmAg-loaded IL-4R \(\alpha\)-deficient DC, indicating the influence of IL-4R \(\alpha\)-mediated signaling in host DC to control parasite replication. In addition, no footpad damage occurred in BALB/c mice that were systemically immunized with LmAg-loaded wt DC doubly exposed to CpG ODN and recombinant IL-4. We discuss these findings and suggest that the IL4/IL4R \(\alpha\) signaling pathway could be a key pathway to trigger when designing vaccines aimed to prevent damaging processes in tissues hosting intracellular microorganisms. KW - cytokines KW - necrosis-factor-alpha KW - T helper cell KW - visceral leishmaniasis KW - intracellular pathogen KW - interferon-gamma KW - IL-12 production KW - deficient mice KW - resistance KW - responses Y1 - 2012 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-133869 VL - 6 IS - 7 ER - TY - JOUR A1 - Feldheim, Jonas A1 - Kessler, Almuth F. A1 - Monoranu, Camelia M. A1 - Ernestus, Ralf-Ingo A1 - Löhr, Mario A1 - Hagemann, Carsten T1 - Changes of O\(^6\)-Methylguanine DNA Methyltransferase (MGMT) promoter methylation in glioblastoma relapse—a meta-analysis type literature review JF - Cancers N2 - Methylation of the O6-methylguanine DNA methyltransferase (MGMT) promoter has emerged as strong prognostic factor in the therapy of glioblastoma multiforme. It is associated with an improved response to chemotherapy with temozolomide and longer overall survival. MGMT promoter methylation has implications for the clinical course of patients. In recent years, there have been observations of patients changing their MGMT promoter methylation from primary tumor to relapse. Still, data on this topic are scarce. Studies often consist of only few patients and provide rather contrasting results, making it hard to draw a clear conclusion on clinical implications. Here, we summarize the previous publications on this topic, add new cases of changing MGMT status in relapse and finally combine all reports of more than ten patients in a statistical analysis based on the Wilson score interval. MGMT promoter methylation changes are seen in 115 of 476 analyzed patients (24%; CI: 0.21–0.28). We discuss potential reasons like technical issues, intratumoral heterogeneity and selective pressure of therapy. The clinical implications are still ambiguous and do not yet support a change in clinical practice. However, retesting MGMT methylation might be useful for future treatment decisions and we encourage clinical studies to address this topic KW - glioblastoma multiforme (GBM) KW - glioma KW - relapse KW - temozolomide KW - MGMT promoter methylation KW - therapy KW - resistance KW - recurrence Y1 - 2019 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-193040 SN - 2072-6694 VL - 11 IS - 12 ER -